目的对A族β溶血性链球菌(beta-haemolytic group A streptococcus isolates,GAS)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)。方法应用多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对来源于2007年北京和上海两地区分属于不...目的对A族β溶血性链球菌(beta-haemolytic group A streptococcus isolates,GAS)进行多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)。方法应用多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对来源于2007年北京和上海两地区分属于不同emm分型及其亚型、且对大环内酯类抗生素高水平耐药的14株致儿童猩红热GAS的7对等位看家基因进行扩增,并将目的基因产物测序,然后将所测得的每对等位看家基因的基因序列提交到MLST网站,获得相应的由7对等位看家基因组成的等位基因谱,最后将等位基因谱再次提交到MLST网站,确定GAS临床分离株MLST序列分型(sequence type,ST)。结果 St5240、emm1.0型及其亚型GAS等位基因图谱为4-3-4-4-4-2-4,属于ST28型;emm4.0型GAS等位基因谱为5-7-8-5-15-2-1,属于ST38型;emm12.0型及其亚型GAS等位基因谱为5-2-2-6-6-2-2,属于ST36型;emm22.0型GAS等位基因谱为9-8-1-1-1-3-4,属于ST46型。结论致2007年北京和上海两地区儿童发生猩红热的14株GAS分属于ST28、ST38、ST36及ST46四个不同的克隆系。展开更多
文摘对出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌进行多位点序列分型（mutilocus sequence typing,MLST）分析,了解其序列型分布特点及不同菌株之间的亲缘关系。提取单增李斯特菌基因组DNA,选择其7个管家基因进行聚合酶链式反应扩增并测序。将测序结果截成标准序列的长度后上传到MLST数据库进行比对分析,获得7个管家基因的等位基因谱和序列分型编码,并将结果采用不加权算术平均组对（unweighted pair group method using arithmetic averages,UPGMA）法进行聚类分析。89株单增李斯特菌共获得51个STs,其中26个为新获得的STs（STnew1-STnew26）;数量最多的5个STs为ST8（9.0%）,ST121（9.0%）、ST7（5.6%）、ST87（5.6%）及新发现的STnew3（7.8%）;其中ST456、ST34、ST343、ST19、ST517、ST201、ST98、ST330和ST73为在国内首次获得。采用UPGMA算法得到的进化树可将89株菌株分为3大类群,分类的结果与单增李斯特菌血清学家系分类结果一致。MLST结果对了解出入境动物源性食品中分离的单增李斯特菌的亲缘关系及流行病学溯源有重要意义。
