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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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点蜂缘蝽滞育和非滞育对嗅觉相关基因表达的影响
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作者 谢明惠 钟永志 +3 位作者 林璐璐 张光玲 赵伟 陈浩梁 《植物保护》 北大核心 2025年第4期98-108,共11页
有研究表明滞育和非滞育点蜂缘蝽Riptortus pedestriS对聚集信息素的感受存在显著差异,本研究拟通过测定滞育和非滞育点蜂缘蝽触角转录组,寻找表达差异的嗅觉相关基因,分析与滞育关联的信息素识别机制。利用高通量测序平台BGISEQ-500对... 有研究表明滞育和非滞育点蜂缘蝽Riptortus pedestriS对聚集信息素的感受存在显著差异,本研究拟通过测定滞育和非滞育点蜂缘蝽触角转录组,寻找表达差异的嗅觉相关基因,分析与滞育关联的信息素识别机制。利用高通量测序平台BGISEQ-500对滞育和非滞育点蜂缘蝽雌、雄成虫触角进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行通路富集分析,同时对差异表达的嗅觉基因进行RT-qPCR验证。点蜂缘蝽触角转录组共获得57648条unigenes,其中61.05%在七大公共数据库中成功注释。注释到NR数据库的基因最多(52.90%),匹配到茶翅蝽Halyomorpha halys的序列最多,为55.83%。通过转录组数据分析,与非滞育雌虫相比,滞育雌虫触角中共筛选到2222个差异表达基因,其中上调表达基因1288个,下调表达基因934个;与非滞育雄虫相比,滞育雄虫触角中共筛选到2293个差异表达基因,其中上调表达基因1410个,下调表达基因883个;雌、雄虫触角间差异基因较少,分别为315个(滞育)和584个(非滞育)。进一步对嗅觉相关基因进行分析发现:滞育和非滞育雌虫触角间10个化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)基因和11个气味结合蛋白(odorant-binding proteins,OBPs)基因差异表达;滞育和非滞育雄虫触角有7个CSPS基因和11个OBPS基因差异表达;滞育雌、雄成虫仅有1个OBP基因表达出现差异;非滞育雌、雄虫间有4个CSPS基因和3个OBPS基因差异表达。从差异表达的嗅觉相关基因中选取10个基因(4个OBPS,4个CSPS2个ORS)进行RT-qPCR验证,结果与转录组测序相符。研究结果将为今后点蜂缘蝽识别聚集信息素的分子机制及研发更为高效的化学通讯调控技术提供参考。 展开更多
关键词 点蜂缘蝽 触角转录组 生殖滞育 嗅觉相关基因 差异表达基因
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脓毒症相关性脑病易感小鼠海马的基因差异性
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作者 刘宇 吴伟伟 傅迪 《中南大学学报(医学版)》 CSCD 北大核心 2024年第11期1777-1789,共13页
目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清... 目的:脓毒症相关性脑病(sepsis-associated encephalopathy,SAE)属常见的脓毒症并发症,可使患者长期存在认知障碍及焦虑情绪,并可导致脓毒症患者死亡。SAE的发病情况和病情严重程度存在显著的个体差异,而调控SAE易感性差异的机制尚不清楚。海马损伤程度与SAE患者认知障碍程度和精神状况直接相关。本研究探讨SAE模型小鼠海马中差异表达基因对SAE易感性的影响。方法:将6~8周龄无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级C57BL/6雄性小鼠随机分为生理盐水对照组(Con组)与SAE模型组(SAE组)。通过腹腔注射10mg/kg脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)建立SAE模型,Con组腹腔注射等剂量的生理盐水。采用旷场实验(open field test,OFT)、新物体识别实验(novel object recognition,NOR)及Y迷宫实验比较2组小鼠认知功能及焦虑情绪的差异。以Con组OFT、NOR、Y迷宫实验的行为学数据的均数±标准差为基线,将SAE组小鼠分为SAE高敏(high sensitivity for SAE,HS)组和SAE低敏(low sensitivity for SAE,LS)组。采用免疫组织化学染色法观察即刻早期基因家族成员细胞原癌基因(cellular proto-oncogene Fos,c-Fos)、成熟神经元标志物神经元核蛋白(neuronal nuclei,NeuN)的表达,结合尼氏染色观察并分析小鼠海马齿状回(dentate gyrus,DG)、海马角(cornu ammonis,CA)1、CA3亚区的神经元激活程度与功能受损情况。采用高通量转录组RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术对HS组与LS组小鼠组织进行全转录组生物信息学分析,并验证2组的差异表达基因。结果:与Con组小鼠比较,SAE组小鼠认知行为和情绪行为均未表现出显著的易感性差异。进一步分析发现,HS组小鼠较LS组小鼠存在更为严重的认知障碍和焦虑情绪。免疫组织化学染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马c-Fos表达显著增加(P<0.05)。尼氏染色与NeuN染色结果显示,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马神经元功能受损程度显著降低(均P<0.05)。RNA-seq测序和生物信息学分析发现,与HS组小鼠比较,LS组小鼠海马组织中共检出130个表达上调基因,142个表达下调基因。对差异表达基因进行京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析结果显示,LS组小鼠海马组织中表达上调的基因主要涉及多能干细胞调节通路、环腺苷酸(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)信号通路、Wnt信号通路等;表达下调的基因则主要与细胞连接、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等相关。结论:SAE小鼠海马组织中的基因表达差异性可能是导致认知功能障碍与焦虑情绪的潜在易感机制。 展开更多
关键词 脓毒症相关性脑病 易感性 差异表达基因 海马 遗传因素
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多囊卵巢综合征相关基因的差异表达研究 被引量:25
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作者 胡振兴 乔杰 +4 位作者 李美芝 张小为 陈咏健 李蓉 孙春玲 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期600-604,共5页
目的:研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者相关基因的差异表达。方法:应用人类全基因组基因芯片 U133A,以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer,IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ova... 目的:研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者相关基因的差异表达。方法:应用人类全基因组基因芯片 U133A,以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer,IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者和对照者取卵后所剩的卵泡颗粒细胞为研究对象,检测5例 PCOS 患者和5例对照者颗粒细胞中相关差异表达的基因。结果:与对照组比较,共筛查出与 PCOS 明显相关的差异表达基因46个,其中25个基因表达增加(上调),21个表达减少(下调)。这些差异表达基因具有多种生物学功能,如脂类代谢调节、细胞间的信号传导和免疫炎症反应,反映了 PCOS 患者临床症状的多样性。结论:应用基因芯片技术,可筛查出新的 PCOS 遗传相关候选基因。 展开更多
关键词 PCOS 患者 多囊卵巢综合征 相关基因 差异表达基因 筛查 对照 细胞 基因 基因芯片
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乳腺癌细胞凋亡、增殖与相关基因表达、突变的关系 被引量:13
5
作者 李红智 喻林升 +1 位作者 王宗敏 谢丽微 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期676-678,T006,共4页
目的 :研究乳腺癌细胞凋亡、细胞增殖及相关基因表达、突变的关系 ,为乳腺癌细胞凋亡、细胞增殖失衡的基因调控机制提供依据。方法 :分别应用TUNEL法、免疫组化S -P法和PCR -SSCP法检测 5 4例乳腺癌标本凋亡指数 (AI)和增殖指数 (MI) ,B... 目的 :研究乳腺癌细胞凋亡、细胞增殖及相关基因表达、突变的关系 ,为乳腺癌细胞凋亡、细胞增殖失衡的基因调控机制提供依据。方法 :分别应用TUNEL法、免疫组化S -P法和PCR -SSCP法检测 5 4例乳腺癌标本凋亡指数 (AI)和增殖指数 (MI) ,Bcl- 2、p5 3、c -erbB - 2、PCNA、Ki6 7、TopoⅡ蛋白表达和p5 3基因突变。结果 :5 4例乳腺癌AI平均 9 4 0± 3 78,MI平均 5 96± 2 36 ,AI与MI呈显著正相关 (r=0 4 6 ,P <0 0 1)。Bcl- 2、PCNA、Ki6 7、TopoⅡ表达与AI、MI均呈显著正相关 (P <0 0 1)。p5 3表达、c-erbB - 2表达、p5 3突变与MI呈显著正相关 (P <0 0 1)。p5 3基因突变类型与AI呈显著相关 (P <0 0 5 )。结论 :乳腺癌细胞凋亡、增殖失衡与相关基因异常表达、突变有关。 展开更多
关键词 乳腺癌 细胞凋亡 细胞增殖 相关基因 基因表达 基因突变
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兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析 被引量:11
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作者 李文雍 齐冰 +3 位作者 王玉阁 郁卫东 杜淼 陈清轩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期813-818,共6页
与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(M... 与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8~ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达. 展开更多
关键词 差异表达分析 发育相关基因 兔克隆胚胎 再程序化 单胚差异显示技术
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重症肌无力患者免疫相关基因差异表达的基因芯片研究 被引量:8
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作者 李吕力 李晓峰 +3 位作者 罗永坚 秦岭 肖继东 刘晓春 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1005-1007,共3页
目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周... 目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周血IL-6、TNF-α的水平,对MG患者病情按许贤豪绝对评分法进行评分,并比较其临床意义。结果:158条差异表达免疫相关基因中,表达上调的基因76条(Ratio值2.0倍以上),表达下调的基因82条(Ratio值0.5倍以下),差异表达的免疫相关基因主要涉及细胞因子及其受体、趋化因子及其受体、细胞黏附分子、白细胞分化抗原、免疫转录调节分子、天然免疫分子等,细胞因子中IL-6、TNF-αmRNA表达水平显著上调,与MG患者血清IL-6、TNF-α水平检测结果一致,血清IL-6、TNF-α水平与MG临床绝对评分呈正相关。结论:人类全基因芯片技术可以快速、高通量筛选出MG患者差异表达的免疫相关基因,结果证实多个免疫基因参与了MG发病过程,为进一步阐明MG发病的免疫机制及治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 重症肌无力 基因芯片 免疫相关基因 差异表达
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蛋鸡与肉鸡卵巢组织基因差异表达与产蛋数杂种优势的相关性研究 被引量:8
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作者 王慧 张沅 +1 位作者 孙东晓 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期111-115,共5页
以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数... 以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数的杂种优势率的相关性。结果:24 种引物组合共扩增出 1 572 条带,其中能够重现的有1 126条,重现率为71.63%。在6个正反杂交群中检测到7类基因差异表达模式:P1杂种超强表达(22 .29%);P2杂种特异表达(9. 84%); P3 杂种减弱表达(9. 85%); P4 杂种沉默(3. 42%); P5 单亲特异表达(22. 91%);P6单亲显性表达(25.74%);P7共显性表达(5.95%)。相关性分析表明:32 周龄产蛋数的杂种优势率与杂种特异型表达模式(P2)呈显著的负相关(P<0 05);而与杂种减弱型表达模式呈显著的正相关(P<0. 05)。这一研究结果为探索鸡的产蛋性状杂种优势的分子遗传机理奠定了基础,同时探讨了差异表达基因与杂种优势的关系。 展开更多
关键词 杂种优势 产蛋 蛋鸡 肉鸡 周龄 基因差异表达 杂交 卵巢组织 相关性研究 减弱
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大豆异黄酮合成途径相关基因差异表达分析 被引量:7
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作者 崔艳伟 李文龙 +2 位作者 常文锁 李喜焕 张彩英 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期719-725,共7页
大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶... 大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶基因C4H、香豆酸辅酶A连接酶基因4CL在高异黄酮品种中豆27 R2期叶片中的表达量显著高于低异黄酮品种楚秀;查尔酮合成酶基因CHS、异黄酮合成酶基因IFS在中豆27 R8期子粒中的表达量显著高于楚秀;细胞色素还原酶基因CPR在中豆27 R7期叶片与子粒的表达量与楚秀相比显著降低。这些差异表达的基因可能是形成大豆品种异黄酮含量高低的重要原因。 展开更多
关键词 大豆 异黄酮合成 相关基因 差异表达
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低温胁迫下鹅掌楸抗寒性相关基因的差异表达分析 被引量:8
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作者 陆畅 李斌 郑勇奇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期25-31,共7页
对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense(Hemsl.)Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明:获得的总... 对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense(Hemsl.)Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明:获得的总RNA样品质量符合实验要求。数字基因表达谱分析结果表明:每个样品的质量控制后序列的总长度均在0.5 Gbp以上,碱基错误率为0.01%,Q20值超过99%,Q30值为96.99%~97.23%,GC含量为44.97%~47.06%,并且每个样品比对成功的序列条数占质量控制后序列总数的百分率均在90%以上。差异表达基因筛选结果显示:共发现9个与鹅掌楸抗寒性有关的差异表达基因,分别为HSP、MYB、NAC、AP2、Zinc finger、WRKY、FAD、Phospholipase和β-amylase基因。实时荧光定量PCR分析结果表明这9个基因共有3种表达模式,其中,HSP和FAD基因的相对表达量均随着温度的降低而减少,表现为基因下调表达;AP2、NAC和Zinc finger基因的相对表达量随着温度的降低而增多,表现为基因上调表达;而β-amylase、WRKY、Phospholipase和MYB基因的相对表达量则表现为4℃时增加、-30℃时减少。从基因的相对表达量来看,最大相对表达量超过5的基因有NAC和WRKY,介于2~5之间的基因有AP2、Zinc finger、β-amylase和MYB,低于2的基因有Phospholipase、HSP和FAD。结果显示NAC和WRKY基因可能在鹅掌楸的抗寒过程中起主要作用。 展开更多
关键词 鹅掌楸 低温胁迫 抗寒性相关基因 数字基因表达 差异表达基因 相对表达
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正常与退变椎间盘纤维环细胞相关基因的差异表达 被引量:6
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作者 叶冬平 梁伟国 +2 位作者 戴丽冰 沈雁 陈鸿辉 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期168-172,共5页
目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)... 目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)技术检测人正常和退变纤维环细胞TGF-β、IGF-1、bFGF、IL-1、TIMP-1、COL1A1、BMP-14、PDGF、aggrecan、COL2A1、SOX 9、BMP-2、iNOS、EGF、MMP3、BMP-4和BMP-7mRNA表达水平。结果:与正常纤维环细胞相比,退变纤维环细胞TGF-β、IL-1、PDGF和IGF-1 mRNA表达量降低(P<0.01,P<0.05);bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA表达升量高(P<0.01);正常纤维环细胞aggrecan和BMP-2 mRNA高表达,退变纤维环细胞两者表达阴性;COL2A1、iNOS和MMP3在正常纤维环细胞mR-NA有表达,在退变纤维环细胞表达阴性;EGF在正常纤维环细胞mRNA表达阴性,而在退变纤维环细胞有表达。Sox-9、BMP-4和BMP-7在正常和退变纤维环细胞mRNA表达均为阴性。结论:椎间盘纤维环退变与TGF-β、IL-1、PDGF、IGF-1、aggrecan和BMP-2 mRNA低表达,bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA高表达相关;BMP-2、TGF-β、PDGF和IGF-1可作为退变纤维环细胞体外刺激因子,用于逆转椎间盘退变的研究;bFGF、TIMP-1和BMP-14可能是椎间盘纤维环细胞退变的标志物。 展开更多
关键词 正常纤维环细胞 退变纤维环细胞 差异表达 椎间盘退变相关基因
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基于表达谱芯片挖掘抗猪瘟病毒相关基因及其在不同猪瘟抗体水平下的表达差异 被引量:2
12
作者 王晓铄 俞英 +4 位作者 刘会杰 肖丽 翟立维 敖红 王楚端 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期14-22,共9页
本研究旨在筛选抗猪瘟病毒相关基因,并分析不同猪瘟抗体水平下这些相关基因在大白和长白猪中的表达差异。首先,基于表达谱芯片技术,采用Agilent猪4×44K全基因组表达谱芯片,分析4组试验材料(病毒模拟物PolyI:C转染的猪PK15细胞、甲... 本研究旨在筛选抗猪瘟病毒相关基因,并分析不同猪瘟抗体水平下这些相关基因在大白和长白猪中的表达差异。首先,基于表达谱芯片技术,采用Agilent猪4×44K全基因组表达谱芯片,分析4组试验材料(病毒模拟物PolyI:C转染的猪PK15细胞、甲基化酶抑制剂Aza-CdR转染的PK15细胞、PolyI:C及Aza-CdR共同转染的PK15细胞、无处理的mock细胞),获得试验组间显著性差异表达基因。进而对差异表达基因进行聚类分析和Gene Ontology(GO)分析。结果表明,存在显著差异表达的抗粘液病基因(MX1)和双链RNA依赖的蛋白激酶R基因(PKR)主要参与抗病毒相关的生物学过程。分析2个基因在不同猪瘟抗体水平下大白猪与长白猪外周血中的表达情况发现,2个基因在猪瘟高抗组中的表达量均显著高于未免疫组(P<0.05)。此外,MX1在猪瘟高抗组中的表达存在品种间差异,大白猪中的表达量极显著高于长白猪(P<0.01)。鉴于MX1和PKR基因都是干扰素通路中的重要基因,本研究结果提示,MX1和PKR基因可作为针对抗猪瘟病毒感染的重要候选基因。 展开更多
关键词 表达 差异表达基因 抗猪瘟病毒相关基因 PolyI:C Aza-CdR
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张、压应力刺激下人牙周膜成纤维细胞早期增殖活性和差异表达基因的变化 被引量:3
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作者 范晓枫 王羽 +1 位作者 李宇 赵志河 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期463-467,473,共6页
目的对比在张应力和压应力两种不同性质力的刺激下人牙周膜成纤维细胞(HPDLF)增殖活性的变化,并对差异表达基因进行筛选,探讨不同应力作用后HPDLF增殖变化的分子机理。方法使用四点弯曲加力装置对细胞进行0.5 Hz、4 000μstrain的应力加... 目的对比在张应力和压应力两种不同性质力的刺激下人牙周膜成纤维细胞(HPDLF)增殖活性的变化,并对差异表达基因进行筛选,探讨不同应力作用后HPDLF增殖变化的分子机理。方法使用四点弯曲加力装置对细胞进行0.5 Hz、4 000μstrain的应力加载,加载时间2 h,采用流式细胞术测定张、压应力刺激对HPDLF增殖活性的影响,应用基因芯片技术检测两种应力刺激下细胞的差异表达基因。结果在两种应力刺激作用下,S期细胞百分比和细胞增殖指数均降低;差异表达的基因最主要位于细胞核,集中在转录因子活性相关基因群,参与最多的生物过程为转录因子调控,其中压应力引起的差异表达基因和生物过程的数量较张应力更多。结论1)周期性张、压应力作用下,HPDLF增殖变缓、细胞周期阻滞。2)细胞增殖变缓和细胞周期阻滞可看成是细胞对外界刺激的适应和自我保护,有利于HPDLF有更多的时间决定如何应答外界应力刺激,其应答的结果首先是转录水平上基因表达的改变,最主要的生物学反应是核转录调控。3)HPDLF对周期性压应力更敏感。 展开更多
关键词 人牙周膜成纤维细胞 张应力 压应力 增殖 基因芯片 差异表达基因
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世居藏族与移居汉族胎盘组织线粒体相关基因表达差异 被引量:2
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作者 高文祥 罗勇军 +1 位作者 刘福玉 高钰琪 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2065-2065,共1页
关键词 组织线粒体 胎盘组织 基因表达差异 低氧习服 基因表达 线粒体结构 高原低氧 细胞黏附分子 功能相关 细胞增殖
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基于生物信息学分析腹膜透析腹膜细胞的免疫相关基因差异表达 被引量:1
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作者 吴泽归 黄国海 曲廖准 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1379-1382,共4页
目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPorta... 目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPortal数据库下载IRGs列表,并筛选出差异表达的IRGs。应用DAVID、STRING生物信息学分析平台,及Cytoscape软件对筛选所得的差异表达IRGs进行生物学注释(GO)、信号通路富集分析(KEGG)及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与20例短期腹膜透析患者相比,在13例长期腹膜透析患者中筛选出差异表达IRGs 36个(|log2FC|>1.0,校正后P<0.05),其中35个上调基因,1个下调基因。GO分析结果显示差异表达IRG的生物学过程主要富集在免疫应答,细胞学组分主要定位于质膜,子功能主要富集在跨膜信号受体活性,KEGG信号通路主要富集在细胞因子-细胞因子受体的相互作用。在PPI网络中应用MCODE及cytohHubba模块筛选出的关键基因为CCR7、CD40LG、IL7R。结论:随着腹膜透析时间的延长,腹膜细胞的免疫应答活跃,相关基因CCR7、CD40LG、IL7R可能是腹损伤、纤维化形成的重要的免疫学标志物。 展开更多
关键词 腹膜透析 免疫相关基因 差异表达
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犬弓首蛔虫性别相关基因Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在不同生殖器官中的差异表达分析 被引量:1
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作者 马光旭 朱宏宏 +3 位作者 胡铃 李蔚林 林洁 周荣琼 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期461-466,共6页
为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk... 为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在T.canis雌虫卵巢、输卵管、子宫和雄虫精巢、贮精囊、输精管的转录情况。结果显示,Tc-vit在雌虫卵巢、输卵管和子宫中均有转录,在雄虫精巢和贮精囊中也有转录,但在输精管中无转录;Tc-iom在雌虫卵巢、输卵管和子宫中高水平转录,在雄虫精巢和贮精囊中转录量较低,输精管中无转录;Tc-tpk在雄虫精巢和贮精囊中的转录明显高于其他生殖组织;Tc-stp在雄虫精巢和输精管中转录量较高,在雌虫卵巢、输卵管和子宫中转录量较低。本试验为T.canis性别相关基因的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 性别相关基因 实时荧光定量PCR 差异表达分析
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基于生物信息学鉴定ANCA相关性血管炎与新型冠状病毒感染的关键表达基因及潜在治疗靶点
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作者 钭张琪 杨华 +2 位作者 张彬娥 张旭珍 金烈 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期9-12,共4页
目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据... 目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据库Gene Card、NCBI、KEGG和OMIM中下载COVID-19相关基因;将这两种疾病的基因簇取交集,以获取AAV和COVID-19的重叠基因(co-DEGs)。对co-DEGs进行GO和KEGG功能富集分析。利用STRING在线数据库对co-DEGs进行蛋白互作分析,Cytoscape软件用于构建并可视化互作网络,其插件MCODE和Cyto Hubba分别用于关键基因的筛选。最后,对关键基因进行诊断价值分析。结果:在AAV的基因表达谱中,共鉴定385个DEGs,包括161个上调基因和224个下调基因;四个基因数据库中共有4434个与COVID-19相关的基因;两者取交集共鉴定得到45个与AAV和COVID-19相关的关键表达基因。功能富集分析结果显示,co-DEGs与白细胞游走、补体和凝血级联反应、病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用等通路密切相关。最后,基于多种算法得到潜在候选基因CCR1、CCR2、MMP9、CASP1以及CD163,并发现这些基因都具有较高地诊断价值。结论:本研究表明CCR1、CCR2、MMP9、CASP1、CD163可能是诊断AAV和COVID-19的关键基因。 展开更多
关键词 抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎 新型冠状病毒肺炎 GEO数据库 生物信息学分析 差异表达基因 关键基因
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胆囊癌组织中增殖细胞核抗原和癌基因蛋白的表达及相关性研究
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作者 葛霞 谢群 +1 位作者 赵连军 姚敏 《临床肝胆病杂志》 CAS 北大核心 2003年第4期250-251,共2页
为探索胆囊癌中PCNA和c -erbB - 2表达及其分化、浸润及转移的关系和临床意义。应用HE和免疫组化 (S -P)方法对 98例胆囊癌进行组织学分型、分级、浸润和转移的观察 ,对其中 85例进行PCNA和c -erbB - 2免疫标记。女性 5 7例 ,男性 4 1... 为探索胆囊癌中PCNA和c -erbB - 2表达及其分化、浸润及转移的关系和临床意义。应用HE和免疫组化 (S -P)方法对 98例胆囊癌进行组织学分型、分级、浸润和转移的观察 ,对其中 85例进行PCNA和c -erbB - 2免疫标记。女性 5 7例 ,男性 4 1例。组织学以腺癌为主 6 3例 (占 6 4 3% ) ,免疫组化标记 85例 ,高分化 38例 ,中分化2 7例 ,低分化 2 0例。PCNA阳性表达率为 88 2 % ,其中高表达率在三种分化中分别为 2 9 9%、5 1 9%和 5 5 % ,各组织学分级之间的差异有显著性 (P <0 0 5 ) ;c-erbB - 2阳性率为 36 5 % ,与组织学分级有关 (P <0 0 5 ) ;PCNA高表达的胆囊癌 ,其c-erbB - 2阳性率显著高于低表达者 (P <0 0 5 ) ,PCNA的表达与胆囊癌的组织学分级和转移有关 ;c-erbB - 2的阳性表达与胆囊癌增殖活性、组织学分级和浸润深度有关 ,提示c -erbB - 展开更多
关键词 胆囊癌组织 增殖细胞核抗原 基因蛋白 表达 相关性研究
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c-myc基因表达与白血病细胞分化诱导及增殖受抑的相关性
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作者 袁跃传 沈素芸 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 1996年第1期48-50,共3页
采用0.5%~1.0%低血清培养法较好地模拟了小剂量rhTNF-α(50U/ml)对人早幼粒白血病细胞株HL-60的增殖抑制效应,但未发现促分化作用,对细胞株c-myc基因的表达亦无明显影响;而TNF(50μ/ml)具有诱导HL-60细胞分化和抑制细胞增殖的作用,... 采用0.5%~1.0%低血清培养法较好地模拟了小剂量rhTNF-α(50U/ml)对人早幼粒白血病细胞株HL-60的增殖抑制效应,但未发现促分化作用,对细胞株c-myc基因的表达亦无明显影响;而TNF(50μ/ml)具有诱导HL-60细胞分化和抑制细胞增殖的作用,且显著抑制其c-myc癌基因的表达水平。结果表明c-myc基因表达减低主要与TNF诱导HL-60白血病细胞分化相关,并非细胞增殖受抑的结果,对癌基因表达水平的调控可能是小剂量TNF发挥分化诱导作用的重要机制。 展开更多
关键词 C-MYC基因 表达 白血病 细胞分化 诱导 增殖受抑 相关
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基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因 被引量:8
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作者 吴良涛 郑敏 +4 位作者 华敏 万润 程振涛 周碧君 文明 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期297-306,共10页
为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50d鸭后,于接种后66、90和114h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并... 为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因,本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50d鸭后,于接种后66、90和114h采集鸭脾组织样本,提取总RNA,通过高通量RNA-seq技术测序,应用GO和KEGG数据库进行比对注释,并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,结果显示:DEV接种66h时鸭脾的差异表达基因有511个,参与免疫相关生物学过程的为70个,其中上调基因46个,下调基因24个;90h时差异表达基因有485个,参与免疫相关生物学过程的为64个,其中上调基因49个,下调基因15个;114h时差异表达基因有531个,参与免疫相关生物学过程的为66个,其中上调基因35个,下调基因31个。GO数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程;KEGG数据库分析显示,差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、ECM受体互作、PPAR等信号通路;荧光定量PCR对7个差异表达基因进行检测显示,差异表达基因相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致。这些结果为进一步阐明DEV感染机制和机体免疫应答机制奠定了基础。 展开更多
关键词 RAN-Seq 鸭肠炎病毒 差异表达 免疫相关基因
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