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融合基序信息的图同构注意力网络的图分类问题研究
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作者 衡红军 曹莹莹 《小型微型计算机系统》 北大核心 2025年第3期552-558,共7页
基于频繁子图挖掘算法的图分类方法无法避免子图同构计算,算法的效率低且忽略了节点特征信息,而基于图神经网络的方法则关注节点特征信息.本文提出一种融合基序信息的图同构注意力网络的图分类方法.该方法首先利用图的拓扑结构和节点类... 基于频繁子图挖掘算法的图分类方法无法避免子图同构计算,算法的效率低且忽略了节点特征信息,而基于图神经网络的方法则关注节点特征信息.本文提出一种融合基序信息的图同构注意力网络的图分类方法.该方法首先利用图的拓扑结构和节点类别信息,提取数据集中的子图结构构成基序集合,再基于基序集合生成基序级图嵌入表示,避免了频繁子图挖掘;然后在图同构网络的池化操作中引入全局注意力机制,学习高质量的节点级图嵌入表示;最后将基序级和节点级图嵌入表示拼接起来用于图分类.该图嵌入表示不仅包含了图中节点的特征信息,也反映了图的结构特征信息.实验结果表明,所构建的网络模型在五个公开数据集上取得了优异的分类精度. 展开更多
关键词 图分类 图神经网络 基序 全局注意力机制
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三方基序蛋白13的生物学特征和功能及与疾病发生的关系
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作者 姜淼 蒋丽娜 +3 位作者 董玥宏 姚咏明 赵自刚 牛春雨 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第3期554-568,共15页
三方基序蛋白(tripartite motif-containing,TRIM)13具备一个独特的跨膜结构域,锚定在内质网,通过调节泛素化途径影响诸多关键信号通路,对于调节内质网功能以及免疫反应、代谢紊乱、炎症疾病和肿瘤抑制具有重要作用。本文综述TRIM13蛋... 三方基序蛋白(tripartite motif-containing,TRIM)13具备一个独特的跨膜结构域,锚定在内质网,通过调节泛素化途径影响诸多关键信号通路,对于调节内质网功能以及免疫反应、代谢紊乱、炎症疾病和肿瘤抑制具有重要作用。本文综述TRIM13蛋白的结构和功能,特别是在内质网自噬、炎症反应和肿瘤抑制中的作用及其在多种疾病中的潜在意义,期望深化对TRIM13蛋白及其在相关疾病发生过程中调控机制的认识,为疾病诊断和治疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 三方基序蛋白13 泛素化 内质网自噬 免疫调控
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胃癌患者颗粒酶B与C-X-C基序趋化因子配体9表达特征及对肿瘤免疫微环境的调控和预后意义
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作者 史芳瑜 郝鹏飞 +1 位作者 张丽柯 徐全晓 《实用医学杂志》 北大核心 2025年第23期3744-3752,共9页
目的探讨颗粒酶B(GZMB)和C-X-C基序趋化因子配体9(CXCL9)在胃癌组织中的表达特征、与肿瘤免疫微环境(TME)的关联及其临床预后意义。方法利用TIMER、GEPIA、UALCAN等公共数据库进行生物信息学分析,验证GZMB与CXCL9在泛癌及胃癌中的表达情... 目的探讨颗粒酶B(GZMB)和C-X-C基序趋化因子配体9(CXCL9)在胃癌组织中的表达特征、与肿瘤免疫微环境(TME)的关联及其临床预后意义。方法利用TIMER、GEPIA、UALCAN等公共数据库进行生物信息学分析,验证GZMB与CXCL9在泛癌及胃癌中的表达情况;收集2018—2019年南阳市第一人民医院89例行根治术的胃癌患者的癌及癌旁组织标本,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测GZMB与CXCL9的mRNA表达水平,分析其表达与患者临床病理特征的关系,通过TIMER和GSCA数据库分析其与免疫细胞浸润的相关性;采用受试者工作特征曲线(ROC)评估其诊断价值,通过Kaplan-Meier Plotter数据库以及后续的随访进行生存分析。结果数据库分析及qRT-PCR结果均显示,GZMB与CXCL9在胃癌组织中的表达显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。临床关联分析表明,GZMB、CXCL9mRNA表达的高低与性别、年龄、病理分型、肿瘤分化程度、TNM分期、肿瘤最大径以及淋巴结转移均无关(P>0.05)。免疫浸润分析显示,两者均与CD8+T细胞、树突状细胞浸润呈显著正相关(P<0.05),与B细胞呈负相关(P<0.05)。ROC曲线分析显示,GZMB与CXCL9联合检测诊断胃癌的曲线下面积(AUC)为(0.890,95%CI=0.843~0.936),明显高于GZMB与CXCL9单项检测的AUC(0.832,95%CI=0.772~0.891;0.782,95%CI=0.715~0.850)。生存分析显示,GZMB与CXCL9高表达组患者的总生存期显著优于低表达组(P<0.05)。结论GZMB与CXCL9在胃癌中高表达与抗肿瘤免疫细胞浸润密切相关,是潜在的胃癌诊断生物标志物,且两者高表达提示患者预后更好。 展开更多
关键词 胃癌 颗粒酶B C-X-C基序趋化因子配体9 肿瘤微环境 预后
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猪白细胞介素4,6融合基因和CpG基序对猪蓝耳病疫苗免疫的强化效应 被引量:6
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作者 陈建林 杨肖 +8 位作者 章欢 李栋 程驰 赵钟钟 陈茜 章华兵 黄杰 陈文龙 高荣 《四川动物》 CSCD 北大核心 2008年第6期1012-1016,1026,共6页
为探索新型高效安全的猪蓝耳病疫苗免疫佐剂,本实验用离子交联法制备壳聚糖纳米颗粒包裹猪融合基因PIL-46和CpG基序的真核表达质粒(CNP-(VRIL-46+VR1C)),将CNP-(VRIL-46+VR1C)肌注接种过猪蓝耳病灭活苗的长白川白杂交猪,接种后1、2、4、... 为探索新型高效安全的猪蓝耳病疫苗免疫佐剂,本实验用离子交联法制备壳聚糖纳米颗粒包裹猪融合基因PIL-46和CpG基序的真核表达质粒(CNP-(VRIL-46+VR1C)),将CNP-(VRIL-46+VR1C)肌注接种过猪蓝耳病灭活苗的长白川白杂交猪,接种后1、2、4、6和8周采取实验猪静脉血,用Sandwich ELISA检测血清中白细胞介素2(IL-2)、IL-4、IL-6和IgG、IgA、IgM及特异抗体的含量,同时检测外周血液免疫细胞数量的变化。结果发现实验猪接种CNP-(VRIL-46+VR1C)后1~8周内,其血清中IL-2、IL-4、IL-6和IgG、IgA、IgM及特异抗体的含量较对照组均显著增多(P<0.05),淋巴细胞和单核细胞数量也明显升高(P<0.05)。这些表明接种CNP-(VRIL-46+VR1C)的实验猪的特异体液和细胞免疫水平均显著多于对照组,提示PIL-46基因和CpG基序组合能显著增强猪的特异体液和细胞免疫机能,明显提高其免疫防御力,具有研制为高效安全的分子免疫增强剂的应用前景。 展开更多
关键词 猪白细胞介素4 6融合基因 CPG基序 蓝耳病 免疫
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CpG基序对新城疫病毒DNA免疫效果的影响 被引量:3
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作者 石星明 王玫 +6 位作者 张晶 杨桂花 孙鹏 高宏博 董鹏 崔红玉 王云峰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期554-558,共5页
为评价CpG基序对新城疫病毒(NDV)DNA免疫效果的影响,本研究将NDVF48E9株的F基因分别克隆至真核表达载体pVAX1和含有3个CpG基序的载体pVAX1-CpG中,分别命名为pV-F和pVC-F,体外表达检测结果显示,pV-F和pVC-F外源基因表达量无明显差别。将p... 为评价CpG基序对新城疫病毒(NDV)DNA免疫效果的影响,本研究将NDVF48E9株的F基因分别克隆至真核表达载体pVAX1和含有3个CpG基序的载体pVAX1-CpG中,分别命名为pV-F和pVC-F,体外表达检测结果显示,pV-F和pVC-F外源基因表达量无明显差别。将pVAX1、pVAX1-CpG、pV-F和pVC-F经腿部肌肉多点注射3周龄SPF鸡(200μg/只),2周后以相同的剂量加强免疫,二免后2周通过滴鼻以103EID50NDV的F48E9强毒株进行攻毒。抗体检测结果表明,免疫组的抗体水平与对照组相比差异显著(p<0.01),pVC-F免疫组的抗体水平高于pV-F免疫组;淋巴细胞检测结果表明,pV-F和pVC-F免疫组与对照组显著差异(p<0.01);攻毒保护率结果显示,pVC-F和pV-F组的保护率分别为60%和50%,对照组为0。以上结果表明,CpG基序对机体细胞免疫反应有一定的增强作用。 展开更多
关键词 NDV F基因 DNA疫苗 CpG-ODN基序
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一种基于彩色编码技术的基序发现算法 被引量:6
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作者 王建新 黄元南 陈建二 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第6期1298-1307,共10页
从DNA序列中发现基序是生物计算中的一个重要问题,序列条数K=20包含基序用例的序列条数k=16的(l,d)-(K-k)问题(记作(l,d)-(20-16)问题)是目前生物学家十分关注的基序发现问题.针对该问题提出了一种基于彩色编码技术的SDA(sample-driven ... 从DNA序列中发现基序是生物计算中的一个重要问题,序列条数K=20包含基序用例的序列条数k=16的(l,d)-(K-k)问题(记作(l,d)-(20-16)问题)是目前生物学家十分关注的基序发现问题.针对该问题提出了一种基于彩色编码技术的SDA(sample-driven algorithm)搜索算法——彩色编码基序搜索算法(color codingmotif finding algorithm,简称CCMF算法).它利用彩色编码技术将该问题转化为(l,d)-(16-16)问题,再采用分治算法和分支定界法来求解.在解决将(l,d)-(20-16)问题转化为(l,d)-(16-16)问题时,CCMF算法利用彩色编码技术将4845个组合降低到403个着色,这将极大地提高算法的整体运行效率.使用模拟数据和生物数据进行测试的结果表明,CCMF算法能够快速发现所有(l,d)-(20-16)问题的基序模型和基序用例,具有优于其他算法的综合性能评价,能够用于真实的基序发现问题.同时,通过修改着色方案,CCMF算法可以用于求解一般的(l,d)-(K-k)问题,其中,k<K. 展开更多
关键词 彩色编码技术 基序发现 着色 (l d)-(K-k)问题 算法优化
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猪IFN-γ和CpG基序双因子重组质粒增强亚洲Ⅰ型口蹄疫灭活病毒抗原免疫水平的研究 被引量:3
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作者 赵娜 陈国华 +3 位作者 房永祥 李玩生 贾怀杰 景志忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1281-1289,共9页
分析CpG基序与猪IFN-γ基因组合的重组表达质粒对口蹄疫灭活抗原的免疫佐剂效应。以亚洲Ⅰ型口蹄疫灭活病毒为抗原,与含有猪IFN-γ基因和CpG基序的重组质粒配伍,采用肌肉注射法免疫小鼠,加强免疫后检测口蹄疫特异性抗体和中和性抗体水平... 分析CpG基序与猪IFN-γ基因组合的重组表达质粒对口蹄疫灭活抗原的免疫佐剂效应。以亚洲Ⅰ型口蹄疫灭活病毒为抗原,与含有猪IFN-γ基因和CpG基序的重组质粒配伍,采用肌肉注射法免疫小鼠,加强免疫后检测口蹄疫特异性抗体和中和性抗体水平、T淋巴细胞增殖反应、体内细胞毒性T细胞杀伤反应以及细胞因子IL-4、IL-6和IFN-γ的分泌水平。发现猪IFN-γ和CpG基序双因子重组质粒相对单一的因子能诱导更强的体液免疫和细胞免疫反应水平,尤其在中和性抗体和抗原特异性CTL反应方面更为明显。猪IFN-γ和CpG基序在诱导小鼠抵抗亚洲Ⅰ型口蹄疫灭活病毒免疫方面具有良好的佐剂效应,其重组质粒可望成为一种有前途的新型免疫佐剂。 展开更多
关键词 Γ干扰素 CPG基序 口蹄疫病毒灭活抗原 免疫佐剂
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拟南芥保卫细胞中特异性表达基因启动子片段基序分析 被引量:3
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作者 邓荟芬 刘春林 +2 位作者 李进 范亚丽 阮颖 《生物技术通报》 CAS CSCD 2007年第3期145-148,151,共5页
将16个在拟南芥保卫细胞中进行特异性表达和8个非特异表达基因的转录起始密码子ATG上游-500bp的启动子序列在PLACE上进行分析,认为AAAAG基序和TAAAG基序控制某些基因在保卫细胞中进行特异性表达,但分析结果显示有的保卫细胞特异表达启... 将16个在拟南芥保卫细胞中进行特异性表达和8个非特异表达基因的转录起始密码子ATG上游-500bp的启动子序列在PLACE上进行分析,认为AAAAG基序和TAAAG基序控制某些基因在保卫细胞中进行特异性表达,但分析结果显示有的保卫细胞特异表达启动子的序列中却不含有这两个基序,说明还要其它类型的未知基序控制着保卫细胞中的特异表达,这一理论分析为进一步的实验研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 保卫细胞 启动子 特异 基序
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CpG基序的寡脱氧核苷酸对人轮状病毒乳鼠腹泻模型的保护作用 被引量:3
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作者 徐志伟 李孟荣 +2 位作者 陈益平 石海矾 狄军波 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2008年第9期1010-1016,共7页
目的:探讨含CpG基序的寡脱氧核苷酸(CpG oligodeoxynucleotide,CpG ODN)干预对人轮状病毒(human rotavirus,HRV)感染乳鼠的保护作用机制。方法:64只ICR乳鼠随母鼠按窝随机均分为4组:正常对照组、HRV感染组、CpG ODN预处理组、CpG ODN治... 目的:探讨含CpG基序的寡脱氧核苷酸(CpG oligodeoxynucleotide,CpG ODN)干预对人轮状病毒(human rotavirus,HRV)感染乳鼠的保护作用机制。方法:64只ICR乳鼠随母鼠按窝随机均分为4组:正常对照组、HRV感染组、CpG ODN预处理组、CpG ODN治疗组。观察各组乳鼠的治疗反应和排毒情况;免疫组化法检测小肠组织Toll样受体9(Toll-like receptor 9,TLR9)、IFN-γ的表达。结果:HRV感染组乳鼠的腹泻天数、排毒时间及重型腹泻发病率均高于CpG ODN预处理组和CpGODN治疗组(P<0.05);CpG ODN预处理组、CpG ODN治疗组TLR9、IFN-γ表达水平明显高于正常对照组和HRV感染组(P<0.01),并且两者存在正相关(P<0.05)。结论:CpG ODN预处理和治疗都能提高HRV感染乳鼠小肠组织TLR9、IFN-γ的表达,对HRV感染乳鼠有保护作用。 展开更多
关键词 CpG基序的寡脱氧核苷酸 轮状病毒 TOLL样受体9 IFN-Γ
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引入CpG基序的嗜肺军团菌lvgA基因真核表达质粒的构建及其在NIH3T3细胞中的表达 被引量:2
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作者 景彩霞 杨加周 +4 位作者 刘明杰 徐佳楠 关望 许颖 陈建平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期468-471,481,共5页
目的构建了引入CpG基序的lvgA基因的真核表达质粒pclvgA/CpG,并在NIH3T3细胞中表达。方法采用PCR方法将特定CpG基序作为核酸佐剂构建于嗜肺军团菌lvgA基因侧翼,定向克隆入真核表达载体pcDNA3.1/myc-his(+),构建重组质粒pclvgA/CpG,体外... 目的构建了引入CpG基序的lvgA基因的真核表达质粒pclvgA/CpG,并在NIH3T3细胞中表达。方法采用PCR方法将特定CpG基序作为核酸佐剂构建于嗜肺军团菌lvgA基因侧翼,定向克隆入真核表达载体pcDNA3.1/myc-his(+),构建重组质粒pclvgA/CpG,体外阳离子脂质体转染法转染NIH3T3细胞。结果通过测序证实真核表达质粒pclvgA/CpG中lvgA/CpG克隆片段长为657bp,推测lvgA基因编码蛋白大小约为27.7Ku,lvgA基因及两侧翼原设计CpG基序完整扩出,测序序列与设计序列完全符合。用免疫荧光检测重组质粒在NIH3T3细胞中瞬时表达。结论本实验成功构建了嗜肺军团菌pclvgA/CpG真核表达质粒,并在NIH3T3细胞检测到其瞬时表达信号。 展开更多
关键词 嗜肺军团菌 CPG基序 lvgA 表达 NIH3T3细胞
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RNA结合基序蛋白3的生物学功能 被引量:2
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作者 李云龙 李昌盛 +5 位作者 李静辉 孟宇 张雪 贺军 杨焕民 李士泽 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期429-433,共5页
RNA结合基序蛋白3(RNA binding motif protein 3,RBM3)是在哺乳动物细胞中发现的重要冷应激蛋白,伴随冷应激过程其表达量上调。研究发现RBM3与冷诱导RNA结合蛋白(cold inducible RNA binding protein,CIRP)在核酸结构和氨基酸结构上高... RNA结合基序蛋白3(RNA binding motif protein 3,RBM3)是在哺乳动物细胞中发现的重要冷应激蛋白,伴随冷应激过程其表达量上调。研究发现RBM3与冷诱导RNA结合蛋白(cold inducible RNA binding protein,CIRP)在核酸结构和氨基酸结构上高度保守,具有较高的同源性,且发挥作用的方式也有很多相似之处。RBM3不仅具有介导冷诱导下细胞抗凋亡的保护作用,还能参与人和动物的缺氧应激、缺血应激、紫外照射应激、细胞增殖、骨骼肌调节、生殖发育,疾病的治疗等多种生理过程,而且它还能够作为原癌基因以及参与小RNA(microRNA,简称miRNA)生物学过程的调控作用。因此,深入开展RBM3功能性研究和应用性研究具有重要的基础研究价值和临床研究意义。 展开更多
关键词 RNA结合基序蛋白3 生物学功能 应激
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CpG基序对幽门螺杆菌疫苗的免疫佐剂效应实验研究 被引量:1
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作者 郭桐生 冯强 +2 位作者 郭刚 解庆华 邹全明 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期238-241,共4页
目的 探讨CpG在幽门螺杆菌疫苗研究中的佐剂效应。方法 将 60只BALB c小鼠分为 4组 ,分别以H .pylori尿素酶B亚单位 (rUreB) +CPG、rUreB +CT、单独UreB以及PBS进行口服免疫 ,ELISA检测胃、肠、气管冲洗液sIgA以及血清IgG亚类 (IgG1,I... 目的 探讨CpG在幽门螺杆菌疫苗研究中的佐剂效应。方法 将 60只BALB c小鼠分为 4组 ,分别以H .pylori尿素酶B亚单位 (rUreB) +CPG、rUreB +CT、单独UreB以及PBS进行口服免疫 ,ELISA检测胃、肠、气管冲洗液sIgA以及血清IgG亚类 (IgG1,IgG2a) ,RT PCR差异显示T淋巴细胞IFN γ、IL 4mRNA。结果 ①CpG +rUreB组在胃、肠、气管和血清产特异性抗体水平显著高于PBS组和单独rUreB组 (P <0 0 1) ,与CT +UreBs组差异不显著 (P >0 0 5 ) ;②抗原刺激后CpG +rUreB组T淋巴细胞表达的IFN γ、IL 4mRNA显著高于PBS组和rUreB组。结论 ①CpG可能是H .pylori疫苗研究中有效的粘膜佐剂 ;②CpG +rUreB组诱导的可能是Th1 Th2型免疫应答。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 CPG基序 佐剂 尿素酶B亚单位
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基于基序及其时序关系的多变量数据流分类研究 被引量:1
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作者 张杰 赵峰 孙曰瑶 《情报杂志》 CSSCI 北大核心 2012年第9期163-168,共6页
多变量数据流精确分类问题是当前数据挖掘与信息领域的热点和难点,引起国内外越来越多研究群体的关注,但以往的研究大多依赖于从单个流中提取特征并进行分类,没有考虑数据流内以及数据流间特征的相互依赖关系。基于此,借鉴生物信息学中... 多变量数据流精确分类问题是当前数据挖掘与信息领域的热点和难点,引起国内外越来越多研究群体的关注,但以往的研究大多依赖于从单个流中提取特征并进行分类,没有考虑数据流内以及数据流间特征的相互依赖关系。基于此,借鉴生物信息学中基序查找的方法,提出了长期频率和逆文档频率的分类方法,该方法主要是将每个输入流都转化为符号序列来描述信号变化特征,并将符号分为长度不同的块,以便更有效地提取基序;通过计算基序的频率、长期频率与逆文档频率的权重,用以衡量不同输入多变量数据流的基序之间的时序关系,并利用了基序与时序关系实现了对多变量数据流的分类,从而确保了多变量数据流分类的准确性,仿真实验的结果也证明该方法的有效性。 展开更多
关键词 基序 时序 多变量数据流 长期频率 逆文档频率
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CD3ζ链引入YRHQ基序可增强靶向HER2的CAR-T细胞的抗肿瘤活性 被引量:1
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作者 王田 张征峥 +4 位作者 王晓峰 张紫梦 张雨晴 马翠卿 宋淑霞 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期181-188,共8页
目的:探讨在靶向HER2的CAR的CD3ζ链胞内区引入YRHQ基序对CAR-T细胞的特异性杀伤活性及免疫记忆形成的影响。方法:通过DNA合成获得包含靶向HER2的编码抗原受体H28ζ或H28ζ(YRHQ)的DNA片段,通过慢病毒载体将不同CAR的DNA片段分别转导健... 目的:探讨在靶向HER2的CAR的CD3ζ链胞内区引入YRHQ基序对CAR-T细胞的特异性杀伤活性及免疫记忆形成的影响。方法:通过DNA合成获得包含靶向HER2的编码抗原受体H28ζ或H28ζ(YRHQ)的DNA片段,通过慢病毒载体将不同CAR的DNA片段分别转导健康人外周血T细胞,制备靶向HER2的H28ζ-CAR-T及H28ζ(YRHQ)-CAR-T细胞。扩增过程中对不同CAR-T细胞进行计数,FCM检测CAR的表达率。将CAR-T细胞分别与HER2阳性的SKOV3、MDA-MB-453或HER2阴性的MCF-7细胞共培养,LDH释放法检测其杀伤活性,ELISA法检测IL-2、IFN-γ和颗粒酶B的水平,WB法检测STAT3磷酸化水平及免疫检查点分子TIM-3和PD-1的表达,通过FCM检测CCR7、CD45RO的表达,分析CAR-T细胞的表型。结果:H28ζ-CAR-T和H28ζ(YRHQ)-CAR-T细胞扩增能力较好,体外培养7 d时扩增4~5倍。H28ζ-CAR和H28ζ(YRHQ)-CAR表达率分别为(33.3±2.85)%和(28.30±3.2)%。H28ξ(YRHQ)-CAR-T细胞的杀伤活性较H28ζ-CAR-T细胞更高(P<0.05)。经HER2抗原刺激后,与T细胞或H28z-CAR-T细胞比较,H28ξ(YRHQ)-CAR-T细胞的STAT3磷酸化水平较H28ξ-CAR-T细胞明显升高(P<0.01);而两者间PD-1和TIM-3的表达无明显差异。未经抗原刺激的CAR-T细胞CCR7和CD45RO表达与正常T细胞比较差异无统计学意义(均P>0.05),与SKOV3细胞共培养后,与T细胞或H28z-CAR-T细胞比较,H28ξ(YRHQ)-CAR-T细胞中T_(EM)细胞比例明显增加、T_(CM)细胞比例明显减少(均P<0.05)。结论:在CD3胞内区引入YRHQ基序可在一定程度上提高CAR-T细胞的杀伤潜力。 展开更多
关键词 人表皮生长因子受体2 CAR-T细胞 YRHQ基序 STAT3 记忆性T细胞
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基于基序及其时序关系的耦合流数据分类算法 被引量:2
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作者 张杰 赵峰 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2013年第2期190-197,共8页
耦合流数据分类问题是当前数据挖掘与信息领域的热点和难点,引起国内外越来越多学者的关注,但现有研究成果大多依赖于从单个流数据中提取特征并进行分类,没有考虑到流数据内以及流数据间特征的相互依赖关系。基于此,借鉴生物信息学... 耦合流数据分类问题是当前数据挖掘与信息领域的热点和难点,引起国内外越来越多学者的关注,但现有研究成果大多依赖于从单个流数据中提取特征并进行分类,没有考虑到流数据内以及流数据间特征的相互依赖关系。基于此,借鉴生物信息学中基序查找的方法,本文提出了长期频率和逆文档频率的分类方法,该方法主要是将耦合流数据中每个输入流都转化为信号变化特征,以便有效地提取基序,通过计算基序的频率、长期频率与逆文档频率的权重,用以衡量不同输入耦合流数据的基序之间的时序关系,并利用基序与时序的关系实现对耦合流数据的分类,仿真实验的结果也证明了该方法的有效性。 展开更多
关键词 基序 时序 耦合流数据 长期频率和逆文档频率
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基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法 被引量:1
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作者 王建新 杨德 陈建二 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2007年第11期1963-1967,共5页
基序查找是生物信息学中的一个重要问题,由于生物序列中大多数信号的复杂性,一直没有很好的模型或可靠的算法来求解这一问题.本文提出了一种基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法UPNT(Uniform Projection with Neighbourhood... 基序查找是生物信息学中的一个重要问题,由于生物序列中大多数信号的复杂性,一直没有很好的模型或可靠的算法来求解这一问题.本文提出了一种基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法UPNT(Uniform Projection with Neighbourhood Thresholding).在UPNT算法中,利用统一投影策略有效减少了投影数目,并使用邻居桶聚集提炼的策略大大减少了提炼桶的数目.本文进一步使用背景分布均衡与非均衡的合成(l,d)序列两套数据集对算法性能进行测试和分析,实验结果表明:UPNT在成功率和运行时间上的综合性能优于Random Projection、Aggregation和Uniform Projection等投影算法,具有更强的适用性. 展开更多
关键词 基序查找 投影 聚集 植入(l d)问题
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嗜热酸性Ⅲ型普鲁兰多糖水解酶TK-PUL保守基序中关键氨基酸残基对其催化性质的影响 被引量:1
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作者 曾静 何础阔 +3 位作者 郭建军 侯安伟 聂俊辉 袁林 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第22期113-120,共8页
对嗜热酸性Ⅲ型普鲁兰水解酶TK-PUL保守基序中非保守氨基酸残基进行定点突变,通过比较TK-PUL与突变体的酶学性质,确定保守基序中关键氨基酸残基对其催化性质的影响。TK-PUL保守基序Ⅱ中I500W位点变化不影响其最适反应pH值、pH值稳定性... 对嗜热酸性Ⅲ型普鲁兰水解酶TK-PUL保守基序中非保守氨基酸残基进行定点突变,通过比较TK-PUL与突变体的酶学性质,确定保守基序中关键氨基酸残基对其催化性质的影响。TK-PUL保守基序Ⅱ中I500W位点变化不影响其最适反应pH值、pH值稳定性、最适反应温度、热稳定性,但使其α-淀粉酶活性和普鲁兰酶活性均明显降低。动力学常数测定结果显示,突变体I500W以麦芽三糖为底物的k_(cat)/K_(m)值基本不变,以异潘糖为底物的k_(cat)/K_(m)值约为TK-PUL的64.78%。结果表明,TK-PUL保守基序II中第500位氨基酸残基Ile对其水解糖苷键的偏好性起到重要作用。TK-PUL中I500W位点变化不影响其α-1,4-糖苷键水解活性,但使其α-1,6-糖苷键水解活性明显降低。本研究有助于深入理解TK-PUL的双功能催化机制,也可为TK-PUL的分子改造提供理论依据和设计思路。 展开更多
关键词 Ⅲ型普鲁兰多糖水解酶 保守基序 定点突变 催化活性 同源模建
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含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶10在压力超负荷诱导的心肌肥厚中的表达及其与心肌纤维化的关系 被引量:1
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作者 王震 王梦龙 +6 位作者 刘剑芳 叶晶 徐瑶 姜慧敏 叶迪 张记收 万军 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 2019年第8期810-816,共7页
目的:探讨含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶10(ADAMTS10)在压力超负荷诱导的心肌肥厚中的表达及其与心肌纤维化的关系。方法:将60只8周雄性C57BL/6J小鼠随机分成假手术组(n=20)和实验组(n=40)。应用主动脉弓缩窄术(TAC)... 目的:探讨含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶10(ADAMTS10)在压力超负荷诱导的心肌肥厚中的表达及其与心肌纤维化的关系。方法:将60只8周雄性C57BL/6J小鼠随机分成假手术组(n=20)和实验组(n=40)。应用主动脉弓缩窄术(TAC)建立压力负荷诱导的心肌肥厚模型。两组小鼠分别于第4周和第8周超声检测小鼠心功能,之后处死测量体质量和心脏质量,同时行心肌组织苏木素-伊红、天狼猩红、麦胚凝集素(WGA)和免疫荧光染色。应用免疫印迹(Westernblotting)法检测小鼠心肌组织ADAMTS10蛋白质的表达,应用实时聚合酶联反应(RT-PCR)法检测小鼠心肌组织ADAMTS10、心房钠尿肽(ANP)、β-肌球蛋白重链(β-MHC)、基质金属蛋白酶(MMP)2和MMP9mRNA的表达。结果:实验组与假手术组比较,小鼠第4周心脏质量显著升高(P<0.05),且在实验组第8周进一步升高(P<0.05);小鼠第4周左心室射血分数以及短轴缩短率均明显降低(P<0.05,且在第8周进一步降低,P<0.05);ADAMTS10mRNA和蛋白表达升高(P均<0.05)。免疫荧光结果提示ADAMTS10定位于成纤维细胞;RT-PCR结果提示ADAMTS10mRNA水平与心肌组织ANP水平显著正相关[r=0.6017,P<0.05(实验组4周)和r=0.6607,P<0.05(实验组8周)],与β-MHC水平显著正相关[r=0.6249,P<0.05(实验组4周)和r=0.7194,P<0.05(实验组8周)],与MMP2显著正相关[r=0.6971,P<0.05(实验组4周)和r=0.8689,P<0.05(实验组8周)],与MMP9水平显著正相关[r=0.6931,P<0.05(实验组4周)和r=0.8096,P<0.05(实验组8周)]。结论:在压力超负荷诱导的心肌肥厚模型,ADAMTS10通过调控细胞外基质重构,参与心肌肥厚和纤维化的发生发展。 展开更多
关键词 心肌肥厚 心肌纤维化 含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶10 细胞外基质
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CpG基序对坏死梭杆菌免疫原的免疫佐剂效应实验研究 被引量:1
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作者 刘艳环 杨福合 +3 位作者 苗利光 刘晓颖 张秀华 王志刚 《特产研究》 2006年第2期9-11,共3页
分别用坏死梭杆菌来源CpG、弗氏完全佐剂、氢氧化铝佐剂与坏死梭杆菌免疫原配制的抗原免疫小白鼠,通过检测坏死梭杆菌免疫原抗体变化,来探讨CpG对坏死梭杆菌免疫原的佐剂效应。试验结果表明,坏死梭杆菌来源CpG有较好的免疫佐剂效应,可... 分别用坏死梭杆菌来源CpG、弗氏完全佐剂、氢氧化铝佐剂与坏死梭杆菌免疫原配制的抗原免疫小白鼠,通过检测坏死梭杆菌免疫原抗体变化,来探讨CpG对坏死梭杆菌免疫原的佐剂效应。试验结果表明,坏死梭杆菌来源CpG有较好的免疫佐剂效应,可望进一步研制成为坏死梭杆菌疫苗佐剂成分。 展开更多
关键词 坏死梭杆菌 CpO基序 佐剂
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CpG基序的作用机理及其在寄生虫学上的应用 被引量:4
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作者 傅志强 刘金明 《中国兽医寄生虫病》 2001年第3期42-46,共5页
Cp G ODN是指一些含有未甲基化的 Cp G二核苷酸的寡聚脱氧核苷酸 ,具有较强的免疫激活能力。本文就 Cp G ODN的研究背景、作用机制进行了综述 ,并介绍了它在寄生虫学上的应用。
关键词 CPG基序 免疫激活 机理 寄生虫学
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