应用基因表达谱芯片筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因 被引量：13

1

作者 刘妍 成军 +2 位作者 王建军 陆荫英 杨倩 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期55-57,共3页

应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条... 应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条差异表达基因 ,其中 4 5条基因表达增强 ,5 0条基因表达降低。这些核心蛋白反式调节基因与细胞增殖、分化、凋亡、信号转导及免疫调节密切相关。本实验结果为进一步阐明HCV核心蛋白致病 (癌 )的分子生物学机制提供了理论依据。 展开更多

关键词 基因表达谱芯片 筛选 丙型肝炎病毒 核心蛋白 反式调节

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基于基因表达谱芯片的人参对衰老脑组织作用研究 被引量：5

2

作者 叶芳 苑伟政 《西北工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期667-671,共5页

应用生物芯片技术诠释中药抗衰老作用基因机理的研究日益得到人们的重视。针对D-半乳糖造成的小鼠亚急性衰老模型,采用Cy3和Cy5 2种不同的荧光染料,通过逆转录反应将实验组和对照组的小鼠脑组织细胞mRNA分别标记成2种探针,混合后与小鼠... 应用生物芯片技术诠释中药抗衰老作用基因机理的研究日益得到人们的重视。针对D-半乳糖造成的小鼠亚急性衰老模型,采用Cy3和Cy5 2种不同的荧光染料,通过逆转录反应将实验组和对照组的小鼠脑组织细胞mRNA分别标记成2种探针,混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,借助计算机分析扫描芯片荧光信号图像,寻找出经人参作用后表达有显著差异的基因,并对这些基因进行了生物信息学分析。研究表明人参水煎剂对衰老小鼠脑组织的基因表达谱具有显著影响,其中N ckap1基因及A tp5a1基因可能是人参抗衰老作用的靶基因。 展开更多

关键词 人参 抗衰老 基因表达谱芯片 Nckap1基因 Atp5a1基因

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基因表达谱芯片在原核生物研究中的应用 被引量：6

3

作者 姜海 张建中 《中国全科医学》 CAS CSCD 2004年第12期928-930,共3页

基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法 ,已成为“后基因组时代”中进行序列分析的重要工具之一。本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用 ;同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行... 基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法 ,已成为“后基因组时代”中进行序列分析的重要工具之一。本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用 ;同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行了简要的概述。 展开更多

关键词 基因表达谱芯片 原核生物 致病性 原核生物适应环境机制

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基因表达谱芯片筛选强直性脊柱炎差异表达基因的研究 被引量：3

4

作者 张莹 初同伟 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期1044-1047,共4页

目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与... 目的应用表达谱芯片比较人强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)组织与正常骶髂关节组织的基因表达差异,筛选AS疾病相关基因。方法选取本室采集的3例活动期AS标本为实验组,1例骨折标本为对照组。分别提取标本骶髂关节的滑膜组织与椎旁组织的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选AS组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与正常组织样本相比,在AS组织中筛选获得差异表达基因237条,表达上调的已知基因91条,表达下调的已知基因78条;对其中20条基因进行半定量RT-PCR检测,结果与表达谱芯片结果一致。结论筛选出与AS相关的多个差异表达基因。 展开更多

关键词 强直性脊柱炎 基因表达谱芯片 差异表达基因

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基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白基因C1反式调节基因

5

作者 蔺淑梅 成军 +3 位作者 杨媛 刘敏 张黎颖 郭江 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期126-129,共4页

目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转... 目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析。结果HepG2细胞经转染C1表达质粒后,有26条差异表达基因,其中24条基因表达水平下调,2条基因表达水平上调。这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、细胞增生分化及肿瘤的发生密切相关。结论应用基因表达谱芯片成功筛选了C1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明C1蛋白可能的生物学功能及乙型肝炎病毒核心蛋白的致病机制提供了理论依据。 展开更多

关键词 乙型肝炎病毒 核心蛋白 反式激活基因 基因表达谱芯片

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应用基因表达谱芯片技术研究膦甲酸钠处理Jurkat细胞后的差异表达基因

6

作者 刘妍 成军 +4 位作者 王刚 陆荫英 王建军 张喜全 王祥建 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期386-388,共3页

目的　筛选膦甲酸钠处理人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因。方法　应用基因表达谱芯片技术对膦甲酸钠处理的Jurkat细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行检测。结果　Jurkat细胞经膦甲酸钠处理后 ,所检测的 115 2条目的基因... 目的　筛选膦甲酸钠处理人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因。方法　应用基因表达谱芯片技术对膦甲酸钠处理的Jurkat细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行检测。结果　Jurkat细胞经膦甲酸钠处理后 ,所检测的 115 2条目的基因中 ,有 94条产生差异表达 ,其中 38条基因表达增强 ,5 6条基因表达降低。结论　应用基因表达谱芯片成功筛选了膦甲酸钠处理淋巴细胞后差异表达基因 。 展开更多

关键词 膦甲酸钠 免疫调节 基因表达谱芯片

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基因表达谱芯片在乙型肝炎肝硬化生物学信息的研究

7

作者 刘心亮 熊益群 +1 位作者 晏雪生 徐绍钢 《实用医学杂志》 CAS 2005年第13期1384-1385,共2页

目的:探索基因表达谱技术在肝硬化形成的分子生物学机制研究及其诊断方法研究的应用。方法:应用含8192个人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单核细胞的标记cDNA,分析慢性乙型肝炎、肝炎肝硬化各15例基因表达谱。通过GenePix4000B扫描芯... 目的:探索基因表达谱技术在肝硬化形成的分子生物学机制研究及其诊断方法研究的应用。方法:应用含8192个人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单核细胞的标记cDNA,分析慢性乙型肝炎、肝炎肝硬化各15例基因表达谱。通过GenePix4000B扫描芯片仪和ImaGene3.0软件分析Cy3、Cy5两种荧光信号的强度和比值。结果:在8192个基因中,2组中筛选出有差异的基因60个,占0.73%,其中主要是炎症、凋亡基因、细胞外基质蛋白基因、细胞生长调节基因,占71.6%。结论:基因表达谱技术可为乙型肝炎肝硬化形成的分子生物学机制及其诊断研究提供大量有益的生物学信息。 展开更多

关键词 乙型肝炎肝硬化 基因表达谱芯片 信息 外周血单核细胞 分子生物学机制 慢性乙型肝炎 生长调节基因 cDNA 微阵列芯片 细胞外基质 诊断方法 机制研究 软件分析 凋亡基因 蛋白基因 诊断研究 光信号

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基因表达谱芯片分析续苓健骨方治疗去卵巢大鼠骨质疏松症的基因表达差异 被引量：2

8

作者 黄景文 李生强 +4 位作者 陈玄 谢丽华 陈赛楠 黄小彬 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1453-1458,共6页

目的基因表达谱芯片筛选续苓健骨方治疗骨质疏松症模型大鼠的差异表达基因。方法将15只大鼠按随机数法分为3组:假手术组、模型组、续苓健骨方组,每组5只。去卵巢造模后1周开始灌胃给药,实验组按照体重给予续苓健骨方,另外两组灌胃与实... 目的基因表达谱芯片筛选续苓健骨方治疗骨质疏松症模型大鼠的差异表达基因。方法将15只大鼠按随机数法分为3组:假手术组、模型组、续苓健骨方组,每组5只。去卵巢造模后1周开始灌胃给药,实验组按照体重给予续苓健骨方,另外两组灌胃与实验组等体积的生理盐水,给药连续13周,每日1次。13周后取大鼠左腿股骨进行基因表达谱芯片检测,分析芯片得到组间差异表达基因并进行功能和通路分析。结果以丨log2 Fold change丨≥1,q<0.05为条件筛选出10个造模后表达显著降低但用药后显著提高的基因,218个造模后表达显著提高但用药后表达显著降低的基因。KEGG信号通路富集分析发现PI3K/Akt通路是关键作用通路之一。设置条件(丨log2 Fold change丨≥2,q<0.01)进一步筛选获得差异基因Rplp0和Cnpy2。结论续苓健骨方的治疗作用机制可能与PI3K/AKT信号通路及Rplp0、Cnpy2基因相关。 展开更多

关键词 中医中药 骨质疏松大鼠模型 基因表达谱芯片 差异表达基因

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应用生物芯片技术研究人参对衰老小鼠脑组织基因表达谱的影响

9

作者 叶芳 苑伟政 王宇波 《传感技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第05B期2122-2125,共4页

目的:利用生物芯片技术分析人参对衰老小鼠脑组织基因表达谱的影响,探讨人参作用机理研究方法.方法:20只雌性小鼠用D-半乳糖诱导为亚急性衰老模型小鼠,并随机分为两组:实验组和对照组.实验组小鼠每日给服人参水煎剂,对照组小鼠每日给服... 目的:利用生物芯片技术分析人参对衰老小鼠脑组织基因表达谱的影响,探讨人参作用机理研究方法.方法:20只雌性小鼠用D-半乳糖诱导为亚急性衰老模型小鼠,并随机分为两组:实验组和对照组.实验组小鼠每日给服人参水煎剂,对照组小鼠每日给服等量生理盐水作为空白对照.从小鼠脑组织中抽提mRNA,用Cy3和Cy5两种不同的荧光染料,通过逆转录反应,将实验组和对照组小鼠的脑组织细胞mRNA分别标记成两种探针,等量混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,并对Cy3、Cy5荧光信号做扫描分析.结果:芯片扫描显示,实验组和对照组之间显著差异表达的基因有13条,且均为表达下调基因.结论:人参对衰老小鼠脑组织的基因表达具有显著影响,Nckap1基因及Atp5a1基因可能是人参抗衰老作用的靶基因. 展开更多

关键词 BIO-MEMS 人参 抗衰老 基因表达谱芯片 亚急性衰老模型

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表达谱基因芯片 被引量：13

10

作者 徐伟文 李文全 毛裕民 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第6期822-826,共5页

表达谱基因芯片具有高通量、缩微、多参数、平行化等优点 .在功能基因组学研究中正发挥越来越重要的作用 .就其原理、应用。

关键词 表达谱基因芯片 基因表达谱 应用

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注射用丹参多酚酸治疗糖尿病大鼠脑卒中的基因芯片表达谱分析 被引量：6

11

作者 王富江 何前松 +2 位作者 王金鑫 胡利民 王乔悦 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1103-1109,共7页

目的研究注射用丹参多酚酸对糖尿病大鼠脑卒中脑组织基因表达谱的影响。方法将Wistar大鼠随机分为假手术组(DM+Sham)、糖尿病脑缺血/再灌注损伤模型组(DM+MCAO/R)、依达拉奉组(6 mg·kg^(-1),ED)、丹参多酚酸治疗组(5.25、10.5、21 ... 目的研究注射用丹参多酚酸对糖尿病大鼠脑卒中脑组织基因表达谱的影响。方法将Wistar大鼠随机分为假手术组(DM+Sham)、糖尿病脑缺血/再灌注损伤模型组(DM+MCAO/R)、依达拉奉组(6 mg·kg^(-1),ED)、丹参多酚酸治疗组(5.25、10.5、21 mg·kg^(-1),SLI),每组13只。缺血/再灌注3 h后尾静脉注射给药,每日1次,连续给药14d。末次给药30 min后,分别用TTC染色和基因芯片技术检测梗死体积和脑组织中相关基因表达。结果给药14 d后,与假手术组相比,模型组筛选出67个差异基因,其中41个上调,26个下调;丹参多酚酸(21 mg·kg^(-1))治疗组与模型组比较差异基因有59个,其中45个上调,14个下调,由聚类分析可得糖尿病局灶性脑缺血/再灌注损伤恢复期有多种基因如Ly6i、Pax7、Irx2发现明显变化,通路分析发现,主要涉及凝血止血、炎症、氧化应激、物质代谢、神经血管新生及信号传导等。结论丹参多酚酸治疗糖尿病脑卒中主要通过干预凝血止血、炎症、氧化应激、物质代谢、神经血管新生及信号传导等达到治疗目的。 展开更多

关键词 注射用丹参多酚酸 糖尿病 脑卒中 基因芯片表达谱 聚类分析 大鼠

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条斑紫菜优良品系的基因芯片表达谱分析 被引量：1

12

作者 陈淑吟 陆勤勤 +2 位作者 张美如 陈国耀 许广平 《天津农业科学》 CAS 2015年第4期6-14,共9页

利用基因芯片表达谱比较不同特色条斑紫菜品系的基因差异表达,分析其基因与性状差异相关性。结果显示:(1)筛选出在06DO、L0601与HAI等3个样本有共同表达的差异基因900个,占筛选基因总数(19 884个)的4.53%;样本06DO与L0601共有500个差异... 利用基因芯片表达谱比较不同特色条斑紫菜品系的基因差异表达,分析其基因与性状差异相关性。结果显示:(1)筛选出在06DO、L0601与HAI等3个样本有共同表达的差异基因900个,占筛选基因总数(19 884个)的4.53%;样本06DO与L0601共有500个差异表达基因,与HAI的差异表达基因780个;L0601与HAI有最多差异共表达基因(972个),但差异表达水平较低;L0601在不同组中皆有较多差异表达优势基因。(2)将这些差异表达基因进行GO功能富集分类,主要涉及蛋白质代谢、光合作用、离子绑定、营养物质合成过程等分类;属于细胞组成的功能基因很少;不同组比较得到的差异表达基因的功能与富集分类表现出的与品系自身特色性状有一定相关性。 展开更多

关键词 条斑紫菜 基因芯片表达谱 优良品系 差异表达基因

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MicroRNA 122对肝癌细胞基因表达谱的影响 被引量：10

13

作者 骆明勇 杨戎 +1 位作者 张亮 王应雄 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期644-651,共8页

为研究microRNA(miR-122)对肝癌细胞Hep3B基因表达谱的影响,并探讨其在肝癌发生过程中的可能作用,构建了miR-122稳定高表达的Hep3B细胞,利用基因表达谱芯片技术筛选得到和对照组细胞比较的差异表达基因.研究结果显示,2倍以上变化的差异... 为研究microRNA(miR-122)对肝癌细胞Hep3B基因表达谱的影响,并探讨其在肝癌发生过程中的可能作用,构建了miR-122稳定高表达的Hep3B细胞,利用基因表达谱芯片技术筛选得到和对照组细胞比较的差异表达基因.研究结果显示,2倍以上变化的差异表达基因有490个,其中上调的有345个,下调的有145个.这些基因中有16个与肿瘤发生相关,其它基因涉及细胞周期、信号转导、细胞凋亡和细胞增殖分化等众多生物学过程.这些结果提示,miR-122可能在肝癌发生的过程中发挥作用,并可能与这些差异表达基因密切相关.另外,还结合生物信息学方法,在下调表达的基因中预测了miR-122可能直接作用的靶基因.本研究初步探讨了miR-122在肝癌细胞中的生物学功能,为进一步研究miR-122在肝癌发生中的作用奠定了基础,同时也为miRNA的生物学功能及其作用机制的研究提供了一些参考. 展开更多

关键词 MICRORNA 肝癌 HEP3B细胞 基因表达谱芯片

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金龙蛇颗粒对原位移植人MKN-45胃癌组织基因表达谱的影响 被引量：5

14

作者 余志红 魏品康 +5 位作者 许玲 胡仙珍 邵志华 施俊 孙大志 陆烨 《中华中医药学刊》 CAS 2007年第9期1934-1938,共5页

目的:利用基因表达谱芯片研究金龙蛇颗粒对MKN-45胃癌的分子机制。方法:抽提经金龙蛇颗粒治疗的裸鼠原位移植人MKN-45胃癌组织和生理盐水阴性对照的瘤组织总RNA并纯化mRNA,分别逆转录并进行荧光标记,制作成cDNA探针,与包含4096个人类基... 目的:利用基因表达谱芯片研究金龙蛇颗粒对MKN-45胃癌的分子机制。方法:抽提经金龙蛇颗粒治疗的裸鼠原位移植人MKN-45胃癌组织和生理盐水阴性对照的瘤组织总RNA并纯化mRNA,分别逆转录并进行荧光标记,制作成cDNA探针,与包含4096个人类基因的cDNA表达谱芯片进行杂交,筛选出两组间差异表达基因。结果:在mRNA水平上,筛选出包括与DNA结合、转录和转录因子、蛋白翻译、细胞周期等相关表达差异的基因共341条,其中44条(比值>2)表达上调(占12.9%),297条(比值<0.5)表达下调(占87.1%)。结论:金龙蛇颗粒可引起MKN-45胃癌组织一系列基因表达的改变,金龙蛇颗粒抗胃癌的基因途径可能是多环节、多层次的结果。 展开更多

关键词 金龙蛇颗粒 基因表达谱芯片 人MKN-45胃癌细胞系 胃肿瘤 中医药

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基因芯片研究与衰老相关免疫基因的表达 被引量：6

15

作者 余榕捷 蒲含林 林剑 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期532-535,共4页

目的:利用基因表达谱芯片,研究免疫相关基因在衰老过程中表达水平的改变。方法:分别提取20只20月龄SD大鼠和20只4月龄SD大鼠的脾脏mRNA,并通过逆转录制备成杂交探针;老年大鼠用Cy5d-UTP标记,青年大鼠用Cy3 d-UTP标记。将两种探针等量混... 目的:利用基因表达谱芯片,研究免疫相关基因在衰老过程中表达水平的改变。方法:分别提取20只20月龄SD大鼠和20只4月龄SD大鼠的脾脏mRNA,并通过逆转录制备成杂交探针;老年大鼠用Cy5d-UTP标记,青年大鼠用Cy3 d-UTP标记。将两种探针等量混合后与包含416个免疫相关基因的cDNA芯片进行杂交。通过扫描仪扫描芯片荧光信号和计算机分析,比较老年组和青年组大鼠脾脏的基因表达水平的差异。同步检测老年组大鼠和青年组大鼠的心、肝、肾和血液中的与自由基相关的生化指标。结果:生化指标检测证实20月龄老年大鼠与4月龄青年大鼠清除自由基的能力有显著的差异,说明其生理机能有显著差异,适用于芯片的研究。而芯片结果显示在所研究与免疫相关的基因中,13个基因在老年大鼠脾脏中表达下调,其中包括参与应激和免疫应答的基因,部分参与细胞增殖、分化的调节基因和参与DNA/RNA修复基因;只有1个基因,即编码良性肿瘤淀粉酶的基因在老年大鼠脾脏中表达特异增高。结论:运用基因表达谱芯片可以帮助我们了解免疫系统在衰老过程中的变化,深入理解衰老的发生和发展机制。 展开更多

关键词 基因芯片 研究 衰老 相关免疫基因 基因表达谱芯片

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表达芯片筛选类风湿关节炎特异表达基因 被引量：3

16

作者 岳龙涛 张伟 +2 位作者 郑亚冰 刘文波 常晓天 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期899-904,共6页

为了寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,应用基因芯片对RA、骨关节炎(osteoarthritis,OA)和强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者关节滑膜组织的基因表达谱进行比较,并采用实时定量PCR方法对芯片... 为了寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,应用基因芯片对RA、骨关节炎(osteoarthritis,OA)和强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者关节滑膜组织的基因表达谱进行比较,并采用实时定量PCR方法对芯片结果进行验证.全基因组表达芯片的结果显示,与OA滑膜组织及AS滑膜组织相比,在RA患者的滑膜组织中,CD38,ANKRD38,E2F2,CFDP1,CD7,ISG20和IL2RG基因表达异常;实时定量PCR结果证实,RA患者滑膜组织中,CD38、E2F2和IL2RG基因表达明显增高. 展开更多

关键词 类风湿关节炎 基因表达谱芯片 CD38 IL2RG E2F2

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表达谱基因芯片及其在植物研究中的作用 被引量：1

17

作者 万群 吴洁 宋明 《四川农业科技》 2004年第4期5-6,共2页

关键词 表达谱基因芯片 基因表达谱 基因芯片 植物研究 检测

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STIL对胃癌细胞基因表达谱的影响 被引量：1

18

作者 王举 窦忠霞 +2 位作者 王永强 姜洪伟 袁宏伟 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期778-786,共9页

目的采用基因表达谱芯片联合生物信息学分析,初步探索STIL促进胃癌发生发展的分子机制。方法采用靶向STIL的慢病毒ShRNA(ShSTIL)以及乱码序列ShRNA(ShCon)转染SGC-7901胃癌细胞系,提取总RNA,合成cDNA,反转录合成生物素标记的核酸探针,... 目的采用基因表达谱芯片联合生物信息学分析,初步探索STIL促进胃癌发生发展的分子机制。方法采用靶向STIL的慢病毒ShRNA(ShSTIL)以及乱码序列ShRNA(ShCon)转染SGC-7901胃癌细胞系,提取总RNA,合成cDNA,反转录合成生物素标记的核酸探针,片段化后与全基因组表达谱芯片杂交,采集数据,利用生物信息学对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、转录因子调控和蛋白互作分析。结果与ShCon组相比,ShSTIL组显著上、下调的基因分别为417个、87个(P<0.05,差异倍数>1或<-1)。GO和KEGG分析显示,DEGs位于胞浆、外泌体、高尔基复合体及生物膜,与泛素介导的蛋白水解、干细胞多能性调控及P53信号通路有关。KEGG通路相关基因、转录因子调控及蛋白互作联合分析显示,IGF1R、STUB1、SKP2、FOXO1位于网络的中心位置,可能与胃癌发生发展密切相关。结论STIL可能通过互作激活E3泛素连接酶STUB1或SKP2,促进转录因子FOXO1降解,调控IGF1R表达,从而促进胃癌的发生发展。 展开更多

关键词 胃癌 STIL 基因表达谱芯片 生物信息学

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恩诺沙星对大肠杆菌全基因组表达谱的影响 被引量：7

19

作者 白华 齐静 +3 位作者 朱小玲 王庆艳 杜加法 刘玉庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1537-1544,共8页

为探索恩诺沙星(Enrofloxacin)压力下大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)生理状态的变化,从而为进一步研究细菌对药物压力的应答机制提供参考,作者将E.coli接种于加入恩诺沙星(浓度为1/2 MIC)的液体LB中,绘制生长曲线,分别以光镜和电镜... 为探索恩诺沙星(Enrofloxacin)压力下大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)生理状态的变化,从而为进一步研究细菌对药物压力的应答机制提供参考,作者将E.coli接种于加入恩诺沙星(浓度为1/2 MIC)的液体LB中,绘制生长曲线,分别以光镜和电镜进行形态学观察,取5 h培养菌,进行表达谱差异分析。结果显示,加入恩诺沙星后细菌生长速度明显降低(P<0.01),菌体形态呈长丝状,基因芯片检测发现519个差异点,其中239个上调,而280个下调,表达变化3倍以上的基因66个,其中34个上调,32个下调,主要涉及SOS应答、细胞分裂、压力应答、物质合成、新陈代谢、转录调控等生物学功能。上述结果表明,在恩诺沙星压力下,细菌启动SOS应答,细胞分裂被抑制,细菌生理机制发生了复杂的变化。 展开更多

关键词 恩诺沙星 表达谱基因芯片 大肠杆菌 细菌形态 转录分析

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人骨髓瘤细胞株基因表达谱经沙利度胺诱导的变化

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作者 王怀宇 张梅 +3 位作者 贺鹏程 杨冰静 邵玲燕 邵文斌 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2010年第2期396-402,共7页

本研究通过检测沙利度胺(thalidomide,TLD)作用于多发性骨髓瘤细胞株RPMI-8226后基因表达谱的改变,探索TLD抗骨髓瘤作用的分子机制。通过逆转录PCR,将TLD处理前后的人骨髓瘤细胞株RPMI-8226的mRNA分别制备成2种探针,应用Cy3和Cy5荧光染... 本研究通过检测沙利度胺(thalidomide,TLD)作用于多发性骨髓瘤细胞株RPMI-8226后基因表达谱的改变,探索TLD抗骨髓瘤作用的分子机制。通过逆转录PCR,将TLD处理前后的人骨髓瘤细胞株RPMI-8226的mRNA分别制备成2种探针,应用Cy3和Cy5荧光染料分别标记,随后与包含1 152条待研究的人类基因表达谱基因芯片杂交,通过扫描和计算机软件分析,寻找经TLD作用后表达有差异的基因,并分析这些差异表达基因的功能。结果表明,100μmol/L TLD作用于RPMI8226细胞72小时后,筛选出22个差异表达基因,其中4个基因下调,分别为rpl32、scya3、mmp1和igbp1基因,18个基因表达上调,其中主要为wars、tubb4q、ube1l、txnrd1和fyb基因等5个基因表达明显上调。研究显示:①TLD能使编码色氨酸-tRNA合成酶的wars基因表达上调,同时使编码基质金属蛋白酶1的mmp1表达下调,这2个基因的变化可能与TLD抑制血管生成的作用有关;②TLD能使编码巨噬细胞炎症反应蛋白1a(MIP-1a)的scya3和编码免疫球蛋白结合蛋白1的igbp1表达下调,其表达下降可能参与了TLD抑制细胞增殖的过程;③TLD能诱导编码微管蛋白β4的tubb4q、编码泛素激活酶E1相关蛋白的ube1l和编码硫氧还蛋白还原酶1(TR1)的txnrd1表达上调,这些基因的表达变化与TLD的促凋亡作用有关;④TLD能使编码酪氨酸激酶Fyn结合蛋白(Fyb)的fyb表达上调,该基因的表达上调与TLD杀伤骨髓瘤细胞的作用有关。结论:22个差异表达基因通过不同的作用环节和途径发挥抗骨髓瘤功能,它们分别涉及到蛋白质的合成和降解、细胞信号转导、细胞骨架运动、免疫调节、细胞代谢、抑癌基因的调控、细胞凋亡等方面,直接或间接与TLD的分子作用机制有关。 展开更多

关键词 多发性骨髓瘤 沙利度胺 作用机制 基因表达谱芯片

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