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人牙髓干细胞与骨髓间充质干细胞基因表达谱分析
1
作者 高小丽 王左敏 程茜 《中国医学前沿杂志(电子版)》 北大核心 2025年第3期33-40,共8页
目的 探究牙髄干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)作为组织工程种子细胞的分子遗传学优势和临床应用潜能。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Onibus,GEO)中下载包含DPSCs与骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem ... 目的 探究牙髄干细胞(dental pulp stem cells,DPSCs)作为组织工程种子细胞的分子遗传学优势和临床应用潜能。方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Onibus,GEO)中下载包含DPSCs与骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BM-MSCs)的基因表达微阵列数据集GSE217636。使用R软件中的“limma”包筛选DPSCs与BM-MSCs的差异表达基因;对DPSCs高表达差异基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;建立蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选关键差异基因;最后结合文献筛选DPSCs表达谱中归一化值大于4的各组织细胞特征性mRNA。结果 与BM-MSCs相比,DPSCs显著高表达肺部发育相关基因膜金属内肽酶(membrane metallo endopeptidase,MME)以及抗氧化相关的基因硫氧还蛋白(thioredoxin,TXN);DPSCs高表达差异基因的功能主要富集在细胞增殖以及蛋白质、脂质、核酸代谢上。结论 DPSCs与BM-MSCs相比在分子遗传学上存在优势,DPSCs可能是潜在的组织工程理想种子细胞。 展开更多
关键词 牙髓干细胞 骨髓间充质干细胞 基因表达谱
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疏肝益肾方对乳腺癌肺转移微环境基因表达谱及免疫相关基因表达的影响
2
作者 李心怡 崔闯 +1 位作者 陈皖晴 朱为康 《南京中医药大学学报》 北大核心 2025年第3期352-362,共11页
目的通过研究疏肝益肾方对乳腺癌小鼠肺部微环境基因表达的影响,探讨疏肝益肾方抑制乳腺癌肺转移的作用机制。方法构建乳腺癌原位移植瘤高转移模型,随机分为生理盐水组,疏肝益肾低、中、高(0.5、1、2 g·kg^(-1))剂量以及多西他赛组... 目的通过研究疏肝益肾方对乳腺癌小鼠肺部微环境基因表达的影响,探讨疏肝益肾方抑制乳腺癌肺转移的作用机制。方法构建乳腺癌原位移植瘤高转移模型,随机分为生理盐水组,疏肝益肾低、中、高(0.5、1、2 g·kg^(-1))剂量以及多西他赛组(5 mg·kg^(-1)),干预28 d。HE染色观察肺组织结构情况;对转移灶进行转录组分析,通过生物信息学分析基因表达谱的GO和KEGG通路特点,筛选关键差异基因表达情况,采用qPCR和Western blot分析关键免疫基因的表达。流式细胞术检测髓源抑制细胞(Myeloid suppressor cells,MDSCs)表达情况;ELISA法检测细胞因子和趋化因子Cxcl2、GM-CSF的表达。结果与生理盐水组相比,疏肝益肾方中、高剂量组与多西他赛组肺组织转移结节数量均有相应减少;HE染色提示肺部病理程度有所改善。疏肝益肾方高剂量组与生理盐水组的肺组织微环境有814个差异表达基因,其中713个基因下调,101个基因上调;筛选疏肝益肾组中关键炎性介质基因Nfkbiz、Tnfaip3、Maff、Hspa1a、Hspb1、Cxcl2,与生理盐水组相比,疏肝益肾方组炎性基因显著下调(P<0.05,P<0.01),最终其结果与转录组结果趋势相符。采用Western blot在蛋白质层面进行验证,发现与生理盐水组相比,疏肝益肾方组Nfkbiz、Tnfaip3、Maff、Hspa1a和Cxcl2蛋白表达水平下降(P<0.05,P<0.01),但Hspb1蛋白表达上调(P<0.01)。疏肝益肾方组和多西他赛组能够抑制MDSCs表达(P<0.001),一定程度降低Cxcl2、GM-CSF的表达(P<0.05,P<0.01)。结论疏肝益肾方能抑制乳腺癌肺转移,并且调控肺部免疫微环境基因,其调控范围较广。 展开更多
关键词 乳腺癌 肺部微环境 基因表达谱 炎性介质 疏肝益肾方
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高原肺水肿大鼠肺组织基因表达谱分析
3
作者 徐刚 吴刚 +6 位作者 孙滨达 刘宝 高志奇 陈建 高钰琪 高文祥 陈德伟 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1235-1243,共9页
目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组... 目的利用基因芯片技术分析高原肺水肿(high altitude pulmonary edema,HAPE)大鼠模型肺组织差异表达基因,为深入探讨HAPE发生的分子机制提供新线索。方法将8周龄健康雄性SD大鼠[体质量(200±20)g]按随机数字表法分为常氧对照(NC)组、脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)组、低压低氧(Hypoxia)组和低压低氧复合低剂量LPS(HL)组。LPS组和HL组按照每100 g体质量尾静脉注射0.1 mL浓度为0.05%的LPS溶液,NC组和Hypoxia组给予等量生理盐水;Hypoxia组和HL组进行模拟海拔5000 m低压低氧处理6 h,NC组和LPS组于舱外同时饲养。检测肺组织的湿/干质量比(wet/dry mass ratio,WDR)、支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)蛋白含量,HE染色观察肺组织病理改变。提取肺组织总RNA,采用Affymetrix基因芯片检测mRNA表达谱,采用Metascape在线基因注释和分析系统(http://metascape.org)对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路聚类分析。结果HL组大鼠肺组织表现出明显的充血、水肿、肺泡间隔增宽。与NC组比较,HL组大鼠肺WDR显著增加(P<0.01),BALF蛋白含量显著升高(P<0.05)。基因表达检测发现,相对NC组,Hypoxia组有79个基因表达上调,59个基因表达下调,LPS组473个基因表达上调,695个基因表达下调,HL组669个基因表达上调,1253个基因表达下调。GO和KEGG信号通路聚类分析显示:HL组差异表达上调基因主要富集于细胞因子介导的信号通路、对IL-1的反应、炎症反应调节等生物学过程,以及细胞因子-细胞因子受体相互作用、TNF、NF-κB、IL-17、补体和凝血级联反应等信号通路;表达下调的基因主要富集到细胞外基质组织、内皮细胞迁移调控、细胞-基质黏附等生物学过程,以及黏着斑、Wnt、cGMP-PKG、PI3K-Akt、Rap1等信号通路。HL组大鼠肺组织中NF-κB、TNF-α、IL-1β以及IL-6的mRNA表达均显著上调(P<0.01)。结论低氧复合低剂量LPS可稳定复制大鼠HAPE模型,低氧可显著增强LPS诱导的炎症、免疫反应,显著增强炎症介质的表达,促进HAPE的发生发展。 展开更多
关键词 高原肺水肿 低氧 基因表达谱 基因芯片
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基于全基因表达谱的中药组分川栀方抗巨噬细胞炎性损伤作用机制研究 被引量：1
4
作者 江杰 安婉丽 +2 位作者 杨智倩 程文慧 杨鸿 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第3期175-182,共8页
目的:分析中药组分川栀方(ZGC)对脂多糖(LPS)激活RAW264.7细胞炎性反应模型的全基因组表达谱影响,从整体水平探讨该方对巨噬细胞炎性损伤的可能作用机制及核心靶标。方法:构建LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型,采用基因芯片技术检测ZGC干预... 目的:分析中药组分川栀方(ZGC)对脂多糖(LPS)激活RAW264.7细胞炎性反应模型的全基因组表达谱影响,从整体水平探讨该方对巨噬细胞炎性损伤的可能作用机制及核心靶标。方法:构建LPS诱导RAW264.7细胞炎症模型,采用基因芯片技术检测ZGC干预对炎性巨噬细胞全基因组表达的影响,对各组间显著差异表达基因进行GO/KEGG富集分析。结果:全基因组表达谱芯片分析结果显示ZGC干预组相对LPS模型组,上调C4bp等5个基因的表达,抑制Mgat3、Psma6、Siglecg等22个基因的表达。GO富集分析结果显示ZGC主要参与白细胞介导免疫调节、前列腺素分泌调节、突触膜、唾液酸结合、免疫受体活性等发挥对抗细胞炎症作用。KEGG信号通路分析结果显示,ZGC主要通过细胞因子受体相互作用、C型凝集素受体(CTLs)信号通路等发挥作用。结论:ZGC可干预炎性巨噬细胞27个基因的异常表达,相关基因可能通过影响细胞因子受体相互作用、CTLs信号通路及TLR4/NF-κB等信号通路而发挥抗炎作用。 展开更多
关键词 中药组分川栀方(ZGC) RAW264.7细胞 炎症因子 基因表达谱
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高通量基因表达谱的应用 被引量：4
5
作者 胡红柳 侯晓明 +2 位作者 曲波 高学军 李庆章 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2012年第12期40-43,共4页
基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特... 基因表达谱可以描绘特定情况下组织、细胞中所表达的全套基因及其丰度,它从mRNA水平上反映出组织或细胞特异性表型和表达模式。目前基于高通量的基因表达谱主要有基因芯片和数字基因表达谱(DGE)。本文主要介绍了基因芯片和DGE的原理、特点,并对其在作物科学、动物科学和乳品科学中的应用做了简要列举。 展开更多
关键词 基因表达谱 高通量 基因芯片 数字基因表达谱
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基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究 被引量：28
6
作者 金钢 胡先贵 +6 位作者 应康 李瑶 唐榕 唐岩 景在平 谢毅 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期819-822,共4页
目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 ... 目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 3例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因 398条 ,其中新基因 2 89条 ,老基因 10 9条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因 37条 ,其中在胰腺癌组织中上调基因 2 0条 ,下调基因 17条。 结论 :运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析 ,能够有效筛查出新的胰腺癌相关基因。 展开更多
关键词 微矩阵基因芯片 基因表达谱 胰腺肿瘤 基因筛选
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老年人睾丸组织退化的基因表达谱研究 被引量：19
7
作者 辛钟成 刘武江 +6 位作者 田龙 袁亦铭 辛华 付杰 林桂亭 Ching S.LIN Tom F.LUE 《北京大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期364-368,共5页
目的 :研究老年人睾丸组织基因表达谱变化 ,为研究老年人睾丸功能衰退机制奠定基础。方法 :知情同意下获取正常青年人和老年人睾丸组织标本各 3例 ,采用QIAGENRNA提取试剂盒提取总RNA ,分别等量混合后制备探针。利用ClonTech公司生产的... 目的 :研究老年人睾丸组织基因表达谱变化 ,为研究老年人睾丸功能衰退机制奠定基础。方法 :知情同意下获取正常青年人和老年人睾丸组织标本各 3例 ,采用QIAGENRNA提取试剂盒提取总RNA ,分别等量混合后制备探针。利用ClonTech公司生产的包含 80 0 0个已知基因的人类cDNA基因芯片 [AtlasPlasticHuman 8KMi croarray (Cat.# 790 5 1) ]筛选差异表达基因。按基因功能分类方法对老年睾丸组织中差异表达的基因进行归类分析。用RT -PCR、T -A克隆测序等方法选择目的基因 ,验证基因芯片结果。结果 :筛选到差异表达基因 117个(1.4 6 % ) ,83个基因在老年睾丸组织中表达下调 ,34个基因表达上调。在表达下调的基因中 ,代谢相关基因 16个(19.3% ) ,与基因和蛋白表达相关的基因 18个 (2 1.7% ) ,信号通路相关基因 16个 (19.3% ) ,细胞分化相关基因19个 (2 2 .9% ) ,细胞结构和运动相关基因 6个 (7.2 % ) ,细胞或内环境稳态相关基因 4个 (4 .8% ) ,未知功能基因 4个 (4 .8% )。在表达上调的基因中 ,代谢相关基因 3个 (8.8% ) ,与基因和蛋白表达相关的基因 10个 (2 9.4 % ) ,信号通路相关基因 2个 (5 .9% ) ,细胞分化相关基因 11个 (32 .4 % ) ,细胞结构和运动相关基因 8个 (2 3.5 % )。RT -PCR及T 展开更多
关键词 老年人 睾丸组织退化 基因表达谱 衰老 遗传学
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EF延缓HPAT轴衰老的基因表达谱研究 被引量：49
8
作者 沈自尹 陈瑜 +1 位作者 黄建华 胡作为 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期59-62,共4页
目的:淫羊藿总黄酮(EF)延缓下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺(HPAT)轴衰老的分子机制。方法:利用基因芯片技术,分别检测淫羊藿总黄酮组、右归饮组、桃红四物汤组、老年大鼠对照组及青年大鼠对照组下丘脑、垂体、肾上腺、脾脏淋巴细胞的基因表达... 目的:淫羊藿总黄酮(EF)延缓下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺(HPAT)轴衰老的分子机制。方法:利用基因芯片技术,分别检测淫羊藿总黄酮组、右归饮组、桃红四物汤组、老年大鼠对照组及青年大鼠对照组下丘脑、垂体、肾上腺、脾脏淋巴细胞的基因表达谱。结果:老年大鼠和青年大鼠相比,HPAT轴多种神经递质、激素、细胞因子或其受体表达下调;EF组HPAT轴多种神经递质、激素、细胞因子或其受体表达上调;右归饮组及桃红四物汤组未见广泛的调节作用。结论:老年大鼠HPAT轴与生长、发育、衰老相关的基因表达以衰退的表现为主;EF能上调神经递质受体的表达并通过NEI网络的下行通路激活神经内分泌和免疫系统;通过下调促凋亡、抗增殖基因,上调抗凋亡、促增殖基因的表达,重塑淋巴细胞基因表达的平衡,延缓免疫衰老。 展开更多
关键词 淫羊藿总黄酮 衰老 HPAT轴 基因表达谱
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应用基因表达谱芯片筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因 被引量：13
9
作者 刘妍 成军 +2 位作者 王建军 陆荫英 杨倩 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期55-57,共3页
应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条... 应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3 1(- ) core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测。基因表达谱芯片所检测的 115 2条目的基因均为GenBank中登录的基因 ,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条差异表达基因 ,其中 4 5条基因表达增强 ,5 0条基因表达降低。这些核心蛋白反式调节基因与细胞增殖、分化、凋亡、信号转导及免疫调节密切相关。本实验结果为进一步阐明HCV核心蛋白致病 (癌 )的分子生物学机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 基因表达谱芯片 筛选 丙型肝炎病毒 核心蛋白 反式调节
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通心络对同型半胱氨酸损伤的内皮细胞的基因表达谱的影响 被引量：27
10
作者 陈燕铭 吴琳 +7 位作者 刘勇 周彬 王敏 刘定辉 廖火城 吴伟康 吴以岭 钱孝贤 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期42-47,共6页
目的:探讨通心络对同型半胱氨酸(Hcy)损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)的基因表达谱的影响。方法:原代培养的HUVECs,随机分为对照组、Hcy组和通心络组,提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,采用高通量Affymetric... 目的:探讨通心络对同型半胱氨酸(Hcy)损伤的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)的基因表达谱的影响。方法:原代培养的HUVECs,随机分为对照组、Hcy组和通心络组,提取总RNA并纯化,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,采用高通量Affymetric人类全基因组寡核苷酸微阵列芯片(含47 000个基因或基因片段)杂交,杂交信号经扫描和数字化处理,通过生物信息学数据分析推测通心络对同型半胱氨酸损伤的HUVECs细胞功能的影响以及可能的信号通路。结果:与对照组相比,Hcy组有4 343个基因表达上调,316个基因表达下调;与Hcy组相比,通心络组有3 409个基因表达上调,121个基因表达下调。这些共同的差异基因生物功能涉及转录因子调控、激酶、细胞骨架与蛋白合成、转运功能、细胞因子、细胞-细胞受体相互作用和细胞黏附因子等。参与的信号通路主要是与血管新生、凋亡、氧化应激、凝血纤溶和炎症等相关的信号通路,如mTOR信号通路、MAPK信号通路和Toll样受体信号通路。结论:通心络能导致同型半胱氨酸损伤内皮细胞基因表达谱的改变,这些基因改变可能参与了细胞凋亡、氧化应激和凝血纤溶等过程。 展开更多
关键词 人脐静脉内皮细胞 高半胱氨酸 通心络 基因芯片 基因表达谱
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伤寒沙门菌基因组DNA芯片的制备与基因表达谱分析应用 被引量：14
11
作者 生秀梅 黄新祥 +5 位作者 茅凌翔 朱超望 徐顺高 张海方 许化溪 刘秀梅 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第2期206-212,共7页
伤寒沙门菌是一种具有鞭毛的革兰阴性人类肠道致病菌,也是一种重要的原核生物研究用模式菌.基因组芯片能够系统、全面且高效地观察生物的基因表达及进行基因组结构比较.利用伤寒沙门菌现有的全基因组序列,以Ty2菌株的基因组为基准,选取C... 伤寒沙门菌是一种具有鞭毛的革兰阴性人类肠道致病菌,也是一种重要的原核生物研究用模式菌.基因组芯片能够系统、全面且高效地观察生物的基因表达及进行基因组结构比较.利用伤寒沙门菌现有的全基因组序列,以Ty2菌株的基因组为基准,选取CT18菌株和z66阳性菌株的特异性蛋白编码基因,设计特异性引物,经PCR有效扩增出4201个基因,产物纯化后点样于多聚赖氨酸玻片制备伤寒沙门菌基因组DNA芯片,并验证了芯片样点位次与效果.通过对基因表达谱分析的各种条件进行优化,建立相应的表达谱分析方法,并用于比较伤寒沙门菌野生株在高渗、低渗条件下的基因表达差异,结果与以前的报道基本一致.结果表明,成功建立了伤寒沙门菌基因组DNA芯片及表达谱分析方法,可为有关伤寒沙门菌基因表达调控及致病性机理、进化和基因多样性等方面的深入研究提供有效的技术支持. 展开更多
关键词 伤寒沙门菌 基因组DNA芯片 基因表达谱
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大鼠退变颈椎间盘组织基因表达谱的研究 被引量：19
12
作者 王拥军 施杞 +1 位作者 李家顺 贾连顺 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第12期1335-1338,I003,共5页
目的 :研究正常和退变模型大鼠颈椎间盘的基因表达谱 ,分析大鼠颈椎间盘基因表达水平的变化 ,用于指导诊断和治疗。 方法 :建立动静力失衡性大鼠颈椎间盘退变模型 ,从造模后 5个月对照组和模型组大鼠颈椎间盘中抽提 m RNA ,经逆转录分别... 目的 :研究正常和退变模型大鼠颈椎间盘的基因表达谱 ,分析大鼠颈椎间盘基因表达水平的变化 ,用于指导诊断和治疗。 方法 :建立动静力失衡性大鼠颈椎间盘退变模型 ,从造模后 5个月对照组和模型组大鼠颈椎间盘中抽提 m RNA ,经逆转录分别用 cy3、cy5荧光标记 ,获得两组动物椎间盘 c DNA的探针 ,再与 5 12 c DNA基因表达谱芯片杂交 ,结果由激光扫描仪扫描并用软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析、聚类分析。结果 :共筛选出 18条表达有差异的基因 ,11条基因表达量明显下降 (ratio<0 .4 ) ,其中细胞信号转导类有 4条 ;7条基因表达量明显上升 (ratio>2 .5 )。这些基因在颈椎间盘退变的表达模式与其他的报道类似。 结论 :退变大鼠椎间盘基因表达的调节发生变化 。 展开更多
关键词 基因芯片 基因表达谱 椎间盘退变
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人颈椎间盘退变基因表达谱的研究 被引量：14
13
作者 张小卫 郭团茂 +1 位作者 刘淼 张银刚 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期340-343,347,共5页
目的探讨人的颈椎间盘组织基因表达谱的变化,分析椎间盘退变的发生机制。方法改进的一步法抽取6例退变和6例正常颈椎间盘髓核的总RNA,用Cy3、Cy5荧光标记制成cDNA探针,再与22 575个cDNA基因表达芯片杂交,激光扫描荧光信号,对差异基因表... 目的探讨人的颈椎间盘组织基因表达谱的变化,分析椎间盘退变的发生机制。方法改进的一步法抽取6例退变和6例正常颈椎间盘髓核的总RNA,用Cy3、Cy5荧光标记制成cDNA探针,再与22 575个cDNA基因表达芯片杂交,激光扫描荧光信号,对差异基因表达谱进行分析。结果进行6次扫描,退变和正常椎间盘髓核组织共有570个基因发生了差异表达,其中上调550个,下调20个。结论多种基因表达异常与颈椎间盘退变相关。 展开更多
关键词 颈椎间盘 退变 基因芯片 基因表达谱 差异表达
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应用基因表达谱芯片从不同转移能力的乳腺癌细胞中筛选转移相关基因 被引量：9
14
作者 叶丽虹 尤嘉琮 +7 位作者 乔玲 蔡娜 王长晔 刘毅 吴晶辉 吴莲英 王洪辉 张晓东 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期421-428,共8页
人乳腺癌细胞系MCF-7及其转移亚克隆LM-MCF-7为肿瘤转移分子机制的研究提供了细胞模型.应用基因芯片技术比较两种具有不同转移能力细胞系基因表达谱的差异,寻找乳腺癌转移相关基因.提取两种细胞总RNA,分别用Cy5-dCTP、Cy3-dCTP标记LM-MC... 人乳腺癌细胞系MCF-7及其转移亚克隆LM-MCF-7为肿瘤转移分子机制的研究提供了细胞模型.应用基因芯片技术比较两种具有不同转移能力细胞系基因表达谱的差异,寻找乳腺癌转移相关基因.提取两种细胞总RNA,分别用Cy5-dCTP、Cy3-dCTP标记LM-MCF-7和MCF-7的cDNA,并与含有21329个基因的芯片进行杂交并扫描,利用GenePixPro4.0图像分析软件处理数据判断基因是否在两个细胞中存在表达差异.经互换荧光标记物重复两次实验,共筛选出差异表达基因67个,其中41个在LM-MCF-7细胞中表达上调,26个在LM-MCF-7细胞中表达下调.应用实时定量RT-PCR对7个表达差异明显的基因进行了验证.生物信息学分析结果提示,上述发现的差异基因编码产物与细胞内信号转导、转录调节、应激反应、新陈代谢、发育、细胞运动、细胞凋亡和细胞粘连等功能有关.据文献报道,这些差异表达的基因中有35个与肿瘤有关,其中9个与乳腺癌转移有关,6个可能参与肿瘤浸润和转移过程.根据基因芯片检测的结果,从功能上对LM-MCF-7细胞和MCF-7细胞与细胞凋亡的关系进行了研究,发现具有高转移倾向的LM-MCF-7细胞与MCF-7细胞相比,抗凋亡能力较强.上述与肿瘤转移相关基因在肿瘤转移中的作用及其分子机理有待深入研究. 展开更多
关键词 基因芯片 基因表达谱 乳腺癌 肿瘤转移
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华支睾吸虫成虫全长基因表达文库的构建和基因表达谱的建立 被引量：20
15
作者 徐劲 胡旭初 +4 位作者 应康 吴忠道 陈守义 谢毅 余新炳 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第5期383-386,393,共5页
目的　获得尽可能多的华支睾吸虫UNIGENE及全长基因 ,建立成虫基因表达谱 ,为华支睾吸虫发育过程中基因表达的规律和功能基因组学研究奠定基础。方法　构建 pBluescriptⅡSK全长cDNA质粒文库 ,先对 5’端进行随机EST大量测序 ,生物信息... 目的　获得尽可能多的华支睾吸虫UNIGENE及全长基因 ,建立成虫基因表达谱 ,为华支睾吸虫发育过程中基因表达的规律和功能基因组学研究奠定基础。方法　构建 pBluescriptⅡSK全长cDNA质粒文库 ,先对 5’端进行随机EST大量测序 ,生物信息分析后归并UNIGENE ,并对归并的结果进行了 3’端的序列测定 ,根据 3’端测序结果 ,再次进行UNI GENE归并 ,对能够拼接上的克隆进行了序列拼接。对预测为完整基因且未测通的序列 ,进行了引物设计 ,walking反应测序 ,将得到的UNIGENE用点样法制备基因芯片。结果　获得 5’端有效EST序列 4 0 6 6个 ,测序结果UNIGENE分析 ,归并获得1775个UNIGENE ,5’端预测的全长基因为 377个。共获得测通的cDNA序列 2 77个 ,其中全长基因 198个。目前制备的华支睾成虫基因表达谱芯片含有 1775个基因。结论　所构建的华支睾吸虫成虫全长cDNA文库质量较好 ,采用的技术路线获取全长基因建立基因表达谱的效率较高。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 基因表达谱 生物信息学
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基于DDRT-PCR研究茶树对茶尺蠖取食诱导的基因表达谱差异 被引量：10
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作者 韦朝领 高香凤 +2 位作者 叶爱华 杨云秋 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期133-140,共8页
利用DDRT-PCR技术初步研究了茶树被害虫茶尺蠖取食后基因表达谱差异。结果表明:接头引物A3、A4、A6、A7和A8分别与随机引物R1-R8,R12组合扩增后,总共得到222条差异片段,占总条带数的32.8%。在所鉴定的20个差异片段中,有8个片段序列没有... 利用DDRT-PCR技术初步研究了茶树被害虫茶尺蠖取食后基因表达谱差异。结果表明:接头引物A3、A4、A6、A7和A8分别与随机引物R1-R8,R12组合扩增后,总共得到222条差异片段,占总条带数的32.8%。在所鉴定的20个差异片段中,有8个片段序列没有发现同源序列;有5个片段序列与未知功能蛋白相关;其余7个差异表达的片段序列可分为6类,即分别与光合系统II色素蛋白(C15)、非生物抗性诱导蛋白(D22)、糖苷代谢酶(A45)、核酸和蛋白转录调控因子(A12,D63)、生长素调节蛋白(E94)和营养性抗虫蛋白(D73)。其中差异表达片段C15、A45、D22、D73和E94在植物与害虫相互作用相关分子机制研究中首次被发现。 展开更多
关键词 茶树 茶尺蠖 取食诱导 基因表达谱差异显示
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人鼻咽与鼻咽癌及肺癌基因表达谱差异的研究 被引量：11
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作者 何志巍 许亮国 +3 位作者 任彩萍 谢鹭 甘润良 姚开泰 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第5期446-450,共5页
研究鼻咽癌、肺癌与正常鼻咽组织基因表达谱差异及筛选鼻咽癌相关基因， 采用α３２Ｐ逆转录标记组织总ＲＮＡ， 将ｃＤＮＡ 探针与有５ １８４ 个基因或表达序列标签ＥＳＴ （ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇ） 的高... 研究鼻咽癌、肺癌与正常鼻咽组织基因表达谱差异及筛选鼻咽癌相关基因， 采用α３２Ｐ逆转录标记组织总ＲＮＡ， 将ｃＤＮＡ 探针与有５ １８４ 个基因或表达序列标签ＥＳＴ （ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔａｇ） 的高密度ｃＤＮＡ 微阵列ＧＦ２００ 杂交， 软件分析表达谱差异． 结果发现三者均呈低表达为主的表达谱， 密度值在２００ 以上的基因及ＥＳＴ在鼻咽癌有１１０ 个， 肺癌１３４ 个而鼻咽组织有１５８ 个； ５ 个ＥＳＴ在鼻咽高表达但鼻咽癌低表达，３ 个ＥＳＴ在鼻咽癌高表达但正常鼻咽低表达． 结果表明鼻咽癌与正常鼻咽及肺癌组织存在差异表达基因， 可能还有新基因在鼻咽癌发生中起作用； 展开更多
关键词 高密度cDNA微阵列 基因表达谱 鼻咽癌
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原发性骨质疏松症肾阴虚证骨组织基因表达谱研究 被引量：14
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作者 李生强 冯尔宥 +4 位作者 张怡元 邱龙龙 谢冰颖 谢丽华 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1215-1218,1253,共5页
目的通过检测原发性骨质疏松症患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阴虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组3例、肾阳虚证组3例、无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设... 目的通过检测原发性骨质疏松症患者骨组织基因表达谱的差异,探讨原发性骨质疏松症肾阴虚证相关基因的信息学特征。方法随机选择骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组3例、肾阳虚证组3例、无肾虚证组3例,并选择正常骨密度人群3例设为正常对照组。用人全基因组表达谱芯片检测4组人群骨组织基因表达谱,筛选共同的差异表达基因,并对这些差异表达基因进行基因通路等相关功能分析。结果肾阴虚证组与正常对照组、肾阳虚证组、无肾虚证组的差异表达基因分别为2378、4026、4071条,肾阴虚证组与其他3组比较共同的差异表达基因有344条,这些差异基因参与免疫调节、矿物质吸收、激素合成、组氨酸代谢等11条信号通路。结论原发性骨质疏松症肾阴虚证的相关基因主要与免疫调节、激素合成、组氨酸代谢、矿物质吸收等信号通路相关。 展开更多
关键词 原发性骨质疏松症 肾阴虚证 基因表达谱
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小麦幼苗水分胁迫应答基因表达谱分析 被引量：7
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作者 庞晓斌 毛新国 +4 位作者 景蕊莲 施俊凤 高婷 昌小平 李彦舫 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期333-336,共4页
利用抑制差减杂交技术,分别构建小麦幼苗在水分胁迫1 h、6 h、12 h2、4 h和48 h条件下的cDNA文库,得到6 733条EST序列。通过对这些序列的组装、比对、注释和分类,初步构建了小麦不同水分胁迫条件下的应答基因表达谱,发现水分胁迫应答基... 利用抑制差减杂交技术,分别构建小麦幼苗在水分胁迫1 h、6 h、12 h2、4 h和48 h条件下的cDNA文库,得到6 733条EST序列。通过对这些序列的组装、比对、注释和分类,初步构建了小麦不同水分胁迫条件下的应答基因表达谱,发现水分胁迫应答基因表达的时间特性及4种表达模式。在648个已知功能注释的uni-gene中,6.17%属转录因子类基因,2.16%为蛋白磷酸酶类基因,4.01%是蛋白激酶类基因,19.90%为避免损伤和修复蛋白类基因,2.0%为大分子保护因子类基因,9.11%为膜蛋白类基因,这些基因可能是抗旱相关的重要基因。 展开更多
关键词 小麦 抑制差减杂交 水分胁迫 基因表达谱
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经前平颗粒对愤怒情绪反应模型大鼠海马基因表达谱的影响 被引量：6
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作者 郭英慧 魏盛 +2 位作者 高杰 宋春红 乔明琦 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1324-1328,共5页
目的在整体基因水平上探索经前平颗粒调节愤怒情绪大鼠海马基因表达谱的药物作用靶点和机制。方法采用社会隔离配合居住入侵法制备愤怒情绪反应大鼠模型,分别取正常组、愤怒模型组和经前平颗粒用药组大鼠海马进行基因芯片检测和生物信... 目的在整体基因水平上探索经前平颗粒调节愤怒情绪大鼠海马基因表达谱的药物作用靶点和机制。方法采用社会隔离配合居住入侵法制备愤怒情绪反应大鼠模型,分别取正常组、愤怒模型组和经前平颗粒用药组大鼠海马进行基因芯片检测和生物信息学分析。用RT-PCR方法对差异表达基因Htr3b和GABABR2进行验证。结果芯片检测结果显示,愤怒模型组大鼠差异基因和涉及信号通路数目均较正常组多,用经前平干预后,愤怒模型组上下调差异基因数都有大幅下降。经前平颗粒可通过调节腺苷酸环化酶(Ad-cy4)、c-Jun氨基末端激酶抑制因子(TAOK3/JIK)、5-羟色胺2C受体(5-Htr2c)等多个靶基因及神经激活受体配体作用、细胞外基质受体(ECM)、MAPK及Ca2+信号等多条细胞间与细胞内信号调控途径对愤怒情绪大鼠进行干预调节。差异表达基因Htr3b和GABABR2的RT-PCR验证结果与基因芯片数据表达的趋势一致。结论经前平颗粒通过多环节、多靶点调节优势,明显改善了愤怒情绪大鼠异常行为变化,提示经前平颗粒干预愤怒情绪大鼠的药物作用靶点和相关信号通路可作为进一步深入探讨与愤怒情绪相关的疾病发病机制的新线索。 展开更多
关键词 经前平颗粒 愤怒 大鼠 基因表达谱 海马 分子作 用机理
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