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基因表达差异显示分析技术在创伤研究中的应用
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作者 徐发良 李磊 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期322-326,共5页
基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素。基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常。包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,... 基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素。基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常。包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,最终妨碍机体健康。随着生物信息学的逐渐兴起和分子生物学的不断发展并向其他学科的逐渐渗透,业已建立起一系列研究基因表达变化的切实可行的技术手段(即“基因表达差异分析技术”,如DNA微阵列),对捕获基因表达的种种变化具有重要价值。这些技术已经在肿瘤及其他疾病的研究中得到了广泛应用;近几年也逐渐进入创伤研究领域,在一定程度上推动了创伤研究的发展。 展开更多
关键词 基因表达差异显示分析 创伤研究 应用
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小麦生理型雄性不育系差异表达基因筛选与表达模式分析
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作者 付亮 吴国丽 +5 位作者 马华平 李洋 周思远 李永珍 李政 蒋志凯 《山东农业科学》 北大核心 2025年第10期18-27,共10页
为探究化学杂交剂SQ-1诱导小麦花粉败育的分子机制,本研究以西农1376为试验材料,采用RNA-seq技术对SQ-1(5 kg·hm^(-2))处理组(PHYMS-1376)和清水对照组(CK-1376)处理后8、24 h和5 d的小花进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),... 为探究化学杂交剂SQ-1诱导小麦花粉败育的分子机制,本研究以西农1376为试验材料,采用RNA-seq技术对SQ-1(5 kg·hm^(-2))处理组(PHYMS-1376)和清水对照组(CK-1376)处理后8、24 h和5 d的小花进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),并进行GO富集、KEGG通路及表达模式分析。结果表明,从处理后8、24 h和5 d的PHYMS-1376和CK-1376小花中共鉴定出2827个DEGs,其中有1799个基因显著上调表达,1028个基因显著下调表达。GO分析结果显示,这些DEGs主要富集于光合作用和DNA复制等生物学过程、类囊体膜和细胞壁等细胞组分以及电子传递活性、ATP酶活性等分子功能中。KEGG分析结果显示,这些DEGs主要参与淀粉和蔗糖代谢、谷胱甘肽代谢及苯丙素生物合成等通路。qRT-PCR验证结果显示16个DEGs的表达模式与转录组分析结果基本一致(R 2=0.9856)。综上,SQ-1可能通过干扰活性氧代谢、碳源分配及能量供应等关键通路诱导花粉发育相关物质合成受阻,最终导致雄性不育。这可为进一步探究SQ-1的分子作用机制及小麦杂种优势利用提供一定理论依据。 展开更多
关键词 小麦 化学杂交剂SQ-1 雄性不育 转录组测序 差异表达基因 GO富集分析 KEGG通路分析
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碱地番茄果实品质差异性及差异表达基因分析 被引量:1
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作者 郝鹏 王紫 +1 位作者 李海 安利 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第4期186-192,共7页
为深入研究碱性土壤下不同碱地番茄品种果实的生理指标相对正常土壤的变化,选择5个不同的碱地番茄品种,测定其果实的11个农艺性状,通过进行相关性分析和主成分分析,筛选最适宜碱性土壤中种植的品种。通过主成分分析提取到3个主成分,累... 为深入研究碱性土壤下不同碱地番茄品种果实的生理指标相对正常土壤的变化,选择5个不同的碱地番茄品种,测定其果实的11个农艺性状,通过进行相关性分析和主成分分析,筛选最适宜碱性土壤中种植的品种。通过主成分分析提取到3个主成分,累计贡献率为86.622%。5个碱地番茄品种综合得分从高到低排序为草莓2号>京采6号>京采8号>鲜阳>鑫圣。通过转录组GO功能和KEEP功能分析不同土壤栽培条件下与碱地番茄果实品质相关的差异表达基因。结果表明,共有787个差异表达基因,其中386个基因的表达量上调,401个基因的表达量下调。在果实品质方面,半乳糖代谢(sly00052)、类胡萝卜素生物合成(sly00906)、维生素B_(6)代谢(sly00750)、己糖基转移酶(Solyc02g089440.3)、糖基转移酶(Solyc04g080010.4)等基因较为活跃,能够提升碱地番茄果实的品质。在果实生长激素方面,生长素反应因子(Solyc05g047460.3)、脱落酸(Solyc08g005610.3)、9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶(Solyc08g016720.1)等基因与植物的耐逆性有关。 展开更多
关键词 碱地 番茄 品种比较 主成分分析 转录组 差异表达基因
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甘蓝型油菜响应碱胁迫的基因表达差异分析
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作者 赵慧霞 郭彦丽 +9 位作者 郑渝泠 何棱 陈锐 王珊珊 曾长立 邹珺 沈金雄 傅廷栋 刘小云 万何平 《作物学报》 北大核心 2025年第11期3105-3118,共14页
为了研究碱胁迫条件下不同油菜材料的差异表达基因,为耐碱油菜品种选育和耐碱胁迫的分子机制探究提供参考,本研究选取耐碱油菜华油杂62(H62)和不耐碱油菜中双11改良系(ZS11)为试验材料,设置对照和0.10%Na_(2)CO_(3)胁迫处理,利用RNA-Se... 为了研究碱胁迫条件下不同油菜材料的差异表达基因,为耐碱油菜品种选育和耐碱胁迫的分子机制探究提供参考,本研究选取耐碱油菜华油杂62(H62)和不耐碱油菜中双11改良系(ZS11)为试验材料,设置对照和0.10%Na_(2)CO_(3)胁迫处理,利用RNA-Seq技术对萌发期的地上部和地下部的基因表达进行分析,通过生物信息学方法对差异基因的生物学功能和代谢途径进行研究,筛选可能参与碱胁迫调控的基因,了解油菜萌发期响应碱胁迫的分子机制。结果表明,与对照相比,0.10%Na_(2)CO_(3)胁迫下H62和ZS11地上部和地下部生长均显著受到抑制。转录组分析显示,在0.10%Na_(2)CO_(3)胁迫处理下,H62和ZS11地下部分别筛选出1860个和6358个上调表达基因,以及952个和6747个下调表达基因;H62和ZS11地上部分别筛选出3776个和5385个上调表达基因,以及1336个和3051个下调表达基因。ZS11的地上部与地下部差异表达基因(deferentially expressed genes, DEGs)数量均显著多于H62,尤其是地下部差异更大。GO和KEGG富集分析显示,2个品种中的DEGs显著富集于不同的GO功能与KEGG通路,表明其响应机制存在差异。H62主要通过谷胱甘肽代谢、醛固酮代谢、丙酮酸盐代谢、三羧酸循环和类黄酮合成等通路响应碱胁迫。ZS11碱胁迫后,离子通路、钾离子跨膜转运、ABC转运因子、DNA复制和蛋白酶体等通路发生显著变化。本研究通过建立耐碱/敏感油菜品种(系)的特异性转录调控图谱,揭示油菜萌发期耐碱胁迫的核心代谢通路及品种(系)特异性调控机制,为耐碱种质创制提供了关键候选基因和理论依据。 展开更多
关键词 油菜 碱胁迫 转录组分析 差异表达基因 谷胱甘肽代谢
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武定鸡FOXO3基因的分子特征、功能分析及多组织差异表达
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作者 刘冰汇 高瑞霞 +2 位作者 范新阳 张永云 苗永旺 《饲料研究》 北大核心 2025年第12期92-98,共7页
试验旨在探究武定鸡叉头盒蛋白O3(FOXO3)基因的分子特征、功能分析及组织表达差异。采用RT-PCR技术克隆了FOXO3基因的完整编码序列(CDS),结合生物信息学工具分析其分子特征、结构和功能。检测并比较了不同日龄武定鸡心肌、肝脏、脾脏、... 试验旨在探究武定鸡叉头盒蛋白O3(FOXO3)基因的分子特征、功能分析及组织表达差异。采用RT-PCR技术克隆了FOXO3基因的完整编码序列(CDS),结合生物信息学工具分析其分子特征、结构和功能。检测并比较了不同日龄武定鸡心肌、肝脏、脾脏、肺、肾脏、腿肌和胸肌中FOXO3基因表达差异。结果显示,武定鸡FOXO3基因CDS长度为1983 bp,编码一个由660个氨基酸组成的亲水性非分泌蛋白,不含信号肽和跨膜结构域。该蛋白包含叉头结构域(FH_FOXO3)、KIX结构域(FOXO_KIX_bdg)和转录激活结构域(FOXO_TAD)。FOXO3主要作为RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合转录因子,参与FOXO信号通路、线粒体自噬、细胞衰老、蛋白质合成与降解等生物学过程。比较分析表明,鸡的FOXO3在结构和功能上与其他物种具有高度相似性,特别是雉科动物。FOXO3基因在武定鸡所检测的7个组织中均有表达,在50日龄时,武定鸡腿肌和胸肌的FOXO3表达量极显著高于其他日龄(P<0.01)。研究表明,FOXO3基因与武定鸡肌肉发育密切相关。 展开更多
关键词 武定鸡 FOXO3基因 克隆 生物信息学分析 组织差异表达
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芥菜型油菜响应菌核病侵染表达特性与高抗性关联基因分析 被引量:2
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作者 张金泽 周庆国 +6 位作者 杨旭 王倩 肖莉晶 金海润 欧阳青静 余坤江 田恩堂 《作物学报》 北大核心 2025年第3期621-631,共11页
菌核病是油菜的主要病害,侵染后能导致油菜大幅减产。本研究对200份芥菜型油菜株系进行了菌核病抗性鉴定,并从中筛选出部分高抗性育种材料。然后选取高抗株系G21-243-1(HR)和感病株系G21-149-2(LR)作为研究材料,通过实验室模拟核盘菌侵... 菌核病是油菜的主要病害,侵染后能导致油菜大幅减产。本研究对200份芥菜型油菜株系进行了菌核病抗性鉴定,并从中筛选出部分高抗性育种材料。然后选取高抗株系G21-243-1(HR)和感病株系G21-149-2(LR)作为研究材料,通过实验室模拟核盘菌侵染12 h、24 h、36 h后的叶片为材料进行转录组分析(RNA-Seq),共获得138.16 Gb的Clean Data。以菌核病感病株系为对照,以接种菌核病的同时期抗病株系为处理组,进行差异基因表达分析后,共检测到1899个上调表达基因,1330个下调基因表达,在2个时期同时检测到445个差异表达基因,在3个时期同时检测到90个差异表达基因。对全部差异表达基因进行GO和KEGG功能分析,在KEGG分析中显著富集的通路为Plant-pathogen interactions、Plant hormone signaling、MAPK signaling pathways-plants。结合转录组分析检测到的DEG及功能分析结果,初步筛选出20个菌核病抗性相关的候选基因,并随机选取其中6个候选基因进行了qRT-PCR分析。本研究的开展可为解析菌核病侵染寄生植物基因表达特性、菌核病抗性基因筛选及油菜的菌核病抗性育种奠定基础。 展开更多
关键词 芥菜型油菜 菌核病 转录组分析 差异表达基因
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澳洲异尾涡虫再生过程的基因共表达网络及关键基因的调控模式分析
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作者 蒲忠棋 姚立杰 +2 位作者 常欣瑶 孙雪 李语丽 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第11期73-88,共16页
针对原始双侧对称动物再生机制尚不明晰的现状,为解析澳洲异尾涡虫(Heterochaerus australis)这一无肠目(Acoela)典型动物再生过程分子机制的关键科学问题,本研究基于澳洲异尾涡虫各再生时期的头部组织与尾部组织表达谱数据,使用加权基... 针对原始双侧对称动物再生机制尚不明晰的现状,为解析澳洲异尾涡虫(Heterochaerus australis)这一无肠目(Acoela)典型动物再生过程分子机制的关键科学问题,本研究基于澳洲异尾涡虫各再生时期的头部组织与尾部组织表达谱数据,使用加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)技术,解析了头部组织与尾部组织再生过程中共有的关键基因调控网络。通过基因差异表达分析以及基因共表达模块相似性分析,鉴定出头部组织与尾部组织相似的基因共表达模块。基于KEGG功能分析发现,这些模块的基因参与细胞增殖、DNA复制、细胞能量平衡维持以及细胞异常增殖抑制等生物学过程,这表明这些模块共同保障澳洲异尾涡虫头部组织与尾部组织的正确再生。进一步,通过细分基因共表达网络子模块枢纽基因的功能以及表达模式,本研究揭示了澳洲异尾涡虫再生过程中头部组织与尾部组织共有的基因调控网络的级联表达模式。 展开更多
关键词 澳洲异尾涡虫 加权基因表达网络分析(WGCNA) 转录组 再生 基因表达模块 枢纽基因 差异表达基因
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背根神经节吗啡耐受核心基因筛选与机制研究:加权基因共表达网络分析和机器学习的转录组学整合策略
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作者 禹志远 董海平 +1 位作者 高楠 马柯 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第10期1308-1319,共12页
目的·开发一种多算法协同的计算生物学策略,构建吗啡耐受外周神经调控网络的预测模型,并筛选高置信度候选靶标。方法·构建不同吗啡用药时长的小鼠模型,采集其背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)组织开展批量RNA测序,以表... 目的·开发一种多算法协同的计算生物学策略,构建吗啡耐受外周神经调控网络的预测模型,并筛选高置信度候选靶标。方法·构建不同吗啡用药时长的小鼠模型,采集其背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)组织开展批量RNA测序,以表达矩阵为基础构建加权基因共表达网络,用于识别共表达基因模块。随后,通过整合加权基因共表达网络与差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选候选基因,并对候选基因开展基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集分析。同时,构建候选基因蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并应用cytoHubba算法识别获得枢纽基因。整合最小绝对收缩与选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、支持向量机递归特征消除(support vector machine recursive feature elimination,SVM-RFE)模型及随机森林(random forest,RF)模型3种机器学习算法筛选获得特征基因。最终通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)验证枢纽基因和特征基因的功能特征。结果·加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)鉴定出8297个关键模块基因,结合DEGs筛选获得177个候选基因,功能富集分析显示它们显著参与离子通道调控及血管平滑肌收缩通路的生物学过程。结合PPI网络与3种机器学习算法,最终识别出4个特征基因[肌动蛋白γ2(actinγ2,smooth muscle,Actg2)、中心粒卷曲螺旋蛋白110(centriolar coiled-coil protein 110,Ccp110)、神经细胞黏附分子2(neural cell adhesion molecule 2,Ncam2)、硒结合蛋白1(selenium binding protein 1,Selenbp1)]及6个枢纽基因[肌动蛋白α2(actinα2,smooth muscle,Acta2)、血管性血友病因子(von Willebrand factor,Vwf)、细胞通信网络因子2(cellular communication network factor 2,Ccn2)、整合素β4(integrinβ4,Itgb4)、整合素α11(integrinα11,Itga11)、TEK受体酪氨酸激酶(TEK receptor tyrosine kinase,Tek)]。结论·成功构建了多算法协同的吗啡耐受外周神经调控网络预测模型,共筛选出10个高置信度核心基因。 展开更多
关键词 吗啡耐受 背根神经节 转录组测序 加权基因表达网络分析 差异表达基因 机器学习
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‘红阳’猕猴桃TCP基因家族鉴定及其在果实中的表达分析 被引量:1
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作者 宋姝熠 蒋开秀 +2 位作者 刘欢艳 黄亚成 刘林娅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期190-201,共12页
【目的】基于全基因组鉴定‘红阳’猕猴桃TCP基因(AcTCPs)家族成员,分析各成员的分类进化关系,研究其组织、果实发育过程和激素处理的表达特性,为深入揭示猕猴桃果实中TCP基因的功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法分析‘红阳’... 【目的】基于全基因组鉴定‘红阳’猕猴桃TCP基因(AcTCPs)家族成员,分析各成员的分类进化关系,研究其组织、果实发育过程和激素处理的表达特性,为深入揭示猕猴桃果实中TCP基因的功能奠定基础。【方法】利用生物信息学方法分析‘红阳’猕猴桃TCP转录因子的理化性质、基因结构、保守基序、顺式作用元件及物种间共线性关系等。利用转录组数据和RT-qPCR分析‘红阳’猕猴桃中AcTCPs在果实不同发育时期、不同组织中和激素处理下的表达模式。【结果】在‘红阳’猕猴桃中鉴定出分布于19条染色体上的40个含有完整TCP结构域的AcTCPs基因,分别命名为AcTCP1-AcTCP40。系统发育分析、保守基序和基因结构分析将它们分为PCF(21)、CIN(12)和CYC/TB1(7),且全基因复制或片段复制在‘红阳’猕猴桃TCP基因家族的扩展中发挥了重要作用。组织特异性分析表明,6个候选基因在雄花和果实中高表达,果实不同发育时期RT-qRCR结果显示,AcTCP1在果实发育后期高表达,AcTCP11、AcTCP1、AcTCP35、AcTCP10和AcTCP32在果实发育前期高表达,且表达模式与转录组结果一致。对果实进行外源激素处理结果表明,脱落酸(ABA)和乙烯(ET)处理下调了6个候选AcTCPs的表达;赤霉素(GA_(3))处理初期上调了AcTCP1、AcTCP35和AcTCP32的表达,氯吡苯脲(CPPU)处理初期上调了Ac TCP35和AcTCP32的表达,其余AcTCPs的表达均被GA_(3)和CPPU下调。【结论】从‘红阳’猕猴桃全基因组中系统鉴定出40个TCP基因,6个候选基因在果实和雄花中高表达。在果实中AcTCP35、AcTCP32、AcTCP1、AcTCP10、AcTCP11和AcTCP20的表达与果实发育密切相关且受到外源激素(ABA、ET、GA_(3)和CPPU)的调控。 展开更多
关键词 ‘红阳’猕猴桃 TCP转录因子 基因组鉴定 生物信息学 组织差异 表达模式分析 激素处理
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用mRNA差异显示技术分析中华绒螯蟹早期发育的基因表达 被引量:7
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作者 张晓军 崔朝霞 +1 位作者 樊拥军 相建海 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期34-37,共4页
用中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)未受精卵、受精卵、二细胞胚、囊胚、原肠胚为材料 ,提取总RNA ,分别用OligodT12GA、GC、AC3种锚定引物合成以上5种材料的cDNA第一链 ,然后以此cDNA为模板用30种随机引物进行PCR扩增 ,琼脂糖凝胶电泳分... 用中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)未受精卵、受精卵、二细胞胚、囊胚、原肠胚为材料 ,提取总RNA ,分别用OligodT12GA、GC、AC3种锚定引物合成以上5种材料的cDNA第一链 ,然后以此cDNA为模板用30种随机引物进行PCR扩增 ,琼脂糖凝胶电泳分析。得到了5个早期发育的特异表达片段。结果表明 ,未受精卵、受精卵、二细胞胚之间的差异不大 ,都表现为母型调控 ,囊胚期有新mRNA的转录 ,开始进入合子型调控。 展开更多
关键词 MRNA差异显示 中华绒螯蟹 早期发育 基因表达
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运用银染mRNA差异显示方法分析杂交水稻红莲优6号基因表达差异 被引量:7
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作者 张义平 陈学峰 熊建华 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2003年第4期493-497,共5页
运用非同位素银染mRNA差异显示方法 ,分析红莲型杂交水稻组合基因表达差异。以杂交水稻及其亲本三系 (YTA、YTB、93 1 1 )三叶一心期叶片RNA为模板采用锚定引物 5′dT1 2MN 3′和随机引物组合 ,进行反转录差异显示PCR。经 5 .6%测序胶... 运用非同位素银染mRNA差异显示方法 ,分析红莲型杂交水稻组合基因表达差异。以杂交水稻及其亲本三系 (YTA、YTB、93 1 1 )三叶一心期叶片RNA为模板采用锚定引物 5′dT1 2MN 3′和随机引物组合 ,进行反转录差异显示PCR。经 5 .6%测序胶电泳分离后用银染方法显示差异DNA条带 ,在直观下 ,从凝胶中回收差异条带并进行再扩增 ,2 %琼脂糖电泳得到了DNA的单一带型。 展开更多
关键词 杂交水稻 红莲优6号品种 银染mRNA 差异显示 基因表达
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差异显示反转录-PCR及抑制性扣除杂交在基因表达差异分析中的应用 被引量:2
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作者 黄升谋 邹应斌 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第2期183-185,共3页
差异显示反转录 -PCR和抑制性扣除杂交是目前广泛应用于基因表达差异分析的方法 ,它们分别具有灵敏度高假阳性率低等特点 ,对其原理、技术。
关键词 差异显示反转录-PCR 抑制性扣除杂交 基因表达差异分析 应用
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基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析 被引量:2
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作者 梁一豪 赖颖君 +4 位作者 袁燕文 袁炜 张锡波 张拔山 卢志锋 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期605-616,共12页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因(DEGs)并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络(PPI),根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱(TCGA)中胃腺癌(STAD)的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质(ECM)与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调(P<0.05);而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调(P<0.05)。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌患者的生存时间显著相关;ROC曲线显示,TIMP1、SPARC、THY1、THBS2对胃癌有较高的诊断价值;在胃癌患者的病理组织中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3的高表达得到验证;qRT-PCR检测发现,核心基因在不同的胃癌细胞株中不尽相同,但表达趋势基本符合。结论SPARC、TIMP1、THBS2等DEGs可能与胃癌的发生发展有关,可能作为潜在的候选分子标志物,用于胃癌的早期诊断和预后判断。 展开更多
关键词 胃癌 基因芯片 生物信息学分析 差异表达基因 分子标志物
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基于加权基因共表达网络分析识别肥胖型多囊卵巢综合征的关键基因 被引量:1
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作者 张丽娜 姜晓琳 +2 位作者 侯海燕 柯妍 宋小磊 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2024年第6期179-182,I0028-I0031,共8页
目的 采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)方法识别肥胖型多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的关键基因,探讨肥胖型PCOS的发病机制。方法 从基因表达数据库(gene expressi... 目的 采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)方法识别肥胖型多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的关键基因,探讨肥胖型PCOS的发病机制。方法 从基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)下载GSE5090芯片数据,通过WGCNA算法分析筛选基因共表达关键模块和核心基因,对关键模块进行GO和KEGG分析,对核心基因进行差异分析以确定肥胖型PCOS的关键基因。结果 在GSE5090芯片数据中,通过WGCNA分析构建出了31个共表达基因模块,其中重褐色模块(MEsaddlebrown)与肥胖型PCOS具有密切的相关性,包含53个基因。对此模块基因进一步筛选,识别出了ZNF492、MED17、CRABP1、KCNV2、KRI1、ACSBG2、MACO1、SCLY、CPSF1、MAGEA8 10个肥胖型PCOS核心基因。对此模块基因进行GO和KEGG分析发现相关基因与脂肪酸代谢关系密切,主要作用于核蛋白,通过调节染色体组织、有机酸分解等发挥生物学功能。进一步对核心基因表达量进行差异分析,基因ZNF492、CRABP1、KCNV2在肥胖对照组与肥胖型PCOS脂肪组织间存在明显差异。结论 ZNF492、CRABP1和KCNV2基因在肥胖型PCOS的发展中可能产生重要生物学意义,其具体机制有待进一步研究。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 加权基因表达网络 差异表达基因 GO分析 KEGG分析
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兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析 被引量:11
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作者 李文雍 齐冰 +3 位作者 王玉阁 郁卫东 杜淼 陈清轩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期813-818,共6页
与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(M... 与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8~ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达. 展开更多
关键词 差异表达分析 发育相关基因 兔克隆胚胎 再程序化 单胚差异显示技术
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猪背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的差异表达和主成分分析 被引量:9
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作者 李明洲 李学伟 +4 位作者 朱砺 滕晓坤 肖华胜 李强 陈磊 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期46-54,共9页
骨骼肌细胞和脂肪细胞在分化生长速度上相对竞争的平衡点是猪肉质和胴体性状的决定因素.利用Oligo功能分类芯片检测了瘦肉型的长白猪和脂肪型的太湖猪在初生、1、2、3、4和5月龄间背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的动态表达变化.... 骨骼肌细胞和脂肪细胞在分化生长速度上相对竞争的平衡点是猪肉质和胴体性状的决定因素.利用Oligo功能分类芯片检测了瘦肉型的长白猪和脂肪型的太湖猪在初生、1、2、3、4和5月龄间背最长肌中肌肉生长和脂肪沉积相关基因的动态表达变化.差异表达分析结果显示,在初生至5月龄的品种间分别有15、16、11、13、18和20个基因的表达差异倍数大于2倍.品种内的方差分析表明,长白猪分别有18和22个基因,太湖猪分别有3和7个基因在月龄间的表达差异达极显著(P<0.01)和显著水平(P<0.05).主成分分析结果显示,先降后升是两品种内最具代表性的基因表达模式,且长白猪和太湖猪分别有7和6个基因的表达模式明显偏离其他基因,提示其可能受到了重要的调控.此外,5个差异表达基因的荧光定量RT-PCR验证结果均与芯片结果呈正相关趋势.以上结果筛选出了对于猪肉质和胴体性状可能具有重要影响,值得深入研究的一些候选基因,为深入研究生长发育过程中参与肌纤维生长和脂肪酸合成关键基因的表达变化规律和互作调控机制提供了基础数据. 展开更多
关键词 基因芯片 肌肉 脂肪 基因差异表达 主成分分析
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应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异 被引量:4
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作者 鲍忠赞 张彩霞 +6 位作者 徐世清 周前凯 魏广兵 王华 刘腾 金鑫 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期456-467,共12页
高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕... 高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。 展开更多
关键词 家蚕 高温 基因表达系列分析技术 差异表达基因
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金针菇菌丝与原基差异表达基因分析 被引量:18
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作者 刘芳 王威 谢宝贵 《食用菌学报》 北大核心 2014年第1期1-7,共7页
以金针菇(Flammulina velutipes)1123菌株的单孢W23基因组为参考完成其菌丝和原基转录组测序与数据分析,研究两样本间差异基因,并对差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果表明:两个样本中共有显著性差异表达的基因3310... 以金针菇(Flammulina velutipes)1123菌株的单孢W23基因组为参考完成其菌丝和原基转录组测序与数据分析,研究两样本间差异基因,并对差异基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果表明:两个样本中共有显著性差异表达的基因3310个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为1686、1624个,只在原基中表达的基因有26个。GO功能分析结果表明,在原基中膜封闭腔、内膜系统、细胞器腔、核糖核蛋白复合体、翻译调节器、发育过程、免疫系统过程、多细胞生物过程这8个GO基本单元中的差异基因全部呈现上调表达。Pathway功能富集分析结果表明,核糖体与DNA复制中的差异基因全部呈现上调表达,糖酵解途径中从D-葡萄糖转化成丙酮酸过程相关的11个差异基因全部呈下调表达,磷酸戊糖途径中相关的13个差异基因中有11个基因呈下调表达。 展开更多
关键词 原基 差异基因表达 GO功能 Pathway分析
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用差异显示反转录PCR银染技术研究植物基因表达的差异 被引量:7
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作者 毛爱军 王台 宋艳茹 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期736-739,共4页
通过调整差异显示反转录PCR (DDRT PCR)中总RNA、锚定引物、随机引物、cDNA和dNTP等关键试剂的用量 ,优化了适用于银染检测的DDRT PCR方法 .PCR扩增产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳分离后 ,银染能检测到多而清晰的条带 .泳道中的... 通过调整差异显示反转录PCR (DDRT PCR)中总RNA、锚定引物、随机引物、cDNA和dNTP等关键试剂的用量 ,优化了适用于银染检测的DDRT PCR方法 .PCR扩增产物经 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳分离后 ,银染能检测到多而清晰的条带 .泳道中的条带数最少为 40个 ,最多达 80个 ,平均为 6 0个 ,条带大小分布在 10 0~ 90 0bp范围 ,灵敏度为 5pg/mm2 .此方法操作简便快速 ,灵敏度高 ,重复性好 .采用这个改良的方法 ,分析了拟南芥野生型和ast突变型基因表达的差异 .从 16 0 0 0个cDNA扩增产物条带中筛选出 2 8个差异条带 .二次PCR扩增后 ,进一步筛选出 13个差异条带 ,其中 7个是野生型特异表达的 ,6个是突变型特异表达的 。 展开更多
关键词 差异显示反转录PCR 银染 拟南芥 ast突变型 植物 基因表达
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小样本情况下差异表达基因鉴别的参数统计分析 被引量:10
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作者 贺宪民 武建虎 +1 位作者 贺佳 XIANG Zhaoying 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2005年第3期141-145,共5页
目的探索小样本情况下基于不同理论的统计方法在鉴别差异表达基因时的性能。方法以实验资料为基础,估计残差方差的分布参数、基因的平均表达及差异表达水平,按照一定差异比例模拟理论数据,用于分析倍数法、t检验、随机方差模型、SAM及... 目的探索小样本情况下基于不同理论的统计方法在鉴别差异表达基因时的性能。方法以实验资料为基础,估计残差方差的分布参数、基因的平均表达及差异表达水平,按照一定差异比例模拟理论数据,用于分析倍数法、t检验、随机方差模型、SAM及对数后验比法的性能及特征。结果随机方差模型、SAM及对数后验比法在鉴别差异表达基因的准确性上相近,均高于t检验和倍数法,t检验又稍高于倍数法。结论倍数法的性能受极端值的影响严重,t检验在基因特异性标准误较小情况下增加鉴别的假阳性率,而随机方差模型、SAM和对数后验比法由于统计量的计算建立在多基因的基础上,鉴别的准确性较高。 展开更多
关键词 小样本 差异表达基因 鉴别 参数 统计分析 对数后验比法 SAM
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