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伤寒沙门菌基因组DNA芯片的制备与基因表达谱分析应用
被引量：
14
1
作者
生秀梅
黄新祥
+5 位作者
茅凌翔
朱超望
徐顺高
张海方
许化溪
刘秀梅
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期206-212,共7页
伤寒沙门菌是一种具有鞭毛的革兰阴性人类肠道致病菌,也是一种重要的原核生物研究用模式菌.基因组芯片能够系统、全面且高效地观察生物的基因表达及进行基因组结构比较.利用伤寒沙门菌现有的全基因组序列,以Ty2菌株的基因组为基准,选取C...
伤寒沙门菌是一种具有鞭毛的革兰阴性人类肠道致病菌,也是一种重要的原核生物研究用模式菌.基因组芯片能够系统、全面且高效地观察生物的基因表达及进行基因组结构比较.利用伤寒沙门菌现有的全基因组序列,以Ty2菌株的基因组为基准,选取CT18菌株和z66阳性菌株的特异性蛋白编码基因,设计特异性引物,经PCR有效扩增出4201个基因,产物纯化后点样于多聚赖氨酸玻片制备伤寒沙门菌基因组DNA芯片,并验证了芯片样点位次与效果.通过对基因表达谱分析的各种条件进行优化,建立相应的表达谱分析方法,并用于比较伤寒沙门菌野生株在高渗、低渗条件下的基因表达差异,结果与以前的报道基本一致.结果表明,成功建立了伤寒沙门菌基因组DNA芯片及表达谱分析方法,可为有关伤寒沙门菌基因表达调控及致病性机理、进化和基因多样性等方面的深入研究提供有效的技术支持.
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关键词
伤寒沙门菌
基因组dna芯片
基因
表达谱
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职称材料
幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制
2
作者
韩跃华
刘文忠
+3 位作者
史耀舟
卢莉琼
萧树东
赵国屏
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期244-247,共4页
目的研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片。方法以H.pylori26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段。使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow...
目的研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片。方法以H.pylori26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段。使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取。数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)<0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1)。使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量。结果研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori26695为1 549个,H.pyloriJ99为87个。信噪比(S/N)<2的基因点数约为10%。芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori26695)和7.21%(H.pyloriJ99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori26695)和0.24%(H.pyloriJ99)。芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%。结论成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具。
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关键词
幽门螺杆菌
基因组dna芯片
研制
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职称材料
题名
伤寒沙门菌基因组DNA芯片的制备与基因表达谱分析应用
被引量：
14
1
作者
生秀梅
黄新祥
茅凌翔
朱超望
徐顺高
张海方
许化溪
刘秀梅
机构
江苏大学医学技术学院
中国疾病预防控制中心营养与食品安全所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第2期206-212,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(3057008)
国家科技支撑计划资助项目(2006BAK02A15)~~
文摘
伤寒沙门菌是一种具有鞭毛的革兰阴性人类肠道致病菌,也是一种重要的原核生物研究用模式菌.基因组芯片能够系统、全面且高效地观察生物的基因表达及进行基因组结构比较.利用伤寒沙门菌现有的全基因组序列,以Ty2菌株的基因组为基准,选取CT18菌株和z66阳性菌株的特异性蛋白编码基因,设计特异性引物,经PCR有效扩增出4201个基因,产物纯化后点样于多聚赖氨酸玻片制备伤寒沙门菌基因组DNA芯片,并验证了芯片样点位次与效果.通过对基因表达谱分析的各种条件进行优化,建立相应的表达谱分析方法,并用于比较伤寒沙门菌野生株在高渗、低渗条件下的基因表达差异,结果与以前的报道基本一致.结果表明,成功建立了伤寒沙门菌基因组DNA芯片及表达谱分析方法,可为有关伤寒沙门菌基因表达调控及致病性机理、进化和基因多样性等方面的深入研究提供有效的技术支持.
关键词
伤寒沙门菌
基因组dna芯片
基因
表达谱
Keywords
Salmonella enterica serovar Typhi, genomic
dna
microarrays, gene expression profile
分类号
R378.23 [医药卫生—病原生物学]
Q786 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制
2
作者
韩跃华
刘文忠
史耀舟
卢莉琼
萧树东
赵国屏
机构
浙江大学医学院附属第二医院消化科
上海市消化疾病研究所
生物芯片上海国家工程研究中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007年第3期244-247,共4页
基金
上海市重点学科项目(No.Y0205)
文摘
目的研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片。方法以H.pylori26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段。使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取。数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)<0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1)。使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量。结果研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori26695为1 549个,H.pyloriJ99为87个。信噪比(S/N)<2的基因点数约为10%。芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori26695)和7.21%(H.pyloriJ99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori26695)和0.24%(H.pyloriJ99)。芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%。结论成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具。
关键词
幽门螺杆菌
基因组dna芯片
研制
Keywords
Helicobacter pylori
genome
dna
mieroarray
preparation
分类号
R117 [医药卫生—公共卫生与预防医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
伤寒沙门菌基因组DNA芯片的制备与基因表达谱分析应用
生秀梅
黄新祥
茅凌翔
朱超望
徐顺高
张海方
许化溪
刘秀梅
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
14
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制
韩跃华
刘文忠
史耀舟
卢莉琼
萧树东
赵国屏
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2007
0
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职称材料
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