目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2...目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。展开更多
旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequenc...旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5%Fst和πratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1658596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、41个GO条目及15、22、10条KEGG通路上(P<0.05)。此外,将岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊3个群体的数据合并为一个数据集与永登七山羊进行比较,共筛选到466个候选基因,显著富集到124个GO条目及7条KEGG通路(P<0.05)。从中筛选到永登七山羊重要经济性状相关的功能基因BMP2、GRM 1和ALDH 1A1。研究结果表明,在永登七山羊全基因组范围内进行选择信号检测,鉴定到与生长发育、脂尾进化相关的候选基因,为永登七山羊的分子遗传标记挖掘提供参考。展开更多
文摘目的运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDR q val)<25%和/或名义P值(nom P val)<0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性。结果在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val<25%且nom P val<0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val<0.01)。结论多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性。
