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重复序列PCR与多位点分型技术在白假丝酵母菌基因分型中的比较 被引量:2
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作者 魏冰 刘锦燕 +1 位作者 史册 项明洁 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期1445-1448,共4页
目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较... 目的应用多位点序列分型技术(MLST)和重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)对临床分离出的白假丝酵母菌进行分型,并对两种方法作出应用评价。方法收集上海地区医院中真菌性阴道炎分离出的40株白假丝酵母菌,选择合适引物进行扩增,通过电泳比较分析获得REP-PCR分型。选择7对管家基因进行PCR反应并测序,将测序结果与标准序列进行比对,获得由7对管家基因组成的等位基因谱,最终得到相应的序列分型。结果 REP-PCR中Ca22-Ca22引物对得到电泳条带最优,40株白假丝酵母菌共分成7种REP-PCR型;MLST分型得出29种,且均为新型。结论 MLST分辨率较REP-PCR高,但由于REP-PCR分型方法更为快捷、经济,更适用于实验室大量菌株分型和临床分型。MLST则更客观,更适合用于进化学的研究及全球性流行病学的调查研究。 展开更多
关键词 白假丝酵母菌 多位点序列分型技术 重复序列聚合反应 基因分型
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MICA基因多态性及其单核苷酸多态性位点与玫瑰痤疮易感性的相关性
2
作者 尹湘丽 朱权 +2 位作者 李吉 邹义洲 罗奇志 《中南大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期319-330,共12页
目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾... 目的:主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A(major histocompatibility complex class Ⅰ chain-related gene A,MICA)是人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因的重要组成部分,其基因多态性与肿瘤、自身免疫性疾病等多种疾病的发生和发展密切相关。玫瑰痤疮是一种慢性炎症性皮肤病,其发病机制复杂,与遗传、自身免疫异常等因素有关。本研究分析MICA基因多态性及其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与玫瑰痤疮易感性的关系,旨在为玫瑰痤疮的发病机制提供新的见解。方法:收集2017年11月至2019年11月在中南大学湘雅医院皮肤科门诊就诊的84例玫瑰痤疮患者(玫瑰痤疮组)外周血DNA样本,另收集223名健康志愿者(对照组)外周血DNA样本。采用聚合酶链反应-直接测序法(polymerase chain reaction-sequencing-based typing,PCR-SBT)和二代测序(the next-generation sequencing,NGS)技术分析MICA基因多态性分型,并比较2种分型方法的准确性。比较玫瑰痤疮组与对照组MICA等位基因分布频率的差异。对所有MICA多态性分子进行氨基酸聚类分析和SNP位点分析,确定相关连锁SNP位点,并对MICA多态性分子进行分类。比较玫瑰痤疮组与对照组不同分类MICA多态性分子的分布频率差异。结果:玫瑰痤疮患者血生化检测结果以中性粒细胞计数轻度升高为主要特征,淋巴细胞计数无显著变化。PCR-SBT和NGS均能准确地鉴定MICA等位基因分型,其中MICA*010:01、MICA*008:04和MICA*019:01是玫瑰痤疮组最常见的等位基因;玫瑰痤疮组等位基因MICA*002:01、MICA*027分布频率均低于对照组(6.55%vs 18.16%、 1.19%vs 5.38%), MICA*009:01、 MICA*010:01分布频率均高于对照组(7.74%vs 3.36%、 31.55%vs18.61%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。本研究检测到5种短串联重复序列(short tandem repeats,STR)等位基因,其中玫瑰痤疮组MICA-A4、MICA-A9分布频率均低于对照组(16.07%vs 23.32%、7.74%vs 17.26%),MICA-A6分布频率高于对照组(10.12%vs 4.03%),差异均有统计学意义(均P<0.05)。通过氨基酸序列聚类分析和SNP位点分析发现MICA基因存在6个连锁SNP位点,并据此将MICA多态性分子分为Ⅰ型(C36+M129+K173+G206+W210+S215)和Ⅱ型(Y36+V129+E173+S206+R210+T215)。玫瑰痤疮患者I型MICA多态性分子与玫瑰痤疮易感性密切相关。结论:MICA基因多态性与玫瑰痤疮易感性相关。MICA基因存在6个连锁SNP位点,可据此将MICA多态性分子分为I型和II型,其中I型与玫瑰痤疮发病密切相关。 展开更多
关键词 主要组织相容性复合体Ⅰ类相关基因A 人类白细胞抗原 玫瑰痤疮 等位基因 基因多态性 单核苷酸多态性 聚合反应-直接测序法 二代测序 短串联重复序列
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青岛两所医院鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶基因及同源性分析 被引量:4
3
作者 李茜 李庆淑 +2 位作者 李智 曲彦 胡丹 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2015年第7期437-442,共6页
目的了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌(AB)耐药情况、分布特征,碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株(A院78株,B院67株)AB进行药敏试验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因,肠杆菌科基因间一致重复序列(ERIC)-... 目的了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌(AB)耐药情况、分布特征,碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株(A院78株,B院67株)AB进行药敏试验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增碳青霉烯酶基因,肠杆菌科基因间一致重复序列(ERIC)-PCR对菌株进行同源性分析。结果 A院AB对临床常用的16种抗菌药物普遍耐药,对头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(3.85%),其次是米诺环素(16.67%),对其他抗菌药物耐药率均>73%。B院AB对常用的23种抗菌药物普遍耐药,对米诺环素和替加环素均不耐药,对阿米卡星和左氧氟沙星的耐药率分别为23.88%、38.81%,对其他抗菌药物的耐药率均>64%。两院所有菌株均携带OXA-51基因,A、B两院碳青霉烯耐药组OXA-23基因的携带率分别为86.76%(59/68),56.67%(34/60),差异有统计学意义(χ2=14.53,P<0.001);A院3株菌携带OXA-58基因,B院未检出OXA-58基因。145菌株共分为8个基因型,其中A型71株和E型37株,为主要流行株;A院主要流行A型(46.15%)和E型(41.03%),B院主要流行A型(52.24%)和C型(17.91%)。结论两所医院临床分离的AB耐药情况严重,且存在医院流行,OXA型酶OXA-23、OXA-51基因在介导AB对碳青霉烯类药物耐药中发挥重要作用。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯 多重耐药 抗药性 微生物 肠杆菌科基因重复序列-聚合反应
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产金属酶嗜麦芽窄食单胞菌13株的耐药谱和基因型分析 被引量:3
4
作者 卓超 钱元恕 +3 位作者 郑行萍 李崇智 刘鸿渝 陈海 《中国抗感染化疗杂志》 CAS 2003年第6期340-343,共4页
目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一... 目的 :研究产金属 β内酰胺酶 (MBL)的嗜麦芽窄食单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。 方法 :MBLE试验检测临床分离对亚胺培南耐药嗜麦芽窄食单胞菌的产MBL菌株 ;E试验检测MBL阳性株对 1 1种抗菌药物的药敏结果 ;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应 (ERIC PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果 :MBLE试验检测到MBL阳性株1 3株 ,为我院 1 998— 2 0 0 2年医院感染株 ,1 2株来源于下呼吸道感染 ,1株为尿路感染。 1 3株MBL阳性株对亚胺培南、庆大霉素、阿米卡星、头孢噻肟和头孢曲松均耐药 ,对哌拉西林 三唑巴坦、替卡西林 克拉维酸、头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶、头孢吡肟和环丙沙星等 6种抗菌药物呈现 8种耐药模式 ;ERIC PCR结果显示 ,1 3株MBL阳性株呈现 1 0种基因型 ,4株MBL阳性株为同一基因型 ,其余 9株为独立的基因型。综合分析 ,菌株来源、药敏谱和基因型与之间无显著相关性。结论 :我院产MBL嗜麦芽窄食单胞菌感染以下呼吸道为主 ,其发生呈散发性 ,抗生素的选择性压力可能是造成耐药谱和基因型多态性的主要原因。 展开更多
关键词 嗜麦芽窄食单胞菌 金属Β内酰胺 聚合反应 基因重复一致序列引物 耐药谱
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短串联重复序列位点CYP19、LPL、TH的多态性研究 被引量:3
5
作者 余纯应 杨庆恩 +1 位作者 陈慧 杨荣芝 《同济医科大学学报》 CSCD 1997年第6期430-433,共4页
应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观... 应用PCR及PAG电泳技术研究了CYP19、LPL和TH3个STR位点的多态性。调查武汉地区200名汉族无亲缘关系个体,首次获得汉族人群基因频率分布。3位点基因型频率分布与Hardy-weinberg平衡吻合。家系调查证实了等位基因具孟德尔遗传特征,观察46次减数分裂未发现突变基因。分别计算了汉族人群CYP19、LPL和TH位点的杂合度(H)、个人识别能力(DP)、多态性信息总量(PIC)和非父排除率(PE),为法医学应用提供了基础数据。 展开更多
关键词 短串联重复序列 基因频率 聚合反应
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恶性疟原虫ABRA基因真核表达重组质粒的构建及序列分析
6
作者 单志新 余新炳 +3 位作者 李学荣 马长玲 卞国武 胡旭初 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2001年第5期16-20,共5页
目的 构建恶性疟原虫海南 (FCC1/HN)株ABRA基因真核表达重组质粒 pcDNA3-ABRA ;测定ABRA基因序列 ,并了解FCC1/HN株与其它分离株ABRA序列的差异。方法 根据ABRA基因已知序列设计合成一对引物 ,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增ABR... 目的 构建恶性疟原虫海南 (FCC1/HN)株ABRA基因真核表达重组质粒 pcDNA3-ABRA ;测定ABRA基因序列 ,并了解FCC1/HN株与其它分离株ABRA序列的差异。方法 根据ABRA基因已知序列设计合成一对引物 ,用PCR技术从FCC1/HN株基因组DNA中扩增ABRA基因 ;将ABRA基因定向克隆入真核表达载体 pcDNA3,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞 ;用酶切 ,PCR扩增鉴定筛选到的重组质粒阳性克隆。以正确的重组质粒为模板 ,用双脱氧链末端终止法测定ABRA基因序列 ,应用软件辅助分析ABRA序列及进行同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCC1/HN株ABRA基因 ;经双酶切及PCR鉴定表明获得正确的 pcDNA3-ABRA重组质粒。测序表明 ,FCC1/HN株ABRA基因大小为 2 2 2 0bp ,编码 73 9个氨基酸。恶性疟原虫FCC1/HN株与Camp ,3D7,FC2 7株ABRA基因编码氨基酸序列主要在C -端存在少量不同 ;FCR3株与以上 4株ABRA基因编码氨基酸序列相比 ,只有少量的氨基酸替换。结论 从恶性疟原虫FCC1/HN株基因组DNA中获取ABRA基因 ,成功构建真核表达重组质粒pcDNA3-ABRA ,并测定了FCC1/HN株ABRA基因的序列 ;FCC1/HN株与其它分离株ABRA基因有很高的同源性。 展开更多
关键词 恶性疟原虫 酸碱氨基酸重复抗原 聚合反应 克隆 序列分析 ABRA基因
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内皮型一氧化氮合酶基因多态性与高血压病患者舒张压的关系
7
作者 李东宝 华琦 +3 位作者 邹海强 陈彪 皮林 刘荣坤 《首都医科大学学报》 CAS 2005年第3期309-311,共3页
目的探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因27bp数目可变的串联重复序列(VNTR)多态性与原发性高血压(EH)患者舒张压的关系及其可能机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)及琼脂糖凝胶电泳检测278例EH病人的基因型,同时进行基因测序。用硝酸还原... 目的探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因27bp数目可变的串联重复序列(VNTR)多态性与原发性高血压(EH)患者舒张压的关系及其可能机制。方法采用聚合酶链反应(PCR)及琼脂糖凝胶电泳检测278例EH病人的基因型,同时进行基因测序。用硝酸还原酶法测定空腹血清一氧化氮代谢物(NOx)浓度。结果aa+ab基因型EH患者的空腹血清NOx明显低于bb基因型(P<0.05);aa+ab基因型EH患者的舒张压显著高于bb基因型(P<0.05)。结论eNOS基因27bp串联重复序列(VNTR)的a等位基因可能通过减少NOx的释放而参与舒张压增高的形成。 展开更多
关键词 舒张压 高血压病患者 基因多态性 聚合反应(PCR) 内皮型一氧化氮合 串联重复序列 B基因 原发性高血压 凝胶电泳检测 血清一氧化氮 ENOS基因 EH患者 可能机制 基因测序 同时进行 法测定 空腹血清 等位基因 NOx
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神经外科ICU耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌感染疑似暴发调查与控制 被引量:1
8
作者 黄平平 袁军 +1 位作者 高佳 沈艳 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1271-1278,共8页
目的调查神经外科重症监护病房(ICU)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发原因,查找传染源及传播途径,为有效控制多重耐药菌医院感染提供依据。方法对某院2023年7月28日-8月2日神经外科ICU 3例CRKP感染患者进行流行病学调查,按... 目的调查神经外科重症监护病房(ICU)耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发原因,查找传染源及传播途径,为有效控制多重耐药菌医院感染提供依据。方法对某院2023年7月28日-8月2日神经外科ICU 3例CRKP感染患者进行流行病学调查,按照环境卫生监测方法采集标本,查找病房环境中的CRKP,分析CRKP菌株耐药性及携带的耐药基因,采用肠杆菌基因间重复一致序列(ERIC)及多位点序列分析(MLST)分析患者与环境监测分离CRKP菌株的同源性。结果共有3例CRKP医院感染,罹患率为3.85%(3/78),与2022年同期及2023年5-6月罹患率相比,差异具有统计学意义(P<0.05)。环境卫生学监测显示,1床呼吸机接口、治疗台和9床被服检出CRKP,检出率为4.84%(3/62);15份医务人员手标本和3份神经外科ICU空气监测标本均未检出CRKP;环境卫生监测检出3株CRKP;其耐药性、耐药基因及同源性与患者临床标本分离的CRKP一致。在采取集中隔离,严格进行病房环境清洁和消毒,严格执行侵入性器械消毒和管理,加强医护人员分组诊疗,工作服消毒,以及手卫生等一系列针对性措施后,此次事件得到有效控制。结论此次事件可判定为一起疑似CRKP医院感染暴发事件,推测侵入性器械消毒管理不到位、患者住院环境消毒不彻底、医护人员未分组诊疗及手卫生不到位是本次疑似医院感染暴发的主要原因。早期识别感染暴发,调查传染源及传播途径,以及及时采取针对性措施是控制感染暴发的关键。 展开更多
关键词 重症监护病房 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 医院感染 肠杆菌基因重复一致序列 聚合反应
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老年人根面菌斑内氏放线菌临床分离株基因型多样性分析 被引量:2
9
作者 郭斌 杨帆 +2 位作者 贾岳 夏茜 周学东 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期646-648,652,共4页
目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组... 目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组以暴露的根面为取样位点,刮取菌斑进行临床株的分离鉴定,并利用基因外重复回文序列聚合酶链反应(REP-PCR)分析内氏放线菌基因型的多样性。结果 2组共分离出内氏放线菌299株,选择156株进行REP-PCR分析,分离出61个不同的基因型。根面龋组无龋根面分离的57株内氏放线菌有25个基因型,根面龋损部位分离的34株有25个基因型,无龋组分离的65株有26个基因型:内氏放线菌基因型存在多样性。单个取样位点的基因型数目存在差异(P<0.05)。结论多种基因型的内氏放线菌参与了根面龋的发生。 展开更多
关键词 内氏放线菌 根面龋 基因 基因外重复回文序列聚合酶链反应
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西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的碳青霉烯酶及同源性研究 被引量:15
10
作者 刘原 谭湘淑 韩新鹏 《中国感染与化疗杂志》 CAS 2009年第1期37-41,共5页
目的调查西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的耐药性,研究其同源性及分子耐药机制。方法收集西安地区6所三级甲等医院1年间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株146株,采用K-B法进行药敏试验,E试验检测金属酶(MBL),PCR扩增OXA-23,-24,-58,-51l... 目的调查西安地区耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的耐药性,研究其同源性及分子耐药机制。方法收集西安地区6所三级甲等医院1年间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株146株,采用K-B法进行药敏试验,E试验检测金属酶(MBL),PCR扩增OXA-23,-24,-58,-51like型及IMP-1型和VIM-2型碳青霉烯酶基因,其阳性产物经测序分析,应用肠杆菌科基因组内重复序列(ERIC)-PCR对菌株进行DNA分型和同源性分析。结果筛选出对亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌(IRAB)非重复株15株,其中1株经E试验检测产金属酶,但扩增blaIMP-1,blaVIM-2均阴性,另外14株扩增blaOXA-66均阳性,11株blaOXA-23阳性,1株blaOXA-58阳性;ERIC-PCR将15株IRAB分为A型和B型,其中部分菌株的亲缘关系很近,同源性达90%以上。结论产OXA型碳青霉烯酶是西安地区该菌对亚胺培南耐药的主要原因,其中OXA-23型普遍存在,OXA-58型和OXA-66型基因在国内尚属新型碳青霉烯酶基因型;15株IRAB为2种克隆型,可能存在局部暴发流行。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯 OXA-58 肠杆菌基因组内重复序列聚合反应
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大肠埃希菌耐药谱型、基因型和生物膜表型关系研究 被引量:7
11
作者 陈朝喜 朱恒乾 +1 位作者 廖晓萍 刘雅红 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第4期59-62,共4页
以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜... 以ATCC25922为研究对象,采用改良结晶紫染色,快速银染法和扫描电镜技术对其生物被膜进行定量和定性研究,建立大肠埃希菌生物被膜体外模型,利用优化的模型条件对249株临床分离株进行验证。采用琼脂平板计数法绘制大肠埃希菌浮游菌和被膜菌生长曲线,比较其生长特性的异同。对不同成膜能力的大肠埃希菌临床分离株进行色氨酸定量试验,分析不同培养条件对生物被膜菌胞外基质分泌量的影响。快速银染法和扫描电镜定性研究结果表明,大肠埃希菌形成生物被膜后,形成一种浮游细菌和生物被膜细菌共同分布于同一生存空间内的特殊生理结构;不同稀释度的接种量对细菌生物被膜生物量的变化影响不显著(P>0.05)。249株大肠埃希菌分为强成膜能力、中等成膜能力、弱成膜能力和无成膜能力4个表型,分别占3.21%、18.88%、51.81%、26.10%。 展开更多
关键词 耐药谱型 生物被膜表型 基因 肠杆菌基因重复一致序列聚合反应
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河南汉族部分人群vWA和FESFPS基因座遗传多态性观察 被引量:1
12
作者 宋国英 刘华 +4 位作者 陈辉 李晓雯 刘青云 徐朝阳 游文凤 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2002年第2期161-163,共3页
目的 :研究河南地区部分汉族人群中vWA和FESFPS基因座遗传多态性 ,获得vWA和FESFPS基因座的群体遗传学数据。方法 :应用聚合酶链反应 (PCR)结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法 ,分别观察河南地区 2 2 8例无血缘关系汉族人的vWA和FESFPS基... 目的 :研究河南地区部分汉族人群中vWA和FESFPS基因座遗传多态性 ,获得vWA和FESFPS基因座的群体遗传学数据。方法 :应用聚合酶链反应 (PCR)结合聚丙烯酰胺凝胶电泳分型方法 ,分别观察河南地区 2 2 8例无血缘关系汉族人的vWA和FESFPS基因座的基因型分布。结果 :河南地区汉族群体中vWA基因座存在 8个等位基因 ,杂合度为 0 .76 6 6 ,个人识别能力为 0 .8913,非父排除率为 0 .5 4 3。FESFPS基因座存在 7个等位基因 ,杂合度为0 .7777,个人识别能力为 0 .70 0 8,非父排除率为 0 .4 6 0 3,2个位点基因型分布均符合Hardy Weinberg平衡。结论 :vWA和FESFPS位点均是高杂合度 ,高鉴别能力的遗传标记系统 ,具有较高的法医学应用价值。 展开更多
关键词 遗传多态性 短串联重复序列 聚合反应 湖南 vWA基因 FESEPS基因 汉族人群
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老年缺血性脑卒中患者白细胞介素1受体拮抗剂基因多态性研究 被引量:1
13
作者 高洪云 韩红星 +1 位作者 朱其义 张晨 《中华老年心脑血管病杂志》 CAS 北大核心 2009年第4期272-274,共3页
目的探讨白细胞介素1受体拮抗剂基因内舍子2的变数串联重复(VNTR)多态性与老年缺血性脑卒中的关系。方法选择老年缺血性脑卒中患者112例作为脑卒中组,选择同期年龄和性别相匹配的健康志愿者或其他疾病住院的患者105例作为对照组,通... 目的探讨白细胞介素1受体拮抗剂基因内舍子2的变数串联重复(VNTR)多态性与老年缺血性脑卒中的关系。方法选择老年缺血性脑卒中患者112例作为脑卒中组,选择同期年龄和性别相匹配的健康志愿者或其他疾病住院的患者105例作为对照组,通过PCR和琼脂糖凝胶电泳来确定其基因型。结果脑卒中组患者A2等位基因频率低于对照组(4.9% vs 10.5%,X^2=4.78.P=0.029),A1A2+A2A2基因型的频率也较对照组低(9.8% vs 20.0%.)[X^2=4.47,P=0.035)。结论白细胞介素1受体拮抗剂内含子2基因VNTR多态性与老年缺血性脑卒中有关,其A2等位基因对脑卒中可能有保护作用。 展开更多
关键词 受体 白细胞介素1 脑血管意 基因频率 聚合反应 串联重复序列
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原核微生物基因敲除策略的研究进展 被引量:4
14
作者 阳燕 杨英明 胡涛 《国际口腔医学杂志》 CAS 北大核心 2016年第5期578-583,共6页
基因敲除是一项20世纪80年代末发展起来的新型分子生物学技术,在微生物领域的机制和功能研究中,具有极其重要的意义。经过数十年的发展,基因敲除技术从最传统的同源重组策略发展出λRed重组系统、Crelox P重组系统等方法,近年又诞生了... 基因敲除是一项20世纪80年代末发展起来的新型分子生物学技术,在微生物领域的机制和功能研究中,具有极其重要的意义。经过数十年的发展,基因敲除技术从最传统的同源重组策略发展出λRed重组系统、Crelox P重组系统等方法,近年又诞生了成簇的规律间隔的短回文重复序列/Cas9等基于核酸内切酶原理的高效打靶技术,将微生物基因功能研究推向新的高度和方向。本文就这些应用于原核微生物的基因敲除策略的原理、现状和前景等研究进展作一综述。 展开更多
关键词 基因敲除 聚合反应 连接诱变技术 λRed重组系统 Cre-loxP重组系统 成簇的规律间隔的短回文重复序列/Cas9技术
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神经外科耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌感染暴发调查与控制 被引量:12
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作者 章明明 宋微微 +2 位作者 柯有韬 刘曼丽 曾凌 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期353-357,共5页
目的对某院神经外科一起疑似耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发事件进行调查,查找感染源及传播途径,提出针对性的预防控制措施。方法对2018年6月12日—7月2日该院神经外科11例CRKP感染患者进行流行病学调查,并采取综合性控制... 目的对某院神经外科一起疑似耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染暴发事件进行调查,查找感染源及传播途径,提出针对性的预防控制措施。方法对2018年6月12日—7月2日该院神经外科11例CRKP感染患者进行流行病学调查,并采取综合性控制措施控制CRKP感染。结果 11例CRKP感染患者中7例诊断为医院感染。对其中6株CRKP采用肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术进行同源性分析,结果显示,检出A、B两种基因型,2例患者感染的CRKP菌株为A型基因,4例患者(包括3例医院感染患者)感染的CRKP菌株为B型基因。患者环境物体表面,以及部分医务人员手、咽拭子检出CRKP。结论该院存在医院感染暴发,可能是CRKP感染患者的病原体污染环境和医务人员的手导致感染的传播。早期识别感染暴发,并采取手卫生、环境物体表面的清洁消毒以及隔离等措施是控制多重耐药菌医院感染暴发的关键。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 医院感染 暴发 流行病学调查 肠杆菌基因重复一致序列聚合反应 控制
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新疆维吾尔族肠道中高产胞外多糖双歧杆菌的筛选及其抗氧化活性 被引量:4
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作者 蔡静静 徐晓裕 +4 位作者 张艳 张亚川 魏小晶 阚泽宇 倪永清 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第8期144-151,共8页
使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测... 使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测定其多糖的抗氧化活性以及菌株的耐受性和黏附性。结果显示,20份粪便样品中共分离出52株双歧杆菌,其中假小链双歧杆菌(B.pseudocatenulatum)14株,假长双歧杆菌(B.pseudolongum)8株,两歧双歧杆菌(B.bifidum)9株,短双歧杆菌(B.breve)7株,长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.infantis)5株,动物双歧杆菌乳亚种(B.animal subsp.lactis)6株以及长双歧杆菌(B.longum)3株。经过表型初筛和苯酚-硫酸法复筛,共筛选出7株高产胞外多糖的双歧杆菌,37℃发酵36 h后胞外多糖产量均可达400 mg/L以上。抗氧化活性实验结果表明7株双歧杆菌所产的胞外多糖对过氧化氢自由基、超氧阴离子自由基、羟自由基和1,1-二苯基-2-三硝基苯肼自由基均有一定的清除能力。此外,菌株BF66-16相较于其他几株双歧杆菌具有较强的胃肠液耐受性以及黏附性,因此来源于婴儿粪便的BF66-16可以作为潜在的抗氧化菌株应用于制药和食品工业中。 展开更多
关键词 双歧杆菌 重复基因回文序列-聚合反应 多糖 抗氧化活性
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长沙地区产金属β-内酰胺酶铜绿假单胞菌的分子流行病学特征 被引量:5
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作者 邬靖敏 邹明祥 李军 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2016年第7期447-451,共5页
目的了解长沙地区多重耐药铜绿假单胞菌(PA)产金属β-内酰胺酶(MBL)菌株基因型和流行情况。方法收集该地区7所综合医院临床分离的PA,对菌株进行鉴定和药敏试验,采用EDTA协同试验、E-test MBL进行MBL表型筛选,聚合酶连反应(PCR)明确其基... 目的了解长沙地区多重耐药铜绿假单胞菌(PA)产金属β-内酰胺酶(MBL)菌株基因型和流行情况。方法收集该地区7所综合医院临床分离的PA,对菌株进行鉴定和药敏试验,采用EDTA协同试验、E-test MBL进行MBL表型筛选,聚合酶连反应(PCR)明确其基因型,肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)进行同源性分析。结果经EDTA协同和E-test MBL初步筛查,81株PA中仅10株为强阳性;PCR结果显示,18株PA MBL基因阳性,其中IMP-9型11株,IMP-1型1株和VIM-2型6株,未检测出SIM、SPM、GIM和NDM-1基因型。ERIC-PCR分型结果显示,12株产IMP PA存在多个型别,而6株产VIM-2菌株为同一型别。结论长沙地区多重耐药PA以IMP-9和VIM-2基因型最常见。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 金属Β-内酰胺 金属 基因 肠杆菌科基因重复序列聚合反应
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扩展的简单串联重复位点诱发突变在遗传毒理学的应用进展
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作者 梁春柳 姚朗 张天宝 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期487-489,共3页
扩展的简单串联重复(ESTRs)序列是基因组DNA上高不稳定的一类重复序列。由于其自发突变和诱发突变率高,因而在生殖细胞诱发突变中的研究中得到广泛的应用。随着研究的深入,目前发现有3类重复序列——小卫星、微卫星和ESTRs,主要通过系... 扩展的简单串联重复(ESTRs)序列是基因组DNA上高不稳定的一类重复序列。由于其自发突变和诱发突变率高,因而在生殖细胞诱发突变中的研究中得到广泛的应用。随着研究的深入,目前发现有3类重复序列——小卫星、微卫星和ESTRs,主要通过系谱法和单分子PCR法来研究这些重复序列的变化。但迄今为止,这些重复序列的突变机制还不明确。本文主要综述了目前国内外对这3种重复序列的异同、ESTRs突变研究方法的优缺点以及突变机制。 展开更多
关键词 串联重复序列 等位基因 突变 系谱 聚合反应
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长沙地区临床分离碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌的分子流行病学特征 被引量:17
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作者 梁伟 邹明祥 +4 位作者 邬靖敏 邬国军 李军 豆清娅 刘文恩 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期521-526,共6页
目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸... 目的:了解长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌的耐药性,探讨碳青霉烯类抗生素耐药菌株的分子流行病学特征。方法:收集长沙地区10所综合性医院2010年3月至2010年12月间临床分离的非重复鲍曼不动杆菌株205株;采用K-B法检测药物敏感性,改良双纸片协同试验检测金属β-内酰胺酶(金属酶),改良Hodge试验筛查碳青霉烯酶;PCR扩增OXA-23,OXA-24,OXA-51,OXA-58及IMP-1和VIM-2型碳青霉烯酶基因,并进行测序分析。应用肠杆菌科基因间一致重复序列聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR,ERIC-PCR)对菌株进行DNA分型及同源性分析。结果:在监测的18种药物中,耐药率超过50%的达14种。其中哌拉西林耐药率最高(80.5%),头孢哌酮/舒巴坦耐药率最低(2.5%)。共筛选出耐碳青霉烯类药物鲍曼不动杆菌115株,其金属酶表型及基因检测均为阴性;改良Hodge试验阳性71株,其中64株OXA-23基因扩增阳性。115株菌株OXA-51均阳性,未检出OXA-24,OXA-58基因。115株菌株共分为7个ERIC基因型。其中A型19株,B型72株,为主要的流行克隆。结论:长沙地区临床分离鲍曼不动杆菌多重耐药十分严重;产OXA-23和OXA-51型碳青霉烯酶是鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类药物耐药的重要机制,且碳青霉烯类耐药菌株存在克隆流行。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 碳青霉烯 肠杆菌基因间一致重复序列聚合反应 分子流行病学特征
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18株铜绿假单胞菌的耐药谱和ERIC-PCR分型 被引量:16
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作者 伍晓锋 黎毅敏 +3 位作者 卓超 袁锦屏 杨灵 任筱兰 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期560-563,共4页
目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR... 目的研究产金属β-内酰胺酶(MBL)的铜绿假单胞菌感染的菌株同源性和耐药谱。方法用纸片协同法筛选出产MBL铜绿假单胞菌株;琼脂扩散法检测MBL阳性株对10种抗菌药物的药敏结果;用肠杆菌科基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应(ERIC-PCR)方法确定菌株之间的同源性。结果纸片协同法试验检测到18株MBL阳性菌株,它们对头孢噻肟、头孢曲松、替卡西林/克拉维酸、头孢哌酮/舒巴坦和头孢他啶完全耐药,对10种抗菌药物呈现7种耐药模式;ERIC-PCR结果显示,18株MBL阳性株呈现4种基因型,15株为同一基因型。结论该院ICU内产MBL铜绿假单胞菌在2005年第二季度出现暴发流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 聚合反应 基因重复-致序列引物 金属Β-内酰胺 耐药谱
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