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鸭骨骼肌发育及DNA甲基化相关基因的表达和相关性分析
1
作者 陆应林 周竞 +7 位作者 何宗亮 虞德兵 李帆 曹恒 张星雨 嵇宏杰 吕鲲鹏 于敏莉 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第3期631-640,共10页
[目的]本研究通过分析鸭肌肉发育关键基因mRNA表达水平与甲基化水平的相关性,探讨DNA甲基化在鸭肌纤维生长中的调控作用。[方法]鸭胚孵化至21和28 d时,采集雄性鸭胚的胸肌和腿肌样本,通过亚硫酸氢盐测序(BSP)技术分析目的基因的甲基化水... [目的]本研究通过分析鸭肌肉发育关键基因mRNA表达水平与甲基化水平的相关性,探讨DNA甲基化在鸭肌纤维生长中的调控作用。[方法]鸭胚孵化至21和28 d时,采集雄性鸭胚的胸肌和腿肌样本,通过亚硫酸氢盐测序(BSP)技术分析目的基因的甲基化水平;出雏后,育雏期(0~2周)雏鸭进行网床养殖,育成期(3~7周)鸭进行大棚旱养。分别于1日龄和1、3、5和7周龄时随机选取12只体重相近的公鸭屠宰并取样,通过HE染色对肌纤维形态进行观察和分析;用荧光定量PCR技术分析鸭生长期骨骼肌中候选基因及DNA甲基化调控相关基因的表达状况;通过相关性分析研究候选基因在鸭生长期的调控作用。[结果]胸肌重和胸肌率从5周龄(W5)开始显著增加(P<0.05),而腿肌重和腿肌率从3周龄(W3)开始显著增加(P<0.05)。从W3开始,骨骼肌直径和面积均显著增加(P<0.05)。在胸肌中Erbin和Klhl38在W3表现出较高表达水平(P<0.05);胸肌中Mylk2和Got1表达水平在W5达到峰值(P<0.05),而Klf2在W5达到最低(P<0.05)。在胸肌发育过程中,Tet1和Tet3的表达水平呈现先下降后上升的趋势(P<0.05);Tet2、Dnmt1、Dnmt3a和Dnmt3b的表达水平在W5显著升高(P<0.05)。在腿肌中,Dnmt3a和Dnmt3b表达水平在W3显著升高(P<0.05)。相关性分析表明:胸肌和腿肌中Tet2与Erbin、Mylk2和Got1基因的表达均呈显著正相关(P<0.01),Dnmt1与Mylk2的表达呈显著正相关(P<0.01);胸肌肌纤维面积与Mylk2和Got1的表达显著正相关,而与Klf2和Klhl38的表达则呈现显著负相关(P<0.05)。[结论]DNA甲基化调控肌纤维发育关键基因Erbin、Mylk2、Erbin、Got1和Klhl38的表达,鸭生长期肌纤维中这些基因的表达影响骨骼肌的生长和鸭肉产量。 展开更多
关键词 鸭 生长期 骨骼肌生长 候选基因 dna甲基化 相关性分析
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脑源性神经营养因子DNA甲基化与抑郁
2
作者 廖紫云 王孟雨 +3 位作者 乔靖怡 张润 刘培东 陈新旺 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第5期825-829,共5页
抑郁症是一种异质性精神疾病,遗传易感性和环境因素之间的相互作用在其发病过程中扮演着关键角色。该病的具体机制仍需深入研究与阐释,但目前已有广泛共识认为,表观遗传标记对其作用机制具有重要影响。脑源性神经营养因子(brain-derived... 抑郁症是一种异质性精神疾病,遗传易感性和环境因素之间的相互作用在其发病过程中扮演着关键角色。该病的具体机制仍需深入研究与阐释,但目前已有广泛共识认为,表观遗传标记对其作用机制具有重要影响。脑源性神经营养因子(brain-derived neurotrophic factor,BDNF)的DNA甲基化,不仅被视为一种有前景的病理学表观遗传生物标志物,还可能有助于预测抗抑郁药的疗效。该文综述了BDNF的基因结构及其DNA甲基化调控机制,同时分析了抑郁症患者及动物模型中该因子DNA甲基化的变化情况,旨在为临床研究提供新的思路和理论支撑。 展开更多
关键词 脑源性神经营养因子 dna甲基化 基因结构 抑郁 启动子 外显子
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猪MKRN 3基因的印记表达和DNA甲基化状态分析 被引量：1
3
作者 陈南珠 李俊良 +4 位作者 余大为 周心仪 王晶 邹惠影 杜卫华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3853-3863,共11页
旨在探讨MKRN 3基因在野生型猪和克隆猪中的印记状态及其DNA甲基化水平。本研究利用西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪或荣昌猪)中存在的种间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),检测MKRN 3基因在3只足月出生0天的... 旨在探讨MKRN 3基因在野生型猪和克隆猪中的印记状态及其DNA甲基化水平。本研究利用西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪或荣昌猪)中存在的种间单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),检测MKRN 3基因在3只足月出生0天的野生型杂交猪中的印记状态。利用MethPrimer网站预测MKRN3启动子区附近的CpG岛,并在卵母细胞和精子基因组中验证CpG岛是否为差异甲基化区域(differentially methylated region,DMR)。对3只野生型杂交猪和两只克隆猪基因组DNA进行亚硫酸盐转化后测序,检测MKRN 3-DMR在野生型猪和克隆猪的甲基化状态,并分析其甲基化状态与基因表达的关系。结果表明,在MKRN 3基因的编码区域,西方猪种(杜洛克猪)与本地猪种(巴马猪和荣昌猪)之间存在一个SNP:A/G;RT-PCR测序结果显示,MKRN 3在其中1只野生型个体(杜洛克猪与巴马猪杂交后代:DB2)的心脏组织呈双等位基因表达,在肝脏、脾脏、肺等器官和脑组织中均为单等位基因表达,且均表达父本来源的等位基因。MKRN 3-DMR在精子中表现为低甲基化(0%),在卵母细胞中表现为高甲基化(70.9%)。杂交猪6个组织中的MKRN 3-DMR平均甲基化水平分别为:心脏(43.1%)、肝脏(46.2%)、脾脏(48.4%)、肺(45.6%)、肾脏(48.5%)、脑(44.3%);在新生克隆猪的大部分组织中,MKRN 3表达父本来源等位基因,MKRN 3-DMR甲基化水平与野生型杂交猪相近。而在NT201和NT207脾脏中,其甲基化水平分别为79.0%和80.1%,SNP测序结果也表明在两个克隆猪脾脏中,MKRN 3不再维持印记状态,提示克隆猪脾脏组织中MKRN 3印记异常。综上所述,MKRN 3在野生型猪肝脏、脾脏、肺、肾和脑组织中呈母本印记、父本表达,在心脏为非印记状态;克隆猪部分组织中,MKRN 3印记表达和甲基化状态均为异常;启动子的DMR调控MKRN 3表达。 展开更多
关键词 dna甲基化 猪 DMR 基因组印记
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低盐胁迫下三疣梭子蟹Aldh基因的表达及DNA甲基化分析
4
作者 郭俊阳 吕建建 +3 位作者 孙东方 周现法 刘萍 高保全 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期773-780,共8页
为探究三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)耐低盐性状的表观遗传调控机制,对三疣梭子蟹(体质量为35.5 g±2.8 g)醛脱氢酶(Aldh)的基因结构、相似性、系统进化、组织表达,以及低盐胁迫下的基因表达、丙二醛(MDA)含量和DNA甲基化... 为探究三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)耐低盐性状的表观遗传调控机制,对三疣梭子蟹(体质量为35.5 g±2.8 g)醛脱氢酶(Aldh)的基因结构、相似性、系统进化、组织表达,以及低盐胁迫下的基因表达、丙二醛(MDA)含量和DNA甲基化模式进行了研究。结果表明:三疣梭子蟹Aldh基因的保守结构域与中华绒螯蟹的保守结构域相似性最高;实时荧光定量PCR分析显示,Aldh基因在三疣梭子蟹各个组织中均有表达,其中在鳃中的表达水平最高,低盐胁迫下该基因的表达水平显著降低(P<0.05),MDA含量显著增加(P<0.05);亚硫酸氢盐测序法(BS-PCR)分析显示,低盐胁迫72 h后该基因的甲基化水平显著增加,与基因表达呈负相关性(P<0.05)。研究表明,低盐环境下DNA甲基化可能通过抑制Aldh基因表达,导致体内MDA浓度升高从而造成组织损伤。本研究结果为三疣梭子蟹耐低盐性状的表观遗传调控机制解析提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 低盐胁迫 dna甲基化 基因表达
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4个基因在副猪嗜血杆菌感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达联合验证
5
作者 杨雅琼 程鸿星 +7 位作者 梁明霞 刘玉兰 付书林 张晶 陈洪波 任红艳 郭玲 晁哲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1651-1659,共9页
【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为... 【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为对照组和GPS组,GPS组仔猪腹腔注射1 mL 2×109 CFU/mL副猪嗜血杆菌SH0165菌液,对照组仔猪腹腔注射等量生理盐水,7 d后采集仔猪脑组织提取DNA和RNA。采用实时荧光定量PCR检测4个候选基因(LYPD1、PITPNM1、SYP、ACVR1B)的mRNA表达量,并利用重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)、甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测副猪嗜血杆菌感染前后4个基因在仔猪脑组织中的DNA甲基化变化。【结果】本研究成功将MSP方法应用于基因的DNA甲基化测序研究,使其不局限于定点检测甲基化位点。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,GPS组仔猪LYPD 1、PITPNM 1、SYP、ACVR 1 B基因mRNA表达均显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。DNA甲基化测序结果显示,除ACVR 1 B基因外,各基因DNA甲基化均上调。【结论】除ACVR 1 B基因外,LYPD 1、PITPNM 1、SYP 3个基因DNA甲基化与mRNA表达水平呈反向关联调控,副猪嗜血杆菌感染后仔猪脑组织DNA甲基化变化对4个候选基因的表达具有不同的调控模式。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 LYPD 1基因 PITPNM 1基因 SYP基因 ACVR 1 B基因 dna甲基化
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PROSER2基因在牛中的印记表达和DNA甲基化分析
6
作者 张银蛟 杨利丹 +4 位作者 郑云畅 李树静 余文莉 陈玮娜 李世杰 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期85-92,共8页
为了研究牛PROSER2基因的印记状态和表观遗传修饰机制,本研究首先应用荧光定量RT-PCR方法分析PROSER2基因在牛组织和胎盘中的表达,进而应用基于单核苷酸多态性(SNP)的RT-PCR产物直接测序法分析等位基因表达状态,最后采用亚硫酸盐直接测... 为了研究牛PROSER2基因的印记状态和表观遗传修饰机制,本研究首先应用荧光定量RT-PCR方法分析PROSER2基因在牛组织和胎盘中的表达,进而应用基于单核苷酸多态性(SNP)的RT-PCR产物直接测序法分析等位基因表达状态,最后采用亚硫酸盐直接测序法对位于PROSER2基因启动子及第1个外显子区域和位于外显子4区域的2个CpG岛的甲基化状态进行了分析。结果显示,PROSER2基因在所有检测的6个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑)及胎盘中均广泛表达。PROSER2基因在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑以及胎盘中均为单等位基因表达。根据杂合胎盘父母的基因型,发现PROSER2基因在牛中是父源印记基因,这与其在人中的印记状态一致。对PROSER2基因启动子和第一个外显子处CpG岛区域的甲基化状态进行分析,在牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大脑和胎盘中均发现1个差异甲基化区,说明DNA的甲基化修饰可能参与PROSER2基因在荷斯坦奶牛中的印记表达。本研究结果可为进一步研究PROSER2基因的功能和印记调控机制提供参考依据。 展开更多
关键词 dna甲基化 基因组印记 牛 PROSER2基因 表观遗传
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糖肾康调控脱氧核糖核酸甲基化减轻糖尿病肾病足细胞焦亡的机制
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作者 周乐 高冉冉 +3 位作者 韩聪 王一川 鲍孝云 李伟 《世界中医药》 北大核心 2025年第11期1906-1911,1922,共7页
目的:探讨糖肾康通过调控DNA甲基化和足细胞焦亡改善糖尿病肾病(DKD)的机制。方法:采用30 mmol/L葡萄糖培养基诱导小鼠足细胞(MPC5)48 h建立足细胞损伤模型,制备糖肾康大鼠含药血清、采用DNA甲基化抑制剂(5-Aza-CdR)干预足细胞,观察细... 目的:探讨糖肾康通过调控DNA甲基化和足细胞焦亡改善糖尿病肾病(DKD)的机制。方法:采用30 mmol/L葡萄糖培养基诱导小鼠足细胞(MPC5)48 h建立足细胞损伤模型,制备糖肾康大鼠含药血清、采用DNA甲基化抑制剂(5-Aza-CdR)干预足细胞,观察细胞焦亡炎症介质Nod样受体蛋白3(NLRP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)、白细胞介素(IL-18)及IL-1β表达情况。采用高通量甲基化捕获测序筛选甲基化基因并结合网站预测,筛选出差异基因特异性蛋白1(Sp1)并进行实时定量PCR(qPCR)验证,构建并转染Sp1过表达质粒,观察糖肾康通过影响Sp1甲基化对足细胞焦亡的影响。结果:5-Aza-Cd可减少细胞焦亡炎症介质的表达(P<0.01)。结合甲基化测序、网站预测及qPCR验证,Sp1发生了甲基化且表达水平更高最具差异性,加入5-Aza-CdR后,Sp1表达明显减少(P<0.01),糖肾康对Sp1表达影响与5-Aza-CdR差异无统计学意义(P>0.05)。Sp1过表达后加入糖肾康或5-Aza-CdR均能减轻细胞焦亡因子的表达(P<0.01或P<0.05),且糖肾康的保护作用优于5-Aza-CdR(P<0.05)。结论:DNA甲基化可能通过调控足细胞焦亡参与了DKD进展,其机制可能是通过Sp1甲基化激活了细胞焦亡关键因子NLRP3炎性体,进一步通过NLRP3-Caspase-1-IL-1β/IL-18轴促进炎症介质表达,导致了足细胞焦亡,糖肾康或正是通过影响Sp1甲基化发挥足细胞保护作用,延缓DKD进展。 展开更多
关键词 糖尿病肾病 dna甲基化 足细胞 细胞焦亡 高通量甲基化捕获测序 差异基因特异性蛋白1 糖肾康颗粒 益气活血清泄法
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舌黏膜癌变基因组甲基化分析
8
作者 刘华 岳万远 +3 位作者 邵帅 孙家平 杨莹 代晓明 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期319-328,共10页
目的研究舌黏膜癌变过程中基因组甲基化特征,探讨舌癌中DNA甲基化的规律。方法用50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)饮水诱导C57BL/6J小鼠舌黏膜癌变,分别取第0、12、28周的舌黏膜(分别代表正常、癌前病变和癌变)进行基因芯片检测和甲... 目的研究舌黏膜癌变过程中基因组甲基化特征,探讨舌癌中DNA甲基化的规律。方法用50 mg/L的4-硝基喹啉-1-氧化物(4NQO)饮水诱导C57BL/6J小鼠舌黏膜癌变,分别取第0、12、28周的舌黏膜(分别代表正常、癌前病变和癌变)进行基因芯片检测和甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq),在人舌黏膜组织和人舌癌细胞系中,用实时定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和飞行质谱检测验证转化生长因子贝塔信号蛋白1(SMAD1)的表达和启动子的甲基化。结果28周较12周和0周舌黏膜的胞嘧啶鸟嘌呤岛(CGI)甲基化水平均升高,12周时启动子甲基化水平高于0周。在0、12和28周期间,208个差异表达基因与启动子中的差异甲基化呈负相关。与正常黏膜相比,细胞系中SMAD1的mRNA上调,同时启动子甲基化水平降低。结论舌黏膜癌变中伴随DNA甲基化修饰异常,舌癌中SMAD1高表达伴启动子低甲基化。 展开更多
关键词 舌癌 发病机制 甲基化 动物模型 甲基化dna免疫沉淀测序 差异表达基因
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DNMT3a通过提升基因内部甲基化介导紫杉醇诱导的LINE-1异常表达 被引量：7
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作者 王昕源 张雨 +2 位作者 杨楠 程禾 孙玉洁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期100-111,共12页
药物诱导的长散在重复序列LINE-1异常激活可促进细胞基因组不稳定,而基因组不稳定是促进肿瘤发生发展和耐药表型形成的重要因素。因此,探索LINE-1异常激活的分子机制具有重要的理论和临床意义。DNA甲基化是调控基因表达的重要方式,已知... 药物诱导的长散在重复序列LINE-1异常激活可促进细胞基因组不稳定,而基因组不稳定是促进肿瘤发生发展和耐药表型形成的重要因素。因此,探索LINE-1异常激活的分子机制具有重要的理论和临床意义。DNA甲基化是调控基因表达的重要方式,已知DNA甲基转移酶家族成员DNMT3a不仅能通过促进基因启动子甲基化抑制基因表达,还可通过增强基因内部甲基化上调基因表达。本实验室前期研究发现,将乳腺癌细胞暴露于化疗药物可诱导LINE-1异常高表达,但LINE-1启动子甲基化水平并无显著改变。本研究进一步探讨了在化疗药物压力下DNMT3a是否可通过增强LINE-1基因内部甲基化水平促进LINE-1在乳腺癌细胞中的异常高表达。ChIP实验和甲基分析结果显示,用化疗药物紫杉醇(PTX)处理乳腺癌细胞,不仅可以诱导DNMT3a表达,而且可以促进DNMT3a与LINE-1基因内部区域的结合,提升其基因内部甲基化水平,进而上调LINE-1的表达水平。利用表达载体增加细胞内DNMT3a的表达水平,可显著上调LINE-1基因内部的甲基化及基因的表达水平,而下调DNMT3a的表达可有效抑制LINE-1表达。上述研究结果表明,DNMT3a介导的基因非启动子区甲基化在药物诱导的LINE-1异常激活中发挥重要作用,为认识LINE-1在乳腺癌化疗耐药性形成过程中异常激活的机制提供了新思路。 展开更多
关键词 乳腺癌 LINE-1异常激活 基因内部dna甲基化 DNMT3a
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骨髓增生异常综合征患者血浆DNA中FHIT基因启动子区甲基化状态及地西他滨的去甲基化作用 被引量：11
10
作者 邓银芬 张磊 +4 位作者 张秀群 胡明秋 戴丹 张学忠 徐燕丽 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1144-1148,共5页
本研究旨在检测骨髓增生异常综合征(MDS)患者血浆DNA中FHIT基因启动子区域甲基化状况及地西他滨对其甲基化的影响。采用甲基化特异性聚合酶链反应法检测1例初治的MDS患者、3例MDS转化而来的AML患者在地西他滨序贯半量CAG方案化疗前后血... 本研究旨在检测骨髓增生异常综合征(MDS)患者血浆DNA中FHIT基因启动子区域甲基化状况及地西他滨对其甲基化的影响。采用甲基化特异性聚合酶链反应法检测1例初治的MDS患者、3例MDS转化而来的AML患者在地西他滨序贯半量CAG方案化疗前后血浆DNA中FHIT基因启动子区域CPG岛甲基化情况,并分析其临床疗效。结果表明,3例患者治疗前有FHIT基因甲基化。治疗1个疗程后其中2例患者FHIT基因甲基化得到逆转,4例患者中有2例获得临床缓解,2例无效。结论:MDS的发生可能与FHIT基因甲基化相关,地西他滨对MDS患者血浆DNA中FHIT基因高甲基化具有明显的去甲基化作用。血浆DNA的FHIT基因甲基化检测可能成为MDS辅助诊断和预后判断的分子标记。 展开更多
关键词 MDS FHIT基因 FHIT基因启动子区 dna甲基化 血浆
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急性白血病p53基因P1启动子区域DNA甲基化研究 被引量：10
11
作者 林东军 郑永江 +3 位作者 方志刚 范蕊芳 刘加军 林玉辉 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1327-1330,共4页
目的:通过检测急性白血病(AL)中p53基因P1启动子异常甲基化,探讨p53基因异常甲基化在急性白血病中的意义。方法:分别使用限制性内切酶MspⅠ、HpaⅡ、EcoRⅡ、BstNⅠ酶切提取基因组DNA,然后分别使用酶切后产物及基因组DNA为模板进行PCR... 目的:通过检测急性白血病(AL)中p53基因P1启动子异常甲基化,探讨p53基因异常甲基化在急性白血病中的意义。方法:分别使用限制性内切酶MspⅠ、HpaⅡ、EcoRⅡ、BstNⅠ酶切提取基因组DNA,然后分别使用酶切后产物及基因组DNA为模板进行PCR扩增。产物电泳后在凝胶成像分析系统内观测电泳条带及摄像;部分标本的电泳条带经凝胶回收纯化后进行测序。结果:急性白血病患者p53基因第一启动子甲基化阳性率为38.7%,而急性淋巴细胞白血病(ALL)与急性非淋巴细胞白血病(ANLL)患者分别为45.5%、35.0%。正常对照标本中未检测到p53基因的异常甲基化。p53基因甲基化情况在急性白血病病人与正常人之间经过统计学检验,P<0.05;但急性淋巴细胞白血病与急性非淋巴细胞白血病患者之间无显著差异,P>0.05。分析急性白血病患者p53基因甲基化与患者临床资料之间的关系,其中,p53基因异常甲基化与肝脾淋巴结是否肿大之间的关系经统计学分析P<0.05。结论:①部分急性白血病患者存在p53基因第一启动子异常甲基化,正常对照中未检测到p53基因的甲基化;②p53基因第一启动子在急性淋巴细胞白血病与急性非淋巴细胞白血病均可发生异常甲基化,两者之间发生甲基化的概率无统计学差异;③p53基因异常甲基化与肝脾淋巴结肿大有显著差异,但p53基因异常甲基化与急性白血病治疗效果及预后的关系尚不能确定,须进一步研究确定。 展开更多
关键词 基因 P53 dna甲基化 白血病
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二氧化硫胁迫诱导拟南芥NIT2基因DNA甲基化修饰 被引量：11
12
作者 李利红 仪慧兰 +1 位作者 王艺雯 杨波 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期685-690,共6页
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式。利用亚硫酸氢盐修饰后测序法和甲基化敏感性限制性内切酶-PCR(MSRE-PCR)法,研究SO2胁迫对拟南芥腈水解酶(NIT2)基因序列中胞嘧啶甲基化状态的影响,分析甲基化特征改变在植物胁迫应答过程中的作... DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式。利用亚硫酸氢盐修饰后测序法和甲基化敏感性限制性内切酶-PCR(MSRE-PCR)法,研究SO2胁迫对拟南芥腈水解酶(NIT2)基因序列中胞嘧啶甲基化状态的影响,分析甲基化特征改变在植物胁迫应答过程中的作用。研究发现,30 mg.m-3的SO2连续熏气3 d后,拟南芥植株地上组织细胞中NIT2基因启动子区域CG和CHH(H为C,A或T)位点甲基化水平下降,总甲基化水平降低,但未检出编码区5′端目的片段中CCGG位点甲基化状态的改变。RT-PCR分析表明,SO2胁迫组拟南芥植株地上组织细胞中NIT2基因的转录水平高于对照组。研究结果表明,SO2胁迫导致拟南芥NIT2基因启动子区甲基化水平降低,NIT2基因转录上调,说明SO2胁迫能诱发拟南芥基因胞嘧啶甲基化水平改变,启动子区甲基化水平的降低可能与防御基因的诱导表达有关,胞嘧啶甲基化修饰参与了植物的抗逆生理过程。 展开更多
关键词 SO2 拟南芥 NIT2 dna甲基化 基因表达
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中华蜜蜂DNA甲基化转移酶Dnmt3基因克隆及表达谱分析 被引量：5
13
作者 刘亭亭 刘俊峰 +4 位作者 王文祥 王欢 王子龙 曾志将 颜伟玉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期284-290,共7页
为探究中华蜜蜂Apis cerana cerana的DNA甲基化模式,本研究采用RT-PCR技术克隆了中华蜜蜂DNA甲基化转移酶3(Dnmt3)基因(GenBank登录号为JQ740768);采用荧光定量PCR检测不同发育时期工蜂(4日龄蛹,1,7和30日龄成年蜂及产卵工蜂)和蜂王(4... 为探究中华蜜蜂Apis cerana cerana的DNA甲基化模式,本研究采用RT-PCR技术克隆了中华蜜蜂DNA甲基化转移酶3(Dnmt3)基因(GenBank登录号为JQ740768);采用荧光定量PCR检测不同发育时期工蜂(4日龄蛹,1,7和30日龄成年蜂及产卵工蜂)和蜂王(4日龄蛹,1日龄蜂王和产卵蜂王)头部的Dnmt3基因mRNA的表达量。结果表明:该基因cDNA序列全长2277bp,编码758个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为88.24kD,等电点为7.85。将中华蜜蜂与其他物种的Dnmt3基因的结构域进行比对,同时将该基因推导的氨基酸序列与其他物种的Dnmt3氨基酸序列进行同源性比对和系统发育分析,发现与西方蜜蜂的Dnmt3序列一致性高达99%。该基因在工蜂和蜂王不同发育时期均有表达,1日龄工蜂与7日龄工蜂中没有显著差异(P>0.05),30日龄工蜂中的表达量显著高于前两者(P<0.05);蜂王蛹中的表达量显著高于工蜂蛹(P<0.05);1日龄的蜂王中的表达量显著高于1日龄的工蜂(P<0.05);产卵工蜂与产卵蜂王中的表达量没有差异(P>0.05)。这种表达情况提示其可能与工蜂劳动分工及蜜蜂卵巢发育有关。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 dna甲基化 dna甲基化转移酶 基因克隆 序列分析 表达谱分析
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转基因克隆牛胎盘中印迹基因PEG10的DNA甲基化水平 被引量：8
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作者 苏建民 许文兵 +3 位作者 李艳艳 王丽君 王勇胜 张涌 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期533-538,共6页
低效率的体细胞核移植技术显著制约着该技术在转基因动物生产上的广泛应用。目前认为供体细胞核不能被受体卵母细胞胞质完全的表观重编程是其效率低下的最主要原因,而DNA甲基化是基因表观修饰的主要方式之一。为了探求转基因克隆牛的死... 低效率的体细胞核移植技术显著制约着该技术在转基因动物生产上的广泛应用。目前认为供体细胞核不能被受体卵母细胞胞质完全的表观重编程是其效率低下的最主要原因,而DNA甲基化是基因表观修饰的主要方式之一。为了探求转基因克隆牛的死亡是否与其胎盘中印迹基因的甲基化的重编程程度相关,文章通过亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)和亚硫酸氢盐联合限制性内切酶分析法(Combined bisulfite restriction analysis,COBRA),对印迹基因PEG10在围产期死亡且存在发育缺陷的转基因克隆牛的胎盘(死亡组)和存活的转基因克隆牛的胎盘(存活组)与正常对照牛胎盘(对照组)的DNA甲基化水平进行了详细的比较。结果发现,与对照组相比,PEG10基因在死亡组上表现出异常的超甲基化水平,而存活组与对照组相比无显著性差异。研究结果显示,胎盘中印迹基因的DNA甲基化表观重编程不彻底可能是导致转基因克隆牛发育异常进而死亡的主要原因之一。 展开更多
关键词 dna甲基化 PEG10 体细胞核移植 转基因克隆牛
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NaCl胁迫下黑麦草种子萌发过程中DNA甲基化与基因表达分析 被引量：6
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作者 邢燕霞 黄韫宇 +6 位作者 齐艳 郭勰 王晋芳 李殿波 石锦 赵冰 郭仰东 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期366-374,共9页
为了解黑麦草(Lolium perenne)种子在正常条件与NaCl胁迫下萌发过程中DNA甲基化动态变化以及重要盐胁迫相关基因的表达。运用甲基化敏感扩增多态性技术分析对照和150 mmol·L^(-1)NaCl处理下黑麦草种子萌发过程(0,1,2,4,7 d)的DNA... 为了解黑麦草(Lolium perenne)种子在正常条件与NaCl胁迫下萌发过程中DNA甲基化动态变化以及重要盐胁迫相关基因的表达。运用甲基化敏感扩增多态性技术分析对照和150 mmol·L^(-1)NaCl处理下黑麦草种子萌发过程(0,1,2,4,7 d)的DNA甲基化水平及动态变化,并通过实时荧光定量PCR(QRT-PCR)检测8个重要的盐胁迫相关基因的表达情况。结果表明:黑麦草种子萌发过程中甲基化水平呈下降趋势,以双链甲基化方式为主,甲基化变化同时发生在编码序列和非编码序列中。NaCl处理下DNA甲基化程度高于CK,而去甲基化程度低于CK,最终导致NaCl处理下基因组净的甲基化位点数目增加。黑麦草种子耐盐萌发过程中代谢增强,8个盐胁迫相关基因表达量呈上升趋势,而NaCl胁迫延缓了种子萌发进程,在大多数时间点的基因表达低于对照。 展开更多
关键词 黑麦草 种子萌发 dna甲基化 NACL 基因表达
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乳腺癌患者血浆循环DNA中Sox17基因甲基化检测的临床意义 被引量：5
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作者 符德元 任传利 +5 位作者 谭好升 魏金丽 祝玉祥 何春兰 邵稳喜 章佳新 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期808-813,共6页
背景与目的:在乳腺癌发生、发展过程中,甲基化异常是导致抑癌基因失活的重要机制,是一种可用于肿瘤诊断及预后判断、有价值的生物标志物。本研究旨在通过检测乳腺癌组织及其相应的血浆循环DNA中Sox17基因的甲基化状况,探讨其在乳腺癌早... 背景与目的:在乳腺癌发生、发展过程中,甲基化异常是导致抑癌基因失活的重要机制,是一种可用于肿瘤诊断及预后判断、有价值的生物标志物。本研究旨在通过检测乳腺癌组织及其相应的血浆循环DNA中Sox17基因的甲基化状况,探讨其在乳腺癌早期诊断和预后判断方面的应用价值。方法:采用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation specific-PCR,MSP)法,对86例乳腺癌组织、36例乳腺良性肿瘤的癌旁正常组织及其配对的血浆循环DNA中Sox17基因启动子甲基化进行检测,并结合乳腺癌的主要临床病理特性进行分析。结果:86例乳腺癌组织中Sox17基因启动子的甲基化率为77.9%(67/86),与其相应血浆循环DNA中Sox17基因启动子的甲基化率为61.6%(53/86),36例癌旁正常乳腺组织及血浆中均未检测到Sox17基因异常甲基化。患者血浆循环DNA中Sox17基因启动子的甲基化与肿瘤组织中该基因的甲基化显著相关(r=0.502,P=0.000)。在乳腺癌组织标本中Sox17基因甲基化率与患者肿瘤分期(χ2=6.18,P=0.041)、淋巴结转移(χ2=13.54,P=0.001)显著相关,在血浆标本中,Sox17基因甲基化率与患者肿瘤分期(χ2=27.06,P=0.000)、肿瘤大小(χ2=9.65,P=0.007)及淋巴结转移(χ2=20.80,P=0.000)显著相关,与患者年龄、组织学分级及ER、PR、HER-2/neu等指标差异无统计学意义(P>0.05)。结论:Sox17基因启动子甲基化在乳腺癌的发生、发展中起着重要作用,可能与乳腺癌的预后相关。血浆中Sox17基因甲基化,是一个有潜在应用价值的生物标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 Sox17基因 dna甲基化 循环dna
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腹部脂肪组织APN基因DNA甲基化及mRNA表达与维吾尔族T2DM的相关性 被引量：5
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作者 张君 张望强 +6 位作者 丁毓磊 许彭 王婷婷 徐文静 陆环 刘宗智 谢建新 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期269-275,共7页
为探讨APN基因启动子区DNA甲基化及m RNA表达与新疆维吾尔族T2DM发生、发展的相关性,文章选择新疆维吾尔族正常个体50例、肥胖个体48例、肥胖伴T2DM个体26例,收集腹部网膜脂肪组织,利用变性高效液相色谱技术检测APN基因启动子区DNA甲基... 为探讨APN基因启动子区DNA甲基化及m RNA表达与新疆维吾尔族T2DM发生、发展的相关性,文章选择新疆维吾尔族正常个体50例、肥胖个体48例、肥胖伴T2DM个体26例,收集腹部网膜脂肪组织,利用变性高效液相色谱技术检测APN基因启动子区DNA甲基化情况,应用Real-time PCR方法检测APN基因m RNA表达情况。结果显示,APN基因启动子区DNA甲基化阳性率在正常对照(34%)、肥胖(47.9%)及T2DM组(65.4%)逐渐增加,差异具有统计学意义(P<0.05)。Real-time PCR结果显示,正常对照组APN m RNA相对拷贝数(0.7162)显著高于肥胖(0.4244)及T2DM组(0.4093),差异具有统计学意义(P<0.05)。非T2DM个体相关性分析提示,APN m RNA相对拷贝数与空腹血清葡萄糖(Fasting plasma glucose,FPG)、糖化血红蛋白(Glycosylated hemoglobin,Hb A1c)、甘油三酯(Triglyceride,TG)水平显著负相关(P<0.05)。APN基因启动子区DNA甲基化与其m RNA表达负相关,甲基化阳性组相对拷贝数(0.2700)显著低于阴性组(0.7870),差异具有统计学意义(P<0.01)。以上结果提示,APN基因启动子区DNA甲基化通过抑制其m RNA表达导致糖脂代谢紊乱,可能参与了新疆维吾尔族肥胖及T2DM的发生、发展过程。 展开更多
关键词 维吾尔族 2型糖尿病 腹部脂肪组织 脂联素基因 dna甲基化
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异基因造血干细胞移植患者外周血CD4^+T细胞中STAT3启动子区DNA甲基化水平与急性移植物抗宿主病的关系 被引量：6
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作者 徐雅靖 张媛媛 +3 位作者 陈焱 付斌 杨晶 陈方平 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期911-918,共8页
目的:探讨异基因造血干细胞移植患者外周血CD4^+T细胞中STAT3启动子区DNA甲基化水平与急性移植物抗宿主病(acute graft versus host disease,a GVHD)的关系。方法:收集行同胞全相合异基因造血干细胞移植的40例患者的血液样本,ELISA检测... 目的:探讨异基因造血干细胞移植患者外周血CD4^+T细胞中STAT3启动子区DNA甲基化水平与急性移植物抗宿主病(acute graft versus host disease,a GVHD)的关系。方法:收集行同胞全相合异基因造血干细胞移植的40例患者的血液样本,ELISA检测各组患者血清IL-10,TGF-β1,IL-17A,IL-17F等细胞因子水平;实时定量PCR检测各组患者外周血CD4+T细胞中Treg(Foxp3,CTLA4,IL-10,TGF-β1)和Th 17(RORγt,IL-17A,IL-17F)相关基因的转录水平;实时定量PCR和Western印迹检测各组患者STAT3的表达水平;亚硫酸氢盐处理后测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)法检测各组患者STAT3基因启动子区DNA甲基化水平。结果:与未发生a GVHD患者比较,a GVHD患者血清中IL-10及TGF-β1水平明显降低,IL-17A及IL-17F水平明显升高;a GVHD患者外周血CD4+T细胞中Foxp3,CTLA4,IL-10,TGF-β1转录水平明显降低,RORγt,IL-17A,IL-17F转录水平明显升高;a GVHD患者外周血CD4+T细胞中STAT3的表达水平明显升高,STAT3启动子区DNA甲基化水平明显降低,且STAT3表达水平与其启动子区DNA甲基化水平呈明显负相关。结论:Treg/Th17的比例失衡是异基因造血干细胞移植后患者发生a GVHD的重要因素,STAT3启动子区DNA低甲基化可能介导STAT3的过度表达,参与Treg/Th 17的比例失衡。 展开更多
关键词 异基因造血干细胞移植 急性移植物抗宿主病 STAT3 dna甲基化
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全基因组DNA甲基化图谱及其在动物遗传育种中的研究进展 被引量：4
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作者 赵敬贤 张路培 +3 位作者 高会江 李俊雅 许尚忠 高雪 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期47-53,共7页
DNA甲基化是真核生物表观遗传学重要的机制之一。近年来,全基因组DNA甲基化在动植物遗传育种领域的研究引起了人们广泛的关注。访问大量基因或整个基因组的甲基化状态的能力将会大大促进对细胞中基因调控性质,以及细胞和环境间相互作用... DNA甲基化是真核生物表观遗传学重要的机制之一。近年来,全基因组DNA甲基化在动植物遗传育种领域的研究引起了人们广泛的关注。访问大量基因或整个基因组的甲基化状态的能力将会大大促进对细胞中基因调控性质,以及细胞和环境间相互作用的表观遗传机制的理解。从DNA甲基化图谱、DNA甲基化图谱的构建、DNA甲基化图谱及在动物上的研究进展等方面进行简要综述,并对DNA甲基化图谱的前景进行简要探讨。 展开更多
关键词 dna甲基化 图谱构建 全基因组 畜禽
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甲基化芯片检测APP/PS1双转基因小鼠基因组DNA甲基化分布 被引量：4
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作者 丛琳 张楠楠 +1 位作者 佡剑非 任艳 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期160-163,188,共5页
目的研究阿尔茨海默病(AD)动物模型APP/PS1双转基因小鼠基因组DNA甲基化分布。方法采用最新发展的甲基化DNA免疫共沉淀(Me DIP)结合高通量测序方法,检测APP/PS1双转基因小鼠皮层脑组织DNA甲基化分布。结果只在AD小鼠脑组织中存在的DNA... 目的研究阿尔茨海默病(AD)动物模型APP/PS1双转基因小鼠基因组DNA甲基化分布。方法采用最新发展的甲基化DNA免疫共沉淀(Me DIP)结合高通量测序方法,检测APP/PS1双转基因小鼠皮层脑组织DNA甲基化分布。结果只在AD小鼠脑组织中存在的DNA甲基化片段有2 346个,涉及485个基因,这些DNA甲基化片段分布在不同的染色体上。部分甲基化基因具有一定家族聚集性。结论 APP/PS1双转基因小鼠与相应的野生型小鼠脑组织的DNA甲基化位点存在明显差异,提示DNA甲基化可能参与了AD的发生和发展。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 基因组 dna甲基化 APP/PS1转基因鼠
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