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鹅星状病毒通用型TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用
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作者 陈立功 穆英丽 +5 位作者 张诚 潘保革 范乐乐 魏忠华 王学静 刘聚祥 《中国家禽》 北大核心 2025年第2期53-59,共7页
为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础... 为建立用于鹅星状病毒1(GAstV 1)和鹅星状病毒2(GAstV 2)感染快速检测的实时荧光定量RT-PCR方法,试验根据部分GAstV ORF2基因和部分3′非编码区序列设计合成特异性引物和探针,采用矩阵法获得引物和探针的最优浓度,在优化退火温度的基础上,分别建立扩增GAstV 1和GAstV 2的标准曲线,进一步验证该方法的特异性、敏感性和重复性,建立的方法用于临床样品的检测,并与文献报道的常规RT-PCR方法进行比较。结果显示:优化后的反应体系中最优上、下游引物浓度均为0.40(或0.50)μmol/L,探针浓度均为0.50μmol/L,扩增线性范围分别为3.26×10^(3)~3.26×10^(8)拷贝/μL和7.09×10^(3)~7.09×10^(8)拷贝/μL,相关系数均为0.998;该方法可特异性检出两种GAstV,但对新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒、鹅细小病毒和血清4型禽腺病毒6种鹅病相关病毒的核酸均无扩增信号;其检测限分别为3.26×10^(2)拷贝/μL和7.09×10^(1)拷贝/μL;组内变异系数和组间变异系数均低于3%。建立的实时荧光定量RT-PCR方法对临床样品的检测结果显示,GAstV阳性率为90.57%(96/106);而文献报道的常规RT-PCR方法对GAstV 1和GAstV 2的混合阳性率为62.26%。研究表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法为同时检测GAstV 1和GAstV 2提供了快速、敏感、特异且能满足临床样本需求的检测方法。 展开更多
关键词 鹅星状病毒 荧光定量rt-pcr taqman探针
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兔出血症病毒RHDV1和RHDV2一步法双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR体系的建立和应用
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作者 陈萌萌 王冠萱 +8 位作者 仇汝龙 范志宇 胡波 宋艳华 魏后军 徐为中 葛雷 李一鸣 王芳 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期937-942,共6页
兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体... 兔出血症病毒(RHDV)引起的兔出血症是一种急性、高度致死性传染病,对养兔业造成严重危害。本研究基于RHDV衣壳蛋白(VP60)基因序列设计引物和TaqMan探针,建立可同时检测RHDV1和RHDV2两种毒株的双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测体系。反应体系:2×One Step RT-PCR BufferⅢ10.0μL,上下游引物(10μmol/L)各0.6μL,ROX Reference DyeⅡ(50×)0.4μL,两种荧光探针(10μmol/L)各0.8μL,待测样本2.0μL,ddH_(2)O 4.8μL。反应程序:42℃5 min,95℃10 s,95℃5 s,60℃30 s,40个循环。试验结果表明,该体系特异性强,与轮状病毒、兔多杀性巴氏杆菌、兔支气管败血波氏菌、绿脓杆菌、沙门氏菌无交叉反应;灵敏度高,最低检测限为1μL 100拷贝。通过组内重复和组间重复进行重复性分析,Ct值变异系数为0.2%~2.9%,表明该体系稳定性较好。使用该体系对112份临床样本(60份肝脏组织、52份鼻肛拭子)进行检测,RHDV总检出率为69%,而常规RT-PCR体系的检出率仅为51%。本研究建立的双重荧光定量RT-PCR方法具有高灵敏度、强特异性和良好的重复性,可为RHDV的临床快速诊断及定量分析提供可靠技术支持。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 荧光定量rt-pcr taqman探针
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盖塔病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 顾志刚 郭洁真 +4 位作者 王子涵 孙彤 陈鸿军 孙竹筠 陈丹清 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期112-118,共7页
盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引... 盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引物探针,筛选出最佳的引物探针,建立一种灵敏度高、特异性强的针对盖塔病毒的TaqMan探针实时荧光定量RTPCR检测方法。对该方法进行敏感性、特异性、重复性试验和临床样品检测。标准曲线Ct值与相应质粒标准品浓度存在良好的线性关系,相关系数(R^(2))为0.9989;对含GETV基因的重组质粒pCDNA3.1-nsP1体外转录RNA进行敏感性试验,最低检出限达10 copies,是普通RT-PCR方法的1000倍,敏感性高;与PRRSV、CSFV与PEDV的核酸不发生交叉反应,特异性好;变异系数小于2%,重复性好。本研究建立了一种敏感、特异的GETV检测方法,对GETV的快速诊断具有重要意义。 展开更多
关键词 盖塔病毒 nsP1 taqman探针 实时荧光定量rt-pcr
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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 三重实时荧光定量rt-pcr 应用
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H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:1
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作者 龙凤 熊陈勇 +11 位作者 施开创 郑敏 林昌华 林宝江 杜忠 韦显凯 冯淑萍 屈素洁 陆文俊 李剑锋 周明旭 尹彦文 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期31-38,共8页
为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p... 为同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型禽流感病毒(AIV),本研究根据上述4种亚型AIV HA基因的保守区,采用primer6.0设计4对特异性引物和TaqMan探针,经PCR扩增上述4种亚型AIVHA基因后,分别克隆至pMD18-T载体中构建重组质粒p-H3、p-H4、p-H6和p-H9,并均经PCR与测序鉴定正确后作为标准品。通过优化各反应条件,初步建立了检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。分别以H1、H3、H4、H5、H6、H7、H9亚型AIV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性支气管炎病毒(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭圆环病毒(DuCV)、番鸭细小病毒(MDPV)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新城疫病毒(NDV)的RNA或者DNA作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;将4个重组质粒标准品等体积混合物10倍倍比稀释后作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR检测,评估该方法的敏感性;选择3个浓度的重组质粒标准品等体积混合物作为模板,采用本研究建立的多重RT-qPCR分别进行批内和批间重复性试验,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅H3、H4、H6和H9亚型AIV出现扩增曲线,其他相关禽病病原均为阴性,特异性较强;该方法对H3、H4、H6和H9亚型AIV的检测限均为1.0×101拷贝/µL,敏感性较高;批内和批间重复性试验的变异系数为0.06%~1.09%,重复性较好。利用该方法检测来自广西不同地区的3360份临床家禽咽喉、泄殖腔拭子样品,结果显示H3、H4、H6和H9亚型AIV的检出率分别为4.08%(137/3360)、0.21%(7/3360)、1.13%(38/3360)和3.51%(118/3360),与各亚型AIV单一RT-qPCR商品化试剂盒的检测结果均一致,符合率达100%。表明本研究建立的多重RT-qPCR准确性较好,可以用于临床各类样品的检测。本研究建立了一种同时鉴别检测H3、H4、H6和H9亚型AIV的多重RT-qPCR方法,为AIV基因分型和流行病学调查提供便捷的技术手段。 展开更多
关键词 禽流感病毒 荧光定量rt-pcr taqman
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兔轮状病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立和初步应用
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作者 李嘉逸 伍孟婷 +10 位作者 陈萌萌 仇汝龙 魏后军 范志宇 胡波 葛雷 李一鸣 徐为中 董海龙 宋艳华 王芳 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期210-215,共6页
为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应... 为了能够快速、灵敏地检测出发病家兔临床样本中的兔轮状病毒(Lapine rotavirus,LaRV),根据GenBank已登录的LaRV非结构蛋白5(NSP5)基因保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立了一种TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法并进行了初步应用。结果表明,阳性质粒标准品所建立的标准曲线在使用稀释度为1×10^(7) copies/μL至1×10^(2) copies/μL之间具有良好的线性关系,r 2为0.999,扩增效率为98.781%;该方法对LaRV具有高度特异性,与兔出血症病毒1型、兔出血症病毒2型及兔多杀性巴氏杆菌、肺炎克雷伯杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌等其他病原间无交叉反应;该方法灵敏度高,最低检测值为1×10^(2) copies/μL,比普通PCR灵敏度提高了约100倍;该方法重复性良好,组内和组间变异系数在0.15%~1.41%之间,均小于2%。对45份临床样本采用构建的TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法和常规RT-PCR检测方法进行对比,符合率为100%。因此,本研究建立的TaqMan探针荧光定量RT-PCR具有特异性强、敏感性高、重复性好等优势。 展开更多
关键词 兔轮状病毒 taqman探针 荧光定量rt-pcr 检测方法
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 taqman探针实时荧光定量PCR 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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传染性造血器官坏死病毒和传染性胰脏坏死病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张文 徐立蒲 +7 位作者 吕晓楠 潘勇 王小亮 曹欢 王静波 王姝 阴鸿达 王澎 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第5期494-500,共7页
为建立一种快速、高效、敏感的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)和传染性胰脏坏死病毒(IPNV)的双重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参照世界动物卫生组织(WOAH)最新推荐的IHNV RT-qPCR方法,根据IHNV N基因合成1对特异性引物和1条经... 为建立一种快速、高效、敏感的传染性造血器官坏死病毒(IHNV)和传染性胰脏坏死病毒(IPNV)的双重荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测方法,本研究参照世界动物卫生组织(WOAH)最新推荐的IHNV RT-qPCR方法,根据IHNV N基因合成1对特异性引物和1条经FAM标记的Taq Man探针;根据本研究室建立的6种基因型IPNV(VP2基因)RT-qPCR方法合成1对特异性引物和1条经VIC标记的Taq Man探针。经优化各反应条件,初步建立了IHNV的和IPNV双重RT-qPCR检测方法。分别以IHNV、IPNV、鲤春病毒血症病毒(SVCV)的cDNA以及病毒性出血性败血症病毒(VHSV)和传染性鲑鱼贫血症病毒(ISAV)的重组质粒作为模板,采用本研究建立的双重RT-qPCR检测,评估该方法的特异性;以终浓度分别为1.0×10^(1)拷贝/μL~1.0×10^(9)拷贝/μL pIHNV和p IPNV质粒标准品的混合物作为模板,采用建立的双重RT-qPCR方法扩增,评估该方法的敏感性;以3个不同终浓度的质粒标准品混合物作为模板,采用本研究建立的双重RT-qPCR分别于同一时间和不同时间检测,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅能特异性扩增IHNV和IPNV及二者的质粒标准品混合物,其他相关水生动物病毒均无扩增曲线,特异性较强;对pIHNV和pIPNV质粒标准品的检测限均为1.25拷贝/μL,敏感性较高;组内和组间的变异系数均小于3%,重复性较好。将本实验室保存的45份虹鳟组织上清液传1~2代后,取出现典型CPE的细胞培养物,采用本实验建立的双重RT-qPCR方法和国标中的IHNV RT-PCR及已报道的IPNV RT-PCR方法同时检测。结果显示,3种方法均检出35份阳性样品,其中,IHNV的阳性检出率均为33.3%(15/45),IPNV的阳性检出率均为44.4%(20/45),3种方法的符合率均达100%。本研究首次建立了同时鉴别检测IHNV和IPNV的双重RT-qPCR方法,其特异性强、敏感性高、重复性和稳定性好,可为IHNV和IPNV的鉴别检测及流行病学调查提供新的技术手段。 展开更多
关键词 传染性造血器官坏死病毒 传染性胰脏坏死病毒 双重荧光定量rt-pcr
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非洲马瘟病毒和西尼罗病毒双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 钱佳豪 刘丹 +8 位作者 周师众 张博源 高建帅 蒋卉 范学政 张广智 丁家波 王春凤 沈青春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5873-5879,共7页
本研究旨在建立一种可同时检测非洲马瘟病毒(African horse sickness virus,AHSV)和西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法。根据AHSV VP 7基因序列和WNV Poly Protein基因的高度保守区域设计特异性引物和探针,... 本研究旨在建立一种可同时检测非洲马瘟病毒(African horse sickness virus,AHSV)和西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法。根据AHSV VP 7基因序列和WNV Poly Protein基因的高度保守区域设计特异性引物和探针,优化反应条件及体系,绘制标准曲线,对其特异性、敏感性和重复性进行测定,并采用该方法对临床样品进行检测验证。结果显示:该方法能够同时检测AHSV和WNV,且特异性良好,与马动脉炎病毒、马疱疹病毒1型、马传染性贫血病毒、马腺疫链球菌、马流感病毒等马病核酸均无交叉反应;敏感性高,AHSV和WNV最低检测限均为10 copies·μL^(-1);组内变异系数为0.04%~0.93%,组间变异系数为0.17%~4.83%,重复性良好;使用该方法对30份马全血样品进行检测,结果均为阴性。本试验建立的检测方法对马属动物检疫、非洲马瘟和西尼罗热的监测与防控具有重要意义。 展开更多
关键词 双重荧光定量rt-pcr 非洲马瘟病毒 西尼罗病毒
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猪腺病毒3型TaqMan探针荧光定量PCR检测方法建立
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作者 解佳 刘静宜 +4 位作者 孙彤 郭伟强 俞赵荣 陈鸿军 陈立功 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期106-111,共6页
猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别P... 猪腺病毒3型(PAdV-3)导致猪肠道性疾病。为能够快速特异检测该病毒,本研究根据PAdV-3 hexon基因序列保守区设计特异性引物和探针,成功建立了一种针对PAdV-3的TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法。结果显示:该方法特异性好,可鉴别PAdV-3与其他猪病病毒,最低检测限为10 copies/μL,敏感性高于常规PCR 100倍。该检测方法的建立为PAdV-3的快速诊断提供了重要的分子诊断工具。 展开更多
关键词 猪腺病毒3型 hexon基因 taqman探针 实时荧光定量PCR
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猪巨细胞病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法
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作者 张岳 孙彤 +5 位作者 郭洁真 魏晓锋 熊炜 刘静宜 陈鸿军 陈丹清 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期119-124,共6页
猪巨细胞病毒(PCMV)感染可导致猪食欲废绝,母猪流产,产木乃伊胎,仔猪发育不良等临床症状,且分布广泛,对异种器官移植也存在潜在威胁。本研究针对PCMV保守基因DPOL设计引物探针,建立TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示:检测限可达10拷... 猪巨细胞病毒(PCMV)感染可导致猪食欲废绝,母猪流产,产木乃伊胎,仔猪发育不良等临床症状,且分布广泛,对异种器官移植也存在潜在威胁。本研究针对PCMV保守基因DPOL设计引物探针,建立TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果显示:检测限可达10拷贝,灵敏度高;变异系数<2%,标准曲线R2=0.998,重复性好,具有高特异性;对上海市及江苏省常州市170份血清样本进行检测,5份样品为可疑结果。本研究建立的方法可用于养殖场猪感染PCMV的筛查,对该病防控具有重要意义。 展开更多
关键词 猪巨细胞病毒 DPOL基因 taqman探针 实时荧光定量PCR
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帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
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作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 宋子昂 高林 李卓然 廖德芳 肖雷 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期395-400,共6页
本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,... 本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^(-1)。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。 展开更多
关键词 帕利亚姆病毒 血清型鉴定 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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山羊地方性鼻内肿瘤病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 李鹏飞 高桂琴 +6 位作者 周广青 吴锦艳 颜新敏 曹小安 何继军 袁莉刚 尚佑军 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2259-2266,共8页
山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在... 山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在,对山羊养殖业造成严重的经济损失。为建立快速、准确且能定量分析ENTV-2的检测方法,本研究根据GenBank上发布的ENTV-2 env基因(MT254061.1)保守区域设计引物和TaqMan探针,建立ENTV-2 TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、重复性与临床检测效果进行验证。结果显示,重组质粒标准品模板浓度为6.30×10^(2)~6.30×10^(7) copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.996 5,扩增效率为110%,线性方程的斜率为-2.953,最低检测限度为6.30×10^(1) copies·μL^(-1);组内变异系数和组间变异系数均小于2%,重复性好;与口蹄疫病毒((foot-and-mouth disease virus, FMDV)、小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus, PPRV)、蓝舌病毒(bluetongue virus)、羊内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses)等均无交叉反应,表明该方法具有很好的特异性。利用本研究所建立的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法对29份临床样品进行检测,该方法较普通PCR方法的检出率更高。综上表明,本研究成功建立了ENTV-2 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法,为ENTV-2的快速诊断和流行病学调查提供技术手段。 展开更多
关键词 山羊地方性鼻内肿瘤病毒 羊内源性逆转录病毒 taqman 荧光定量rt-pcr
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槟榔黄化植原体TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 林兆威 孟秀利 +2 位作者 唐庆华 牛晓庆 宋薇薇 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1120-1126,共7页
槟榔是海南省重要的热带经济作物,由植原体侵染引起的槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,YLD)是当前我国槟榔生产上的一种毁灭性病害。为了建立精准高效的槟榔黄化植原体检测方法,本研究基于槟榔黄化植原体16SrDNA基因,设计并... 槟榔是海南省重要的热带经济作物,由植原体侵染引起的槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,YLD)是当前我国槟榔生产上的一种毁灭性病害。为了建立精准高效的槟榔黄化植原体检测方法,本研究基于槟榔黄化植原体16SrDNA基因,设计并合成特异性引物AMf/AMr和探针AM-Prode,使用该方法进行准确性、敏感性、特异性及重复性测试,并在其他植物的植原体病害进行检测。结果显示:本检测方法能够准确的检测出阳性样品,健康样品无扩增曲线;在敏感性测试中,该检测方法能检测到1.16×10^(1) copies/μL样本浓度水平,其标准曲线方程为y=-3.4185x+43.624,扩增效率为96.12%,相关系数R^(2)=0.9833;在特异性测试中,该检测方法对YLD的检测具有较好的特异性,槟榔、槟榔其他病害病原及其内生菌的基因组对本方法未造成干扰;在重复性测试中,该检测方法对槟榔黄化病的检测具有较好的重复性;并且该检测方法可对苦楝黄化病、细圆藤丛枝病及辣椒黄化病等8种植原体病害进行检测,对植原体的检测具有一定的通用性。本检测方法的建立,有利于为槟榔黄化病的精准诊断、病原监测及媒介昆虫的检测等研究提供可靠的技术手段。 展开更多
关键词 槟榔 槟榔黄化病 植原体 taqman实时荧光定量PCR 病害检测
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蛙病毒3型类和桑蒂库帕蛙病毒类双重荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 邓艳 柏建山 +5 位作者 徐浩 季新成 黄燕琼 何淑华 曾伟伟 蒋茗 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第1期48-53,79,共7页
为建立一种可快速鉴别检测蛙病毒3型(FV3)类和桑蒂库帕蛙病毒(SCRV)类的双重荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据FV3类和SCRV类的主要衣壳蛋白(MCP)基因序列,设计一对特异性引物和两种不同荧光标记的探针,采用特异性引物扩增虎纹蛙病毒(T... 为建立一种可快速鉴别检测蛙病毒3型(FV3)类和桑蒂库帕蛙病毒(SCRV)类的双重荧光定量PCR(qPCR)方法,本研究根据FV3类和SCRV类的主要衣壳蛋白(MCP)基因序列,设计一对特异性引物和两种不同荧光标记的探针,采用特异性引物扩增虎纹蛙病毒(TFV)和大口黑鲈虹彩病毒(LMBV)的目的基因,构建重组质粒标准品pMD19-T-TFV和pMD19-T-LMBV。采用矩阵法优化各反应条件后,初步建立了检测这两类蛙病毒的双重qPCR方法。标准曲线结果显示两个重组质粒标准品混合物与各自的Ct值均呈良好的线性关系。采用本研究建立的方法分别检测TFV、LMBV、伯勒虹彩病毒(BCV)、蛙病毒3型、流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、锦鲤疱疹病毒、罗非鱼湖病毒、病毒性神经坏死病毒、斑点叉尾鮰病毒、鲤浮肿病毒、传染性造血器官坏死病毒、传染性脾肾坏死病毒、呼肠孤病毒Ⅱ型、疱疹病毒Ⅱ型,评估该方法的特异;以100~108稀释的重组质粒标准混合物为模板采用建立的双重qPCR方法检测,评估该方法的敏感性;以10^(2)~10^(8)稀释的重组质粒标准混合物为模板采用该双重qPCR方法分别进行组内和组间的重复性试验。结果显示,该方法仅能扩增出FV3类的TFV、BIV、FV3及EHNV和SCRV类的LMBV,其他病毒均无扩增曲线;对pMD19-T-TFV和pMD19-T-LMBV的检测限分别为1拷贝/µL和10拷贝/µL;组内变异系数和组间变异系数均小于2%。利用建立的双重qPCR方法和WOAH推荐的常规PCR方法分别对298份临床样品分别进行检测,结果显示,双重qPCR方法检出21份SCRV类,2份FV3类,普通PCR方法检出15份SCRV类,2份FV3类,双重PCR方法与常规PCR方法对FV3类和SCRV类的检测结果的阳性符合率均达100%。本研究建立的双重qPCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等优点,对于多种蛙病毒属成员的鉴别检测和早期预警具有重要意义。 展开更多
关键词 蛙病毒 双重荧光定量PCR taqman探针
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类NADC34 PRRSV TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 袁丽莉 朱振邦 +5 位作者 刘盼娆 陈南华 李燕华 范娟 陈昌海 李向东 《中国动物传染病学报》 北大核心 2024年第6期81-88,共8页
类NADC34 PRRSV自2018年在我国首次报道以来,流行范围不断扩大,在局部地区已演变为优势毒株。目前尚无针对类NADC34 PRRSV特异性的普通PCR或real-time PCR诊断方法,常规的PRRSV分型与鉴别诊断方法可能导致此类毒株被误诊为类NADC30 PRRS... 类NADC34 PRRSV自2018年在我国首次报道以来,流行范围不断扩大,在局部地区已演变为优势毒株。目前尚无针对类NADC34 PRRSV特异性的普通PCR或real-time PCR诊断方法,常规的PRRSV分型与鉴别诊断方法可能导致此类毒株被误诊为类NADC30 PRRSV。因此,本研究根据类NADC30 PRRSV与类NADC34 PRRSV在Nsp2基因的序列差异,设计特异性引物和探针,建立了类NADC34 PRRSV TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示:本研究建立的方法特异性良好;不同稀释度的阳性标准质粒在2.8×10^(1)~2.8×10^(6)copies/μL具有良好的线性范围,标准曲线R^(2)值为0.997;本方法灵敏度高,检测下限为2.8×10^(1)copies/μL;重复性分析结果显示,批内和批间试验的变异系数CV值均小于2.5%,呈现出良好的重复性。综上,本研究成功建立了快速检测类NADC34 PRRSV的实时荧光定量PCR方法,为开展此类毒株在我国流行状况的调查提供了有力的检测工具。 展开更多
关键词 类NADC34 PRRSV taqman探针 实时荧光定量PCR
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miR-451a和miR-21-5p双重实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用 被引量:1
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作者 胡舒啸 陈惠香 +5 位作者 胡胜 赵一霞 季安全 李洋 廉洁 孙启凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第3期706-715,共10页
目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于... 目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于miRNA双重检验的相关引物及探针并优化实验体系组分,建立基于TaqMan技术的miRNA双重实时荧光定量PCR检测体系并验证其特异性、灵敏度和可重复性;使用此检测体系对58份不同体液样本中的miR-451a与miR-21-5p进行检测,并借助miR-451a与miR-21-5p的比值鉴定法评估该体系的体液鉴别能力;使用该检测体系样本数据确定的最佳截断值对模拟案件样本进行鉴别。结果优化的检测体系能够实现对血液与非血液、月经血与外周血的100%区分,同时可以实现对模拟案件样本的准确鉴别。结论该双重实时荧光定量PCR检测体系将时间和材料成本均缩短至原来的一半,为后续建立更多重的实时荧光定量PCR检测体系并应用于体液鉴别打下了基础。 展开更多
关键词 法医遗传学 体液鉴别 双重实时荧光定量PCR MICRORNA
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新型鸭呼肠孤病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:7
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作者 张博 陈立功 +5 位作者 武华 阴雅洁 孟利佳 郭康康 侯绍华 董世山 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期80-84,共5页
为了快速、准确检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV),本试验采用NDRVσB基因的序列保守区,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了NDRV实时荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验、重复... 为了快速、准确检测新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV),本试验采用NDRVσB基因的序列保守区,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了NDRV实时荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线,并进行特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测试验。结果表明:所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法标准曲线方程为y=-3.354x+44.818,扩增效率为98.7%,标准曲线的相关系数为0.999;该方法可以特异性检测NDRV,但对MDRV、ARV、TMUV、DHAV均无反应信号;该方法检测质粒标准品最低检测浓度为10拷贝/μL,是普通PCR方法检测敏感性的1000倍;该方法的组内与组间变异系数均小于2%;用该方法检测临床样品,结果显示NDRV阳性率为45%,而常规RT-PCR阳性率为33%,比常规RT-PCR敏感。说明本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法可为NDRV的监测和早期诊断提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 σB基因 荧光定量 rt-pcr taqman探针 应用
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实时荧光定量TaqMan RT-PCR检测鸭坦布苏病毒方法的建立及初步应用 被引量:6
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作者 刘洋 霍斯琪 +5 位作者 王传彬 杨林 张倩 刘玉良 马英 顾小雪 《中国家禽》 北大核心 2017年第20期23-26,共4页
研究旨在建立一种适用于鸭坦布苏病毒检测的荧光定量Taq Man RT-PCR技术。以JXSP株RNA为模板,建立检测鸭坦布苏病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。制备含有上述目的片段的RNA作为标准品,10倍比稀释后建立标准曲线,测定敏感性。同时采用标... 研究旨在建立一种适用于鸭坦布苏病毒检测的荧光定量Taq Man RT-PCR技术。以JXSP株RNA为模板,建立检测鸭坦布苏病毒的实时荧光定量RT-PCR方法。制备含有上述目的片段的RNA作为标准品,10倍比稀释后建立标准曲线,测定敏感性。同时采用标准品对该方法的批内和批间重复性进行检测,并与本实验室所保存的多种病毒进行特异性检测。结果:建立的荧光定量Taq Man RT-PCR方法能在鸭坦布苏病毒JXSP株RNA样本中检出荧光信号。最低检出量为2.06×10~1拷贝/反应;线性范围达9个数量级。该方法重复性良好,批内变异系数不足0.4%;批间变异系数不足2.2%。该方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,经体外感染细胞培养物及临床样品检测证实,该方法可实时反映病毒液中的病毒含量,可在获得样品后3 h以内得到检测结果,可用于临床样品中鸭坦布苏病毒的快速检测。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 实时荧光定量rt-pcr taqman探针
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猪轮状病毒TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:4
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作者 陈如敬 章秋月 +4 位作者 陈秋勇 修金生 吴学敏 严山 周伦江 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第2期212-216,共5页
根据GenBank中登录的猪轮状病毒(PoRV)VP6基因序列特征,设计特异性的引物和探针,条件优化后,建立检测PoRV TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法.结果表明:建立的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,最低可检测192拷贝·μL^(-1);特异... 根据GenBank中登录的猪轮状病毒(PoRV)VP6基因序列特征,设计特异性的引物和探针,条件优化后,建立检测PoRV TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法.结果表明:建立的Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法敏感性高,最低可检测192拷贝·μL^(-1);特异性强,对猪常见病原(如猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒和猪流行性乙型脑炎病毒等)检测均为阴性;重复性好,扩增相关系数为0.999,其组内和组间变异系数分别为0.25%~1.26%和0.31%~1.49%.对临床收集的79份猪腹泻病料进行常规RT-PCR检测,检测出阳性样品4份,阳性率为5.06%(4/79);对这79份病料进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测,检测出阳性样品6份,阳性率为7.59%(6/79);同时,4份经RT-PCR检测为阳性的样品经TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测均为阳性,符合率达100%.本研究建立的方法为PoRV早期感染诊断提供检测手段. 展开更多
关键词 猪轮状病毒 taqman 实时荧光定量rt-pcr方法
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