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贝类单孢子虫荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:7
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作者 谢丽基 谢芝勋 +3 位作者 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期239-242,共4页
根据基因库中单孢子虫的基因保守序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了检测单孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫的检测敏感性达到40拷贝数,比常规PCR敏感性高100倍;对派琴虫、折光马... 根据基因库中单孢子虫的基因保守序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了检测单孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫的检测敏感性达到40拷贝数,比常规PCR敏感性高100倍;对派琴虫、折光马尔太虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测结果全为阴性。表明该研究建立的单孢子虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量和重复性好等优点,可用于临床单孢子虫感染的快速检测。 展开更多
关键词 贝类 孢子虫 荧光定量pcr 检测
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贝类单孢子虫和折光马尔太虫二重荧光定量PCR方法的建立 被引量:3
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作者 谢丽基 谢芝勋 +3 位作者 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2010年第3期77-83,共7页
根据GenBank中单孢子虫和折光马尔太虫基因序列,用Primer Express2.0软件设计了两对引物和两条TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测单孢子虫和折光马尔太虫的二重荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫和折光马... 根据GenBank中单孢子虫和折光马尔太虫基因序列,用Primer Express2.0软件设计了两对引物和两条TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测单孢子虫和折光马尔太虫的二重荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫和折光马尔太虫的检测敏感性达到40个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对单孢子虫和折光马尔太虫不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测到这两个原虫。该方法对派琴虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测,结果全为阴性。研究建立的单孢子虫和折光马尔太虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量、重复性好等优点,可用于贝类单孢子虫和折光马尔太虫感染的检测。 展开更多
关键词 孢子虫 折光马尔太虫 二重荧光定量pcr
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基于数字PCR的单分子DNA定量技术研究进展 被引量:51
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作者 李亮 隋志伟 +2 位作者 王晶 臧超 余笑波 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1017-1023,共7页
数字PCR是一项针对单分子目标DNA的绝对定量技术.该技术是将含有DNA模板的反应溶液分配到大量独立的反应室中并且发生扩增反应,通过统计反应室中的阳性信号来定量DNA的拷贝数.DNA样品在反应室中随机和独立分布是单分子成功扩增和准确定... 数字PCR是一项针对单分子目标DNA的绝对定量技术.该技术是将含有DNA模板的反应溶液分配到大量独立的反应室中并且发生扩增反应,通过统计反应室中的阳性信号来定量DNA的拷贝数.DNA样品在反应室中随机和独立分布是单分子成功扩增和准确定量DNA拷贝数的关键因素.本文综述了数字PCR的发展历史、数字PCR与实时荧光定量PCR的区别,以及数字PCR在临床诊断、转基因成分定量、单细胞基因表达、环境微生物检测和下一代测序等方面的最新进展,并展望了该技术的应用前景. 展开更多
关键词 数字pcr 绝对定量 实时荧光定量pcr 拷贝数 分子
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扇棘单睾吸虫Real-time PCR与常规PCR检测方法的建立
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作者 李树清 梅雪芳 +8 位作者 林颖峥 石云良 黄腾飞 王巧全 张强 陈志飞 宋青 唐智芳 黄维义 《动物医学进展》 北大核心 2015年第12期62-67,共6页
根据扇棘单睾吸虫核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列,应用Primer premier 5.0软件自行设计一对可同时应用于real-time PCR和常规PCR的特异引物,建立real-time PCR与常规PCR鉴定扇棘单睾吸虫的方法,评估其特异性及灵敏性。应用建立的... 根据扇棘单睾吸虫核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列,应用Primer premier 5.0软件自行设计一对可同时应用于real-time PCR和常规PCR的特异引物,建立real-time PCR与常规PCR鉴定扇棘单睾吸虫的方法,评估其特异性及灵敏性。应用建立的方法鉴定犬猫内脏中收集的吸虫,并用测序进行验证,检验方法的准确性和实用性。结果表明,建立的两种方法均只能特异性扩增扇棘单睾吸虫目的片段,不与横川后殖吸虫、钩棘单睾吸虫、华支睾吸虫、瓦氏瓦特松吸虫、棘口属吸虫、背孔属吸虫、心形咽口吸虫、野牛平腹盘吸虫、东方次睾吸虫、卫氏并殖吸虫、异尖属线虫、宫脂属线虫发生交叉扩增;敏感性试验表明,real-time PCR和常规PCR检测扇棘单睾吸虫质粒的最低检测限分别为43拷贝和86拷贝。建立的realtime PCR标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(R2=0.998)。鉴定来自犬猫的吸虫17条,结果显示两种方法均能准确鉴定出扇棘单睾吸虫。 展开更多
关键词 扇棘睾吸虫 实时荧光定量pcr 常规pcr 鉴定
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芥菜锌指蛋白转录因子基因Bj26的克隆与鉴定 被引量:2
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作者 贾双伟 高英 赵开军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1174-1181,共8页
锌指蛋白是一类重要的转录因子家族,参与植物基因转录调节、发育及胁迫反应等生理过程。我们前期研究发现芥菜诱导型启动子BjC-P的W-box-like-4为其真菌诱导的核心元件,本研究通过酵母单杂交技术从芥菜cDNA文库中筛选到与W-box-like-4... 锌指蛋白是一类重要的转录因子家族,参与植物基因转录调节、发育及胁迫反应等生理过程。我们前期研究发现芥菜诱导型启动子BjC-P的W-box-like-4为其真菌诱导的核心元件,本研究通过酵母单杂交技术从芥菜cDNA文库中筛选到与W-box-like-4序列特异互作的转录因子基因Bj26。生物信息学分析表明,Bj26含735 bp的开放阅读框,编码一个新的C2H2型锌指蛋白,包括2个典型的C2H2型锌指结构及2个植物特有的QALGGH氨基酸保守序列,等电点pI为9.2,分子量为26.6 kD。亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核。本氏烟瞬时表达分析表明Bj26蛋白通过与BjC-P的真菌诱导核心元件序列特异互作,激活启动子BjC-P。实时荧光定量PCR结果显示Bj26在真菌诱导下表达量明显增高。Bj26的CDS序列与拟南芥和水稻中的C2H2型锌指蛋白序列比对及进化树分析表明,Bj26与拟南芥的C2H2型蛋白同源性高于水稻。以上结果揭示Bj26蛋白可能介导BjC-P真菌诱导响应并参与植物抗真菌病原菌的调控过程。 展开更多
关键词 酵母杂交 C2H2锌指蛋白 Bj26基因 真菌诱导 瞬时表达 实时荧光定量pcr
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鱼腥藻PCC7120基因alr0267敲除及其功能的初步研究 被引量:1
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作者 曹必溥 傅雪琳 +1 位作者 蔡晓丹 何平 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第6期157-166,共10页
【目的】敲除鱼腥藻PCC7120的alr0267基因,并对其功能进行初步研究。[方法】克隆获得鱼腥藻PCC7120alr0267基因部分片段,通过构建敲除载体,使其与目的基因发生单交换同源重组,从而将鱼腥藻PCC7120中的alr0267基因敲除,并对敲除体... 【目的】敲除鱼腥藻PCC7120的alr0267基因,并对其功能进行初步研究。[方法】克隆获得鱼腥藻PCC7120alr0267基因部分片段,通过构建敲除载体,使其与目的基因发生单交换同源重组,从而将鱼腥藻PCC7120中的alr0267基因敲除,并对敲除体进行纯化和PCR鉴定,然后对alr0267敲除体和野生型固氮异形胞进行形态观察和统计,同时采用实时荧光定量PCR,在培养不同时间(O,3,8,24h和10d)检测野生型和alr0267基因敲除体中与异形胞功能相关基因all0813、all2736、alr2887的相对表达量。【结果】鱼腥藻PCC7120alr0267基因被成功敲除;在缺氮条件下培养6-12d,敲除体异形胞营养细胞数的均值明显少于野生型;实时定量PCR分析表明,野生型中all0813、all2736、alr2887基因表达量均在培养24h达到最大,敲除体中这3个基因最大相对表达量的出现时间均有所延迟。【结论】alr0267基因敲除导致异形胞分化频率增加,同时影响异形胞的正常发育。 展开更多
关键词 鱼腥藻PCC 7120 alr0267基因 异形胞 交换同源重组 实时荧光定量pcr
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美洲南瓜Dof基因家族鉴定与表达模式分析
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作者 孙守如 胡德菊 +3 位作者 常静依 王永 马长生 朱磊 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2023年第5期16-28,共13页
DNA结合单锌指(DNA binding with one finger,Dof)是植物所特有的转录因子,主要参与调控植物的生长发育、抗逆和品质等生命活动过程。为了鉴定美洲南瓜Dof基因家族成员和探究其表达模式,从全基因组水平筛选和分析了美洲南瓜CpDof家族成... DNA结合单锌指(DNA binding with one finger,Dof)是植物所特有的转录因子,主要参与调控植物的生长发育、抗逆和品质等生命活动过程。为了鉴定美洲南瓜Dof基因家族成员和探究其表达模式,从全基因组水平筛选和分析了美洲南瓜CpDof家族成员、基因结构、蛋白保守基序和亲缘关系等,同时,通过转录组和荧光定量技术比较了不同成员在美洲南瓜中的时空表达与果实发育表达特性。结果表明,在美洲南瓜中存在58个Dof基因并广泛分布于全基因组;功能域Motif 1存在于所有的Dof基因中;其启动子序列中含有光响应、激素响应和防御应激等顺式作用元件;Dof基因在美洲南瓜中具有组织表达特异性和时空表达特异性。基于转录组和荧光定量验证结果,表明CpDof7、CpDof30和CpDof42等基因与美洲南瓜356和296果实发育密切相关。以上结果为进一步克隆和解析南瓜属Dof基因功能提供了有力支撑。 展开更多
关键词 美洲南瓜 DNA结合锌指 基因家族 荧光定量pcr 果实发育
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