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单细胞转录组学视角下的脂肪组织异质性
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作者 王永浪 陈思思 +5 位作者 李奇隆 龚渝 段昕玥 段叶辉 郭秋平 李凤娜 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第4期820-835,共16页
脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多... 脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多聚焦于其形态和功能的整体特性,但随着单细胞转录组学技术的兴起,揭示了即使在相同条件下,同一种细胞类型在形态、结构、功能和基因表达等方面仍可能表现出显著的差异,即细胞异质性。单细胞转录组学技术如单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序,能够从单细胞水平上深入分析脂肪细胞的异质性和多样性,识别可能涉及脂肪细胞功能的新细胞类型和基因表达模式。本综述深入探讨了单细胞转录组学技术在揭示脂肪组织异质性和多样性方面的新进展,并进一步讨论了其在不同细胞亚群间的通讯模式和分化轨迹研究方面的应用,以及在疾病治疗中的潜在作用,为开发新的治疗策略提供了重要指导。 展开更多
关键词 单细胞转录组学 脂肪 异质性 细胞相互作用 分化轨迹
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基于单细胞转录组学测序的巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的功能研究 被引量:3
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作者 任凌萱 卢子琪 +1 位作者 齐威 冯志杰 《中国全科医学》 北大核心 2024年第29期3654-3663,共10页
背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的... 背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的基础上,巨噬细胞在肝硬化及肝癌疾病进展中的动态变化规律值得探讨。目的解析不同来源肝脏巨噬细胞的转录组学差异,分析巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的动态变化规律,探索预防肝硬化进展为肝癌的潜在策略。方法本研究通过从GEO数据库获取健康、肝硬化及肝癌组织的单细胞转录组学数据。健康及肝硬化数据来自GEO数据库GSE136103数据集,取自5例健康肝脏以及5例肝硬化肝脏的数据。肝癌数据来自GEO数据库GSE149614数据集,取自10例肝癌患者的数据。通过Seurat软件包分别对肝硬化及肝癌样本的数据进行聚类,鉴定各个细胞类型。将肝硬化样本中的3簇巨噬细胞亚群提取后,分析各个亚群前200个特异性表达基因,应用Metascape在线分析软件对各亚簇特异性表达基因进行功能分析。提取巨噬细胞亚群肝硬化特异性表达基因,通过KEGG功能分析探究巨噬细胞在肝硬化中的功能。将肝硬化以及肝癌单细胞转录组数据通过CellChat软件包进行细胞间相互作用分析,对比肝硬化与肝癌样本巨噬细胞的细胞通讯的差异。将健康对照、肝硬化以及肝癌三者不同来源的巨噬细胞通过Harmony软件包去批次效应,之后导入Monocle软件包进行伪时序分析,构建健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变轨迹。利用limma软件包找寻在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变过程中连续上调以及下调的基因,并进行功能富集分析。结果对所有细胞进行无监督聚类,根据标记基因表达情况,共提取出3个巨噬细胞亚簇(分别为Mac1,Mac2和Mac3)。其中Mac1起源于组织驻留巨噬细胞(Kupffer细胞),Mac2以及Mac3起源于血液单核细胞,并且其数量在肝硬化组织中明显增多。在肝硬化组织中的Mac1表现了适应性免疫系统相关功能的上调,Mac2以及Mac3亚群均表现出吞噬体相关功能以及抗原提呈功能的下调。肝硬化与肝癌样本中巨噬细胞与其他类型细胞的通讯存在巨大的差异。某些细胞间通讯仅发生于肝硬化巨噬细胞中,这包括干扰素Ⅱ(IFN-Ⅱ)以及CD40等信号通路的细胞通讯。经过去批次效应的处理后,对健康肝脏、肝硬化肝脏以及肝癌巨噬细胞进行伪时序分析,结果提示三组数据存在特定的时序关系。本研究发现81个在该过程中连续下调的基因,然而未发现在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程中连续上调的基因。功能分析提示连续下调基因存在对细菌免疫反应的功能富集。结论肝硬化巨噬细胞可以分为3个亚群,其中Mac1来自肝脏固有Kupffer细胞,Mac2、Mac3来自血液单核细胞。肝硬化中诸多免疫相关细胞通讯例如IFN-Ⅱ以及CD40通路在肝癌中消失。健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程存在对细菌免疫反应的持续下调,这可能加重了门脉高压造成的肠道菌群位移的危害。对于肝硬化患者,尽早地治疗门脉高压造成的肠漏,可能是重要的治疗策略。 展开更多
关键词 巨噬细胞 肝硬化 肝纤维化 肝肿瘤 单细胞转录组学测序 细胞间相互作用
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基于单细胞转录组的围产期卒中性别差异原因探究
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作者 刘阳 程丝 +6 位作者 吕天节 王誉博 王孟 许喆 石延枫 李子孝 王拥军 《中国卒中杂志》 2023年第2期169-174,共6页
目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞... 目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞类型。通过基因差异表达分析和功能富集分析,确定性别对细胞功能的影响,分析围产期卒中性别差异产生的潜在原因。结果经过判定,在胚胎发育中期血管单细胞转录组数据集的7例样本中,有4例男性和3例女性。典型的周细胞(P=0.018)和处于分裂状态的壁细胞(P=0.011)的表达谱与生物学性别的GWAS关联基因显著相关,而平滑肌细胞、成纤维细胞和全部5种内皮细胞类型与性别GWAS关联基因无明显相关性。总计345个基因在男性周细胞中显著高表达、619个基因在女性周细胞中显著高表达,这些差异表达基因分别富集在独特的生物学通路中,也同时富集在细胞能量代谢相关通路中。结论周细胞具有很强的性别差异性,可能是围产期卒中性别差异产生的原因。 展开更多
关键词 围产期卒中 性别差异 单细胞转录组学 细胞 细胞能量代谢
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SULF1作为特发性肺纤维化与肺腺癌共同基因的鉴定及其生物学功能分析 被引量:1
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作者 王俊轶 鲁璐 +4 位作者 何翔 马丽娟 陈涛 李国平 于海杰 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期669-683,共15页
背景和目的特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种原因不明的慢性、进行性、间质性肺疾病,确诊后中位生存期为3-5年。IPF与肺癌风险增加有关。因此,探索IPF和肺腺癌的关键共同致病基因和分子通路,对开发IPF合并肺腺... 背景和目的特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种原因不明的慢性、进行性、间质性肺疾病,确诊后中位生存期为3-5年。IPF与肺癌风险增加有关。因此,探索IPF和肺腺癌的关键共同致病基因和分子通路,对开发IPF合并肺腺癌的新治疗手段和个性化精准治疗策略的制定具有重要意义。方法利用基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中公开的IPF和肺腺癌基因表达数据集进行生物信息学分析。使用加权基因共表达网络分析识别涉及两种疾病进程的共同基因,进而功能富集分析。随后,联合额外数据集鉴定两种疾病的核心共同基因。并通过癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和单细胞RNA测序数据集,分析核心共同基因与患者预后的关系,并评估其在肺腺癌中的表达模式、临床相关性、遗传特征和免疫相关功能。最后通过药物数据库筛选出相关的潜在治疗药物。结果两者之间有529个共同致病基因。其中,SULF1作为核心共同致病基因与患者预后不良相关,其在肺腺癌组织中的表达水平显著升高,同时与高突变频率、显著基因组异质性以及抑制性免疫微环境相关。随后的单细胞分析发现SULF1高表达主要源于肿瘤相关成纤维细胞。SULF1表达与肿瘤药物敏感性变化相关,并筛选出与靶向SULF1高表达成纤维细胞相关的潜在小分子药物。结论本研究鉴别出IPF和肺腺癌之间的共同分子途径和核心基因,其中SULF1可能作为两种疾病的潜在生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺肿瘤 特发性肺纤维化 加权基因共表达网络分析 SULF1 单细胞转录组学分析
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