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基于质谱的单细胞蛋白质组学分析策略与应用
1
作者 李国星 魏星 +1 位作者 陈明丽 王建华 《分析测试学报》 CAS 北大核心 2025年第1期99-105,共7页
细胞间异质性已被证明存在于各类生物体及其发育过程中。传统对于群体细胞的测量所得到的平均结果往往无法用于单细胞异质性的分析,因此开展单细胞水平的研究对于单个细胞的生理状态至关重要。蛋白质作为生命活动的主要承担者,进行单细... 细胞间异质性已被证明存在于各类生物体及其发育过程中。传统对于群体细胞的测量所得到的平均结果往往无法用于单细胞异质性的分析,因此开展单细胞水平的研究对于单个细胞的生理状态至关重要。蛋白质作为生命活动的主要承担者,进行单细胞蛋白质组学分析对于准确研究信号分子与相关信号通路之间的关系具有重要意义。常规的免疫荧光等技术受限于抗体的结合特异性与可用性,且仅限于分析预先选定的蛋白质。该文综述了近年来基于质谱的单细胞蛋白质组学中的常用方法,根据分析策略的不同,将其分为自下而上、自上而下与天然蛋白质组学3种方法,在介绍研究方法的同时对蛋白质样品预处理的进展进行了讨论。最后,对基于质谱的单细胞蛋白质组学研究所面临的挑战以及发展方向进行了总结与展望。 展开更多
关键词 质谱(MS) 蛋白质组学 单细胞 样品预处理
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化学-生物级联转化CO_(2)合成单细胞蛋白研究进展
2
作者 吴孟勤 王佳瑶 +1 位作者 徐友强 王钰 《化工进展》 北大核心 2025年第5期2429-2440,共12页
工业发展导致CO_(2)大量排放,加剧了全球温室效应和环境污染。此外,全球人口的不断增长将会导致蛋白质供应不足。通过化学催化CO_(2)还原合成甲醇等有机一碳化合物,进一步通过微生物将甲醇转化为多碳产物,是一条高效的CO_(2)固定和转化... 工业发展导致CO_(2)大量排放,加剧了全球温室效应和环境污染。此外,全球人口的不断增长将会导致蛋白质供应不足。通过化学催化CO_(2)还原合成甲醇等有机一碳化合物,进一步通过微生物将甲醇转化为多碳产物,是一条高效的CO_(2)固定和转化利用路线。因此,从原料和产品层面考虑,本文提出了利用化学-生物级联转化CO_(2)生产单细胞蛋白(single cell protein,SCP)的策略,即将CO_(2)通过化学转化生产甲醇,再进一步利用微生物细胞工厂代谢甲醇和无机铵生产SCP,SCP产品有望应用于饲料和食品工业。本文首先介绍了CO_(2)加氢可持续生产甲醇的反应过程及反应机制,总结了相关催化剂的研究进展。其次,介绍了自然界中发现的可利用甲醇的微生物及甲醇代谢途径,以及利用甲醇生产SCP的研究进展。最后,对CO_(2)化学-生物级联转化工业化制造SCP的瓶颈和解决方案进行了展望。 展开更多
关键词 一碳化工 甲醇 级联转化 单细胞蛋白 微生物细胞工厂
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利用食品废弃资源生产单细胞蛋白质的研究进展与应用
3
作者 孙立瑞 于放 +3 位作者 李俊生 崔添玉 王艳 辛嘉英 《饲料工业》 北大核心 2025年第15期173-181,共9页
单细胞蛋白质(single cell protein,SCP)具有高蛋白质含量,且由较全面的氨基酸组成,是一类可持续发展的高质量蛋白质资源。文章重点介绍了生产SCP的微生物种类,包括细菌、真菌和微藻,及其如何高效转化农业和食品加工废弃物为SCP的过程... 单细胞蛋白质(single cell protein,SCP)具有高蛋白质含量,且由较全面的氨基酸组成,是一类可持续发展的高质量蛋白质资源。文章重点介绍了生产SCP的微生物种类,包括细菌、真菌和微藻,及其如何高效转化农业和食品加工废弃物为SCP的过程。同时,概述了SCP在食品、饲料工业及作为环保型食品包装材料方面的应用潜力。最后,对SCP在促进粮食安全和可持续发展方面的潜在价值进行了前瞻性分析,指出SCP的未来发展将深入研究不同菌种的发酵特性,优化工艺参数,推动产业链建设,以期为社会食品体系的可持续发展做出贡献。 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 微生物发酵 废弃资源 生产工艺 应用
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甲烷氧化菌利用不同氮源生产单细胞蛋白
4
作者 贺姣 孙立瑞 +3 位作者 辛嘉英 张卫丹 宋琪 徐景懿 《石油化工》 北大核心 2025年第1期84-91,共8页
以甲烷为碳源和能源的甲烷氧化菌(MOB),在不同氮源下,通过金属Cu^(2+)调控甲烷单加氧酶(MMO)的表达,探究不同MMO表达对MOB生产单细胞蛋白(SCP)产量的影响。采用在可溶性甲烷单加氧酶(sMMO)和颗粒性甲烷单加氧酶(pMMO)表达下以硝态氮、... 以甲烷为碳源和能源的甲烷氧化菌(MOB),在不同氮源下,通过金属Cu^(2+)调控甲烷单加氧酶(MMO)的表达,探究不同MMO表达对MOB生产单细胞蛋白(SCP)产量的影响。采用在可溶性甲烷单加氧酶(sMMO)和颗粒性甲烷单加氧酶(pMMO)表达下以硝态氮、铵态氮和氮气为氮源对MOB进行培养,以细胞产率、SCP产量、特征性MMO活性和固氮酶活性为主要指标,观察不同MMO表达下氮源种类对MOB生长和SCP产量的影响。实验结果表明,以硝态氮为氮源培养的MOB的SCP产量在pMMO表达时比sMMO表达高9.2%,而以铵态氮为氮源培养的MOB在sMMO表达时SCP产量更高,以氮气为氮源培养的MOB生产SCP产量最低。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 氮源 单细胞蛋白 颗粒性甲烷单加氧酶 可溶性甲烷单加氧酶 固氮酶
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全面供光策略调控废水培养光合细菌产单细胞蛋白
5
作者 王晓丹 卢海凤 +5 位作者 张光明 司哺春 卞含笑 唐帅 蒋伟忠 李保明 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期227-237,共11页
为拓展蛋白质来源,缓解中国饲料蛋白资源短缺现状,该研究通过供光策略调控强化了沼泽红假单胞菌(R.palustris)从废水中回收菌体资源及单细胞蛋白(single cell protein, SCP)的效果,并解析了不同供光策略下物质合成与污染物降解之间的相... 为拓展蛋白质来源,缓解中国饲料蛋白资源短缺现状,该研究通过供光策略调控强化了沼泽红假单胞菌(R.palustris)从废水中回收菌体资源及单细胞蛋白(single cell protein, SCP)的效果,并解析了不同供光策略下物质合成与污染物降解之间的相关性。结果表明:在白炽灯、120μmol/(m^(2)·s)的光强及18 h光/6 h暗(L/D)的光周期条件下菌体的生物量及日产量可达(1 140.56±19.72) mg/L及(0.32±0.02) g/(L·d),相较于24 L/0 D、 3 L/21 D及9 L/15 D组分别提高了17.06%~93.21%、54.43%~299.93%(P<0.05);在白炽灯、120 μmol/(m^(2)·s)的光强及3 h光/21 h暗的光周期条件下,菌体的蛋白质质量分数最高,为67.47%,相较于其他所有试验组提高了21.96%~44.54%(P<0.05)。化学需氧量(chemical oxygen demand, COD)和氨氮(ammonia nitrogen, NH_(4)^(+)-N)去除率在白炽灯、120 μmol/(m^(2)·s)的光强及18 h光/6 h暗的光周期条件下可达72.03%~78.40%。相关性分析表明,光强、光质分别与蛋白质含量及浓度呈显著负相关;而光周期与蛋白质浓度呈显著正相关,因此,光周期是R. palustris从废水体系中提升SCP产量的有效调控方法。该研究为提高废水体系中光合细菌合成SCP提供了新的方法与思路。 展开更多
关键词 光质 光强 光周期 光合细菌 单细胞蛋白 污染物降解
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酒糟——单细胞蛋白(SCP)研究 被引量：7
6
作者 吴晋强 潘玲 +3 位作者 张贺强 骆先虎 蔡海莹 吴金节 《中国饲料》 北大核心 1997年第14期20-22,共3页
酒糟是生产白酒的大宗副产品,每生产1吨白酒需2—3吨富含淀粉的原料(高粱、玉米、大麦、小麦、薯类等)。原料在酿酒过程中。
关键词 饲料 酒糟 单细胞蛋白 研究
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新型单细胞蛋白饲料资源开发利用进展 被引量：3
7
作者 吴信 张会会 +2 位作者 杨旭东 梁晓晓 高乐 《饲料工业》 CAS 北大核心 2024年第20期1-8,共8页
蛋白质作为生命活动最重要的物质基础之一,在畜禽营养中扮演着不可替代的角色。目前我国蛋白饲料短缺的现状严重制约了畜牧业的发展,利用甲烷、一氧化碳、甲醇、秸秆等发酵生产新型单细胞蛋白,形成低成本、非传统动植物资源生产蛋白的... 蛋白质作为生命活动最重要的物质基础之一,在畜禽营养中扮演着不可替代的角色。目前我国蛋白饲料短缺的现状严重制约了畜牧业的发展,利用甲烷、一氧化碳、甲醇、秸秆等发酵生产新型单细胞蛋白,形成低成本、非传统动植物资源生产蛋白的新方式,为新型蛋白源开发开辟了广阔前景,是解决我国蛋白资源短缺和实现节能减排的有效途径。文章综述了蛋白饲料资源现状、新型单细胞蛋白饲料资源开发技术以及在动物生产中的应用,以期为缓解我国蛋白饲料资源短缺和促进畜牧业健康可持续发展提供新思路。 展开更多
关键词 蛋白饲料 单细胞蛋白 一碳原料 秸秆资源 动物生产
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利用一碳资源生产单细胞蛋白在饲料中的应用研究进展 被引量：3
8
作者 贺姣 辛嘉英 +2 位作者 张卫丹 徐景懿 夏春谷 《饲料工业》 CAS 北大核心 2024年第8期32-43,共12页
随着全球温室气体排放量的持续增加以及出现饲料资源短缺的新趋势,某些微生物利用甲烷(CH_(4))、二氧化碳(CO_(2))、一氧化碳(CO)和甲醇(CH_(3)OH)等一碳资源为底物发酵生产单细胞蛋白(Single cell protein,SCP),这种营养丰富,可持续生... 随着全球温室气体排放量的持续增加以及出现饲料资源短缺的新趋势,某些微生物利用甲烷(CH_(4))、二氧化碳(CO_(2))、一氧化碳(CO)和甲醇(CH_(3)OH)等一碳资源为底物发酵生产单细胞蛋白(Single cell protein,SCP),这种营养丰富,可持续生产的新型高质量蛋白是未来饲料蛋白替代的新趋势。此外,单细胞蛋白具有生产周期短、生产效率高、原料资源丰富且容易获得、营养价值高等优点,可大规模工业化生产,在减缓温室效应中发挥重要作用。根据其氨基酸组成,可以作为动物蛋白饲料的替代来源。文章主要介绍了一碳资源经微生物转化为单细胞蛋白及其在饲料应用中的研究进展,分析单细胞蛋白商业化生产面临的挑战及未来解决措施,最后展望了单细胞蛋白在粮食安全和碳减排的双重需求下潜在应用价值。 展开更多
关键词 一碳资源 微生物 单细胞蛋白 饲料应用 碳减排
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生物转化一碳化合物原料产油脂与单细胞蛋白研究进展 被引量：1
9
作者 赵亮 李振帅 +6 位作者 付丽平 吕明 王士安 张全 刘立成 李福利 刘自勇 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第6期1300-1318,共19页
一碳化合物是一类产生于自然界或工业过程中的液态或气态物质,其具有来源广泛、价格低廉、可持续生产的优势,有望成为新一代生物制造关键原料,包括液态的甲醇、甲酸,以及气态的CO_(2)、CO、CH_(4)等。在生物制造蓬勃发展的背景下,通过... 一碳化合物是一类产生于自然界或工业过程中的液态或气态物质,其具有来源广泛、价格低廉、可持续生产的优势,有望成为新一代生物制造关键原料,包括液态的甲醇、甲酸,以及气态的CO_(2)、CO、CH_(4)等。在生物制造蓬勃发展的背景下,通过合成生物学手段改造微生物,使之利用一碳化合物高效生产油脂与单细胞蛋白等高附加值产品,降低对粮食、化石资源进口的依赖,成为缓解粮食能源危机的有效战略举措。本文综述了甲基营养型微生物、产乙酸菌以及酵母等微生物通过代谢途径、底盘遗传改造等方法,将一碳化合物转化为高附加值油脂与单细胞蛋白的最新研究进展;介绍了一些通过发酵工艺控制优化分子工程菌株利用一碳化合物的相关研究;同时收集了部分一碳化合物转化相关研究机构或企业的产业化案例。最后,针对一碳化合物利用菌株的代谢通路设计与遗传工具存在的限制问题,以及产乙酸菌与产油微生物之间的能量转化矛盾,展望了未来生物制造油脂与单细胞蛋白的前景和面临的挑战,提出在复杂系统性的生物制造过程中,发展多学科交叉的高效系统集成发酵,以期对一碳化合物的生物转化研究产生推动作用,为攻克目前存在的理论与实践难题提供新思路,并对实际应用与产业化发展提供参考。 展开更多
关键词 一碳化合物 油脂 单细胞蛋白 生物制造 代谢工程 发酵工艺
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纤维素酶水解稻草生产单细胞蛋白(SCP)——1.纤维素酶水解稻草的研究 被引量：4
10
作者 王沁 赵学慧 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1992年第2期6-9,共4页
对不同预处理方法与底物得糖率,纤维素转化率的关系进行了研究,以1％NaOH在100℃煮沸1h效果最好。研究了稻草酶解的适宜条件,在pH5、50℃、底物浓度7％、酶解48h的条件下,底物得糖率达53.8％,含糖量5.0％,全纤维素转化率80.2％。
关键词 纤维素酶 稻草 单细胞蛋白
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基于转录组和单细胞测序数据分析CALU与肝细胞癌患者预后的关系及其作用机制
11
作者 王小燕 李雪莲 +3 位作者 梁斌 田文斐 马海林 莫之婧 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期447-459,共13页
目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白(CALU)的表达水平与肝细胞癌(HCC)预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库(TCGA)下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库(GTEx)下载160例... 目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白(CALU)的表达水平与肝细胞癌(HCC)预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库(TCGA)下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库(GTEx)下载160例正常组织样本数据。采用配对样本t检验分析在HCC组织样本和配对癌旁正常组织样本中CALU的表达差异,并采用人类蛋白图谱数据库(HPA)进行验证。采用DESeq2包对CALU低和高表达组HCC组织样本进行差异表达基因(DEGs)鉴定,采用pROC包进行受试者工作特征(ROC)曲线分析,采用单因素和多因素Cox回归分析确定CALU在不同临床病理特征HCC患者中的预后价值,采用ggplot2包绘制森林图,采用rms包和survival包构建列线图及校准图,分析CALU用于区分HCC组织与正常组织的诊断价值。采用Kaplan-Meier Plotter数据库数据对CALU与HCC患者预后的关系进行验证。采用GSE14520数据集中216例HCC样本基因转录表达数据对列线图预测准确性进行验证。采用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能及通路富集分析,采用基因集富集分析(GSEA)获得DEGs显著富集的基因集。采用GSE149614中10例HCC组织样本和8例癌旁正常组织样本单细胞测序数据对CALU与HCC患者预后关系及其作用机制进行验证。结果:与正常组织比较,HCC组织中CALU mRNA表达水平明显升高(P<0.001),HCC组织中CALU蛋白表达量升高。在HCC样本的CALU低表达组和CALU高表达组共发现928个DEGs,包括784个上调DEGs和144个下调DEGs。ROC分析,CALU用于区分癌和癌旁组织具有较高的诊断价值,ROC曲线下面积(AUC)为0.839。生存分析,CALU高表达组HCC患者生存率明显低于CALU低表达组(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析确定CALU高表达是HCC患者预后的独立危险因素,并构建预后预测列线图。GSE14520数据集数据证实CALU可用于预测HCC预后。GO功能富集分析,上述DEGs主要富集于细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡等方面(P<0.05);KEGG通路分析,DEGs富集的通路主要有细胞外基质(ECM)受体互作、亚油酸代谢和神经活性配体受体互作(P<0.05)。GSEA分析,CALU高表达激活细胞周期G_(1)期到S期、泛素化蛋白聚合反应和HCC进展,CALU低表达则促进HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡。单细胞测序分析,CALU mRNA在较高的肿瘤分期HCC细胞亚群中表达水平更高,CALU高表达HCC细胞亚群主要与泛素化、p53和细胞周期有关(P<0.01),CALU低表达HCC细胞亚群主要与细胞氧化应激、铁死亡和组蛋白绑定有关(P<0.01)。结论:CALU高表达可能与HCC患者预后不良存在关联,构建的HCC预后列线图预测患者生存率效果较好。上调CALU可能通过调节细胞周期G_(1)期到S期和蛋白泛素化以促进HCC进展,而下调CALU可能通过诱导HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡从而抑制HCC进展。 展开更多
关键词 人钙腔蛋白 肝细胞癌 生物信息学 单细胞测序分析 癌症预后
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纤维素酶水解稻草生产单细胞蛋白(SCP)——Ⅱ.稻草酶解液生产SCP的研究 被引量：2
12
作者 王沁 赵学慧 《微生物学杂志》 CAS CSCD 1993年第2期8-12,共5页
从18株酵母和2株白地霉中选得两株酵母它们能较好地利用稻草酶解液生产单细胞蛋白,其菌名和编号为皮状丝孢酵母(Trichosporon cutaneum)AS 1.374,假丝酵母(Candida sp.)Y002对这两株菌的生长条件进行了研究,在pH5.0、30—32℃、糖浓度1.... 从18株酵母和2株白地霉中选得两株酵母它们能较好地利用稻草酶解液生产单细胞蛋白,其菌名和编号为皮状丝孢酵母(Trichosporon cutaneum)AS 1.374,假丝酵母(Candida sp.)Y002对这两株菌的生长条件进行了研究,在pH5.0、30—32℃、糖浓度1.5—2.0％、培养36h的条件下,SCP对糖的产率可达66.6％。 展开更多
关键词 纤维素酶 单细胞蛋白 酵母 稻草
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稻草酶解糖生产单细胞蛋白(SCP)的研究 被引量：2
13
作者 王沁 赵学慧 《饲料研究》 CAS 北大核心 1992年第4期2-5,共4页
纤维素是地球上资源最丰富的物质.据统计,仅稻草一项,世界总量就达6亿多吨,其中90%在亚洲.随着世界能源的短缺和粮食需要量的增加,纤维素作为能源基质是极有前途的.纤维素酶是一种生物催化剂,它能催化纤维素分解变成糖,糖可作酿造发酵... 纤维素是地球上资源最丰富的物质.据统计,仅稻草一项,世界总量就达6亿多吨,其中90%在亚洲.随着世界能源的短缺和粮食需要量的增加,纤维素作为能源基质是极有前途的.纤维素酶是一种生物催化剂,它能催化纤维素分解变成糖,糖可作酿造发酵原料生产SCP,燃料酒精以及各种化学试剂等. 展开更多
关键词 饲料 稻草 酶解糖 单细胞蛋白
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基于单个记忆B细胞测序技术构建毒素蛋白Hcp免疫组库及抗体表达
14
作者 周金锐 王文皓 +6 位作者 顾亚茹 欧阳雪 刘碧霞 左厚义 杜烨湘 张睿 左钱飞 《陆军军医大学学报》 北大核心 2025年第15期1782-1791,共10页
目的基于单个记忆B细胞测序技术制备针对鲍曼不动杆菌的人源化单克隆抗体,构建出Hcp蛋白的免疫组库,表达具有结合活性的单克隆抗体。方法构建带有pGEX-6p-1-Hcp重组质粒的BL21-Hcp菌液,采用蛋白质表达和蛋白质亲和层析技术获得目的蛋白H... 目的基于单个记忆B细胞测序技术制备针对鲍曼不动杆菌的人源化单克隆抗体,构建出Hcp蛋白的免疫组库,表达具有结合活性的单克隆抗体。方法构建带有pGEX-6p-1-Hcp重组质粒的BL21-Hcp菌液,采用蛋白质表达和蛋白质亲和层析技术获得目的蛋白Hcp;6~8周龄雌性SPF级的BALB/c小鼠(体质量18~20 g),Hcp抗原肌肉注射免疫小鼠产生特异性记忆B细胞;采用流式细胞术分选单个特异性记忆B细胞;采用单细胞测序技术构建Hcp的免疫组库,并对测序结果进行生物信息学分析;采用抗体人源化改造技术获得单克隆抗体;采用ELISA实验检测抗体体外结合活性。结果表达并纯化出纯度大于95%的目的蛋白Hcp;成功构建了Hcp的免疫组库,分析得到了该免疫组库的BCR克隆型鉴定和分析结果、CDR3区域特征分析结果、V-J基因配对特征分析结果;人源化改造了7种单克隆抗体(IgG1-1、IgG1-2、IgG2-1、IgG2-2、IgG3-1、IgG4-1、IgG4-2);ELISA结果显示,IgG1-1、IgG3-1、IgG4-1、IgG4-2抗体结合效价均为1∶1280,IgG2-2的抗体效价为1∶10240,IgG2-1的抗体效价为1∶5120,IgG1-2的抗体效价为1∶160。结论利用单细胞测序技术可以快速、准确、高效率地构建含有大量抗体信息的Hcp蛋白免疫组库,利用免疫组库可以表达具有结合活性的单克隆抗体。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 溶血素共调节蛋白 免疫组库 单细胞测序 单克隆抗体
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玉米芯生产单细胞蛋白研究 玉米芯生产SCP的水解工艺优化
15
作者 林晓艳 陈彦 尹淑媛 《饲料研究》 CAS 北大核心 1999年第11期12-13,共2页
为使Candida boidinii No.2201 的诱变株Y- 108 有效地利用玉米芯水解液生产SCP,本文报道了对玉米芯酸水解工艺的优化。结果表明适宜的酸水解条件为1∶8 的料水比,1-5 % 的硫酸,在120 ℃的温度下直接水解3h,其还原糖得率高达43 % 左右,... 为使Candida boidinii No.2201 的诱变株Y- 108 有效地利用玉米芯水解液生产SCP,本文报道了对玉米芯酸水解工艺的优化。结果表明适宜的酸水解条件为1∶8 的料水比,1-5 % 的硫酸,在120 ℃的温度下直接水解3h,其还原糖得率高达43 % 左右,菌体产量平均在23 g/L。 展开更多
关键词 玉米芯 单细胞蛋白 水解 正交试验
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发酵生产饲用单细胞蛋白的研究进展 被引量：2
16
作者 季小禹 王永伟 +1 位作者 刘宽博 李爱科 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期3525-3533,共9页
生物发酵技术可以利用工农业生产副产品或废弃物生产单细胞蛋白(SCP),且发酵工艺具有微生物菌体增殖速度快、占地少、不受气候影响及无污染等特点。SCP可以替代传统的动植物蛋白质饲料原料,对缓解当前粮食安全和保障畜牧业可持续发展具... 生物发酵技术可以利用工农业生产副产品或废弃物生产单细胞蛋白(SCP),且发酵工艺具有微生物菌体增殖速度快、占地少、不受气候影响及无污染等特点。SCP可以替代传统的动植物蛋白质饲料原料,对缓解当前粮食安全和保障畜牧业可持续发展具有重要意义。本文综述了生产SCP的微生物种类、发酵工艺和影响因素,以及其在动物饲粮中的安全性和应用效果,旨在为进一步推动饲用SCP的高效生产和科学应用提供参考。 展开更多
关键词 单细胞蛋白 发酵工艺 饲用安全性 应用效果
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单细胞蛋白质成像方法进展
17
作者 姚春露 张惟杰 +6 位作者 张云龙 邓朝霞 王梦灵 张左玲 王琛 宋沁馨 邹秉杰 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期147-157,共11页
单细胞蛋白质的差异化表达及其亚细胞定位同机体的生理状态和病理机制密切相关。单细胞蛋白质原位成像方法的发展为空间单细胞蛋白质组学研究以及单细胞蛋白图谱绘制提供了强有力的工具。本文对近几年开发的基于抗体有序多轮孵育的循环... 单细胞蛋白质的差异化表达及其亚细胞定位同机体的生理状态和病理机制密切相关。单细胞蛋白质原位成像方法的发展为空间单细胞蛋白质组学研究以及单细胞蛋白图谱绘制提供了强有力的工具。本文对近几年开发的基于抗体有序多轮孵育的循环免疫荧光成像、基于金属元素标签抗体的质谱成像、基于抗体DNA条形码的荧光成像、基于基因编码的荧光蛋白成像、基于拉曼光谱或X射线的光谱成像等单细胞蛋白质成像方法进行了总结,并对它们的成像原理作简要说明。文章重点关注了这些方法的多重性能、成像分辨率以及信号放大性能,并分析了它们在实际科研和临床工作中的应用特点,希望为新的单细胞蛋白质成像方法的开发提供参考,并为生物医学和精准医学的发展提供助力。 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 免疫荧光 质谱成像 荧光蛋白 光谱成像 进展
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利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱
18
作者 黄玉滢 于成鲲 +1 位作者 刘斯奇 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期150-157,共8页
采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从... 采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从而减少了蛋白在孔板和色谱柱上的吸附.提取出单细胞蛋白并进行酶解,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术对获得的肽段进行数据采集,并利用Maxquant软件中的谱图库及“运行中匹配”功能进行了蛋白质的搜库鉴定.采用维恩图和统一流形近似与投影(UMAP)技术分析了4种细胞的蛋白表达差异,对细胞的特异性蛋白进行了分子特征数据库小鼠免疫通路富集,并对计数排序前2名的通路进行了分析,同时利用模糊C均值聚类方法和京都大学基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析了免疫细胞共享蛋白定量值的变化,绘制了专属于小鼠外周血单个核细胞的单细胞蛋白质组学图谱.研究结果对深入理解免疫细胞的功能特征和发现疾病相关的关键蛋白标记物具有重要价值. 展开更多
关键词 小鼠外周血单个核细胞 质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学 细胞图谱
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基于质谱技术的单细胞蛋白质组学 被引量：1
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作者 谢井盛 叶子璐 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2705-2716,共12页
近年来,单细胞测序技术的发展极大地推动了单细胞基因组和转录组的研究。然而,直接关联单细胞生命过程的蛋白质组学研究则因技术进展缓慢而受限。随着样品前处理技术、色谱分离技术和质谱检测技术的进步,单细胞蛋白质组学(single-cell p... 近年来,单细胞测序技术的发展极大地推动了单细胞基因组和转录组的研究。然而,直接关联单细胞生命过程的蛋白质组学研究则因技术进展缓慢而受限。随着样品前处理技术、色谱分离技术和质谱检测技术的进步,单细胞蛋白质组学(single-cell proteomics,SCP)的分析灵敏度显著提升。本综述深入回顾了SCP的发展历程及其在生命科学研究中的应用。在样品前处理方面,针对不同细胞的存在形式,研究者开发了基于声波激发、微流控芯片和激光切割等单细胞分选方法,并逐步从多步法前处理流程统一到一步法,降低了样品处理过程中的损失。在质谱技术方面,无标记定量(label-free quantification,LFQ)与基于同位素和同质素标记的方法都得到了充分的探索,各具技术优势与不足。在应用层面,SCP已在胚胎细胞早期发育、干细胞分化、肝脏组织空间异质性等方面揭示了新的生物学发现。最后,总结了当前SCP技术面临的挑战,包括检测通量、成本和数据分析的复杂性,并展望了其未来的发展方向,强调了SCP在基础研究和临床应用中的广阔前景。 展开更多
关键词 单细胞 蛋白质组学 液相色谱 质谱
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单细胞联合转录组测序分析原发性开角型青光眼小梁网组织细胞通信变化
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作者 赵雅婷 赵春峰 +2 位作者 王文晶 蒋晓迪 姜雅琴 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2025年第1期39-45,共7页
目的探究原发性开角型青光眼(POAG)房角细胞类型和细胞通信模式变化。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载单细胞数据集GSE231749(包含POAG的食蟹猴房角组织样本3例和健康食蟹猴房角组织样本3例,数据更新时间为2023年),分别设为POAG组... 目的探究原发性开角型青光眼(POAG)房角细胞类型和细胞通信模式变化。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载单细胞数据集GSE231749(包含POAG的食蟹猴房角组织样本3例和健康食蟹猴房角组织样本3例,数据更新时间为2023年),分别设为POAG组与健康对照组。采用R包“Seurat”对数据进行降维、聚类、分群和可视化,并通过R包“CellChat”进行了细胞通信分析,确认POAG组和健康对照组细胞通信模式的差异。同时,联合GEO数据库中转录组测序(RNA-seq)数据集GSE27276(包含POAG的人类房角组织样本17例和健康人房角组织样本19例,数据更新时间为2023年)的差异基因分析,确定具体的细胞通信信号变化。结果健康对照组与POAG组细胞类型无明显差异,均可分为小梁网细胞、巨噬细胞、黑素细胞、周细胞、施莱姆氏管细胞、有髓施万细胞、无髓施万细胞、平滑肌细胞和血管内皮细胞。POAG组与健康对照组细胞间通信强度具有显著差异,其中,POAG组巨噬细胞移动抑制因子(MIF)-CD74、CX3C趋化因子配体1(CX3CL1)-CX3C趋化因子受体1(CX3CR1)、HBB等通信概率显著上调,分泌型磷蛋白1(SPP1)-(ITGA8+ITGB1)、SPP1-(ITGA4+ITGB1)、IGF2-IGF2R、CCL8-CCR1、CCL8/26/24/2-ACKR2等信号明显下调;RNA-seq分析证实,POAG组HBB、HBD、HBA、CD74等基因表达水平均高于健康对照组。结论小梁网组织中通过MIF/CD74信号上调、SPP1-(ITGA8+ITGB1)、SPP1-(ITGA4+ITGB1)信号下调共同参与纤维化过程,这可能是POAG潜在的致病机制。 展开更多
关键词 开角型青光眼 RNA测序 单细胞分析 细胞间通信 巨噬细胞移动抑制因子 分泌型磷蛋白1
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