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单细胞组学技术在肠道健康中的研究进展
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作者 徐彤晓 陈亚南 +4 位作者 王健瑭 皇甫秉欣 班秋实 黄昆仑 贺晓云 《食品科学》 北大核心 2025年第11期343-352,共10页
肠道是动物机体重要的消化器官和免疫器官,负责消化和吸收食物中的营养物质,机体内可以通过激活肠道-器官轴影响消化以外的各种生理过程,健康的饮食可以提供身体所需的营养物质,有助于维持肠道微生物的平衡,从而促进肠道健康;如果饮食不... 肠道是动物机体重要的消化器官和免疫器官,负责消化和吸收食物中的营养物质,机体内可以通过激活肠道-器官轴影响消化以外的各种生理过程,健康的饮食可以提供身体所需的营养物质,有助于维持肠道微生物的平衡,从而促进肠道健康;如果饮食不当,也可能会导致肠道问题,肠道健康状况直接影响机体健康。传统的组学技术是在多细胞基础上进行的,丢失了细胞异质性的信息。而单细胞组学技术能够同时检测和比较单个细胞基因组的表达情况,为研究肠道微生物群落和肠道健康提供了一个全新的视角。本文将对单细胞组学在肠道健康中的应用进行综述,有望为理解肠道的生理功能和机制提供新的见解,为改善人类健康提供科学依据。 展开更多
关键词 单细胞组学 测序 饮食 肠道健康
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单细胞组学视角下的心肌细胞增殖
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作者 曾春雨 付文斌 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期69-73,共5页
单细胞多组学测序技术是在单细胞分辨率下精确分析细胞异质性和基因调控网络的新技术,提供了全新的视角来分析细胞的分化路径、细胞间的交互调控和细胞亚群的分离现象。心肌再生与修复是逆转心肌损伤后重构的重要研究方向。目前,单细胞... 单细胞多组学测序技术是在单细胞分辨率下精确分析细胞异质性和基因调控网络的新技术,提供了全新的视角来分析细胞的分化路径、细胞间的交互调控和细胞亚群的分离现象。心肌再生与修复是逆转心肌损伤后重构的重要研究方向。目前,单细胞多组学测序技术已应用于心肌再生领域:构建生理和病理条件下心肌再生图谱,探索心肌细胞增殖的分化路径和非心肌细胞对心肌再生的交互作用,建立全新的连续细胞周期分子标志监测的心肌细胞增殖评价体系以及寻找调控心肌细胞增殖的分子开关等,具有广阔的前景。本述评总结了近几年心肌再生领域的最新研究和进展,探讨单细胞技术在心肌再生领域研究中的应用及今后研究的方向,以期为后续研究提供积极合理的参考。 展开更多
关键词 单细胞测序 心肌再生 心肌细胞增殖
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单细胞转录组学视角下的脂肪组织异质性
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作者 王永浪 陈思思 +5 位作者 李奇隆 龚渝 段昕玥 段叶辉 郭秋平 李凤娜 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第4期820-835,共16页
脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多... 脂肪组织是动物和人体内重要的能量储存场所,具有内分泌调节,参与免疫反应以及为机体提供机械保护等多种功能。根据解剖位置及功能,脂肪组织可分为白色脂肪组织、棕色脂肪组织、米色脂肪组织和粉色脂肪组织等类型。早期脂肪组织研究多聚焦于其形态和功能的整体特性,但随着单细胞转录组学技术的兴起,揭示了即使在相同条件下,同一种细胞类型在形态、结构、功能和基因表达等方面仍可能表现出显著的差异,即细胞异质性。单细胞转录组学技术如单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序,能够从单细胞水平上深入分析脂肪细胞的异质性和多样性,识别可能涉及脂肪细胞功能的新细胞类型和基因表达模式。本综述深入探讨了单细胞转录组学技术在揭示脂肪组织异质性和多样性方面的新进展,并进一步讨论了其在不同细胞亚群间的通讯模式和分化轨迹研究方面的应用,以及在疾病治疗中的潜在作用,为开发新的治疗策略提供了重要指导。 展开更多
关键词 单细胞转录 脂肪 异质性 细胞相互作用 分化轨迹
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基于靶标确证与单细胞多组学的天然产物机制研究进展
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作者 陈娜娜 杜昊杰 孙洋 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第6期1032-1040,共9页
天然产物是新药研发的宝库,越来越多的天然产物在各种疾病中显示出巨大的治疗潜力。单细胞多组学技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等,是对单个细胞进行多方面分析和研究的方法,能够获得更全... 天然产物是新药研发的宝库,越来越多的天然产物在各种疾病中显示出巨大的治疗潜力。单细胞多组学技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等,是对单个细胞进行多方面分析和研究的方法,能够获得更全面、更准确的单细胞数据,在天然产物靶标领域研究提供了更深入的视角。该文总结了用于识别和验证天然产物靶点的方法和新兴技术,并总结了新兴技术如单细胞多组学和人工智能在天然产物药理学研究中的应用。通过将靶标识别和单细胞多组学的最新研究技术结合,更深入地阐明天然产物的作用机制,加速中医药的创新并推动其产业化和国际化。 展开更多
关键词 天然产物 靶标识别 靶标验证 单细胞 小分子探针 人工智能
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基于单细胞转录组学测序的巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的功能研究 被引量:3
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作者 任凌萱 卢子琪 +1 位作者 齐威 冯志杰 《中国全科医学》 北大核心 2024年第29期3654-3663,共10页
背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的... 背景肝脏巨噬细胞在构建宿主防御机制及维持机体内环境稳定中发挥重要作用,也是参与肝脏损伤和修复的重要细胞成分。单核细胞来源的巨噬细胞在基因调控以及具体功能方面与肝脏固有巨噬细胞不尽相同。90%以上的原发性肝癌发生在肝硬化的基础上,巨噬细胞在肝硬化及肝癌疾病进展中的动态变化规律值得探讨。目的解析不同来源肝脏巨噬细胞的转录组学差异,分析巨噬细胞在肝硬化-肝癌疾病进展中的动态变化规律,探索预防肝硬化进展为肝癌的潜在策略。方法本研究通过从GEO数据库获取健康、肝硬化及肝癌组织的单细胞转录组学数据。健康及肝硬化数据来自GEO数据库GSE136103数据集,取自5例健康肝脏以及5例肝硬化肝脏的数据。肝癌数据来自GEO数据库GSE149614数据集,取自10例肝癌患者的数据。通过Seurat软件包分别对肝硬化及肝癌样本的数据进行聚类,鉴定各个细胞类型。将肝硬化样本中的3簇巨噬细胞亚群提取后,分析各个亚群前200个特异性表达基因,应用Metascape在线分析软件对各亚簇特异性表达基因进行功能分析。提取巨噬细胞亚群肝硬化特异性表达基因,通过KEGG功能分析探究巨噬细胞在肝硬化中的功能。将肝硬化以及肝癌单细胞转录组数据通过CellChat软件包进行细胞间相互作用分析,对比肝硬化与肝癌样本巨噬细胞的细胞通讯的差异。将健康对照、肝硬化以及肝癌三者不同来源的巨噬细胞通过Harmony软件包去批次效应,之后导入Monocle软件包进行伪时序分析,构建健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变轨迹。利用limma软件包找寻在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞的演变过程中连续上调以及下调的基因,并进行功能富集分析。结果对所有细胞进行无监督聚类,根据标记基因表达情况,共提取出3个巨噬细胞亚簇(分别为Mac1,Mac2和Mac3)。其中Mac1起源于组织驻留巨噬细胞(Kupffer细胞),Mac2以及Mac3起源于血液单核细胞,并且其数量在肝硬化组织中明显增多。在肝硬化组织中的Mac1表现了适应性免疫系统相关功能的上调,Mac2以及Mac3亚群均表现出吞噬体相关功能以及抗原提呈功能的下调。肝硬化与肝癌样本中巨噬细胞与其他类型细胞的通讯存在巨大的差异。某些细胞间通讯仅发生于肝硬化巨噬细胞中,这包括干扰素Ⅱ(IFN-Ⅱ)以及CD40等信号通路的细胞通讯。经过去批次效应的处理后,对健康肝脏、肝硬化肝脏以及肝癌巨噬细胞进行伪时序分析,结果提示三组数据存在特定的时序关系。本研究发现81个在该过程中连续下调的基因,然而未发现在健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程中连续上调的基因。功能分析提示连续下调基因存在对细菌免疫反应的功能富集。结论肝硬化巨噬细胞可以分为3个亚群,其中Mac1来自肝脏固有Kupffer细胞,Mac2、Mac3来自血液单核细胞。肝硬化中诸多免疫相关细胞通讯例如IFN-Ⅱ以及CD40通路在肝癌中消失。健康肝脏-肝硬化肝脏-肝癌巨噬细胞演变过程存在对细菌免疫反应的持续下调,这可能加重了门脉高压造成的肠道菌群位移的危害。对于肝硬化患者,尽早地治疗门脉高压造成的肠漏,可能是重要的治疗策略。 展开更多
关键词 巨噬细胞 肝硬化 肝纤维化 肝肿瘤 单细胞转录测序 细胞间相互作用
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基于单细胞代谢组学的他莫昔芬抗乳腺癌作用机制研究 被引量:2
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作者 仇小丹 张翼 白玉 《质谱学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第6期785-792,I0003,共9页
雌激素受体阳性型是乳腺癌最常见的亚型,以他莫昔芬为代表的内分泌治疗是针对该亚型乳腺癌患者的主要治疗手段。然而,乳腺癌是一种高度异质性的疾病,部分患者在接受他莫昔芬治疗后仍然面临复发的风险。本研究利用单细胞流式质谱装置,考... 雌激素受体阳性型是乳腺癌最常见的亚型,以他莫昔芬为代表的内分泌治疗是针对该亚型乳腺癌患者的主要治疗手段。然而,乳腺癌是一种高度异质性的疾病,部分患者在接受他莫昔芬治疗后仍然面临复发的风险。本研究利用单细胞流式质谱装置,考察他莫昔芬作用下MCF-7细胞代谢产物的变化情况。结果表明,在正、负离子模式下分别鉴定到576、480种代谢物,在对照组和他莫昔芬给药组的细胞中分别鉴定到811、776种代谢物。其中,在负离子模式下检测到的代谢物能够实现他莫昔芬给药前后MCF-7细胞的显著区分。在他莫昔芬作用下,MCF-7细胞中共有28种代谢物含量上调,59种代谢物含量下调,主要影响氨基酸代谢、核苷酸代谢等代谢通路。本研究利用基于质谱的单细胞代谢组学技术考察他莫昔芬对乳腺癌细胞产生的代谢变化,从单细胞代谢组学角度阐明他莫昔芬抗雌激素受体阳性型乳腺癌的作用机制,可为研究其他药物的作用机制提供参考。 展开更多
关键词 单细胞代谢 质谱 乳腺癌 他莫昔芬
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单细胞多组学测序技术在缺血性脑卒中研究中的应用 被引量:3
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作者 孟倩 王依玟 +3 位作者 崔娜 白敏 杨乐 丁一 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期690-699,共10页
缺血性脑卒中是一种致残率和死亡率较高的急性脑血管疾病,是中国最常见的死亡原因。尽管已有多年研究,但是仍没有脑卒中生物标志物,其分子机制在很大程度上仍不清楚。近十年来,单细胞测序技术作为高速发展起来的一门新兴技术,能够在单... 缺血性脑卒中是一种致残率和死亡率较高的急性脑血管疾病,是中国最常见的死亡原因。尽管已有多年研究,但是仍没有脑卒中生物标志物,其分子机制在很大程度上仍不清楚。近十年来,单细胞测序技术作为高速发展起来的一门新兴技术,能够在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观遗传组、蛋白组等多组学联合进行高通量测序,为发现生物标志物及解析病理机制提供了新途径。本文详细介绍了单细胞多组学测序技术的进展及其在发现缺血性脑卒中的生物标志物及病理机制等方面的应用,以期为缺血性脑卒中的精准医疗提供有价值的参考。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 单细胞测序 单细胞 生物标志物 精准医疗
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利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱
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作者 黄玉滢 于成鲲 +1 位作者 刘斯奇 任艳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期150-157,共8页
采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从... 采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞,在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中,从而减少了蛋白在孔板和色谱柱上的吸附.提取出单细胞蛋白并进行酶解,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术对获得的肽段进行数据采集,并利用Maxquant软件中的谱图库及“运行中匹配”功能进行了蛋白质的搜库鉴定.采用维恩图和统一流形近似与投影(UMAP)技术分析了4种细胞的蛋白表达差异,对细胞的特异性蛋白进行了分子特征数据库小鼠免疫通路富集,并对计数排序前2名的通路进行了分析,同时利用模糊C均值聚类方法和京都大学基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析了免疫细胞共享蛋白定量值的变化,绘制了专属于小鼠外周血单个核细胞的单细胞蛋白质组学图谱.研究结果对深入理解免疫细胞的功能特征和发现疾病相关的关键蛋白标记物具有重要价值. 展开更多
关键词 小鼠外周血单个核细胞 质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质 细胞图谱
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单细胞多组学技术和应用
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作者 张静 江燕 訾晓渊 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期161-167,共7页
单细胞多组学技术是指结合多种不同的生物学技术,对单个细胞进行多方面的分析和研究,从而获得更全面、更准确的单细胞数据。该技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等。单细胞多组学技术的发展为... 单细胞多组学技术是指结合多种不同的生物学技术,对单个细胞进行多方面的分析和研究,从而获得更全面、更准确的单细胞数据。该技术包括单细胞基因组学、单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、单细胞表观组学等。单细胞多组学技术的发展为我们提供了一种更加精确理解生物体内复杂的细胞类型和功能的方式,尤其是对于异质性细胞群体中少数的特殊细胞类型如干细胞或罕见癌细胞,具有非常重要的应用价值。通过融合不同技术获得的信息,单细胞多组学可以更准确地描述单个细胞在多个生命事件和过程中的状态与变化,为生命科学的研究提供更加全面和深入的视角。本文系统概述了目前代表性单细胞多组学技术的发展现状,总结了其在生物学研究中的重要应用和巨大潜力。 展开更多
关键词 单细胞测序 单细胞 基因 转录 蛋白质 表观 异质性
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基于质谱的单细胞分辨的空间蛋白质组学新技术研究
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作者 沈枫林 冯兆莹 +3 位作者 方静 张磊 刘晓慧 周新文 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期48-60,共13页
细胞的异质性普遍存在,单细胞及单细胞分辨的空间蛋白质组学的研究能够帮助人类更加深入地了解疾病机理.然而,受限于单细胞中蛋白含量低以及检测技术灵敏度等问题,单细胞分辨的蛋白质组学的发展面临着一系列重大技术挑战.近年来,随着质... 细胞的异质性普遍存在,单细胞及单细胞分辨的空间蛋白质组学的研究能够帮助人类更加深入地了解疾病机理.然而,受限于单细胞中蛋白含量低以及检测技术灵敏度等问题,单细胞分辨的蛋白质组学的发展面临着一系列重大技术挑战.近年来,随着质谱仪器的灵敏度、分辨率和扫描速度等方面的提升,许多新的基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白组学新技术被开发出来,并用于定量单个细胞中数千种的蛋白,给疾病、环境和医药等研究领域提供了高分辨的数据,具有广阔的应用前景.本文综合评述了这些基于质谱的单细胞分辨率的空间蛋白质组学的新技术,并对其未来的发展趋势进行了展望. 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 空间蛋白质 质谱技术
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基于质谱的单细胞蛋白质组学技术的发展及应用
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作者 顾蕾 张誉露 +2 位作者 唐尚睿 于浩月 李辰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期125-141,共17页
单细胞多组学技术为生命科学和医学注入新的活力,能够从更微观的细胞尺度、更高维的时空角度、更交叉的组学视野来探索生命的未知、拓展医学的边界。单细胞蛋白质组学是从时间和空间上研究单个或单一类型细胞的蛋白质表达异质性。尽管... 单细胞多组学技术为生命科学和医学注入新的活力,能够从更微观的细胞尺度、更高维的时空角度、更交叉的组学视野来探索生命的未知、拓展医学的边界。单细胞蛋白质组学是从时间和空间上研究单个或单一类型细胞的蛋白质表达异质性。尽管存在通量、灵敏度、分辨率等技术难点,基于质谱的细胞尺度的时空蛋白质组学技术凭借无偏检测、鉴定种类多、定量准确等特点而备受关注。本文综述了近年来单细胞蛋白质组学的发展,从单细胞分选、样品前处理、质谱检测和数据分析四个方面介绍相关技术进展,并探讨了其在生命科学与医学等研究中的应用,展望了未来面临的挑战和发展前景。在单细胞水平上进行时空蛋白质组学研究的挑战与机遇并存,而新兴的单细胞蛋白质组学技术无疑将为相关研究领域提供新的思路方法、认知线索和多模态数据等宝贵资源。 展开更多
关键词 单细胞蛋白质 质谱 细胞尺度的时空蛋白质技术
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单细胞多模态组学测序及其在针灸研究中的运用展望 被引量:1
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作者 刘瓅莹 吴巧凤 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2023年第11期3515-3522,共8页
单细胞多模态测序技术是近年来检测细胞类型特异性和探索基因调控细胞过程的前沿生物技术方法,根据单细胞不同组学的联合运用,可形成13种组合模式,从而形成了“多维度”、“多尺度”测序的特点。本文从针灸单细胞多模态数据库的建立、... 单细胞多模态测序技术是近年来检测细胞类型特异性和探索基因调控细胞过程的前沿生物技术方法,根据单细胞不同组学的联合运用,可形成13种组合模式,从而形成了“多维度”、“多尺度”测序的特点。本文从针灸单细胞多模态数据库的建立、数据的预处理、预测模型的建立进行了分析,提出了具体的路径和策略。采用单细胞多模态测序技术结合传统针灸,是中医药交叉学科现代化发展的有益探索。以针灸单细胞多模态数据为驱动,建立针灸单细胞融合组学预测模型,可以推断针灸单细胞调控异质景观,将有望深度解码针灸治疗疾病的多维细胞调控机制。 展开更多
关键词 针灸 中医药 单细胞多模态 单细胞空间
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单细胞测序在干细胞生物学中的应用研究进展
13
作者 肖邦 朱静 +2 位作者 徐莎 陈国栋 黄超 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期792-799,共8页
细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力... 细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力的工具。这些方法应用于不同类型的干细胞,包括多能干细胞和组织特异性干细胞,取得了令人兴奋的新发现。本文综述了单细胞组学测序技术的最新进展,并对单细胞组学测序的方法和应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 单细胞组学 RNA测序 表观基因测序 细胞 细胞异质性
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基于单细胞转录组的围产期卒中性别差异原因探究
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作者 刘阳 程丝 +6 位作者 吕天节 王誉博 王孟 许喆 石延枫 李子孝 王拥军 《中国卒中杂志》 2023年第2期169-174,共6页
目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞... 目的通过对人脑胚胎发育中期的血管组成细胞进行分析,探索围产期卒中性别差异的可能原因。方法对公开发表的性别相关全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)结果和血管单细胞转录组进行联合分析,确定性别差异相关的细胞类型。通过基因差异表达分析和功能富集分析,确定性别对细胞功能的影响,分析围产期卒中性别差异产生的潜在原因。结果经过判定,在胚胎发育中期血管单细胞转录组数据集的7例样本中,有4例男性和3例女性。典型的周细胞(P=0.018)和处于分裂状态的壁细胞(P=0.011)的表达谱与生物学性别的GWAS关联基因显著相关,而平滑肌细胞、成纤维细胞和全部5种内皮细胞类型与性别GWAS关联基因无明显相关性。总计345个基因在男性周细胞中显著高表达、619个基因在女性周细胞中显著高表达,这些差异表达基因分别富集在独特的生物学通路中,也同时富集在细胞能量代谢相关通路中。结论周细胞具有很强的性别差异性,可能是围产期卒中性别差异产生的原因。 展开更多
关键词 围产期卒中 性别差异 单细胞转录 细胞 细胞能量代谢
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单细胞技术在药理学研究中的应用 被引量:3
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作者 方雯 孙洋 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1601-1606,1612,共7页
单细胞多组学测序技术是指在单个细胞水平上,对基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学等,进行高通量测序分析的一项新技术,其能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性,在肿瘤学、发育生物学、免疫学及神... 单细胞多组学测序技术是指在单个细胞水平上,对基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学等,进行高通量测序分析的一项新技术,其能够揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性,在肿瘤学、发育生物学、免疫学及神经科学等领域发挥重要作用。随着单细胞技术的飞速发展,生命科学领域已经逐步进入了单细胞生物学时代。单细胞多组学测序数据联合分析,探索复杂的生命现象的发生和调控过程,相对于评估群体的传统分析方法,这些基于单个细胞上的分析能更加全面地描述细胞特性,可极大促进科学家们对基础科学领域的研究。单细胞技术已被广泛应用于药理学领域的研究,包括促进临床诊断与个体化治疗,以及药物开发、探究肿瘤耐药机制、解析不同疾病中的微生物菌群、优化生物医学实验模型、阐明天然产物和中药活性分子作用机制、与深度学习结合预测药物响应等。该综述重点介绍单细胞技术的最新进展,举例概述单细胞技术在药理学研究中的具体应用,并就该领域存在的挑战和未来发展趋势进行展望。 展开更多
关键词 单细胞 单细胞测序 单细胞技术 单细胞药理 精准治疗 药物开发
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植物干细胞前沿研究:从基础理论到应用 被引量:1
16
作者 陈柳 张吉祥 陈春丽 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期92-95,共4页
2023年11月17日至11月20日,由中国细胞生物学学会领衔主办的第一届全国植物干细胞生物学大会在武汉举行,会议聚焦植物干细胞的理论与应用前沿研究,从动植物干细胞的共性及特性比较、植物干细胞的活性调控到再生、与环境的相互作用,再到... 2023年11月17日至11月20日,由中国细胞生物学学会领衔主办的第一届全国植物干细胞生物学大会在武汉举行,会议聚焦植物干细胞的理论与应用前沿研究,从动植物干细胞的共性及特性比较、植物干细胞的活性调控到再生、与环境的相互作用,再到单细胞测序技术及多学科交叉在植物干细胞研究中的新进展,以及植物干细胞在现代生物技术包括组织培养、嫁接、扦插等无性繁殖、植物基因组编辑与遗传转化、作物分子育种、合成生物学的植物干细胞底盘中的应用等多方面进行报告与交流。大会的召开有效推动了国内植物干细胞理论及应用研究的发展,为培育该领域后备人才、为与会者搭建平等交流与积极合作的平台发挥了重要作用。 展开更多
关键词 植物干细胞 动物干细胞 细胞分子调控 植物再生 环境适应性 单细胞组学 合成生物
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人类发育细胞蓝图的现状和挑战 被引量:2
17
作者 阙亦宸 刘清泉 徐一驰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期760-778,共19页
阐明人类胚胎发育的分子调控机制一直是科学家们努力攻克的重大生物学问题之一。然而,由于人类胚胎样本稀少、样本解剖困难、器官结构复杂等因素,解析人类胚胎发育机制面临重重挑战。近年来,随着单细胞组学技术的迅猛发展,人们可以在中... 阐明人类胚胎发育的分子调控机制一直是科学家们努力攻克的重大生物学问题之一。然而,由于人类胚胎样本稀少、样本解剖困难、器官结构复杂等因素,解析人类胚胎发育机制面临重重挑战。近年来,随着单细胞组学技术的迅猛发展,人们可以在中心法则的各个环节,系统地解析细胞分化过程中的动态变化,并在空间维度上进行观测与研究,加快了构建人类发育细胞图谱的进程,最终实现对人类发育的细胞分类体系、命运轨迹和三维动态变化的刻画。本文首先介绍了绘制人类发育细胞图谱所使用的单细胞组学技术,然后总结了胚胎发育图谱的最新进展并提出了该领域目前面临的主要问题和挑战,最后对如何利用人类胚胎发育图谱解决生物学和医学的关键问题进行了探讨,以期为利用单细胞组学技术构建并应用人类发育细胞蓝图提供更好的指导。 展开更多
关键词 人类胚胎发育 单细胞组学 细胞图谱
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SULF1作为特发性肺纤维化与肺腺癌共同基因的鉴定及其生物学功能分析 被引量:1
18
作者 王俊轶 鲁璐 +4 位作者 何翔 马丽娟 陈涛 李国平 于海杰 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期669-683,共15页
背景和目的特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种原因不明的慢性、进行性、间质性肺疾病,确诊后中位生存期为3-5年。IPF与肺癌风险增加有关。因此,探索IPF和肺腺癌的关键共同致病基因和分子通路,对开发IPF合并肺腺... 背景和目的特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)是一种原因不明的慢性、进行性、间质性肺疾病,确诊后中位生存期为3-5年。IPF与肺癌风险增加有关。因此,探索IPF和肺腺癌的关键共同致病基因和分子通路,对开发IPF合并肺腺癌的新治疗手段和个性化精准治疗策略的制定具有重要意义。方法利用基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中公开的IPF和肺腺癌基因表达数据集进行生物信息学分析。使用加权基因共表达网络分析识别涉及两种疾病进程的共同基因,进而功能富集分析。随后,联合额外数据集鉴定两种疾病的核心共同基因。并通过癌症基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和单细胞RNA测序数据集,分析核心共同基因与患者预后的关系,并评估其在肺腺癌中的表达模式、临床相关性、遗传特征和免疫相关功能。最后通过药物数据库筛选出相关的潜在治疗药物。结果两者之间有529个共同致病基因。其中,SULF1作为核心共同致病基因与患者预后不良相关,其在肺腺癌组织中的表达水平显著升高,同时与高突变频率、显著基因组异质性以及抑制性免疫微环境相关。随后的单细胞分析发现SULF1高表达主要源于肿瘤相关成纤维细胞。SULF1表达与肿瘤药物敏感性变化相关,并筛选出与靶向SULF1高表达成纤维细胞相关的潜在小分子药物。结论本研究鉴别出IPF和肺腺癌之间的共同分子途径和核心基因,其中SULF1可能作为两种疾病的潜在生物标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺肿瘤 特发性肺纤维化 加权基因共表达网络分析 SULF1 单细胞转录分析
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