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基因分型方法在结核分枝杆菌分型中的应用进展
1
作者
方梓昊
赵文丽
+5 位作者
徐雁南
郑佳雄
纪丽微
刘苏洋
林健雄
常巧呈
《山东医药》
CAS
2024年第15期103-107,共5页
结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、...
结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、对样本质量要求高和实验操作繁琐等;间隔区寡核苷酸分型技术操作简便且成本较低,稳定性较高,但其分型能力同样不足,结果可能趋向同型化;长序列多态性分型可以简便、快速鉴别牛型、人型和北京基因型菌株,并且在遗传进化研究中发挥重要作用;可变数目串联重复序列分型的分辨率高、可重复性好,可以根据不同情况优化位点组合,已经成为结核分子流行病学研究的重要方法;单核苷酸多态性分型具有高通量、高分辨率和结果准确性高等优点,在结核分子流行病学上的应用非常广泛,有望成为Mtb分型的下一个金标准。
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关键词
结核分枝杆菌
分型
基因
分型
IS6110限制性片段长度
多态性
分型
间隔区寡
核苷
酸
分型
长序列
多态性
分型
可变数目串联重复序列
分型
单核苷酸多态性分型
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职称材料
鲤低氧适应性状的全基因组关联分析
被引量：
5
2
作者
吴碧银
许建
+5 位作者
曹顶臣
徐鹏
张瀚元
朱优秀
江炎亮
赵紫霞
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2022年第2期98-106,共9页
低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育。在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘。本研究对鲤(Cyprinus car...
低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育。在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘。本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验,选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究对象,应用鲤鱼250K高通量分型芯片进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点分型,经过数据质控后获得90个样本的87222个多态性位点的分型结果。通过GWAS,筛选到4个低氧适应性状关联的位点:carp229220、carp195901、carp001519和carp063890,在关联位点附近注释到traf4等23个可能与低氧适应性状关联的候选基因;此外,还筛选到7个潜在关联的SNP位点。本研究初步获得了鲤低氧适应性状相关联的基因组区间,为后续效应基因精细定位奠定了基础。
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关键词
鲤
低氧适应
单核苷酸多态性分型
芯片
全基因组关联分析
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职称材料
题名
基因分型方法在结核分枝杆菌分型中的应用进展
1
作者
方梓昊
赵文丽
徐雁南
郑佳雄
纪丽微
刘苏洋
林健雄
常巧呈
机构
汕头大学公共卫生学院
汕头市结核病防治所
出处
《山东医药》
CAS
2024年第15期103-107,共5页
文摘
结核分枝杆菌(Mtb)基因分型在结核病流行病学研究中应用广泛,对结核病疫情的监测、溯源和防控具有重要意义。Mtb基因分型方法中,IS6110限制性片段长度多态性分型曾经是国际公认的Mtb分型的“金标准”,但其缺陷明显,包括分型能力不足、对样本质量要求高和实验操作繁琐等;间隔区寡核苷酸分型技术操作简便且成本较低,稳定性较高,但其分型能力同样不足,结果可能趋向同型化;长序列多态性分型可以简便、快速鉴别牛型、人型和北京基因型菌株,并且在遗传进化研究中发挥重要作用;可变数目串联重复序列分型的分辨率高、可重复性好,可以根据不同情况优化位点组合,已经成为结核分子流行病学研究的重要方法;单核苷酸多态性分型具有高通量、高分辨率和结果准确性高等优点,在结核分子流行病学上的应用非常广泛,有望成为Mtb分型的下一个金标准。
关键词
结核分枝杆菌
分型
基因
分型
IS6110限制性片段长度
多态性
分型
间隔区寡
核苷
酸
分型
长序列
多态性
分型
可变数目串联重复序列
分型
单核苷酸多态性分型
分类号
R52 [医药卫生—内科学]
R181.2 [医药卫生—流行病学]
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职称材料
题名
鲤低氧适应性状的全基因组关联分析
被引量：
5
2
作者
吴碧银
许建
曹顶臣
徐鹏
张瀚元
朱优秀
江炎亮
赵紫霞
机构
上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心
中国水产科学研究院农业农村部水生动物基因组学重点实验室
中国水产科学研究院黑龙江水产研究所
厦门大学海洋与地球学院福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心
出处
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2022年第2期98-106,共9页
基金
国家重点研发计划(2018YFD0900102)
中国水产科学研究院基本科研业务费(2020TD24,2015C007)共同资助。
文摘
低氧适应是水产养殖物种的重要性状,筛选用于改良低氧适应性状的分子标记及候选基因有助于鱼类耐低氧品种选育。在数量性状和质量性状的遗传研究中,全基因组关联分析(GWAS)广泛应用于性状相关标记和基因的发掘。本研究对鲤(Cyprinus carpio)养殖群体开展了低氧胁迫实验,选取了低氧敏感和低氧耐受的极端性状个体作为研究对象,应用鲤鱼250K高通量分型芯片进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点分型,经过数据质控后获得90个样本的87222个多态性位点的分型结果。通过GWAS,筛选到4个低氧适应性状关联的位点:carp229220、carp195901、carp001519和carp063890,在关联位点附近注释到traf4等23个可能与低氧适应性状关联的候选基因;此外,还筛选到7个潜在关联的SNP位点。本研究初步获得了鲤低氧适应性状相关联的基因组区间,为后续效应基因精细定位奠定了基础。
关键词
鲤
低氧适应
单核苷酸多态性分型
芯片
全基因组关联分析
Keywords
Common carp Cyprinus carpio
Hypoxia adaptation
SNP array
Genome-wide association study
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基因分型方法在结核分枝杆菌分型中的应用进展
方梓昊
赵文丽
徐雁南
郑佳雄
纪丽微
刘苏洋
林健雄
常巧呈
《山东医药》
CAS
2024
0
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职称材料
2
鲤低氧适应性状的全基因组关联分析
吴碧银
许建
曹顶臣
徐鹏
张瀚元
朱优秀
江炎亮
赵紫霞
《渔业科学进展》
CSCD
北大核心
2022
5
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