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珍稀鱼类多鳞白甲鱼的全基因组单核苷酸多态性发现及遗传多样性评价
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作者 苟妮娜 靳铁治 +1 位作者 王开锋 杨斌 《西北农业学报》 北大核心 2025年第5期779-785,共7页
旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing... 旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。 展开更多
关键词 遗传多样性 多鳞白甲鱼 群体遗传学 限制性内切位点相关DNA测序 单核苷酸多态性
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抑郁症患者单核苷酸多态性(SNPs)分布特征的潜在类别分析 被引量:15
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作者 裴磊磊 郭小玲 +3 位作者 张岩波 张克让 徐勇 孙宁 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2010年第1期7-10,共4页
目的介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义。方法采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析。结果通过潜在类别分析把... 目的介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义。方法采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析。结果通过潜在类别分析把7个SNPs检测数据分为两个类别,类别1以杂合子为主,类别2以纯合子为主,结合个体特质应对特征发现,类别1具有消极应对高倾向性,而类别2具有消极应对低倾向性。结论潜在类别模型综合了结构方程模型与对数线性模型的思想,形成了自身的优势,其目的在于以最少的潜在类别数目来解释显变量之间的关联,由此提示我们潜在类别模型可以推广应用于基因组学与基因治疗等新兴领域。 展开更多
关键词 潜在类别模型 抑郁症 单核苷酸多态性(snps)
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ALM-ASA法鉴别人参和西洋参ITS及5.8s基因上单核苷酸多态性位点 被引量:5
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作者 宋沁馨 张心悦 +2 位作者 卜莹 周国华 冯芳 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期274-278,共5页
目的:查找并发现参类药材的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法:根据ITS及5.8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物,利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法(ALM-ASA)进行检测。结果:PCR反... 目的:查找并发现参类药材的单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SNP的准确测定来鉴别人参和西洋参。方法:根据ITS及5.8s基因上人参和西洋参的SNP位点设计特异性引物,利用适配器连接介导的等位基因特异性扩增法(ALM-ASA)进行检测。结果:PCR反应体系优化后,能在同一反应中同时鉴别人参、西洋参。根据凝胶电泳中扩增片段的大小判断SNP的类型,出现294bp条带的为人参,111bp条带的为西洋参。结论:ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,结果准确,可同时测定多个SNP位点。采用该方法测定ITS及5.8s基因上的SNP位点能有效地对参类品种进行鉴别和质量控制。 展开更多
关键词 人参 西洋参 单核苷酸多态性(snp) ITS及5.8s基因 ALM-ASA法
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16个高丛越橘品种VcCBF基因的单核苷酸多态性(SNP)分析 被引量:4
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作者 王甲威 林科 +2 位作者 姜超 魏海蓉 刘庆忠 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期41-44,共4页
CBF是与植物抗寒、抗旱等抗逆性相关的一种转录因子,在植物抵抗逆境过程中发挥重要作用。以16个高丛越橘品种为试材,采用直接测序法克隆VcCBF基因,共克隆到94个非重复序列,对这些序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度63 732 bp,共发现... CBF是与植物抗寒、抗旱等抗逆性相关的一种转录因子,在植物抵抗逆境过程中发挥重要作用。以16个高丛越橘品种为试材,采用直接测序法克隆VcCBF基因,共克隆到94个非重复序列,对这些序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度63 732 bp,共发现103个SNP,单核苷酸多态性发生频率为1/619 bp,核苷酸多态性值(Pi)为0.01274。在103个SNP中,单态突变位点为52个,简约信息位点为51个,其中双突变为50个,三态突变为1个。通过碱基转换方式的分析发现,转换共83个,颠换19个,转换与颠换的发生比率为4.37 1。通过单倍型分析发现在16个越橘品种中VcCBF基因存在5种单倍型。 展开更多
关键词 CBF 单核苷酸多态性(snp) 越橘
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单核苷酸多态性(SNP)的研究进展 被引量:7
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作者 张必弦 朱延明 +6 位作者 来永才 胡小梅 李炜 李琬 毕影东 肖佳雷 张俐俐 《安徽农业科学》 CAS 2012年第21期10755-10756,共2页
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛存在于生物基因组中的一种新型分子标记,主要是指在基因组水平上研究由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化的一种技术。该研究总结近年来广为科研人员所广泛应用的SN... 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是广泛存在于生物基因组中的一种新型分子标记,主要是指在基因组水平上研究由单个核苷酸的变异而引起的DNA序列多态性变化的一种技术。该研究总结近年来广为科研人员所广泛应用的SNP技术及其原理,以期为更好地使用现有技术和开发新技术奠定理论基础。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性(snp) 碱基变异 进展
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β-珠蛋白生成障碍性贫血患者血红蛋白F表达与BCL11A基因rs11886868位点单核苷酸多态性的关系 被引量:5
6
作者 陈群蓉 孙顺昌 +2 位作者 彭运生 王清 莫宝妹 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期650-653,共4页
本研究通过分析β-珠蛋白生成障碍性贫血患者的血红蛋白F(HbF)表达及BCL11A基因rs11886868位点的单核苷酸多态性,探讨二者之间的关系。选取89例已知基因突变类型的轻型β-珠蛋白生成障碍性贫血患者,通过毛细管电泳分析患者的红细胞HbF含... 本研究通过分析β-珠蛋白生成障碍性贫血患者的血红蛋白F(HbF)表达及BCL11A基因rs11886868位点的单核苷酸多态性,探讨二者之间的关系。选取89例已知基因突变类型的轻型β-珠蛋白生成障碍性贫血患者,通过毛细管电泳分析患者的红细胞HbF含量;提取患者基因组DNA,通过聚合酶链反应扩增含rs11886868位点的BCL11A基因片段,用DNA测序法确定rs11886868位点的单核苷酸多态性。结果显示,在89例深圳地区β-珠蛋白生成障碍性贫血患者的BCL11A基因rs11886868位点中发现C和T两种单核苷酸多态性;携带C/C单倍型患者的红细胞HbF含量为(4.47±3.42)%,高于携带C/T单倍型患者的(2.79±2.21)%。结论:β-珠蛋白生成障碍性贫血患者BCL11A基因rs11886868位点存在C和T两种单核苷酸多态性,其中C多态性可能与红细胞内HbF高表达存在相关性。 展开更多
关键词 Β-珠蛋白生成障碍性贫血 BCL11A基因 单核苷酸多态性 HBF rs11886868位点
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IFN-γ+874A/T位点和IL-2-330T/G位点的单核苷酸多态性与复发性口腔溃疡易感性的关系 被引量:8
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作者 张敬 沙晶晶 龚娟 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期852-856,共5页
目的:研究IFN-γ+874A/T位点与IL-2-330T/G位点的单核苷酸多态性(SNP)与复发性口腔溃疡(RAU)易感性的关系。方法:采用ELISA方法检测138例RAU组患者和124例正常对照组中IFN-γ及IL-2的血清含量,并用SSP-PCR和RFLPPCR对全血进行IFN-γ+87... 目的:研究IFN-γ+874A/T位点与IL-2-330T/G位点的单核苷酸多态性(SNP)与复发性口腔溃疡(RAU)易感性的关系。方法:采用ELISA方法检测138例RAU组患者和124例正常对照组中IFN-γ及IL-2的血清含量,并用SSP-PCR和RFLPPCR对全血进行IFN-γ+874位点与IL-2-330位点的单核苷酸多态性的检测分析。结果:RAU组患者血清中IFN-γ及IL-2水平均显著低于正常对照组(P<0.05)。IFN-γ+874位点在基因型频率与等位基因频率的分布2组间差异有显著性(P<0.05)。IFN-γ+874位点基因型AA的OR值=9.964为易感基因型,A等位基因为易感等位基因,OR值=3.801。IL-2-330位点在基因型频率与等位基因频率的分布2组间差异无显著性(P>0.05)。IFN-γ+874位点中,携带A等位基因患者患复发性口腔溃疡的风险是携带T等位基因者的3.801倍。结论:IFN-γ+874位点中携带A的等位基因与RAU易感性相关,IL-2-330位点与RAU的易感性无关。 展开更多
关键词 IFN-Γ IL-2 单核苷酸多态性(snp) 复发性口腔溃疡(RAU)
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中药熏蒸联合InfIiximab治疗类风湿性关节炎疗效及与TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性的相关性 被引量:3
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作者 崔永建 张红霞 +1 位作者 王英 李艳 《世界中医药》 CAS 2016年第8期1443-1446,共4页
目的:观察中药熏蒸联合Inf Iiximab治疗类风湿性关节炎疗效,并探讨其疗效与TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性的相关性。方法:随机选取2014年8月至2016年4月于我院内分泌科诊及住院部就诊的脑中风患者110例,以甲氨蝶呤片基础治疗基础... 目的:观察中药熏蒸联合Inf Iiximab治疗类风湿性关节炎疗效,并探讨其疗效与TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性的相关性。方法:随机选取2014年8月至2016年4月于我院内分泌科诊及住院部就诊的脑中风患者110例,以甲氨蝶呤片基础治疗基础上采用中药熏蒸联合Inf Iiximab治疗类风湿性关节炎。治疗前和最后一次治疗后,采用28处关节疾病活动度(DAS28)和健康评估问卷(HAQ)评定,作为RA患者疗效的评定标准。采用高通量荧光PCR检测TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性。结果:中药熏蒸联合Inf Iiximab治疗RA,治疗后DAS28评分和HAQ评分均比治疗前低(P〈0.05),说明中药熏蒸联合Inf Iiximab能有效治疗RA。而在TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性中仅GG基因型治疗后DAS28评分和HAQ评分均低于治疗前(P〈0.05),而AA基因型和AG基因型在这两项评分中差异均无统计学意义(P〉0.05)。中药熏蒸联合Inf Iiximab治疗后临床缓解情况,TNF-α基因-238位点单核苷酸GG型84例,AG型5例,AA型2例,GG型的临床缓解率显著高于AG型(χ^2=26.134,P=0.000〈0.05)和AA型(χ^2=44.872,P=0.000〈0.05)。结论:中药熏蒸联合Infliximab能有效治疗RA,且其疗效与TNF-α基因-238位点的单核苷酸基因多态性可能相关,其中对GG型治疗效果最佳,而AG型和AA型疗效反应则相对较差。 展开更多
关键词 中药熏蒸 Inf Iiximab 类风湿性关节炎 TNF-α基因-238位点单核苷酸多态性
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单核苷酸多态性(SNP)的研究进展和应用 被引量:23
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作者 李艳杰 龙火生 +1 位作者 李影 杨公社 《畜牧兽医杂志》 2003年第4期16-18,共3页
单核苷酸多态性(SNP)是最新发展起来的第三代分子标记,具有密度高、双等位基因、易实现自动化检测等优点。本文重点介绍了SNP的概念、特点、分析检测技术以及SNP的应用。
关键词 单核苷酸多态性 snp 应用 第三代分子标记 密度 双等位基因 遗传连锁图谱
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汉族优秀游泳、赛艇运动员mtDNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性(SNPs)与有氧工作能力关联的比较研究 被引量:2
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作者 高炳宏 《体育科学》 CSSCI 北大核心 2009年第3期28-37,42,共11页
目的:探讨汉族优秀游泳、赛艇运动员和普通人mtDNA高变区ⅠSNPs在本群体中的频率分布高于10%位点的分布特点,并对两项目运动员mtDNA高变区ⅠSNPs与有氧工作能力进行关联分析;方法:分别以54、55和71名汉族优秀游泳、赛艇运动员和普通人... 目的:探讨汉族优秀游泳、赛艇运动员和普通人mtDNA高变区ⅠSNPs在本群体中的频率分布高于10%位点的分布特点,并对两项目运动员mtDNA高变区ⅠSNPs与有氧工作能力进行关联分析;方法:分别以54、55和71名汉族优秀游泳、赛艇运动员和普通人为研究对象,采用PCR产物纯化后直接测序和breath by breath方法,进行mtDNA高变区ⅠSNPs和有氧工作能力的检测;结果:1)54名游泳和55赛艇运动员mtDNA高变区ISNPs频率大于10%的位点分别为15和10个,其中,SNPs频率大于20%的位点有6个(两个项目位点完全相同),除位点C16167A外,其他均为常见SNPs;汉族普通人SNPs频率大于10%位点共有13个,大于20%位点有7个,其中,位点C16168A为普通人所独有;2)赛艇运动员位点C16167A的多态性频率高达92.7%,游泳运动员也达64.8%,明显高于普通人和我国优秀皮划艇运动员(P<0.05~0.001);3)游泳运动员有3个SNPs位点(T16362C、T16304C、C16167A)、赛艇运动员有2个SNPs位点(T16362C、T16223C),非剑桥序列组运动员的V.O2max/BW、V.Emax、O2-plusemax、Pmax或Tmax等指标显著高于剑桥序列组运动员(P<0.05~0.01);结论:1)位点C16167A可能成为汉族游泳和赛艇运动员运动能力相关的基因标记,但还需要进一步与运动员不同身体素质和运动能力表型进行关联研究后才能做出更为确定的结论;2)位点T16362C、T16304C和C16167A与汉族优秀游泳运动员的有氧工作能力存在关联,位点T16362C、T16223C与汉族优秀赛艇运动员氧工作能力存在关联,提示以上位点,可作为对运动训练有高敏感性的遗传标记,但不同项目间存在一定差异。这一研究结果对人类有氧能力和不同个体有氧能力以及运动能力的预测、评定、及其在选材中的应用均有重要意义。 展开更多
关键词 优秀运动员 汉族 游泳 赛艇 MTDNA 高变区I 单核苷酸多态性(snps) 有氧能力
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单核苷酸多态性(SNP)分型的主要方法及研究进展 被引量:4
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作者 刘健 宋倩倩 +1 位作者 翁巧琴 张金枝 《浙江畜牧兽医》 2016年第3期12-14,共3页
近年来,随着现代分子生物学的发展,遗传标记也在不断的发展与进步。目前,基因的单核苷酸多态性(SNP)已成为继RFLP,SSR之后的第三代分子遗传标记。SNP是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换、插... 近年来,随着现代分子生物学的发展,遗传标记也在不断的发展与进步。目前,基因的单核苷酸多态性(SNP)已成为继RFLP,SSR之后的第三代分子遗传标记。SNP是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基转换、颠换、插入及缺失等形式,具有数量丰富,分辨率高,覆盖基因组范围大,遗传稳定等主要优点。因此,SNP可广泛应用于农学、医学及生物进化等相关领域,作为稳定的分子遗传标记从而开展相关研究。 展开更多
关键词 遗传标记 单核苷酸多态性 基因组水平 snp 序列多态性 颠换 DNA 生物进化 单碱基 等位基因特异性
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肾移植患者中整合素α2+807单核苷酸多态性(SNP)与环孢素A(CsA)所致药物性牙龈增生(GO)的相关性 被引量:4
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作者 杨斐 阮宏 +1 位作者 余优成 龚逸明 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期470-475,共6页
目的研究中国汉族人群中整合素α2+807单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)与环孢素A(cyclosporin A,CsA)引起的药物性牙龈增生(gingival overgrowth,GO)的关系。方法 201例服用CsA的肾移植患者根据GO指数分为GO组(n=1... 目的研究中国汉族人群中整合素α2+807单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)与环孢素A(cyclosporin A,CsA)引起的药物性牙龈增生(gingival overgrowth,GO)的关系。方法 201例服用CsA的肾移植患者根据GO指数分为GO组(n=122)和非GO组(n=79),分别记录患者的性别、年龄、服药时间和剂量等临床资料以及牙周指数。收集患者的颊拭标本进行基因抽提,使用限制性酶切法检测整合素α2基因C807T多态性,比较两组患者间基因型和GO发生率之间的差异,使用logistic回归分析比较各项临床指标及α2+807基因型与GO之间的相关性。结果 GO患者中CC+CT基因型占79.5%,非GO患者中CC+CT基因型占77.2%,两组间差异无统计学意义(P>0.05)。等位基因C和T的比例在两组患者间的差异无统计学意义(P>0.05)。Logistic回归分析显示CC+CT基因型与GO的易感性无显著相关性。结论整合素α2+807的SNP与CsA所致的药物性GO无显著相关性。 展开更多
关键词 牙龈增生(GO) 环孢素A(CsA) 整合素 单核苷酸多态性(snp)
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基于单核苷酸多态性位点的多重实时荧光定量聚合酶链式反应法鉴别当雄高山牦牛肉 被引量:4
13
作者 刘睿茜 其美次仁 +3 位作者 李家鹏 韦忆萱 李金春 王守伟 《肉类研究》 北大核心 2020年第10期47-52,共6页
通过比对5个不同地区牦牛线粒体基因的差异,筛选出用于鉴定当雄高山牦牛的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,将这些SNP位点作为引物3′端,同时引入引物碱基错配理念,设计出8对特异性引物,构建出2个三重和1... 通过比对5个不同地区牦牛线粒体基因的差异,筛选出用于鉴定当雄高山牦牛的11个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点,将这些SNP位点作为引物3′端,同时引入引物碱基错配理念,设计出8对特异性引物,构建出2个三重和1个二重实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)体系,建立一种基于SNP位点和多重RT-PCR技术鉴别当雄高山牦牛肉的方法。结果表明:该方法特异性较好、简便快捷、结果直观可靠,能够有效鉴别当雄高山牦牛肉;方法中3个RT-PCR反应体系扩增产物对应的熔解温度(melting temperature,Tm)范围分别为反应体系A:73.1~75.2、76.0~77.3、79.0~80.0℃,反应体系B:69.5~72.8、75.0~77.9、78.5~80.0℃,反应体系C:76.1~78.1、79.5~80.7℃;根据3个反应体系中熔解曲线峰的有无以及Tm是否符合取值范围来判定样品是否为当雄高山牦牛肉;市售样品测定结果表明,该方法可用于实际样品中当雄高山牦牛肉的快速鉴别。 展开更多
关键词 当雄高山牦牛 品种鉴别 单核苷酸多态性位点 多重实时荧光定量聚合酶链式反应 熔解曲线
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ATM基因rs175048位点单核苷酸多态性与湖南衡阳地区汉族人群肺癌易感性的相关性
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作者 肖正午 向花花 +4 位作者 周琛 张宏全 周晶 彭华 郭紫芬 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期683-688,共6页
目的:探讨肺癌易感性与毛细血管扩张性共济失调突变基因(ATM) rs175048 位点单核苷酸多态性(SNP)之间的相关性。方法:选取2015 年10 月至2016 年8 月在南华大学附属第一医院及衡阳市中医院就诊的汉族肺癌患者血液样本225 例(病例组),同... 目的:探讨肺癌易感性与毛细血管扩张性共济失调突变基因(ATM) rs175048 位点单核苷酸多态性(SNP)之间的相关性。方法:选取2015 年10 月至2016 年8 月在南华大学附属第一医院及衡阳市中医院就诊的汉族肺癌患者血液样本225 例(病例组),同时收集在院体检的健康人血液样本128 例作为对照组。采用高保真聚合酶介导的单核苷酸多态性敏感性分子开关结合PCR技术检测肺癌患者与健康体检者ATM基因rs175048A/T多态位点的多态性,统计其基因型及等位基因频率,比较其在病例组与对照组的分布差异,并且分析其与肺癌临床病理特征的相关性。结果:ATM基因rs175048 多态位点的AA、AT、TT 3 种基因型的频率在病例组分别为24.9%、52.9%、22.2%,对照组为42.2%、42.2%、15.6%(均P<0.01);病例组等位基因A、T 的频率为51.0%、49.0%,对照组为63.0%、37.0%(均P<0.01);TT基因型可能会增加、而AT基因型可能减少肺癌发病风险。rs175048 单核苷酸多态位点与吸烟、年龄、性别和家族史等临床病理特征明显相关(均P<0.05)。结论:ATM基因rs175048 位点单核苷酸多态性与肺癌的发生明显相关,且TT基因型可以增加肺癌发病的风险。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 毛细血管扩张性突变基因 rs175048 位点 衡阳地区 汉族人群 肺癌易感性
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DHFR基因rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北人群唇腭裂相关性研究
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作者 于健涛 刘昆 +3 位作者 李增健 刘强 卢永平 张欢 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期552-556,共5页
目的:探讨二氢叶酸还原酶(DHFR)基因rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北部人群的非综合征唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法:采用聚合酶链-限制性片段长度多态性方法检测东北地区220例NSCL/P及其父母(其中包括138例完整的核心... 目的:探讨二氢叶酸还原酶(DHFR)基因rs11742688位点单核苷酸多态性与中国东北部人群的非综合征唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法:采用聚合酶链-限制性片段长度多态性方法检测东北地区220例NSCL/P及其父母(其中包括138例完整的核心家系),180例正常儿童作为对照组,进行HW平衡检验,用SPSS统计学软件对病例组和对照组进行检验及计算OR值和95%可信区间。结果:病例对照研究结果显示,东北地区单纯唇裂和唇腭裂rs11742688位点的TT基因型频率差异无显著性(χ^2=0.439,P〉0.05)。结论:DHFR rs11742688位点T等位基因与东北人群的NSCL/P无相关性。 展开更多
关键词 非综合征性唇腭裂(NSCL/P) 二氢叶酸还原酶(DHFR) 单核苷酸多态性(snp)
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单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用 被引量:16
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作者 杜春芳 刘惠民 +2 位作者 李润植 李朋波 任志强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期735-739,共5页
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 snpS 分子标记 连锁不平衡 作物 遗传改良
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单核苷酸多态性及其在鸡QTL定位上的应用 被引量:10
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作者 聂庆华 张细权 雷明明 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期729-734,共6页
单核苷酸多态性是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息含量大、易于检测和统计分析等优点,能较好用于基因图谱构建和数量性状QTL定位研究,被称为继RFLP和微卫星标记之后的第3代基因遗传标记。本文综述了单核苷酸多态性的... 单核苷酸多态性是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息含量大、易于检测和统计分析等优点,能较好用于基因图谱构建和数量性状QTL定位研究,被称为继RFLP和微卫星标记之后的第3代基因遗传标记。本文综述了单核苷酸多态性的性质及检测技术、利用候选基因SNP进行鸡QTL定位研究的现状,并对未来SNP的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 snp 遗传标记 QTL定位
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猪LHβ亚基基因的单核苷酸多态性研究 被引量:11
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作者 王爱华 李宁 吴常信 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期649-652,共4页
本研究对猪LHβ亚基基因除上游调控区以外的序列进行了SSCP分析,结果发现在该基因的3个外显子和3′调控区内没有任何SNPs位点,仅在内含子1的1367位点和内含子2的1823位点发现2个多态性位点,并对这两个位点在二花脸、约克夏和长白猪3个... 本研究对猪LHβ亚基基因除上游调控区以外的序列进行了SSCP分析,结果发现在该基因的3个外显子和3′调控区内没有任何SNPs位点,仅在内含子1的1367位点和内含子2的1823位点发现2个多态性位点,并对这两个位点在二花脸、约克夏和长白猪3个群体中的基因频率进行了初步分析。 展开更多
关键词 LHβ亚基基因 单核苷酸多态性 snpS 内含子 SSCP
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不同性别类型黄瓜ACC合酶基因的单核苷酸多态性标记和酶切扩增长度多态性标记 被引量:14
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作者 向太和 王利琳 +3 位作者 庞基良 胡江琴 申屠连峰 吴锴 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第4期362-367,共6页
黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-AC... 黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-ACS2)片段(GenBank登记号为:DQ115884~DQ115886和DQ115875~DQ115879).经测序分析,3个雌雄同株性别类型品种的序列完全相同.与之相比,5个强雌性和全雌性品种中存在8个单核苷酸多态性(SNPs)标记,SNPs标记为4个A←→G和4个T←→C之间的转换.在8个SNPs中,有1个SNP位于内含子区域,其余7个SNPs都位于外显子区域.在7个位于外显子区域的SNPs中,有3个为非编码区的SNPs,4个为cSNPs.而在4个cSNPs中,有3个导致了编码的氨基酸序列改变.研究结果表明,与雌雄同株性别类型相比,雌性系中均存在单核苷酸的变异,这提示ACC合酶基因CS-ACS2的单核苷酸变异可能与黄瓜雌性系的发生形成有关.另一方面,根据SNP多态性还发展了一个酶切扩增长度多态性(CAPS)标记C-MT700.利用CAPS标记C-MT700能将强雌性优良品种MT-705与其他黄瓜品种相区别,该标记在黄瓜育种生产上具有一定的应用价值.此外,研究获得的SNPs标记和CAPS标记丰富了黄瓜的分子标记种类. 展开更多
关键词 黄瓜 性别类型 1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶基因 单核苷酸多态性(snp) 酶切扩增长度多态性(CAPS)
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北京、武汉、福建原发性骨质疏松症VDRⅠ、VDRⅡ-1、VDRⅡ-2基因单核苷酸多态性研究 被引量:6
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作者 谢雁鸣 胡松年 +3 位作者 韩华 寇秋爱 高蕊 杜宝俊 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 2005年第1期54-57,共4页
目的 寻找骨质疏松相关基因的单核苷酸多态性位点 (SNP) ,研究正常人群与骨质疏松患者 ,以及不同地区患者之间的SNP位点的差异。方法 应用人类基因组学的方法 ,对北京、武汉、福建三个地域的 4 17例被诊断为原发性骨质疏松症的患者 (... 目的 寻找骨质疏松相关基因的单核苷酸多态性位点 (SNP) ,研究正常人群与骨质疏松患者 ,以及不同地区患者之间的SNP位点的差异。方法 应用人类基因组学的方法 ,对北京、武汉、福建三个地域的 4 17例被诊断为原发性骨质疏松症的患者 (骨质疏松组其中北京组 2 36例 ,武汉组 12 3例 ,福建组 6 1例 )和 6 0例正常人 (对照组 ) ,进行了骨质疏松相关基因单核苷酸多态性比较研究。结果 对对照组与骨质疏松患者组进行x2 分析 ,VDRⅠ基因型总体水平比较差异无显著性 ;CC与TT、CC与CT、及TT与CT基因型比较差异均无显著性。VDRⅡ- 1基因型总体水平比较 ,及CC与TT、CC与CT基因型比较差异均有非常显著性 ;TT与CT基因型比较差异无显著性。VDRⅡ- 2基因型总体水平比较 ,及CC与TT、CC与CT、TT与CT基因型比较差异均无显著性。北京、武汉、福建三地区的VDRⅠ基因型总体水平 ,对照组与北京组、北京组与武汉组比较差异均有显著性 ;北京组与福建组、武汉组与福建组比较差异无显著性。VDRⅡ- 1基因型总体水平 ,对照组与武汉组、对照组与福建组比较差异均有显著性 ;对照组与北京组、北京组与武汉组、北京组与福建组及武汉组与福建组比较差异无显著性。VDRⅡ- 2基因型总体水平 ,北京组与武汉组、北京组与福建组及武汉组与? 展开更多
关键词 对照组 基因型 CT 原发性骨质疏松症 患者 单核苷酸多态性 snp 总体水平 VDR 相关基因
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