基于单分子实时测序技术分析平坝窖酒小曲微生物菌群多样性

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作者 周婷婷 胡月丹 +1 位作者 胡兆美 黄围 《中国酿造》 CAS 北大核心 2024年第9期60-64,共5页

该研究利用单分子实时测序技术(SMRT)对平坝窖酒小曲中的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,平坝窖酒小曲微生物的Chao1指数、Shannon指数、InvSimpson指数值分别为507、4.58、6.06,表明平坝窖酒小曲微生物的菌落组成及结构较为复杂... 该研究利用单分子实时测序技术(SMRT)对平坝窖酒小曲中的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,平坝窖酒小曲微生物的Chao1指数、Shannon指数、InvSimpson指数值分别为507、4.58、6.06,表明平坝窖酒小曲微生物的菌落组成及结构较为复杂。微生物菌群以霉菌为主,细菌次之,酵母菌相对丰度较低。在相对丰度排名前15的微生物中平坝窖酒小曲细菌类群相对丰度最高(属水平为38.73%,种水平为40.39%),远高于酵母菌和霉菌,其优势细菌为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、融合魏斯氏菌(Weissella confusa)和蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus),优势霉菌为米根霉(Rhizopus oryzae)、小孢根霉(Rhizopus microsporus)和横梗霉(Lichtheimia ramosa),优势酵母菌为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和扣囊腹膜孢酵母(Saccharomycopsis fibuligera)。 展开更多

关键词 平坝窖酒小曲 单分子实时测序技术 α-多样性 菌群结构

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基于单分子实时测序技术的3个当阳广椒样品细菌多样性研究 被引量：23

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作者 王玉荣 孙永坤 +3 位作者 代凯文 孙京新 沈馨 郭壮 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期108-112,118,共6页

本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L... 本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L.pobuzihii)、食品乳杆菌(L.alimentarius)、费斯莫尔德乳杆菌(L.versmoldensis)、类短乳杆菌(L.parabrevis)、短乳杆菌(L.brevis)、朝鲜乳杆菌(L.koreensis)和类食品乳杆菌(L.paralimentarius),其平均相对含量分别为32.31%、23.17%、22.01%、8.90%、3.31%、1.63%和1.05%,隶属于魏斯氏菌属(Weissella)的类肠膜魏斯氏菌(W.paramesenteroides)的平均相对含量为1.05%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现6个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的29.58%。由此可见,当阳地区鲊广椒中的细菌微生物主要隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus),且样品间共有大量的核心菌群。 展开更多

关键词 鲊广椒 单分子实时测序技术 细菌 多样性

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基于单分子纳米孔测序技术揭示大白菜抽薹期全长转录组差异的复杂性

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作者 王树彬 张志刚 +5 位作者 王荣花 李巧云 王立华 胡新新 赵智中 刘栓桃 《山东农业科学》 北大核心 2024年第11期1-12,共12页

为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读... 为了解春白菜抽薹相关转录组的结构和表达差异,采用单分子纳米孔测序技术对早抽薹材料He102与晚抽薹材料06-247带叶片的花序轴进行了全长转录组分析。与大白菜参考基因组V3.0比对后,He102与06-247分别得到了6051557条和4844987条有效读段以及37309条和30415条非冗余全长转录本。两材料中共鉴定到46485个非冗余基因,其中包括1688个新基因。从He102与06-247中分别鉴定出2421个和993个独有的可变剪切事件,内含子保留是最常见的可变剪切类型;分别鉴定到3286个和2646个独有的可变多聚酰胺酸位点。共筛选出453个lncRNA,80%以上的lncRNA属于基因间区非编码RNA,分别鉴定到81个和55个He102和06-247独有的lncRNA。在两材料中筛选到5197个差异表达基因,其中He102中上调的有2453个,下调的有2744个,结合功能富集分析获得了41个与抽薹有关的候选基因。本研究结果揭示了不同抽薹期大白菜材料转录组在结构和表达上存在复杂的差异,这为阐释大白菜抽薹分子机理提供了新的线索。 展开更多

关键词 第三代高通量测序技术 单分子纳米孔测序技术 大白菜 抽薹期 全长转录本

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单分子实时测序技术的原理与应用 被引量：44

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作者 柳延虎 王璐 于黎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期259-268,共10页

单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。... 单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。与Sanger测序法和下一代测序技术相比,SMRT测序具有超长读长、测序周期短、无需模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点,为研究人员提供了新选择。同时,SMRT测序的低准确率备受争议(约85%),其中约93%的错误是插入缺失,因此,其数据应用于基因组组装前需先对数据进行纠错处理。目前,SMRT测序在小型基因组从头测序和完整组装中已有良好应用,并且已经或将在表观遗传学、转录组学、大型基因组组装等领域发挥其优势,促进基因组学的研究。 展开更多

关键词 单分子测序 pacbio SMRT测序

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基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析 被引量：16

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作者 邹智 赵永国 +3 位作者 张丽 孔华 郭运玲 郭安平 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期229-235,共7页

油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶... 油莎豆以其适应性广、产量和含油量高而成为我国的新型油料作物。为解析油莎豆的遗传基础,服务于育种和分子生物学研究,采用单分子实时测序技术构建了油莎豆高质量的全长转录组,混合样本的组织来源包括块茎、匍匐茎、根、芽、叶片、叶鞘、花、花茎等。研究基于23.20 Gb高质量的原始数据提取获得环形一致序列319568条,其平均长度和测序深度分别为2101 bp和43×;通过聚类、校正和去冗余最终得到高质量的序列57849条,合计121.79 Mb;转录组的完整性约为79.58%,其中约有76.20%的为全长转录本;通过比对NR、Swissprot、GO、KOG、eggNOG、Pfam、KEGG等数据库,共获得52424条序列的注释信息,注释比例约为90.62%;此外,研究还预测获得3759条lncRNA、43060个SSR位点以及2300条转录因子序列。这些结果不仅增加了我们对油莎豆遗传特性的认知,同时还为下一步开展基因表达谱分析、功能基因的挖掘与利用等奠定了坚实的基础。 展开更多

关键词 油莎豆 油料作物 全长转录组 单分子实时测序

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应用单分子实时测序技术解析酱香型白酒高温大曲制作过程细菌多样性 被引量：11

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作者 谢丹 吴成 +7 位作者 程平言 黄魏 毕远林 张健 李岭卓 汪地强 尤小龙 胡峰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第19期58-64,共7页

应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上... 应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上的优势细菌属共20个,包括Weissella、Kroppenstedtia、Thermoastinomyces等。其中,曲坯入房环节的优势菌属均为Weissella;在一次翻曲环节,人工曲以Thermoastinomyces为优势菌属,机械曲则以Weissella、Scopulibacillus、Bacillus为优势菌属;在二次翻曲环节,人工曲以Lentibacillus为主要菌属,机械曲以Weissella为主要菌属;在拆曲环节细菌多样性降低,人工曲和机械曲均以Kroppenstedtia为主要菌属。表明2种大曲在发酵过程中优势菌群存在一定的差异性,但随着发酵进行最终演替为相同的优势菌群。相关性结果表明,多数细菌属之间呈显著正相关调节机制,机械曲和人工曲之间的相互性进一步揭示了高温大曲制作过程中细菌群落间存在的复杂相互作用关系。该研究为明确酱香型白酒高温大曲发酵机理提供了基础数据。 展开更多

关键词 酱香型白酒 高温大曲 单分子实时测序(pacbio SMRT) 机械制曲 人工制曲 细菌多样性

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单分子测序技术及应用研究进展 被引量：19

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作者 俞晓玲 姜文倩 +3 位作者 郑玲 石杨 叶寒辉 林峻 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第1期5-16,共12页

从DNA双螺旋结构的发现开始,生命科学研究进入分子水平,在20世纪70年代出现的测序技术为破译遗传密码作出了巨大贡献.近几年出现的单分子测序技术,可以在单个分子水平读取核苷酸序列,也被称为第三代测序技术,主要代表有HeliScope、Nanop... 从DNA双螺旋结构的发现开始,生命科学研究进入分子水平,在20世纪70年代出现的测序技术为破译遗传密码作出了巨大贡献.近几年出现的单分子测序技术,可以在单个分子水平读取核苷酸序列,也被称为第三代测序技术,主要代表有HeliScope、Nanopore和PacBio等.与传统的第一代和第二代测序技术相比,第三代测序能够产生更长的碱基读长,能直接对RNA进行测序,无需逆转录,测序速度极快,同时其中某些技术所涉及的设备可以小型化,可便携至野外现场测序.第三代测序技术在生命科学基础理论研究及生物医学临床实践中,具有广泛的应用.本文重点介绍了各种单分子测序技术的原理、优缺点,及其应用研究进展. 展开更多

关键词 单分子测序 HeliScope测序 纳米孔测序 pacbio测序

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一种基于单分子纳米操纵的有序化测序策略 被引量：1

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作者 吕鸣 石宝晨 +3 位作者 李雪玲 吕军鸿 陈润生 胡钧 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第7期660-664,共5页

尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方... 尽管包括人类在内的许多生物物种的基因组测序工作已经完成,但由于现有测序技术的限制,大部分复杂基因组还存在很多大大小小的缺口.缺口的填补以及对其他重复序列区域的测序迫切需要全新的思路和技术.基于在DNA单分子定位切割和拾取方面的实验进展,提出了一种基于原子力显微镜纳米操纵技术的单分子有序化测序策略.计算机模拟的结果表明,这一方法和策略是可行的,有助于解决目前测序工作中所遇到的一些棘手问题. 展开更多

关键词 DNA单分子 原子力显微镜 纳米操纵 有序化测序

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单分子测序与个体医学 被引量：3

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作者 沈树泉 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期283-288,共6页

关键词 基因测序技术 单分子 基因芯片技术 医学 个体 基因组学

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英国科学家发明第三代基因测序技术——基于纳米孔的单分子读取技术

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《生物学教学》 北大核心 2009年第8期76-76,共1页

据东方网2009年3月9日援引《科技日报》消息，英国牛津纳米孔公司成功研发出第三代基因测序技术，它是一种基于纳米孔的单分子读取技术，测序时DNA分子依靠被称为核酸外切酶的蛋白质，一次一个碱基地通过小孔。这个酶能区分出4个DNA碱... 据东方网2009年3月9日援引《科技日报》消息，英国牛津纳米孔公司成功研发出第三代基因测序技术，它是一种基于纳米孔的单分子读取技术，测序时DNA分子依靠被称为核酸外切酶的蛋白质，一次一个碱基地通过小孔。这个酶能区分出4个DNA碱基的编码A、G、C、T，也可以检测出各个碱基是否被甲基化。一个单孔能在大约70天时间内测定一个完整的DNA序列。 展开更多

关键词 基因测序技术 英国科学家 纳米孔 单分子 第三代 读取 核酸外切酶 DNA分子

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单个体电分析专辑序言

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作者 李菲 应佚伦 周一歌 《电化学（中英文）》 CAS 北大核心 2024年第10期1-2,共2页

化学测量领域的核心挑战之一是实现对单个体(如单个细胞、单个纳米粒子、单个纳米气泡、和单个分子等)超高灵敏检测。电化学是测量单个体电子传递过程最直接最有效的手段之一。通过高时间分辨和高电流分辨的电化学测量能够对微纳尺度界... 化学测量领域的核心挑战之一是实现对单个体(如单个细胞、单个纳米粒子、单个纳米气泡、和单个分子等)超高灵敏检测。电化学是测量单个体电子传递过程最直接最有效的手段之一。通过高时间分辨和高电流分辨的电化学测量能够对微纳尺度界面上的电化学反应进行精准分析,获取每一个单体的特征电信号,解析被平均效应掩盖的个体间差异。目前,已有超微电极纳米孔道以及纳米针尖等在内的多种纳米结构被应用于构建高空间分辨率与高灵敏的单个体电化学传感界面,提供了与单个分析物尺寸匹配的电化学测量界面。同时,随着高时间分辨微弱电流测量仪器的发展,单个体电分析化学技术可实时追踪亚毫秒至微秒级的单个体动态电化学反应过程。基于此,可对体系中每一个待测物进行高通量、快速电化学灵敏测量,有助于识别稀有亚群个体、发现化学反应隐藏中间体、追踪动态相互作用及反应路径。例如,纳米孔道电化学单分子测序与分析,可应用于疾病的早期精准诊断;单颗粒电化学碰撞测量,可准确揭示纳米材料的构效关系;单细胞的原位电化学分析,能够探索细胞内外和细胞间的生化过程,更好地理解细胞间网络通讯机制。近年来,单个体电化学测量技术在测量界面、测量仪器及测量数据分析方面取得了显著发展,为微纳材料、生命分析以及能源催化等领域的研究提供了测量新工具。 展开更多

关键词 电化学测量 电化学反应 电分析化学 微纳材料 单分子测序 超微电极 纳米气泡 测量仪器

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基于第三代基因测序对地中海贫血基因检测的研究进展 被引量：1

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作者 陈彦君 徐志红 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期634-638,共5页

地中海贫血是世界上分布最广泛的单基因常染色体隐性遗传病,其临床表现从无症状到需要持续输血来维系生命的严重贫血,这对社会及家庭造成了严重的经济负担,因此,在产前进行相应的筛查与诊断很有必要。常规的检测方法大多只能检测出常见... 地中海贫血是世界上分布最广泛的单基因常染色体隐性遗传病,其临床表现从无症状到需要持续输血来维系生命的严重贫血,这对社会及家庭造成了严重的经济负担,因此,在产前进行相应的筛查与诊断很有必要。常规的检测方法大多只能检测出常见的地中海贫血基因型,对于罕见的基因变异容易造成误诊或漏诊,这对于临床遗传咨询造成一定困难。第三代基因测序(Third-generation sequencing,TGS)目前已应用于地中海贫血基因的检测,相较于常规检测方法,其更加准确、可靠,更具有优越性。本文就第三代基因测序技术在地中海贫血基因检测方面的最新研究进展作一综述。 展开更多

关键词 地中海贫血 第三代基因测序 地中海贫血的基因分析 单分子实时测序 长分子测序

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基于SMRT测序技术的塔里木马鹿冬季肠道菌群多样性分析 被引量：2

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作者 祁程 姜李欢 +3 位作者 阿卜杜萨拉木·努尔麦麦提 王开彦 单文娟 钟林强 《野生动物学报》 北大核心 2024年第1期58-66,共9页

为探究塔里木河流域塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(single molecule realtime sequencing,SMRT)对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里... 为探究塔里木河流域塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)冬季肠道菌群群落结构、多样性与功能,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(single molecule realtime sequencing,SMRT)对塔里木河上游湿地自然保护区采集并筛选的25份塔里木马鹿粪便样本的16S rRNA基因全长进行测序,共获得298578个clean reads,clean reads聚类获得28026个OTU,包括25门684属。Alpha多样性分析结果显示,塔里木马鹿冬季肠道菌群Shannon指数为(7.764±0.044),Simpson指数为(0.015±0.001),Chao1指数为(12242.668±695.106),ACE指数为(9366.423±407.612)。塔里木马鹿优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes,60.51%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,26.02%)、变形菌门(Proteobacteria,3.61%)、疣微菌门(Verrucomicrobia,1.57%)和浮霉菌门(Planctomycetes,1.46%)。相对丰富度在前10的菌属为Papillibacter(5.48%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.12%)、Muribaculum(4.69%)、Phocaeicola(4.49%)、Lawsonibacter(4.31%)、瘤胃球菌属(Ruminococcus,4.09%)、Intestinimonas(3.06%)、普氏菌属(Prevotella,2.87%)、克里斯滕森菌属(Christensenella,2.71%)和弯曲杆菌属(Campylobacter,2.54%)。PICRUSt 16S功能预测结果表明,塔里木马鹿肠道菌群基因功能主要富集于新陈代谢(48.58%)、遗传信息处理(19.04%)和环境信息处理(12.08%);其中新陈代谢主要以碳水化合物代谢(9.47%)、氨基酸代谢(9.93%)为主,并且环境信息处理的膜转运(9.96%)基因相对丰富度最高。研究揭示了野生塔里木马鹿冬季肠道菌群特征和功能,为塔里木马鹿野生种群的保护提供基础数据。 展开更多

关键词 塔里木马鹿 肠道菌群 单分子实时测序(SMRT) PICRUSt功能预测

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基于纳米孔的单分子检测技术及其研究进展 被引量：3

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作者 杨森 鲁雁秋 +1 位作者 孙凤 陈耀凯 《材料导报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第S02期177-181,共5页

纳米孔因其纳米级特性而成为研究的热点,纳米孔单分子检测技术具有快速、无需标记和无需扩增等优点,为单分子级别的分子生物学研究打开了新的大门。该技术是在外部电压的驱动下,尺寸略小于孔径的分子通过纳米孔,监测分子易位时产生的电... 纳米孔因其纳米级特性而成为研究的热点,纳米孔单分子检测技术具有快速、无需标记和无需扩增等优点,为单分子级别的分子生物学研究打开了新的大门。该技术是在外部电压的驱动下,尺寸略小于孔径的分子通过纳米孔,监测分子易位时产生的电流变化以分析分子性质。基于纳米孔的单分子分析技术在许多领域具有巨大的潜在应用价值,发展迅速。纳米孔检测技术现已应用于包括核苷酸、DNA、药物、聚合物和多肽在内的单个分子检测,也已扩展到医疗诊断和DNA测序。本文重点介绍纳米孔检测技术的基本原理、几种应用良好的生物纳米孔、几种应用较广的固态纳米孔,讨论了生物和固态纳米孔优缺点,概述了该技术在疾病诊断、DNA测序等方面的应用进展。 展开更多

关键词 纳米孔 单分子检测技术 DNA测序 易位

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纳米孔蛋白质测序

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作者 李梓溢 伊雅琨 +1 位作者 刘蕾 吴海臣 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第10期2498-2518,共21页

基因组计划的成功不仅深化了人类对基因组结构的理解,也促使研究重点逐渐转向对蛋白质组学的解析。鉴于蛋白质在调节生物体内众多生理过程中的核心作用,蛋白质测序技术的发展显得尤为重要。DNA测序领域取得的巨大成就已经激发了研究者... 基因组计划的成功不仅深化了人类对基因组结构的理解,也促使研究重点逐渐转向对蛋白质组学的解析。鉴于蛋白质在调节生物体内众多生理过程中的核心作用,蛋白质测序技术的发展显得尤为重要。DNA测序领域取得的巨大成就已经激发了研究者对纳米孔技术在蛋白质测序应用中的兴趣,特别是其在快速、便捷及成本效益方面的潜力。本文综述了当前蛋白质测序的主要方法,并特别聚焦于纳米孔蛋白质测序面临的挑战、最新的进展以及重大突破。随着纳米孔技术的持续改进,该技术有望在蛋白质组学领域提供更高效和更精准的测序解决方案。 展开更多

关键词 蛋白质测序 纳米孔 电化学传感 单分子分析

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基于转录组测序的候选膀胱尿路上皮癌分子标记的识别

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作者 肖四方 张应爱 +2 位作者 肖敬川 曹卉 张淑芳 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第11期1745-1749,共5页

目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011-2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PCR对转录组测序筛选出的... 目的:探讨基于Illumina平台的转录测序筛选出的膀胱癌的候选分子标记物在临床诊断中的可能应用价值。方法:对中南大学湘雅医学院附属海口医院2011-2013年31例膀胱尿路上皮癌和对应的正常组织,采用实时荧光定量PCR对转录组测序筛选出的候选基因进行验证。结果:筛选出的4个候选基因,CDH1、CLDN7、VEGFA和PTPRF在转录组测序患者肿瘤组织相对于正常组织表达上调;实时荧光定量PCR对更多的患者验证发现,CDH1、VEGFA、PTPRF和CLDN7中,VEGFA相对表达水平上调,差异有统计意义(P<0.05),VEGFA和PTPRF表达相对上调,但差异无统计学意义(P>0.05);PTPRF和肿瘤的初发和复发关系比较密切(P=0.002),其预测敏感度和特异度分别为90.0%和83.3%。结论:VEGFA在膀胱尿路上皮癌的发生发展中起重要作用,有望成为膀胱尿路上皮癌的分子标志物,PTPRF有望作为预测膀胱肿瘤复发的分子参考指标。 展开更多

关键词 膀胱肿瘤 转录组测序 分子标记物 实时荧光定量PCR

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基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析 被引量：3

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作者 蔡宗兵 张文德 +9 位作者 隆琦 余岢骏 孙明会 吴鹰 许雅静 刘佳美 郭意龙 徐细建 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期187-196,共10页

【目的】本研究拟利用已获得的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel)... 【目的】本研究拟利用已获得的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel)突变位点进行发掘和分析,旨在丰富蜜蜂球囊菌的SNP和InDel位点信息,并为新型分子标记的开发和应用提供基础。【方法】采用SAMtools对蜜蜂球囊菌菌丝PacBio SMRT测序数据进行全长转录本识别,再利用ANNOVAR软件将识别的全长转录本与蜜蜂球囊菌参考基因组(assembly AAP 1.0)进行比对以检测和分析SNP位点和InDel位点。通过相关生物信息学软件将上述SNP位点和InDel位点基因分别比对GO和KEGG数据库进行功能和通路注释。【结果】在蜜蜂球囊菌菌丝中共鉴定到6743个SNP位点,主要分布于外显子,包括6091个纯合位点和652个杂合位点;其中发生转换和颠换的SNP位点分别有4887和1856个;SNP位点密码子突变类型中数量最多的是同义单核苷酸突变;SNP位点基因可注释到34个GO条目和76个KEGG通路。共鉴定到597个InDel位点,包括349个纯合位点和248个杂合位点,这些InDel位点在基因下游区分布的数量最多;InDel位点密码子突变类型中非移码插入最为丰富;InDel位点基因可在39个GO条目和87条KEGG通路。【结论】鉴定到蜜蜂球囊菌的大量SNP和InDel位点,明确了SNP和InDel位点的突变类型、基因组功能元件分布和密码子突变类型,并揭示了SNP和InDel位点与关键生物学过程的潜在关联。 展开更多

关键词 蜜蜂球囊菌 第三代测序技术 单分子实时测序 单核苷酸多态性 插入缺失

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DNA测序技术的发展历史与最新进展 被引量：48

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作者 解增言 林俊华 +1 位作者 谭军 舒坤贤 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期64-70,共7页

DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每... DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每一代测序技术的特点,并重点介绍了第二代测序技术及其应用。展望新的测序技术对于未来生物学研究及人们自身健康与人类疾病等方面研究的影响。 展开更多

关键词 第一代DNA测序技术 第二代DNA测序技术 第三代DNA测序技术 高通量 单分子测序

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测序技术的研究进展及三代测序的应用 被引量：14

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作者 乌日拉嘎 徐海燕 +3 位作者 冯淑贞 孙志宏 孟和毕力格 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期33-37,共5页

简述了一代和高通量测序技术的基础上重点介绍以单分子实时测序为代表的第三代测序技术及其他的应用,并对单分子测序技术和未来发展方向进行展望。

关键词 Sanger测序技术 高通量测序技术 单分子测序技术 应用

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新一代测序技术的发展和应用 被引量：35

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作者 田李 张颖 赵云峰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1-8,共8页

DNA测序技术是人类探索生命秘密的重要研究手段。自第一代的Sanger测序技术诞生以来,DNA测序技术经历了三代变革,产生了第二代到第四代测序技术,统称为新一代测序技术。目前,新一代测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身... DNA测序技术是人类探索生命秘密的重要研究手段。自第一代的Sanger测序技术诞生以来,DNA测序技术经历了三代变革,产生了第二代到第四代测序技术,统称为新一代测序技术。目前,新一代测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也从依赖DNA聚合酶的生化反应转变为面向物理学中纳米技术的新领域。新一代测序对生命科学领域具有里程碑意义,引领了科学研究模式革新和研究思维的转变。科研人员可利用新一代测序技术对基因组、转录组和表观组等诸多领域展深入的研究。分析了新一代测序技术的特点,并对其未来的发展方向以及应用进行了展望。 展开更多

关键词 新一代DNA测序 边合成边测序 单分子测序 纳米孔 应用

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