模板剂与MCM-22分子筛匹配作用的分子模拟计算 被引量：6

1

作者 周丹红 杨明媚 +2 位作者 王妍 杨刚 刘宪春 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第1期41-47,共7页

本文用Monte Carlo方法和分子力学方法研究了模板剂分子六次甲基亚胺(HMI)在MCM -２２分子筛孔道中的排布与取向。模拟结果表明模板剂分子能够稳定地嵌入在MCM-２２ 分子筛的超笼、窗口和正弦孔道中。对这三种位置上模板剂与分子筛骨架... 本文用Monte Carlo方法和分子力学方法研究了模板剂分子六次甲基亚胺(HMI)在MCM -２２分子筛孔道中的排布与取向。模拟结果表明模板剂分子能够稳定地嵌入在MCM-２２ 分子筛的超笼、窗口和正弦孔道中。对这三种位置上模板剂与分子筛骨架之间的主客体非键 相互作用能(包括范德华能和库仑能)进行了计算，结果表明模板剂分子与分子筛的骨架之 间作用力主要以范德华吸引力为主。本文还进一步讨论了模板剂分子的结构导向作用和对骨 架Al的靶向作用。 展开更多

关键词 模板剂 MCM-22分子筛 匹配作用 分子模拟计算 分子力学 主客体非键相互作用 Monte-Cado方法

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肿瘤抗原MAGE-3CTL预测表位的计算机分子模拟研究 被引量：4

2

作者 贾正才 吴玉章 万瑛 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第10期937-939,共3页

目的　从理论上分析预测表位与HLA A2分子的结合情况及其为HLA A2限制性CTL表位的可能性。方法　应用计算机分子模拟的方法 ,建立MAGE 3 4个CTL预测表位的HLA A2结合三维结构和各多肽与HLA A2分子所形成复合物的三维结构。结果　 4个预... 目的　从理论上分析预测表位与HLA A2分子的结合情况及其为HLA A2限制性CTL表位的可能性。方法　应用计算机分子模拟的方法 ,建立MAGE 3 4个CTL预测表位的HLA A2结合三维结构和各多肽与HLA A2分子所形成复合物的三维结构。结果　 4个预测表位的三维结构完全符合HLA A2限制性CTL表位的结构要求 ,且都能与HLA A2分子结合。结论　 4个CTL预测表位为HLA 展开更多

关键词 肿瘤抗原 MAGE-3 CTL表位 计算机分子模拟

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基于多光谱方法和计算模拟的细胞色素CYP1A2与阿奇霉素的结合机制研究

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作者 史梦洁 林晓莲 +3 位作者 黄芝辉 徐敏华 何进锋 刘红艳 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2024年第2期245-253,共9页

为了解阿奇霉素(AZI)在模拟的人体环境中与CYP1A2的结合情况,探索AZI在人体内的转化机制,本论文使用分子对接、分子动力学模拟、荧光光谱、紫外分光光度法、傅立叶变换红外光谱、圆二色光谱等多种实验方法,阐明AZI与CYP1A2之间的相互作... 为了解阿奇霉素(AZI)在模拟的人体环境中与CYP1A2的结合情况,探索AZI在人体内的转化机制,本论文使用分子对接、分子动力学模拟、荧光光谱、紫外分光光度法、傅立叶变换红外光谱、圆二色光谱等多种实验方法,阐明AZI与CYP1A2之间的相互作用机制。分子对接结果表明AZI与CYP1A2的结合方式是半包裹并且以疏水作用力相结合。分子动力学模拟结果表明,CYP1A2-AZI复合物的均方根偏差(RMSD)值增大;均方根波动(RMSF)值表明复合物体系柔性较大;回旋半径(Rg)值表明蛋白质特定区域的结构松散。荧光猝灭光谱实验表明,CYP1A2与AZI是以静态猝灭机制结合在一起。热力学参数表明AZI与CYP1A2之间的主导作用力为疏水作用力。时间分辨光谱表明AZI对CYP1A2的机制为静态猝灭。紫外光谱实验表明AZI与CYP1A2反应生成了复合物。红外光谱实验结果表明CYP1A2的二级结构含量发生了改变。圆二色光谱证实AZI对CYP1A2的二级结构产生影响。 展开更多

关键词 阿奇霉素 CYP1A2 相互作用 分子计算模拟 多光谱表征

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从头计算分子动力学方法及其应用 被引量：3

4

作者 蓝建慧 卢贵武 +2 位作者 黄乔松 李英峰 朱阁 《石油大学学报（自然科学版）》 EI CSCD 北大核心 2005年第4期143-146,共4页

从头计算分子动力学方法把密度泛函理论和分子动力学方法有机地结合起来,使电子的极化效应及化学键的本质均可用计算机分子模拟方法进行研究,是目前计算机模拟实验中最先进、最重要的方法之一。文章简述了从头计算分子动力学方法的基本... 从头计算分子动力学方法把密度泛函理论和分子动力学方法有机地结合起来,使电子的极化效应及化学键的本质均可用计算机分子模拟方法进行研究,是目前计算机模拟实验中最先进、最重要的方法之一。文章简述了从头计算分子动力学方法的基本原理,介绍了该方法在水、水溶液及其他氢键液体的结构与动力学研究中的应用。 展开更多

关键词 从头计算 密度泛函理论 分子动力学 计算机分子模拟

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生物分子液-液相分离的物理化学机制 被引量：8

5

作者 张长胜 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第1期154-168,共15页

近年来,有关生物分子通过液-液相分离机制进行组织定位、功能调控的研究发展迅速。相分离产生的聚集体在众多细胞活动事件中发挥了关键作用。这些聚集体的生物功能是以相分离的物理化学性质为基础的。本文将从相分离聚集体的基本性质、... 近年来,有关生物分子通过液-液相分离机制进行组织定位、功能调控的研究发展迅速。相分离产生的聚集体在众多细胞活动事件中发挥了关键作用。这些聚集体的生物功能是以相分离的物理化学性质为基础的。本文将从相分离聚集体的基本性质、相图、微观结构,相分离的统计热力学、实验和分子模拟研究等方面阐释相分离物理化学机制研究相关进展。对于生物分子相分离的重要功能体系进行了列举和归纳,收集了相分离研究的模式体系,探讨了生物分子相分离的生物功能同物理化学机制之间的关系,总结了生物分子相分离的调控机制和调控分子的设计方法,并对生物分子相分离物理化学机制研究的未来发展方向进行了展望。 展开更多

关键词 生物分子液-液相分离 液态聚集体 天然无序蛋白质 多价作用 分子聚集的计算模拟 相分离调控

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超高压下以EVOH为基体的改性材料的模拟研究

6

作者 王淑娟 程欣 +1 位作者 唐亚丽 卢立新 《包装工程》 CAS CSCD 北大核心 2015年第19期54-58,124,共6页

目的从微观结构层面上对材料改性研究提供理论支持。方法以EVOH为基体,与PP,HDPE进行改性共混,形成EVOH/PP,EVOH/HDPE共混体系,在此基础上运用Materials Studio 5.0计算机分子模拟软件构建超高压下包装材料的分子动力学模型,利用Discove... 目的从微观结构层面上对材料改性研究提供理论支持。方法以EVOH为基体,与PP,HDPE进行改性共混,形成EVOH/PP,EVOH/HDPE共混体系,在此基础上运用Materials Studio 5.0计算机分子模拟软件构建超高压下包装材料的分子动力学模型,利用Discover Analysis和Amorphous Cell Analysis分别分析计算氧气分子在EVOH,EVOH/PP,EVOH/HDPE混合晶胞中的浓度分布以及各分子的内聚能密度（CED）。结果氧气分子在改性共混材料中扩散能力明显减弱,在1.2~1.4 nm处,EVOH（800 MPa下）中出现2个点划线峰,而EVOH/PP（800 MPa下）中仅出现1个点划线峰、EVOH/HDPE（800 MPa下）中仅出现1个虚线峰;超高压处理使EVOH,EVOH/HDPE,EVOH/PP的CED随压力增大而增加,EVOH/HDPE由276.2 J/m3（0.1 MPa）增至340.344 J/m3（800 MPa）,EVOH/PP由70.8 J/m3（0.1MPa）增至240.5 J/m3（800 MPa）,且EVOH/HDPE、EVOH/PP材料的CED均低于EVOH。结论超高压处理能够影响所选包装材料的微观结构,进而影响材料的阻隔和力学性能。 展开更多

关键词 超高压 计算机分子模拟 EVOH 材料改性 浓度分布 CED

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晶形控制及形成共晶:含能材料改性研究的重要途径 被引量：25

7

作者 舒远杰 武宗凯 +4 位作者 刘宁 丁小勇 吴敏杰 王可 卢莹莹 《火炸药学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期1-9,共9页

从HMX、TATB、CL-20等典型含能材料改性的实验方法及理论模拟两个方面,综述了含能材料改性研究的最新进展。重点介绍了晶形控制及共晶两种改性方法,即通过晶形控制可以有效改善炸药的安定性、装药密度、感度等性能,通过共晶可以有效改... 从HMX、TATB、CL-20等典型含能材料改性的实验方法及理论模拟两个方面,综述了含能材料改性研究的最新进展。重点介绍了晶形控制及共晶两种改性方法,即通过晶形控制可以有效改善炸药的安定性、装药密度、感度等性能,通过共晶可以有效改善炸药的氧平衡及感度,提高其爆热、作功能力及安全性等性能。分子模拟计算可以有效减少含能材料改性研究过程中的条件筛选工作,并得到最佳实验方案,为实验研究提供理论依据。评述了含能材料改性研究的现状及发展方向。附参考文献64篇。 展开更多

关键词 含能材料 晶形控制 共晶 分子模拟计算 文献综述 改性方法

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茂金属催化剂负载化及负载机理的研究进展 被引量：4

8

作者 郝小明 刘伟 +3 位作者 代振宇 周涵 景振华 汪燮卿 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期169-173,共5页

总结了茂金属催化剂负载化、载体种类和负载方法, 评述了茂金属催化剂负载机理的研究方法和研究状况。指出将实验方法和计算机分子模拟方法二者结合起来, 能够加快研究进程。

关键词 茂金属催化刑 负载化 机理 MAO 计算机分子模拟

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睫状神经营养因子突变体的设计及活性分析 被引量：3

9

作者 毕华 岳俊杰 +3 位作者 袁力勇 饶春明 陈惠鹏 王军志 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第4期408-411,共4页

利用计算机分子模拟系统模建了CNTFRα的三维结构,并对CNTF与CNTFRα结合的关键部位进行分析,同时综合了同源比较的结果及CNTF分子自身的特点,设计了2个CNTF的突变体A和B.表达纯化后得到目的蛋白,TF-1细胞增殖实验的结果表明,2个突变体... 利用计算机分子模拟系统模建了CNTFRα的三维结构,并对CNTF与CNTFRα结合的关键部位进行分析,同时综合了同源比较的结果及CNTF分子自身的特点,设计了2个CNTF的突变体A和B.表达纯化后得到目的蛋白,TF-1细胞增殖实验的结果表明,2个突变体蛋白的比活性均达到106U/mg的水平,且A的活性大于B的活性.上述结果初步表明设计的合理性,为其进一步的开发和应用奠定了基础. 展开更多

关键词 计算机分子模拟 表达 纯化 睫状神经营养因子突变体

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调剖驱油技术中弱凝胶体系研究进展 被引量：26

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作者 许定佳 郑永付 +3 位作者 张松 赵莹莹 李文卓 沈丁丰 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期1323-1331,共9页

弱凝胶体系调驱技术是通过降低油田高渗透层渗透率、提高水驱波及系数、改善水驱开发效果来实现原油稳产的重要手段。本文综述了近年来原油开采过程中用于调驱技术的弱凝胶体系基本组成,不同交联剂对弱凝胶体系的成胶机理和成胶条件及... 弱凝胶体系调驱技术是通过降低油田高渗透层渗透率、提高水驱波及系数、改善水驱开发效果来实现原油稳产的重要手段。本文综述了近年来原油开采过程中用于调驱技术的弱凝胶体系基本组成,不同交联剂对弱凝胶体系的成胶机理和成胶条件及弱凝胶体系性能的评价方法。总结了稳定剂、杀菌剂、抗盐剂、延迟剂等助剂和温度、矿化度、p H值等环境因素对弱凝胶体系性能的影响;概述了弱凝胶体系的矿场应用技术现状和现有弱凝胶体系在调剖应用中仍存在的问题。提出在传统表观方法研究弱凝胶交联机理的基础上,利用激光光散射法、原子力显微镜和计算机分子动力学模拟等技术加强对弱凝胶交联微观机理研究,为开发新型长效且廉价的调剖剂提供理论依据。 展开更多

关键词 弱凝胶 调剖 成胶机理 评价方法 计算机分子动力学模拟

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抗流感病毒抗生素研究开发进展(英文) 被引量：2

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作者 顾觉奋 韩方 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第7期443-448,i001,共7页

流感是严重危害人类健康的急性病毒性呼吸道传染病 ,由于流感病毒抗原变异 ,常规疫苗尚不能有效预防流感的暴发与流行。因此 ,抗流感病毒药物研究在流感治疗中具有重要意义。本文就近年来国外抗流感病毒药物研究进展 ,包括微生物来源的... 流感是严重危害人类健康的急性病毒性呼吸道传染病 ,由于流感病毒抗原变异 ,常规疫苗尚不能有效预防流感的暴发与流行。因此 ,抗流感病毒药物研究在流感治疗中具有重要意义。本文就近年来国外抗流感病毒药物研究进展 ,包括微生物来源的新型抗生素司他弗林 (stachyflin)和乙酰司他弗林 (acetylstachyflin) ,FR1982 4 8,FR1915 12 ,10 - norparvulenone的发现 ,以及经计算机分子模拟设计的氨基酸类 NA抑制剂、环戊烷类 NA抑制剂 RWJ- 2 70 2 0 1(BCX- 1812 )等的开发情况进行概述。 展开更多

关键词 流感病毒 新型抗流感病毒抗生素 计算机分子模拟设计

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融合多种技术的隐色孔雀石绿印迹传感器的制备及其应用 被引量：1

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作者 秦丽 李东东 +4 位作者 田景升 韩俊华 张寅 李建文 高文惠 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第11期6018-6028,共11页

鉴于隐色孔雀石绿(LMG)对人体健康的危害性,建立灵敏快速检测水产品中LMG残留的方法有着重要意义。本研究将计算机模拟技术、紫外光谱技术、自组装技术及电化学分析等多种技术相融合,成功制备了用于检测LMG的分子印迹电化学传感器(MIECS... 鉴于隐色孔雀石绿(LMG)对人体健康的危害性,建立灵敏快速检测水产品中LMG残留的方法有着重要意义。本研究将计算机模拟技术、紫外光谱技术、自组装技术及电化学分析等多种技术相融合,成功制备了用于检测LMG的分子印迹电化学传感器(MIECS)。基于纳米材料修饰电极,以LMG为模板分子,运用紫外光谱法结合计算机模拟筛选4-氨基苯硫酚(4-ATP)为最佳功能单体,通过Gaussian 09软件模拟计算LMG和4-ATP预组装体系的构型、作用形式及结合能。利用扫描电镜、红外光谱仪对其进行形貌和化学结构表征,采用循环伏安法和方波伏安法研究其印迹效果和选择性,并将其应用于食品安全快速检测。结果表明,模板分子和功能单体主要形成LMG-2(4-ATP)型复合物,该传感器具有良好的性能,可特异性识别LMG及其结构类似物;该方法在3.3×10^(−11)~1.0×10^(−6)mol/L范围内线性关系良好,检出限为1.0×10^(-11)mol/L,样品加标回收率为85.5%~101.2%,相对标准偏差为1.28%~2.48%,适用于水产品中LMG残留量的灵敏快速检测。未来MIECS将向更灵敏、准确、快速及小型化和微型化方向发展,并应用于更多领域。 展开更多

关键词 隐色孔雀石绿 计算机分子模拟技术 紫外光谱技术 电化学分析技术 分子印迹传感器

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