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生物科学计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理
被引量:
9
1
作者
杨涛
贾安宝
+2 位作者
阮华斌
王亚坤
刘燕
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017年第2期227-230,234,共5页
以清华大学生命科学院生物计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理为案例,介绍了实验室现状、制度体系、平台运行和成果4个部分,阐述了实验室管理和运行过程中经常出现的问题,提出了有效的改进措施,以便进一步提高设备的完好率和利用率,切...
以清华大学生命科学院生物计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理为案例,介绍了实验室现状、制度体系、平台运行和成果4个部分,阐述了实验室管理和运行过程中经常出现的问题,提出了有效的改进措施,以便进一步提高设备的完好率和利用率,切实有效地为科研和教学服务,为建立高效有序的实验管理提供理论依据。
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关键词
生物科学计算平台
冷冻电镜结构解析实验室
实验室
管理及运行
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职称材料
基于冷冻电镜无倾转成像数据的新型蛋白质原位结构解析方法
2
作者
赵明洁
曹端方
章新政
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期2418-2429,共12页
与体外纯化的蛋白质复合物相比,细胞内处于工作状态的蛋白质复合物往往更为完整,并且其三维结构处于完全生理的构象,这对于理解蛋白质复合物在生命活动中发挥重要功能的结构基础尤为关键,也可以为药物设计等提供更精确的靶点信息。直接...
与体外纯化的蛋白质复合物相比,细胞内处于工作状态的蛋白质复合物往往更为完整,并且其三维结构处于完全生理的构象,这对于理解蛋白质复合物在生命活动中发挥重要功能的结构基础尤为关键,也可以为药物设计等提供更精确的靶点信息。直接在细胞内解析蛋白质复合物的三维结构也被称为蛋白质的细胞原位结构解析,而冷冻电镜电子断层重构技术是原位结构解析的关键技术,但是电子断层重构技术的序列倾转数据采集通量低、数据处理较为繁琐,并且达到准原子分辨率对样品有特殊要求,这些问题成为了限制原位结构解析分辨率和实际应用的瓶颈。近年来,一种基于单张无倾转数据的蛋白质原位结构解析方法发展迅速,可以高通量地对细胞中的蛋白质复合物进行高分辨率结构解析,本综述将分析这类方法的原理,讨论这个方法相较于传统断层重构方法的优缺点,并对蛋白质的细胞原位结构解析进行展望。希望可以通过这篇综述,帮助结构生物学科研人员更好地选择合适的工具。
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关键词
蛋白质原位重构
冷冻
电镜
原位
结构
解析
isSPA滤波
无倾转数据
高通量
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职称材料
冷冻电镜解析病毒颗粒中的蛋白质结构
被引量:
8
3
作者
朱东杰
章新政
《电子显微学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期94-103,共10页
病毒的蛋白质衣壳在病毒颗粒识别受体以及入侵细胞中起到了关键作用,其高分辨结构的解析有利于帮助理解病毒入侵宿主的分子机制,并为对抗病毒的疫苗和药物的设计提供精细的靶点信息。由于正二十面体病毒粒子的高对称性以及其在冷冻电镜...
病毒的蛋白质衣壳在病毒颗粒识别受体以及入侵细胞中起到了关键作用,其高分辨结构的解析有利于帮助理解病毒入侵宿主的分子机制,并为对抗病毒的疫苗和药物的设计提供精细的靶点信息。由于正二十面体病毒粒子的高对称性以及其在冷冻电镜照片中远优于蛋白质复合物的衬度,伴随着技术发展,冷冻电镜单颗粒技术率先在一系列直径约70 nm的正二十面体病毒上获得了准原子分辨率结构解析,这些工作不仅揭示了病毒颗粒精细的组装机制,也展示了冷冻电镜解析蛋白质结构的潜力。随着直接电子探测相机的出现,更小的正二十面体以及其它对称性病毒的三维重构分辨率获得显著提升。而埃瓦尔德球矫正算法的发展以及其在病毒重构中的应用使大型正二十面体病毒三维重构突破了分辨率瓶颈,最终实现了准原子分辨率结构解析,在原子尺度展示了极其复杂的大型病毒是如何由成百上千个结构蛋白组装而成。现阶段,冷冻电镜技术正在向原位结构解析方向发展。原位结构解析技术不仅可用于非对称性病毒颗粒上蛋白质的高分辨结构解析,也可以用于研究各种病毒入侵宿主细胞、转录、复制以及病毒颗粒组装、出芽的研究。基于电子断层重构以及亚单位平均的原位结构解析方法展示了其强大的能力,但依然存在着数据采集通量低,三维重构分辨率提升困难的问题。原位结构解析需要进一步发展、完善,结合更好的细胞冷冻切片制备技术,将病毒的原位结构研究推进到新的高度。本文将结合冷冻电镜重构技术的发展和病毒粒子的结构生物学研究,描述这三个阶段的技术和科研的进展,并对未来进行展望。
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关键词
冷冻
电镜
病毒
结构
解析
正二十面体
对称性破缺
原位
结构
解析
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职称材料
非变性质谱技术推动蛋白质结构研究,助力新药研发
被引量:
2
4
作者
李惠琳
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期I0001-I0002,共2页
蛋白质是生命的物质基础,通过与不同生物分子间的相互作用在生物体内执行着各项重要工作,其功能与结构直接相关。因此,解析蛋白质及其复合物高阶结构对于深入理解蛋白质功能、生理现象及药物研发具有重要意义。过去的60余年,随着X-射线...
蛋白质是生命的物质基础,通过与不同生物分子间的相互作用在生物体内执行着各项重要工作,其功能与结构直接相关。因此,解析蛋白质及其复合物高阶结构对于深入理解蛋白质功能、生理现象及药物研发具有重要意义。过去的60余年,随着X-射线晶体衍射(X-ray)、核磁共振(NMR)以及冷冻电镜(cryoEM)等技术的出现和不断发展,蛋白质结构解析取得了长足发展。
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关键词
质谱技术
晶体衍射
冷冻
电镜
新药研发
蛋白质功能
结构
解析
生物分子
药物研发
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职称材料
题名
生物科学计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理
被引量:
9
1
作者
杨涛
贾安宝
阮华斌
王亚坤
刘燕
机构
清华大学生命科学学院
清华大学蛋白质研究技术中心
出处
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017年第2期227-230,234,共5页
文摘
以清华大学生命科学院生物计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理为案例,介绍了实验室现状、制度体系、平台运行和成果4个部分,阐述了实验室管理和运行过程中经常出现的问题,提出了有效的改进措施,以便进一步提高设备的完好率和利用率,切实有效地为科研和教学服务,为建立高效有序的实验管理提供理论依据。
关键词
生物科学计算平台
冷冻电镜结构解析实验室
实验室
管理及运行
Keywords
biological computing platform
Freezing EM(Electron Microscope) Structure Analysis Laboratory
laboratory management and operation
分类号
G642.0 [文化科学—高等教育学]
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职称材料
题名
基于冷冻电镜无倾转成像数据的新型蛋白质原位结构解析方法
2
作者
赵明洁
曹端方
章新政
机构
中国科学院生物物理研究所生物大分子重点实验室
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期2418-2429,共12页
基金
国家自然科学基金(32150010)资助项目。
文摘
与体外纯化的蛋白质复合物相比,细胞内处于工作状态的蛋白质复合物往往更为完整,并且其三维结构处于完全生理的构象,这对于理解蛋白质复合物在生命活动中发挥重要功能的结构基础尤为关键,也可以为药物设计等提供更精确的靶点信息。直接在细胞内解析蛋白质复合物的三维结构也被称为蛋白质的细胞原位结构解析,而冷冻电镜电子断层重构技术是原位结构解析的关键技术,但是电子断层重构技术的序列倾转数据采集通量低、数据处理较为繁琐,并且达到准原子分辨率对样品有特殊要求,这些问题成为了限制原位结构解析分辨率和实际应用的瓶颈。近年来,一种基于单张无倾转数据的蛋白质原位结构解析方法发展迅速,可以高通量地对细胞中的蛋白质复合物进行高分辨率结构解析,本综述将分析这类方法的原理,讨论这个方法相较于传统断层重构方法的优缺点,并对蛋白质的细胞原位结构解析进行展望。希望可以通过这篇综述,帮助结构生物学科研人员更好地选择合适的工具。
关键词
蛋白质原位重构
冷冻
电镜
原位
结构
解析
isSPA滤波
无倾转数据
高通量
Keywords
in situ protein reconstruction
in situ structural analysis of cryoEM
isSPA(in situ single particle like analysis)filtering
non-tilting imaging data
high throughput
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
冷冻电镜解析病毒颗粒中的蛋白质结构
被引量:
8
3
作者
朱东杰
章新政
机构
中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室
中国科学院大学
出处
《电子显微学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期94-103,共10页
基金
国家自然科学基金资助项目(Nos.31930069,32150010)
科技部重点研发计划(No.2017YFA0504700)。
文摘
病毒的蛋白质衣壳在病毒颗粒识别受体以及入侵细胞中起到了关键作用,其高分辨结构的解析有利于帮助理解病毒入侵宿主的分子机制,并为对抗病毒的疫苗和药物的设计提供精细的靶点信息。由于正二十面体病毒粒子的高对称性以及其在冷冻电镜照片中远优于蛋白质复合物的衬度,伴随着技术发展,冷冻电镜单颗粒技术率先在一系列直径约70 nm的正二十面体病毒上获得了准原子分辨率结构解析,这些工作不仅揭示了病毒颗粒精细的组装机制,也展示了冷冻电镜解析蛋白质结构的潜力。随着直接电子探测相机的出现,更小的正二十面体以及其它对称性病毒的三维重构分辨率获得显著提升。而埃瓦尔德球矫正算法的发展以及其在病毒重构中的应用使大型正二十面体病毒三维重构突破了分辨率瓶颈,最终实现了准原子分辨率结构解析,在原子尺度展示了极其复杂的大型病毒是如何由成百上千个结构蛋白组装而成。现阶段,冷冻电镜技术正在向原位结构解析方向发展。原位结构解析技术不仅可用于非对称性病毒颗粒上蛋白质的高分辨结构解析,也可以用于研究各种病毒入侵宿主细胞、转录、复制以及病毒颗粒组装、出芽的研究。基于电子断层重构以及亚单位平均的原位结构解析方法展示了其强大的能力,但依然存在着数据采集通量低,三维重构分辨率提升困难的问题。原位结构解析需要进一步发展、完善,结合更好的细胞冷冻切片制备技术,将病毒的原位结构研究推进到新的高度。本文将结合冷冻电镜重构技术的发展和病毒粒子的结构生物学研究,描述这三个阶段的技术和科研的进展,并对未来进行展望。
关键词
冷冻
电镜
病毒
结构
解析
正二十面体
对称性破缺
原位
结构
解析
Keywords
Cryo-EM
virus structure
icosahedral
symmetry relax
in situ reconstruction
分类号
Q6-33 [生物学—生物物理学]
Q937 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
非变性质谱技术推动蛋白质结构研究,助力新药研发
被引量:
2
4
作者
李惠琳
机构
中山大学药学院
出处
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期I0001-I0002,共2页
文摘
蛋白质是生命的物质基础,通过与不同生物分子间的相互作用在生物体内执行着各项重要工作,其功能与结构直接相关。因此,解析蛋白质及其复合物高阶结构对于深入理解蛋白质功能、生理现象及药物研发具有重要意义。过去的60余年,随着X-射线晶体衍射(X-ray)、核磁共振(NMR)以及冷冻电镜(cryoEM)等技术的出现和不断发展,蛋白质结构解析取得了长足发展。
关键词
质谱技术
晶体衍射
冷冻
电镜
新药研发
蛋白质功能
结构
解析
生物分子
药物研发
分类号
Q503 [生物学—生物化学]
O657.63 [理学—分析化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
生物科学计算平台冷冻电镜结构解析实验室管理
杨涛
贾安宝
阮华斌
王亚坤
刘燕
《实验技术与管理》
CAS
北大核心
2017
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于冷冻电镜无倾转成像数据的新型蛋白质原位结构解析方法
赵明洁
曹端方
章新政
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
冷冻电镜解析病毒颗粒中的蛋白质结构
朱东杰
章新政
《电子显微学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
非变性质谱技术推动蛋白质结构研究,助力新药研发
李惠琳
《质谱学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
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职称材料
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