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分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展
被引量：
1
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作者
陈振国
徐彦辉
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期799-805,共7页
冷冻电子显微学具有悠久的历史,近年来随着硬件设备的革命性技术突破和软件算法方面技术发展,已经成为结构生物学领域最为重要的研究方法,也代表了未来的发展方向。其中,单颗粒三维结构重构法在最近的几年发展迅速,极大地拓展了研究方...
冷冻电子显微学具有悠久的历史,近年来随着硬件设备的革命性技术突破和软件算法方面技术发展,已经成为结构生物学领域最为重要的研究方法,也代表了未来的发展方向。其中,单颗粒三维结构重构法在最近的几年发展迅速,极大地拓展了研究方法的适用范围,并不断刷新所解析结构的高分辨率记录,成为结构生物学及相关学科最为激动人心的研究领域。本文将针对冷冻电子显微学发展的历史,近期革命性技术突破,以及复旦大学在该领域的布局和进展做简要介绍。
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关键词
冷冻电子显微学
结构生物
学
单颗粒重构
在线阅读
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职称材料
冷冻电镜单颗粒三维重构密度掩模的自动生成方法研究
2
作者
宿锐
张叔阳
王佳伟
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期1020-1030,共11页
冷冻电镜单颗粒三维重构技术是用来解析生物大分子三维结构的常用方法.然而目前在单颗粒三维重构过程中,溶剂平滑操作还存在一定缺陷:没有一款主流的单颗粒三维重构程序能够自动寻找掩模(mask)三维密度图,使得三维重构过程难免受到噪音...
冷冻电镜单颗粒三维重构技术是用来解析生物大分子三维结构的常用方法.然而目前在单颗粒三维重构过程中,溶剂平滑操作还存在一定缺陷:没有一款主流的单颗粒三维重构程序能够自动寻找掩模(mask)三维密度图,使得三维重构过程难免受到噪音统计学模型计算偏差的干扰.为解决这一问题,本研究借鉴X射线晶体学中解析优化相位所广泛采用的溶剂平滑方法,采用高斯滤波、坎尼边缘检测、最小误差阈值处理等方法处理重构所得三维密度图,优化溶剂平滑操作,发展在单颗粒三维重构过程中自动寻找mask三维密度图的方法.运用三维密度图傅里叶壳层相关系数(fourier shell correlation,FSC)曲线图、模拟颗粒数据重构角度误差散点图等指标评估此方法的效果.结果表明,自动寻找mask密度图的方法能够较好地找到涵盖分子结构信号区域的mask密度图,较为明显提高三维重构所得密度图分辨率.
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关键词
单颗粒
冷冻电子显微学
三维重构
溶剂平滑
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职称材料
题名
分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展
被引量：
1
1
作者
陈振国
徐彦辉
机构
复旦大学生物医学研究院
复旦大学附属上海市第五人民医院
复旦大学附属肿瘤医院
出处
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第6期799-805,共7页
基金
国家重点研发计划(2016YFA0500700)
文摘
冷冻电子显微学具有悠久的历史,近年来随着硬件设备的革命性技术突破和软件算法方面技术发展,已经成为结构生物学领域最为重要的研究方法,也代表了未来的发展方向。其中,单颗粒三维结构重构法在最近的几年发展迅速,极大地拓展了研究方法的适用范围,并不断刷新所解析结构的高分辨率记录,成为结构生物学及相关学科最为激动人心的研究领域。本文将针对冷冻电子显微学发展的历史,近期革命性技术突破,以及复旦大学在该领域的布局和进展做简要介绍。
关键词
冷冻电子显微学
结构生物
学
单颗粒重构
Keywords
cryo electron microscopy
structural biology
single particle reconstruction
分类号
Q617 [生物学—生物物理学]
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职称材料
题名
冷冻电镜单颗粒三维重构密度掩模的自动生成方法研究
2
作者
宿锐
张叔阳
王佳伟
机构
清华大学生命科学学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第10期1020-1030,共11页
基金
国家重点研发计划蛋白质机器与生命过程调控重点专项资助项目(2016YFA0501103)~~
文摘
冷冻电镜单颗粒三维重构技术是用来解析生物大分子三维结构的常用方法.然而目前在单颗粒三维重构过程中,溶剂平滑操作还存在一定缺陷:没有一款主流的单颗粒三维重构程序能够自动寻找掩模(mask)三维密度图,使得三维重构过程难免受到噪音统计学模型计算偏差的干扰.为解决这一问题,本研究借鉴X射线晶体学中解析优化相位所广泛采用的溶剂平滑方法,采用高斯滤波、坎尼边缘检测、最小误差阈值处理等方法处理重构所得三维密度图,优化溶剂平滑操作,发展在单颗粒三维重构过程中自动寻找mask三维密度图的方法.运用三维密度图傅里叶壳层相关系数(fourier shell correlation,FSC)曲线图、模拟颗粒数据重构角度误差散点图等指标评估此方法的效果.结果表明,自动寻找mask密度图的方法能够较好地找到涵盖分子结构信号区域的mask密度图,较为明显提高三维重构所得密度图分辨率.
关键词
单颗粒
冷冻电子显微学
三维重构
溶剂平滑
Keywords
ingle particle
cryo electron microscopy
three-dimensional reconstruction
solvent flattening
分类号
Q-31 [生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分辨率革命——冷冻电子显微学在结构生物学研究中的进展
陈振国
徐彦辉
《复旦学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
冷冻电镜单颗粒三维重构密度掩模的自动生成方法研究
宿锐
张叔阳
王佳伟
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
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职称材料
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