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竞争性内源性RNA在牙周炎中的作用及机制的研究进展
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作者 范兴丽 潘乐 +2 位作者 赵家园 项秋猛 陈启林 《国际口腔医学杂志》 北大核心 2025年第3期317-322,共6页
竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过... 竞争性内源性RNA (ceRNA)可以通过转录调节炎症相关介质的反应进而调控牙周炎的进展。ceRNA,包括长链非编码RNA、环状RNA、信使RNA等,可与微小RNA结合,构成ceRNA网络,调控下游靶基因的表达,影响牙周炎的发生、发展。本文总结了已经通过实验验证的ceRNA在调控牙周炎发生发展中的作用及机制,对包括抑制和促进牙周炎发生发展两个方面的研究进展进行综述,为未来牙周炎的研究提供新思路。 展开更多
关键词 竞争内源性rna 牙周炎 微小rna 长链非编码rna 环状rna
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肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建 被引量:1
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作者 李晓凤 唐明政 +4 位作者 刘禧禧 宋子晴 张国欣 杨开银 张凌云 《器官移植》 CSCD 北大核心 2024年第1期70-81,共12页
目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京... 目的分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG)。进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因。GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关;miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关;miR-143-5p、miR-1231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物,IL2RG有4种靶向药物,SYK有28种靶向药物,lncRNA MUC2有3种靶向药物,未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因,对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断,并提供新的研究思路和治疗靶点。 展开更多
关键词 肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争内源性rna(cerna) 微小rna 长链非编码rna 环状rna 信号通路
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基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析 被引量:3
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作者 潘玉卿 孙运艳 +5 位作者 李轶勋 王丽英 斯南卓玛 陈睿 张曦 杜艳 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期669-676,共8页
目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选... 目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选。采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系。采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,采用基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行富集分析,采用CytoHubba插件筛选核心基因,即Hub基因。采用GEPIA数据库比较AML患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,绘制Hub基因的生存曲线。结果:与正常对照者比较,AML患者中有1105个mRNA和387个lncRNA存在差异表达。构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络由45个lncRNAs、31个miRNA和89个mRNA组成。GO分析,差异基因所调节的功能主要有膜微结构域调节、谷氨酸受体结合和上皮细胞增殖调节等。KEGG分析,19条通路被富集,其中包括转录调控、蛋白聚糖调控和Ras信号通路等。通过CytoHubba共筛选出GATA结合蛋白3(GATA3)、WT1转录因子(WT1)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)等前10个连接度最高的Hub基因。采用GEPIA数据库验证GATA3、WT1、PPARG、MYB原癌基因(MYB)、性别决定相关的高迁移率基因群4(SOX4)和E2F7存在差异表达。E2F7低表达组患者生存率高于E2F7高表达组(P=0.028)。结论:筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA所构成的ceRNA网络可能促进了AML的发生发展。 展开更多
关键词 生物信息学 急性髓系白血病 竞争内源性rna 基因芯片
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长链非编码RNA及竞争性内源RNA网络在银屑病中调控机制的研究进展
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作者 何月 段妍 +1 位作者 李睿亚 莎娜 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期382-384,共3页
银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制... 银屑病是一种慢性炎症性皮肤病,发病机制复杂。该文通过综述长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)及竞争性内源RNA(Competitive endogenous RNA,ceRNA)网络在银屑病中调控机制的进展,寻找银屑病的发病机制及相关调控通路,对控制病情和改善预后具有重要意义,为进一步阐明该疾病的遗传学发病机制、基因诊断以及下一步的基因治疗等奠定理论基础。 展开更多
关键词 银屑病 长链非编码rna 竞争内源性rna
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基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络 被引量:3
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作者 李新洋 连相尧 +6 位作者 白璐 员文静 赵如涵 钮淋 刘镭 王阳 朱翠敏 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第3期283-290,共8页
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应... 目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。 展开更多
关键词 基因芯片 非小细胞肺癌 预后 内源性竞争rna
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circRNA-miRNA-mRNA调控网络的挖掘以筛选缺血性脑卒中的潜在治疗药物 被引量:1
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作者 吴玉敏 王钟兴 于瑜 《中山大学学报(医学科学版)》 北大核心 2025年第3期456-465,共10页
【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选... 【目的】挖掘缺血性脑卒中潜在的circRNA-miRNA-mRNA调控网络及其相应的治疗药物。【方法】利用GEO数据库发布的数据并选择研究大脑中动脉栓塞(MCAO)小鼠RNA表达水平的3个数据集GSE115697、GSE51586和GSE137482,使用R中的Limma包来筛选差异表达的mRNA(DEmRNA)、DEcircRNA和DEmiRNA。采用MiRWalk、StarBase等多种生物信息学方法结合的综合策略来挖掘与脑卒中相关的circRNA-miRNA-mRNA网络,由Cytoscape软件完成核心子网络的筛选和可视化输出。通过基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析研究ceRNA网络的功能,以富集超过10个基因且假发现率(FDR)<0.05的通路认为具有统计学意义。最后使用药物基因组学数据库connectivity map(CMap)筛选潜在的脑卒中治疗药物,并对野生型小鼠构建MCAO模型验证药物治疗效果。【结果】共筛选得出1249个DEmRNA、294个DEmiRNA和70个DEcircRNA,并发现3个circRNA-miRNA-mRNA调控网络可能与缺血性脑卒中密切相关。根据上述结果筛选得出Austricine、Metyrapone和Desoxypeganine这3种最有可能逆转由脑卒中相关ceRNA网络引起的改变的药物,并以Metyrapone为例验证所筛选药物对缺血性脑卒中确实可以改善术后第一(P=0.0014)、二天(P=0.0161)的神经功能损伤和减少脑梗死体积(P=0.0049),发挥脑保护作用。【结论】本研究从circRNA-miRNA-mRNA网络视角为缺血性脑卒中的发病机制提供了新的见解,本文预测得出的3种药物为缺血性脑卒中的治疗方法提供了新的线索。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 circrna Mrna 竞争内源性rna CMap数据库
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激素性股骨头坏死mRNA与非编码RNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析 被引量:2
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作者 李嘉程 杨曦 +3 位作者 梁学振 阎博昭 许波 李刚 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1230-1237,共8页
目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得... 目的探讨激素性股骨头坏死(SONFH)的发病机制。方法检索SRA数据库中SONFH相关去核糖体转录组测序数据集SRP091890,利用R语言分析得到差异长链非编码RNA(lncRNAs)和mRNAs。检索GEO数据库中SONFH相关芯片数据集GSE89587,利用R语言分析得到差异miRNAs。利用miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库分别预测SONFH相关miRNAs的靶向mRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络。采用clusterProfiler包对上述调控网络中的mRNAs进行功能富集分析,利用Starbase数据库预测其lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果共筛选出422个显著差异mRNAs、22个显著差异miRNAs和416个显著差异lncRNAs。通过miRDB、miRTarbase和TargetScan数据库预测的靶向mRNAs与上述差异mRNAs交叉映射,确定46个mRNAs参与SONFH相关miRNA-mRNA调控网络的构建;GO功能富集分析显示,miRNA-mRNA网络可能参与细胞增殖和细胞周期等生物学过程。通过Starbase数据库预测的靶向lncRNAs与上述差异lncRNAs交叉映射,确定3个lncRNAs参与SONFH相关lncRNA-miRNA调控网络的构建,最终构建VASH1-AS1相关的ceRNA调控网络,SLC5A6、NQO2和THAP6可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接被VASH1-AS1调控。结论VASH1-AS1可能通过has-let-7d-5p或hsa-mir-3194-3p间接调控SLC5A6、NQO2和THAP6,而VASH1-AS1、has-let-7d-5p和NQO2可能作为调控因子,通过调控网络参与调节“血管新生-骨形成耦联”机制,在SONFH发病过程中起关键作用。 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 生物信息学 竞争rna 调控网络
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竞争性内源RNA在肝癌中的研究进展 被引量:6
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作者 张德元 曹金玉 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1145-1148,共4页
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及... 肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是常见的消化系统恶性肿瘤之一,肝癌发生、发展机制不清是制约肝癌诊疗的重要原因。近年研究发现,RNA在肝癌的调控机制中发挥重要作用,某些长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)、假基因以及mRNA拥有microRNA应答元件(microRNA response element,MRE),通过竞争性结合microRNA,发挥相互调控作用。这类RNA称为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文将按照ceRNA分类,对其在肝癌发生、发展机制中的生物学功能及临床意义进行系统综述。 展开更多
关键词 竞争内源性rna MICROrna lncrna circrna Mrna 文献综述
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子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA的表达谱分析
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作者 李瑞 郭依琳 +4 位作者 王璐 许星月 卢富华 李梦琦 赵虎 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第3期223-229,共7页
目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序... 目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序技术分析circRNA表达谱,并对差异表达circRNA来源的母基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,行数据库预测构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。对差异表达最显著的circRNA分析其与临床病理特征的关系,行子宫颈癌细胞系转染circRNA小干扰RNA(siRNA),分为circ RNA敲低组和阴性对照(si-NC)组,并采用活细胞计数(CCK-8)方法检测子宫颈癌SiHa细胞和HeLa细胞的增殖情况。结果:①共检测到2039个差异表达circRNA,差异表达circRNA来源的母基因主要富集在泛素介导的蛋白质水解、MAPK信号通路、内吞作用、细胞凋亡等信号通路。②筛选出转移组中差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,即hsa_circ_0067492、hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718。qRT-PCR技术验证显示,hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718在淋巴结转移的子宫颈癌组织中均高表达(P<0.01)。hsa_circ_0004904可与hsa-miR-3916等微小RNA(miRNA)相互作用、hsa_circ_0085465可与hsa-miR-4659b-3p等miRNA相互作用、hsa_circ_0007718可与hsa-miR-127-5p等miRNA相互作用。③hsa_circ_0004904的高表达与低表达在有无淋巴结转移和脉管癌栓中差异有统计学意义(P<0.05)。与si-NC组相比,沉默hsa_circ_0004904转染24、48、72 h后,SiHa细胞和HeLa细胞的增殖能力均明显降低(P<0.05)。结论:伴有淋巴结转移的子宫颈癌中存在差异表达的circRNA,沉默后可显著抑制子宫颈癌细胞的增殖,其可能参与了淋巴结转移的发生发展,有望成为淋巴结转移的特异性生物标志物。 展开更多
关键词 子宫颈癌 环状rna 淋巴结转移 竞争内源性rna 非编码rna
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西方蜜蜂lncRNA13922的时空表达谱与潜在调控作用分析
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作者 董舒楠 曹瑞华 +9 位作者 陈颖 荆欣 臧贺 孙恺玥 刘锋 徐细建 骆群 陈大福 邱剑丰 郭睿 《昆虫学报》 北大核心 2025年第4期397-406,共10页
【目的】通过测定lncRNA13922在西方蜜蜂Apis mellifera工蜂不同发育阶段和成虫组织的表达谱,并解析lncRNA13922的调控方式和作用,为进一步探究lncRNA13922的调控功能和机制提供科学依据。【方法】通过RT-PCR验证lncRNA13922在西方蜜蜂... 【目的】通过测定lncRNA13922在西方蜜蜂Apis mellifera工蜂不同发育阶段和成虫组织的表达谱,并解析lncRNA13922的调控方式和作用,为进一步探究lncRNA13922的调控功能和机制提供科学依据。【方法】通过RT-PCR验证lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫不同组织(触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺)中的表达量;采用RT-qPCR检测lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂不同发育阶段(卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫)和工蜂成虫组织(触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺)中的相对表达量;通过Pearson相关性分析预测与西方蜜蜂lncRNA13922共表达的mRNA;利用miRDeep2将lncRNA13922的核苷酸序列比对到miRBase数据库,再通过miRPara来预测miRNA前体;联用Miranda,RNAhybrid和TargetScan软件分别预测lncRNA13922靶向的miRNA及miRNA靶向的mRNA,取交集作为可靠的靶标集合;根据靶向关系构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,进而利用相关软件对靶mRNA进行GO和KEGG数据库注释。【结果】lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫的触角、脑、中肠、脂肪体、咽下腺、表皮和毒腺均能被扩增出符合预期大小(约127 bp)的目的片段。lncRNA13922在西方蜜蜂卵、3日龄幼虫、1和2日龄预蛹及4日龄蛹中差异表达,在卵中的表达量最高,且显著高于3日龄幼虫及1和2日龄预蛹中的表达量;lncRNA13922在1,2,6,12,15和17日龄成虫体内均有表达,但表达量存在差异;lncRNA13922在2日龄成虫体内的表达量最高且显著高于1和17日龄成虫体内的表达量。lncRNA13922在西方蜜蜂工蜂成虫上述7种组织中差异表达,在毒腺中的表达量最高,且显著高于脑、中肠、脂肪体和咽下腺中的表达量。lncRNA13922与29条mRNA潜在共表达且它们的表达量具有正相关关系,与12条mRNA潜在共表达且它们的表达量具有负相关关系。lncRNA13922可作为2个miRNA的潜在前体。lncRNA13922可靶向75个miRNA进而靶向1833条mRNA。上述靶mRNA涉及细胞部分和细胞等603个GO条目与内吞作用和嘌呤代谢等56条KEGG通路。【结论】西方蜜蜂lncRNA13922在工蜂的不同发育阶段和成虫不同组织中动态差异表达,并通过反式作用、miRNA前体和ceRNA作用网络潜在参与调控发育过程。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 长链非编码rna 反式作用 内源性竞争rna 时空表达谱
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胃腺癌中ceRNA网络的构建和miR-204-5p、HOXC8基因的表达及其相关性检测 被引量:3
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作者 王蕾 任凯凯 +5 位作者 马佳康 陈小华 张萌迪 李丹丹 李晓娜 马军 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2019年第5期737-740,共4页
目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表... 目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表达,并分析了两基因间的相互关系。结果:成功构建胃腺癌ceRNA网络,miR-204-5p是重要节点基因,并预测到其靶基因HOXC8;在32例胃腺癌中检测到miR-204-5p低表达,HOXC8高表达,两者呈负相关关系;上调胃腺癌SGC7901细胞中miR-204-5p的表达可以抑制HOXC8 mRNA的表达。结论:miR-204-5p和HOXC8可能是潜在的胃腺癌诊断指标,两者可能存在ceRNA调控关系。 展开更多
关键词 胃腺癌 竞争内源rna网络 miR-204-5p HOXC8
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非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络(英文) 被引量:1
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作者 赵琛 万学超 +3 位作者 伊传友 秦睿 孔哲 黄燕 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期305-315,共11页
目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通... 目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs可能的生物学功能。通过TCGA数据分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与NSCLC患者生存率的直接关系。结果荧光定量PCR验证了PTCH1-3’-UTR上调表达的lnc RNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511)。GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak-STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关。TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs中,NSCLC患者中高表达lnc RNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lnc RNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ10038者可能预示高存活率。结论本研究结果提示了PTCH1-3’-UTR的功能,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNA可作为NSCLC预后标志物。 展开更多
关键词 长链非编码rna PTCH1-3’-UTR 内源竞争rna网络 表达谱 非小细胞肺癌
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猪GSKIP基因ceRNA调控网络及其蛋白互作分析 被引量:1
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作者 代红梅 刘志朋 +5 位作者 张霞 杨忠 曾日彬 王配 常勇诚 霍金龙 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2022年第5期654-661,共8页
利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进... 利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征,对GSKIP基因进行功能注释,分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系,并构建ceRNA转录调控网络,进一步分析GSKIP蛋白的基本功能,构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子;基因功能分析表明,GSKIP主要参与Wnt信号通路;基因靶向作用分析表明,猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控;蛋白质结构分析表明,GSKIP包含1个DUF727结构域,α螺旋在二级结构中占比最高;多物种进化分析表明,BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守,与绵羊和牛的亲缘关系最为接近;蛋白互作网络分析表明,BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用. 展开更多
关键词 GSKIP 功能注释 竞争内源rna 调控网络 蛋白互作
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意大利蜜蜂lncRNA16999的调控作用预测和时空表达谱分析 被引量:2
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作者 李坤泽 宋宇轩 +8 位作者 李婧娴 臧贺 冯佩林 刘小玉 冯睿蓉 刘彩珍 陈大福 付中民 郭睿 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1484-1493,共10页
【目的】通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA16999的调控方式和作用及检测lncRNA16999在工蜂不同发育阶段和组织中的表达模式,为深入与开展lncRNA16999的调控功能和机制研究提供科学依据。【方法】根据lncRNA16999来源... 【目的】通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA16999的调控方式和作用及检测lncRNA16999在工蜂不同发育阶段和组织中的表达模式,为深入与开展lncRNA16999的调控功能和机制研究提供科学依据。【方法】根据lncRNA16999来源基因在西方蜜蜂A.mellifera雄蜂成虫基因组染色体上的位置,预测上下游10 kb内的蛋白编码基因进行顺式作用分析并进行GO和KEGG数据库注释。利用Lnc Tar软件预测意大利蜜蜂lncRNA16999的靶mRNA,进行反式作用分析。联用Miranda,RNAhybrid和TargetScan软件分别预测lncRNA16999靶向的miRNA及miRNA靶向的mRNA,根据靶向关系构建lncRNA16999涉及的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,进而对靶mRNA进行GO和KEGG数据库注释。通过RT-PCR验证lncRNA16999在新羽化工蜂成虫触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺中的表达量。利用RT-qPCR检测lncRNA16999在工蜂卵、幼虫、预蛹和蛹,不同日龄工蜂成虫中及新羽化工蜂成虫触角、毒腺、脑、中肠、脂肪体、表皮和咽下腺中的相对表达量。【结果】LncRNA16999潜在调控7个上下游基因,涉及41个GO条目和1条KEGG通路。LncRNA16999与共表达的1条mRNA具有正相关关系。LncRNA16999可靶向35个miRNA进而靶向84条mRNA,三者间形成较复杂的ceRNA调控网络。这些靶mRNA可注释到生物学过程和代谢过程等23个功能条目及内吞作用和代谢通路等11条通路。在上述7种组织中扩增到预期大小的片段;LncRNA16999在幼虫中的表达量与在预蛹中的表达量差异不显著,但均显著低于卵中的表达量;LncRNA16999在蛹中的表达量最高且显著高于在卵、幼虫和预蛹中的表达量。LncRNA16999在6和18日龄工蜂成虫中的表达量均显著低于1日龄工蜂成虫中的表达量。LncRNA16999在工蜂脑和脂肪体中的表达量与表皮中的表达量相近,均显著低于触角中的表达量;毒腺中lncRNA16999的表达量显著高于触角中的表达量。【结论】意大利蜜蜂lncRNA16999通过顺式作用、反式作用及ceRNA网络发挥潜在调控作用。LncRNA16999在意大利蜜蜂工蜂的不同发育阶段和组织动态差异表达。 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 长链非编码rna 顺式作用 反式作用 内源性竞争rna 时空表达谱
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CeRNA网络在类风湿关节炎的炎症细胞中的作用 被引量:1
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作者 何晓宇 何豪华 +6 位作者 张妍 吴天宇 陈永杰 唐承志 夏天 张小楠 谢长好 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期750-759,共10页
类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免... 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免疫反应失调,使炎症细胞的mRNA表达紊乱,产生促炎细胞因子,激活抗原特异性T/B淋巴细胞应答,促进自身抗体的产生,是RA的重要致病因素。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)能够通过竞争性地结合miRNA来调节mRNA的表达,与之相关的ceRNA网络被发现参与调控RA炎症细胞的增殖、凋亡、侵袭以及炎症因子释放等异常生物学过程。了解ceRNA网络在6种RA常见炎症细胞中的作用有助于为进一步研究RA的发病机制提供新思路,也可为发现新的生物标志物和有效治疗靶点提供理论基础。 展开更多
关键词 竞争内源rna网络 长链非编码rna 环状rna rna 类风湿关节炎 炎症细胞
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围产期奶山羊注射5-HTP后血液ceRNA网络构建分析
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作者 胡凯召 赵海瑛 +3 位作者 陈顺新 杜玮 高慧杰 郑惠玲 《家畜生态学报》 北大核心 2021年第2期19-24,共6页
处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确。该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5... 处于围产期的奶山羊由于血液中钙离子迅速降低极易引发低血钙症,5-羟色胺(5-hydorxytyrptamine,5-HT)可以调节生物体内钙代谢,但具体调节机制尚不明确。该研究通过注射5-羟色氨酸(5-HTP,5-hydroxytryptophan)来增加围产期奶山羊体内的5-HT浓度,采集血液提取RNA后,采用全转录组测序技术筛选鉴定差异表达mRNA、microRNA、LncRNA和CircRNA。通过Metascape对差异表达的基因进行富集分析,发现这些差异表达基因主要参与钙代谢、脂质代谢、免疫反应、细胞凋亡等过程。通过预测转录本之间的结合情况构建LncRNA/CircRNA-microRNA-mRNA的竞争内源性RNA(Competing Endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并对网络中的基因进行富集分析发现3个与钙代谢相关的基因,分别是Toll样受体9(Toll Like Receptor 9,TLR9)、缝隙连接蛋白γ2(Gap Junction Protein Gamma 2,GJC2)和连接素1(Junctophilin1,JPH1),LncRNA MSTRG.1354.2可与TLR9竞争性地结合microRNA NC.030825.1_6027,进而调控TLR9的表达,MSTRG.56601.1和MSTRG.101405.3都可以与GJC2、JPH1竞争性地结合NC.030814.1_19917,进而调控GJC2和JPH1的表达。该研究结果为5-HT调控山羊钙代谢提供了一种全新的分子机制。 展开更多
关键词 围产期 全转录组 竞争内源性rna 低血钙症
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环状RNA Circ HIPK3在非小细胞肺癌中的研究进展 被引量:1
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作者 王宇恒 陈亮 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期629-636,共8页
肺癌是全世界发病率和致死率最高的恶性肿瘤之一,虽然针对肺癌的靶向、免疫治疗等新兴治疗手段取得了显著进展,但如何治愈肺癌仍是一项备受瞩目的话题。其中环状RNA(circular RNA,circRNA)作为最近发现的一类具有共价闭合结构的环状RNA... 肺癌是全世界发病率和致死率最高的恶性肿瘤之一,虽然针对肺癌的靶向、免疫治疗等新兴治疗手段取得了显著进展,但如何治愈肺癌仍是一项备受瞩目的话题。其中环状RNA(circular RNA,circRNA)作为最近发现的一类具有共价闭合结构的环状RNA,具有结构稳定、序列保守及疾病特异性表达等特点。当前医学前沿揭示了circRNA的失调与多种癌症的发展过程有关。其中,研究热点之一的环状RNA HIPK3(circular RNA HIPK3,circ HIPK3)是一种致癌基因,主要起源于基因HIPK3的第二个外显子。越来越多的证据表明circ HIPK3参与了非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)等多种恶性肿瘤的发展,并且circ HIPK3的异常表达与NSCLC的疾病机制、诊断、治疗以及预后密切相关。本文旨在对circ HIPK3在NSCLC中的最新研究进展进行综述,以推动肺癌的精准诊疗。 展开更多
关键词 环状rna HIPK3 肺肿瘤 竞争内源性rna 生物标志物
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长非编码RNA TNRC6CAS1作为ceRNA在肥厚型心肌病发生发展中调控BPTF表达的研究 被引量:1
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作者 匡野 董玉琳 +1 位作者 吉永 曹向红 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期130-141,共12页
肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA... 肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA表达矩阵进行表达差异性分析。对差异mRNA进行生物功能富集分析,明确研究对象染色质重塑因子以BPTF(bromodomain PHD finger transcription factor)为核心。预测miRNA靶向mRNA和lncRNA的结合位点,构建lncRNATNRC6CAS1,miR-30c-1-3p-BPTF内源竞争RNA(ceRNA)网络。利用实时定量PCR,酶联免疫吸附测定或免疫印迹检测,在肥厚型心肌病临床样本(20例健康人和20例肥厚型心肌病患者外周血)和心肌肥大细胞模型中验证了BPTF和lncRNA TNRC6CAS1表达的明显上调(P<0.001),而miR-30c-1-3p的表达明显下调(P<0.001)。同时,在AC16细胞中对三者的表达相关性进行初步验证。最后,分别沉默BPTF,lncRNA TNRC6CAS1或过表达miR-30c-1-3p可以抑制心肌肥大标志性蛋白质的表达。以上结果表明,lncRNA TNRC6CAS1,miR-30c-1-3p,BPTF构成的ceRNA网络可能参与调控肥厚型心肌病心肌肥大病理现象的产生。三者作为潜在的肥厚型心肌病致病分子,有望成为新的检测和治疗靶点。 展开更多
关键词 肥厚型心肌病 内源性竞争rna网络 染色质重塑因子 长非编码rna TNRC6CAS1 rna 30c-1-3p
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环状RNA:潜在的新型miRNA活性调控分子 被引量:7
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作者 张燕燕 任国诚 张晾 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1158-1163,共6页
环状RNA(circular RNA,circRNA)是近年来RNA领域最新的研究热点.它是一类由特殊的选择性剪切产生且在真核细胞中广泛表达的环形内源性RNA分子.研究发现,circRNA富含microRNA(miRNA)结合位点,可以发挥竞争性内源RNA作用,作为miRNA"... 环状RNA(circular RNA,circRNA)是近年来RNA领域最新的研究热点.它是一类由特殊的选择性剪切产生且在真核细胞中广泛表达的环形内源性RNA分子.研究发现,circRNA富含microRNA(miRNA)结合位点,可以发挥竞争性内源RNA作用,作为miRNA"海绵"来解除对其靶基因的抑制效应.近年来,circRNA作为一种新型调控分子调控miRNA功能的发挥,受到众多研究者的青睐.本文综述circRNA的产生机制,及其调控miRNA的最新研究进展与研究方法等. 展开更多
关键词 环状rna 竞争内源性rna rna
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lncRNA LINC00308作为ceRNA通过调控miR-361-5p/TRIP13轴促进前列腺癌PC3细胞的增殖和侵袭 被引量:4
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作者 拜合提亚·阿扎提 刘强 王玉杰 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期968-977,共10页
目的:探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LINC00308对前列腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移的影响及其相关作用机制。方法:利用基因芯片在前列腺癌组织与癌旁对照组织中筛选差异表达的lncRNA及mRNA,并确定LINC00308及甲状腺激素... 目的:探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LINC00308对前列腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移的影响及其相关作用机制。方法:利用基因芯片在前列腺癌组织与癌旁对照组织中筛选差异表达的lncRNA及mRNA,并确定LINC00308及甲状腺激素受体因子13(thyroid hormone receptor interactor13,TRIP13)为研究对象。MTT实验、平板克隆及Transwell和划痕实验检测LINC00308对前列腺癌细胞增殖、侵袭及迁移能力的影响,应用裸鼠移植瘤在体内验证上述影响,应用Western blotting及免疫组化实验在瘤组织和癌细胞中探究LINC00308对TRIP13表达的影响。生物信息学分析技术与RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)及qPCR和双荧光素酶基因报告实验预测并探究miR-361-5p与LINC00308及TRIP13之间的相互作用机制,并利用平板克隆、Transwell侵袭实验对癌细胞恶性生物行为进行验证。结果:芯片结果及qPCR共同证实LINC00308(P<0.01)与TRIP13(P<0.05)在前列腺癌组织及4种细胞系中均异常高表达;细胞功能实验结果表明过表达LINC00308可以促进前列腺癌细胞PC3的增殖、侵袭及迁移能力(均P<0.05),而下调前列腺癌细胞中LINC00308表达起相反作用。裸鼠移植瘤实验证实,LINC00308能够在体内促进前列腺癌PC3细胞的成瘤(P<0.05或P<0.01),且能够在体内体外促进TRIP13表达(P<0.05)。生物信息学分析与RIP及qPCR和双荧光素酶基因报告实验结果证实miR-361-5p能够分别与LINC00308与TRIP13的3'-UTR靶向结合,且LINC00308能够通过吸附miR-361-5p而作为内源性竞争RNA(competing endoge-nous RNA,ceRNA)调控TRIP13的表达,MTT、平板克隆及Transwell实验检测癌细胞的增殖、克隆形成和侵袭能力变化证实了三者之间的调控作用。结论:在前列腺癌组织和细胞中异常高表达的LINC00308通过发挥ceRNA的功能抑制miR-361-5p表达而增强TRIP13表达,从而促进前列腺癌的增殖、侵袭及迁移能力。 展开更多
关键词 前列腺癌 PC3细胞 长链非编码rnaLINC00308 miR-361-5p 甲状腺激素受体因子13 内源性竞争rna
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