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基于量子进化算法的RNA序列-结构比对
被引量：
2
1
作者
赵英杰
王正志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第9期1222-1228,共7页
多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息...
多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息.提出了一种基于量子进化算法的RNA多序列-结构比对程序,对RNA序列进行了量子编码,设计了考虑进结构信息的全交叉算子,提出了适合于进行RNA序列-结构比对的适应度函数,克服了传统进化算法收敛速度慢和早熟问题.在标准数据库上的测试,证实了方法的有效性.
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关键词
RNA多序列-结构比对
二级结构
量子进化算法
全交叉算子
适应度函数
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职称材料
题名
基于量子进化算法的RNA序列-结构比对
被引量：
2
1
作者
赵英杰
王正志
机构
国防科技大学机电工程与自动化学院自动化所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第9期1222-1228,共7页
文摘
多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息.提出了一种基于量子进化算法的RNA多序列-结构比对程序,对RNA序列进行了量子编码,设计了考虑进结构信息的全交叉算子,提出了适合于进行RNA序列-结构比对的适应度函数,克服了传统进化算法收敛速度慢和早熟问题.在标准数据库上的测试,证实了方法的有效性.
关键词
RNA多序列-结构比对
二级结构
量子进化算法
全交叉算子
适应度函数
Keywords
RNA multiple sequences alignment, secondary structure, quantum evolutionary algorithm, full crossover operator, fitness function
分类号
TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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作者
出处
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被引量
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1
基于量子进化算法的RNA序列-结构比对
赵英杰
王正志
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
2
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