食窦魏斯氏菌降解桑葚果酒组胺关键酶及其作用位点的挖掘

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作者 叶欣怡 罗文珊 +5 位作者 陈晓维 徐玉娟 余元善 彭健 肖更生 李璐 《食品工业科技》 北大核心 2025年第14期214-223,共10页

以具有降解桑葚果酒组胺能力的食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)M165为研究对象,解析食窦魏斯氏菌M165降解组胺的关键酶。通过对食窦魏斯氏菌M165进行全基因组测序筛选出其降解桑葚果酒组胺的潜在关键基因(3-磷酸甘油醛脱氢酶基因),通... 以具有降解桑葚果酒组胺能力的食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)M165为研究对象,解析食窦魏斯氏菌M165降解组胺的关键酶。通过对食窦魏斯氏菌M165进行全基因组测序筛选出其降解桑葚果酒组胺的潜在关键基因(3-磷酸甘油醛脱氢酶基因),通过重组表达和组胺降解能力分析明确3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是食窦魏斯氏菌M165降解组胺的关键酶。结果表明,GAPDH对桑葚果酒组胺的降解率为31.88%,且其对桑葚果酒活性物质的含量无负面影响。为了进一步挖掘GAPDH降解桑葚果酒组胺的关键作用位点,通过分子对接筛选出GAPDH降解桑葚果酒组胺的潜在关键作用位点(Ser 125、Cys 155、Phe 322),并将这些位点突变为丙氨酸。与未突变的GAPDH相比,突变蛋白酶活和组胺降解率均显著(P<0.0001)提高,其中突变酶GAPDH-C155A和GAPDH-F322A的酶活和组胺降解率变化较大,酶活力分别提高了62%和97%,组胺降解率也分别提高了31.51%和39.58%。上述结果表明Cys 155和Phe 322位点是GAPDH降解桑葚果酒组胺的关键作用位点,可作为GAPDH组胺降解能力提升的改造靶点。 展开更多

关键词 桑葚果酒 组胺降解 食窦魏斯氏菌 3-磷酸甘油醛脱氢酶 分子对接 关键作用位点

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蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析 被引量：3

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作者 吴建盛 胡栋 +3 位作者 晏善成 马昕 谢建明 孙啸 《东南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期778-783,共6页

为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密... 为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择与蛋白质-RNA复合物结构间存在显著差异. 展开更多

关键词 蛋白质-核酸复合物 氢键作用位点 范德华力作用位点 偏好性 氨基酸极性 协同作用

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壳聚糖抑菌作用位点的研究 被引量：8

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作者 王月慧 余雄伟 +1 位作者 徐远阳 夏文水 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第13期92-95,共4页

采用异硫氰酸荧光素标记3种分子质量(3kD、300～400kD与700kD)壳聚糖,体外检测荧光标记壳聚糖的抑菌活性,并运用激光共聚焦显微镜研究荧光标记壳聚糖对大肠杆菌的抑菌作用位点。结果表明:荧光标记壳聚糖依然具有抑菌活性,但相对未标记... 采用异硫氰酸荧光素标记3种分子质量(3kD、300～400kD与700kD)壳聚糖,体外检测荧光标记壳聚糖的抑菌活性,并运用激光共聚焦显微镜研究荧光标记壳聚糖对大肠杆菌的抑菌作用位点。结果表明:荧光标记壳聚糖依然具有抑菌活性,但相对未标记壳聚糖而言,3种壳聚糖的抑菌活性分别减小了4.22%、19.56%和14.54%。小分子质量(3kD)壳聚糖能进入细菌内部,其抑菌位点可能为细菌细胞内某物质,大分子质量(300～400kD和700kD)壳聚糖则不能进入细菌内部,其抑菌位点可能为细菌细胞膜。 展开更多

关键词 壳聚糖 作用位点 大肠杆菌

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核受体辅活化子PNRC与孤儿核受体SF1相互作用位点的鉴定 被引量：6

4

作者 陈彬 陈敏 +2 位作者 陈健 李渝萍 周度金 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期38-43,共6页

为了阐明核受体辅活化子 (proline richnuclearreceptorcoactivatorprotein ,PNRC)在孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroidogenicfactor1,SF1)基因表达调控中的作用 ,采用酵母双杂合分析、缺失突变技术和瞬时转染等研究方法鉴定了PNRC与... 为了阐明核受体辅活化子 (proline richnuclearreceptorcoactivatorprotein ,PNRC)在孤儿核受体类固醇生成因子 1(steroidogenicfactor1,SF1)基因表达调控中的作用 ,采用酵母双杂合分析、缺失突变技术和瞬时转染等研究方法鉴定了PNRC与SF1的相互作用位点 .结果显示 ,PNRC中氨基酸 2 78～ 30 0区域是与SF1相互作用的位点 .该区域富含脯氨酸 ,其中有 1个SH3结合模体 (motif) ,单独的SH3模体不足以与SF1产生有效的相互作用 .瞬时转染分析表明 ,PNRC 2 70 32 7对野生型PNRC的辅激活功能具有负显性抑制效应 .研究结果表明 ,含SH3结合模体的PNRC 2 78 30 展开更多

关键词 核受体辅活化子 PNRC 类固醇生成因子1 相互作用位点 孤儿核受体SF1

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基于最大熵模型的蛋白质作用位点识别方法 被引量：2

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作者 杜秀全 程家兴 宋杰 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2010年第18期203-204,207,共3页

蛋白质相互作用位点的预测是当前生物信息学的一个研究热点.针对蛋白质序列中对界面残基有影响的各种因素,提出将蛋白质的进化信息和保守性作为特征函数,此类信息体现了蛋白质序列中氨基酸之间短程和长程相互作用的影响.采用最大熵模型... 蛋白质相互作用位点的预测是当前生物信息学的一个研究热点.针对蛋白质序列中对界面残基有影响的各种因素,提出将蛋白质的进化信息和保守性作为特征函数,此类信息体现了蛋白质序列中氨基酸之间短程和长程相互作用的影响.采用最大熵模型作为蛋白质作用位点识别的分类器,将多源信息融合成一个概率模型.实验结果表明该方法与其他传统机器学习方法相比,在特异度和精度上分别提高了2%～8%、3%～11%,且获得了较高的相关系数. 展开更多

关键词 蛋白质作用位点 最大熵 序列谱 残基保守性 机器学习

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甲型流感病毒PB1-PA蛋白作用位点的发现与分析 被引量：1

6

作者 何淼 林强乾 +2 位作者 赵艳超 张淑波 陈维田 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期81-86,共6页

基于共进化理论,探究了甲型流感病毒PB1蛋白与PA蛋白上具有共同进化可能性的保守九聚片段(C9MP)。结构信息显示PB1蛋白的第1-15位氨基酸与PA蛋白的第239-716位氨基酸具有相互作用域;对该区域变异分布的分析发现,PA蛋白第670位氨基酸Q所... 基于共进化理论,探究了甲型流感病毒PB1蛋白与PA蛋白上具有共同进化可能性的保守九聚片段(C9MP)。结构信息显示PB1蛋白的第1-15位氨基酸与PA蛋白的第239-716位氨基酸具有相互作用域;对该区域变异分布的分析发现,PA蛋白第670位氨基酸Q所在的C9MP与PB1蛋白的第9位氨基酸F、第12位氨基酸V和第13位氨基酸P所在的C9MP在PB1MP1相互作用面上具有最低的共进化值。结合DSSP程序的分析表明,由PA蛋白第670位氨基酸Q与PB1蛋白的第9位氨基酸F、第12位氨基酸V与第13位氨基酸P构成的区域可能成为潜在的相互作用位点。 展开更多

关键词 共进化理论 甲型流感病毒 PB1蛋白 PA蛋白 相互作用位点

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基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测 被引量：1

7

作者 程节华 程家兴 杜秀全 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2011年第5期1833-1836,共4页

为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用... 为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 进化保守性 序列谱 支持向量机 蛋白质结构数据库

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肌钙蛋白I2与“孤儿”核受体ERRα1相互作用位点的鉴定

8

作者 李渝萍 陈敏 +4 位作者 陈彬 陈健 李强 娄桂予 周度金 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期212-216,共5页

为深入研究肌钙蛋白I2（TNNI2）作为核受体相互作用蛋白参与核受体基因表达调控的分子机制，采用缺失突变联合酵母双杂交技术证明了TNNI2与ERRα1的相互作用位于TNNI2的1～128位氨基酸残基区域．该区域包括TNNI2蛋白的N末端、抑制肽段... 为深入研究肌钙蛋白I2（TNNI2）作为核受体相互作用蛋白参与核受体基因表达调控的分子机制，采用缺失突变联合酵母双杂交技术证明了TNNI2与ERRα1的相互作用位于TNNI2的1～128位氨基酸残基区域．该区域包括TNNI2蛋白的N末端、抑制肽段（96～116位氨基酸残基）和一个核受体结合位点LXXLL模序（即NR盒）．哺乳细胞瞬时共转染实验证实，TNNI21-128缺失突变体不具备辅助活化功能，并能作为负显性突变体完全抑制野生型TNNI2的辅活化作用．研究充分证明TNNI2与核受体的相互作用定位于TNNI2蛋白1～128氨基酸残基，并从侧面进一步证实了TNNI2能辅助核受体反式激活作用的功能． 展开更多

关键词 肌钙蛋白I ERRα1 相互作用位点 核受体

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多特征融合的蛋白质相互作用位点预测

9

作者 程家兴 杜秀全 王池社 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第16期50-52,59,共4页

蛋白质相互作用位点预测为蛋白质功能和药物设计的理解提供重要线索。而蛋白质的各种特征为蛋白质相互作用位点预测提供了大量有用信息,特别是进化信息、残基序列邻近和空间邻近性。不同的蛋白质特征对蛋白质间的相互作用的贡献也不一... 蛋白质相互作用位点预测为蛋白质功能和药物设计的理解提供重要线索。而蛋白质的各种特征为蛋白质相互作用位点预测提供了大量有用信息,特别是进化信息、残基序列邻近和空间邻近性。不同的蛋白质特征对蛋白质间的相互作用的贡献也不一样。通过提取蛋白质序列谱、保守性和残基熵,提出了特征融合技术对蛋白质相互作用位点进行研究,采用SVM构建三种预测器,分别对各种不同的特征加以验证,实验结果表明了基于特征融合方法的有效性和正确性。 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 蛋白质特征 序列谱 残基保守性 残基熵 支持向量机

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基于多窗口不同特征的蛋白质相互作用位点预测

10

作者 王菲露 宋杨 《安徽大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2010年第5期64-68,共5页

识别蛋白质相互作用位点在蛋白质功能研究中发挥着重要作用.文章从蛋白质序列出发,提取相关特征——序列谱、序列谱+信息熵,分别形成多个滑动窗口,以此构造输入特征向量.采用"留一法"生成训练数据集和测试数据集,使用支持向... 识别蛋白质相互作用位点在蛋白质功能研究中发挥着重要作用.文章从蛋白质序列出发,提取相关特征——序列谱、序列谱+信息熵,分别形成多个滑动窗口,以此构造输入特征向量.采用"留一法"生成训练数据集和测试数据集,使用支持向量机构建6种分类器,预测测试集中的表面残基是否是蛋白质相互作用位点,得到了较好的结果,说明了实验方法的有效性和可行性. 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 序列谱 信息熵 滑动窗口 支持向量机

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固有无序蛋白与蛋白质相互作用位点残基特征分析 被引量：6

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作者 董川 曹赞霞 +2 位作者 赵立岭 索振鹏 王吉华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第5期462-471,共10页

本文对固有无序蛋白(IDPs)与其他蛋白质相互作用位点残基特征进行了研究.首先在数据库中选出满足条件的109条IDPs蛋白质链及与其他配体蛋白形成的299个IDPs-蛋白质复合物,然后提取复合物中作为相互作用位点的IDPs-蛋白质残基.这109条IDP... 本文对固有无序蛋白(IDPs)与其他蛋白质相互作用位点残基特征进行了研究.首先在数据库中选出满足条件的109条IDPs蛋白质链及与其他配体蛋白形成的299个IDPs-蛋白质复合物,然后提取复合物中作为相互作用位点的IDPs-蛋白质残基.这109条IDPs链中共含有50 031个氨基酸残基,其中处于作用位点的残基有4 822个.通过分析发现,20种氨基酸在形成IDPs-蛋白质相互作用位点残基时具有不同的倾向性,根据形成作用位点残基的倾向性,20种氨基酸可分成三大类:倾向型氨基酸(ILE、LEU、ARG、PHE、TYR、MET、TRP)、中间型氨基酸(GLN、GLU、THR、LYS、VAL、ASP、HIS)、非倾向型氨基酸(PRO、SER、GLY、ALA、ASN、CYS).研究结果还进一步表明,不同氨基酸在有序区域与无序区域形成IDPs-蛋白质作用位点残基的倾向性不同.其中,氨基酸TRP、LEU、ILE、CYS在有序和无序区域形成作用位点残基的差异性尤为明显,而氨基酸GLU、PHE、HIS、ALA则基本没有多大差别.对IDPs-蛋白质相互作用位点残基理化特征进行分析发现:疏水性强、侧链净电荷量较少、极性较小、溶剂可及性表面积较大、侧链体积较大、极化率较大的氨基酸比较倾向于形成作用位点残基.主成分分析结果显示,残基的极化率、侧链体积和溶剂可及表面积对作用位点残基影响最大. 展开更多

关键词 固有无序蛋白(IDPs) 作用位点残基特征 有序区 无序区 氨基酸的理化性质

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Mo/γ-Al_2O_3催化剂中金属-载体相互作用位点的研究 被引量：4

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作者 户安鹏 李明丰 +3 位作者 韩伟 张乐 龙湘云 聂红 《石油炼制与化工》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期60-65,共6页

载体表面性质直接影响金属-载体相互作用的强弱,进而对加氢催化剂的结构和性能产生重要影响。为深入认识载体表面性质对金属-载体相互作用的影响机制,以γ-Al_2O_3为研究对象,首先通过对其进行不同温度(20～180℃)的水热处理,调变了其... 载体表面性质直接影响金属-载体相互作用的强弱,进而对加氢催化剂的结构和性能产生重要影响。为深入认识载体表面性质对金属-载体相互作用的影响机制,以γ-Al_2O_3为研究对象,首先通过对其进行不同温度(20～180℃)的水热处理,调变了其表面各种位点(碱性、中性、酸性羟基及Al-CUS)的相对浓度,然后借助IR-OH和Py-IR表征手段对这些位点相对浓度的变化进行了分析,并采用Mo平衡吸附法对金属-载体相互作用强弱进行了量化分析。分析结果表明,随水热处理温度的升高,载体表面碱性羟基和酸性羟基的浓度均先增加后减少,且均在100℃水热处理时浓度最大,但后者的浓度在水热处理温度大于100℃后变化较小;中性羟基的浓度随水热处理温度升高总体上呈减少的趋势;Al-CUS浓度则随水热处理温度的升高逐渐降低。Mo平衡吸附量分析结果表明,随水热处理温度的升高,金属-载体相互作用先增强后减弱。通过将载体表面各位点的相对浓度与金属-载体相互作用进行关联,结果发现,碱性羟基是Mo金属-载体相互作用的关键位点。 展开更多

关键词 Moγ-Al2O3 水热处理温度 金属-载体相互作用 平衡吸附量 作用位点

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基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测 被引量：1

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作者 刘阳 张冬宁 +3 位作者 邵建林 沈称意 汤正诠 王翼飞 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期593-598,共6页

蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类... 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%. 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 剖面 可及表面积

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应用支持向量机预测蛋白质相互作用位点 被引量：1

14

作者 孟炜 王飞飞 +2 位作者 彭新俊 沈称意 王翼飞 《应用科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期403-408,共6页

蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化... 蛋白质相互作用位点的识别对于突变设计和预测蛋白质相互作用的网络是非常重要的.基于支持向量机学习方法,该文提出一种用于预测蛋白质相互作用位点的有效数据属性抽取方法,该方法利用蛋白质的序列信息、蛋白质残基的可及表面积和进化率来构造向量,通过十倍交叉验证来对数据进行训练和预测.实际计算的结果显示,该方法的准确率为72.19%,比只利用序列信息和进化率信息的方法提高了5.71%. 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 支持向量机 序列信息 可及表面积 进化率

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NMDA受体的作用位点研究 被引量：1

15

作者 苏晓梅 张丹参 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2019年第6期470-470,共1页

N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)受体是离子型谷氨酸受体家族中的重要一员,是神经系统发育以及神经毒性的核心。NMDA受体通道大分子上存在着许多独立的结合位点。(1)谷氨酸(Glu)作用位点:Glu作为NMDA受体经典的激动剂,高浓度Glu的作用于NMDA受... N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)受体是离子型谷氨酸受体家族中的重要一员,是神经系统发育以及神经毒性的核心。NMDA受体通道大分子上存在着许多独立的结合位点。(1)谷氨酸(Glu)作用位点:Glu作为NMDA受体经典的激动剂,高浓度Glu的作用于NMDA受体识别部位,使细胞膜去极化,离子通道开放;低浓度的Glu则不能使NMDA门控的离子通道打开,需要甘氨酸(Gly)的参与。(2) Gly作用位点:Gly受体和NMDR有相同的分布,并对NMDA受体激活有增强作用。Gly能增加Glu与NMDA识别位点的亲和力,使通道开放频率增加4~6倍。研究表明NMDA受体被Glu激活前,需要Gly的结合,Gly起着NMDA受体协同激动剂的作用。(3)Mg2+作用位点:Mg2+是兴奋性氨基酸受体NMDA非竞争性阻断剂和Ca2+拮抗剂。NMDA受体通道的开放受配体和膜电位的双重控制。在静息态的膜蛋白条件下,Mg2+等镶嵌在通道深部,阻挡胞内外离子交换,这时即使Glu和Gly结合到NMDA受体,Mg2+也会阻断离子的流出。细胞去极化时Mg2+被电场力移开,离子得以流动,Mg2+的抑制作用逐渐减小并消失,故Mg2+是调节NMDA受体的重要位点。(4) Zn2+作用位点:Zn2+可以非竞争性地拮抗NMDA受体的反应。升高Gly的浓度不能翻转Zn2+的抑制作用,表明Zn2+有单独的结合位点。Zn2+对NMDA受体的抑制作用需要两个结合位点参与,其一是高亲和力、非电压依赖性结合位点,其二是低亲和力呈电压依赖性的结合位点。(5)多胺作用位点:多胺对NMDA的电流有多重影响。多胺的增强效应可分为:非Gly依赖性刺激作用(饱和Glu和Gly会引起全细胞电流增加);Gly依赖性刺激作用(在Gly浓度亚饱和的情况下,精胺能增加NMDA受体与Gly的亲和力,对NMDA电流有刺激效应)。多胺的抑制效应也可分为电压依赖性通道抑制作用,以及Glu受体亲和力降低作用。其中,Gly是Glu为开放受体通道所必需的,多胺对通道开放起正性调节作用,而Zn2+和Mg2+则起负性调节作用。此外,这些位点之间还存在着复杂的交互作用,NMDA受体通道是由复杂多样的因子所调节的。NMDA受体是学习记忆相关神经网络中一个相对中心的关键位点,中枢系统中广泛参与学习记忆、突触可塑性、缺血性脑损伤及神经退行性疾病等多种生理病理过程。本文以NMDA受体的作用位点为切入点,阐明NMDA受体的调节作用,以期为神经系统相关疾病的研究提供理论指导。 展开更多

关键词 N-甲基-D-天冬氨酸 谷氨酸 甘氨酸 作用位点

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玉米黑粉菌基因组编码蛋白作用位点的计算机预测

16

作者 黄婉 范成明 +1 位作者 吴毅歆 何月秋 《西南农业学报》 CSCD 2008年第1期84-86,共3页

利用已公布的玉米黑粉病菌基因组全序列数据及信号肽预测软件SignalP v3.0、亚细胞器中蛋白定位分布预测软件Tar-getP v1.01、跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和膜锚定位点预测软件Big-PI Predictor预测分析了玉米黑粉病菌基因组编码蛋... 利用已公布的玉米黑粉病菌基因组全序列数据及信号肽预测软件SignalP v3.0、亚细胞器中蛋白定位分布预测软件Tar-getP v1.01、跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和膜锚定位点预测软件Big-PI Predictor预测分析了玉米黑粉病菌基因组编码蛋白的作用位点。结果表明,在6522个ORF中,具有分泌功能的有543个,占全基因组基因总数的8.3%;作用位点在线粒体的有1552个,占全基因组基因总数的23.4%;具有跨膜结构的有1269个,占全基因组基因总数的19.5%;锚定在膜上的有56个,占全基因组基因总数的0.9%。 展开更多

关键词 玉米黑粉病菌 基因组 亚细胞作用位点 计算机预测

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基于组合特征集成的蛋白质相互作用位点预测

17

作者 崔娟 陈月辉 《济南大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2012年第1期6-10,共5页

运用RBF神经网络预测蛋白质相互作用位点。首先提取序列谱、保守权重、熵值、复合物可及表面积和序列变化率等一系列蛋白质相互作用位点的关键特征。然后应用RBF神经网络以及它们的集成来对这些样本集进行训练与测试。使用10次交叉验证... 运用RBF神经网络预测蛋白质相互作用位点。首先提取序列谱、保守权重、熵值、复合物可及表面积和序列变化率等一系列蛋白质相互作用位点的关键特征。然后应用RBF神经网络以及它们的集成来对这些样本集进行训练与测试。使用10次交叉验证进行训练与测试,创建了4组具有对比性的蛋白质相互作用特征组合。实验中每加入一种新的特征时正确预测率都会相应的提高,特别是加入可及表面积和序列变化率特征时正确率提高幅度更大,表明利用多特征组合,结合RBF神经网络算法进行预测蛋白质相互作用位点的方法是正确有效的。 展开更多

关键词 蛋白质相互作用位点 特征 神经网络 集成

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4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯在拟南芥中的作用位点研究

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作者 王稳 靳丽宇 张利辉 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期168-174,共7页

为了探究4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的除草作用方式,在前期蛋白组学研究结果的基础之上,对4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的潜在除草靶标基因进行筛选。利用实时定量PCR(RT-qPCR)技术,测定茎叶喷施质量浓度为1000 mg/L的4-羟基-3-甲氧基肉... 为了探究4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的除草作用方式,在前期蛋白组学研究结果的基础之上,对4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的潜在除草靶标基因进行筛选。利用实时定量PCR(RT-qPCR)技术,测定茎叶喷施质量浓度为1000 mg/L的4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯0,15,30,45 min后,拟南芥野生型株系和6种T-DNA插入株系的拟南芥中AT2G43030和AT1G66240基因的相对表达量,并比较拟南芥野生型株系和6种T-DNA插入株系的受损程度,分析AT2G43030和AT1G66240基因在4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯除草过程中的作用。结果表明:相比野生型拟南芥株系而言,AT2G43030和AT1G66240基因的6种T-DNA插入纯合株系对4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯更为敏感,茎叶喷施4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯24 h后不同T-DNA株系的叶片损伤程度相较野生型株系受损更为严重,证明AT2G43030和AT1G66240基因与拟南芥对4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的防御系统有关,同时也说明4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯的除草作用机制与植株的光合作用和细胞膜功能有关。 展开更多

关键词 4-羟基-3-甲氧基肉桂酸乙酯 拟南芥 除草剂 作用位点 AT2G43030基因 AT1G66240基因

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番茄斑萎病毒蛋白结构及其抑制剂作用机制研究进展

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作者 浦贤 李向阳 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期625-636,772,共13页

番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)基因组可编码RdRp、NSm、NSs、Gc、Gn和N等多种蛋白,目前,相关研究主要集中在植物(番茄和辣椒)对TSWV的抗病基因(Sw-5b和Tsw)所介导的抗性以及药剂对TSWV N蛋白的抑制作用。TSWV蛋白具有... 番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)基因组可编码RdRp、NSm、NSs、Gc、Gn和N等多种蛋白,目前,相关研究主要集中在植物(番茄和辣椒)对TSWV的抗病基因(Sw-5b和Tsw)所介导的抗性以及药剂对TSWV N蛋白的抑制作用。TSWV蛋白具有作为药剂分子靶标的潜力,但关于TSWV蛋白与药剂的作用机制尚未见系统、全面的研究报道。本文从结构生物学的角度出发,详细介绍了目前已经被解析的TSWV病毒蛋白三维结构,并通过AlphaFold2模型预测了尚未被解析的4种TSWV蛋白结构;同时,综述了TSWV抗性基因和TSWV抑制剂在植物保护领域的研究应用进展。以宁南霉素、盐酸吗啉胍和利巴韦林等药剂为例,分析其可能作用于TSWV蛋白的分子机理,并预测了这些药剂与TSWV蛋白可能的作用位点,旨在为后续深入挖掘和探索新型抗TSWV药剂提供理论依据。 展开更多

关键词 番茄斑萎病毒 蛋白结构 靶标 分子机制 作用位点

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Strobilurin类杀菌剂作用靶标的研究进展 被引量：27

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作者 闫晓静 金淑惠 +1 位作者 陈馥衡 王道全 《农药学学报》 CAS CSCD 2006年第4期299-305,共7页

S trobilurin类杀菌剂是在具有杀菌活性的天然β-甲氧基丙烯酸酯衍生物的基础上研发出来的,具有广谱、高效、安全的特点。主要以粘噻唑为例综述了该类杀菌剂作用靶标及作用位点的研究过程及最新进展。生化作用机理的研究明确了粘噻唑作... S trobilurin类杀菌剂是在具有杀菌活性的天然β-甲氧基丙烯酸酯衍生物的基础上研发出来的,具有广谱、高效、安全的特点。主要以粘噻唑为例综述了该类杀菌剂作用靶标及作用位点的研究过程及最新进展。生化作用机理的研究明确了粘噻唑作用于线粒体呼吸链bc1复合物中的细胞色素b及铁硫蛋白,阻止了从细胞色素b到细胞色素c1的电子传递,从而抑制线粒体的呼吸作用;蛋白质晶体学研究明确了粘噻唑的作用位点(Qo位点)是通过氢键与铁硫蛋白及细胞色素b的残基结合的。其他strobilurin类杀菌剂和粘噻唑具有相同的靶标,但由于各化合物之间存在一定的结构差异,其具体作用位点亦有一定的差别。 展开更多

关键词 Strobiludn类杀菌剂 粘噻唑 细胞色素B 作用靶标 作用位点

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