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应用代表性差异分析法筛选人癌候选抑癌基因
被引量:
2
1
作者
湛凤凰
江宁
+5 位作者
曹利
邓龙文
周鸣
谢奕
曾朝阳
李桂源
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
1999年第2期165-169,共5页
运用cDNA代表性差异分析法(cDNArepresentationaldiferenceanalysis,cDNARDA),以正常人鼻咽上皮细胞及鼻咽癌HNE1细胞作为比较的样品来源,分离了四个在鼻咽癌中缺失的cDN...
运用cDNA代表性差异分析法(cDNArepresentationaldiferenceanalysis,cDNARDA),以正常人鼻咽上皮细胞及鼻咽癌HNE1细胞作为比较的样品来源,分离了四个在鼻咽癌中缺失的cDNA片段.以此四个片段作探针,分别进行DNA杂交、RNA杂交,结果显示,这些差异性的cDNA序列确实来自正常人鼻咽上皮且只在其中表达和/或在鼻咽癌HNE1中表达降低,并在鼻咽癌病人中存在不同程度的缺失.序列分析结果表明这些差异性表达的基因为具有相当抑癌基因功能的已知基因和可能与鼻咽癌相关的抑癌基因的新基因.从而说明cDNARDA是一种高效、敏感。
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关键词
鼻咽癌
抑癌基因
cDNA
代表性差异分析法
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职称材料
应用cDNA RDA联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的方法学分析
被引量:
1
2
作者
彭依群
邓小戈
+3 位作者
翟木绪
隋国良
王敏
廖二元
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
2005年第4期413-417,共5页
目的探讨采用cDNA代表性差异分析法(representational difference analysis,RDA)联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的可行性及局限性。方法将17β雌二醇(E2)干预MG63细胞cDNA分别制备成检测和驱赶扩增子进行消减杂交作为整个cDNARDA...
目的探讨采用cDNA代表性差异分析法(representational difference analysis,RDA)联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的可行性及局限性。方法将17β雌二醇(E2)干预MG63细胞cDNA分别制备成检测和驱赶扩增子进行消减杂交作为整个cDNARDA的内部质控,以干预组扩增子、对照组扩增子和第4轮双向消减产物为模板,行内对照基因GAPDH的RTPCR进行消减效率分析,Southern杂交证实消减产物来源,快速Northern杂交证实消减产物确实呈差异表达;克隆到pGEMTeasy载体,转化JM109感受态细菌并铺Amp+XgalIPTG琼脂皿得到差异表达文库,随机挑取白色单菌落培养后点成尼龙阵列膜,分别与干预组和对照组扩增子及第4轮消减产物杂交,得到差异表达克隆用于后续研究。结果内部质控结果显示,第3轮消减杂交后,PCR未见差异性产物扩增;cDNARDA共得到3个雌二醇诱导表达上调条带和2个表达下调条带。Southern杂交结果显示在检测扩增子及第1~4轮差异产物中均可见阳性杂交信号,而驱赶扩增子中无杂交信号;快速Northern杂交证实干预组细胞总RNA的两处杂交信号均较对照组强;阵列膜同一克隆两个点对应的杂交信号呈高度相关一致性,共得到120个差异表达克隆(56个表达上调,64个表达下调)。结论cDNA代表性差异分析法联合cDNA阵列点杂交方法能有效快速高通量筛查E2诱导MG63差异表达基因。
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关键词
cDNA
代表性差异分析法
CDNA阵列
基因表达
方
法
学
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职称材料
小菜蛾对杀虫双抗性遗传的RDA分析
被引量:
3
3
作者
张晓飞
程罗根
+2 位作者
陈之浩
于光
李忠英
《南京师大学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
2003年第1期78-82,共5页
采用代表性差异分析法 (RDARepresentationaldifferenceanalysis)初步研究了小菜蛾两个品系 ,敏感品系和抗杀虫双近等基因系之间基因组的差异 .用敏感品系作为驱动扩增子 (driver) ,抗杀虫双近等基因系作为检验扩增子 (tester) ,通过四...
采用代表性差异分析法 (RDARepresentationaldifferenceanalysis)初步研究了小菜蛾两个品系 ,敏感品系和抗杀虫双近等基因系之间基因组的差异 .用敏感品系作为驱动扩增子 (driver) ,抗杀虫双近等基因系作为检验扩增子 (tester) ,通过四轮消减杂交后 ,得到两个差异片段 ,范围在 1 50bp至 30 0bp之间 。
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关键词
小菜蛾
近等基因系
杀虫双抗性
代表性差异分析法
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职称材料
小菜蛾对溴氰菊酯抗性相关的DNA片段的克隆与分析
被引量:
2
4
作者
程罗根
陈之浩
+1 位作者
张晓飞
李忠英
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期526-529,共4页
采用代表性差异分析 (representationaldifferenceanalysis ,RDA)方法 ,以小菜蛾Plutellaxylostella (L .)的敏感品系作为对照组 ,溴氰菊酯抗性近等基因系 (nearisogenicline)作为测试组 ,通过三轮消减杂交得到大小为 15 0~ 30 0bp的...
采用代表性差异分析 (representationaldifferenceanalysis ,RDA)方法 ,以小菜蛾Plutellaxylostella (L .)的敏感品系作为对照组 ,溴氰菊酯抗性近等基因系 (nearisogenicline)作为测试组 ,通过三轮消减杂交得到大小为 15 0~ 30 0bp的差异扩增带 ,经亚克隆测序并与GenBank等数据库同源比较 ,发现差异片段与已知抗性相关基因无同源性 ;以随机选取的差异片段作探针进行Southernblot分析 ,在测试组扩增子和三轮差异产物中都获得了阳性结果 ,而在对照组扩增子中的结果是阴性的。
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关键词
小菜蛾
溴氰菊酯
抗药性
代表性差异分析法
DNA测序
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职称材料
人成骨肉瘤MG-63细胞雌激素相关基因的分离
5
作者
彭依群
廖二元
邓小戈
《湖南医科大学学报》
CSCD
北大核心
2003年第5期459-462,共4页
目的 :筛查 17β雌二醇 (17β estradiol,E2 )诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞株差异表达cDNA片段 ,寻找雌激素相关基因。方法 :改良的cDNA代表性差异分析法 (cDNArepresentationaldifferenceanalysis,cDNARDA)分离E2 干预MG 6 3细胞株表达上...
目的 :筛查 17β雌二醇 (17β estradiol,E2 )诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞株差异表达cDNA片段 ,寻找雌激素相关基因。方法 :改良的cDNA代表性差异分析法 (cDNArepresentationaldifferenceanalysis,cDNARDA)分离E2 干预MG 6 3细胞株表达上调cDNA片段 ,经Southern和快速Northern杂交证实表达上调的cDNA片段来源后 ,将其克隆到 pGEM Teasy载体 ,蓝白筛选后挑取阳性克隆进行测序和同源比较分析 ,最后选取其中部分克隆行Northern印迹杂交。结果 :第 4轮消减杂交得到 5个E2 诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞表达上调的差异cDNA条带 ,Southern和快速Northern杂交证明表达上调的cDNA片段来自E2 干预的MG 6 3细胞 ;随机选 2 5个克隆测序得到13个序列 ,7个与已知基因高度同源 ;其中 2个克隆经Northern杂交证实E2 干预后表达上调。结论 :cDNARDA能有效筛查差异表达基因 ,人成骨肉瘤MG 6 3细胞中某些基因受雌激素诱导表达上调 ,可能与绝经后骨质疏松的发病相关。
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关键词
cDNA
代表性差异分析法
雌激素
MG-63细胞
差异
表达基因
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职称材料
题名
应用代表性差异分析法筛选人癌候选抑癌基因
被引量:
2
1
作者
湛凤凰
江宁
曹利
邓龙文
周鸣
谢奕
曾朝阳
李桂源
机构
湖南医科大学肿瘤研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
1999年第2期165-169,共5页
基金
国家"863"高科技发展计划
湖南省自然科学基金
文摘
运用cDNA代表性差异分析法(cDNArepresentationaldiferenceanalysis,cDNARDA),以正常人鼻咽上皮细胞及鼻咽癌HNE1细胞作为比较的样品来源,分离了四个在鼻咽癌中缺失的cDNA片段.以此四个片段作探针,分别进行DNA杂交、RNA杂交,结果显示,这些差异性的cDNA序列确实来自正常人鼻咽上皮且只在其中表达和/或在鼻咽癌HNE1中表达降低,并在鼻咽癌病人中存在不同程度的缺失.序列分析结果表明这些差异性表达的基因为具有相当抑癌基因功能的已知基因和可能与鼻咽癌相关的抑癌基因的新基因.从而说明cDNARDA是一种高效、敏感。
关键词
鼻咽癌
抑癌基因
cDNA
代表性差异分析法
Keywords
nasopharyngeal carcinoma,tumor supressor gene,cDNA representational difference analysis (RDA)
分类号
R739.630.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
应用cDNA RDA联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的方法学分析
被引量:
1
2
作者
彭依群
邓小戈
翟木绪
隋国良
王敏
廖二元
机构
中南大学湘雅二医院代谢内分泌研究所
出处
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
2005年第4期413-417,共5页
基金
国家自然科学基金资助(39970374)
国家"九五"攻关基金资助(969060505)。
文摘
目的探讨采用cDNA代表性差异分析法(representational difference analysis,RDA)联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的可行性及局限性。方法将17β雌二醇(E2)干预MG63细胞cDNA分别制备成检测和驱赶扩增子进行消减杂交作为整个cDNARDA的内部质控,以干预组扩增子、对照组扩增子和第4轮双向消减产物为模板,行内对照基因GAPDH的RTPCR进行消减效率分析,Southern杂交证实消减产物来源,快速Northern杂交证实消减产物确实呈差异表达;克隆到pGEMTeasy载体,转化JM109感受态细菌并铺Amp+XgalIPTG琼脂皿得到差异表达文库,随机挑取白色单菌落培养后点成尼龙阵列膜,分别与干预组和对照组扩增子及第4轮消减产物杂交,得到差异表达克隆用于后续研究。结果内部质控结果显示,第3轮消减杂交后,PCR未见差异性产物扩增;cDNARDA共得到3个雌二醇诱导表达上调条带和2个表达下调条带。Southern杂交结果显示在检测扩增子及第1~4轮差异产物中均可见阳性杂交信号,而驱赶扩增子中无杂交信号;快速Northern杂交证实干预组细胞总RNA的两处杂交信号均较对照组强;阵列膜同一克隆两个点对应的杂交信号呈高度相关一致性,共得到120个差异表达克隆(56个表达上调,64个表达下调)。结论cDNA代表性差异分析法联合cDNA阵列点杂交方法能有效快速高通量筛查E2诱导MG63差异表达基因。
关键词
cDNA
代表性差异分析法
CDNA阵列
基因表达
方
法
学
Keywords
cDNA representational difference analysis(cDNA RDA)
cDNA arrays
分类号
Q3 [生物学—遗传学]
在线阅读
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职称材料
题名
小菜蛾对杀虫双抗性遗传的RDA分析
被引量:
3
3
作者
张晓飞
程罗根
陈之浩
于光
李忠英
机构
南京师范大学生命科学学院
贵州省农业科学院植物保护研究所
出处
《南京师大学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
2003年第1期78-82,共5页
基金
国家自然科学基金项目 (30 0 60 0 51 )
文摘
采用代表性差异分析法 (RDARepresentationaldifferenceanalysis)初步研究了小菜蛾两个品系 ,敏感品系和抗杀虫双近等基因系之间基因组的差异 .用敏感品系作为驱动扩增子 (driver) ,抗杀虫双近等基因系作为检验扩增子 (tester) ,通过四轮消减杂交后 ,得到两个差异片段 ,范围在 1 50bp至 30 0bp之间 。
关键词
小菜蛾
近等基因系
杀虫双抗性
代表性差异分析法
Keywords
diamondback moth,near isogenic strain, dimehyo resistance,RDA (Representational Difference Analysis)
分类号
Q343 [生物学—遗传学]
S481.4 [农业科学—农药学]
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职称材料
题名
小菜蛾对溴氰菊酯抗性相关的DNA片段的克隆与分析
被引量:
2
4
作者
程罗根
陈之浩
张晓飞
李忠英
机构
南京师范大学生命科学学院
贵州省农业科学院植物保护研究所
出处
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第4期526-529,共4页
基金
国家自然科学基金项目 ( 3 0 0 60 0 5 1)
文摘
采用代表性差异分析 (representationaldifferenceanalysis ,RDA)方法 ,以小菜蛾Plutellaxylostella (L .)的敏感品系作为对照组 ,溴氰菊酯抗性近等基因系 (nearisogenicline)作为测试组 ,通过三轮消减杂交得到大小为 15 0~ 30 0bp的差异扩增带 ,经亚克隆测序并与GenBank等数据库同源比较 ,发现差异片段与已知抗性相关基因无同源性 ;以随机选取的差异片段作探针进行Southernblot分析 ,在测试组扩增子和三轮差异产物中都获得了阳性结果 ,而在对照组扩增子中的结果是阴性的。
关键词
小菜蛾
溴氰菊酯
抗药性
代表性差异分析法
DNA测序
Keywords
Plutella xylostella
deltamethrin
resistance
representational difference analysis (RDA)
DNA sequencing
分类号
Q966 [生物学—昆虫学]
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职称材料
题名
人成骨肉瘤MG-63细胞雌激素相关基因的分离
5
作者
彭依群
廖二元
邓小戈
机构
中南大学湘雅二医院代谢内分泌研究所
出处
《湖南医科大学学报》
CSCD
北大核心
2003年第5期459-462,共4页
基金
国家"九五"攻关项目 ( 96 90 6 0 5 0 5 )
卫生部临床学科重点建设项目 ( 0 8 960 0 2 16)
湖南省社会发展科研计划 ( 99SSY10 0 9 10 )
文摘
目的 :筛查 17β雌二醇 (17β estradiol,E2 )诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞株差异表达cDNA片段 ,寻找雌激素相关基因。方法 :改良的cDNA代表性差异分析法 (cDNArepresentationaldifferenceanalysis,cDNARDA)分离E2 干预MG 6 3细胞株表达上调cDNA片段 ,经Southern和快速Northern杂交证实表达上调的cDNA片段来源后 ,将其克隆到 pGEM Teasy载体 ,蓝白筛选后挑取阳性克隆进行测序和同源比较分析 ,最后选取其中部分克隆行Northern印迹杂交。结果 :第 4轮消减杂交得到 5个E2 诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞表达上调的差异cDNA条带 ,Southern和快速Northern杂交证明表达上调的cDNA片段来自E2 干预的MG 6 3细胞 ;随机选 2 5个克隆测序得到13个序列 ,7个与已知基因高度同源 ;其中 2个克隆经Northern杂交证实E2 干预后表达上调。结论 :cDNARDA能有效筛查差异表达基因 ,人成骨肉瘤MG 6 3细胞中某些基因受雌激素诱导表达上调 ,可能与绝经后骨质疏松的发病相关。
关键词
cDNA
代表性差异分析法
雌激素
MG-63细胞
差异
表达基因
Keywords
cDNA representational difference analysis
estrogen
MG 63 cell
differential expression gene
分类号
R738.1 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用代表性差异分析法筛选人癌候选抑癌基因
湛凤凰
江宁
曹利
邓龙文
周鸣
谢奕
曾朝阳
李桂源
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
1999
2
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职称材料
2
应用cDNA RDA联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的方法学分析
彭依群
邓小戈
翟木绪
隋国良
王敏
廖二元
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
2005
1
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职称材料
3
小菜蛾对杀虫双抗性遗传的RDA分析
张晓飞
程罗根
陈之浩
于光
李忠英
《南京师大学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
2003
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
小菜蛾对溴氰菊酯抗性相关的DNA片段的克隆与分析
程罗根
陈之浩
张晓飞
李忠英
《昆虫学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
人成骨肉瘤MG-63细胞雌激素相关基因的分离
彭依群
廖二元
邓小戈
《湖南医科大学学报》
CSCD
北大核心
2003
0
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职称材料
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