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α-螺旋抗菌肽YHX-1的从头设计及抑菌活性研究 被引量:4
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作者 李剑勋 步雨珊 +4 位作者 刘银雪 刘伊索 印伯星 周炜 易华西 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期98-104,111,共8页
抗菌肽因其高效的抗菌活性和独特的抗菌机制,不仅可作为生物防腐剂预防食品加工贮藏中的微生物腐败,还有望缓解抗生素滥用引起的耐药性问题。为得到一种高效安全的新型抗菌肽,以现有抗菌肽数据库为基础,确定优化了新型抗菌肽的序列长度... 抗菌肽因其高效的抗菌活性和独特的抗菌机制,不仅可作为生物防腐剂预防食品加工贮藏中的微生物腐败,还有望缓解抗生素滥用引起的耐药性问题。为得到一种高效安全的新型抗菌肽,以现有抗菌肽数据库为基础,确定优化了新型抗菌肽的序列长度、电荷数、氨基酸组成,并结合生物信息学预测及分析工具,从头设计得到了序列为GKLLSKLLKKLLK的新型抗菌肽YHX-1;通过琼脂扩散法、最小抑菌浓度(MIC)、最小杀菌浓度及杀菌动力学曲线评价了其对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的抑菌活性,并进一步测定了YHX-1在盐离子、血浆和微酸性环境中的稳定性、二级结构、溶血活性及细胞毒性。结果表明:YHX-1对6株指示菌均有良好抑菌活性,其中对单增李斯特菌和鼠伤寒沙门氏菌的MIC为4μg/mL,在2 h内对单增李斯特菌的致死率为99.99%。YHX-1在盐离子(200 mmol/L Na^(+)、2 mmol/L Ca^(2+))和10%~25%血浆环境中均表现出一定的敏感性,MIC增至原来的2~8倍,而微酸性环境(pH值5.4~7.4)对YHX-1的MIC不会产生显著影响。圆二色光谱表明,YHX-1在细胞膜模拟环境中呈现典型的α-螺旋构象。溶血活性和细胞毒性实验表明,YHX-1具有较好的细胞选择性。YHX-1不仅抑菌谱广、抑菌活性明显,而且具有良好的安全性,有望作为新型抗菌剂应用于食品防腐保鲜,其从头设计策略旨在为新型抗菌肽的发掘提供参考。 展开更多
关键词 抗菌肽 从头设计 生物信息学 抗菌活性 安全性
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吲哚衍生物类VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的从头设计 被引量:5
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作者 康从民 赵绪浩 +1 位作者 于玉琪 吕英涛 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期550-554,共5页
以血管内皮生长因子受体-2(VEGFR-2)酪氨酸激酶的晶体结构为基础,采用从头药物设计方法,设计了一系列吲哚类化合物,并用类药性和分子对接进行了筛选,最后得到10个对接能量较低的化合物分子,对具有最低结合能的化合物与VEGFR-2酪氨酸激... 以血管内皮生长因子受体-2(VEGFR-2)酪氨酸激酶的晶体结构为基础,采用从头药物设计方法,设计了一系列吲哚类化合物,并用类药性和分子对接进行了筛选,最后得到10个对接能量较低的化合物分子,对具有最低结合能的化合物与VEGFR-2酪氨酸激酶的复合物进行了10 ns的分子动力学模拟,并对其结合模式进行了分析.这些化合物结构新颖,可能作为抗肿瘤的先导化合物或候选药物.本文结果为VEGFR-2酪氨酸激酶抑制剂的进一步改造、设计及合成提供了理论基础,并有助于开发高活性和高选择性的抗肿瘤药物. 展开更多
关键词 血管内皮生长因子受体-2 酪氨酸激酶抑制剂 从头药物设计 类药性 分子对接
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科学家首次从头设计合成抗癌蛋白药物
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《新疆农垦科技》 2019年第1期I0002-I0002,共1页
来自西雅图华盛顿大学和斯坦福大学的科学家首次实现从头设计合成一个蛋白抗癌药物,一种细胞因子IL - 2的类似物Neo - 2/15。Neo - 2/15与人类IL - 2只有14%的氨基酸序列相同,但却保留了IL - 2的大部分功能,只是去除了可能造成毒副作用... 来自西雅图华盛顿大学和斯坦福大学的科学家首次实现从头设计合成一个蛋白抗癌药物,一种细胞因子IL - 2的类似物Neo - 2/15。Neo - 2/15与人类IL - 2只有14%的氨基酸序列相同,但却保留了IL - 2的大部分功能,只是去除了可能造成毒副作用的结合CD25的能力。在结肠癌和黑色素瘤的小鼠模型中,Neo - 2/15强烈抑制肿瘤生长,甚至在一些小鼠中完全消灭了肿瘤,治疗效果比天然的IL - 2还要好。相关论文发表在《自然》杂志上。 展开更多
关键词 蛋白药物 从头设计 抗癌药物 科学家 合成 小鼠模型 肿瘤生长 斯坦福大学
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生物大分子从头合成和设计的研究进展 被引量:1
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作者 徐欣东 齐鹏翔 +2 位作者 蓝尉冰 陈玉颖 陈山 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第8期772-786,共15页
生物大分子指生物体内存在的DNA、蛋白质、多糖等物质,其对生物体正常生命活动至关重要.从头合成和设计技术在生物大分子的合成和结构设计上具有自由度高、前体简单等特点,能够按照特定研究目的对生物大分子进行全新设计和高效合成.近年... 生物大分子指生物体内存在的DNA、蛋白质、多糖等物质,其对生物体正常生命活动至关重要.从头合成和设计技术在生物大分子的合成和结构设计上具有自由度高、前体简单等特点,能够按照特定研究目的对生物大分子进行全新设计和高效合成.近年来,从头合成与设计技术在人造基因组合成、新型蛋白质类药物设计、糖缀合物合成等领域已开始受到重视.基于生物大分子从头合成和设计技术,可以定向制备全新设计的DNA或全新的基因表达产物,以及具有识别功能的糖链或糖缀合物,将大大推进诸如细胞因子模拟物、基因治疗递送载体等生物活性物质的开发,为人工生物系统的构建、罕见疾病的治疗等提供新的解决方法.本文就DNA、蛋白质和多糖的从头合成和设计进行了综述,阐述了相关方法及应用,最后概括分析了三者之间的关系. 展开更多
关键词 从头合成 从头设计 DNA 蛋白质 多糖 方法 应用
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乙型肝炎表面抗原片段三维结构的同源模建及其配体的设计 被引量:6
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作者 张媛 李泽生 +4 位作者 孙苗 肖景发 白玉白 李铁津 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第1期102-105,共4页
利用同源模建和分子动力学优化得到了一种乙肝表面抗原片段的三维结构 .通过对活性部位的分析 ,设计了与抗原片段相结合的配体 .讨论了 Trp1 63 ,Trp1 65和 Pro70对于紧密结合配体所起的重要作用 ,抗原片段与配体之间的氢键也决定了它... 利用同源模建和分子动力学优化得到了一种乙肝表面抗原片段的三维结构 .通过对活性部位的分析 ,设计了与抗原片段相结合的配体 .讨论了 Trp1 63 ,Trp1 65和 Pro70对于紧密结合配体所起的重要作用 ,抗原片段与配体之间的氢键也决定了它们结合的相对位置 .从复合物得到的结构信息将有助于揭示配体与乙肝抗原的作用机理 。 展开更多
关键词 同源模建 分子设计 配体从头设计 对接
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酶工程:从人工设计到人工智能 被引量:2
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作者 王雅丽 付友思 +4 位作者 陈俊宏 黄佳城 廖浪星 张永辉 方柏山 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第7期3590-3600,共11页
计算机在酶工程中的应用使得酶的序列空间探索度不断被扩大。随着不同分子力场参数的建立,涌现出诸多以计算分子能量为基础的算法,并被用于酶的催化活性、稳定性、底物特异性等的改造与筛选。伴随计算机硬件的提升与算法的优化,从头设... 计算机在酶工程中的应用使得酶的序列空间探索度不断被扩大。随着不同分子力场参数的建立,涌现出诸多以计算分子能量为基础的算法,并被用于酶的催化活性、稳定性、底物特异性等的改造与筛选。伴随计算机硬件的提升与算法的优化,从头设计全新功能的人工酶取得成功并得以发展。近年来,人工智能在蛋白质结构预测上不断获得突破,同时也被应用到酶的设计中。介绍了分子力场基础和酶设计与筛选的算法,重点阐述了从头设计的方法和成功案例,以及机器学习设计酶的流程和最新的研究进展,展望了人工智能在酶工程领域的未来发展,为酶的改造与全新功能的生物催化剂的设计助力。 展开更多
关键词 酶工程 从头设计 人工智能 机理 能量函数
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二级结构形成:蛋白质折叠起始过程的框架模型 被引量:8
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作者 胡红雨 杜雨苍 鲁子贤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1994年第6期508-513,共6页
框架模型认为二级结构形成是蛋白质起始过程的结构基础。文章介绍蛋白质同源片段的溶液构象及其构象研究法和多肽二级结构的从头设计,并综述这些研究成果应用于折叠起始过程的理论模型和蛋白质折叠起始过程的最新研究进展。
关键词 框架模型 二级结构 从头设计 折叠起始 蛋白
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合成生物学研究中的微生物启动子工程策略 被引量:12
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作者 于慧敏 郑煜堃 +2 位作者 杜岩 王苗苗 梁有向 《合成生物学》 CSCD 2021年第4期598-611,共14页
合成生物学研究对于我国绿色生物制造产业和可持续发展战略至关重要。启动子是合成生物学核心元件,是在转录水平上实现基因高效、精准表达调控的最关键因素之一。本文重点对原核微生物启动子工程研究的基本内容、研究进展及发展趋势进... 合成生物学研究对于我国绿色生物制造产业和可持续发展战略至关重要。启动子是合成生物学核心元件,是在转录水平上实现基因高效、精准表达调控的最关键因素之一。本文重点对原核微生物启动子工程研究的基本内容、研究进展及发展趋势进行了综述。首先概述了启动子序列基本特征及其受RNA聚合酶σ因子识别调控的一般规律;并以大肠杆菌乳糖操纵子为例简要介绍了诱导型启动子的负调控与正调控诱导机制。其次,分别从对靶基因自身内源启动子进行突变改造以及采用高效外源启动子进行替换改造这两个方面入手,阐述了启动子改造的常用策略。进一步对近年来公开报道的不同类型诱导型启动子进行了梳理,小结了代表性化学分子诱导剂以及物理信号诱导方式的种类及基本特征。简述了非模式和模式微生物组成型启动子的研究进展及研究侧重点。结合动态代谢调控技术及人工智能工具的突破性发展,提出具有动态调控功能的特殊启动子的发现与改造、全新性能启动子元件的人工智能设计与改造等将成为启动子工程研究的新方向与新前沿。最后分析了启动子工程领域存在的挑战性问题,展望了今后的研究重点,并结合合成生物学的发展,进一步强调了微生物启动子工程的重要作用。 展开更多
关键词 合成生物学 启动子工程 调控机制 改造策略 诱导信号 动态代谢调控 人工智能从头设计
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HIV-1 gp41蛋白与其抑制剂NB-2的结合模式
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作者 王存新 丛肖静 +2 位作者 孔韧 谭建军 陈慰祖 《北京工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1118-1123,共6页
为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些... 为了设计以HIV-1跨膜蛋白gp41为靶点的抑制剂,采用分子对接、分子动力学模拟及自由能计算方法研究了gp41与其抑制剂NB-2的结合模式,利用从头药物设计方法,通过改造NB-2的结构,设计了有效的gp41选择性抑制剂,并用分子对接方法评价了这些新化合物的结合模式和能力.从分子对接结果得到2种主要的NB-2与gp41的结合模式.分子动力学模拟和自由能计算结果表明,结合模式1优于模式2,所以模式1是比较合理的结合模式.从结合模式1出发设计了103个新的化合物,这些化合物具有已知gp41抑制剂所没有的结构特征且大部分化合物比NB-2与gp41的结合自由能低.得到的结合模式合理解释了NB-2与gp41的相互作用. 展开更多
关键词 HIV-1 GP41 抑制剂 结合模式 分子模拟 从头药物设计
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De novo Design of a Leu-Arg-rich Antimicrobial Peptide
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作者 MA Qing-quan SHAN An-shan DONG Na CAO Yan-ping 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第B12期20-23,共4页
Antimicrobial peptides may be regarded as a potential source of future antibiotics, and the modes of action have implicated the cationic and hydrophobic nature of their interaction with bacterial membranes. In the pre... Antimicrobial peptides may be regarded as a potential source of future antibiotics, and the modes of action have implicated the cationic and hydrophobic nature of their interaction with bacterial membranes. In the present study, a 16-residue peptide (LGR16) was developed with the aim of examining the feasibility of designing an antimicrobial peptide by segregating hydrophobic residues in the nonpolar side and positively charged residues in the polar side, based on the helical wheel projections. Antimicrobial activity, hemolytic activity, cytotoxicity against mammalian cells and bactericidal kinetics were investigated to fully evaluate the biological function of the peptide. The results showed that the peptide LGR16 had strong antimicrobial activity, and its MICs against Gram-negative and Gram-positive bacteria were 8 and 4 μg/mL, respectively. LGR16 also exhibited rapid bactericidal action and had totally eradicated the bacteria at 10 min. LGR16 showed only weak hemolysis against chicken red blood cells and cytotoxicity aginst Vero cells at its MICs, and the concentration that caused 50% hemolysis exceeded its MICs 8-fold. Overall, antimicrobial peptides can be designed by assembling hydrophobic residues in the hydrophobic side and basic residues in the opposite side. The peptide LGR16 may be developed as a prospective candidate for an antimicrobial drug. 展开更多
关键词 从头设计 抗菌肽 亮氨酸 精氨酸 溶血活性 哺乳动物细胞 革兰氏阳性菌 革兰氏阴性菌
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