基因芯片技术在食管鳞癌转移相关基因表达谱筛选中的应用 被引量：1

1

作者 宋宝 高雪芹 +2 位作者 朱波 黄海燕 韩金祥 《山东医药》 CAS 北大核心 2005年第14期4-6,共3页

目的研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3.... 目的研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3.0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果共筛查出差异表达基因58条,其中表达上调基因36条、下调基因22条,包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论基因芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱可为明确食管鳞癌转移机制提供重要参考。 展开更多

关键词 相关基因表达谱 癌转移 基因芯片技术 差异表达基因 基质金属蛋白酶 筛选 食管鳞癌组织 CDNA探针 CDNA芯片 免疫相关基因 转移机制 肿瘤转移 基因克隆 食管组织 上调基因 下调基因 抑癌基因 黏附分子 信号转导 细胞代谢

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转录组测序技术识别腹膜后脂肪肉瘤预后相关基因

2

作者 叶长春 迟苗苗 +3 位作者 胡延昇 李鸽 孙学军 孙祺 《中国现代普通外科进展》 CAS 2024年第4期292-297,共6页

目的:通过转录组测序技术(RNA-Seq)比较腹膜后脂肪肉瘤(RPL)组织与正常脂肪组织基因表达谱的差异,识别预后相关的关键基因并探究其潜在机制。方法:收集RPL患者肿瘤组织与瘤旁正常脂肪组织进行RNA-Seq并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分... 目的:通过转录组测序技术(RNA-Seq)比较腹膜后脂肪肉瘤(RPL)组织与正常脂肪组织基因表达谱的差异,识别预后相关的关键基因并探究其潜在机制。方法:收集RPL患者肿瘤组织与瘤旁正常脂肪组织进行RNA-Seq并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析;基于TCGA数据库筛选预后相关的高风险基因并使用Kaplan-Meier曲线和受试者操作特征(ROC)曲线进行验证。结果:与正常脂肪组织相比,RPL组织中同时上调的基因共279个,主要富集在免疫反应过程和PPAR信号通路;结合TCGA数据集共鉴别出稳定的预后高风险基因7个,高风险组患者总生存率显著低于低风险组(P<0.05)。结论:KCNQ5、RBPJ等基因可能与RPL患者的不良预后相关,解析这些基因在RPL中的作用及机制有望为RPL患者诊疗策略的制定提供有力证据。 展开更多

关键词 腹膜后肿瘤 转录组测序技术 差异表达基因 预后

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基于转录组测序技术初步筛选内蒙古特禀体质人群的差异表达基因 被引量：1

3

作者 薛滋平 康陆佼 张亚军 《中国医药导报》 CAS 2018年第35期8-11,16,182,183,共7页

目的运用转录组测序技术研究内蒙古地区特禀体质与平和体质人群差异基因的表达,以期从分子水平探讨中医特禀体质的成因、特征及相关过敏性疾病的发生机制。方法对2015年9月～2016年9月内蒙古医科大学第一附属医院、通辽市医院以及巴彦... 目的运用转录组测序技术研究内蒙古地区特禀体质与平和体质人群差异基因的表达,以期从分子水平探讨中医特禀体质的成因、特征及相关过敏性疾病的发生机制。方法对2015年9月～2016年9月内蒙古医科大学第一附属医院、通辽市医院以及巴彦淖尔市医院体检中心的受检者进行流行病学调查,筛选祖辈三代均生活在内蒙古地区的特禀体质和平和体质人群为研究对象,各取10例受试者外周血进行转录组测序,对所得高表达基因进行qPCR验证来反映部分差异表达基因及其相关通路与特禀体质的相关性。结果与平和体质比较,特禀体质的所有下调基因中,HLA-DRB1、HLA-DRB5和HLA-DQA2均富集在哮喘通路上;Toll样受体2(TLR2)差异表达基因富集在与特禀体质关系密切的TLR信号通路上。qPCR验证发现特禀体质CPNE3基因相对表达量明显高于平和体质,差异有统计学意义(P <0.05)。结论 HLAⅡ类基因与特禀体质密切相关且在特禀体质中差异表达;基因TLR2参与的TLR信号通路体现了过敏性疾病的信号传导机制可能与特禀体质密切相关;CPNE3基因表达在特禀体质和平和体质中存在差异,提示两种体质间基因表达可能存在一定差异,但仍需进一步研究。 展开更多

关键词 转录组测序技术 特禀体质 表达基因

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转录组断层技术可对脑部疾病的基因表达进行三维成像

4

《生物医学工程与临床》 CAS 2013年第2期186-186,共1页

据Okamuta—Oho Y2013年1月12日[PLoS One，2012，7（9）：e45373]报道，日本一个研究小组开发出了一种新型技术，可以对大脑结构中的基因表达样式进行三维成像，这种技术俗称为转录组断层技术，其结合了组织切片的微阵列技术，可以对... 据Okamuta—Oho Y2013年1月12日[PLoS One，2012，7（9）：e45373]报道，日本一个研究小组开发出了一种新型技术，可以对大脑结构中的基因表达样式进行三维成像，这种技术俗称为转录组断层技术，其结合了组织切片的微阵列技术，可以对脑部基因表达的密度和位置进行精确图谱成像，相比当前的绘图成像技术，这种新型技术具有较高的分辨率。 展开更多

关键词 三维成像 基因表达 脑部疾病 断层技术 转录组 微阵列技术 大脑结构 组织切片

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恩诺沙星对大肠杆菌全基因组表达谱的影响 被引量：7

5

作者 白华 齐静 +3 位作者 朱小玲 王庆艳 杜加法 刘玉庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1537-1544,共8页

为探索恩诺沙星(Enrofloxacin)压力下大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)生理状态的变化,从而为进一步研究细菌对药物压力的应答机制提供参考,作者将E.coli接种于加入恩诺沙星(浓度为1/2 MIC)的液体LB中,绘制生长曲线,分别以光镜和电镜... 为探索恩诺沙星(Enrofloxacin)压力下大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)生理状态的变化,从而为进一步研究细菌对药物压力的应答机制提供参考,作者将E.coli接种于加入恩诺沙星(浓度为1/2 MIC)的液体LB中,绘制生长曲线,分别以光镜和电镜进行形态学观察,取5 h培养菌,进行表达谱差异分析。结果显示,加入恩诺沙星后细菌生长速度明显降低(P<0.01),菌体形态呈长丝状,基因芯片检测发现519个差异点,其中239个上调,而280个下调,表达变化3倍以上的基因66个,其中34个上调,32个下调,主要涉及SOS应答、细胞分裂、压力应答、物质合成、新陈代谢、转录调控等生物学功能。上述结果表明,在恩诺沙星压力下,细菌启动SOS应答,细胞分裂被抑制,细菌生理机制发生了复杂的变化。 展开更多

关键词 恩诺沙星 表达谱基因芯片 大肠杆菌 细菌形态 转录分析

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雌蕊缺失茶树花3个发育期的数字基因表达谱分析 被引量：5

6

作者 李梅 陈林波 +4 位作者 田易萍 夏丽飞 宋维希 梁名志 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-107,共11页

以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因... 以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因和ABCDE类识别基因的A类、C类和E类可能与茶树花的雌蕊缺失和雄蕊发育密切相关,并且基因调控过程较复杂;WUS基因中WUS2和WUS8下调可能调控了C类和E类基因,从而导致雌蕊的缺失;KNOX家族中,未检测到KNOXⅡ的同源基因,KNOX I类同源基因下调表达和缺失可能减弱了茶树花雌蕊心皮的启动和雌蕊边缘组织的生长。可以看出,本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解了雌蕊缺失茶树花发育前后的网络途径,为后期对茶树花雌蕊缺失和雄蕊发育的研究,探明茶树花不育和性别决定基因的分子机制提供理论依据。 展开更多

关键词 茶树花 雌蕊缺失 数字基因表达谱 转录组 花器官调控

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伯氏螺旋体在小鼠宿主中的关节特异性转录谱(英文) 被引量：6

7

作者 宝福凯 Erol Fikerig 《科技通报》 2008年第6期832-838,846,共8页

目的建立伯氏疏螺旋体感染的小鼠模型,研究伯氏疏螺旋体在小鼠关节组织中的关节特异性基因表达谱。方法首先,建立伯氏疏螺旋体感染小鼠模型,在不同时间点处死小鼠,收集小鼠关节、心脏、皮肤和膀胱组织,从四种组织中分别提取总RNA;随后,... 目的建立伯氏疏螺旋体感染的小鼠模型,研究伯氏疏螺旋体在小鼠关节组织中的关节特异性基因表达谱。方法首先,建立伯氏疏螺旋体感染小鼠模型,在不同时间点处死小鼠,收集小鼠关节、心脏、皮肤和膀胱组织,从四种组织中分别提取总RNA;随后,用DECAL技术和微阵列技术分析不同时间点伯氏疏螺旋体在四种组织中的转录组;最后,将伯氏疏螺旋体在关节中的转录组依次与其他三种组织中的转录组进行比较,找出仅在关节中表达的伯氏疏螺旋体基因,从而获得伯氏疏螺旋体不同时间点的关节特异性基因表达谱。结果与其他组织相比,在感染后第15天,伯氏疏螺旋体在小鼠关节组织特异地表达21个基因,其中13个基因位于伯氏疏螺旋体染色体上,8个基因位于质粒上;在感染后的第105天,伯氏疏螺旋体在小鼠关节组织特异地表达24个基因,其中13个基因位于伯氏疏螺旋体染色体上,11个基因位于质粒上。结论伯氏疏螺旋体在小鼠关节组织中存在独特的基因表达谱,这些在关节中特异表达的基因可能与莱姆关节炎的发生、发展有关。 展开更多

关键词 伯氏疏螺旋体 莱姆病 DECAL技术 微阵列 基因 转录组 表达谱

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生物芯片技术的原理

8

作者 韩金祥 《山东医药》 CAS 北大核心 2005年第26期69-71,共3页

生物芯片(biochip)技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值及明显的产业化前景。该技术可将大量探针同时固定于支持物上,... 生物芯片(biochip)技术是90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一,是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术,具有重大的基础研究价值及明显的产业化前景。该技术可将大量探针同时固定于支持物上,一次可以对大量的生物分子进行检测分析,从而弥补传统核酸印迹杂交(SouthernBlotting和NorthernBlot-ting等)技术复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、低通量等不足。而且,通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种应用价值,如基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序(SBH)等,为“后基因组计划”时期基因功能的研究及现代医学科学及医学诊断学的发展提供强有力的工具,有助于在新基因的发现、基因诊断、药物筛选、给药个性化等方面取得重大突破,为整个人类社会带来深刻广泛的变革。 展开更多

关键词 生物芯片技术 BLOTTING NORTHERN 原理 核酸印迹杂交 检测分析 计算机科学 自动化程度 基因表达谱

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儿童白血病基因表达谱研究进展

9

作者 郑胡镛 《中国小儿血液与肿瘤杂志》 CAS 2010年第6期245-247,共3页

关键词 基因表达谱 儿童白血病 人类基因组计划 生长发育阶段 基因芯片技术 生物功能 核苷酸测序 基因信息

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双孢蘑菇转录组测序及褐变相关基因的挖掘 被引量：13

10

作者 彭博 李炳娟 +1 位作者 关文强 林琼 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期126-132,共7页

为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异... 为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),贮藏第14天和第1天相比筛选出1 524个DEGs;Gene Ontology(GO)功能富集和Pathway富集分析将这些差异表达基因归类于180个代谢途径;从已获得的差异表达基因中筛选得到PPO1、PPO3、PPO5、LAC1和LAC4五个多酚氧化酶相关基因。研究结果为双孢蘑菇功能相关基因挖掘和品质改良提供理论数据支撑。 展开更多

关键词 双孢蘑菇 褐变 转录组测序技术 差异表达基因 多酚氧化酶

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基于转录组测序挖掘奶牛乳脂代谢关键候选基因 被引量：3

11

作者 王川川 母童 +3 位作者 冯小芳 禹保军 张娟 顾亚玲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期3421-3433,共13页

旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用IlluminaPE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛(高、低乳脂组各4头)的BMECs进行转录组测序,... 旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞(BMECs)转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用IlluminaPE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛(高、低乳脂组各4头)的BMECs进行转录组测序,以P<0.05和|log_(2)FoldChange|≥1.5为阈值筛选差异表达基因,并利用KOBAS在线网址进行功能富集分析,最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析测序结果的准确性及乳脂代谢相关差异表达基因的组织表达谱。结果表明,在高、低乳脂组之间共发现578个差异表达基因,包括332个上调差异表达基因,246个下调差异表达基因。功能富集分析共确定了包含生物学过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)的366个显著富集的GO条目(P<0.05),其中与脂代谢密切相关的GO条目有长链脂肪酸的运输、脂肪细胞分化的正向调节、乳腺肺泡发育、花生四烯酸的结合等。差异表达基因显著富集到47条KEGG通路(P<0.05),参与脂代谢的通路有15条,分别为脂肪细胞内脂解的调节、磷脂酶D信号通路、河马信号通路等,其中ID2、PRKKA2、FABP4和ADCY5为可能调控乳脂代谢的关键候选基因。组织表达谱分析发现,FABP4在乳腺组织中的表达水平相对最高,ID2、PRKKA2和ADCY5相对于其它组织在乳腺中的表达也均处于较高水平。本研究筛选得到了4个影响奶牛乳脂代谢的重要候选基因,为今后奶牛乳脂代谢的分子调控机制研究提供了重要的理论依据。 展开更多

关键词 荷斯坦奶牛 转录组 差异表达基因 乳脂 组织表达谱

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单细胞转录组数据分析与发育生物学研究进展 被引量：5

12

作者 李品 贺宁 +1 位作者 李艳明 方向东 《发育医学电子杂志》 2017年第1期28-34,共7页

细胞的发育是一个动态过程,染色质状态的变化、DNA表达等分子层面的调控支撑着细胞形态的变化和功能的完善。转录组测序技术（RNAsequencing method,RNA-seq）是研究细胞发育的重要手段之一,能够获得细胞发育不同阶段全基因组的表达信息... 细胞的发育是一个动态过程,染色质状态的变化、DNA表达等分子层面的调控支撑着细胞形态的变化和功能的完善。转录组测序技术（RNAsequencing method,RNA-seq）是研究细胞发育的重要手段之一,能够获得细胞发育不同阶段全基因组的表达信息;但其结果只是细胞群基因表达量变化的均值,忽略了细胞的异质性。 展开更多

关键词 发育生物学 单细胞 转录组 细胞发育 DNA表达 细胞形态 测序技术 全基因组

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PM_(2.5)处理后的小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞基因表达谱变化及其功能与信号通路分析 被引量：1

13

作者 吴秋秋 刘兆宇 +4 位作者 李本 殷威达 杨志凯 陈纪涛 刘季芳 《山东医药》 CAS 2022年第5期11-15,共5页

目的应用转录组测序技术分析PM_(2.5)处理后小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞的基因表达谱变化及其功能与信号通路。方法小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞MLE-12分为对照组(无处理)和PM_(2.5)组(100μg/mL PM_(2.5)处理),分别处理24 h后提取两组细胞RNA进行转... 目的应用转录组测序技术分析PM_(2.5)处理后小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞的基因表达谱变化及其功能与信号通路。方法小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞MLE-12分为对照组(无处理)和PM_(2.5)组(100μg/mL PM_(2.5)处理),分别处理24 h后提取两组细胞RNA进行转录组测序。所得序列经质控后,利用差异分析软件edgeR筛选出差异表达基因,使用clusterProfile软件进行差异表达基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析。选择KEGG富集分析中化学致癌通路的10个较感兴趣的差异表达基因,采用q-PCR法检测其mRNA表达,分别计算各差异表达基因通过q-PCR法、转录组测序得到的PM_(2.5)组/对照组比值,对比q-PCR法测出的基因表达变化是否与转录组测序测出的基因表达变化一致,以验证测序的准确性。结果共筛选到1151个差异表达基因,其中下调基因688个,上调基因483个。GO功能与KEGG信号通路富集分析结果显示,差异基因主要富集在胆固醇代谢、调节趋化作用、细胞黏附、谷胱甘肽转移酶活性等功能及化学致癌性、细胞外基质—受体交互、类固醇生物合成、谷胱甘肽代谢等通路上。选择Gstt1、Gsta1、Gstm1、Gstm7、Gsta3、Gstp2、Ptgs2、Gsta4、Aldh3b1、Aldh3b2进行差异表达基因验证,其中Gsta1、Gsta3、Gsta4、Gstm1、Gstm7、Gstt1、Gstp2属于谷胱甘肽S-转移酶(GST)家族;q-PCR法检测结果与转录组测序结果均显示,Gsta1、Gsta3、Ptgs2、Gsta4、Aldh3b1、Aldh3b2表达上调,Gstt1、Gstm1、Gstm7、Gstp2表达下调,q-PCR法测得各基因表达变化均与转录组测序的趋势一致(P均<0.05)。结论PM_(2.5)可导致MLE-12细胞基因表达谱发生变化,差异基因主要富集在胆固醇代谢、谷胱甘肽转移酶活性等功能及化学致癌性、谷胱甘肽代谢等信号通路,PM_(2.5)导致细胞毒性的机制可能为通过减弱GST的解毒功能而影响化学致癌通路。 展开更多

关键词 PM_(2.5) 转录组测序 小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞 基因表达谱 信号通路 生物信息学

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基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制 被引量：3

14

作者 伦永志 孙杰 +3 位作者 魏玲 刘奔 董雯 潘凌鸿 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-212,共11页

目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA... 目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。 展开更多

关键词 Hespintor 晚期肝细胞癌 转录物组测序技术 长链非编码RNA 差异表达基因集

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基因芯片技术在乳腺癌病理研究中的应用

15

作者 顾锦红 陈阳 张帆 《河南医学研究》 CAS 2010年第4期501-503,507,共4页

关键词 基因芯片技术 乳腺组织 癌病理 分子病理诊断 基因表达谱 应用 肿瘤异质性 核酸杂交

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表达基因分析方法 被引量：4

16

作者 许杨 阮琼芳 李燕萍 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期122-126,共5页

了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术... 了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段,不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要的信息。表达基因分析方法不断完善,包括抑制消减杂交技术,基因表达序列分析,基因表达谱芯片,电子克隆等。作者主要介绍了这些技术的原理、方法、特点及其应用情况。 展开更多

关键词 表达基因 抑制消减杂交技术 基因表达序列分析 基因表达谱芯片 电子克隆

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毫米波对人角质形成细胞基因表达的影响 被引量：2

17

作者 陈苘 鲁德强 +1 位作者 姜槐 许正平 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 2008年第1期23-28,共6页

目的:研究低强度毫米波对人角质形成细胞(HaCaT)基因表达的影响。方法:采用30.16 GHz、强度为1.0和3.5 mW/cm2的毫米波分别每天连续辐照HaCaT细胞30 min。细胞经不同次数辐照后,用基因芯片技术筛选毫米波反应基因,并以RT-PCR验证基因芯... 目的:研究低强度毫米波对人角质形成细胞(HaCaT)基因表达的影响。方法:采用30.16 GHz、强度为1.0和3.5 mW/cm2的毫米波分别每天连续辐照HaCaT细胞30 min。细胞经不同次数辐照后,用基因芯片技术筛选毫米波反应基因,并以RT-PCR验证基因芯片筛选得到的结果。结果:经基因芯片筛选和RT-PCR证实,30.16 GHz、3.5 mW/cm2的毫米波辐照4次后,人角质形成细胞PAR-2、ERGIC-53基因表达明显上调(相对值分别为1.72±0.11 vs 1.24±0.09、1.52±0.21 vs 0.86±0.09,P均<0.01),而经1次毫米波辐照的细胞,均未见上述基因表达上调;30.16GHz、1.0 mW/cm2的毫米波辐照4次后,ERGIC-53基因表达亦明显上调(相对值为1.49±0.19 vs0.84±0.09,P<0.01),而PAR-2基因表达未见明显改变。结论:毫米波辐照影响基因的表达,基因表达的改变与辐照功率密度的大小和次数有关。 展开更多

关键词 微波 辐射 角蛋白细胞 基因表达 逆转录聚合酶链反应 芯片分析技术

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hTERT基因沉默对HeLa细胞癌症相关基因转录的影响 被引量：3

18

作者 王建 任常山 《山东医药》 CAS 北大核心 2008年第9期84-85,共2页

采用RT-PCR、Western blot检测筛选出干扰效果好的两对siRNA,转染HeLa细胞,提取总RNA,逆转录为cDNA,荧光标记后与癌症基因芯片杂交,以两对干扰序列的实验结果相一致的标准来确定差异表达基因。本研究成功筛选出干扰效果良好的两条序列... 采用RT-PCR、Western blot检测筛选出干扰效果好的两对siRNA,转染HeLa细胞,提取总RNA,逆转录为cDNA,荧光标记后与癌症基因芯片杂交,以两对干扰序列的实验结果相一致的标准来确定差异表达基因。本研究成功筛选出干扰效果良好的两条序列。芯片经扫描后分析杂交结果,EGFR、VEGF、bcl-2三个基因表达下调,TRAIL基因表达上调。认为端粒酶逆转录酶除了具有延长端粒功能外,还参与调控若干与细胞增殖、凋亡相关的基因表达。 展开更多

关键词 端粒酶逆转录酶 RNA干扰 基因芯片 基因表达谱

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菠萝洁粉蚧响应杀扑磷基因差异表达分析 被引量：1

19

作者 何衍彪 吴婧波 赵艳龙 《热带农业科学》 2020年第9期57-63,共7页

为了研究菠萝洁粉蚧对有机磷杀虫剂在分子水平上的应激反应,采用RNA-seq高通量测序的方法分别对清水处理和杀扑磷药液处理的菠萝洁粉蚧的转录组进行了测序,组装后获得52806个Unigenes,其中15890个Unigene在Nr、SwissProt、KOG和KO四个... 为了研究菠萝洁粉蚧对有机磷杀虫剂在分子水平上的应激反应,采用RNA-seq高通量测序的方法分别对清水处理和杀扑磷药液处理的菠萝洁粉蚧的转录组进行了测序,组装后获得52806个Unigenes,其中15890个Unigene在Nr、SwissProt、KOG和KO四个数据库中有注释。与清水处理的对照组相比,杀扑磷药液处理组中共发现8389个差异表达基因,其中表达量上调的有3068个,下调的有5321个。乙酰胆碱酯酶(AchE)、细胞色素P450酶系(P450s)、羧酸酯酶(CarEs)、谷胱甘肽S-转移酶(GSTs)等相关抗逆、解毒基因表达量以下调为主,这可能与以致死中浓度(LC50)杀扑磷药液浸泡30 s的处理方式有关,即杀扑磷对菠萝洁粉蚧处理剂量相对较高。参与分子功能的基因大多体现在结合和催化活性方面,在脂肪酸代谢、淀粉与蔗糖的代谢、溶酶体、甘油酯代谢、神经活性配体受体相互作用和类固醇生物合成等代谢通路显著富集。 展开更多

关键词 菠萝洁粉蚧 杀扑磷 转录组测序技术 差异表达基因

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三角帆蚌细胞周期蛋白基因筛选及其表达分析 被引量：3

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作者 冯上乐 李雪男 +3 位作者 陈一格 刘瑞琦 白志毅 李文娟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第11期2041-2050,共10页

细胞周期蛋白(cyclin)对细胞生长繁殖起到关键的调节作用。该研究采用高通量测序技术,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)转录组文库,进行了cyclins基因筛选与生物信息分析,通过qRT-PCR技术,探讨其在不同组织(闭壳肌、内脏团、外套膜... 细胞周期蛋白(cyclin)对细胞生长繁殖起到关键的调节作用。该研究采用高通量测序技术,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)转录组文库,进行了cyclins基因筛选与生物信息分析,通过qRT-PCR技术,探讨其在不同组织(闭壳肌、内脏团、外套膜、斧足、心脏、血液、鳃、性腺)与性别中的表达特征。转录组测序共得到257457条unigene(N50为1796 bp),注释率为86.7%;通过分析,cyclin A、cyclin D2、cyclin E被筛选出,且cyclin A、cyclin D2与cyclin E蛋白的氨基酸序列均与美洲牡蛎(Crassostrea virginica)、太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)具有较高相似性。实时荧光定量分析结果表明,cyclin A、cyclin D2、cyclin E在三角帆蚌各组织中均有表达,且存在显著的组织差异:cyclin A、cyclin E基因在性腺中表达量显著高于其他组织(P<0.05),在斧足中表达量最低;cyclin D2基因在鳃中表达量最高(P<0.05),在血液中表达量最低。在同一组织的不同性别之间:cyclin A基因在性腺、闭壳肌、心脏、血液中表达存在显著性别差异(P<0.05);cyclin D2在外套膜、心脏、性腺中的表达具有显著(P<0.05)的性别差异;cyclin E在性腺、斧足、鳃、心脏中的表达具有显著(P<0.05)的性别差异;cyclin A、cyclin E基因在雌性心脏和性腺中表达量显著(P<0.05)高于雄性,而cyclin D2反之(P<0.05),cyclin D2基因在雌性外套膜表达量显著高于雄性(P<0.05),暗示cyclin A、cyclin E与性腺发育关系密切,cyclin D2可能与鳃损伤修复有关。本研究初步探究了三角帆蚌cyclin A、cyclin D2、cyclin E基因的功能,为建立三角帆蚌细胞系提供了分子基础。 展开更多

关键词 转录组 三角帆蚌 细胞周期蛋白 组织表达谱

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