基于GM(2,1)的亚细胞定位预测 被引量：4

1

作者 林卫中 肖绚 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期225-226,229,共3页

对于蛋白质氨基酸序列,使用GM(2,1)模型的参数作为伪氨基酸成分,加上各氨基酸在序列中所占比例,构成蛋白质的灰色伪氨基酸成分表示。利用扩大协方差算法预测亚细胞定位,开发基于该方法的亚细胞定位预测服务器。在相同的数据集上,对比实... 对于蛋白质氨基酸序列,使用GM(2,1)模型的参数作为伪氨基酸成分,加上各氨基酸在序列中所占比例,构成蛋白质的灰色伪氨基酸成分表示。利用扩大协方差算法预测亚细胞定位,开发基于该方法的亚细胞定位预测服务器。在相同的数据集上,对比实验结果显示,该预测服务器在总体预测率上达到77.6%,比其他预测方法优越。相关的研究拓展了灰色理论在生物信息学上的应用。 展开更多

关键词 亚细胞定位 灰色模型GM(2 1) 灰色伪氨基酸成分 亚细胞定位预测服务器

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基于茶蛋白质组学数据分析植物亚细胞定位预测软件的应用 被引量：4

2

作者 刘艳丽 周媛 +3 位作者 曹丹 马林龙 龚自明 金孝芳 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期671-677,共7页

以500个茶(Camellia sinensis(L.)O.Ktze.)叶片的蛋白质作为数据集,比较TargetP、WoLF PSORT、LocTree和Plant-mPLoc 4种软件预测亚细胞定位的可信度和灵敏度。结果显示,4种软件预测可信度均高于80%,依次排序为TargetP>LocTree>Wo... 以500个茶(Camellia sinensis(L.)O.Ktze.)叶片的蛋白质作为数据集,比较TargetP、WoLF PSORT、LocTree和Plant-mPLoc 4种软件预测亚细胞定位的可信度和灵敏度。结果显示,4种软件预测可信度均高于80%,依次排序为TargetP>LocTree>WoLF PSORT>Plant-mPLoc。其中,LocTree对细胞质蛋白和分泌蛋白检测灵敏度最高,但对叶绿体蛋白灵敏度最低;Plant-mPLoc检测核蛋白最灵敏,但对细胞质蛋白最不敏感;TargetP检测叶绿体蛋白最灵敏,但仅能区分3个亚细胞器官;WoLF PSORT对分泌蛋白检测灵敏度最低,但对其他蛋白均较灵敏。基于上述结果,该研究针对4种软件提出了合理的使用建议。 展开更多

关键词 茶 蛋白质 亚细胞定位 预测

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词袋模型在蛋白质亚细胞定位预测中的应用 被引量：5

3

作者 赵南 张梁 +2 位作者 薛卫 王雄飞 任守纲 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期296-301,共6页

运用词袋模型结合传统的蛋白质特征提取算法提取蛋白质序列特征,采用K-means算法构建字典,计算获得蛋白质序列的词袋特征,最终将提取的特征值送入SVM多类分类器,对数据集中蛋白质的亚细胞位置进行预测,在一定程度上提高了亚细胞定位预... 运用词袋模型结合传统的蛋白质特征提取算法提取蛋白质序列特征,采用K-means算法构建字典,计算获得蛋白质序列的词袋特征,最终将提取的特征值送入SVM多类分类器,对数据集中蛋白质的亚细胞位置进行预测,在一定程度上提高了亚细胞定位预测的准确率。 展开更多

关键词 词袋模型 K-MEANS 支持向量机 亚细胞定位预测

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蛋白质亚细胞定位预测研究综述 被引量：6

4

作者 乔善平 闫宝强 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2014年第2期321-327,共7页

蛋白质亚细胞定位预测对于确定蛋白质功能、揭示分子交互机理、理解复杂生理过程和设计药物靶标等方面都有很大的促进作用。随着后基因组时代中蛋白质序列数据的指数增长,研究基于机器学习的计算性蛋白质亚细胞定位预测方法变得越来越... 蛋白质亚细胞定位预测对于确定蛋白质功能、揭示分子交互机理、理解复杂生理过程和设计药物靶标等方面都有很大的促进作用。随着后基因组时代中蛋白质序列数据的指数增长,研究基于机器学习的计算性蛋白质亚细胞定位预测方法变得越来越重要。为了能够把握该问题的研究状况,从数据集构建、蛋白质特征提取与表示、预测算法设计、算法测试和Web服务的建立等五个方面对蛋白质亚细胞定位预测的研究进行了综述。指出了目前该研究领域需要解决的核心问题及难点问题,分析了当前研究中出现的一些新情况,并对将来的研究方向和研究重点进行了展望。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位预测 特征表示 算法设计 算法测试 WEB服务器

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基于三层集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测 被引量：1

5

作者 乔善平 闫宝强 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2016年第8期2150-2156,共7页

针对多标记学习和集成学习在解决蛋白质多亚细胞定位预测问题上应用还不成熟的状况,研究基于集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测方法。首先,从多标记学习和集成学习相结合的角度提出了一种三层的集成多标记学习系统框架结构,该框... 针对多标记学习和集成学习在解决蛋白质多亚细胞定位预测问题上应用还不成熟的状况,研究基于集成多标记学习的蛋白质多亚细胞定位预测方法。首先,从多标记学习和集成学习相结合的角度提出了一种三层的集成多标记学习系统框架结构,该框架将学习算法和分类器进行了层次性分类,并把二分类学习、多分类学习、多标记学习和集成学习进行有效整合,形成一个通用型的三层集成多标记学习模型;其次,基于面向对象技术和统一建模语言(UML)对系统模型进行了设计,使系统具备良好的可扩展性,通过扩展手段增强系统的功能和提高系统的性能;最后,使用Java编程技术对模型进行扩展,实现了一个学习系统软件,并成功应用于蛋白质多亚细胞定位预测问题上。通过在革兰氏阳性细菌数据集上进行测试,验证了系统功能的可操作性和较好的预测性能,该系统可以作为解决蛋白质多亚细胞定位预测问题的一个有效工具。 展开更多

关键词 蛋白质多亚细胞定位预测 多标记学习 集成学习 面向对象技术 JAVA

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非洲猪瘟病毒MGF 360-9L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位 被引量：8

6

作者 申超超 李国丽 +7 位作者 张大俊 徐国伟 侯景 李丹 党文 张克山 郑海学 刘湘涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1371-1381,共11页

前期研究结果表明,非洲猪瘟病毒(ASFV)MGF 360-9L能显著抑制宿主天然免疫应答,故通过比较、分析ASFV中MGF 360基因序列,进一步研究MGF 360-9L基因结构和功能间的关系。本研究采用生物信息学方法,分析该基因的一级结构并预测该基因的表... 前期研究结果表明,非洲猪瘟病毒(ASFV)MGF 360-9L能显著抑制宿主天然免疫应答,故通过比较、分析ASFV中MGF 360基因序列,进一步研究MGF 360-9L基因结构和功能间的关系。本研究采用生物信息学方法,分析该基因的一级结构并预测该基因的表达蛋白二、三级结构;根据GenBank公布的Georgia 2007/1(FR682468.1)序列,合成MGF 360-9L基因并构建其重组真核表达质粒,Western blot验证该基因表达后,将重组质粒转染至PK-15细胞,经染色后观察其蛋白的亚细胞定位。结果表明,以Ⅱ型Georgia 2007/1基因组中MGF 360-9L基因为参照,其在Ⅱ型ASFV毒株中高度保守,在54株不同基因型毒株间的相似性与ASFV系统进化关系一致,保守序列为3′末端378 bp片段,高级结构以α螺旋为主,核定位序列预测其定位于细胞核内;构建真核表达质粒,成功表达目的蛋白且定位于细胞核内。本研究结果为进一步研究MGF 360-9L基因抑制免疫应答和明确MGF 360基因家族在ASFV的致病机制积累了资料。 展开更多

关键词 非洲猪瘟病毒 MGF 360-9L基因 序列分析 结构预测 亚细胞定位

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非洲猪瘟病毒解旋酶D1133L基因序列分析、蛋白结构预测及亚细胞定位 被引量：10

7

作者 侯景 申超超 +10 位作者 张大俊 杨博 史喜绢 张婷 崔卉梅 袁兴国 赵登率 陈学辉 张克山 郑海学 刘湘涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1953-1962,共10页

旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系。作者使用Mega6.0软件绘制了7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL... 旨在通过预测分析和亚细胞定位研究非洲猪瘟病毒(ASFV)D1133L基因结构、亚细胞定位与功能间的关系。作者使用Mega6.0软件绘制了7株不同基因型的D1133L解旋酶和ASFV编码的其他5个解旋酶基因的系统进化树,使用EXPASY、PRABI和SWISS-MODEL软件预测了该基因所编码蛋白序列的二、三级结构;根据GenBank公布的ASFV序列(LR743116.1),合成D1133L基因并构建其重组真核表达质粒pCMV-D1133L,蛋白免疫印迹(Western blot,WB)验证该基因表达后,将重组质粒转染至PK-15细胞,应用间接免疫荧光试验(indirect immunofluorescence assay,IFA)研究了该蛋白的亚细胞定位。结果表明,通过ASFV解旋酶的基因系统进化树,发现5种解旋酶基因均相对保守。D1133L基因全长3402 bp,表达的蛋白为124.63 ku,G+C含量为6.1%,A+T含量为10.6%;二级结构分析表明α螺旋占48.90%,扩展链占13.50%,无规卷曲为33.27%;三级结构分析表明六自由度结构(six degree of freedom,QMQE)为0.20,覆盖率84%,且预测以α螺旋为主的高级结构;通过LOCSVMPSI分析预测,显示D1133L蛋白定位于细胞核内与细胞质内的概率是相同的。WB结果显示pCMV-D1133L质粒正常表达,IFA试验证明ASFV编码的解旋酶D1133L同时分布于细胞核和细胞质。本研究通过对D1133L基因序列、结构功能预测,并通过IFA验证了D1133L亚细胞分布,为进一步揭示D1133L基因功能奠定了一定基础。 展开更多

关键词 非洲猪瘟病毒 解旋酶 D1133L基因 序列分析 结构预测 亚细胞定位

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蛋白质亚细胞定位预测中的序列编码技术研究 被引量：1

8

作者 马军伟 高新中 张杰 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第S3期283-287,312,共6页

随着后基因组时代的来临,蛋白质序列数量增长迅速,利用实验手段分析蛋白质亚细胞定位不易大规模进行。近年来,通过提取蛋白质的各种特征信息(序列编码技术),自动预测蛋白质的亚细胞定位的算法得到了较快的发展。综述了当前已有的序列编... 随着后基因组时代的来临,蛋白质序列数量增长迅速,利用实验手段分析蛋白质亚细胞定位不易大规模进行。近年来,通过提取蛋白质的各种特征信息(序列编码技术),自动预测蛋白质的亚细胞定位的算法得到了较快的发展。综述了当前已有的序列编码技术成果,并指出了存在的问题及可能的发展方向。 展开更多

关键词 蛋白质亚细胞定位预测 序列编码技术 氨基酸组成成分 功能域组成 基因本体

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基于机器学习的蛋白质亚细胞定位预测方法 被引量：1

9

作者 李佳楠 李卓 +2 位作者 滕小华 高兴泉 唐友 《安徽农业科学》 CAS 2022年第16期198-204,共7页

蛋白质亚细胞定位预测有助于了解蛋白质性质和功能,理解蛋白质复杂的生理过程和调控机理,对开发新药物等方面有着很大的促进作用。随着人类在蛋白质组学方面研究的不断深入,蛋白质序列数据量呈指数式增长,单纯依靠传统的试验方法已无法... 蛋白质亚细胞定位预测有助于了解蛋白质性质和功能,理解蛋白质复杂的生理过程和调控机理,对开发新药物等方面有着很大的促进作用。随着人类在蛋白质组学方面研究的不断深入,蛋白质序列数据量呈指数式增长,单纯依靠传统的试验方法已无法满足生命科学研究的需要,于是人们将蛋白质亚细胞定位的研究方法转向了机器学习领域,研究机器学习算法变得越来越重要。从蛋白质序列特征的刻画、预测算法、算法评价3个方面阐述现阶段蛋白质亚细胞定位预测的研究进展。最后,总结蛋白质亚细胞定位预测方法方面取得的成果及需要不断完善的3个方面(特征选择、数据处理和改进算法),并提出了未来机器学习在提高预测性能方面的研究重点及重要意义。 展开更多

关键词 蛋白质 亚细胞定位 机器学习 预测算法

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PSO＿BFA优化词袋模型及蛋白质亚细胞定位预测 被引量：2

10

作者 胡雪娇 陈行健 +1 位作者 赵南 薛卫 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2020年第1期165-171,共7页

提出了一种基于PSO_BFA优化的词袋模型。传统词袋模型有两个重要参数:窗口大小d和字典大小k。结合粒子群算法和细菌觅食算法产生新的PSO_BFA混合优化算法,在PSO进行局部搜索时,加入BFA的复制和迁移行为,得到PSO_BFA的最优解即为窗口大... 提出了一种基于PSO_BFA优化的词袋模型。传统词袋模型有两个重要参数:窗口大小d和字典大小k。结合粒子群算法和细菌觅食算法产生新的PSO_BFA混合优化算法,在PSO进行局部搜索时,加入BFA的复制和迁移行为,得到PSO_BFA的最优解即为窗口大小和字典大小的最佳组合。将优化词袋模型与蛋白质序列的氨基酸组成算法和伪氨基酸组成算法结合,获得蛋白质序列的词袋特征。实验结果证明,基于PSO_BFA优化的词袋模型能有效提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。 展开更多

关键词 词袋模型 粒子群算法 细菌觅食 亚细胞定位预测

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蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究 被引量：40

11

作者 张松 黄波 +1 位作者 夏学峰 孙之荣 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第6期573-579,共7页

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据... 细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究. 展开更多

关键词 亚细胞定位 生物信息学 数据库 预测 蛋白质

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桑小头木虱FAR基因家族鉴定及其功能预测分析

12

作者 林雅婷 郝阳洋 +3 位作者 韦红显 耿涛 王树昌 卢芙萍 《热带作物学报》 北大核心 2025年第6期1502-1513,共12页

桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化... 桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化发展。脂酰辅酶A还原酶(FAR)存在于各种生物体内,参与脂肪酸衍生物的生物合成,进而参与繁殖、两性信息识别与交流、蜡质合成等多项生命活动过程。本研究共筛选到23个桑小头木虱FAR基因,蛋白分析表明,其中大多数为碱性蛋白,具有亲水性;亚细胞定位预测发现,17个FAR蛋白定位于细胞质,1个定位于线粒体,1个定位于细胞核,4个定位于质膜,说明PsmFAR基因发挥功能的主要场所是细胞质。结合其他已知昆虫FAR基因的功能,以及桑小头木虱若虫、雌成虫、雄成虫体内及不同部位FAR基因的表达分析发现,桑小头木虱FAR基因可能参与发育、繁殖、蜡质合成、体表角质层合成、信息素合成及解毒等多个生物学功能,除7个基因可能仅参与蜡质合成功能外,其余16个基因可能参与多个生物学功能,涉及繁殖的有16个(69.56%),涉及蜡质合成的亦有16个(69.56%),与其体表角质层合成相关的有12个(52.17%),与发育相关的有9个(39.13%),与解毒相关的有5个(21.74%),与信息素合成相关的有4个(17.39%)。本研究在转录组测序分析的基础上对桑小头木虱FAR基因家族进行鉴定、序列组成及表达分析,探究FAR基因在桑小头木虱生命活动中的功能,为其高效防控技术和针对性药剂的研发和应用提供理论依据。后续功能的进一步验证将为以FAR基因为靶标的精准防控药剂的研发提供依据。 展开更多

关键词 桑小头木虱 FAR基因家族 亚细胞定位 基因表达 功能预测分析

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StFBL25基因的克隆及转基因马铃薯获得

13

作者 特日格乐 白凯黎 +3 位作者 赵利强 郭江波 辛翠花 简磊 《中国马铃薯》 2024年第5期385-393,共9页

马铃薯(Solanum tuberosum L.)F-Box蛋白功能研究尚不完善,尤其是低温响应机制缺乏系统性分析。目前研究主要聚焦于F-Box蛋白的互作网络,其具体功能尚缺乏系统研究,尤其在马铃薯中研究较少。实验室前期通过甲基化扩增敏感多态性技术获... 马铃薯(Solanum tuberosum L.)F-Box蛋白功能研究尚不完善,尤其是低温响应机制缺乏系统性分析。目前研究主要聚焦于F-Box蛋白的互作网络,其具体功能尚缺乏系统研究,尤其在马铃薯中研究较少。实验室前期通过甲基化扩增敏感多态性技术获得了马铃薯低温响应基因StFBL25,鉴定为一类F-Box蛋白编码基因。通过生物信息学分析StFBL25蛋白结构与功能,构建StFBL25基因亚细胞定位载体,观察StFBL25蛋白的亚细胞定位情况。构建StFBL25基因的过表达和干扰表达载体,用于马铃薯的遗传转化。StFBL25基因全长1455 bp,编码484个氨基酸,预测含61个潜在磷酸化位点,蛋白结构预测显示,其主要由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链组成。亚细胞定位显示StFBL25定位于细胞核。成功获得StFBL25基因过表达与干扰表达的转基因马铃薯植株,qRT-PCR结果显示,过表达株系3-10中StFBL25表达量较野生型上调213倍,干扰表达株系5-6中StFBL25基因的表达量为野生型的0.097倍。研究结果可为马铃薯抗低温基因的筛选和功能研究提供理论基础。 展开更多

关键词 StFBL25蛋白 生物信息学预测 亚细胞定位 马铃薯

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枇杷EjWRKY15基因克隆与蛋白特性分析 被引量：5

14

作者 李晓颖 徐红霞 陈俊伟 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1811-1820,共10页

【目的】克隆枇杷EjWRKY15基因并对其组织表达模式及蛋白特性进行分析。【方法】从枇杷转录组数据库中获得EjWRKY15基因ORF序列,克隆该基因,对获得的基因序列进行遗传进化分析,并通过qRT-PCR探究其在不同组织中的表达模式。同时对EjWRK... 【目的】克隆枇杷EjWRKY15基因并对其组织表达模式及蛋白特性进行分析。【方法】从枇杷转录组数据库中获得EjWRKY15基因ORF序列,克隆该基因,对获得的基因序列进行遗传进化分析,并通过qRT-PCR探究其在不同组织中的表达模式。同时对EjWRKY15蛋白分子的理化特性、磷酸化位点、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和亚细胞定位等蛋白特性进行预测分析。【结果】枇杷EjWRKY15基因含有开放阅读框951 bp,共编码316个氨基酸,具有WRKY家族典型结构特征。系统进化结果表明,EjWRKY15序列与苹果WRKY61序列同源度高达95%,说明从进化角度来看,EjWRKY15与苹果WRKY61的亲缘关系最为密切。实时荧光定量PCR分析结果显示,该基因具有组织表达特异性,在根中相对表达量较高,果实次之;对EjWRKY15蛋白进行理化性质测定,其分子质量为35.79 kDa,等电点为5.09,脂溶指数为56.45,不稳定性指数为69.72,平均亲水性为-0.598,为亲水性蛋白。该蛋白含有33个磷酸化位点,包含丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Try),数量分别为25、6、2个。蛋白质二级结构预测结果表明,EjWRKY15蛋白以α螺旋和无规卷曲为主,分别占30.70%和56.65%,其次是延伸链8.27%和β角4.43%。同时,三级结构分析表明,该蛋白的结构域主要由4个β-折叠组成,β-折叠1为WRKYGQK,β-折叠2为RSYYKC,β-折叠3为GVRKHVER,β-折叠4为AVVTTY。另外,预测结果证实了EjWRKY15蛋白不含信号肽,也不是同时含有跨膜区的分泌蛋白。亚细胞定位预测和验证结果都显示EjWRKY15基因定位于细胞核中。【结论】本研究结果为深入探究EjWRKY15基因在枇杷不同生长发育时期的分子生物学功能及其响应逆境调控机制的研究奠定了良好的基础。 展开更多

关键词 枇杷 EjWRKY15 基因克隆 RT-PCR 蛋白特征预测 亚细胞定位

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葡萄基因组无内含子基因生物信息学及其表达分析 被引量：3

15

作者 李傲 崔梦杰 +4 位作者 刘众杰 陈立德 贾海峰 上官凌飞 房经贵 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期655-661,共7页

[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同... [目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。 展开更多

关键词 葡萄 无内含子基因 生物信息学 亚细胞定位预测 功能预测 基因表达

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