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布氏杆菌和结核杆菌二重实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用 被引量:17
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作者 孟茹 陈创夫 +4 位作者 张辉 乔军 任艳 王正荣 蒋松 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1012-1017,共6页
本试验旨在利用二重实时荧光定量PCR技术建立鉴别诊断布氏杆菌和结核杆菌的方法。通过筛选布氏杆菌omp10、omp19、omp17、omp25、omp31和结核杆菌cfp10基因的最佳引物组合,建立二重实时定量PCR鉴别诊断方法,对该方法进行稳定性、特异性... 本试验旨在利用二重实时荧光定量PCR技术建立鉴别诊断布氏杆菌和结核杆菌的方法。通过筛选布氏杆菌omp10、omp19、omp17、omp25、omp31和结核杆菌cfp10基因的最佳引物组合,建立二重实时定量PCR鉴别诊断方法,对该方法进行稳定性、特异性和敏感性试验,并对临床样品及模拟样品进行检测。经筛选布氏杆菌的omp25基因与结核杆菌cfp10基因引物组合最佳,该二重实时荧光定量PCR方法中布氏杆菌Tm值为88~89℃,结核杆菌Tm值为90~91℃,对其他供试的菌株则为阴性;该方法对布氏杆菌的DNA最低检出量为20拷贝.μL-1,结核杆菌为50拷贝.μL-1,两病原都存在时为100拷贝.μL-1,比常规PCR高100倍。利用所建立的二重荧光定量PCR方法及常规PCR,对24份结核痰样、11份布氏杆菌基因粗提物及30份模拟奶样进行检测,符合率为100%。本试验建立的方法可用于同时检测布氏杆菌和结核杆菌,并且具有良好的特异性、敏感性和稳定性。 展开更多
关键词 布氏杆菌 结核杆菌 二重实时荧光定量pcr
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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 实时荧光定量RT-pcr 应用
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FHV-1和FCV双重TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立和应用 被引量:1
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作者 静争 金红岩 +4 位作者 王春艳 王文杰 沈佳宇 范志坚 侯绍华 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第5期58-64,共7页
为了快速、便捷、准确诊断猫疱疹病毒1型(FHV-1)和猫杯状病毒(FCV),本试验选取FHV-1的糖蛋白C(GC)基因(Gen Bank登录号:OR504662)和FCV的衣壳蛋白1(VP1)基因(Gen Bank登录号:OP904215)以及一段猫外源性内标序列设计并合成引物和探针,构... 为了快速、便捷、准确诊断猫疱疹病毒1型(FHV-1)和猫杯状病毒(FCV),本试验选取FHV-1的糖蛋白C(GC)基因(Gen Bank登录号:OR504662)和FCV的衣壳蛋白1(VP1)基因(Gen Bank登录号:OP904215)以及一段猫外源性内标序列设计并合成引物和探针,构建重组阳性质粒标准品p MD19-T-G、p MD19-T-P和p MD19-T-C,建立了双重Taq Man实时荧光定量PCR方法。以重组阳性质粒标准品绘制标准曲线,验证该方法的特异性、灵敏性和重复性,利用建立的方法检测33份临床样本评估该方法的可行性,并对泰州市292份流浪猫眼口鼻分泌物样本进行检测。结果显示,本试验建立的双重Taq Man实时荧光定量PCR方法具有良好的线性关系,对其他病原无交叉反应,对FHV-1和FCV的最低检测限均为1×10^(1)copies/μL,组内和组间的变异系数均小于2%;对33份临床样本的检测结果显示,FHV-1和FCV的阳性符合率为100%,FHV-1总符合率为93.9%,FCV总符合率为90.9%;292份流浪猫眼口鼻分泌物样本中,FHV-1阳性率为20.9%,FCV阳性率为46.2%,FHV-1和FCV混合阳性率为12.0%。结果表明,本试验建立的双重Taq Man实时荧光定量PCR,特异性强、灵敏度高、重复性好,为临床猫呼吸系统疾病病原鉴别诊断和宠物健康监测提供了技术支持。 展开更多
关键词 猫疱疹病毒1型(FHV-1) 猫杯状病毒(FCV) 实时荧光定量pcr
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基于SYBR GreenⅡ的BVDV NS3基因实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:1
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作者 李阳 张世勋 +4 位作者 赫鸣睿 刘珊珊 岳山 刘宇 朱战波 《黑龙江八一农垦大学学报》 2025年第2期23-31,共9页
为了建立基于SYBR GreenⅡ的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)NS3基因实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测方法,设计并筛选了BVDV NS3基因的qRT-PCR引物,建立了BVDV NS3 qRT-PCR检测方法,并利用CFX96和猪警-2000 qRT-PCR仪检测了临床牛血清样本。结果显... 为了建立基于SYBR GreenⅡ的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)NS3基因实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测方法,设计并筛选了BVDV NS3基因的qRT-PCR引物,建立了BVDV NS3 qRT-PCR检测方法,并利用CFX96和猪警-2000 qRT-PCR仪检测了临床牛血清样本。结果显示,筛选出1对特异性好的引物,CFX96和猪警-2000 qRT-PCR的标准品最小检出值分别为1×10^(1)copies·μL^(-1)和1×10^(2) copies·μL^(-1),特异性和重复性均良好,且临床血清样本的检测结果准确、一致。研究为BVDV检测提供了技术手段。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 NS3基因 实时荧光定量pcr SYBR GreenⅡ
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火龙果中仙人掌X病毒实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用
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作者 柏自琴 罗会 +2 位作者 解璞 郑伟 刘涛 《植物保护》 北大核心 2025年第4期285-289,共5页
仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法... 仙人掌X病毒(cactuSviruSX,CVX)严重威胁世界火龙果产业的发展。为实现对该病毒的定量检测,本研究根据CVX外壳蛋白(CP)的保守序列设计特异性引物CVX-F/-R,建立了引物浓度150 nmol/L,退火温度62℃的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该引物扩增效率为97.38%,R^(2)为0.9965,对标准品的检测极限浓度为8×10^(2)拷贝/μL,其灵敏度是普通PCR的100倍。对火龙果不同组织中CVX的相对表达量进行检测发现,病毒在花丝中的含量最高,之后依次为花萼、花瓣、嫩枝、老枝和根。对采自贵州黔南州的40份火龙果样品进行检测,共检测出32份阳性样品。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR特异性强、灵敏度高,为今后CVX的检测提供了重要的技术补充。 展开更多
关键词 仙人掌X病毒 火龙果 实时荧光定量pcr 检测
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水稻白叶枯病菌实时荧光定量PCR检测体系的建立及在防效评价中的应用
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作者 邱曦锦 方绍兴 +7 位作者 杨宇 高顺玉 王振吉 阮文忠 段浩平 姚春 姬广海 杨俊 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第10期145-152,共8页
水稻白叶枯病是引起水稻减产的主要病害之一,为了监测施用防治药剂后水稻叶片中白叶枯病病菌的含量,以评价防治效果,基于已完成基因组测序的水稻白叶枯病病菌(Xoo)糖基转移酶基因设计引物,构建实时荧光定量PCR(qPCR)技术,并对温室开展... 水稻白叶枯病是引起水稻减产的主要病害之一,为了监测施用防治药剂后水稻叶片中白叶枯病病菌的含量,以评价防治效果,基于已完成基因组测序的水稻白叶枯病病菌(Xoo)糖基转移酶基因设计引物,构建实时荧光定量PCR(qPCR)技术,并对温室开展的防治白叶枯病的药效试验开展评价。基于糖基转移酶基因设计特异性引物,以按梯度浓度(10^(-5)-10 ng/μL)稀释的Xoo DNA作为标准品进行扩增。结果表明,通过常规PCR扩增得到的目的基因条带大小为230 bp,Xoo DNA检测的灵敏度为1.43×10^(1) pg/μL;qPCR检测Xoo DNA的灵敏度为2.5 pg/μL。研究结果表明,qPCR的灵敏度比常规PCR高10倍左右,且标准曲线为y=-2.5793x+43.9460,r^(2)=0.9999。进一步利用qPCR技术对温室药效试验后的水稻叶片进行Xoo的定量分析,发现定量后叶片中的Xoo拷贝数与叶片病情指数成正相关,与温室防治效果结果一致。研究得出的qPCR技术的温室防效评价可为后续水稻白叶枯病的防治效果评价提供技术支持。 展开更多
关键词 水稻 白叶枯病 实时荧光定量pcr 定量检测 防效评价
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唇形后口虫SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用
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作者 郝文悦 王锦锦 +9 位作者 葛建龙 李彬 王印庚 廖梅杰 荣小军 赵宏晶 江敏棋 赵文广 牛立成 潘娇 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第3期183-193,共11页
后口虫病是近年来影响刺参(Apostichopus japonicus)养殖效益的重要病害种类之一。唇形后口虫(Boveria labialis)是刺参后口虫病的病原。由于缺乏针对该物种的快速、准确的检测方法,研究人员难以系统解析该病原体的传播途径。本研究以... 后口虫病是近年来影响刺参(Apostichopus japonicus)养殖效益的重要病害种类之一。唇形后口虫(Boveria labialis)是刺参后口虫病的病原。由于缺乏针对该物种的快速、准确的检测方法,研究人员难以系统解析该病原体的传播途径。本研究以测序获得的唇形后口虫部分线粒体基因组序列为基础,根据nad10基因序列设计唇形后口虫引物,建立其SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,并对刺参不同养殖区和不同养殖模式下养殖系统中唇形后口虫载量进行检测分析。结果显示,设计的唇形后口虫引物在质粒标准品4.05×10^(1)~4.05×10^(9) copies/μL范围内建立的标准曲线具有良好的线性关系,相关系数R^(2)=0.997,熔解曲线呈现单一峰,无引物二聚体或非特异性扩增;灵敏度实验最低检测限为40.5 copies/μL;所设计的引物仅对唇形后口虫出现特异性扩增,对海洋尾丝虫(Uronema marinum)、贪食纤口虫(Chaenea vorax)、僧帽肾形虫(Colpoda cucullus)和多小核草履虫(Paramecium multi-micronuleatum)无交叉反应;重复性实验中各浓度的批内和批间Ct值均一性较高,批内实验变异系数(CV)值为0.32%~0.82%,批间实验CV值为0.40%~0.88%,稳定性较好。利用本方法对4种刺参养殖模式不同养殖区的环境样品和饲料进行检测,结合镜检结果对比分析发现,海水中唇形后口虫DNA载量与刺参体内唇形后口虫量呈中度正相关(R=0.563),底泥、附着物样品中的唇形后口虫DNA载量与刺参体内唇形后口虫量呈高度正相关(R=0.931)。推测,鲜海泥是唇形后口虫传播的重要载体之一。本研究结果可为唇形后口虫的快速检测、传播途径解析和防控提供参考。 展开更多
关键词 刺参 寄生性疾病 唇形后口虫 实时荧光定量pcr检测 传播途径
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不同浓度褪黑素缓解狗牙根铅胁迫实时荧光定量PCR内参基因的筛选
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作者 谢程程 马均 +1 位作者 李璟 李西 《草业科学》 北大核心 2025年第1期119-128,共10页
实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验... 实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验基础上,对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现,8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异,且单个内参基因反应循环数(Ct值)在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt算法、NormFinder、BestKeeper和geNorm程序对内参基因稳定性进行排序,并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明,CACS+PP2A为不同浓度褪黑素处理Pb胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础,进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。 展开更多
关键词 褪黑素 铅胁迫 实时荧光定量pcr 内参基因 稳定性分析 狗牙根
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转基因抗虫玉米浙大瑞丰8实时荧光定量PCR检测方法
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作者 田锦 句荣辉 +7 位作者 蒋红叶 陈子言 张华 李凌燕 孙宇 王颢潜 陈红 梁晋刚 《生物安全学报(中英文)》 北大核心 2025年第2期130-136,共7页
【目的】转基因抗虫玉米浙大瑞丰8是杭州瑞丰生物科技有限公司研发的新型抗虫玉米,于2021年获批农业转基因生物安全证书(生产应用)。本研究旨在为转基因抗虫玉米浙大瑞丰8设计特异性扩增引物和TaqMan探针,并对其转化体成分进行定量检测... 【目的】转基因抗虫玉米浙大瑞丰8是杭州瑞丰生物科技有限公司研发的新型抗虫玉米,于2021年获批农业转基因生物安全证书(生产应用)。本研究旨在为转基因抗虫玉米浙大瑞丰8设计特异性扩增引物和TaqMan探针,并对其转化体成分进行定量检测,为管理部门提供安全监管的依据。【方法】通过体系优化、正确度及精密度检测、稳健性测试等系列研究,设计特异性引物和探针,对浙大瑞丰8转化体成分进行定量检测。【结果】本研究研制的方法能够特异、定量检测出浙大瑞丰8转化体成分,对拷贝数比值在0.1%(20个拷贝数)以上的阳性样品可进行准确定量,对0.05%(10个拷贝数)的阳性样品可特异性检出。【结论】本研究结果为管理部门对浙大瑞丰8的安全监管提供了有效的支撑,说明研制的方法可用于浙大瑞丰8的定量检测和安全监管。 展开更多
关键词 转基因抗虫玉米浙大瑞丰8 实时荧光定量pcr 检测
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实时荧光定量PCR法检测左旋多巴中大肠埃希菌宿主细胞DNA残留量
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作者 许冰瑜 刘妍 +2 位作者 郭心瑶 严方 孙桂斌 《中国药科大学学报》 北大核心 2025年第2期176-182,共7页
采用实时荧光定量PCR技术,建立特异性强、灵敏度高的左旋多巴中大肠埃希菌(Escherichiacoli)宿主细胞DNA残留量的检测方法,并进行验证和初步应用。以大肠埃希菌中的相对保守的E.coli MB6菌株16S核糖体RNA基因序列作为目的基因设计多对引... 采用实时荧光定量PCR技术,建立特异性强、灵敏度高的左旋多巴中大肠埃希菌(Escherichiacoli)宿主细胞DNA残留量的检测方法,并进行验证和初步应用。以大肠埃希菌中的相对保守的E.coli MB6菌株16S核糖体RNA基因序列作为目的基因设计多对引物,通过PCR进行特异性扩增获得目的片段。将目的片段重组至pLENTI-BSD-CON载体构建重组质粒命名为pLENTI-BSD-CON-E.coli-16S,以其为标准品,结合磁珠法提取纯化DNA,建立定量PCR检测方法(SYBR-Green法)。对建立的方法进行线性与范围、准确度、精密度、专属性、定量限及耐用性的方法学验证,应用于左旋多巴原料药的检测,并与试剂盒检测方法(Taqman探针法)进行比较。建立的定量PCR检测方法(SYBR-Green法)正向引物序列:5'-TTCGATGCAACGCGAAGAAC-3';反向引物序列:5'-GTGTAGCCCTGGTCGTAAGG-3'。以重组质粒作为标准品,DNA质量浓度在10fg/μL~3 ng/μL范围内线性关系良好(R^(2)≥0.98),定量限为10 fg/μL,加标溶液回收率在59.7%~80.7%范围内,RSD均小于30%。应用该法对3批左旋多巴原料药进行检测,DNA残留量均在限度以下。结果表明,建立的检测方法可用于定量检测左旋多巴等由大肠埃希菌作为宿主细胞生产的生物制品的DNA残留量,并且其灵敏度优于试剂盒检测方法。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 左旋多巴 构建质粒 实时荧光定量pcr 外源性DNA残留 帕金森病
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鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及遗传进化分析
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作者 安乐乐 刘倩芸 +2 位作者 蓝秋菊 罗迅 赵永清 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第1期167-177,共11页
【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病... 【目的】鸽腺病毒感染在全球鸽群中广泛分布,可引起多种临床症状,如呕吐、腹泻、肝脏损伤等,严重影响鸽的健康与养殖效益。建立一种快速高效检测鸽腺病毒Ⅰ型(PiAdV-Ⅰ)TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,为鸽腺病毒Ⅰ型临床检测及流行病学调查提供技术平台。【方法】依据GenBank公布鸽腺病毒Ⅰ型Hexon基因保守区设计引物探针并构建重组质粒pCE2-TA-PiAdV-Ⅰ;优化反应体系和程序,绘制标准曲线、特异性、敏感性和重复性评价,建立鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法;扩增测序阳性临床样品的Hexon基因,使用MEGA5.0进行进化树构建及同源性分析。【结果】该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法标准曲线y=-3.1081x+37.374,线性相关系数R2为0.9977,线性关系良好;与鸽疱疹病毒、鸽圆环病毒等鸽子其他常见病毒无交叉反应,具有良好的特异性;最低检测拷贝数为14.6 copies/μL,敏感性是常规PCR方法的10倍,具有高敏感性;组内和组间变异系数均低于1.1%,重复性好。通过检测112份鸽子病料样品,该TaqMan探针实时荧光定量PCR方法检测阳性率为69.64%(78/112),并且高于常规PCR方法阳性检出率65.18%(73/112)。此外,建立的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法与常规PCR方法的阳性符合率为100%,总体符合率为95.54%。3条测序毒株与Ⅰ型鸽腺病毒参考毒株同源性为99.47%~99.71%,遗传关系高度接近,表明可能由同一个原始毒株进化而来。【结论】研究建立的鸽腺病毒Ⅰ型TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法线性关系良好、特异性强、敏感性高及重复性好,可快速高效检测出临床样品中的PiAdV-Ⅰ。此外,所扩增序列能够用于分析临床毒株遗传进化特征,有助于快速准确诊断鸽腺病毒感染及疫苗研发提供参考依据。 展开更多
关键词 鸽腺病毒Ⅰ型 Hexon基因 TaqMan探针实时荧光定量pcr 遗传进化分析 临床检测 流行病学调查
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姜荷花苞片实时荧光定量PCR内参基因筛选 被引量:1
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作者 谭健俊 黄李珊 +2 位作者 周熠玮 徐晔春 叶远俊 《广东农业科学》 2025年第2期108-116,共9页
[目的]筛选适用于姜荷花苞片组织qRT-PCR分析的内参基因,为苞片颜色相关基因功能研究奠定理论基础。[方法]以9个不同颜色的姜荷花品种为试材,根据姜荷花基因组数据选择常用的内参基因,包括甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、18S核糖体RNA(18S... [目的]筛选适用于姜荷花苞片组织qRT-PCR分析的内参基因,为苞片颜色相关基因功能研究奠定理论基础。[方法]以9个不同颜色的姜荷花品种为试材,根据姜荷花基因组数据选择常用的内参基因,包括甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、18S核糖体RNA(18S rRNA)、蛋白磷酸酶2A(PP2A)、泛素蛋白(UBQ)、苹果酸脱氢酶(MDH)、肌动蛋白(Actin)、微管蛋白(TUB)和苯丙氨酸解氨酶(PAL)8个看家基因,使用ΔCt、geNorm、NormFinder和BestKeeper 4种分析方法评估基因表达的稳定性,通过RefFinder程序综合评价以筛选出姜荷花苞片组织的最佳内参基因。[结果]8个内参基因均扩增出单一主峰,引物标准曲线相关系数R^(2)≥0.98,扩增效率为99.5%~125.0%,PCR产物经1%琼脂糖电泳检测显示条带清晰单一,表明引物设计特异性好。4种不同的算法分析获得的结果排名有差异,其中MDH在ΔCt、geNorm和NormFinder分析中为表达最稳定的内参基因,18S rRNA在BestKeeper分析中为表达最稳定的内参基因。利用RefFinder程序综合评价得出候选内参基因稳定性综合排名,排序依次为MDH>Actin>TUB>18S rRNA>PP2A>GAPDH>UBQ>PAL,表明不同品种姜荷花苞片最佳内参基因是MDH,其次为Actin和TUB,PAL稳定性最差、不适合作为姜荷花苞片组织的内参基因。[结论]MDH可作为不同品种姜荷花苞片组织的稳定内参基因,为后续深入开展姜荷花苞片颜色合成相关基因的表达模式分析提供参考。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 姜荷花 内参基因 苞片颜色 MDH 基因表达模式
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猫传染性腹膜炎病毒SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法的建立与临床应用
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作者 李星颖 谢梓民 +11 位作者 原耀贤 孙铭澮 江文康 赵明明 何诗 何静 赖健仪 白银山 陈胜锋 陈志胜 马骏 王丙云 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第3期44-49,共6页
为了提高猫传染性腹膜炎(FIP)的临床检出率,本试验根据猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)M基因设计特异性引物,将扩增的目的基因连接到p MD19-T载体上,获得重组质粒并作为标准阳性模板,建立针对FIPV的SYBR Green实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法... 为了提高猫传染性腹膜炎(FIP)的临床检出率,本试验根据猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)M基因设计特异性引物,将扩增的目的基因连接到p MD19-T载体上,获得重组质粒并作为标准阳性模板,建立针对FIPV的SYBR Green实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法,并对其特异性、敏感性、重复性和临床检出率进行验证。结果显示,本方法梯度稀释的标准品与Ct值呈良好的线性关系,R^(2)=0.999 9,扩增效率为92.4%;与其他猫常见病毒未发生交叉反应;最低检测限为3.48×10^(2) copies/μL,敏感性是普通PCR检测方法的100倍;该方法重复性好,批内和批间变异系数均小于2.4%;应用该方法对临床阳性样本的检出率为100%,阴性样本检出率为0。结果表明,本试验建立的SYBR Green q PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、临床检测效果佳,可用于FIPV的临床诊断。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎病毒 M基因 SYBR Green 实时荧光定量pcr(qpcr)
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猪非典型瘟病毒、经典猪瘟病毒、日本乙型脑炎病毒的三重荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 许浩文 陈军光 +6 位作者 马琼琼 潘杏明 郭美君 朱伟群 周莹珊 董婉玉 王晓杜 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第2期144-151,共8页
猪非典型瘟病毒(APPV)、经典猪瘟病毒(CSFV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)均属于黄病毒科重要成员,从临床症状难以区分且三者的混合感染。为建立一种能快速鉴别检测APPV、CSFV、JEV的三重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据APPV 5'UT... 猪非典型瘟病毒(APPV)、经典猪瘟病毒(CSFV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)均属于黄病毒科重要成员,从临床症状难以区分且三者的混合感染。为建立一种能快速鉴别检测APPV、CSFV、JEV的三重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本研究根据APPV 5'UTR基因、CSFV E2基因和JEV E基因分别设计引物与探针,将公司合成的重组质粒标准品pLKO.1-APPV-5'UTR、pLKO.1-CSFV-E2和pLKO.1-JEV-E按体积比1:1:1混合后均为(1×10^(8)拷贝/μL)作为模板,经反应条件优化,初步建立同时检测这3种病毒的三重q PCR方法。以本研究构建的APPV慢病毒、CSFV慢病毒、JEV慢病毒,以及猪流感病毒、猪Delta冠状病毒、猪流行性腹泻病毒、伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪轮状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、诺如病毒的基因组为模板,采用建立的该方法检测,评估其特异性,结果显示,该方法仅能检测到APPV、CSFV、JEV的慢病毒,而其他病原检测结果均为阴性。选取1×10^(1)拷贝/μL~1×10^(8)拷贝/μL的混合质粒标准品和1×10^(1)TU/m L~1×10^(6)TU/m L的三种混合慢病毒液分别作为模板,采用本研究建立的方法检测,评估该方法的敏感性,结果显示,该方法对重组质粒pLKO.1-APPV-5'UTR、pLKO.1-CSFV-E2和pLKO.1-JEV-E的检测限均为1×10^(2)拷贝/μL,对3种慢病毒的检测限均为1×10^(2)TU/mL。以1×10~7拷贝/μL、1×10^(5)拷贝/μL、1×10~3拷贝/μL的质粒标准品混合物作为模板,分别进行组内和组间的重复性试验,结果显示,组内和组间重复性试验的变异系数(CV)均低于4.5%。利用本研究建立的三重qPCR和已发表的3种病原的SYBR Green qPCR检测方法对111份临床样品(75份猪肛拭子样品和36份猪组织病料样品)分别检测,结果显示,该三重qPCR方法与已发表的APPV、CSFV、JEV SYBR Green qPCR方法的总符合率分别为99.10%、100%、100%。本研究首次建立的检测APPV、CSFV、JEV的三重TaqMan qPCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,为三者临床样品的快速鉴别检测提供了技术支持。 展开更多
关键词 猪非典型瘟病毒 经典猪瘟病毒 日本乙型脑炎病毒 荧光定量pcr
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实时荧光定量PCR在动物检疫中的应用
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作者 耿虹娟 《中国畜牧业》 2025年第12期121-122,共2页
动物检疫是保障畜牧业健康发展、维护公共卫生安全和生态平衡的关键环节。随着全球贸易的日益频繁及动物疫病形势的日趋复杂多变,传统检疫方法已难以满足快速、准确检测的需求。实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术作为一种先进的分... 动物检疫是保障畜牧业健康发展、维护公共卫生安全和生态平衡的关键环节。随着全球贸易的日益频繁及动物疫病形势的日趋复杂多变,传统检疫方法已难以满足快速、准确检测的需求。实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)技术作为一种先进的分子生物学手段,因其高灵敏度、高特异性、快速准确等优点,在兽医临床诊断中得到了广泛应用,为动物检疫工作提供了强有力的技术支持。 展开更多
关键词 动物检疫 分子生物学 实时荧光定量pcr
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PRRSV、CSFV、PRV和PCV2四重实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量:4
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作者 李欣 杨莉 +4 位作者 刘光亮 王文秀 刘海隆 曹宗喜 张艳 《动物医学进展》 北大核心 2024年第6期7-14,共8页
为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Ma... 为建立同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)的四重荧光定量PCR(qPCR)检测方法,针对PRRSV的ORF2基因、CSFV的5′UTR基因、PRV的gB基因、PCV2的ORF2基因设计了引物及Taq Man探针,并进行反应体系优化,敏感性、特异性验证,建立了同时检测上述4种病原的四重实时荧光定量PCR。结果显示,所建立的四重荧光PCR扩增效率(E)、相关系数(R^(2))及曲线斜率均在正常范围内,检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2 E值、R^(2)、斜率分别为92.9%、0.998、-3.504,90.7%、0.998、-3.566,94.3%、0.996、-3.466,94.2%、0.997及-3.470。PRRSV、CSFV、PRV、PCV2重组质粒最低检出限分别达到10^(2)、10^(2)、10^(2)、10^(3) copies/μL;四重qPCR反应体系中的多条引物间不发生交叉反应,经评价该方法特异性良好;批内和批间重复性试验结果显示,变异系数(CV)均在1%以下,具有良好的重复性。分别使用该方法和相应的国标荧光定量检测法对采集的298份临床样品进行检测对比,两种方法检测PRRSV、CSFV、PRV、PCV2阳性符合率分别为96.08%、96.38%、100%、94.95%,均在94%以上。结果表明,建立的检测方法方便、灵敏、高效、特异性强,适用于猪呼吸道疾病病原学、流行病学研究以及临床病例的诊断,并为猪呼吸道疾病的预防和控制提供技术支撑。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 猪瘟病毒 猪伪狂犬病病毒 猪圆环病毒2型 实时荧光定量pcr
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miR-451a和miR-21-5p双重实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用 被引量:1
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作者 胡舒啸 陈惠香 +5 位作者 胡胜 赵一霞 季安全 李洋 廉洁 孙启凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第3期706-715,共10页
目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于... 目的为了提高微量样本中miRNA的检测通量和检测效率,本文建立了一种能够同时准确定量两种miRNA的双重实时荧光定量PCR(real time fluorogenic quantitative PCR)检测体系,并通过实际样本检测验证其应用于体液鉴别的效果。方法设计适用于miRNA双重检验的相关引物及探针并优化实验体系组分,建立基于TaqMan技术的miRNA双重实时荧光定量PCR检测体系并验证其特异性、灵敏度和可重复性;使用此检测体系对58份不同体液样本中的miR-451a与miR-21-5p进行检测,并借助miR-451a与miR-21-5p的比值鉴定法评估该体系的体液鉴别能力;使用该检测体系样本数据确定的最佳截断值对模拟案件样本进行鉴别。结果优化的检测体系能够实现对血液与非血液、月经血与外周血的100%区分,同时可以实现对模拟案件样本的准确鉴别。结论该双重实时荧光定量PCR检测体系将时间和材料成本均缩短至原来的一半,为后续建立更多重的实时荧光定量PCR检测体系并应用于体液鉴别打下了基础。 展开更多
关键词 法医遗传学 体液鉴别 实时荧光定量pcr MICRORNA
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犬瘟热病毒、犬细小病毒二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:6
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作者 赵雪丽 刘毅 +5 位作者 班付国 闫若潜 王华俊 王淑娟 马震原 王东方 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第8期2086-2094,共9页
为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异... 为建立一种特异、高通量检测犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,本研究选取高度保守且具有型特异性的CDV H基因和CPVVP2基因序列,设计CDV和CPV特异性引物对及TaqMan MGB探针;经反应条件优化,建立了检测CDV和CPV的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,并进行了敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,该方法检测CDV、CPV的标准曲线线性相关系数(R^2)分别为0.997和0.993,最低检出限均为10拷贝/μL,具有较高的灵敏性;对犬副流感病毒等4种病原对照和阴性对照均未出现扩增,特异性良好;CDV、CPV标准品批间试验结果显示,该方法具有很好的重复性;对48份临床疑似CDV或CPV感染样品检测结果显示,14份为CDV阳性,19份为CPV阳性,4份为CDV/CPV双阳性,与CDV H基因、CPVVP2基因测序结果符合率为100%。本研究建立的二重TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、高通量和可准确定量等优点,可用于临床CDV/CPV病毒感染各个时期的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒(CDV) H基因 犬细小病毒(CPV) VP2基因 TaqMan MGB探针实时荧光定量pcr
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猪萨佩罗病毒VP1基因重组质粒实时荧光定量PCR标准曲线的建立
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作者 刘熠凡 张静雯 王平利 《河南畜牧兽医》 2024年第3期7-9,18,共4页
为建立用实时SYBRGreenI荧光定量PCR方法检测PSVVP1基因表达量的标准曲线,试验根据目的基因在NCBI上CDS区的序列设计合成引物,用T4连接酶将目的片段与pMD18-T载体连接,构建重组质粒,采用real-time RT-PCR的检测方法,建立了检测猪萨佩罗... 为建立用实时SYBRGreenI荧光定量PCR方法检测PSVVP1基因表达量的标准曲线,试验根据目的基因在NCBI上CDS区的序列设计合成引物,用T4连接酶将目的片段与pMD18-T载体连接,构建重组质粒,采用real-time RT-PCR的检测方法,建立了检测猪萨佩罗病毒VP1基因表达量的标准曲线。试验结果显示,线性回归系数为0.9981,且熔解曲线只有一个峰值,表明由VP1目的基因所建立的标准曲线线性关系良好。试验成功建立了用SYBRGreenI荧光定量RT-PCR方法检测猪萨佩罗病毒VP1基因表达量的标准曲线,为后续检测基因表达量的变化奠定了基础。 展开更多
关键词 PSV 组质粒 实时荧光定量pcr 标准曲线
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羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR方法的建立
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作者 刘尚博 王振华 +1 位作者 郑可 秦建华 《今日畜牧兽医》 2024年第8期1-4,共4页
为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种... 为了寻找一种能够鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株与其他布氏杆菌菌株的双重实时荧光定量PCR检测方法。针对布氏杆菌菌株的16S rRNA和Bp26基因,各设计一套引物和探针,并优化反应体系和反应程序。以布氏杆菌A19、S2、M5-90和M5-90△26四种疫苗株以及大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的特异性。克隆构建PCR_16S rRNA_Bp26标准品,通过倍比稀释进行双重荧光定量PCR扩增,评价该方法的灵敏度。使用该方法与虎红平板凝集试验、试管凝集试验进行检测结果对比,评价该方法的可行性。结果显示,本方法特异性好,布氏杆菌A19、S2、M5-90三种疫苗株均同时出现Bp26基因和16S rRNA基因的扩增,布氏杆菌M5-90△26疫苗株只出现16S rRNA基因的扩增,大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、李斯特菌、沙门氏菌、链球菌均未出现扩增曲线。该方法建立的16S rRNA基因序列扩增通道和Bp26基因序列扩增通道对标准品的最低检测限均达5 copies/μL。该方法对临床样本的检测结果与虎红平板凝集试验、试管凝集试验检测结果符合率较高,说明建立的羊种布氏杆菌M5-90△26基因缺失疫苗双重实时荧光定量PCR检测方法可用于临床的检测,为鉴别布氏杆菌M5-90△26疫苗株免疫与布氏杆菌野毒株感染提供一种可行的检测方法。 展开更多
关键词 布氏杆菌 M5-90△26疫苗株 实时荧光定量pcr 鉴别诊断
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