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H1亚型猪流感病毒一步法实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:7
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作者 刘好朋 胡京京 +5 位作者 唐续 裴仉福 李冰 李琳 陈瑞爱 贺东生 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第11期63-68,共6页
为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实... 为建立一种快速、简便、准确的方法以诊断和检测H1亚型猪流感病毒(swine influenza virus,SIV),试验根据H1亚型SIV血凝素(hemagglutinin,HA)基因保守序列,分别设计并合成1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,建立检测H1亚型SIV的一步法实时荧光定量RT-PCR技术。结果显示,该方法的敏感性可达102拷贝/μL,除H1亚型SIV外,对H3N2亚型SIV、H9N1亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒的检测均为阴性,且应用该方法对疑似猪流感样品进行检测,其结果与SPF鸡胚分离病毒方法结果的符合率为94%。本试验结果表明该方法特异性强、重复性好,有望成为一种特异、敏感、快速、定量检测H1亚型SIV的方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 H1亚型 TAQMAN MGB探针 一步法实时荧光定量rt-pcr
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口蹄疫病毒O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 王翠 赵雪丽 +7 位作者 王东方 王淑娟 马震原 杨海波 刘影 柴茂 谢彩华 闫若潜 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第2期61-69,共9页
为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设... 为建立口蹄疫病毒(FMDV)O型、A型和AsiaⅠ型三重实时荧光定量RT-PCR检测方法,本研究在比对多条FMDV基因的基础上,根据2B基因的最优保守区,设计O型、A型和Asia I型FMDV通用的反转录引物;再根据VP1基因的比对结果,以变异区为扩增靶区域,设计3对分别针对O型、A型和AsiaⅠ型FMDV的特异性引物和TaqMan MGB探针。经优化反应体系和扩增程序等反应条件,建立基于探针技术的FDMV三重实时荧光定量RT-PCR检测方法。验证该方法的特异性、敏感性和重复性,对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,并与基因测序方法及RT-PCR方法进行比较分析。结果显示:本研究成功建立了FMDV三重FQ-PCR方法,实现了一步法对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型病原样品的鉴别检测。该方法可特异性扩增FMDV O型、A型和AsiaⅠ型标准株细胞培养物,但对猪水疱性口炎病毒(VSV)等7种病原及阴性对照未出现扩增,特异性较强;对FMDV O型、A型和AsiaⅠ型阳性重组质粒标准品的最低检出限均可达到10拷贝/μL,敏感性较高;批内/批间试验变异系数为0.48%~1.55%,重复性较好;利用建立的三重FQ-PCR方法对15份临床疑似FMDV感染样品进行检测,检测结果与基因测序结果完全一致,优于RT-PCR方法。本研究建立的三重FQ-PCR方法具有敏感性高、特异性强,在同一反应体系中能同时鉴别检测出FMDV O型、A型和AsiaⅠ型等优点,能满足临床鉴别检测的需求。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 三重实时荧光定量rt-pcr 应用
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盖塔病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 顾志刚 郭洁真 +4 位作者 王子涵 孙彤 陈鸿军 孙竹筠 陈丹清 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第1期112-118,共7页
盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引... 盖塔病毒(GETV)是一种在我国广泛分布的虫媒病毒,可通过蚊虫传播感染人畜,导致猪、马等动物出现发热、出疹及淋巴结肿大等症状,可致妊娠母猪流产或死胎。目前尚无特效治疗方式。本研究根据GenBank公布的盖塔病毒nsP1基因序列,设计3组引物探针,筛选出最佳的引物探针,建立一种灵敏度高、特异性强的针对盖塔病毒的TaqMan探针实时荧光定量RTPCR检测方法。对该方法进行敏感性、特异性、重复性试验和临床样品检测。标准曲线Ct值与相应质粒标准品浓度存在良好的线性关系,相关系数(R^(2))为0.9989;对含GETV基因的重组质粒pCDNA3.1-nsP1体外转录RNA进行敏感性试验,最低检出限达10 copies,是普通RT-PCR方法的1000倍,敏感性高;与PRRSV、CSFV与PEDV的核酸不发生交叉反应,特异性好;变异系数小于2%,重复性好。本研究建立了一种敏感、特异的GETV检测方法,对GETV的快速诊断具有重要意义。 展开更多
关键词 盖塔病毒 nsP1 TAQMAN探针 实时荧光定量rt-pcr
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一步法TaqMan~探针实时荧光定量RT-PCR快速检测PRRSV的建立及初步应用 被引量:4
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作者 路斌 袁秀芳 +3 位作者 徐丽华 李军星 郭勇 王一成 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第3期396-403,共8页
根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,建立了一步法检测PRRSV的荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法具有较高的特异性,与PCV,JEV,SFV,PRV,PPV无交叉反应;可以检测到10个拷贝数的模板RNA... 根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,建立了一步法检测PRRSV的荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法具有较高的特异性,与PCV,JEV,SFV,PRV,PPV无交叉反应;可以检测到10个拷贝数的模板RNA或1个TCID50的PRRSV,比常规RT-PCR方法的灵敏度高10倍;对同一样品进行4次重复试验,变异系数(CV)<1%,具有较好的重复性。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对72份PRRS疑似病例肺组织进行平行检测,结果荧光定量RT-PCR检出40份阳性,高于常规RT-PCR方法(28份阳性)。建立的荧光定量RT-PCR方法特异性好、灵敏度高,而且快速简便,可用于PRRSV的实验室快速诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 实时荧光定量rt-pcr 一步法
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一步法CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR诊断方法的建立与初步应用 被引量:3
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作者 袁秀芳 路斌 +2 位作者 徐丽华 李军星 王一成 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第4期537-543,共7页
根据猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,分别设计了1对特异性引物和1条Taq Man探针,建立了一步法检测CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法特异性高,与PCV2,PRV,PPV,PEDV,JEV,BVDV无交叉反应... 根据猪瘟病毒(CSFV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的序列,分别设计了1对特异性引物和1条Taq Man探针,建立了一步法检测CSFV和PRRSV双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,建立的方法特异性高,与PCV2,PRV,PPV,PEDV,JEV,BVDV无交叉反应;可以检出20个拷贝数的模板RNA,比常规RT-PCR方法的灵敏度高10倍;对同一样品进行4次重复试验,变异系数(CV)低于4%,方法重复性好。应用建立的荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR对50份疑似病例组织进行检测,结果荧光定量RT-PCR检出30份PRRSV阳性,13份CSFV阳性,均高于常规RT-PCR方法的检出数(24份PRRSV阳性,10份CSFV阳性)。本研究建立的双重实时荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高的特点,可用于PRRSV和CSFV的实验室快速诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 猪繁殖与呼吸综合征病毒 双重实时荧光定量rt-pcr
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帕利亚姆病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:2
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作者 杨恒 李占鸿 +5 位作者 宋子昂 高林 李卓然 廖德芳 肖雷 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期395-400,共6页
本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,... 本研究拟建立帕利亚姆病毒(Palyam virus,PALV)血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法用于临床样本或媒介中PALV血清型鉴定。根据我国流行PALV毒株的基因节段2序列,设计扩增引物和TaqMan探针,建立PALV血清型特异型qRT-PCR方法,对方法的特异性、灵敏性与重复性进行评估;以我国分离的28株PALV和90份核酸阳性血液样本评估检测方法的可靠性;利用建立的方法对采集库蠓样本中携带的PALV进行血清型鉴定。结果显示,建立的PALV血清型qRT-PCR检测方法具有良好的特异性与灵敏性,可检出核酸拷贝数下限在22至28 copies·μL^(-1)。对28株PALV的qRT-PCR检测结果与病毒测序鉴定结果一致;对PALV不同感染阶段哨兵动物血液(90份)中的qRT-PCR鉴定结果与分离病毒的血清型鉴定结果一致;建立的方法可准确鉴定库蠓中携带PALV的血清型。本研究建立的PALV血清型qRT-PCR定型方法具有良好的特异强、敏感性与重复性,可用于PALV感染动物与媒介中PALV血清型的鉴定,具有良好的应用价值。 展开更多
关键词 帕利亚姆病毒 血清型鉴定 实时荧光定量rt-pcr 检测方法
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鸭坦布苏病毒一步法RT-PCR与荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:10
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作者 王建昌 王金凤 +1 位作者 袁万哲 刘立兵 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期629-633,共5页
为建立鸭坦布苏病毒(DTMUV)的检测方法,本研究根据GenBank中登录的DTMUV E基因保守区域设计引物和探针,建立了检测DTMUV的一步法RT-PCR和荧光定量RT-PCR方法,并比较了两种方法的敏感性和特异性。结果显示,荧光定量RT-PCR标准曲线的相关... 为建立鸭坦布苏病毒(DTMUV)的检测方法,本研究根据GenBank中登录的DTMUV E基因保守区域设计引物和探针,建立了检测DTMUV的一步法RT-PCR和荧光定量RT-PCR方法,并比较了两种方法的敏感性和特异性。结果显示,荧光定量RT-PCR标准曲线的相关系数(R^2)为0.999,DTMUV RNA在10~2拷贝/μL^10~7拷贝/μL范围内与Ct值呈现良好的线性关系;两种方法均仅对DTMUV RNA具有特异性扩增,而对其他常见鸭病原核酸的扩增均为阴性,具有较强的特异性;一步法RT-PCR对鸭胚纯培养病毒RNA的检测下限为10~3拷贝/μL,而荧光定量RT-PCR的检测下限为10~2拷贝/μL;重复性试验的变异系数均小于1.5%。对20份模拟临床样品的检测结果表明,一步法RT-PCR的阳性率为75%(15/20),而荧光定量RT-PCR的阳性率为90%(18/20)。本研究表明所建立的DTMUV荧光定量RT-PCR特异性强、重复性好、敏感性更高,更适用于DTMUV的临床诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 荧光定量rt-pcr 一步法rt-pcr E基因
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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
8
作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量rt-pcr方法
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基因1型狂犬病病毒一步法荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:5
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作者 许运斌 邵明富 +3 位作者 范金红 孙彦伟 席进 涂长春 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期297-302,310,共7页
目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒(rabies virus,RV)引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法。方法与结果该... 目的在我国狂犬病均由基因1型狂犬病病毒(rabies virus,RV)引起。本研究针对RV N基因保守序列设计并合成了一套简并引物和Taqman探针,在优化反应条件的基础上,建立了检测RV核酸的一步法荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法。方法与结果该方法能特异检测基因1型,不能检测基因2-7型和犬瘟热病毒(CDV)、犬细小病毒(CPV)、犬腺病病毒(CAV)、水泡性口炎病毒(VSV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)等5种非狂犬病病原体,其检测灵敏度可达到4.68个TCID50的病毒含量。用该方法对29份新鲜和5份腐败的临床犬脑组织样品进行检测,并与国际金标准确诊方法狂犬病荧光抗体染色法(FAT)和乳鼠脑内接种试验(MIT)及本实验室建立的套式RT-PCR方法进行比较。结果表明所建立的qRT-PCR与套式RT-PCR的符合率为100%,二者均检测出12份阳性的新鲜样品和5份阳性的腐败样品,而FAT只检测出12份阳性的新鲜样品和1份阳性的腐败样品,MIT只检测出12份阳性,未检测出阳性腐败样品。检测中FAT和MIT确诊的所有阳性样品在qRT-PCR检测均是阳性,而在FAT检测为阴性的4份腐败样品在qRT-PCR为阳性,说明所建立的qRT-PCR方法准确性达到了FAT和MIT的水平,而且灵敏度更高,更适合于腐败样品的检测。结论研究结果表明该qRT-PCR方法特异性好、灵敏度高、污染率低、操作简单,在我国动物狂犬病临床诊断上具有巨大的应用价值。 展开更多
关键词 狂犬病病毒 基因Ⅰ型 一步法荧光定量rt-pcr
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PEDV和TGEV双重TaqMan荧光定量一步法RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:13
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作者 侯月娥 伍建敏 李中圣 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2017年第1期19-25,共7页
本文通过对猪腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)基因组生物信息学分析,分别在两种病毒基因保守区设计特异性探针和Real-Time PCR引物,并建立了检测PEDV和... 本文通过对猪腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus,TGEV)基因组生物信息学分析,分别在两种病毒基因保守区设计特异性探针和Real-Time PCR引物,并建立了检测PEDV和TGEV的双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果表明,本研究建立的方法对其他常见病毒无交叉检出,具有较强的特异性;应用本方法对PEDV和TGEV检测灵敏度均可达101个拷贝。应用本法组装PEDV和TGEV双重实时荧光定量PCR试剂盒,该试剂盒批次内、批次间的变异系数CV(coefficient of variation,CV)分别低于0.58%和3.7%。应用该试剂盒对97份病例进行检测,阳性率提高了14.93%。本研究建立的一步法荧光定量RT-PCR方法具有快速、特异性好、灵敏度高、定量且重复性和稳定性好等优点,在PEDV和TGEV感染的快速鉴别诊断,以及流行病学调查方面都有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 猪传染性胃肠炎病毒 双重TaqMan实时荧光定量rt-pcr
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一种新颖简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法的建立 被引量:130
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作者 张驰宇 徐顺高 黄新祥 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期883-888,共6页
为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成... 为建立一种新颖、简便的荧光实时RT-PCR相对定量方法,根据实时定量标准曲线,推导出相对定量基因表达的公式.公式显示相对表达指数只与CT值和标准曲线的斜率相关.构建标准曲线的标准品需要通过克隆和体外转录获得,实验过程繁琐.当人为成比例增减标准品各个稀释度的具体拷贝数时,标准曲线的斜率并不改变,说明标准曲线斜率与标准品的具体拷贝数无关.因此,新的相对定量方法可以用任何一个待测样品的总RNA(或cDNA),经系列稀释后作为标准品,来构建相对定量标准曲线,获得斜率.与绝对定量法比较,新方法获得了基本相同的斜率和非常一致的定量结果(差异小于4%),而传统的2-#$CT法却表现出较大的定量误差.这些结果表明,新的相对定量方法是一种简便、准确和高效的定量基因表达的方法. 展开更多
关键词 荧光实时定量rt-pcr 相对定量 绝对定量 标准曲线 mRNA定量 斜率
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四步法消除SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR中引物二聚体的影响 被引量:47
12
作者 张驰宇 张高红 +1 位作者 杨敏 贲昆龙 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期387-392,共6页
为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法... 为建立一种新的SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR方法 ,使之能够有效消除引物二聚体 (PDs)对实时定量结果的影响 .对RT PCR特异性扩增产物和PDs分别进行了凝胶电泳检测和熔解曲线分析 .依据PDs和扩增产物的熔解温度 (Tm)特点 ,在通用的三步法的延伸步骤之后 ,增加一个短暂的 (5s)恒温和荧光检测步骤 ,使这个步骤的温度高于PDs的Tm,但低于扩增产物的Tm,简称该法为四步法 .PDs的Tm 通常高于 72℃ ,但低于扩增产物的Tm .将四步法第四步的温度设置在高于PDs的Tm ,但低于扩增产物的Tm 时 ,四步法能够有效地消除PDs的影响 .对三步法和四步法SYBRgreenⅠ实时定量RT PCR进行了比较 ,发现三步法根本不能用于RNA的实时定量 ,而四步法能够实现包括低丰度RNA在内的RNA的定量 .选择Tm 值尽可能小的引物 ,使PDs与扩增产物Tm 值之间有足够的差距 ,将更有利于四步法的应用 。 展开更多
关键词 引物二聚体 荧光实时定量rt-pcr SYBR green 步法 RNA定量
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实时荧光定量RT-PCR分析非小细胞肺癌SATB1的表达和临床病理意义 被引量:32
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作者 周来勇 刘芳 +3 位作者 童健 陈群请 张福伟 郭琳琅 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期534-537,共4页
目的检测非小细胞肺癌组织中SATB1 mRNA的表达,探讨SATB1表达与非小细胞肺癌发生、发展的关系及其临床病理意义。方法用TRIZOL提取非小细胞肺癌组织和正常肺组织总RNA后,将其反转录为cDNA,以实时荧光定量RT-PCR方法检测非小细胞肺癌组... 目的检测非小细胞肺癌组织中SATB1 mRNA的表达,探讨SATB1表达与非小细胞肺癌发生、发展的关系及其临床病理意义。方法用TRIZOL提取非小细胞肺癌组织和正常肺组织总RNA后,将其反转录为cDNA,以实时荧光定量RT-PCR方法检测非小细胞肺癌组织及正常肺组织中SATB1 mRNA的表达,分析SATB1基因表达与临床病理参数的相关性。结果癌组织中SATB1 mRNA表达量为正常组织13倍,两者差异显著(P<0.001),其中有、无转移组分别为正常组织23.63倍和5.57倍。结论SATB1 mRNA的表达水平可能与非小细胞肺癌发生发展及淋巴转移有关,有望成为判断非小细胞肺癌预后的一个指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 SATB1 mRNA 实时荧光定量rt-pcr
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SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR测定猴免疫缺陷病毒RNA拷贝数方法的建立 被引量:29
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作者 丛喆 李兆忠 +5 位作者 魏强 许琰 蒋虹 佟巍 卢圣栋 涂新明 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2006年第4期271-275,共5页
目的建立SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。方法巢式RT-PCR扩增SIV病毒RNAgag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEMT载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经限制性... 目的建立SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。方法巢式RT-PCR扩增SIV病毒RNAgag基因上1360-1837之间的长度为477 bp的片段,将该片段克隆到pGEMT载体上,构建pGEM-SIVgag477质粒。该质粒经限制性内切酶NotⅠ酶切后,进行体外转录,转录出的RNA产物(RS)纯化后10倍系列稀释,作出标准曲线,作为SIV病毒RNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100 copies/μL。结论制备的RS外标准品纯度高,SYBR Green I荧光染料实时定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)RNA拷贝数。 展开更多
关键词 SIV 病毒载量 实时荧光定量rt-pcr SYBR GreenⅠ
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猪嵴病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:9
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作者 修金生 陈小权 +1 位作者 王斌 李涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期922-926,共5页
目的本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法检测PKV的3D基因在6.42×102~6.42×108拷贝/μL范围... 目的本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法检测PKV的3D基因在6.42×102~6.42×108拷贝/μL范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为(84.94±0.24)℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。结论本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染水平和确定感染靶器官提供新的检测方法。 展开更多
关键词 猪嵴病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量rt-pcr
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新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:11
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作者 袁远华 吴志新 +3 位作者 王俊峰 黄兴国 贺东生 黄淑坚 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期738-741,共4页
为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结... 为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号。对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒 SYBR GreenⅠ 实时荧光定量rt-pcr
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实时荧光定量RT-PCR检测肝癌组织中miR-122a及miR-224的表达 被引量:6
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作者 刘卓然 陈小卫 +2 位作者 乔新惠 王蓉 向征 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期751-753,756,共4页
目的运用实时荧光定量RT-PCR方法分析miR-122与miR-224两种miRNAs在原发性肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨以miRNAs为靶点在早期肝癌中的临床诊断意义。方法采用基于2(-△△CT)的实时荧光定量RT-PCR法对35例肝癌组织及癌旁组织的miR-122a及m... 目的运用实时荧光定量RT-PCR方法分析miR-122与miR-224两种miRNAs在原发性肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨以miRNAs为靶点在早期肝癌中的临床诊断意义。方法采用基于2(-△△CT)的实时荧光定量RT-PCR法对35例肝癌组织及癌旁组织的miR-122a及miR-224进行了定量分析,结果经由Northernblot验证。结果与正常组织相比,在所有的被检肝癌组织中,均发现了miR-122a有不同程度的表达下调(P<0.01),而上述肝癌组织中的miR-224的定量结果显示该miRNA表达显著增加(P<0.001)。结论HCC组织中存在上述两种miRNAs表达水平的改变,实时荧光定量RT-PCR法为早期、准确的在临床上检测肝组织癌变提供了新的思路。 展开更多
关键词 MIR-122 miR-224 实时荧光定量rt-pcr 肝癌
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家兔GAPDH基因实时荧光定量RT-PCR方法的建立 被引量:9
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作者 高博 杨晓农 +2 位作者 于学辉 罗薇 黄河 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第1期69-73,共5页
根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内(3.2... 根据GenBank登录的家兔GAPDH基因保守区域CDS序列设计1对引物,通过反应体系及反应条件优化,成功建立了检测家兔GAPDH基因的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法。结果表明,该方法检测GAPDH的最低拷贝数为32拷贝/μL,在较广的范围内(3.2×10^1-3.2×10^7拷贝/μL)有良好的线性关系(r=0.999);熔解曲线分析显示扩增产物的特异性单峰,其Tm为(87±0.2)℃;5个不同浓度标准品组内试验变异系数为1.67%4.73%,组间试验变异系数为2.66%8.74%。该方法具有快速、灵敏、高通量及可重复性强等优点,为GAPDH基因作为内参基因进行家兔功能基因与病原基因表达的定量分析提供了方法学基础。 展开更多
关键词 家兔 GAPDH基因 实时荧光定量rt-pcr 内参基因
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实时荧光定量RT-PCR检测急性白血病患者骨髓HB-1的表达 被引量:7
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作者 王清云 李渊 +4 位作者 戢莉 梁赜隐 刘微 任汉云 邱志祥 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期8-15,共8页
目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。... 目的:探讨急性淋巴细胞白血病(ALL)患者骨髓细胞HB-1基因的表达水平以及HB-1基因在监测ALL微小残留病(MRD)方面的意义。方法:建立实时荧光定量RT-PCR方法(Taqman探针),检测HB-1基因的表达水平,并对其灵敏度、特异性和重复性进行检测。应用此方法检测了急性淋巴细胞白血病183例次,急性髓系白血病(AML)70例,血液系统非恶性疾病52例和造血干细胞健康供者24例的骨髓细胞HB-1基因的表达水平,并分析33例急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者HB-1基因的表达水平与疾病诊断、复发的相关性。结果:构建的实时荧光定量PCR方法的灵敏度达10-4水平,批间变异系数为6.79%,批内变异系数为4.80%。检测到HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞:初发/复发B-ALL中HB-1基因表达的中位水平明显高于ALL完全缓解组、初发T-ALL、初发AML、血液系统非恶性病及健康骨髓供者(33.0%vs 0.68%、0.07%、0.02%、0.58%、0,P<0.01),而初发TALL、初发AM L、血液系统非恶性疾病和健康供者HB-1基因的表达水平无统计学差异(P>0.05)。B-ALL患者血液学缓解时HB-1基因水平明显下降至0.68%(0-7.99%),疾病复发时HB-1表达水平再次升高(共3例,HB-1分别为7.69%、8.08%和484.0%),其检测结果与流式细胞学检测结果变化一致。结论:HB-1基因特异性表达于B-ALL细胞,所建立的实时荧光定量RT-PCR法在检测骨髓细胞HB-1基因的表达水平方面具有很好的灵敏度、特异性和重复性。HB-1基因可作为B-ALL患者的临床检测、监测MRD和早期预测复发的分子学标志。 展开更多
关键词 急性白血病 HB-1基因 实时荧光定量rt-pcr
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H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:6
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作者 卢体康 秦智锋 +8 位作者 陈兵 阮周曦 陶虹 吕建强 花群义 孙洁 曾少灵 曹琛福 张彩虹 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2012年第3期9-13,共5页
H7亚型禽流感病毒致病性强、危害性大,是进出口家禽及禽类产品的主要检疫对象。为了加强对H7亚型禽流感病毒的检测,建立新的快速检测方法。通过对GenBank已报道的H7亚型禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了两套分别针对H7N2亚型... H7亚型禽流感病毒致病性强、危害性大,是进出口家禽及禽类产品的主要检疫对象。为了加强对H7亚型禽流感病毒的检测,建立新的快速检测方法。通过对GenBank已报道的H7亚型禽流感病毒的HA基因进行序列分析比较,设计了两套分别针对H7N2亚型和H7Nx亚型的特异性引物和用FAM标记的Taq Man MGB核酸探针,建立了H7亚型禽流感病毒实时荧光定量RT-PCR方法(Real-time RT-PCR)。该方法特异性好,不存在假阴性和假阳性的现象;敏感性高,对禽流感病毒H7亚型标准HI抗原检测的敏感性达到10-5,能够满足口岸禽流感病毒快速、准确、有效的检疫需求。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H7亚型 实时荧光定量rt-pcr 检测
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