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草鱼不同月龄性腺组织学观察及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达分析 被引量:1
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作者 祁博 李胜杰 +6 位作者 杜金星 肖小芳 张东云 朱涛 雷彩霞 刘志军 宋红梅 《渔业科学进展》 北大核心 2025年第1期105-114,共10页
为探讨草鱼(Ctenopharyngodon idella)性腺发生、性别分化及发育规律,本研究对1、2、3、4、5、6、12、24、36和48月龄草鱼性腺组织结构以及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达差异进行了分析。组织切片结果显示,2月龄时,首次在生殖嵴中观... 为探讨草鱼(Ctenopharyngodon idella)性腺发生、性别分化及发育规律,本研究对1、2、3、4、5、6、12、24、36和48月龄草鱼性腺组织结构以及性别特征基因cyp19a1a和amh的表达差异进行了分析。组织切片结果显示,2月龄时,首次在生殖嵴中观察到原始生殖细胞,标志原始性腺形成。3月龄时,雌性草鱼性腺中观察到卵巢腔和卵巢小叶。4月龄时,观察到卵原细胞,表明其在3月龄时出现解剖学分化,4月龄时出现细胞学分化。4月龄雄性草鱼在性腺中观察到输精导管,5月龄时观察到精原细胞,表明其在4月龄出现解剖学分化,5月龄出现细胞学分化。12、24、36和48月龄草鱼卵巢分别处于发育的第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期,精巢则分别为发育的第Ⅱ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ期。荧光定量结果显示,雌性特征基因cyp19a1a在卵巢中的表达量总体呈先上升后下降再上升的趋势,2月龄时显著上调(P<0.05),3、6和48月龄时处于峰值。雄性特征基因amh在精巢中表达量总体呈先上升后下降的趋势。2月龄时显著上调(P<0.05),5月龄时达到峰值。综上,草鱼性腺发育启动时间约为2月龄,雌雄性腺分化时间分别约为3月龄和4月龄,至4龄时雌雄性腺发育成熟。本研究结果丰富了草鱼的繁殖生理学资料,也为其性别调控技术研究奠定了基础。 展开更多
关键词 草鱼 性别分化 组织切片 基因表达
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武定鸡催乳素基因的分子特征及其与就巢性的关联
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作者 韩春柳 刀文彬 +3 位作者 黄丽鸽 范新阳 滕晓红 苗永旺 《云南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期18-29,共12页
【目的】探究武定鸡催乳素(prolactin,PRL)基因的分子特征、组织表达模式、启动子区24bp插入/缺失多态性,并分析其与就巢性状的关联性。【方法】以武定鸡的垂体为研究材料,通过逆转录PCR技术克隆获得武定鸡PRL基因的编码序列(codingsequ... 【目的】探究武定鸡催乳素(prolactin,PRL)基因的分子特征、组织表达模式、启动子区24bp插入/缺失多态性,并分析其与就巢性状的关联性。【方法】以武定鸡的垂体为研究材料,通过逆转录PCR技术克隆获得武定鸡PRL基因的编码序列(codingsequence,CDS),并采用生物信息学方法分析其编码产物的结构与功能。利用实时荧光定量PCR技术检测PRL基因在产蛋期和就巢期的武定鸡垂体和卵巢组织中的表达差异。以京粉2号蛋鸡为对照,检测武定鸡PRL基因启动子区24bp插入/缺失多态性,并将检测结果与就巢性状进行关联分析。【结果】武定鸡PRL基因的CDS全长690bp,编码229个氨基酸。PRL蛋白属于亲水性蛋白,含有1个保守的prolactin-like蛋白家族结构域,无跨膜结构,但存在信号肽,主要在细胞外发挥作用。GO与蛋白互作分析显示:PRL蛋白通过与催乳素受体结合,激活下游信号通路,参与细胞增殖等生物学过程,并可能通过抑制促性腺激素释放激素间接影响黄体生成素的分泌。组织表达分析表明:PRL基因在垂体和卵巢中均有表达,且在就巢期的表达量极显著高于产蛋期。多态性检测结果显示:武定鸡PRL基因启动子区24 bp插入/缺失的基因型频率分别为:II型0.00%,ID型15.63%,DD型84.37%。关联分析结果显示:PRL基因启动子区24bp插入/缺失多态性与武定鸡的就巢性状存在极显著关联,该变异可能通过影响PRL基因的表达水平进而影响武定鸡的就巢性。【结论】PRL基因在武定鸡垂体和卵巢中发挥重要作用,并可能通过启动子区24bp插入/缺失多态性影响其就巢性。 展开更多
关键词 武定鸡 催乳素基因 分子特征 组织差异表达 启动子区多态性 就巢性
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灵丘青背山羊ACSL1基因克隆、生物信息学分析及其在脂肪细胞分化过程中的表达研究
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作者 艾小楠 程俐芬 +3 位作者 白璞 陈正灏 薛丽娜 周胜花 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第2期499-511,共13页
[目的]克隆灵丘青背山羊长链脂酰辅酶A合成酶1(long-chain acyl-CoA synthetase 1,ACSL1)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究ACSL1基因在灵丘青背山羊不同组织及皮下脂肪细胞分化过程中的表达规律。[方法]根据GenBank中山羊ACSL1... [目的]克隆灵丘青背山羊长链脂酰辅酶A合成酶1(long-chain acyl-CoA synthetase 1,ACSL1)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究ACSL1基因在灵丘青背山羊不同组织及皮下脂肪细胞分化过程中的表达规律。[方法]根据GenBank中山羊ACSL1基因序列(登录号:XM_018041882.1)设计特异性引物,以灵丘青背山羊肝脏组织cDNA为模板,通过PCR扩增ACSL1基因CDS区序列并克隆、测序,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建,并采用在线软件对ACSL1蛋白进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR方法检测ACSL1基因在灵丘青背山羊不同组织以及ACSL1、ACACA、PPARγ、FASN基因在皮下脂肪细胞不同分化时期的表达情况。[结果]灵丘青背山羊ACSL1基因CDS区序列全长2 100 bp,编码699个氨基酸。相似性比对发现,灵丘青背山羊ACSL1蛋白氨基酸序列与绵羊的相似性最高,达99.0%。系统进化树显示,灵丘青背山羊与绵羊的亲缘关系最近,与虎鲸的亲缘关系最远,且在不同物种进化过程中具有高度保守性。生物信息学分析发现,灵丘青背山羊ACSL1蛋白分子式为C_(3529)H_(5567)N_(929)O_(1000)S_(36),分子质量为78.2 ku,理论等电点为7.46,半衰期为30 h,不稳定系数为32.61。ACSL1蛋白为碱性疏水性蛋白,存在1个跨膜结构,无信号肽。ACSL1蛋白有49个磷酸化位点,主要在线粒体中发挥生物学功能。灵丘青背山羊ACSL1蛋白二级结构由α-螺旋(39.63%)、无规则卷曲(31.33%)、延伸链(20.74%)及β-转角(8.30%)组成。ACSL1蛋白与FASN、ACACA、LPL等10个蛋白可能存在互作。组织表达分析发现,ACSL1基因在灵丘青背山羊各组织中均有表达,其中在肝脏中表达量最高,且显著高于其他组织(P<0.05),在皮下脂肪、肾脏和心脏中表达量次之。检测山羊脂肪细胞不同分化时期基因的时序表达,结果显示,与分化第0天相比,山羊ACSL1基因表达量在分化第8天达到峰值(P<0.05);ACACA和FASN基因表达量均在分化第10天达到峰值(P<0.05);PPARγ基因表达量在分化第6天达到峰值(P<0.05)。[结论]本研究成功克隆了灵丘青背山羊ACSL1基因CDS区序列,并明确了其在山羊不同组织和脂肪细胞分化过程中的表达规律。ACSL1基因在肝脏和皮下脂肪组织中有较高的表达,ACSL1、ACACA、PPARγ、FASN基因表达量在脂肪细胞诱导分化过程中均呈现先升后降的趋势,研究结果为进一步探究ACSL1基因在山羊脂肪沉积过程中的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 灵丘青背山羊 ACSL1基因 克隆 生物信息学 组织表达 脂肪细胞分化
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基于转录组测序的菜心茎尖组织开花相关基因差异表达分析 被引量:1
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作者 王帷千 龚泽平 +6 位作者 陈妍娜 李荣华 黄红弟 郭少龙 李光光 郭培国 夏岩石 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期721-732,共12页
【目的】基于转录组测序数据分析鉴定调控菜心抽薹开花相关的候选基因及信号通路,为今后阐明菜心抽薹开花调控分子机制及选育不同熟性菜心品种提供理论参考。【方法】对四九-19号(早熟型)和80天油绿(晚熟型)菜心的七叶期和现蕾期茎尖组... 【目的】基于转录组测序数据分析鉴定调控菜心抽薹开花相关的候选基因及信号通路,为今后阐明菜心抽薹开花调控分子机制及选育不同熟性菜心品种提供理论参考。【方法】对四九-19号(早熟型)和80天油绿(晚熟型)菜心的七叶期和现蕾期茎尖组织进行转录组测序,比较不同熟性菜心品种间及不同生长时期间的差异表达基因(DEGs),并对其进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,结合FLOR-ID和UniProt数据库筛选出不同熟性菜心参与调控抽薹开花时间的候选基因及信号通路,通过实时荧光定量PCR验证转录组数据的可靠性。【结果】菜心茎尖组织转录组测序数据为81.93 Gb,经质控过滤后得到536679570条Clean reads,GC含量为47.24%~47.63%,Q20为97.11%~98.00%,Q30为91.97%~94.11%,平均87.98%的Clean reads比对上参考基因组。四九-19号菜心的七叶期和现蕾期间有1965个DEGs,80天油绿菜心的七叶期和现蕾期有6007个DEGs。GO功能注释结果显示,涉及分子功能的DEGs最多,主要注释为蛋白质二聚化活性、血红素结合和四吡咯结合等;其次是生物学过程,主要注释为小分子代谢过程、脂质代谢过程和离子运输等过程;细胞成分类别中,DEGs主要注释为核糖体、细胞器部分、染色体、核小体、蛋白质-DNA复合物和DNA包装复合体。KEGG信号通路富集结果显示,四九-19号菜心七叶期和现蕾期间的DEGs显著(Padj<0.05,下同)富集在光合生物中的碳固定及角质、木栓质和蜡生物合成等通路;80天油绿菜心七叶期和现蕾期间的DEGs显著富集在苯丙素生物合成、DNA复制和植物激素信号转导等通路。四九-19号和80天油绿菜心品种间有750个DEGs,其中16个为开花相关基因,涉及光周期途径、自主途径、赤霉素途径、春化途径、温度途径和年龄途径等,部分开花基因在2个菜心品种中表达量存在明显差异。实时荧光定量PCR检测结果与转录组测序结果相关性较强。【结论】菜心抽薹开花过程受到光周期途径、自主途径和赤霉素途径等关键途径调控,同时受到春化途径、温度途径和年龄途径的影响。虽然2个不同熟性菜心品种开花调控所涉及的途径基本相同,但开花调控途径中的基因响应不一致,导致二者开花时间存在差异。 展开更多
关键词 菜心 茎尖组织 转录组 差异表达基因(DEGs) 开花调控
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简州大耳羊CKMT2基因克隆、生物信息学分析及时空表达研究 被引量:2
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作者 孙诗雨 李金岚 +4 位作者 邢佳妮 董耀徽 李艳艳 王友利 林亚秋 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2342-2353,共12页
【目的】克隆简州大耳羊肌节线粒体肌酸激酶2(creatine kinase mitochondrial 2,CKMT2)基因并探究其生物学特征,明确其在简州大耳羊不同组织以及不同分化阶段成肌细胞中的表达特性。【方法】采集简州大耳羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背... 【目的】克隆简州大耳羊肌节线粒体肌酸激酶2(creatine kinase mitochondrial 2,CKMT2)基因并探究其生物学特征,明确其在简州大耳羊不同组织以及不同分化阶段成肌细胞中的表达特性。【方法】采集简州大耳羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、背最长肌、臂三头肌组织样品,利用PCR方法扩增简州大耳羊CKMT2基因并克隆测序,通过在线软件对其进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测CKMT2基因在简州大耳羊不同组织及不同分化阶段成肌细胞中的表达水平。【结果】简州大耳羊CKMT2基因全长1 314 bp,其中包括CDS区1 259 bp,编码419个氨基酸,与绵羊和羚羊的亲缘关系最近。CKMT2蛋白是一种无信号肽及跨膜结构域的碱性亲水稳定蛋白,主要定位于线粒体、过氧化物类酶体及细胞质,共包含32个磷酸化位点、1个N-糖基化位点以及4个O-糖基化位点。蛋白二级结构主要包括α-螺旋(39.14%)、无规则卷曲(36.28%)、延伸链(16.23%)和β-转角(8.35%),三级结构与二级结构预测结果基本一致。蛋白互作分析结果显示,CKMT2蛋白与半胱氨酸和甘氨酸富含蛋白3(cysteine and glycine-rich protein 3,CSRP3)、M型肌酸激酶(creatine kinase M-type, CKM)、磷酸甘油酸变位酶2(phosphoglycerate mutase 2,PGAM2)等蛋白存在相互作用。组织表达谱结果显示,CKMT2基因在简州大耳羊心脏中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05);在背最长肌中表达量较高,显著高于脾脏和臂三头肌(P<0.05)。时序表达谱结果显示,简州大耳羊CKMT2基因在成肌细胞诱导分化4 d时表达水平达到峰值,显著高于0、6 d(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆简州大耳羊CKMT2基因序列并明确了其分子特征,其在心脏、背最长肌以及成肌分化4 d时表达量较高。研究结果为进一步揭示CKMT2基因调控简州大耳羊成肌细胞增殖分化的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 简州大耳羊 CKMT2基因 克隆 组织表达 细胞分化
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柯乐猪异常乳腺组织的TMT蛋白组学分析 被引量:1
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作者 王春源 熊力 +4 位作者 杨红文 郭小江 张依裕 谭元成 杨酸 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期69-78,共10页
【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制,为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头,采集乳腺组织,利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋... 【目的】基于串联体量标记(TMT)定量蛋白组学技术探讨柯乐猪母猪乳腺发育的调控机制,为选育工作提供依据。【方法】选取乳腺发育正常和异常的柯乐猪母猪各3头,采集乳腺组织,利用TMT定量蛋白组学技术探究正常和异常乳腺组织的差异表达蛋白,筛选与乳腺发育相关的差异关键蛋白,并对差异表达蛋白进行生物信息学分析。【结果】从柯乐猪乳腺组织中共筛选出474个差异表达蛋白,包括245个上调蛋白、229个下调蛋白;基因本体(GO)功能注释和富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在上皮细胞分化、皮肤形成和肾小管上皮细胞分化等生物学过程中,主要分布在胞外区和细胞外空隙中,参与调节肽酶抑制剂活性和肽链内切酶活性;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,差异表达蛋白主要富集在补体系统、过氧化物酶体增殖物激活受体和金黄色葡萄球菌感染等信号通路上;结合差异表达蛋白互作网络分析,筛选出10个核心差异表达蛋白[上调蛋白有P14287(骨桥蛋白)、F1RXF9(角蛋白25)、I3LDS3(角蛋白10)、Q75QW1(上皮细胞黏附分子)、A0A5S8KLN1(丛生蛋白)、F1RW75(桥粒素),下调蛋白有A0A286ZT13(白蛋白)、P06867(血纤维蛋白溶酶原)、F1SCC9(含丝氨酸蛋白酶抑制剂结构域的蛋白)、P50447(α-1-抗胰蛋白酶)]。【结论】采用TMT定量蛋白组学技术能有效筛选出母猪正常和异常乳腺组织中的差异表达蛋白。 展开更多
关键词 柯乐猪 串联体量标记(TMT)技术 乳腺组织 差异表达蛋白
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鸡PPARγ基因的表达特性及其对脂肪细胞增殖分化的影响 被引量:38
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作者 王丽 那威 +5 位作者 王宇祥 王彦博 王宁 王启贵 李玉茂 李辉 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期454-464,共11页
为分析鸡PPARγ基因的组织表达特性及其在脂肪细胞增殖和分化过程中的功能,文章以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系肉鸡为实验材料,利用Western blotting方法,检测PPARγ基因的组织表达特性及其在高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织间的表... 为分析鸡PPARγ基因的组织表达特性及其在脂肪细胞增殖和分化过程中的功能,文章以东北农业大学高、低腹脂双向选择品系肉鸡为实验材料,利用Western blotting方法,检测PPARγ基因的组织表达特性及其在高、低脂系肉鸡腹部脂肪组织间的表达差异;采用RNAi技术,在鸡原代脂肪细胞中抑制PPARγ基因的表达后,通过MTT和油红O提取比色的方法,研究鸡PPARγ基因对脂肪细胞增殖和分化的调控作用;利用Real-timePCR和Western blotting技术,分析PPARγ基因表达下调后,其他脂肪细胞分化转录因子以及与脂肪细胞分化相关的重要基因的表达变化情况。结果表明,PPARγ基因在7周龄高脂系肉鸡腹部脂肪组织、肌胃、脾脏、肾脏组织中表达量较高,在心脏中表达量较低,在肝脏、胸肌、腿肌、十二指肠中未检测到表达信号;与高脂系相比,PPARγ基因在5和7周龄低脂系肉鸡腹部脂肪组织中的表达量较低(P<0.05);PPARγ基因的表达量下降后,鸡脂肪细胞的增殖能力增强,分化能力减弱;同时,C/EBPα、SREBP1、A-FABP、Perilipin1、LPL、IGFBP-2基因的表达量均下降(P<0.05)。由此可见,PPARγ基因的表达可能与肉鸡腹部脂肪的沉积有一定的关系,该基因可能是调控鸡脂肪细胞增殖与分化的关键因子。 展开更多
关键词 PPARΓ基因 脂肪细胞增殖分化 组织表达 RNAI
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不同毛色山羊皮肤组织Agouti基因mRNA及其编码ASIP差异表达研究 被引量:9
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作者 张天 张丽英 +2 位作者 李祥龙 周荣艳 李兰会 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1932-1938,共7页
旨在探讨Agouti基因调控山羊毛色机制,采用SYBR Green real-time PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测了不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA及其所编码ASIP蛋白的差异表达。结果表明,Agouti基因mRNA在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表... 旨在探讨Agouti基因调控山羊毛色机制,采用SYBR Green real-time PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测了不同毛色山羊皮肤组织中Agouti基因mRNA及其所编码ASIP蛋白的差异表达。结果表明,Agouti基因mRNA在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量依次为白色>黑色>棕色;mRNA表达量在棕色和白色、棕色和黑色山羊皮肤之间均存在显著差异(P<0.05),在白色和黑色山羊皮肤之间差异不显著(P>0.05)。ASIP在白色、黑色、棕色山羊皮肤组织中的表达量:白色>棕色>黑色;ASIP表达量在白色和黑色山羊皮肤组织之间存在显著差异(P<0.05),但在白色和棕色、棕色和黑色山羊皮肤组织之间差异均不显著(P>0.05)。研究结果提示,Agouti基因在不同毛色山羊皮肤组织中可能存在不同调控机制。 展开更多
关键词 山羊 Agouti基因 皮肤组织 mRNA ASIP 差异表达
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草鱼HSP90基因cDNA序列克隆及其组织表达差异 被引量:5
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作者 林亚秋 郑玉才 +2 位作者 吉红 贺庆华 黄吉芹 《水产科学》 CAS 北大核心 2009年第8期439-442,共4页
根据斑马鱼HSP90(Heat shock protein)序列(NM_131328)设计并合成一对引物,提取草鱼肝脏组织总RNA,RT-PCR扩增获得草鱼HSP90基因cDNA部分序列596 bp,获得GenBank登陆号为FJ517554。将测序结果利用DNAman软件与其他几种已知序列的鱼进行... 根据斑马鱼HSP90(Heat shock protein)序列(NM_131328)设计并合成一对引物,提取草鱼肝脏组织总RNA,RT-PCR扩增获得草鱼HSP90基因cDNA部分序列596 bp,获得GenBank登陆号为FJ517554。将测序结果利用DNAman软件与其他几种已知序列的鱼进行比对,结果表明,草鱼HSP90与斑马鱼、鲤、鲋的同源性依次为90%、89%、92%。同时利用半定量(Semi-quantitative,SQ)RT-PCR技术检测HSP90在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达差异。结果表明,HSP90在草鱼除了鳍外的其他11个组织中均检测到表达,其中在心脏中表达最高,但与鳃、性腺、脑、脾脏中的表达无显著差异(P>0.05),在脂肪、粘液、鳔组织中的表达显著低于其他几种组织(P<0.05),在肝脏、肌肉与肠中的表达无显著差异(P>0.05)。 展开更多
关键词 HSP90 克隆 组织差异 草鱼
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草鱼HSP70基因cDNA部分序列克隆及其组织表达差异 被引量:13
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作者 林亚秋 郑玉才 吉红 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2009年第4期67-71,共5页
根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序... 根据鲤热休克蛋白70(Heat shock protein,HSP70)序列(AY120894)设计并合成一对引物,以草鱼(Cteno-pharyngodon idella)肝胰脏组织总RNA为模板,RT-PCR扩增获得草鱼HSP70基因cDNA部分序列,并进行了组织表达差异性研究。结果显示:所获为序列为480 bp,获得GeneBank登陆号为FJ483832。序列测序结果显示,HSP70扩增序列与鲤、斑马鱼、鲋的同源性为:93%、91%、93%。另外,所获序列HSP70在草鱼脂肪、肌肉、肠、脑、粘液、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏、鳃、鳍12个组织的表达存在差异,HSP70在草鱼这12个组织中均检测到表达,其中在鳍中表达最高,极显著高于其他组织(P<0.01);在鳔中表达次之,且与脑、心脏、性腺中表达差异不显著;在粘液中表达最低。 展开更多
关键词 热休克蛋白(HSP70) 克隆 组织差异 草鱼(Ctenopharyngodon idella)
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小叶杨GA20氧化酶基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析 被引量:7
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作者 卫尊征 郭琦 +2 位作者 李百炼 张金凤 张德强 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第4期19-27,共9页
利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为38... 利用RT-PCR方法,首次从小叶杨未成熟木质部cDNA中分离出PsGA20OxcDNA全长及其基因组DNA,并进行测序和序列分析。结果表明:克隆的小叶杨PsGA20OxcDNA片段总长为1403bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为1155bp,编码区可编码长度为385个AA残基,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥和水稻GA20Ox蛋白的同源性分别为66.0%和57.0%。组织特异性RT-PCR结果显示,PsGA20Ox基因在杨树茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PsGA20Ox在成熟木质部中表达丰度最高,在未成熟木质部和嫩叶中表达丰度较高,在顶端分生组织中有少量表达,在形成层组织中表达丰度极低。在此基础上,组合利用MEGA4.0和DnaSP4.50.4软件对小叶杨36株基因型个体的PsGA20Ox基因组DNA序列进行比对和分析,检测到49个单核苷酸多态性(SNP)位点,频率为1/35bp。其中,15个是常见SNPs,34个为罕见SNPs。在这些SNPs中,37个属于转换,12个属于颠换。在外显子区域,共检测到26个SNP位点,其中23个为同义突变,3个为错义突变。对PsGA20Ox基因内SNPs进行的连锁不平衡分析表明,随着核苷酸序列长度的增加,SNPs的连锁不平衡在基因内部就迅速衰退,因此,在小叶杨中,基于候选基因的连锁不平衡作图是可行的,而基于整个杨树基因组的连锁不平衡作图是不可行的,也是不必要的。 展开更多
关键词 小叶杨 赤霉素20氧化酶基因 组织特异性反转录PCR表达 单核苷酸多态性
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赤眼鳟MyD88基因cDNA克隆与表达特性研究 被引量:7
12
作者 王荣华 李伟 +3 位作者 肖调义 刘巧林 金生振 周智愚 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期459-466,共8页
实验使用RACE-PCR技术获得了赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)髓样分化因子88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)的c DNA全长,命名为Sc My D88。ScMy D88的cDNA全长为1779 bp,其中开放阅读框855 bp,共编码284个氨基酸残基,推... 实验使用RACE-PCR技术获得了赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)髓样分化因子88(Myeloid differentiation factor 88,MyD88)的c DNA全长,命名为Sc My D88。ScMy D88的cDNA全长为1779 bp,其中开放阅读框855 bp,共编码284个氨基酸残基,推导的蛋白质分子量为33.053 k D,理论等电点为5.66。赤眼鳟My D88具有典型的MyD88结构特征,包括死亡结构域和TIR结构域(Toll-IL-1 receptor domain,TIR),其氨基酸序列和鲤科鱼类具有高度保守性,相似性达到了90%以上,特别是和武昌鱼相比,相似性达到了98%。在检测的9个赤眼鳟组织和器官中均有MyD88表达,其中肝脏、头肾和体肾中表达水平最高,在脑中表达量最低。在草鱼呼肠弧病毒(Grass carp reovirus,GCRV)感染初期(12h内),My D88在赤眼鳟免疫组织中表达水平急剧上升,特别是在脾脏和体肾中尤为明显,随后恢复正常水平。研究表明,MyD88在赤眼鳟抵抗GCRV入侵的免疫应答反应初期发挥了重要作用。 展开更多
关键词 赤眼鳟 髓样分化因子88(MyD88) 基因克隆 组织表达
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草鱼PPARα和PPARγ基因的克隆与组织表达差异 被引量:7
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作者 林亚秋 吉红 郑玉才 《水产科学》 CAS 北大核心 2011年第2期94-97,共4页
根据GenBank上登录的过氧化物酶体增殖物激活受体s(Peroxisome proliferator activated receptor,PPARs)基因序列设计2对引物,提取草鱼肝脏组织总RNA,经RT-PCR扩增获得了PPARα624 bp和PPARγ438 bp。并利用半定量RT-PCR分析了草鱼PPAR... 根据GenBank上登录的过氧化物酶体增殖物激活受体s(Peroxisome proliferator activated receptor,PPARs)基因序列设计2对引物,提取草鱼肝脏组织总RNA,经RT-PCR扩增获得了PPARα624 bp和PPARγ438 bp。并利用半定量RT-PCR分析了草鱼PPARα和PPARγ基因的mRNA组织表达特性,结果在肝胰脏、脂肪、肌肉、肠、脑、性腺、鳔、肝胰脏、心脏、脾脏和鳃均检测到PPARα和PPARγ基因的表达,在黏液中未检测到表达。且PPARα在肝胰脏中表达最高,PPARγ在脂肪组织中表达最高。 展开更多
关键词 PPARΑ PPARΓ 克隆 组织差异 草鱼
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鸡OBR基因在肉鸡和蛋鸡肝脏组织中差异表达的研究 被引量:3
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作者 王桂华 李辉 +1 位作者 王启贵 王宇祥 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第5期650-655,共6页
瘦蛋白受体(OBR)属于Ⅰ类细胞因子超家族受体,其在瘦蛋白的信号转导途径中起着关键的作用。本研究采用半定量RT-PCR方法检测鸡OBR基因在不同发育阶段(1日龄,2,4,6,8和10周龄)的肉鸡和蛋鸡肝脏组织中的表达情况。结果发现,OBR基因在肉鸡... 瘦蛋白受体(OBR)属于Ⅰ类细胞因子超家族受体,其在瘦蛋白的信号转导途径中起着关键的作用。本研究采用半定量RT-PCR方法检测鸡OBR基因在不同发育阶段(1日龄,2,4,6,8和10周龄)的肉鸡和蛋鸡肝脏组织中的表达情况。结果发现,OBR基因在肉鸡和蛋鸡肝脏中表达存在差异,除4周龄外,其它时期肉鸡OBR基因表达水平均高于蛋鸡。研究结果同时表明,饲料能量水平影响OBR基因的表达水平。 展开更多
关键词 OBR基因 肝脏组织 差异表达
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人支气管上皮不典型增生与浸润癌组织的比较蛋白质组学研究 被引量:3
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作者 吴晓英 陈主初 +5 位作者 肖志强 李萃 汪春年 李建玲 冯雪萍 张鹏飞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第11期1006-1017,共12页
为筛选支气管上皮鳞状不典型增生进展的分子标志物 ,采用改良的脱氧胆酸 三氯醋酸 (deoxycholate trichloroaeticacid ,DOC TCA)法提纯支气管上皮总蛋白质进行双向电泳 (two dimensionalelectrophoresis,2 DE) ,应用ImageMaster 2D分... 为筛选支气管上皮鳞状不典型增生进展的分子标志物 ,采用改良的脱氧胆酸 三氯醋酸 (deoxycholate trichloroaeticacid ,DOC TCA)法提纯支气管上皮总蛋白质进行双向电泳 (two dimensionalelectrophoresis,2 DE) ,应用ImageMaster 2D分析软件、Student’st 检验识别差异蛋白质点 ,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assistedlaserdesorption/ionizationtime of flightmassspectrometry ,MALDI TOF MS)得到相应的肽质指纹图 (peptidemassfingerprint,PMF) ,搜索数据库鉴定差异蛋白质 .由此获得人支气管上皮不典型增生和浸润癌组织的 2 DE图谱及其凝胶的平均蛋白质点数 (12 73 0 0± 4 3 31,132 6 0 0± 6 6 6 3) ,且两阶段间平均差异蛋白质点数为 5 6 0 0± 8 96 .取 38个差异蛋白质点进行PMF分析 ,鉴定出一些与细胞生长、分化或肿瘤发生等有关的蛋白质 ,随即应用免疫组化检测差异蛋白质EGFR、c Jun、Mdm2在两类组织中的表达 ,其结果也显示了类似的表达差异 .支气管上皮不典型增生恶性转化过程中存在蛋白质的差异表达 ,这些差异蛋白质可能以不同的方式参与了癌变过程 ,且EGFR、c Jun、Mdm2的免疫组化验证结果与质谱结果的一致性表明 。 展开更多
关键词 比较蛋白质组学 人支气管上皮 差异表达蛋白质 免疫组化 分子标志物
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猪MyD88基因的克隆及组织表达谱分析 被引量:4
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作者 李强 李学伟 +2 位作者 朱砺 陈磊 李明洲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1429-1434,共6页
本研究旨在克隆猪MyD88的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异。利用RT-PCR技术从猪肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪MyD88的cDNA序列,用相关软件进行了基因结构和功能预测,并利用Real-time PCR技术对MyD88基因的组织表达谱进行了... 本研究旨在克隆猪MyD88的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异。利用RT-PCR技术从猪肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪MyD88的cDNA序列,用相关软件进行了基因结构和功能预测,并利用Real-time PCR技术对MyD88基因的组织表达谱进行了分析。序列分析结果表明克隆到的序列全长为897 bp(EF198416),其882 bp的开放阅读框编码的293个氨基酸残基组成猪髓样分化因子88(MyD88);推导的氨基酸序列分析显示:猪MyD88蛋白具有典型的死亡结构域和TIR结构域,相似性分析结果显示,MyD88在进化过程中具有高度保守性,与人、牛、褐鼠和小鼠的氨基酸序列相似性分别为88.4%、85.7%、78.8%和78.2%;Real-time PCR结果表明:MyD88在11个组织中的相对表达水平存在差异,其在派伊氏小体和肠系膜淋巴结中表达量相对较高,在心脏和肌肉组织中表达量较低。猪MyD88基因的克隆和表达研究为进一步研究其生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 髓样分化因子88 基因克隆 序列分析 组织表达谱
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SIRT1基因在绵羊不同组织器官中的差异性表达研究 被引量:3
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作者 潘洋洋 景炅婕 +5 位作者 乔利英 贾夏丽 张静 张方 胡子乔 刘文忠 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 2015年第2期113-118,共6页
SIRT1(silent mating type information regulation 2homolog1)是一种具有NAD+依赖性去乙酰化酶活性的转录调节因子,参与能量代谢的调节。利用实时荧光定量PCR技术,对10月龄山西肉用绵羊母本品系去势公羊内脏(肝、肾、脾、肺、心)、肌肉... SIRT1(silent mating type information regulation 2homolog1)是一种具有NAD+依赖性去乙酰化酶活性的转录调节因子,参与能量代谢的调节。利用实时荧光定量PCR技术,对10月龄山西肉用绵羊母本品系去势公羊内脏(肝、肾、脾、肺、心)、肌肉(背最长肌)和脂肪(大网膜、小网膜、肠系膜、腹膜后、皮下)等11种器官或组织中SIRT1基因mRNA的表达量进行检测,以探讨SIRT1基因的差异性表达规律。结果表明,绵羊SIRT1基因在所检测的器官或组织中均有表达,且差异极显著(P<0.001)。主要表现在脾脏、肝脏和肾脏中的表达显著高于心脏和肺脏中的表达;深层脂肪组织中的表达高于浅层的皮下脂肪;在背最长肌中也有较高表达。这些差异与绵羊SIRT1基因调节脂质代谢及糖异生有关。有关结果为研究SIRT1基因的功能奠定了科学依据。 展开更多
关键词 绵羊 SIRT1 实时定量PCR 差异性表达 组织器官
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感染GCRV的草鱼miRNA测序与比较分析 被引量:3
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作者 肖调义 龙哲 +3 位作者 李彬 张秋实 秦玲 熊舒婷 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期238-247,共10页
为探索基于高通量筛选抗性主效miRNA功能分子的方法应用于抗性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的选育,研究借助高通量测序鉴定分析感染GCRV前后的草鱼头肾组织中miRNAs。测序结果共鉴定出821个成熟miRNAs,其中118个在GCRV攻毒组特异表达... 为探索基于高通量筛选抗性主效miRNA功能分子的方法应用于抗性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的选育,研究借助高通量测序鉴定分析感染GCRV前后的草鱼头肾组织中miRNAs。测序结果共鉴定出821个成熟miRNAs,其中118个在GCRV攻毒组特异表达,82个为未攻毒组特有;差异分析结果显示,GCRV处理后有88个miRNA显著下调表达、46个miRNA显著上调表达;qPCR结果显示miR-21在GCRV感染组中的头肾中表达量最高,miR-194a在两个比较组中的差异倍数最大,达到48倍之高;组织表达结果发现部分差异表达miRNA在脾脏、肾脏、头肾、皮肤和鳃等免疫相关器官中高表达;这些结果提示不同的miRNAs在草鱼的GCRV应答过程中发挥着不同的功能,为抗病草鱼的选育提供可参考的分子资源。 展开更多
关键词 草鱼 高通量测序 MIRNAS 差异表达 组织表达
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脂联素基因在荷斯坦公牛不同组织部位的表达差异 被引量:1
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作者 张长庆 刘婷 +6 位作者 赵生国 雷赵民 王欣荣 孙国虎 李世歌 李耀东 吴建平 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第1期31-36,共6页
【目的】研究脂联素基因在荷斯坦公牛不同组织及月龄间的相对表达差异性,为脂联素基因作为荷斯坦公牛育肥指标的分子辅助标记提供依据。【方法】运用实时荧光定量PCR法检测了脂联素基因在15和17月龄荷斯坦公牛脂肪组织(背部脂肪、腰部... 【目的】研究脂联素基因在荷斯坦公牛不同组织及月龄间的相对表达差异性,为脂联素基因作为荷斯坦公牛育肥指标的分子辅助标记提供依据。【方法】运用实时荧光定量PCR法检测了脂联素基因在15和17月龄荷斯坦公牛脂肪组织(背部脂肪、腰部脂肪、肾周脂肪、肠系膜脂肪)和肌肉组织(背最长肌和半腱肌)间的相对表达差异性。【结果】15月龄时脂联素基因在荷斯坦公牛肾周脂肪和肠系膜脂肪中的相对表达量极显著高于腰部脂肪、背部脂肪、背最长肌和半腱肌(P<0.01),17月龄时仅显著高于背最长肌和半腱肌(P<0.05);17月龄时该基因在背部脂肪中的相对表达量显著高于15月龄时(P<0.05)。【结论】脂联素基因在15和17月龄荷斯坦公牛脂肪组织和肌肉组织中均有表达,且在脂肪组织和肌肉组织间具有组织表达差异性。 展开更多
关键词 脂联素基因 荷斯坦公牛 不同组织部位 表达差异
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cDNA芯片研发及其在肥胖患者脂肪基因差异表达研究中的应用 被引量:3
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作者 赵萸 骆天红 +8 位作者 王侃侃 张济 郑培烝 赵春军 刘优萍 郑升 顾燕云 李果 罗敏 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1067-1078,共12页
为了加快基因功能的研究 ,利用已有的来源于不同组织的cDNA克隆 ,并通过交换和购买补充了低丰度和染色体覆盖不完全的部分cDNA ,研制开发出具有相当代表性、覆盖较完全的高密度cDNA表达型基因芯片 ,每张芯片上含有 384个质控DNA和 12 6... 为了加快基因功能的研究 ,利用已有的来源于不同组织的cDNA克隆 ,并通过交换和购买补充了低丰度和染色体覆盖不完全的部分cDNA ,研制开发出具有相当代表性、覆盖较完全的高密度cDNA表达型基因芯片 ,每张芯片上含有 384个质控DNA和 12 6 30个cDNA探针 ,其中包括 12 5 0 8个Unigene和 12 2个表达序列标签 (EST) .利用这些芯片 ,对肥胖患者及正常人内脏脂肪组织基因表达谱进行了初步研究 ,并发现在肥胖患者内脏脂肪组织差异表达的基因 ,其中上调的有与凋亡相关的基因、与免疫有关的基因以及与能量代谢有关的基因等 ,而下调的主要是与脂肪酸及胆固醇合成有关的基因 。 展开更多
关键词 cDNA芯片 肥胖 脂肪组织 差异表达
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