应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异 被引量：4

1

作者 鲍忠赞 张彩霞 +6 位作者 徐世清 周前凯 魏广兵 王华 刘腾 金鑫 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期456-467,共12页

高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕... 高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。 展开更多

关键词 家蚕 高温 基因表达系列分析技术 差异表达基因

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SAGE技术及其应用 被引量：4

2

作者 赵浩勤 张国政 +2 位作者 李佳梅 夏定国 张业顺 《江西农业学报》 CAS 2008年第6期36-39,共4页

综述了基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)技术的基本原理和最近SAGE技术的应用情况以及在家蚕功能基因研究中的应用前景。

关键词 基因表达 基因表达系列分析 标签 家蚕 应用

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家蚕正反交组合F_1代的基因表达系列分析(SAGE)文库构建 被引量：1

3

作者 张彩霞 鲍忠赞 +6 位作者 徐世清 周前凯 魏广兵 王华 刘腾 金鑫 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期232-240,共9页

家蚕杂交组合存在普遍的正反交遗传表型差异现象,为探讨引起正反交组合遗传差异的分子机制,构建家蚕品种75新×7532正交F1代雌雄个体和7532×75新反交F1代雌雄个体共4个基因表达系列分析(SAGE)文库。通过正反交组合同性别子代... 家蚕杂交组合存在普遍的正反交遗传表型差异现象,为探讨引起正反交组合遗传差异的分子机制,构建家蚕品种75新×7532正交F1代雌雄个体和7532×75新反交F1代雌雄个体共4个基因表达系列分析(SAGE)文库。通过正反交组合同性别子代样本间的比较,显示低表达的标签在种类上占大多数,而高表达的标签在数量上占绝对优势。以错误检测率(FDR)≤0.001且拷贝数倍数差异在2倍以上作为比较样本筛选差异表达基因(DEGs)的条件,在7532×75新的雄性样本里面有298个上调基因和46个下调基因,而在雌性样本里有453个上调基因和240个下调基因。进一步对差异表达基因进行GO和KEGG路径功能分析,筛选出在显著性富集路径中的差异表达基因,其中参与新陈代谢途径、氧化磷酸化途径以及信号传导途径的差异基因在反交组合的子代中表达明显上调。 展开更多

关键词 家蚕 基因表达系列分析文库 正反交 差异表达基因 功能

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毒品成瘾与脑组织基因表达谱的研究进展 被引量：2

4

作者 陈峰 李涛 +3 位作者 樊栓良 党永辉 陈腾 阎春霞 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期809-814,共6页

毒品成瘾是由滥用毒品外在因素与遗传易感性等内在因素共同作用而导致的一种慢性脑疾病;毒品成瘾的机制目前还不十分清楚。毒品成瘾研究的一个主要目标是鉴别和分离毒品导致脑功能障碍的分子机制;采用高通量的基因表达谱技术研究毒品成... 毒品成瘾是由滥用毒品外在因素与遗传易感性等内在因素共同作用而导致的一种慢性脑疾病;毒品成瘾的机制目前还不十分清楚。毒品成瘾研究的一个主要目标是鉴别和分离毒品导致脑功能障碍的分子机制;采用高通量的基因表达谱技术研究毒品成瘾者在不同状态下脑基因表达全貌,对深入认识毒品成瘾的机制具有重要的意义。文章综述了毒品成瘾的遗传机制及高通量脑组织基因组表达技术——SAGE和微阵列(Microarry)在毒品成瘾研究中的进展。 展开更多

关键词 毒品滥用 毒品成瘾 基因表达谱 基因表达系列分析(sage) 微阵列 生物信息学

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基因表达系列分析 被引量：4

5

作者 黄骥 张红生 +2 位作者 王东 曹雅君 杨金水 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期203-206,共4页

基因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是近年来发展的以测序为基础 ,全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术 ,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度。SAGE技术已成功地应... 基因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是近年来发展的以测序为基础 ,全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术 ,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度。SAGE技术已成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差异表达基因的鉴定。本文主要回顾了SAGE技术的原理。 展开更多

关键词 基因表达系列分析 转录相 差异表达

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转录组学平台技术及其在植物抗逆分子生物学中的应用 被引量：23

6

作者 付畅 黄宇 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期40-46,共7页

不利的环境条件是影响作物产量和生态环境的重要因素之一。植物抗逆分子生物学的研究是植物学领域的研究热点之一。转录组学与蛋白质组学技术是筛选抗逆基因以及揭示植物抗逆分子机制的主要技术。综述主要的转录组学平台技术的原理、特... 不利的环境条件是影响作物产量和生态环境的重要因素之一。植物抗逆分子生物学的研究是植物学领域的研究热点之一。转录组学与蛋白质组学技术是筛选抗逆基因以及揭示植物抗逆分子机制的主要技术。综述主要的转录组学平台技术的原理、特点及其在植物抗逆分子生物学中的应用。总结植物抗逆分子生物学研究面临的问题并对发展前景作出展望。 展开更多

关键词 抗逆 转录组 DNA微阵列 DNA宏阵列 基因表达系列分析 大规模平行测序 表达序列标签 RNA测序

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分析基因表达图式的新方法 被引量：4

7

作者 冯闻铮 曹竹安 刘进元 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第2期127-131,共5页

随着基因组研究的深入进行，基因的分子生物学除了要寻找在生物学上重要的个别基因并研究其结构与功能外，更重要的应是了解整个基因组的功能活动，即细胞全部基因的表达图式．要解决如此复杂的问题就必须在研究方法上有所创新，基因表... 随着基因组研究的深入进行，基因的分子生物学除了要寻找在生物学上重要的个别基因并研究其结构与功能外，更重要的应是了解整个基因组的功能活动，即细胞全部基因的表达图式．要解决如此复杂的问题就必须在研究方法上有所创新，基因表达系列分析法、ｃＤＮＡ微阵列分析法。 展开更多

关键词 基因表达 图式 系列分析 CDNA微阵列 DNA微芯片

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全基因组基因表达分析技术及其在果树上的应用 被引量：4

8

作者 张志宏 赵进春 代红艳 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期382-388,共7页

基因表达分析对于揭示基因功能、了解基因间相互关系、阐明植物生长发育过程中的生理生化调控机制起着至关重要的作用。综述了mRNA差异显示、cDNA-AFLP、基因芯片、EST数据分析、基因表达系列分析(SAGE)等全基因组基因表达分析技术的原... 基因表达分析对于揭示基因功能、了解基因间相互关系、阐明植物生长发育过程中的生理生化调控机制起着至关重要的作用。综述了mRNA差异显示、cDNA-AFLP、基因芯片、EST数据分析、基因表达系列分析(SAGE)等全基因组基因表达分析技术的原理特点及在果树上的应用情况,并介绍了利用全基因组基因表达分析技术开展果树研究的思路。 展开更多

关键词 果树 基因表达 基因芯片 表达序列标签 基因表达系列分析

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基因表达系列分析的研究进展及应用 被引量：4

9

作者 黎双飞 朱作言 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2003年第5期100-104,共5页

简要概括了SAGE的基本原理和实验程序,侧重对该技术的程序修改和完善以及该方法最近在筛选候选新基因方面的应用进行综述报道。

关键词 基因表达系列分析 sage 基本原理 实验程序 标签库 基因测序技术

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白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库的构建和初步分析 被引量：1

10

作者 周村建 郝飞 +3 位作者 邓永键 李永平 王鲁 钟白玉 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期966-968,共3页

目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细... 目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库。1000个测序文件中,共获得标签17773个,代表单一转录本7333种,其中单一匹配标签占16·65%,多重匹配标签占6·59%,推测蛋白标签占16·27%,基因组及粘粒等标签占1·64%,新标签为58·86%。标签拷贝数超过35的33个高表达标签中有11个可能属于新的表达序列。结论LongSAGE是一种能够快速、高通量地研究细胞基因表达谱及其丰度的方法,可发现新的表达序列。 展开更多

关键词 念珠菌 白色 二态性 基因表达谱 长片段基因表达系列分析

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基因表达系列分析技术在植物基因表达中的研究进展 被引量：2

11

作者 杨学 刘丽艳 +5 位作者 关凤芝 李柱刚 吴广文 王珣 路颖 陈浩 《中国麻业科学》 2009年第4期233-237,共5页

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。SAGE技术在植物方面的应用相对较少,但在植物抗病性研究中的应用近几年发... 基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。SAGE技术在植物方面的应用相对较少,但在植物抗病性研究中的应用近几年发展很快。综述介绍了SAGE技术的原理与操作、实施的方法与步骤、SAGE技术的主要优点及在植物基因表达分析中的应用。明确SAGE的优势与它的缺陷,在实际应用中加以完善及采取必要的辅助方案,这样就可以构建较完美的设计思想。 展开更多

关键词 基因表达系列分析 植物基因 sage数据库 克隆

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基因表达系列分析技术研究进展 被引量：3

12

作者 王大力 黄大鹏 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第4期69-72,共4页

基因表达系列分析技术是一种以测序为基础,采用数字化分析手段,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,获得这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空... 基因表达系列分析技术是一种以测序为基础,采用数字化分析手段,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,获得这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异,具有高通量、高效性的特点,并能发现新基因。论文就基因表达系列分析技术的原理、特点及其改进进行综述。 展开更多

关键词 基因表达系列分析 原理 特点

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基因表达连续分析标签数据库的实时定量多聚酶链反应验证 被引量：1

13

作者 尹磊淼 张庆华 +2 位作者 王宇 徐玉东 杨永清 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期51-54,共4页

目的采用实时定量多聚酶链反应(PCR)技术验证不同丰度和匹配度的基因表达序列标签,尝试用该技术补充和完善高通量基因表达谱的结果。方法根据各基因序列全长设计引物,选择9个单匹配标签,6个多匹配标签,1个美国国家生物技术信息中心(NCBI... 目的采用实时定量多聚酶链反应(PCR)技术验证不同丰度和匹配度的基因表达序列标签,尝试用该技术补充和完善高通量基因表达谱的结果。方法根据各基因序列全长设计引物,选择9个单匹配标签,6个多匹配标签,1个美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库更新后无匹配标签和2个无匹配基因进行实时定量PCR验证。结果挑选的所有基因均得到特异性扩增。基因表达量分析结果显示,基因表达连续分析(SAGE)文库中9个单匹配标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;6个多匹配标签中有3个标签表达趋势和定量结果一致,且具有显著性差别;1个NCBI数据库更新后无匹配标签表达趋势和定量结果相反;2个无匹配基因表达量数据提示两组间没有显著性差别。结论实时定量PCR技术是验证SAGE等高通量数据的可靠工具之一。SAGE文库标签匹配度可影响数据的可信度。 展开更多

关键词 基因表达连续分析 实时定量多聚酶链反应

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微量材料系列性基因表达分析技术的研究

14

作者 郑芳 周新 +2 位作者 严明 叶水清 刘芳 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期464-474,共11页

建立了微量材料 (1μgRNA)系列性基因表达分析技术 (minimalserialanalysisofgeneexpression ,miniSAGE) ,并用miniSAGE技术对冠心病 (coronaryarterydisease ,CAD)患者和正常人成纤维细胞的基因表达谱进行了分析 ,合成了两个高质量的S... 建立了微量材料 (1μgRNA)系列性基因表达分析技术 (minimalserialanalysisofgeneexpression ,miniSAGE) ,并用miniSAGE技术对冠心病 (coronaryarterydisease ,CAD)患者和正常人成纤维细胞的基因表达谱进行了分析 ,合成了两个高质量的SAGE库 ,比较了两个库的SAGE标签 ,为CAD发病机理的研究提供了大量表达异常基因的资料 .从而为后续分离与CAD发病相关的新基因打下了基础 .miniSAGE技术是一种有力的基因表达分析方法 ,可用于微量RNA (1μg)材料的基因表达分析 。 展开更多

关键词 微量材料 系列性基因表达分析技术 冠心病 成纤维细胞 多因素复杂疾病 流行病

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基因表达系列分析在肿瘤研究中的应用

15

作者 向燕 王远亮 +3 位作者 唐丽灵 鲜成玉 王蓉 张兵兵 《重庆大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期128-131,145,共5页

基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression, SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术。它不但能快速、详细地分析成千上万个基因,还能发现新基因,因此是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。近年来此技术广泛应用于肿瘤... 基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression, SAGE)是一种快速分析基因表达信息的技术。它不但能快速、详细地分析成千上万个基因,还能发现新基因,因此是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。近年来此技术广泛应用于肿瘤的研究,了解肿瘤发病机制,识别诊断和治疗肿瘤的新基因。可以预测SAGE在肿瘤研究和诊断过程中的应用将会对肿瘤的认识和治疗产生深远的影响。 展开更多

关键词 基因表达系列分析 基因表达谱 肿瘤

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菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库的构建及结果分析

16

作者 周村建 邓永键 +3 位作者 郝飞 钟白玉 王鲁 李永平 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第13期1384-1387,共4页

目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索... 目的构建菌丝相白假丝酵母菌长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建菌丝相白假丝酵母菌LongSAGE文库,从文库中挑取阳性克隆测序,用SAGEs-oftware对测序结果进行分析和检索,从而了解菌丝相白假丝酵母菌基因表达情况。结果在菌丝相白假丝酵母菌的1 000个测序文件中,共获得标签17 552个,代表单一转录本6 627种,其中单一匹配标签占20.5%,多重匹配标签占6.64%,假设蛋白标签为18.47%,新标签为53.07%。标签拷贝数超过35拷贝的36个高表达标签中有15个可能属于新的表达序列。结论用LongSAGE技术获得了菌丝相白假丝酵母菌基因表达谱及其丰度的量化信息,可以发现新的表达序列,为进一步研究提供了基础。 展开更多

关键词 白假丝酵母菌 二态性 长片段基因表达系列分析

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基因表达分析方法及其研究进展 被引量：4

17

作者 常青山 余增亮 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第6期27-31,共5页

近几年来 ,随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达研究的分析方法也在不断发展 ,主要有 :差减杂交、差异显示、表达序列标签、基因表达的序列分析、微阵列杂交等。简要评述这五种方法的原理、优缺点等。

关键词 基因表达分析 微阵列 研究进展 差异显示 序列分析 表达序列标签 方法 功能基因组学 差减杂交

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单链环状DNA添加剂抑制基因表达序列分析Ditag聚合酶链反应引物多聚体生成

18

作者 刘玉慧 刘星 +1 位作者 刘学东 郑冬 《安徽农业科学》 CAS 2014年第15期4576-4578,4601,共4页

[目的]研究利用单链环状DNA抑制聚合酶链反应（PCR）副产物的作用效果。[方法]设计并合成单链环状DNA,并以具同样序列发卡状结构的单链DNA为对照组,在基因表达序列分析（SAGE）Ditag PCR反应中加入上述不同浓度的DNA,利用电泳技术检测... [目的]研究利用单链环状DNA抑制聚合酶链反应（PCR）副产物的作用效果。[方法]设计并合成单链环状DNA,并以具同样序列发卡状结构的单链DNA为对照组,在基因表达序列分析（SAGE）Ditag PCR反应中加入上述不同浓度的DNA,利用电泳技术检测不同结构（环状/单链）以及不同浓度单链DNA对PCR多聚体附产物的抑制作用。[结果]发卡状结构的单链DNA无法抑制PCR引物多聚体副产物的产生;而在70～150 nmol/L终浓度范围内,单链环状DNA可以抑制SAGE Ditag PCR反应中引物多聚体的生成,并且不影响SAGE不同tag间的表达丰度差异。[结论]单链环状DNA可以作为PCR反应中引物多聚体生成的有效抑制剂。 展开更多

关键词 单链环状DNA(sscDNA) 系列基因表达分析(sage) 引物多聚体 抑制

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强大的广谱基因表达分析技术——基因表达系列分析法

19

作者 吴志革 邹方东 《四川动物》 CSCD 北大核心 2006年第3期653-657,637,共6页

基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)是一项强大的数字化分析基因组整体表达模式的技术。它的诞生为定量、全局性地分析特定细胞内的基因表达情况提供了可能。本文介绍了SAGE技术的基本原理、最新进展和应用。

关键词 基因表达系列分析 原理 进展 应用

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