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福建省农业科学院茶树育种团队牵头在Nature Genetics上发表茶树群体遗传学重要研究性论文
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《茶叶学报》 2025年第2期F0002-F0002,共1页
2025年3月17日,国际顶级学术期刊《自然·遗传学》(Nature Genetics)刊发题为“Genomic analysis of 1325 Camellia accessions sheds light on agronomic and metabolic traits for tea plant improvement”的研究性论文。该研究... 2025年3月17日,国际顶级学术期刊《自然·遗传学》(Nature Genetics)刊发题为“Genomic analysis of 1325 Camellia accessions sheds light on agronomic and metabolic traits for tea plant improvement”的研究性论文。该研究由福建省农业科学院茶叶研究所与中国农业科学院农业基因组研究所等多家单位合作完成。本研究通过对茶树及其近缘种的基因组进行深度重测序,构建了全面的茶树基因组遗传变异图谱,进而揭示了茶树的遗传多样性及其驯化状态。其结果为茶树的遗传进化和精准设计育种提供了有益见解以及重要参考资料。 展开更多
关键词 茶树 Nature genetics 基因组分析 遗传变异图谱
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1775份水稻种质资源重要农艺性状遗传多样性研究 被引量:5
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作者 金京花 李淑芳 +6 位作者 赵亚东 王迪 张妤 金国光 李鹤南 全成哲 张强 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期481-495,共15页
水稻种质资源是水稻遗传改良及新品种选育的重要基础,研究水稻种质资源遗传多样性对拓宽稻种资源的遗传背景具有重要作用。本研究采用多种分析方法对1775份水稻种质资源的20个重要农艺性状进行了遗传多样性分析,发现所有种质资源农艺性... 水稻种质资源是水稻遗传改良及新品种选育的重要基础,研究水稻种质资源遗传多样性对拓宽稻种资源的遗传背景具有重要作用。本研究采用多种分析方法对1775份水稻种质资源的20个重要农艺性状进行了遗传多样性分析,发现所有种质资源农艺性状的变异系数差异较大,范围为4.42%(谷粒厚度)~89.75%(空粒数),空粒数具有较丰富的遗传变异;遗传多样性指数的变化范围为1.585(空粒数)~2.069(抽穗期),抽穗期具有较丰富的多样性。通过对11个省(市)种质的单独分析发现,吉林省种质的有效穗数及穗粒数等7个性状具有较丰富的多样性;云南省种质的始穗期及穗长等4个性状具有较丰富的多样性;黑龙江省种质的抽穗期等3个性状具有较丰富的多样性。对不同类型种质的分析发现,地方品种的剑叶长度、株高等11个性状具有较丰富的多样性,选育品种的生育期性状、有效穗数等9个性状具有较丰富的多样性。相关分析表明,149个相关系数达到极显著(P<0.01)水平,其中始穗期等3个生育期性状与其他农艺性状相关程度较高。主成分分析发现,前6个主成分累积贡献率达79.309%,且与生育期相关的性状贡献率最大。通过聚类分析,1775份水稻种质被划分成3个类群,其中东北三省及北京和杭州的种质为类群Ⅰ,该群种质的始穗期、分蘖数及有效穗数等10个性状的遗传多样性较丰富,可为今后水稻种质资源创新及新品种选育提供优异种质。第Ⅱ类群仅包含宁夏种质,说明宁夏种质资源与其他省(市)的种质资源亲缘关系较远,可为今后拓宽水稻种质资源遗传基础起到重要作用。第Ⅲ类群包含河北、山东、云南、江苏及新疆种质,此类群种质谷粒长度的遗传多样性较丰富,可为今后水稻品质育种提供丰富的种质。 展开更多
关键词 水稻 种质资源 农艺性状 遗传多样性
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紫花苜蓿半同胞家系农艺性状的遗传变异分析 被引量:1
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作者 胡鹏飞 叶雨浓 +4 位作者 王通锐 王晶 王星 伏兵哲 高雪芹 《草业学报》 北大核心 2025年第3期85-96,共12页
通过对紫花苜蓿的35个半同胞家系农艺性状的调查,在分析家系间农艺性状遗传变异的基础上进行家系选择,推进紫花苜蓿的良种选育。结果表明:各性状变异在不同家系间都达到极显著水平;不同性状间的变异系数为5.24%~33.18%;广义遗传力、家... 通过对紫花苜蓿的35个半同胞家系农艺性状的调查,在分析家系间农艺性状遗传变异的基础上进行家系选择,推进紫花苜蓿的良种选育。结果表明:各性状变异在不同家系间都达到极显著水平;不同性状间的变异系数为5.24%~33.18%;广义遗传力、家系遗传力和遗传进度分别为0.05%~69.04%、1.07%~72.90%和0~20.08;株高、茎粗、分枝数与鲜草产量极显著相关,分枝数与干草产量和种子产量显著相关,不同茬次间除鲜干比和茎叶比外均显著相关;根据隶属函数综合评价,筛选出FM22、FM7、FM15、FM1这4个优良家系,入选家系的株高、茎粗、分枝数、鲜草产量、干草产量、鲜干比、茎叶比和种子产量的平均遗传增益分别为3.78%、0.43%、10.21%、1.08%、4.82%、-0.16%、-0.27%、9.36%。35个半同胞家系各性状间存在较大的遗传变异,有较大的改良潜力,初步筛选出的优良家系可以为紫花苜蓿的良种选育提供理论基础。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 半同胞家系 农艺性状 遗传变异 遗传增益
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基于SSR标记的67个苜蓿品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:1
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作者 赵凌平 刘佳皓 +1 位作者 杨智博 孙平 《中国草地学报》 北大核心 2025年第3期74-81,共8页
本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多... 本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多态性信息含量、Shannon′s遗传多样性信息指数和Nei′s基因多样性指数平均值为0.73、0.38和0.24,表明所选引物的多态性较高。UPGMA聚类分析将67个品种分为四大类,聚类结果与品种的地理来源无明显相关性。基于Structure软件的群体遗传结构分析将67个品种分为2个亚群和1个混合型群体,与67个苜蓿品种的主坐标分析(PCoA)结果一致,其中大多数品种(85.07%)显示出单一的遗传背景,而混合型群体表现出基因渗透现象,具有较为复杂的遗传背景。 展开更多
关键词 苜蓿 遗传多样性 群体遗传结构 SSR标记
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安徽汉族心脑血管疾病患者SLCO1B1和ApoE基因多态性分析
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作者 李洁 程筱雯 +3 位作者 许翔 哈传博 胡文君 陶晖 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第4期619-623,共5页
目的分析安徽地区汉族溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)的基因多态性分布,为临床个体化使用他汀类药物提供理论支持。方法选取924例心脑血管疾病患者,采用聚合酶链反应-荧光探针法检测患者SLCO1B1和Apo... 目的分析安徽地区汉族溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)的基因多态性分布,为临床个体化使用他汀类药物提供理论支持。方法选取924例心脑血管疾病患者,采用聚合酶链反应-荧光探针法检测患者SLCO1B1和ApoE基因型,并比较其在不同性别和中国其他地区之间的分布。结果924例中检测出7种SLCO1B1基因亚型,分别为*1a/*1b(33.01%)、*1b/*1b(41.45%)、*1b/*15(12.34%)、*1a/*1a(7.03%)、*1a/*15(5.52%)、*15/*15(0.54%)及*5/*5(0.11%),未检测到*1a/*5、*5/*15这两种基因亚型;SLCO1B1Ⅰ类正常代谢基因型(*1a/*1a、*1a/*1b、*1b/*1b)占比最高(81.49%),SLCO1B1Ⅱ类中间代谢基因型、Ⅲ类弱代谢基因型分别占比17.86%及0.65%;检出6种ApoE基因亚型,分别为E3/E3(66.78%)、E3/E4(19.37%)、E2/E3(9.63%)、E4/E4(1.84%)、E2/E4(1.73%)及E2/E2(0.65%),其中E3大众基因型(E2/E4、E3/E3)占比最高,为68.51%;不同性别之间SLCO1B1和ApoE基因分布差异均无统计学意义;安徽汉族人群SLCO1B1基因分布与中国华南、华中地区相比差异无统计学意义,与西南地区相比差异有统计学意义(P<0.05);安徽汉族人群ApoE基因分布与华南、西南差异无统计学意义,与华中地区相比差异有统计学意义(P<0.05)。结论安徽地区汉族心脑血管疾病人群SLCO1B1和ApoE基因多态性分布不存在性别差异,却存在一定的地域差异,分别以Ⅰ类正常代谢基因型和大众类基因型E3为主,说明本群体对他汀耐受剂量较高,治疗效果正常。 展开更多
关键词 SLCO1B1 APOE 基因多态性 他汀类药物 汉族 心脑血管病
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国内外高粱种质资源在江苏淮北地区的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 赖上坤 潘明泉 +5 位作者 朱莉 刘敏轩 金倩 刘晓飞 陆平 王卫军 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第4期731-746,共16页
针对江苏高粱产业缺乏本地适宜品种和优异种质资源的问题,本研究以来自国内外的400份高粱种质资源为材料,利用Shannon-Weaver遗传多样性指数、相关分析、聚类分析和主成分分析,对其在江苏淮北地区的遗传多样性进行了综合分析。结果表明... 针对江苏高粱产业缺乏本地适宜品种和优异种质资源的问题,本研究以来自国内外的400份高粱种质资源为材料,利用Shannon-Weaver遗传多样性指数、相关分析、聚类分析和主成分分析,对其在江苏淮北地区的遗传多样性进行了综合分析。结果表明,供试高粱遗传多样性较丰富,其中质量性状芽鞘色、幼苗叶色、主脉色、穗型、穗形、颖壳色、粒色、分蘖性和颖壳包被度的遗传多样性指数分别为1.0366、0.2235、0.6631、1.3980、0.9619、1.7641、1.7039、1.0631和0.9908;而数量性状全生育期、株高、茎粗、穗长、穗柄长、穗粒重、千粒重、着壳率和角质率的遗传多样性指数普遍高于质量性状,分别为2.0479、1.9254、2.0472、1.9822、2.0531、2.0314、2.0693、1.4375和1.9265。相关分析结果表明,株高与全生育期、穗长、穗柄长、穗粒重和着壳率均呈极显著正相关,与千粒重呈显著负相关;穗粒重与全生育期、千粒重均呈极显著正相关;穗长与穗柄长、着壳率均呈极显著正相关,与千粒重呈极显著负相关。基于数量性状的聚类分析表明,在欧式距离为15时,供试高粱可以分为3大类,其中类群Ⅰ植株高大,穗粒重和千粒重较小,可作为能源材料开发;类群Ⅱ穗长和穗柄长较短,可从中筛选适合粮饲兼用型育种的资源;类群Ⅲ矮秆、大穗、早熟,可作为粒用高粱材料创新及杂交育种的基础材料。数量性状的主成分分析结果显示,4个主成分对表型变异的累计贡献率达到85.153%;其中第1主成分方差贡献率达到了33.209%,载荷较高的性状有穗长和穗柄长;第2主成分贡献率为25.189%,穗粒重载荷最高;第3主成分贡献率为15.427%,千粒重载荷最高;第4主成分贡献率为11.328%,载荷较高的性状有全生育期、株高、茎粗以及角质率。从供试高粱种质中,筛选出8份全生育期较短、株高较矮、穗型偏散的优良资源,可供江苏地区育种利用。 展开更多
关键词 高粱 种质资源 江苏 遗传多样性
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甘肃紫苏资源遗传多样性分析及核心种质构建 被引量:2
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作者 崔文娟 罗俊杰 +1 位作者 陈军 欧巧明 《中国油料作物学报》 北大核心 2025年第2期380-392,共13页
为提高紫苏地方种质资源的利用效率,对来自甘肃的5个栽培区的127份紫苏地方种质资源,利用SSR分子标记技术进行遗传多样性分析。根据127份资源的UPGMA聚类结果,应用位点优先取样策略,并结合采集地信息开展核心种质构建。结果表明,甘肃地... 为提高紫苏地方种质资源的利用效率,对来自甘肃的5个栽培区的127份紫苏地方种质资源,利用SSR分子标记技术进行遗传多样性分析。根据127份资源的UPGMA聚类结果,应用位点优先取样策略,并结合采集地信息开展核心种质构建。结果表明,甘肃地方紫苏种质资源具有较低水平的遗传多样性,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2366,Shannon多样性指数(I)为0.3724,陇南和天水、平凉和庆阳之间分别具有更高的亲缘关系。最终获得由38份紫苏地方材料组成的核心种质。利用均值、方差、极差、变异系数等指标对紫苏核心种质的7个表型性状、5个油用品质性状检验,表明所构建的核心种质具有较好的代表性和遗传多样性。 展开更多
关键词 紫苏 种质资源 SSR 遗传多样性 核心种质
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169份不同遗传背景玉米自交系的遗传多样性分析 被引量:1
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作者 邹成林 黄开健 +4 位作者 黄爱花 莫润秀 翟瑞宁 杨萌 韦新兴 《南方农业学报》 北大核心 2025年第1期149-159,共11页
【目的】解析玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构,为广西玉米育种实践提供理论参考。【方法】以169份不同遗传背景的玉米自交系为材料,以7份广西骨干自交系和3份我国其他地方的骨干自交系为对照,用10K SNP玉米芯片对其进行全基因组扫描... 【目的】解析玉米自交系遗传多样性和群体遗传结构,为广西玉米育种实践提供理论参考。【方法】以169份不同遗传背景的玉米自交系为材料,以7份广西骨干自交系和3份我国其他地方的骨干自交系为对照,用10K SNP玉米芯片对其进行全基因组扫描,通过遗传相似度、系统进化、主成分和血缘同源确认(IBD)等分析其遗传多样性及群体遗传结构。【结果】筛选获得7565个高质量可用SNP分子标记,分布在10条染色体上,平均每条染色体上有756个,标记检出率均在97.12%以上,平均检出率达99.57%。174个玉米自交系的杂合率为0.21%~7.28%,平均为0.86%,有144个玉米自交系杂合率不高于1.00%,但有5个玉米自交系的杂合率偏高(31.29%~36.36%)。174份材料间的遗传相似度为0.486~0.999,平均为0.609,其中2个广西选育的西南骨干自交系B24(ZNC442)和CK_D2(桂A10341)与其他材料间的遗传相似度平均值分别为0.642和0.629。由系统发育进化树可知,包含10个参考自交系在内的179个玉米自交系划分为Reid群和热带亚热带群两大类,其中Reid群含13个自交系,占比为7.26%,热带亚热带群含166个自交系,占比为92.74%。热带亚热带群又可细分为7个亚群,其中以Suwan群和CM群为主,分别含56和51个自交系,占比分别为31.28%和28.49%。主成分分析结果显示,PCA1v3中玉米自交系聚类情况与系统发育进化树聚类结果基本一致,能明显区分Reid群和热带亚热带群,且热带亚热带群中大多自交系分布在CM群和Suwan群参考自交系附近。IBD分群结果显示,Reid群、Suwan群、CM群和A群的自交系数量分别有21、47、64和47个。系统进化分析、主成分分析和IBD分群韦恩图显示,三者共属Reid群、Suwan群、CM群和A群的自交系数量分别为12、35、18和11个。【结论】广西玉米自交系来源复杂,遗传背景相似,不同分析方法的划分结果并不完全一致,需结合育种实践进行类群划分。广西选育的西南骨干玉米自交系ZNC442和桂A10341均属于A群,最理想组配模式为A群×Reid群,其次是A群×Suwan群和A群×CM群。 展开更多
关键词 玉米 遗传多样性 群体结构 SNP芯片
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利用全基因组重测序分析雅安奶山羊遗传多样性和遗传结构 被引量:1
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作者 郭家中 张一菲 +3 位作者 武国 孙学良 杨舒慧 张红平 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期444-451,共8页
【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检... 【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检测SNPs,开展遗传多样性、基因组近交系数、主成分分析(PCA)、遗传结构和群体分化指数(FST)等分析。【结果】结果显示,在雅安奶山羊常染色体基因组中共检测到14875627个双等位基因SNPs,位于基因间区和内含子区的SNPs占比为89.67%。全基因组单位点的观测杂合度、期望杂合度和核酸多样性的平均值分别为0.265、0.300和0.308。每只雅安奶山羊基因组中平均含有1235个ROH,个体ROH总长度平均值为327.04 Mb。基于F_(ROH)、F_(IS)、F_(VR1)、F_(VR2)和F_(UNI),雅安奶山羊基因组近交系数中位数分别为0.120、0.106、0.125、0.112和0.103。PCA结果表明,在PC1上奶山羊与非奶山羊群体可清晰地分成两大类群;群体结构分析(K=4)和系统发育树进一步显示雅安奶山羊与关中奶山羊遗传关系更近。雅安奶山羊与关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的全基因组25-kb滑窗FST平均值分别为0.054、0.062、0.189和0.240。【结论】雅安奶山羊遗传多样性较高,但部分个体近交严重且与关中奶山羊、萨能奶山羊无实质遗传分化,引种改良不会显著改变其种质特性。 展开更多
关键词 奶山羊 全基因组测序 遗传多样性 基因组近交系数 遗传结构
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大豆FAR1/FHY3基因家族鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 唐晓飞 薛永国 +6 位作者 曹旦 孙建强 刘琦 朱梓菲 栾晓燕 王秀君 刘鑫磊 《大豆科学》 北大核心 2025年第2期40-52,共13页
FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY... FAR1/FHY3转录因子家族是光敏色素A(phyA)介导的远红光信号传导的重要因子,在植物生长发育、光信号转导、植物激素反应和抗逆性中发挥重要作用。为了探究大豆FAR1/FHY3基因家族的进化和功能,本研究采用生物信息学方法对大豆中的FAR1/FHY3基因进行全基因组鉴定,对该基因家族的编码蛋白特征、系统发育关系、基因结构、染色体位置、启动子顺式元件以及基因表达模式进行分析。结果表明:在大豆中共鉴定出72个FAR1/FHY3成员,分布在19条染色体上。系统发育分析将其与拟南芥和玉米的FRS蛋白分为5个亚组,保守蛋白质基序和基因结构分析说明蛋白质之间存在进化关系。共线性分析鉴定表明,共有24对基因存在共线性关系。对启动子中的顺式作用元件以及大豆FAR1/FHY3在不同胁迫处理下的表达谱的分析表明,FAR1/FHY3可能在逆境胁迫反应中具有潜在作用。对低温胁迫下表达量差异显著的6个家族成员(A.Glyma.09G012900;B.Glyma.11g088700;C.Glyma.12g052000;D.Glyma.13g211200;E.Glyma.15g125400;F.Glyma.20G156100)进行qRT-PCR分析表明,其表达情况与转录组分析的结果一致。本研究结果可为进一步解析大豆FAR1/FHY3在大豆生长发育及胁迫应答中的功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 大豆 FAR1/FHY3 基因家族 表达模式
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基于种质资源表型性状的糜子骨干种质构建 被引量:2
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作者 张磊 董孔军 +5 位作者 何继红 任瑞玉 刘天鹏 李亚伟 刘敏轩 杨天育 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第5期930-941,共12页
中国糜子拥有众多的品种类型和丰富的遗传多样性,为糜子新品种的选育提供了宝贵的亲本资源。然而,关于如何从庞大的种质资源库中构建骨干种质资源的研究鲜有报道。本研究以490份糜子种质资源为材料,按照品种类型和穗型分组,运用平方根... 中国糜子拥有众多的品种类型和丰富的遗传多样性,为糜子新品种的选育提供了宝贵的亲本资源。然而,关于如何从庞大的种质资源库中构建骨干种质资源的研究鲜有报道。本研究以490份糜子种质资源为材料,按照品种类型和穗型分组,运用平方根比例法确定取样数量。组内聚类分析质量性状与数量性状(20个),并结合随机取样法,建立骨干种质;利用均值、方差、变异系数、遗传多样性和性状保留比例等指标具体评估糜子骨干种质的代表性,并利用直方图、主成分分析和相关性分析明确全部种质与骨干种质的一致性。结果显示,本研究构建的55份糜子骨干种质占全部种质的11.22%,包括地方品种26份(47.28%)、育成品种9份(16.36%)、野生品种9份(16.36%)和国外品种11份(20.00%)。显著性分析结果表明,全部种质与骨干种质在表型性状的遗传多样性、变异系数、方差、均值等方面均不存在显著的差异性,所建立的骨干种质基本能覆盖全部种质。 展开更多
关键词 甘肃 糜子 骨干种质 遗传多样性 农艺性状
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2024年茶树遗传育种研究进展 被引量:3
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作者 李娜娜 冯玥 +4 位作者 丁长庆 王璐 郝心愿 杨亚军 王新超 《中国茶叶》 2025年第4期1-13,22,共14页
文章总结概述了2024年度茶树遗传育种领域取得的主要研究进展,包括茶树重要性状的遗传机理、茶树基因组数据的扩充与利用、茶树育种技术的研究创新、茶树品种的登记与授权情况。2024年,通过转录组学、代谢组学、基因组学、表观遗传学等... 文章总结概述了2024年度茶树遗传育种领域取得的主要研究进展,包括茶树重要性状的遗传机理、茶树基因组数据的扩充与利用、茶树育种技术的研究创新、茶树品种的登记与授权情况。2024年,通过转录组学、代谢组学、基因组学、表观遗传学等多学科手段,挖掘获得了调控茶树品质、抗逆、生长发育等性状形成的关键基因位点和遗传作用规律;大量茶树资源基因组重测序的完成,为解析茶树遗传多样性、群体结构特性、品质与抗性形成的驯化机理提供了可能;茶树体细胞胚再生技术体系的成功建立,为茶树优良品种的选育和遗传转化体系的构建奠定了基础;55个茶树品种通过非主要农作物品种登记,25个茶树品种获得植物新品种权,为新品种推广和茶产业升级提供了重要支撑。 展开更多
关键词 茶树 遗传育种 基因 品种
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基于SNP标记的云南黄连分子身份证构建 被引量:1
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作者 李月仙 姜太玲 +7 位作者 严炜 沈绍斌 肖明昆 白丽娜 段春芳 罗鑫 车彬 张林辉 《西南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期103-112,共10页
为了开发能够精准鉴别云南黄连不同基因型的分子标记以便为种质真实性鉴定提供依据,利用5个云南黄连群体的简化基因组重测序数据,筛选获得34891个有变异的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)标记。基于所有的SNP位点... 为了开发能够精准鉴别云南黄连不同基因型的分子标记以便为种质真实性鉴定提供依据,利用5个云南黄连群体的简化基因组重测序数据,筛选获得34891个有变异的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)标记。基于所有的SNP位点信息构建的系统发育树表明:来自福贡县鹿马登乡的群体2和福贡县石月亮乡的群体3之间的亲缘关系较近;来自贡山县独龙江乡的群体1与来自泸水市老窝镇的群体5以及福贡县上帕镇的群体4的亲缘关系均较远。筛选出10个核心SNP标记,成功构建了5个云南黄连群体的分子身份编码和二维码,可用于鉴别不同基因型的云南黄连。 展开更多
关键词 云南黄连 简化基因组重测序 单核苷酸多态性 系统发育树 分子身份证
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载脂蛋白E基因多态性对腹腔镜全麻手术患者脑氧代谢及术后认知功能的影响
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作者 魏颖 杨学伟 《华中科技大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期377-387,共11页
目的探究载脂蛋白E(ApoE)基因多态性对腹腔镜全麻手术患者脑氧代谢及术后认知功能的影响。方法选择2020年1月~2024年1月于天津市人民医院进行腹腔镜胆囊切除术的患者210例作为研究对象。根据患者ApoE基因型检测结果分为ApoEε2组45例(... 目的探究载脂蛋白E(ApoE)基因多态性对腹腔镜全麻手术患者脑氧代谢及术后认知功能的影响。方法选择2020年1月~2024年1月于天津市人民医院进行腹腔镜胆囊切除术的患者210例作为研究对象。根据患者ApoE基因型检测结果分为ApoEε2组45例(ε2/ε2、ε2/ε3基因型)、ApoEε3组98例(ε3/ε3基因型)、ApoEε4组67例(ε3/ε4、ε4/ε4基因型),比较各组的一般资料、血脂水平及脑氧代谢指标;多重线性回归分析ApoE基因多态性与血脂水平及脑氧代谢指标的关系,并分析不同基因型的血脂水平与氧代谢指标的相关性。根据患者术后是否发生认知功能障碍分为认知功能障碍组(n=54)和非认知功能障碍组(n=156),比较两组的一般资料、血脂水平及脑氧代谢指标水平;多因素Logistic回归分析腹腔镜全麻术后认知功能障碍的影响因素;限制性立方样条法分析血脂水平及脑氧代谢指标水平与腹腔镜全麻术后认知功能障碍的剂量反应关系;估算ApoE基因多态性和脑氧代谢指标与腹腔镜全麻术后认知功能障碍风险的调整比值比(OR)及95%可信区间(CI),分析ApoE基因多态性和脑氧代谢指标对认知功能障碍的交互作用。结果210例经腹腔镜全麻的手术患者中,ε3等位基因频率最高,占71.67%,ε2与ε4等位基因分别占11.90%、16.43%;ε3/ε3基因型占比最高为46.67%(98/210),其余由高到低分别为ε3/ε4(65/210)、ε2/ε3(40/210)、ε2/ε2(5/210)、ε4/ε4(2/210)。比较不同基因型组血脂水平可知,ApoEε4组患者的总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)均高于ApoEε2组和ApoEε3组患者,高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)低于ApoEε2组和ApoEε3组患者,差异均具有统计学意义(均P<0.05);比较不同基因型组脑氧代谢指标水平可知,ApoEε4组患者的桡动脉和颈内静脉球氧含量差(DajvO_(2))高于ApoEε2组和ApoEε3组,脑氧摄取率(COER)、颈内静脉球血氧含量(CjvO_(2))、颈内静脉球血氧饱和度(SjvO_(2))均低于ApoEε2组和ApoEε3组患者,差异均具有统计学意义(均P<0.05)。TC、TG、LDL-C、HDL-C、COER、DajvO_(2)、CjvO_(2)、SjvO_(2)均与ApoEε2型和ApoEε3型无相关关系,而与ApoEε4型存在相关关系。TC、TG、LDL-C、DajvO_(2)与ApoEε4型呈正相关,HDL-C、COER、CjvO_(2)、SjvO_(2)与ApoEε4型呈负相关(均P<0.05)。不同基因型下TC、TG、LDL-C水平与COER、CjvO_(2)、SjvO_(2)均呈显著正相关(均P<0.05),与DajvO_(2)呈显著负相关(均P<0.05);HDL-C水平与COER、CjvO_(2)、SjvO_(2)均呈显著负相关(均P<0.05),与DajvO_(2)呈显著正相关(P<0.05)。认知功能障碍组和非认知功能障碍组患者在ApoE基因多态性、TC、TG、LDL-C、HDL、COER、DajvO_(2)、CjvO_(2)、SjvO_(2)之间的差异具有统计学意义(均P<0.05)。多因素Logistic回归分析显示,高TC、高TG、ApoEε4基因型是腹腔镜全麻术后认知功能障碍的独立危险因素(均P<0.05),高COER、高SjvO_(2)是腹腔镜全麻术后认知功能障碍的独立保护因素。TC、TG、LDL-C、HDL、COER、DajvO_(2)、CjvO_(2)、SjvO_(2)与认知功能障碍的关联强度呈非线性剂量反应关系(P<0.05),TC、TG、LDL-C、DajvO_(2)与腹腔镜全麻术后认知功能障碍发生风险呈正相关关系,HDL-C、COER、CjvO_(2)、SjvO_(2)与腹腔镜全麻术后认知功能障碍发生风险呈负相关关系。广义多因子降维模型交互作用分析显示,ApoEε4基因型与COER、DajvO_(2)、CjvO_(2)、SjvO_(2)均有交互作用。结论ApoE基因多态性与腹腔镜全麻手术患者脑氧代谢相关,其中ApoEε4基因型患者术后发生认知功能障碍的风险高于ApoEε2型和ApoEε3型,临床应对ApoEε4基因型患者加强术中脑氧监测,并针对患者的基因分型实施更精准的个体化麻醉管理。 展开更多
关键词 载脂蛋白E 基因多态性 腹腔镜全麻手术 脑氧代谢 认知功能
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基于响应面法-遗传算法的船舶推进轴系多目标优化设计 被引量:2
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作者 张聪 疏炳南 +1 位作者 张江涛 金勇 《上海交通大学学报》 北大核心 2025年第4期466-475,I0001,共11页
为降低船舶在航行过程中传动设备的功率损失,提高推进轴系的传递效率,并改善轴系振动性能,基于响应面模型与遗传算法(GA)对某船舶轴系实验台进行了多目标优化设计.采用星点设计(CCD)方法,在优化设计空间中选取合理实验点,拟合构建最小... 为降低船舶在航行过程中传动设备的功率损失,提高推进轴系的传递效率,并改善轴系振动性能,基于响应面模型与遗传算法(GA)对某船舶轴系实验台进行了多目标优化设计.采用星点设计(CCD)方法,在优化设计空间中选取合理实验点,拟合构建最小总功耗和振动响应幅值的响应面模型.基于GA,利用MATLAB软件求解响应面模型回归函数的Pareto最优解.对比分析各组优化结果,获得最佳优化设计方案,研究结果表明采用这种联合方法后,轴系功耗损失降低了约7.10%,轴系振动幅值降低了2.30%,能有效提高轴系传递效率和抑制推进轴系振动问题,从而验证了船舶推进轴系多目标优化方法的正确性和可行性. 展开更多
关键词 推进轴系 传递效率 响应面法 遗传算法
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基于SNP分子标记的乌饭树种质遗传多样性研究 被引量:2
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作者 黄婧 张敏 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期530-538,共9页
为更好地保护、开发和利用乌饭树资源,采用基因分型测序(GBS,genotyping by sequencing)技术对采集于5个地区的70份乌饭树野生种质进行了SNP分子标记开发,利用开发的标记研究了乌饭树种质的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,通过测... 为更好地保护、开发和利用乌饭树资源,采用基因分型测序(GBS,genotyping by sequencing)技术对采集于5个地区的70份乌饭树野生种质进行了SNP分子标记开发,利用开发的标记研究了乌饭树种质的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,通过测序数据分析共筛选得到9752个高质量SNP标记用于后续研究;乌饭树5个群体均具有丰富的遗传多样性,平均有效等位基因数为1.523,平均期望杂合度为0.219,平均观测杂合度为0.231,其中江苏溧阳群体的遗传多样性最高。分子方差分析显示整个群体的遗传变异主要来自个体间(65.45%)。群体间遗传分化系数显示5个群体间遗传分化程度高,其中江苏溧阳与江西上犹群体间的遗传分化系数最高,为0.406。系统进化树(邻接法)显示乌饭树种质聚类为3个进化分支,种质的聚集与其地理来源无确定性关系;群体结构分析将乌饭树种质分为3个亚群,主成分分析结果与群体结构的结果类似,不同地区的乌饭树种质在3个亚群中均有分布,显示了乌饭树资源存在着广泛的基因交流。本研究可为今后乌饭树良种选育和资源保护提供参考。 展开更多
关键词 乌饭树 遗传多样性 群体结构 SNP标记
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新疆褐牛遗传多样性和母系遗传背景分析
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作者 杜玮 周振勇 +4 位作者 叶志兵 崔繁荣 马义诚 袁理星 李红波 《中国牛业科学》 2025年第1期10-14,共5页
为客观评价并挖掘新疆褐牛遗传资源和种质资源,开展了新疆褐牛及其杂交类群母系遗传背景和分子遗传特性研究。将新疆褐牛的mtDNA D-Loop区作为遗传标记位点,开展基因组DNA PCR扩增和测序;同时将5个引进品种和6个中国地方黄牛品种的mtDNA... 为客观评价并挖掘新疆褐牛遗传资源和种质资源,开展了新疆褐牛及其杂交类群母系遗传背景和分子遗传特性研究。将新疆褐牛的mtDNA D-Loop区作为遗传标记位点,开展基因组DNA PCR扩增和测序;同时将5个引进品种和6个中国地方黄牛品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列作为对照,对核苷酸多态位点、单倍型数、核苷酸多样性等指标进行分析,构建系统发育树。结果显示,碱基A和T在新疆褐牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区含量丰富,A、T、C、G的平均含量分别为32.75%、28.78%、24.65%和13.82%,C+G的平均含量(38.47%)显著低于A+T的平均含量(61.53%);检测到89处多态位点中有25处为单一多态位点,64处多态位点为简约信息位点;界定了55种单倍型;新疆褐牛及其杂交类群与欧洲普通牛、非洲瘤牛聚为一类。表明新疆褐牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,新疆褐牛具有多元化的起源特点,兼具普通牛和瘤牛两个遗传背景。 展开更多
关键词 新疆褐牛 遗传多样性 线粒体DNA D-Loop 系统发育
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量:1
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作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL SSR分子标记
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青藏高原隆升与环境变化驱动鸟类的遗传分化与物种形成 被引量:1
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作者 宋刚 屈延华 《遗传》 北大核心 2025年第1期133-145,共13页
作为世界上海拔最高、面积最大的高原,青藏高原独特的地理和气候条件对生物多样性产生了深远的影响。本文结合青藏高原地质、气候变化的背景综述了高原鸟类物种形成模式和遗传多样性特征。首先,青藏高原的隆升对鸟类产生了显著的隔离效... 作为世界上海拔最高、面积最大的高原,青藏高原独特的地理和气候条件对生物多样性产生了深远的影响。本文结合青藏高原地质、气候变化的背景综述了高原鸟类物种形成模式和遗传多样性特征。首先,青藏高原的隆升对鸟类产生了显著的隔离效应,推动与周边近缘物种的遗传分化;其次,青藏高原的隆升为鸟类提供了新的栖息地,促进了物种分化;再次,高原与邻近地区鸟类的区系交流,促进了物种的迁入、形成与扩散;最后,更新世冰期循环引起的环境变导致了鸟类的冰后期扩张和第二次接触,对鸟类的遗传分化产生了重要的影响。近期,多组学方法也日益广泛的应用在青藏高原鸟类生态适应演化研究中。未来的研究应更多关注地质、气候等因素在物种分化中的作用机制,加强多组学方法的应用,关注高原物种适应的生态学机制。青藏高原作为生物多样性保护的重要区域,在全球变化背景下,需要采取有效的保护措施以维护其生态系统的稳定性和可持续性。 展开更多
关键词 青藏高原 鸟类 遗传多样性 物种形成
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以赛促学提升遗传学实验教学质量 被引量:1
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作者 魏远 王宏刚 +3 位作者 朱玉山 李艳君 李登文 赵念席 《生物学杂志》 北大核心 2025年第2期127-130,共4页
实验技能竞赛重在考查学生基础实验操作和对知识的综合运用能力,是对实验教学质量和学生的双重检验。课程组以天津市大学生生命科学竞赛的“摇蚊幼虫唾腺多线染色体的制备及观察”比赛项目作为切入点,将竞赛选手选拔和培训环节与实验教... 实验技能竞赛重在考查学生基础实验操作和对知识的综合运用能力,是对实验教学质量和学生的双重检验。课程组以天津市大学生生命科学竞赛的“摇蚊幼虫唾腺多线染色体的制备及观察”比赛项目作为切入点,将竞赛选手选拔和培训环节与实验教学相融合,利用学生的积极主动性,拓展第二课堂,强化基础和细节训练,培养学生深入发现和解决问题的能力。面向参赛选手发放问卷调研参赛收获,分析选手的竞赛成绩和实验课程成绩。结果表明,实验竞赛能够以赛促学,使学生主动锻炼操作技能,夯实基础,促进实验教学质量提升。 展开更多
关键词 实验竞赛 遗传学实验 教学质量 成绩分析 多线染色体
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