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策勒黑羊OAR6分子标记的LD分析
1
作者 曾莹莹 孔令锋 +6 位作者 彭玉薇 芮雪 王金龙 杨建礼 马正委 李洪磊 刘书东 《饲料博览》 2024年第4期70-76,共7页
策勒黑羊是多胎多产于一体的绵羊品种,具有常年发情和繁殖率高的特征,以优良的多胎性状闻名中外。而绵羊多胎性状的QTLs(Quantitative Trait Locus)多存在于OAR6(Ovis aries 6绵羊6号染色体)上,文章通过连锁不平衡分析即LD分析,解析该... 策勒黑羊是多胎多产于一体的绵羊品种,具有常年发情和繁殖率高的特征,以优良的多胎性状闻名中外。而绵羊多胎性状的QTLs(Quantitative Trait Locus)多存在于OAR6(Ovis aries 6绵羊6号染色体)上,文章通过连锁不平衡分析即LD分析,解析该染色体上分子标记之间的遗传性。对策勒黑羊采集耳组织,提取DNA,制备绵羊基因组芯片,获得数据;从国际基因组数据库下载获得引入绵羊品种芯片数据。利用PLINK软件进行数据整合、质量控制和LD计算,获得强连锁区域,并进行基因注释,得到51个基因,分析整理后发现这些基因与机体生理调控、致癌和激素调节等有关。试验对基因进行筛选,挑出与多胎性状等有关的GNRHR、RPL21、BMP3基因,是影响繁殖性状的候选基因。 展开更多
关键词 策勒黑羊 多胎性 连锁不平衡分析
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杉木ClOFP1基因的克隆、表达及单核苷酸多态性分析
2
作者 王紫彤 应威洋 +4 位作者 刘明彤 刘晓娟 林二培 胡现铬 黄华宏 《核农学报》 CAS 北大核心 2025年第1期19-28,共10页
OFP基因家族在植物的生长发育中发挥重要调控作用。为探究ClOFP1在木质部形成过程中的作用,本研究通过克隆杉木ClOFP1基因,分析其表达模式,并开展该基因在杉木群体的单核苷酸多态性(SNP)及连锁不平衡(LD)分析。结果表明,ClOFP1基因的cDN... OFP基因家族在植物的生长发育中发挥重要调控作用。为探究ClOFP1在木质部形成过程中的作用,本研究通过克隆杉木ClOFP1基因,分析其表达模式,并开展该基因在杉木群体的单核苷酸多态性(SNP)及连锁不平衡(LD)分析。结果表明,ClOFP1基因的cDNA序列长1 648 bp,开放阅读框(ORF)长1 320 bp,在氨基酸序列的376~428位有卵形蛋白家族特有的OVATE结构域。系统进化树分析结果显示,ClOFP1蛋白与水稻、拟南芥中调控细胞伸长和次生壁形成的OsOFP19、AtOFP1、AtOFP4聚为一类。ClOFP1在幼嫩叶片和茎段中优势表达,随着叶片成熟和茎段木质化程度加深其表达量递减,幼叶中的表达量是老叶中的14倍。同时,在杉木木材中,ClOFP1主要在靠近树皮的边材区域表达,而在心边过渡区表达较弱。推测ClOFP1基因作为负调控因子,参与次生木质部的形成。共检测到ClOFP1基因内存在16个常见SNP位点,平均发生频率为1/103 bp。其中编码区域有11个SNP位点,分为7个同义突变和4个错义突变。7个地理种源的SNP多样性指数差异不显著,非同义突变多样性π_(ns)小于同义突变π_(s)。连锁不平衡分析结果发现,ClOFP1基因间的LD在875 bp左右长度内迅速消失,且SNPs具有3个较强的连锁不平衡区块。综上,ClOFP1的表达与杉木茎段木质化程度负相关,ClOFP1在不同无性系中SNP变异较为丰富,位点间的LD在较短序列长度内迅速消失,表明基于该基因的LD作图是可行的。本研究结果为深入解析ClOFP1功能和开展LD作图提供了重要依据。 展开更多
关键词 杉木 OFP基因 基因表达 SNP 连锁不平衡
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牛科物种MC_(1)R基因的进化与分析
3
作者 吴旻鸿 武顺 +2 位作者 崔晓瀌 于璇璇 仲涛 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期716-723,共8页
【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁... 【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁不平衡(LD)分析、选择压力分析以及系统发育树的构建。【结果】遗传多样性分析显示,牛科山羊属中吐根堡山羊和简州大耳羊群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.639,0.661),表现出丰富的遗传变异,而营山黑山羊和南江黄羊群体的遗传变异相对较小(Hd=0.157,0.165)。LD分析显示,山羊群体中SNP位点之间的关联性较弱,绵羊群体在c.578T>C与c.600T>G、c.735C>T与c.788T>C位点间表现出较强的关联性。山羊和绵羊群体在遗传结构上形成了独特的分支,澳大利亚黑牛则沿独立的进化路径演化,各群体中的MC1R基因受到了不同程度的纯化选择。【结论】牛科物种MC1R基因在不同属种间表现出不同程度的遗传差异,反映了各群体在适应环境和进化过程中所承受的选择压力,为理解物种间的遗传关系、适应性演化及其生态适应机制提供了重要的信息,进一步揭示了牛科物种的遗传多样性及其在进化历程中的复杂性,从而为探索动物毛色与适应性演化的关系奠定了基础。 展开更多
关键词 牛科物种 MC_(1)R基因 遗传多样性 连锁不平衡(ld) 选择压力
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基于重测序技术解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因
4
作者 于璇璇 侯沌樱 +2 位作者 吴旻鸿 林涛 仲涛 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期724-731,743,共9页
【目的】通过对凉山黑绵羊和湖羊全基因组重测序,解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因,为凉山黑绵羊种质资源评价和开发利用提供理论基础。【方法】19个凉山黑绵羊和28个湖羊的DNA样本经BGISEQ DNBSEQ-T7platform平台进行测序,整合NCBI数... 【目的】通过对凉山黑绵羊和湖羊全基因组重测序,解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因,为凉山黑绵羊种质资源评价和开发利用提供理论基础。【方法】19个凉山黑绵羊和28个湖羊的DNA样本经BGISEQ DNBSEQ-T7platform平台进行测序,整合NCBI数据库中的巴美肉羊和无角陶赛特羊的测序数据进行PCA、选择信号和KEGG等分析。【结果】PCA结果显示凉山黑绵羊独立聚类,通过F_(ST)和θπ分析在凉山黑绵羊与湖羊、巴美肉羊、无角陶赛特羊中筛选出了U6、JAZF1和SLC26A1等受选择基因。基因型可视化分析揭示,凉山黑绵羊的KIT基因野生型频率显著高于白色绵羊品种;另外,凉山黑绵羊的TRPM1、TMEM18、MC1R和ASIP基因的纯合突变频率均显著高于白色绵羊品种。【结论】KIT、MC1R、ASIP、TMEM18和TRPM1基因是凉山黑绵羊毛色形成的关键基因,研究结果为深入理解其毛色遗传分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 凉山黑绵羊 毛色 重测序技术 选择信号 连锁不平衡
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胃食管反流病和类风湿关节炎的风险评估和机制分析:一项孟德尔随机化和转录组学研究
5
作者 徐义峰 严诏琦 +1 位作者 李可可 刘良徛 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第10期2403-2410,I0001-I0014,共22页
目的:探究胃食管反流病(GERD)和类风湿关节炎(RA)间的因果关系及发病机制。方法:采用连锁不平衡得分回归(LDSC)评估GERD和RA间的遗传相关性,孟德尔随机化(MR)方法分析GERD和RA之间的潜在因果关系。GERD的GWAS数据来自欧洲生物信息学研究... 目的:探究胃食管反流病(GERD)和类风湿关节炎(RA)间的因果关系及发病机制。方法:采用连锁不平衡得分回归(LDSC)评估GERD和RA间的遗传相关性,孟德尔随机化(MR)方法分析GERD和RA之间的潜在因果关系。GERD的GWAS数据来自欧洲生物信息学研究所,RA的GWAS数据来自FinnGen联盟和大规模全基因组关联研究。基于Genecard、DrugBank和GEO数据库进行转录组分析,探索GERD和RA的作用机制,并确定潜在的生物标志物。结果:LDSC分析显示GERD和RA之间存在遗传相关性(rg=0.34,P=1.07E-20);MR分析结果显示GERD与RA风险之间呈正相关(OR=1.44,95%CI:1.27~1.63,P=1.17E-08),这一结果得到了验证数据的支持(OR=1.61,95%CI:1.34~1.94,P=3.56E-07)。反之,没有证据表明RA会增加GERD的风险。CXCL10和EDNRB被确定为GERD患者诊断RA的生物标志物。结论:GERD和RA间存在正向的因果关系,反之则不然。转录组数据分析表明,CXCL10和EDNRB可以作为GERD患者诊断RA的新型生物标志物。 展开更多
关键词 胃食管反流病 类风湿关节炎 孟德尔随机化 连锁不平衡得分回归 转录组数据
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小叶杨DREB1D基因的克隆及单核苷酸多态性(SNP)分析
6
作者 王建义 《防护林科技》 2025年第5期12-16,共5页
为充分挖掘小叶杨(Populus simonii)的抗逆优良特性,对小叶杨DREB1D基因进行克隆和测序,并对其基因序列和连锁不平衡特征进行分析。结果显示:小叶杨DREB1D基因没有内含子,DREB1D基因长度为800 bp,该基因包含一个完整的开放阅读框,能够... 为充分挖掘小叶杨(Populus simonii)的抗逆优良特性,对小叶杨DREB1D基因进行克隆和测序,并对其基因序列和连锁不平衡特征进行分析。结果显示:小叶杨DREB1D基因没有内含子,DREB1D基因长度为800 bp,该基因包含一个完整的开放阅读框,能够编码一个长度为240个氨基酸残基的蛋白质,该蛋白质的分子量约为33 kDa,等电点为4.85,小叶杨与毛果杨的DREB1D序列同源性高达90%。该基因中的SNP频率为0.04375,存在5个常见单核苷酸多态性(SNP),30个稀有SNP,24个错义突变和11个无义突变。连锁不平衡在小叶杨DREB1D基因中已被降解。 展开更多
关键词 小叶杨 DREB1D基因 转录因子 SNP 连锁不平衡
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鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析 被引量：1
7
作者 曹玉珠 邢雨欣 +7 位作者 马乘霖 管宏波 贾其辉 康相涛 田亚东 李转见 刘小军 李红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1536-1550,共15页
旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物... 旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P<0.05),与全净膛重(EW)、半净膛重(SEW)、屠体重(CW)、胸肌重(BMW)等10个屠体性状指标显著相关(P<0.05),与肉质性状的关联未达到显著水平(P>0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。 展开更多
关键词 鸡 FGF6基因 生物信息学分析 连锁不平衡分析 单倍型 经济性状 关联分析
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植物数量性状关联分析研究进展 被引量：116
8
作者 杨小红 严建兵 +2 位作者 郑艳萍 余建明 李建生 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期523-530,共8页
关联分析是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法。它以连锁不平衡为基础鉴定某一群体内性状与遗传标记或候选基因间的关系。本文在介绍连锁不平衡的定义和度量方法的基础上,综述了连锁不平衡和关联分析在植物方... 关联分析是新近开始在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种分析方法。它以连锁不平衡为基础鉴定某一群体内性状与遗传标记或候选基因间的关系。本文在介绍连锁不平衡的定义和度量方法的基础上,综述了连锁不平衡和关联分析在植物方面的研究进展,并讨论了交配体系、重组、遗传漂变等对连锁不平衡程度的影响,以及连锁不平衡程度和群体结构对关联分析的影响,最后讨论了关联分析在植物数量性状和分子育种研究中可能的应用。 展开更多
关键词 关联分析 连锁不平衡 数量性状
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单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用 被引量：16
9
作者 杜春芳 刘惠民 +2 位作者 李润植 李朋波 任志强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期735-739,共5页
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 SNPS 分子标记 连锁不平衡 作物 遗传改良
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植物基因组中的连锁不平衡 被引量：24
10
作者 王荣焕 王天宇 黎裕 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1317-1323,共7页
在植物基因组学研究领域,连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析是近年来的一个研究亮点和热点。基于LD的作图方法不仅是新基因发掘的有效途径,而且也是联系结构基因组学和表型组学的一座桥梁。自2001年基于LD的作图方法在植物中... 在植物基因组学研究领域,连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析是近年来的一个研究亮点和热点。基于LD的作图方法不仅是新基因发掘的有效途径,而且也是联系结构基因组学和表型组学的一座桥梁。自2001年基于LD的作图方法在植物中的成功运用至今,已有大量关于植物基因组中LD结构及LD作图的研究报道。文章系统介绍了LD的基本理论及其在LD作图、单倍型多样性分析、单倍型标签SNP的开发和群体遗传学等研究中的应用,并就近年来关于LD与群体结构、基因转换和上位效应及G×E互作等方面的研究热点和发展趋势进行了探讨。当前,世界各国基因争夺大战日趋激烈。中国是基因资源大国,但还不是基因大国。植物基因组中LD研究热潮的兴起及LD研究的进一步深入,必将大大推动植物基因组学的快速发展,特别是加速从作物种质资源中发掘新基因的进程。 展开更多
关键词 连锁不平衡 ld结构 ld作图
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豌豆种质表型性状SSR标记关联分析 被引量：19
11
作者 顾竟 李玲 +3 位作者 宗绪晓 王海飞 关建平 杨涛 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期833-839,共7页
关联分析是以连锁不平衡原理为基础,鉴定某一群体内表型性状与遗传标记或候选基因间关系的遗传分析方法。本研究利用59个多态性SSR标记,对192份豌豆种质进行全基因组扫描,以分析SSR位点遗传多样性,寻找其连锁不平衡位点;采用TASSEL软件... 关联分析是以连锁不平衡原理为基础,鉴定某一群体内表型性状与遗传标记或候选基因间关系的遗传分析方法。本研究利用59个多态性SSR标记,对192份豌豆种质进行全基因组扫描,以分析SSR位点遗传多样性,寻找其连锁不平衡位点;采用TASSEL软件的一般线性模型,利用59个SSR标记对19个形态性状进行关联分析。结果显示SSR位点间有较高的多态性和一定程度的连锁不平衡,共检测出32个SSR标记位点与14个表型性状相关联,一些SSR标记与2个或多个形态性状相关联。 展开更多
关键词 豌豆 SSR 连锁不平衡 关联分析
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杂交籼稻骨干保持系岗46B稻谷粒形及垩白的QTL分析 被引量：10
12
作者 高方远 邱玲 +4 位作者 陆贤军 任鄄胜 吴贤婷 任光俊 曾礼华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期235-242,共8页
利用籼稻保持系骨干亲本岗46B与美国水稻品种Lemont多次回交培育的低垩白、窄粒株系K1075与岗46B构建F2群体,对稻谷粒长、粒宽、长宽比、粒厚、百粒重和垩白粒率进行数量性状位点(QTL)分析。6个性状在F2群体中均呈正态连续分布,属于典... 利用籼稻保持系骨干亲本岗46B与美国水稻品种Lemont多次回交培育的低垩白、窄粒株系K1075与岗46B构建F2群体,对稻谷粒长、粒宽、长宽比、粒厚、百粒重和垩白粒率进行数量性状位点(QTL)分析。6个性状在F2群体中均呈正态连续分布,属于典型的数量性状。除粒长与百粒重间没有显著相关性外,其他性状间均存在显著的正相关或负相关。采用SSR标记构建遗传连锁图,通过复合区间作图法共检测到14个控制稻谷粒形和垩白的QTL,包括2个控制粒长的QTL(qGL2和qGL5),2个控制粒宽的QTL(qGW5和qGW8),5个控制长宽比的QTL(qLWR2、qLWR5、qLWR6、qLWR8和qLWR12),1个控制粒厚的QTL(qGT5),1个控制百粒重的QTL(qHGW5)和3个控制垩白粒率的QTL(qPGWC5、qPGWC6和qPGWC8)。在这些位点中,岗46B等位基因增加粒宽、粒厚、粒重和垩白粒率,减小粒长和长宽比。控制粒宽、粒厚、粒重、垩白粒率和长宽比的主效QTL均位于第5染色体RM17990-RM18004-RM18068区间,这一结果与仅选择极端表型单株,采用连锁及连锁不平衡方法(LD)获得的结果一致。 展开更多
关键词 水稻 粒形 垩白 数量性状位点 连锁及连锁不平衡
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绵羊微卫星BMS2508和FecB基因的多态及连锁分析 被引量：12
13
作者 李延璐 储明星 +4 位作者 陈宏权 方丽 狄冉 马月辉 李奎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期500-507,共8页
文章分析与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的微卫星座位BMS2508在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊)和低繁殖力绵羊品种(特克塞尔、多赛特和中国美利奴)中的遗传多态性,同时探讨该微卫星座位与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。高繁殖力... 文章分析与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的微卫星座位BMS2508在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊)和低繁殖力绵羊品种(特克塞尔、多赛特和中国美利奴)中的遗传多态性,同时探讨该微卫星座位与小尾寒羊FecB基因的连锁不平衡关系。高繁殖力品种小尾寒羊在骨形态发生蛋白受体IB(Bone morphogenetic protein receptor IB,BMPR-IB)基因编码序列第746位碱基处发生了与Booroola Merino绵羊相同的FecB突变(A746G),而在低繁殖力的特克塞尔、多赛特和中国美利奴绵羊中没有检测到该突变;小尾寒羊BB、B+、++的基因型频率分别为0.485、0.398和0.117。微卫星座位BMS2508在4个绵羊品种的438个个体中共检测到8个等位基因和15种基因型,最小等位基因为94 bp,最大等位基因为116 bp;小尾寒羊(n=307)、特克塞尔(n=45)、多赛特(n=46)、中国美利奴(n=40)和BB型(n=149)、B+型(n=122)、++型(n=36)小尾寒羊群体中优势等位基因分别是100 bp、94 bp、94 bp、112 bp、100 bp、100 bp、112 bp,其频率分别为0.453、0.544、0.802、0.475、0.483、0.439、0.389。连锁不平衡分析显示小尾寒羊FecB基因B等位基因与BMS2508微卫星座位100 bp等位基因之间存在一定的连锁不平衡(D′=0.408),而+等位基因与BMS2508微卫星座位110 bp和114b p等位基因均存在一定的连锁不平衡(D′=0.513)。 展开更多
关键词 绵羊 多羔性 FECB基因 BMS2508 连锁不平衡
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用全基因组关联分析解析籼稻垩白的遗传基础 被引量：17
14
作者 邱先进 袁志华 +6 位作者 陈凯 杜斌 何文静 杨隆维 徐建龙 邢丹英 吕文恺 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1007-1016,共10页
利用272份全球籼稻微核心种质的重测序SNP基因型,对海南三亚、广东深圳、浙江杭州和湖北荆州4个地点收集到的垩白粒率和垩白度性状采用TASSEL软件进行全基因组关联分析,解析籼稻垩白的遗传基础和挖掘影响垩白粒率和垩白度的优异等位基... 利用272份全球籼稻微核心种质的重测序SNP基因型,对海南三亚、广东深圳、浙江杭州和湖北荆州4个地点收集到的垩白粒率和垩白度性状采用TASSEL软件进行全基因组关联分析,解析籼稻垩白的遗传基础和挖掘影响垩白粒率和垩白度的优异等位基因。结果表明,依据SNP数据,可将籼稻微核心种质分成3个亚群。4个地点分别检测到42个和44个与垩白粒率和垩白度显著关联的位点,位于全部12条染色体上。2个性状分别有21个和19个位点在2个以上环境下同时被检测到,这些位点中有12个位点同时影响垩白粒率和垩白度,11个位点附近都有已克隆的水稻品质相关基因。其中,第5染色体3.3～5.3 Mb区间在4个地点都被检测到与垩白粒率显著关联,以杭州点对垩白粒率的贡献最大,优异等位基因载体品种为IRGC121689;第12染色体的17.5～18.0 Mb区间在三亚和杭州都被检测到与垩白度显著关联,以三亚点的垩白度贡献最大,优异等位基因载体品种为IRGC122285。这些位点和品种资源可作水稻外观品质分子改良的重要基因和品种资源。 展开更多
关键词 水稻 垩白 关联分析 SNP标记 连锁不平衡
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大麦遗传多样性及连锁不平衡分析 被引量：10
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作者 赖勇 孟亚雄 +8 位作者 王晋 范贵强 司二静 王鹏喜 李葆春 马小乐 杨轲 尚勋武 王化俊 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2154-2161,共8页
为了合理评价引进种质资源，为大麦基因发掘及育种组合配置提供依据，选用分布于全基因组的64个SSR标记，对221份大麦材料进行了基因型分析。共检测到192个等位变异，变幅为2~7个；基因频率变异范围为0.0090~0.9729，平均0.3333；全部... 为了合理评价引进种质资源，为大麦基因发掘及育种组合配置提供依据，选用分布于全基因组的64个SSR标记，对221份大麦材料进行了基因型分析。共检测到192个等位变异，变幅为2~7个；基因频率变异范围为0.0090~0.9729，平均0.3333；全部位点的基因多样性变化范围在0.0528~0.7807，平均0.4813；多态性信息含量（PIC）变异范围在0.0514~0.7464，平均0.4113。供试材料间遗传相似系数变幅为0.4844~0.9792，平均0.7023。221份材料被划分成两大群7个亚群，国内地方品种与1份北京品种为一大群，国内育种品种与所有国外引进品种为另一群。遗传结构分析与聚类结果基本一致，两大类群间的遗传距离为0.3358，且第二大群多样性比第一大群丰富。2016个SSR位点成对组合中，不论共线性组合还是非共线性组合，都存在一定程度的连锁不平衡（LD）。D′统计概率（P〈0.01）支持的LD成对位点830个，占全部位点组合的41.2%，D′平均值为0.4，整体LD水平较高。栽培品种的LD水平高于地方品种，且现代遗传改良的目标性状集中于2H、4H、6H和7H染色体。 展开更多
关键词 大麦 SSR 遗传多样性 连锁不平衡 关联分析
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火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析 被引量：4
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作者 杨会肖 刘天颐 +3 位作者 徐斌 刘纯鑫 王金榜 黄少伟 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期75-81,共7页
【目的】对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础。【方法】利用生物信息学对火炬松c DNA文库进行整理、比对、剪接、注... 【目的】对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础。【方法】利用生物信息学对火炬松c DNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和Dna SP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析。【结果】所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点。核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016。对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2)。【结论】在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的。 展开更多
关键词 火炬松 候选基因 单核苷酸多态性 连锁不平衡
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基于连锁不平衡水稻源库相关性状的关联分析 被引量：10
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作者 赵宏亮 陈凯 +3 位作者 张强 徐正进 徐建龙 黎志康 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期674-684,共11页
为挖掘水稻源库相关性状优异等位基因,利用分布于12条染色体的6 704个SNP标记与来自31个国家和地区的261份籼稻核心种质资源的剑叶长、剑叶宽、剑叶叶面积、倒2叶长、倒2叶宽、倒2叶叶面积、每穗粒数、千粒重、单株产量共9个源库相关性... 为挖掘水稻源库相关性状优异等位基因,利用分布于12条染色体的6 704个SNP标记与来自31个国家和地区的261份籼稻核心种质资源的剑叶长、剑叶宽、剑叶叶面积、倒2叶长、倒2叶宽、倒2叶叶面积、每穗粒数、千粒重、单株产量共9个源库相关性状进行群体结构、连锁不平衡状况和全基因组关联分析。结果表明,261份籼稻核心种质资源的9个源库相关性状的变异系数介于12.46%-26.21%,表型变异丰富。群体结构显示261份籼稻核心种质资源的最适亚群数为3。LD分析表明,SNP位点之间存在着一定程度的连锁不平衡,在显著水平-log P〉3（P〈10^-3）下,共检测到68个与9个水稻源库相关性状显著相关的QTL位点,其中与源性状相关的QTL位点55个,与库性状相关的QTL位点13个。在第2、第5和第11染色体上检测到同时影响源库性状的关联位点4个,可能对通过分子标记辅助育种改良品种的源库性状具有重要参考价值。 展开更多
关键词 水稻 SNP标记 连锁不平衡 关联分析
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EST-SSR标记与茶树表型性状关联的初步分析 被引量：15
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作者 姚明哲 乔婷婷 +2 位作者 马春雷 金基强 陈亮 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期45-51,共7页
关联分析是一种利用连锁不平衡(LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异,并将等位基因变异与目标性状联系起来的分析方法。本研究利用自主开发的55个EST-SSR标记对112份茶树品种(系)进行了基因分型。在EST-SSR位点连锁不平衡和供试材料... 关联分析是一种利用连锁不平衡(LD)检测自然群体中基因位点及其等位变异,并将等位基因变异与目标性状联系起来的分析方法。本研究利用自主开发的55个EST-SSR标记对112份茶树品种(系)进行了基因分型。在EST-SSR位点连锁不平衡和供试材料群体结构分析的基础上,通过关联分析共鉴定出5个与表型性状显著关联的EST-SSR标记(P<0.01),其中标记CS298、CS317、CS84分别与一芽二叶百芽重(BW)、叶片长度(LL)和茶多酚含量(TP)显著关联,对表型变异的解释率分别为0.11、0.15和0.35;标记CS330和CS338均与咖啡碱含量(CAF)显著关联,对表型变异的解释率分别为0.14和0.15。 展开更多
关键词 茶树 EST-SSR 关联分析 连锁不平衡 群体结构
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大麦SSR标记遗传多样性及连锁不平衡分析 被引量：15
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作者 赖勇 王晋民 +5 位作者 任龙 朱惠琴 马辉 王金贵 巨霞 李宗仁 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1889-1897,共9页
为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761... 为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761。基于多态性较好、基因多样性值较高的53个SSR标记分析结果,88份材料被分成2个类别。主坐标分析将青稞材料分成2类,分别包含39和47份材料,2份西藏品种ZDM5200和ZDM5457所属类别不明确。群体遗传结构分析将88份材料也分成2个亚群,分别包含40份和48份材料,与聚类分析和主坐标分析的结果较一致。1 378个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡（LD）。D＇统计概率（P〈0.01）支持的LD成对位点179个,占全部位点组合的12.99%,D＇平均值为0.56,较高水平的LD成对位点（D〉0.5）主要集中于除1H外的其余6个连锁群上。本研究结果为今后青稞杂交组合配置、有利基因发掘和标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 青稞 SSR标记 遗传多样性 群体结构 连锁不平衡
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11755名中国北方汉族造血干细胞供者HLA-A、B、DRB1基因和单倍型研究 被引量：47
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作者 吴强驹 刘孟黎 +3 位作者 齐珺 刘晟 张艳 韦小谦 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2007年第2期357-363,共7页
为了研究中国北方汉族造血干细胞供者的人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因、HLA单倍型频率及其连锁不平衡特征,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠检测方法对中华骨髓库陕西分库内11755名中国北方汉族骨髓供者进行HLA基因低分辨分型,... 为了研究中国北方汉族造血干细胞供者的人类白细胞抗原(HLA)-A,B,DRB1等位基因、HLA单倍型频率及其连锁不平衡特征,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠检测方法对中华骨髓库陕西分库内11755名中国北方汉族骨髓供者进行HLA基因低分辨分型,并根据HLA表型群体资料,运用基于最大数学预期值算法(Expectation-Maximization,EM)的计算机软件Arleguin计算HLA单倍型频率。结果表明:11755例样本符合Hardy-Weinberg平衡检验,共检出HLA-A、B、DRB1等位基因(按分解抗原统计)分别为18、42、15种,包括很少在汉族人群中检测到的HLA-A25、B42、B53、B73和DR3,未发现HLA-A36,A43,A80,B78,B82和DR18等6种特异性。HLA-A*02,A*11,A*24,A*33,A*30,A*01,A*03,A*13,B62,B*51,B*46,B60,B61,B*35,B*44,DRB1*15,DRB1*09,DRB1*04,DRB1*07,DRB1*12,DRB1*11,DRB1*14,DRB1*08,DRB1*13的频率>0.05。EM法计算求得频率>10-6的HLA-A-B-DR单倍型共计2026种,其中HLA-A30-B13-DR7、A2-B46-DR9、A33-B58-DR17等26种单倍型频率>0.005,A30-B13-DR7是中国北方汉族最常见单倍型。计算求得的HLA-A-B、A-DR、B-DR单倍型共计538、227、522种,频率>10-6者分别有409、195、423种,其中A30-B13,A2-B46,A33-B58等28种单倍型频率>0.01;A2-DR9,A2-DR15,A30-DR7等26种单倍型频率>0.01;B13-DR7,B46-DR9,B13-DR12等24种单倍型频率>0.01。具有统计学意义(P<0.05)的连锁不平衡HLA-A-B、A-DR和B-DR单倍型分别有296种(72%)、130种(67%)和308种(73%),其中A30-B13、A33-B58、A1-B37、A30-DR7、A33-DR13、A1-DR10、B37-DR10、B8-DR17、B13-DR7、B58-DR17等单倍型表现为显著的正连锁不平衡。结论:本研究使用EM算法获得了目前中国北方汉族样本量最大的HLA-A/B/DRB1等位基因多态性、单倍型频率分布及连锁不平衡的特征,这将有助于临床为患者寻找合适供者,为移植免疫、HLA与疾病相关性及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据。 展开更多
关键词 HLA 北方汉族 单倍型 基因频率 连锁不平衡 基因多态性 造血干细胞
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