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基于荧光原位杂交(FISH)技术的假俭草染色体鉴定和核型分析
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作者 李建建 王浩然 +4 位作者 张源 徐夕雯 李晓慧 张苓 郭海林 《植物资源与环境学报》 北大核心 2025年第1期33-41,共9页
以假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro)Hack.)品种‘赣北’(‘Ganbei’)基因组序列数据为基础,通过生物信息学手段挖掘和设计了假俭草染色体特异的单拷贝寡核苷酸(oligo)探针库,同时结合端粒重复序列和rDNA重复序列探针,在假俭草根尖... 以假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro)Hack.)品种‘赣北’(‘Ganbei’)基因组序列数据为基础,通过生物信息学手段挖掘和设计了假俭草染色体特异的单拷贝寡核苷酸(oligo)探针库,同时结合端粒重复序列和rDNA重复序列探针,在假俭草根尖细胞有丝分裂中期染色体上进行了系列荧光原位杂交(FISH)试验。结果显示:假俭草染色体核型公式为2n=2x=18(2SAT),利用5S rDNA和18S rDNA重复序列探针可识别出第5和第4号染色体,且第4号染色体18S rDNA富集区段易出现或存在断裂现象;设计的假俭草染色体特异单拷贝oligo探针可识别出第2、第6和第9号染色体,进一步结合rDNA重复序列探针结果还发现第4号染色体与第8号染色体间发生了染色体易位。综合分析认为,假俭草染色体核型存在不稳定性,且其基因组在进化过程中发生了染色体结构重排。本研究建立的基于重复序列和单拷贝oligo探针的FISH技术体系,可为假俭草染色体的准确识别和变异鉴定提供新方法,观察到的假俭草染色体核型特征可为假俭草高质量基因组图谱的构建提供细胞学证据。 展开更多
关键词 假俭草 染色体 重复序列 寡核苷酸(oligo) 荧光原位杂交(fish) 核型分析
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人工智能辅助乳腺癌HER2 FISH判读的评估及可行性分析
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作者 薛慧琴 王晓孜 +4 位作者 钱晓龙 孙卉 王露 牛昀 郭晓静 《中国肿瘤临床》 北大核心 2025年第3期134-139,共6页
目的:评估自动化扫描和摄取系统辅助病理医师进行HER2 FISH判读的准确性和可行性。方法:通过FISH检测HER2的基因扩增情况,以“病理医师独立判读结果”为“金标准”,分析CytoVision*系统与人工识别判读结合的“人机对话结果”以及“系统... 目的:评估自动化扫描和摄取系统辅助病理医师进行HER2 FISH判读的准确性和可行性。方法:通过FISH检测HER2的基因扩增情况,以“病理医师独立判读结果”为“金标准”,分析CytoVision*系统与人工识别判读结合的“人机对话结果”以及“系统判读结果”与“金标准”的一致性。结果:“人机对话结果”与“金标准”的一致率可达91%以上,且可以节省约50%的人工操作时间。每个细胞核HER2拷贝数被“低估”的倾向是造成“人机对话判读”低拷贝数扩增和部分HER2表达异质性病例灵敏度偏低的主要原因。结论:全自动FISH图像分析和摄取系统模拟了人工判读的过程,保证了细胞选择的随机性,提高工作效率。通过杂交区域的精准选择和人机对话,有望“代替”病理医师独立判读。 展开更多
关键词 乳腺癌 HER2 荧光原位杂交 人工智能
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微生物荧光原位杂交(FISH)实验技术 被引量:24
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作者 陈瑛 任南琪 +1 位作者 李永峰 程瑶 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第4期546-549,575,共5页
为更好地应用荧光原位杂交(FISH)实验进行微生物群落生态研究工作,对FISH实验原理和影响FISH实验结果准确性的主要因素进行分析和讨论,包括寡核苷酸探针的选择与标记、样品的预处理、杂交液和杂交条件的选择等步骤.总结了一些实验心得,... 为更好地应用荧光原位杂交(FISH)实验进行微生物群落生态研究工作,对FISH实验原理和影响FISH实验结果准确性的主要因素进行分析和讨论,包括寡核苷酸探针的选择与标记、样品的预处理、杂交液和杂交条件的选择等步骤.总结了一些实验心得,提出关键步骤的操作要点和注意事项,以及FISH技术与其他实验手段相结合的发展前景.建议根据不同检测对象和实验目的,对关键步骤进行改进可以提高实验准确性、简化操作和降低成本. 展开更多
关键词 微生物生态学 环境微生物 荧光原位杂交 寡核苷酸探针
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棉花细菌人工染色体的荧光原位杂交(BAC-FISH)技术 被引量:5
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作者 王凯 张燕洁 +2 位作者 关兵 郭旺珍 张天真 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1216-1222,共7页
细菌人工染色体荧光原位杂交(BAC-FISH)技术是植物染色体识别、物理作图等分子细胞遗传学研究的重要工具,但对于某些物种尤其是多倍体植物,由于大量重复序列的存在等问题,使得该技术应用受到很大的限制.通过选择棉花分子遗传图中高重组... 细菌人工染色体荧光原位杂交(BAC-FISH)技术是植物染色体识别、物理作图等分子细胞遗传学研究的重要工具,但对于某些物种尤其是多倍体植物,由于大量重复序列的存在等问题,使得该技术应用受到很大的限制.通过选择棉花分子遗传图中高重组区的微卫星位点(simple sequence repeats,SSR)标记的策略,筛选到不含或含有少量重复序列的细菌人工染色体(BAC)克隆,同时,在通用FISH技术程序基础上,通过改进发根、变性、洗脱条件等步骤,构建出适合于棉花的BAC-FISH技术,简化了操作流程的同时,获得稳定的杂交结果及较高的检出率;并通过将一随机获得的BAC进行染色体的物理定位,进一步引入双探针、双色及重复杂交技术,显示了该技术的成熟与良好的应用前景和价值. 展开更多
关键词 棉花 细菌人工染色体 荧光原位杂交
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黄褐棉45S rDNA的FISH定位及核型分析 被引量:5
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作者 吴琼 宋国立 +6 位作者 刘三宏 王春英 刘方 黎绍惠 张香娣 王玉红 王坤波 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 2008年第4期439-442,F0003,共5页
黄褐棉是棉属5个四倍体棉种之一,利用荧光原位杂交技术将45S rDNA定位在黄褐棉2、4、9号染色体,2号染色体上的45S rDNA特别大,信号位于随体并覆盖了染色体的短臂,比二倍体和四倍体棉种的45S rDNA都要大得多;另外的2对信号很小,形状与陆... 黄褐棉是棉属5个四倍体棉种之一,利用荧光原位杂交技术将45S rDNA定位在黄褐棉2、4、9号染色体,2号染色体上的45S rDNA特别大,信号位于随体并覆盖了染色体的短臂,比二倍体和四倍体棉种的45S rDNA都要大得多;另外的2对信号很小,形状与陆地棉中的弱信号类似。黄褐棉的核型公式为:2n=4x=52=50m(2SAT)+2sm,属于2B类型,第2对染色体为亚中着丝粒染色体,其余都为中部着丝粒染色体。黄褐棉的核型、随体数、45S rDNA与其他四倍体棉种区别很大,黄褐棉是一个非常特殊的四倍体棉种。 展开更多
关键词 黄褐棉 45S RDNA fish 核型
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希尔斯山羊草细胞遗传学标记的建立
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作者 丁洪科 宫文萍 +4 位作者 倪佳俊 王开 崔法 刘建军 刘成 《山东农业科学》 北大核心 2025年第5期64-68,74,共6页
希尔斯山羊草是小麦的近源植物,对非生物胁迫和生物胁迫具有良好抗性,是小麦改良的优异基因源。荧光原位杂交(FISH)是检测小麦部分近源植物染色体的有力细胞遗传学工具。为了验证FISH鉴定小麦背景中希尔斯山羊草染色体的可行性,本研究... 希尔斯山羊草是小麦的近源植物,对非生物胁迫和生物胁迫具有良好抗性,是小麦改良的优异基因源。荧光原位杂交(FISH)是检测小麦部分近源植物染色体的有力细胞遗传学工具。为了验证FISH鉴定小麦背景中希尔斯山羊草染色体的可行性,本研究以中国春为对照,以寡核苷酸Oligo-pSc119.2-1、OligopTa535-1和(GAA)_(8)为探针,对中国春-希尔斯山羊草1S^(s)—7S^(s)附加系进行了FISH分析。以Oligo-pSc119.2-1和Oligo-pTa535-1为探针的双色FISH结果发现,Oligo-pSc119.2-1在希尔斯山羊草1S^(s)—7S^(s)不同染色体的长臂和短臂的末端或近末端具有杂交信号,Oligo-pTa535-1仅在3S^(s)L近中部和7S^(s) S近末端有较微弱的杂交信号。以(GAA)_(8)为探针的单色FISH结果发现,该探针在希尔斯山羊草1S^(s)—7S^(s)染色体上的杂交信号位置各不相同。同时,还对希尔斯山羊草各染色体臂比进行了调查分析,结果显示,1S^(s)—7S^(s)染色体长/短臂比值各不相同,其中,1S^(s)—5S^(s)为亚中着丝粒染色体,6S^(s)和7S^(s)为中着丝粒染色体。因此,结合染色体长/短臂比,OligopSc119.2-1或(GAA)_(8)的FISH杂交信号不仅可以精确区分希尔斯山羊草各染色体,还可以作为细胞遗传学标记用于检测和追踪小麦背景中希尔斯山羊草的染色体。 展开更多
关键词 小麦 希尔斯山羊草 附加系 荧光原位杂交 染色体臂比
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联合应用细胞遗传学、巢式RT-PCR和FISH技术检测慢性髓系白血病治疗过程中的肿瘤负荷 被引量:3
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作者 王慧萍 李国霞 +1 位作者 乔振华 王宏伟 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2007年第2期237-241,共5页
本研究探讨常规细胞遗传学(conventional cytogenetics,CC)、巢式逆转录-聚合酶链反应(nested-reverse transcriptase polyme rase chain reaction,nested-RT-PCR)及双色双融合荧光原位杂交(dual-color and dual-fusion fluo-rescence i... 本研究探讨常规细胞遗传学(conventional cytogenetics,CC)、巢式逆转录-聚合酶链反应(nested-reverse transcriptase polyme rase chain reaction,nested-RT-PCR)及双色双融合荧光原位杂交(dual-color and dual-fusion fluo-rescence in situ hybridization,D-FISH)三种技术监测慢性髓系白血病(chronic myeloid leukemia,CML)患者造血干细胞移植治疗过程中肿瘤负荷的灵敏度和特异性。联合应用CC、巢式RT-PCR和D-FISH三种技术对7例CML患者非清髓性异基因干细胞移植治疗前后的肿瘤负荷水平进行检测。检测结果显示:7例CML患者治疗前后的40份骨髓标本中,有29份标本检出不同比率的Ph染色体;3份因细胞数少CC分析失败;36份标本RT-PCR检测结果为阳性。病例1移植后12、18、26及38个月的4份标本Ph染色体及RT-PCR结果均为阴性。病例1移植后9和10个月、病例2移植后15个月、病例3移植后12个月的4份Ph(-)bcr/abl(+)标本经FISH检测,分别检出5.4%、0%、16.5%及1.5%的bcr/abl(+)细胞。病例5移植后20和60天、病例7移植后40天的3份标本因细胞数少而CC核型分析失败,对其行FISH检测,结果bcr/abl(+)细胞检出率分别为55.0%、27.5%和73.5%。病例1移植后12个月Ph(-)bcr/abl(-)的标本行FISH检测,结果bcr/abl(+)细胞检出率为0%。结论:CC可作为监测CML患者治疗过程中肿瘤负荷水平的基本手段。在移植后早期细胞数太少而无法进行CC检测,以及治疗病人体内肿瘤负荷降低到CC不能检出而RT-PCR仍为阳性时,借助FISH准确检测体内肿瘤负荷,以监测其动态变化。FISH检测bcr/abl转阴的病人需靠灵敏度更高的RT-PCR监测核定。 展开更多
关键词 慢性髓系白血病 细胞遗传学 聚合酶链反应 荧光原位杂交 D-fish
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优化用FISH检测啤酒中乳酸菌流程研究 被引量:2
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作者 孟思 刘晓宇 +3 位作者 王德良 郭立芸 沈建国 高家明 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期110-115,共6页
初步建立应用荧光原位杂交技术(FISH)检测啤酒厂中污染乳酸菌的方法,并对实验方法进行了优化。结果显示,FISH技术检测啤酒中乳酸菌,理想的杂交条件为:全细菌,温度46℃,杂交时间2.5h,甲酰胺浓度为20%,洗脱液中c(NaCl)为260mmol/L;乳酸菌... 初步建立应用荧光原位杂交技术(FISH)检测啤酒厂中污染乳酸菌的方法,并对实验方法进行了优化。结果显示,FISH技术检测啤酒中乳酸菌,理想的杂交条件为:全细菌,温度46℃,杂交时间2.5h,甲酰胺浓度为20%,洗脱液中c(NaCl)为260mmol/L;乳酸菌,杂交温度48℃,杂交时间2.5h,甲酰胺浓度为25%,洗脱液中c(NaCl)为100mmol/L。 展开更多
关键词 乳酸杆菌 荧光原位杂交(fish) 杂交优化
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长尖叶蔷薇基于rDNA FISH的核型分析 被引量:1
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作者 张婷 蹇洪英 +4 位作者 莫锡君 邱显钦 杨静 唐开学 王其刚 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期2036-2040,共5页
【目的】为精确地识别蔷薇属植物染色体组的核型特征,文章研究了长尖叶蔷薇基于染色体荧光原位杂交(FISH)的核型。【方法】利用45S和5S rDNA为探针对长尖叶蔷薇有丝分裂中期的染色体进行FISH研究。【结果】长尖叶蔷薇的染色体组有1对45S... 【目的】为精确地识别蔷薇属植物染色体组的核型特征,文章研究了长尖叶蔷薇基于染色体荧光原位杂交(FISH)的核型。【方法】利用45S和5S rDNA为探针对长尖叶蔷薇有丝分裂中期的染色体进行FISH研究。【结果】长尖叶蔷薇的染色体组有1对45S rDNA位点和2对5S rDNA位点。除4、5号是亚中部着丝点(sm)染色体外,其它都是中部着丝点(m)染色体。4号染色体是1对异形同源染色体,长臂(4L)上有1对5S rDNA杂交位点,其中位于较短染色体上的5S rDNA杂交信号极强; 5号染色体也是1对异形同源染色体,其短臂(5S)上有1对45S rDNA,长臂(5L)上则有另1对5S rDNA,两条染色体上的rDNA信号强度没有明显差异。【结论】以rDNA为探针的FISH能准确地识别长尖叶蔷薇染色体组中的同源染色体,体现其在染色体水平上的特征,为该物种用于现代月季的遗传改良提供了分子细胞遗传学背景资料。 展开更多
关键词 蔷薇 RDNA 荧光原位杂交 核型
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免疫组化染色及FISH法检测肺鳞状细胞癌中ALK蛋白的表达 被引量:2
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作者 王建东 余波 +5 位作者 孙绪 王璇 王海 马捷 周晓军 石群立 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1365-1367,共3页
目的探讨棘皮类微管蛋白4(echinoderm microtubule-associated protein-like 4,EML4)与间变性淋巴瘤激酶基因(anaplastic lymphoma kinase,ALK)融合在肺鳞状细胞癌中的发生率,为进一步开展靶向治疗提供参考。方法采用高度特异性和敏感性... 目的探讨棘皮类微管蛋白4(echinoderm microtubule-associated protein-like 4,EML4)与间变性淋巴瘤激酶基因(anaplastic lymphoma kinase,ALK)融合在肺鳞状细胞癌中的发生率,为进一步开展靶向治疗提供参考。方法采用高度特异性和敏感性的ALK抗体(D5F3)对219例肺鳞状细胞癌石蜡包埋组织标本进行免疫组化染色,并对阳性标本行EML4-ALK荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测。结果免疫组化染色检出ALK强阳性标本4例(1.8%,4/219)、中等强度3例和弱阳性6例。FISH检测确认ALK强阳性标本存在EML4-ALK基因融合,中等和弱阳性标本为假阳性。结论肺鳞状细胞癌中存在少量EML4-ALK基因融合,其是否对Crizotinib治疗敏感亟需进行临床研究;免疫组化检测ALK蛋白强阳性才能判断为EML4-ALK基因融合。 展开更多
关键词 肺肿瘤 鳞状细胞癌 免疫组织化学
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植物45S rDNA的染色体位置的CPD染色和FISH分析 被引量:6
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作者 佘朝文 宋运淳 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期515-520,共6页
采用PI和DAPI组合(CPD)染色结合45SrDNA探针的荧光原位杂交(FISH)对分属6个科的16种植物的45S rDNA的染色体位置进行了分析。在所有供试植物中,共检测到53个45S rDNA位点。大多数45S rDNA位点分布在染色体的短臂;位于染色体臂内和染色... 采用PI和DAPI组合(CPD)染色结合45SrDNA探针的荧光原位杂交(FISH)对分属6个科的16种植物的45S rDNA的染色体位置进行了分析。在所有供试植物中,共检测到53个45S rDNA位点。大多数45S rDNA位点分布在染色体的短臂;位于染色体臂内和染色体末端的位点的比例大体相当;多数位于染色体臂内的45S rDNA位点有次缢痕形成,但rDNA重复单位簇所处的位置存在差异。根据45S rDNA所处的染色体臂的不同、距着丝粒远近的差异、形成次缢痕与否以及rDNA重复单位簇相对于次缢痕的位置等特征,将植物的45S rDNA位点划分为12种染色体分布类型。基于我们的结果和其他的报道对45S rDNA位点、核仁组织区(NOR)、次缢痕和随体相互之间的关系进行了分析。 展开更多
关键词 45S RDNA 核仁组织区 随体 次缢痕 CPD染色 荧光原位杂交(fish)
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组合探针FISH在3种恶性血液病中的诊断价值 被引量:2
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作者 秦尤文 王小蕊 +1 位作者 杨一宁 王椿 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1289-1293,共5页
目的:评估组合探针FISH(Panel-FISH)在检测慢性淋巴细胞白血病(CLL)、多发性骨髓瘤(MM)和骨髓增殖异常综合征(MDS)常见细胞遗传学异常中的价值。方法:采用分别针对3种疾病的组合探针,对46例CLL、53例M M和93例M DS患者进行FIS... 目的:评估组合探针FISH(Panel-FISH)在检测慢性淋巴细胞白血病(CLL)、多发性骨髓瘤(MM)和骨髓增殖异常综合征(MDS)常见细胞遗传学异常中的价值。方法:采用分别针对3种疾病的组合探针,对46例CLL、53例M M和93例M DS患者进行FISH检测,并与常规细胞遗传学分析结果进行比较。结果:在CLL和M M组中,Panel-FISH的异常检出率明显高于核型分析(73.8%vs 9.5%;70.8%vs 22.9%),两组均存在显著性差异(χ2=35.7,P〈0.001;χ2=22.1,P〈0.001)。在M DS组中,Panel-FISH的异常检出率与核型分析相仿(30.4 vs27.2%),无显著性差异(χ2=0.043,P=0.625)。结论:Panel-FISH能显著提高CLL和M M患者的异常检出率。虽然不能提高MDS患者的总体异常检出率,但对分裂象较少或核型分析失败的MDS患者有辅助诊断意义。 展开更多
关键词 慢性淋巴细胞白血病 多发性骨髓瘤 骨髓增生异常综合征 组合探针荧光原位杂交 核型分析
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FISH法作为厌氧消化系统运行管理指标的可行性 被引量:3
13
作者 褚春凤 孔海南 片岡直明 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2003年第2期192-195,共4页
以高浓度厌氧消化污泥为对象,进行FISH、MPN和产甲烷活性的测定实验.FISH分析得到,厌氧消化污泥中古细菌、嗜乙酸产甲烷菌和嗜氢产甲烷菌占全菌数的比例分别为30%~70%,18%~28%和15%~43%,菌数测定结果FISH法高于MPN法.研究表明,FISH法可... 以高浓度厌氧消化污泥为对象,进行FISH、MPN和产甲烷活性的测定实验.FISH分析得到,厌氧消化污泥中古细菌、嗜乙酸产甲烷菌和嗜氢产甲烷菌占全菌数的比例分别为30%~70%,18%~28%和15%~43%,菌数测定结果FISH法高于MPN法.研究表明,FISH法可用于高浓度厌氧消化污泥的菌相解析,作为处理系统运行管理指标使用. 展开更多
关键词 fish MPN法 高浓度消化 菌数 产气活性
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石蒜属植物种间杂交种染色体制片体系优化和细胞遗传学分析
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作者 赵梦婧 殷素雅 高燕会 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第3期581-591,共11页
【目的】从细胞遗传学角度分析石蒜属Lycoris种间杂交种的染色体核型特征,探究杂交种亲本染色体分配,进一步创建和选育石蒜属优新品种。【方法】利用常规染色体制片和荧光原位杂交技术,对石蒜属种间杂交种和亲本染色体数目、核型公式及... 【目的】从细胞遗传学角度分析石蒜属Lycoris种间杂交种的染色体核型特征,探究杂交种亲本染色体分配,进一步创建和选育石蒜属优新品种。【方法】利用常规染色体制片和荧光原位杂交技术,对石蒜属种间杂交种和亲本染色体数目、核型公式及核型类型等进行分析。【结果】(1)最佳染色体制片体系:8:00—9:00取石蒜属植物根尖,0.002mol·L^(-1)的8-羟基喹啉预处理2.5 h,卡诺氏固定液固定,质量分数为5.0%的纤维素酶和0.3%的离析酶混合酶液于37℃酶解1.5 h,采用火焰干燥法制备染色体制片。(2)石蒜L.radiata和换锦花L.sprengeri杂交种染色体核型公式为2n=22=22A和2n=22=2sm+20A,以长筒石蒜L.Longituba为亲本的杂交种染色体核型公式为2n=2x=18=4m+14A,杂交种染色体核型以4A和3B为主,介于亲本石蒜、换锦花和长筒石蒜之间。(3)荧光原位杂交发现:石蒜和换锦花染色体上分别有2和3个45S rDNA杂交信号,其中3号染色体上均能发现45S rDNA杂交信号,供试杂交种45S rDNA信号数目各不相同,信号多位于染色体末端。【结论】本研究优化了石蒜属植物染色体制片和荧光原位杂交体系,并应用于石蒜属杂交种的鉴定和亲本染色体的分配,可为石蒜属植物新种质创制和新品种选育提供理论依据。 展开更多
关键词 石蒜属植物 种间杂交种 细胞学 核型分析 荧光原位杂交
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FISH技术在污水生物除磷脱氮研究中的应用 被引量:3
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作者 颜强 谢有奎 《重庆建筑大学学报》 CSCD 2004年第6期71-73,共3页
在简单介绍荧光原位杂交(FISH)的基本原理后,着重讨论了该技术在污水生物除磷、脱氮工艺中的应用现状、特点和前景。尽管污水生物除磷、脱氮工艺的宏观性能与微生物相的关系密切,但因缺乏适宜的检测技术,对工艺系统中微生物类型、数量... 在简单介绍荧光原位杂交(FISH)的基本原理后,着重讨论了该技术在污水生物除磷、脱氮工艺中的应用现状、特点和前景。尽管污水生物除磷、脱氮工艺的宏观性能与微生物相的关系密切,但因缺乏适宜的检测技术,对工艺系统中微生物类型、数量和结构等了解还很不充分。研究表明:FISH技术能够为除磷菌、硝化菌的识别与再分类提供优越的检测手段;与聚合酶链反应(PCR)等其它技术相结合,可使FISH技术更具生命力。 展开更多
关键词 污水生物处理 除磷 脱氮 荧光原位杂交 微生物识别
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热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
16
作者 苏群 赵家惠 +7 位作者 王虹妍 喇燕菲 方明雅 盛威 石林 唐毓玮 田敏 王凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期407-415,共9页
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以... 【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。 展开更多
关键词 保罗蓝睡莲 流式细胞术 荧光原位杂交 Survey测序 K-mer分析
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海岛棉基于双色FISH的核型分析
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作者 肖水平 王坤波 +5 位作者 柯兴盛 杨磊 刘新稳 孙亮庆 杨绍群 陈宜 《江西农业学报》 CAS 2016年第7期6-10,共5页
以45S r DNA作探针对海岛棉体细胞中期染色体进行荧光原位杂交(Fluorescence in situ Hybridization,FISH),检测出6个强的荧光信号(4大2小),结合DAPI图像观察发现信号分布在各自染色体随体位置,称为NOR(Nucleolar Organizer Region)信... 以45S r DNA作探针对海岛棉体细胞中期染色体进行荧光原位杂交(Fluorescence in situ Hybridization,FISH),检测出6个强的荧光信号(4大2小),结合DAPI图像观察发现信号分布在各自染色体随体位置,称为NOR(Nucleolar Organizer Region)信号。以二倍体A基因组棉种亚洲棉基因组DNA(g DNA)为探针对海岛棉进行FISH,结果发现52条染色体中有无杂交信号的各占一半,荧光信号分布在较长的A亚组染色体上,直接区分开海岛棉A、D亚组染色体,直观证实了海岛棉的异源双二倍体起源。以45S r DNA和A组棉种亚洲棉g DNA作探针对海岛棉进行双色FISH时,结果发现海岛棉染色体上既检测到了6个强的NOR信号又检测出了g DNA杂交信号,且清楚观察到2个NOR信号分布在A亚组上,另4个在D亚组上。基于该双色FISH图像的核型分析表明,海岛棉的核型公式为:2n=4x=52=40m(2 SAT)+12sm(4 SAT),属于2A类型,且有3对随体,其中1对定位于A9号染色体,属于中部着丝点(m)类型;另2对分别定位于D8和D12号染色体上,属于近中部着丝点(sm)类型;且发现海岛棉A亚组染色体的相对长度的并非全部大于D亚组,两亚组染色体间在长度上存在交叉,说明基于FISH的核型分析比传统方法更为准确。 展开更多
关键词 海岛棉 45S RDNA GDNA fish 核型分析
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半滑舌鳎含sox9基因BAC克隆的筛选及BAC-FISH定位 被引量:3
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作者 孙建 陈松林 +1 位作者 谢明树 邵长伟 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第1期34-40,共7页
以本实验室构建的半滑舌鳎BAC文库为基础,通过对其进行有序混合,构建了两步PCR筛选体系;对性别决定相关的sox9基因的序列设计特异性引物,筛选获得阳性单一BAC克隆。利用BAC-FISH技术将包含sox9基因的BAC克隆定位在半滑舌鳎染色体上。结... 以本实验室构建的半滑舌鳎BAC文库为基础,通过对其进行有序混合,构建了两步PCR筛选体系;对性别决定相关的sox9基因的序列设计特异性引物,筛选获得阳性单一BAC克隆。利用BAC-FISH技术将包含sox9基因的BAC克隆定位在半滑舌鳎染色体上。结果显示,sox9基因在雌、雄半滑舌鳎的一对常染色体的长臂上分别存在两个杂交信号位点,信号稳定且特异。研究证实了该文库筛选体系的有效性;首次实现了对性别相关的sox9基因在半滑舌鳎染色体上的定位,其结果为揭示sox9基因参与鱼类性别控制的机制提供了重要基础。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 SOX9基因 BAC文库 荧光原位杂交 染色体
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一种提高水稻FISH检出率的新方法—RFLP混合标记 被引量:2
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作者 金危危 覃瑞 +1 位作者 余舜武 宋运淳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期263-266,共4页
分别以水稻 1号染色体上混合标记的 8个紧密连锁的RFLP(平均约 1.7kb)和 5号染色体的BAC克隆44B4(137kb) ,以及 12号染色体单个RFLPRG397(约 1.5kb)为探针 ,在水稻染色体上进行了荧光原位杂交(FISH)。结果表明 ,RFLP混合标记杂交的检出... 分别以水稻 1号染色体上混合标记的 8个紧密连锁的RFLP(平均约 1.7kb)和 5号染色体的BAC克隆44B4(137kb) ,以及 12号染色体单个RFLPRG397(约 1.5kb)为探针 ,在水稻染色体上进行了荧光原位杂交(FISH)。结果表明 ,RFLP混合标记杂交的检出率为 2 7% ,大大高于单个RFLP的检出率 (7% )。其检出率虽然低于BAC克隆 44B4(6 0 % ) ,但它具有程序简单易行的特点 ,使基因原位定位更加高效。由于水稻中与已知功能基因紧密连锁的RFLP标记具有数量丰富、分布密集等优势 ,揭示了混合标记的RFLP在禾本科植物同线性和共线性分析中的广阔应用前景。此外 ,混合标记的RFLP还可以用于染色体的准确识别和核型分析。 展开更多
关键词 荧光原位杂交 fish 检出率 RFLP BAC 混合标记 水稻
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不同pH值的40mL/L磷酸盐缓冲甲醛液固定乳腺癌组织对FISH法检测HER2基因结果的影响 被引量:5
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作者 陈志强 米贤军 +3 位作者 陈昂 段立锋 刘超凡 邓文同 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期438-441,共4页
目的探讨不同pH值的40mL/L磷酸盐缓冲甲醛固定液对荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)法检测乳腺原发性浸润癌人类表皮生长因子受体2(human pidermal growth factor receptor 2,HER2)基因扩增结果的影响。方法选取... 目的探讨不同pH值的40mL/L磷酸盐缓冲甲醛固定液对荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)法检测乳腺原发性浸润癌人类表皮生长因子受体2(human pidermal growth factor receptor 2,HER2)基因扩增结果的影响。方法选取中山市博爱医院2014年3月至2017年1月期间,手术切除的乳腺癌75例,同一肿瘤病变部位取材4块,按照固定液pH不同,随机分为A、B、C、D组。固定液使用40mL/L磷酸盐缓冲甲醛,A^D组固定液pH值分别为6.0、7.0、7.5、8.0,分别固定15h后制作石蜡切片。采用FISH法检测HER2基因扩增情况,比较各组HER2基因扩增检测结果的差异。结果 (1)在荧光显微镜下,A、D组的组织轮廓较模糊、出现细胞碎片、部分探针定位欠佳、出现信号不规则甚至丢失、核溶解现象,见明亮的桔红/绿荧光信号。B、C组的组织轮廓清晰而完整、背景洁净、探针定位准确,见耀眼的桔红/绿荧光信号。(2)B、C组HER2基因扩增阳性率稳定在24.00%~25.33%;B、C组的基因扩增阳性率显著高于A、D组(P<0.05)。结论采用荧光原位杂交法检测乳腺原发性浸润癌HER2基因扩增,固定液的pH值在7.0~7.5之间可获得可靠的检测结果。 展开更多
关键词 乳腺原发性浸润癌 pH值 荧光原位杂交(fish) 人类表皮生长因子受体2(HER2)
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