应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控 被引量：2

1

作者 殷冬梅 陈颖 +5 位作者 黄超兰 杜青青 吴娟娟 许玲莉 陆璐 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期140-146,共7页

Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2... Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点. 展开更多

关键词 PINK1 基因表达数量性状基因座 帕金森病

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甘蓝型油菜BnTT3基因的表达与eQTL定位分析 被引量：2

2

作者 卢坤 曲存民 +5 位作者 李莎 赵会彦 王瑞 徐新福 梁颖 李加纳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1758-1766,共9页

类黄酮途径中, TT3编码的4-二氢黄铜醇还原酶是参与原花色素和花青素合成的关键酶。为了明确该基因可能的上游调控网络,利用黄籽母本 GH06和黑籽父本 ZY821构建的遗传图谱,以 BnTT3基因在高世代重组自交系群体中随机选取的94个株系花后4... 类黄酮途径中, TT3编码的4-二氢黄铜醇还原酶是参与原花色素和花青素合成的关键酶。为了明确该基因可能的上游调控网络,利用黄籽母本 GH06和黑籽父本 ZY821构建的遗传图谱,以 BnTT3基因在高世代重组自交系群体中随机选取的94个株系花后40 d种子的表达量作为性状,采用复合区间作图法进行eQTL分析。结果共检测到5个表达量相关的eQTL,分别位于A03、A08、A09和C01染色体,单个eQTL解释表型变异的5.22%~24.05%。A09染色体上存在2个主效 eQTL,单个 eQTL 分别解释24.05%和16.55%的表型变异,分别位于标记 KS10260~KBrB019I24.15和B055B21-5~KS30880之间,微效eQTL分布于A03、A08和C01染色体上。A09染色体上的2个主效eQTL区间（包含200 kb侧翼序列）与拟南芥、白菜、甘蓝和芸薹族近缘物种基因组同源区段具有很好的共线性关系。基因注释结果表明检测到的eQTL均为trans-QTL,2个主效eQTL区段共包含78个基因,包括MYB51、MYB52和bZIP5转录因子,可能为 BnTT3基因的上游直接调控因子,对这些基因功能的深入分析将有助于阐明甘蓝型油菜黄籽性状形成的分子调控机制,为黄籽候选基因的克隆筛选奠定基础。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 种子 TT3 重组自交系 表达数量性状位点

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eQTL结合ASE分析显示帕金森病相关基因Lrrk2表达受顺式作用调控

3

作者 黄嘉睿 殷冬梅 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1161-1166,共6页

富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)密切相关,但其作用机制仍不十分清楚.本文以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为切入点,对其调控机制进行研究.以近交系C57BL/6J(... 富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因与家族性及散发性帕金森病(Parkinson's disease,PD)密切相关,但其作用机制仍不十分清楚.本文以单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为切入点,对其调控机制进行研究.以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠杂交1代小鼠为实验动物,借助基因表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)分析技术,结合等位基因特异性表达(allele specific expression difference,ASE)技术,验证帕金森病相关基因Lrrk2的顺式调控机制.eQTL分析显示,Lrrk2基因所在的位置有1个具有显著统计学意义(LRS值≥20)的顺式调节基因座.针对Lrrk2基因外显子区域错意突变SNP的ASE分析得出:rs50098646位点在cDNA水平上G∶A两碱基比值偏离1∶1,与gDNA水平中G∶A两碱基比值差异显著(P<0.01),表达受顺式作用调节.本研究结果表明,Lrrk2基因的表达受到顺式作用的调控. 展开更多

关键词 帕金森病 富亮氨酸重复激酶2(Lrrk2)基因 单核苷酸多态性 基因表达数量性状定位 等位基因特异性表达

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利用CSSL群体研究稻米AC和PC相关QTL表达稳定性 被引量：26

4

作者 翁建峰 万向元 +3 位作者 吴秀菊 王海莲 翟虎渠 万建民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期14-19,共6页

利用以Asominori为遗传背景具IR24染色体片段的置换系（CSSL）群体，在“2年4点”8个环境对稻米直链淀粉含量（AC）和蛋白质含量（PC）进行QTL定位和表达稳定性分析。结果共检测到8个AC和PC相关QTL，其中2个QTL在8个环境中都能重复出现... 利用以Asominori为遗传背景具IR24染色体片段的置换系（CSSL）群体，在“2年4点”8个环境对稻米直链淀粉含量（AC）和蛋白质含量（PC）进行QTL定位和表达稳定性分析。结果共检测到8个AC和PC相关QTL，其中2个QTL在8个环境中都能重复出现，即影响AC的qAC-8和控制PC的qPC-8，平均贡献率分别为21．0％和26．9％。qAC-8和qPC-8对应置换系与背景亲本Asominori在8个环境中相应性状的表现型都达到极显著差异（P〈0．01）；都仅与8个环境中的2个环境之间存在显著的互作效应；说明qAC-8和qPC-8的效应显著且稳定性较高。此外，qAC-8和qPC-8都被定位在第8染色体R727～G1149区间，IR24的等位基因可同时提高AC和PC，这为研究水稻籽粒直链淀粉和蛋白质形成途径之间的相互关系以及碳氮代谢协同调控的遗传机制提供了新的信息。 展开更多

关键词 水稻 直链淀粉含量 蛋白质含量 染色体片段置换系(CSSL) qtl稳定性

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几个牛肉品质性状的QTL分析 被引量：1

5

作者 狄江 Cynthia DK Bottema Zbigniew A Kruk 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期174-176,共3页

测定了利木赞×娟姗牛杂交一代3头公牛所有回交后代的背最长肌和半腱肌的剪切力、pH值及煮 制损失3个表型性状,与已构建的遗传连锁图谱和基因型值相结合,利用QTL Express软件的“Half-Sib QTL Analysis Servlet”进行QTL分析。共发... 测定了利木赞×娟姗牛杂交一代3头公牛所有回交后代的背最长肌和半腱肌的剪切力、pH值及煮 制损失3个表型性状,与已构建的遗传连锁图谱和基因型值相结合,利用QTL Express软件的“Half-Sib QTL Analysis Servlet”进行QTL分析。共发现6个可能的QTL位点,其中背最长肌剪切力性状3个QTL(BTA2 45 cM,BTA29 54 cM)、半腱肌剪切力1个QTL(BTA2 12 cM)、半腱肌pH值1个QTL(BTA24 0 cM)、背最长肌 煮制损失1个QTL(BTA142 cM)。 展开更多

关键词 qtl分析 牛肉品质 半腱肌剪切力 qtl express软件

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结合RNA-seq分析和QTL定位筛选甘蓝型油菜萌发期与铝毒胁迫相关的候选基因 被引量：7

6

作者 王瑞莉 王刘艳 +7 位作者 雷维 吴家怡 史红松 李晨阳 唐章林 李加纳 周清元 崔翠 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2407-2422,共16页

随着土壤酸化程度的加剧,铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一。为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理,本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析,共检测到9344个显著差异表达基... 随着土壤酸化程度的加剧,铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一。为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理,本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析,共检测到9344个显著差异表达基因[|log2(fold change)|≥1和FDR≤0.05],其中4406个DEGs基因上调,4938个DEGs下调。GO富集分析发现,差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白活性等相关。KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路-植物、植物-病原体相互作用、植物激素信号转导等途径。此外,通过整合RNA转录组测序和铝毒胁迫下油菜萌发期根系相关性状的QTL定位结果,共筛出44个差异表达基因(10个下调和34个上调),这些基因主要与氧化应激、渗透调节、细胞壁修饰、转运蛋白、激素信号传导等功能有关。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 铝毒胁迫 转录组测序 qtl 差异表达基因

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玉米耐深播主效QTL qMES20-10的精细定位及差异表达基因分析 被引量：3

7

作者 任蒙蒙 张红伟 +2 位作者 王建华 王国英 郑军 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1016-1024,共9页

干旱是影响玉米(Zea mays L.)产量最主要的环境因素之一,具有耐深播特性的玉米种质材料能够吸收土壤深层水分,具有较强的耐旱性,因此研究玉米耐深播性状的遗传机制具有重要的理论和应用价值。本实验室前期已利用耐深播玉米自交系3681-4... 干旱是影响玉米(Zea mays L.)产量最主要的环境因素之一,具有耐深播特性的玉米种质材料能够吸收土壤深层水分,具有较强的耐旱性,因此研究玉米耐深播性状的遗传机制具有重要的理论和应用价值。本实验室前期已利用耐深播玉米自交系3681-4与普通自交系X178构建的F2:3群体,在玉米10号染色体上定位到了一个耐深播主效QTLqMES20-10。本研究在此基础上,以X178为轮回亲本,结合前景选择和背景选择,构建了BC3F3:4家系,对qMES20-10迚行了确证;并进一步利用分子标记辅助选择构建了高代回交群体,将其精细定位于133.3~136.0Mb的区间之内。同时,利用从BC3F3:4家系中筛选出的两个近等基因系,迚行差异表达基因分析,发现差异表达基因主要参与了化学性应激反应、氧化还原反应和对氧化胁迫的应激反应。本研究结果为迚一步兊隆耐深播主效QTL qMES20-10奠定了基础。 展开更多

关键词 玉米 耐深播 qtl 精细定位 差异表达基因

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遗传基因组学(Genetical genomics)的研究进展 被引量：5

8

作者 刘秀艳 谢正苗 陈惠哲 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1030-1034,共5页

遗传基因组学(geneticalgenomics)是将微阵列技术和数量性状座位(QTL)分析结合起来,全基因组水平上定位基因表达的QTL(eQTL).它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段.遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap... 遗传基因组学(geneticalgenomics)是将微阵列技术和数量性状座位(QTL)分析结合起来,全基因组水平上定位基因表达的QTL(eQTL).它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段.遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap首先提出,到目前为止,遗传基因组学已应用于酵母、老鼠、人以及玉米等植物.研究结果表明:基因表达水平的差异是可遗传的复杂性状;eQTL可以分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL,顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域,表明可能是该基因本身的差别引起mRNA水平的差别,反式作用就是eQTL定位到其他基因组区域,表明其他基因的差别控制该基因mRNA水平的差异.将eQTL结果、基因功能注解以及多种统计分析方法相结合,不仅能更准确地鉴别控制复杂性状及其相关基因表达的候选基因,而且能构建相应的基因调控网络. 展开更多

关键词 微阵列技术 基因表达的数量性状座位(qtl) 基因调控网络

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稻米食味品质的遗传和分子生物学基础研究 被引量：29

9

作者 朱昌兰 翟虎渠 万建民 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第4期454-460,共7页

食味品质是最重要的稻米品质性状之一。从淀粉组成和结构与食味品质的关系、食味品质性状的基因定位和QTL分析以及淀粉合成过程中的关键酶及其基因对淀粉品质的表达调控等方面进行了综述 。

关键词 基因定位 表达调控 酶 分子生物学 稻米 食味品质 遗传

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林木遗传连锁图谱构建研究进展与发展方向 被引量：8

10

作者 宋婉 陈晓阳 +1 位作者 续九如 张志毅 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期749-756,共8页

本文就目前国内外林木连锁遗传图谱领域的研究进展进行了综述,指出了该领域研究中存在的主要问题,即一方面是作图个体的数量有限,另一方面是采用的标记以随机标记为主,导致了建成的图谱以及利用图谱获得的数量性状基因位点(QTLs)信息具... 本文就目前国内外林木连锁遗传图谱领域的研究进展进行了综述,指出了该领域研究中存在的主要问题,即一方面是作图个体的数量有限,另一方面是采用的标记以随机标记为主,导致了建成的图谱以及利用图谱获得的数量性状基因位点(QTLs)信息具有杂交组合特异性,造成了QTLs的可信度和在林木遗传改良以及标记辅助选择中的实用性降低等现象。针对存在的问题,讨论了根据林木生物学特点选择合适遗传标记的意义,指出进行林木比较作图研究的重要性和必要性。文中接着较为详尽地介绍了国外重要林木表达序列标签(EST)测序项目的研究进展,论述了功能已知和种间高度保守的表达序列标签多态性(ESTP)标记的由来,阐述了获得ESTP标记的主要方法,并指出应当利用ESTP标记进行林木遗传图谱构建、QTL定位和比较作图的研究。文中最后讨论了未来林木遗传图谱构建和QTL定位研究的发展方向,并探讨了我国在该领域取得重大进展的突破口,指出我国应首先进行杨树尤其是中国乡土杨树树种该方面的研究。 展开更多

关键词 遗传连锁图谱 qtl定位 表达序列标签多态性 比较作图 林木

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玉米自交系籽粒响应高温胁迫的转录组分析 被引量：3

11

作者 汤彬 耿存娟 +7 位作者 曾强 郭欢乐 李涵 曹钟洋 邓力超 彭明 周虹 陈志辉 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期11-19,共9页

玉米籽粒发育时期对高温胁迫十分敏感,严重影响玉米的产量和品质。为研究不同耐高温玉米自交系籽粒响应高温胁迫的基因表达差异,在基因水平解析不同玉米种质响应高温胁迫的分子机制,以前期筛选的耐高温自交系XN202和敏感自交系CT110为材... 玉米籽粒发育时期对高温胁迫十分敏感,严重影响玉米的产量和品质。为研究不同耐高温玉米自交系籽粒响应高温胁迫的基因表达差异,在基因水平解析不同玉米种质响应高温胁迫的分子机制,以前期筛选的耐高温自交系XN202和敏感自交系CT110为材料,利用RNA-Seq技术挖掘正常和高温胁迫下授粉后15 d玉米籽粒的差异表达基因(DEG)。与对照相比,XN202和CT110分别检测到1517,1012个DEGs,共同的DEGs有142个,包含7个转录因子。不同耐高温玉米自交系的籽粒对高温胁迫的响应存在明显差异,通过基因本体(GO)功能注释和全基因组及代谢途径数据库(KEGG)信号通路富集分析筛选出DNA复制、核小体、微小染色体维持复合物、DNA引物酶-多聚酶α复合体、营养库活性、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等共同参与响应高温胁迫的应答过程。通过生物信息学分析,共有374个DEGs位于已报道的玉米耐高温相关性状QTL区间,其中42个DEGs为已报道的耐高温相关基因。综上所述,高温胁迫下玉米籽粒会形成复杂的细胞保护和防御系统,AP2/ERF、MYB、bHLH、NAC、HSF、HSP等耐高温相关的DEGs可能在分子调控网络中发挥重要作用。 展开更多

关键词 玉米 耐热性 转录组测序 差异表达基因 数量性状位点(qtl)

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绵羊抗肠道寄生虫病育种研究进展 被引量：2

12

作者 王冰 赵贵平 +1 位作者 苟锡勋 高维明 《草食家畜》 2016年第3期7-11,26,共6页

肠道内寄生虫病是影响养羊业发展的最重要疾病之一。基于化学驱虫药的防治方法对绵羊内寄生虫的控制起到了有效的作用,但寄生虫抗药性不断增加以及畜产品中药物残留问题对新的替代方法研究提出了要求。大量研究证明绵羊品种间和品种内... 肠道内寄生虫病是影响养羊业发展的最重要疾病之一。基于化学驱虫药的防治方法对绵羊内寄生虫的控制起到了有效的作用,但寄生虫抗药性不断增加以及畜产品中药物残留问题对新的替代方法研究提出了要求。大量研究证明绵羊品种间和品种内存在寄生虫抗性差异,这种已有遗传变异为通过育种方法提高绵羊抗性提供了可能性,而目前一些绵羊抗性群体的成功培育则为这一方法的实施提供了证据。现在寄生虫抗性的选择主要基于粪便中虫卵数(FEC),而抗性遗传标记的发现将会提供更为有效的选择方法。目前已有许多研究致力于寻找与寄生虫抗性关联的分子遗传标记。包括基因定位和基因表达的功能基因组学研究也正在进行,且已有几个研究发现了一些抗性表达差异基因。通过数量遗传学、功能基因组学以及大规模数据收集、流行病学预报等多领域的综合研究,将为绵羊抗寄生虫病育种提供更大的契机。 展开更多

关键词 绵羊 内寄生虫 qtl 基因表达 育种

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高通量测序技术在苎麻生物学研究中的应用 被引量：2

13

作者 易浪波 李富 崔国贤 《中国麻业科学》 2017年第2期88-93,共6页

近10年来以高通量为特征的第二代测序技术迅猛发展,并被广泛应用到医学,生命科学及农业等领域。新一代测序技术具有成本低、效率高等特点,使得许多非模式生物的基因组和转录组从头测序成为可能。苎麻作为我国传统的天然纤维作物,其种植... 近10年来以高通量为特征的第二代测序技术迅猛发展,并被广泛应用到医学,生命科学及农业等领域。新一代测序技术具有成本低、效率高等特点,使得许多非模式生物的基因组和转录组从头测序成为可能。苎麻作为我国传统的天然纤维作物,其种植面积和产量占全世界的90%以上。解析其性状的形成发育机制对于苎麻的分子改良非常重要。近几年来,为了阐明苎麻性状的生物学机制,国内外多个团队以转录组研究为切入点,通过高通量测序技术对苎麻生物学研究开展了大量的研究。本文从高通量测序技术、苎麻转录组研究进展、苎麻重要性状基因识别、苎麻进化驯化机制研究及分子标记的开发利用等几个方面进行了综述,将为挖掘苎麻重要性状基因提供理论基础、为苎麻分子标记辅助选择提供了大量的可靠标记,高通量测序已经推动苎麻性状生物学研究的快速发展,也将为苎麻的分子育种研究奠定基础。 展开更多

关键词 高通量测序 苎麻 转录组 基因表达 SSR标记 qtl

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牛遗传图谱的研究进展 被引量：1

14

作者 夏文财 鲁绍雄 《吉林畜牧兽医》 2008年第5期14-16,共3页

20世纪90年代以来,牛遗传图谱发展非常迅速。到目前为止,已经公布了几个版本的遗传图谱。在图谱上DNA标记不断增加,标记间隔越来越小,但是目前图谱还是存在着标记密度不均匀等问题。随着牛基因组计划的完成,基因组学和QTL定位的发展,尤... 20世纪90年代以来,牛遗传图谱发展非常迅速。到目前为止,已经公布了几个版本的遗传图谱。在图谱上DNA标记不断增加,标记间隔越来越小,但是目前图谱还是存在着标记密度不均匀等问题。随着牛基因组计划的完成,基因组学和QTL定位的发展,尤其是表达序列标签(EST)在图谱构建中的应用,牛的遗传图谱将更加完善,为重要经济性状的基因定位和基因克隆奠定了基础。 展开更多

关键词 遗传图谱 qtl 基因组学 表达序列标签(EST)

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玉米产量数量基因位点与杂种优势遗传基础探讨

15

作者 郑小江 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2003年第3期447-450,共4页

综述了玉米产量QTL的研究方法 ,QTL数目、位置、遗传效应及应用。在比较了多种利用QTL结果对杂种优势的解释的基础上 ,认为杂种优势的产生是显性效应、超显性效应和上位性效应共同作用的结果 ,杂种通过自组织理论而形成的最优基因表达... 综述了玉米产量QTL的研究方法 ,QTL数目、位置、遗传效应及应用。在比较了多种利用QTL结果对杂种优势的解释的基础上 ,认为杂种优势的产生是显性效应、超显性效应和上位性效应共同作用的结果 ,杂种通过自组织理论而形成的最优基因表达调控是杂种优势形成的理论基础。 展开更多

关键词 玉米 产量 数量基因位点 杂种优势 遗传基础

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整合玉米基因表达与遗传分析资料发掘耐渍性候选基因 被引量：4

16

作者 尤莉 邱法展 +1 位作者 张祖新 刘瑞响 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期9-13,共5页

对用cDNA microarray技术鉴定所得的玉米自交系Hz32(耐)与Mo17(敏)的根系在淹水胁迫早期响应的88个3倍差异表达ESTs进行电子定位,其中47条ESTs可分别排列到玉米10条染色体上;ESTs电子定位结果与玉米耐渍性QTLs图谱的整合发现,10条ESTs... 对用cDNA microarray技术鉴定所得的玉米自交系Hz32(耐)与Mo17(敏)的根系在淹水胁迫早期响应的88个3倍差异表达ESTs进行电子定位,其中47条ESTs可分别排列到玉米10条染色体上;ESTs电子定位结果与玉米耐渍性QTLs图谱的整合发现,10条ESTs落入耐渍性QTLs区段内,并分别位于第1、2、4、5、9和10号染色体上。对这些ESTs的功能分析,推测其中3个基因为玉米耐渍性重要候选基因。整合基因差异表达与QTLs定位资料对筛选和发掘重要数量性状的侯选基因具有一定的指导作用。 展开更多

关键词 表达序列标签(EST) 数量性状位点(qtl) 耐渍性 基因表达

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甘蓝型油菜抗菌核病研究进展 被引量：6

17

作者 吴健 涂江颖 周永明 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期608-615,共8页

由真菌核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)引起的油菜菌核病是世界范围内最严重的病害之一,也是影响油菜高产稳产的主要生物逆境。选育抗菌核病油菜品种并在生产上大面积种植是防控菌核病最经济有效和环保的途径。本文从核盘菌的致病机... 由真菌核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)引起的油菜菌核病是世界范围内最严重的病害之一,也是影响油菜高产稳产的主要生物逆境。选育抗菌核病油菜品种并在生产上大面积种植是防控菌核病最经济有效和环保的途径。本文从核盘菌的致病机理、油菜抗菌核病的遗传控制、抗病基因表达谱和抗性相关基因的应用等方面综述了油菜抗菌核病研究有关的最新进展。 展开更多

关键词 甘蓝型油菜 菌核病 致病机理 遗传规律 qtl 基因表达谱 抗病基因

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猪IRS4基因多态性、表达差异及其与脂肪沉积性状的关联分析 被引量：1

18

作者 马焕班 刘先先 +4 位作者 杨杰 黄卫兵 段艳宇 郭源梅 麻骏武 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1084-1094,共11页

本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96C>G,外显子上的同义突变g.1829T>C和错义突... 本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96C>G,外显子上的同义突变g.1829T>C和错义突变g.1794T>C(p.Phe432Leu)。RT-PCR检测后发现,IRS4基因在垂体、下丘脑中高度表达,在其他组织中弱表达或不表达。在白色杜洛克×二花脸F2资源家系、苏太猪群体、二花脸群体、杜长大三元杂商品猪及中国地方野猪中,用PCR-RFLP方法对IRS4的3个SNPs位点进行判型,然后分析它们的基因频率及其与4点(肩、胸、腰、臀部)背膘厚、腹脂重、肌内脂肪含量和眼肌面积的相关性。结果发现,g.96C>G位点在F2家系(含有SSCX QTL)中分离程度很低,被首先排除作为潜在因果突变(QTN)的可能性。g.1794T>C和g.1829T>C位点在所有检测的西方猪种(白色杜洛克和杜长大)是均为TT基因型,而它们的CC基因型频率在二花脸猪中分别为65%和100%。在不同群体中标记关联分析结果显示,g.1794T>C与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P<0.01),但它在苏太猪中仅与IMF显著相关(P<0.05),且与二花脸猪表型关联不显著(P>0.05);g.1829T>C则不仅与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P<0.01),而且与苏太猪的4点膘厚和眼肌面积呈显著或极显著相关。此外,生物信息学分析发现,g.1794T>C错义突变可能对IRS4蛋白的功能影响不大。结果提示,该错义突变也不太可能是影响脂肪沉积的QTN,而g.1829T>C与F2和苏太猪的脂肪沉积性状都显著关联,故其可作为这些性状选育的分子标记,并值得深入研究。 展开更多

关键词 猪 IRS4基因 qtl 多态性 表达差异 脂肪沉积性状

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禾本科植物细胞壁合成调控研究进展 被引量：7

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作者 胡炜晨 张同 +1 位作者 胡振 王令强 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期472-480,共9页

细胞壁是植物重要的特征结构,与植物的生长发育和对外界环境胁迫反应密切相关。秸秆的机械强度是一个重要的农艺性状,与产量、抗性等相关。而秸秆中细胞壁的主要成分纤维素、木质素、半纤维素等可作为重要的化工原料和生物质来源。秸秆... 细胞壁是植物重要的特征结构,与植物的生长发育和对外界环境胁迫反应密切相关。秸秆的机械强度是一个重要的农艺性状,与产量、抗性等相关。而秸秆中细胞壁的主要成分纤维素、木质素、半纤维素等可作为重要的化工原料和生物质来源。秸秆理化性状的遗传改良和综合利用策略的形成均有赖于对细胞壁合成调控机理的认识。本文综述了脆秆突变体基因的定位、图谱克隆和功能研究,数量性状位点(QTL)作图和解析细胞壁相关性状的遗传基础以及共表达分析在探索细胞壁生物合成的候选基因和建立辅助细胞壁合成的调节网络中的应用等禾本科植物细胞壁形成和调控研究领域取得的最新进展。此外,还讨论了这些方面的几个潜在的具有挑战性的问题。 展开更多

关键词 细胞壁 脆秆突变体 qtl 基因共表达分析 基因调控网络

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EGR1基因与中国汉族人群阿尔茨海默病发病风险的关联研究

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作者 方新宇 卢卫红 +6 位作者 王慧珍 倪建良 张江涛 蔡军 李涛 张登峰 张晨 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-159,共7页

目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2个独立样本共计715例AD患者和760例健康对照(包括来自华东地区的382例A... 目的·探讨早期生长反应基因1(early growth response gene 1,EGR1)与中国汉族人群阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)发病风险的关联。方法·纳入2个独立样本共计715例AD患者和760例健康对照(包括来自华东地区的382例AD患者和426例健康对照以及来自西南地区的333例AD患者和334例健康对照)。采取外周静脉血并提取DNA,利用SNaPshot技术对单核苷酸多态性位点rs11743810进行分型。结合公共数据库探索EGR1基因在AD患者和健康对照的大脑中是否存在差异表达;并通过STRING数据库构建蛋白质–蛋白质交互作用(protein-protein interaction,PPI)网络图,以明确EGR1与AD高风险基因之间是否存在联系;采用表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)关联分析探讨rs11743810多态性与AD易感性的关系。结果·差异表达分析发现,AD患者与健康对照脑内EGR1基因在颞叶皮层表达存在显著差异(校正前|log2FC|=0.780,P=0.000;FDR校正后P=0.001)。PPI结果也表明EGR1蛋白与AD高风险基因表达的蛋白如淀粉样蛋白前体(amyloid precursor protein,APP)以及载脂蛋白J(clusterin,CLU)之间存在交互作用。然而,eQTL分析结果显示,EGR1基因单核苷酸多态性rs11743810不同基因型在10个脑区的表达无明显差异(校正后P>0.05)。外周血DNA样本分析结果也提示AD组和健康对照组的rs11743810位点基因型和等位基因分布频率的差异均无统计学意义(P>0.05)。结论·rs11743810多态性位点可能不是中国汉族人群AD的主要致病位点。 展开更多

关键词 阿尔茨海默病 基因多态性 早期生长反应基因1 表达数量性状基因座 差异表达

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