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3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较
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作者 郭瑶杰 万武波 +2 位作者 王海山 叶乐 陈治 《南方水产科学》 北大核心 2025年第1期66-76,共11页
环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、... 环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。 展开更多
关键词 环境DNA宏条形码 鱼类多样性 通用引物 MiFish-U 海南
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eDNA宏条形码技术在城市生物多样性监测中的适用性与展望 被引量:2
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作者 廖晨阳 杨明乐 +2 位作者 高庆 毛颖 冯可心 《中国城市林业》 2023年第3期167-173,共7页
城市生物监测是城市生物多样性研究的重要内容之一,但由于城市环境和生物习性的复杂性,传统生物监测方法的应用受到诸多制约。eDNA宏条形码技术能够便捷地从环境中提取DNA片段并扩增与测序,从而快速准确地鉴定生物群落物种成分,近年来... 城市生物监测是城市生物多样性研究的重要内容之一,但由于城市环境和生物习性的复杂性,传统生物监测方法的应用受到诸多制约。eDNA宏条形码技术能够便捷地从环境中提取DNA片段并扩增与测序,从而快速准确地鉴定生物群落物种成分,近年来已成功应用于自然环境生物监测。文章基于eDNA宏条形码技术的主要优势和特点,探讨该技术应用于城市环境中食物链与生物食性、疫源生物、入侵生物及濒危物种、隐遁生物、特殊区域生物以及大气生物源性污染的监测等方面的适用性,归纳其存在的局限性,并对其发展趋势提出展望。 展开更多
关键词 edna 生态监测 城市生态 生物多样性 物种识别
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基于eDNA技术的白洋淀微型生物群落监测 被引量:6
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作者 陈家琪 董丽 +3 位作者 麻晓梅 田凯 白洁 赵彦伟 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1773-1786,共14页
传统形态学监测无法识别绝大多数微型生物,环境DNA(eDNA)宏条形码技术提供了一种新型高效的生物监测手段。以白洋淀为例,采用eDNA宏条形码测序技术,开展白洋淀微型生物群落监测,揭示了白洋淀微型生物群落组成、序列数、多样性等的时空分... 传统形态学监测无法识别绝大多数微型生物,环境DNA(eDNA)宏条形码技术提供了一种新型高效的生物监测手段。以白洋淀为例,采用eDNA宏条形码测序技术,开展白洋淀微型生物群落监测,揭示了白洋淀微型生物群落组成、序列数、多样性等的时空分布,比较了eDNA技术和传统形态学方法对藻类的检出能力,分析了eDNA技术的灵敏度和还原力。结果表明:eDNA宏条形码技术检出白洋淀7个微型生物类群的4569个OTU,分属于567个种,其中细菌(除蓝藻门)最多,原生动物次之,古细菌最少;时间上,白洋淀主要微型生物类群秋季生物多样性最高,夏季次之,微型生物类群的序列数、门与属水平的相对丰度也呈现出明显的季节特征。空间上,优势门类在各采样点的分布大致相似,Epsilonbacteraeota等部分相对丰度较少的门类分布明显不均衡;时间和空间变化均影响白洋淀微型生物群落的组成和分布,季节变化的影响更显著;eDNA比传统形态学方法具有更高的检出能力,二者联合使用更有利于全面获取微型生物组成信息。研究全面揭示了白洋淀微型生物群落信息,探索了eDNA宏条形码技术在北方湿地的应用,印证了该技术的高效性和灵敏度。 展开更多
关键词 edna宏条形码 白洋淀 微型生物群落 生物监测
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eDNA技术在水生动物疫病监测中的适用性 被引量:2
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作者 段宏安 徐晔 +2 位作者 王凤芝 周毅 丁超 《中国动物检疫》 CAS 2023年第1期80-87,共8页
使用环境DNA(environmental DNA,eDNA)监测水生系统是一个快速发展的研究方向。eDNA技术采用快速、经济、非损伤性采样方案,更适用于稀有、珍贵的水生动物,或难以收集的野生动物的疫病检测和监测。本文结合世界动物卫生组织(WOAH)水生... 使用环境DNA(environmental DNA,eDNA)监测水生系统是一个快速发展的研究方向。eDNA技术采用快速、经济、非损伤性采样方案,更适用于稀有、珍贵的水生动物,或难以收集的野生动物的疫病检测和监测。本文结合世界动物卫生组织(WOAH)水生动物委员会(AAC)讨论性文件,综述了eDNA技术在水生动物疫病监测中样品的收集和处理、方法的验证与确认以及在监测方面的适用性等;提出了eDNA方法无法获得诊断性能的准确评估,不适合用来支持WOAH名录中疫病的无疫声明,但阳性结果可能是可疑病例的适当判定标准等。未来可发挥其优势,进一步尝试将eDNA方法用于出入境食用、种用和观赏用水生动物养殖场、隔离暂养场等水生动物疫病监测,特别是特种高货值水生动物及大型水面水生动物疫病的监测。 展开更多
关键词 edna 水生动物疫病监测 适用性
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基于eDNA技术的珠海外伶仃海洋牧场细菌多样性研究 被引量:1
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作者 臧能玮 朱爱意 +3 位作者 陈丕茂 袁华荣 张红会 魏文迪 《广东农业科学》 CAS 2023年第2期67-75,共9页
【目的】探索珠海外伶仃海洋牧场微生物群落组成、序列数、生物多样性等,分析eDNA技术的灵敏度,为珠海外伶仃海洋牧场生态系统管理维护提供参考。【方法】2021年9月在珠海外伶仃海洋牧场设立9个站位点,在表层水下2 m处采样,并对样品进... 【目的】探索珠海外伶仃海洋牧场微生物群落组成、序列数、生物多样性等,分析eDNA技术的灵敏度,为珠海外伶仃海洋牧场生态系统管理维护提供参考。【方法】2021年9月在珠海外伶仃海洋牧场设立9个站位点,在表层水下2 m处采样,并对样品进行预处理、DNA提取、PCR扩增、高通量测序,分析微生物种类组成、微生物资源密度和丰度,确定优势种。【结果】通过e DNA技术共检出珠海外伶仃海洋牧场微生物30种,隶属于5门7纲14目19科26属,共检测出779706个OTU(Operational Taxonomic Units)。变形菌门为绝对优势门(占75.06%),其次分别是拟杆菌门(占11.35%)、厚壁菌门(占5.28%)、浮霉菌门(占1.91%)、放线菌门(占1.06%);优势种共有7种,分别是交替假单胞菌、海杆菌、莫拉克氏菌、嗜冷菌、溶藻弧菌、嗜盐单胞菌、鞘氨醇杆菌,其中溶藻弧菌优势度最高(0.19)、为绝对优势种,其次是交替假单胞菌和莫拉克氏菌,优势度分别达到0.13、0.12,为主要优势种。【结论】研究结果揭示了珠海外伶仃海洋牧场的微生物群落信息,探索了eDNA技术在海洋牧场的应用,印证了该技术的高效性和灵敏度,为海洋牧场微生物方面的研究提供基础数据和科学参考。 展开更多
关键词 edna 海洋牧场 多样性 PCR扩增 微生物 优势度
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Edna: a Failed Life Mediator Contrasting with Madame Ratignolle and Madame Reisz
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作者 才让旺姆 《海外英语》 2015年第14期150-151 154,154,共3页
The Awakening is about the heroine Edna Pontellier awakes and tries to reset her relation with the world in New Orleans,a place the family chose to spend the summer, where there also are influences working their way t... The Awakening is about the heroine Edna Pontellier awakes and tries to reset her relation with the world in New Orleans,a place the family chose to spend the summer, where there also are influences working their way to awake Edna. Among them, theeffects from Madame Ratignolle and Madame Reisz are of great importance in the process of Edna's awakening and to her final sui-cide. This dissertation will see how Edna is affected by and distinguished from them, and get the conclusion that Edna fails being alife mediator by contrasting with the two women. 展开更多
关键词 edna CONTRAST influence life-mediator fail
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海南岛淡水鱼类eDNA宏条形码COⅠ通用引物的筛选
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作者 陈治 蔡杏伟 +6 位作者 申志新 张清凤 李芳远 谷圆 李高俊 赵光军 王镇江 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2023年第6期40-57,共18页
已知的鱼类环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条形码通用引物主要位于线粒体核糖体基因区,这些12S和16S引物存在部分近缘鱼类无法识别及参考序列不足等问题。本研究以海南岛淡水鱼类为调查对象,基于8目26科101属150种鱼类COⅠ序列,筛选... 已知的鱼类环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条形码通用引物主要位于线粒体核糖体基因区,这些12S和16S引物存在部分近缘鱼类无法识别及参考序列不足等问题。本研究以海南岛淡水鱼类为调查对象,基于8目26科101属150种鱼类COⅠ序列,筛选出6个侧翼保守区;综合碱基变异、物种鉴定、e DNA降解及高通量测序读长需求,在4个侧翼保守区设计了26条引物,其中6条引物未达到Premier评分要求;72种海南淡水鱼类的首轮PCR结果显示,有11条引物的通用性较高,其中,PCR成功种数≥70且条带亮度均大于marker的引物有5条;次轮PCR结果显示,5条引物相互搭配产生的3(正向)×2(反向)套引物组合的扩增成功率均为100%(72种/72种),经PCR条带长度、亮度筛选后表现最优的引物组合为“HN-A-F4、HN-D-R3”(以下简称HN-COⅠ)。30个水样高通量测序结果显示,HN-COⅠ产生的待分析序列总数、鱼类序列总数、OTUs总数和鱼类OTUs总数分别为MiFish-U的0.77倍(8919976/11532126)、1.22倍(2264965/1863905)、0.85倍(406/477)和1.32倍(86/65);HN-COⅠ产生的鱼类OTUs注释到种、属、科及科以上水平的占比分别为81.40%、11.63%和6.98%,MiFish-U则分别为81.54%、4.62%和13.85%。“引物+水样”的NMDS聚类图形成边界明显的2组(胁强系数=0.15);HN-COⅠ的属内物种扩增子两两遗传距离最小值及平均值均分别是MiFish-U的1.23倍(0.0069/0.0056)和1.57倍(0.1559/0.0994)。室内6个密度组鲤鱼(Cyprinus carpio carpio)“生物量–拷贝数”线性回归方程的相关系数较低,HN-COⅠ及MiFish-U均无法准确反映鲤鱼的生物量。本研究筛选并比较了HN-COⅠ与MiFish-U的优劣,表明HN-COⅠ对海南岛淡水鱼类具有更高的靶向性,不仅在防止微生物、哺乳类等非目标生物e DNA污染方面有优势,而且更有利于海南岛淡水鱼类的检出和准确鉴定。 展开更多
关键词 海南岛 淡水鱼类 edna COⅠ 通用引物
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基于环境DNA技术的珠江中下游鱼类多样性初步研究 被引量:2
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作者 朱书礼 陈蔚涛 +4 位作者 武智 夏雨果 杨计平 李跃飞 李捷 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期120-129,共10页
通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗... 通过环境DNA技术(Environmental DNA,eDNA)检测珠江中下游鱼类生物多样性,探索珠江中下鱼类多样性监测和保护的新途径。2023年2月在珠江中下游设置了桂平、藤县、封开、德庆、肇庆和九江共6个采样点,通过水样采集及过滤、eDNA提取、遗传标记扩增及测序和数据库比对分析等流程检测鱼类多样性。结果表明,6个采样点共检测出30种鱼类,隶属于4目10科27属,其中土著鱼类26种,外来种4种。较已有传统调查数据新检出2种鱼类:美丽沙鳅(Botia pulchra)和齐氏罗非鱼(Oceochromis zillii)。鱼类优势种为子陵吻鰕虎鱼(Rhinogobius giurinus)、瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachellii)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、尼罗罗非鱼(O.nilotica)、齐氏罗非鱼、南方波鱼(Rasbora steineri)和鲤(Cyprinus carpio)。根据Shannon指数和Simpson指数显示,eDNA检测九江和桂平站点的鱼类多样性最高,藤县的最低。作为一种新的检测方法,eDNA技术可用于快速检测珠江中下游鱼类的多样性及分布,在实际应用中可将eDNA技术与传统的监测方法相结合,以提供更全面的鱼类生物多样性数据信息。 展开更多
关键词 环境DNA(edna) 鱼类多样性 珠江中下游
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沉积物和流速对环境DNA持久性的影响
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作者 王玉蓉 王媛媛 文茄汀 《中国农村水利水电》 北大核心 2024年第8期1-7,共7页
环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术作为河流健康评价的关键工具,在水生生态系统生物分析中表现出极大的应用潜力。然而,eDNA与广泛存在于水体中的沉积物的关系非常复杂,同时也受到水流的影响,这严重限制了eDNA技术的推广和应用。研... 环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术作为河流健康评价的关键工具,在水生生态系统生物分析中表现出极大的应用潜力。然而,eDNA与广泛存在于水体中的沉积物的关系非常复杂,同时也受到水流的影响,这严重限制了eDNA技术的推广和应用。研究以中国重要淡水养殖鱼类草鱼为对象,探讨水流和沉积物对草鱼eDNA持久性的影响。结果显示:①在流动水体中,eDNA降解速度随流速增加而加快;②沉积物的存在则加速了eDNA的降解过程,与沉积物铺设厚度相比,沉积物粒径对eDNA持久性的影响更为显著;③在静水中,eDNA降解速度随沉积物粒径增大而减缓,但在流动水中,水流干扰导致了相反的eDNA降解模式,即eDNA的降解速度随着沉积物粒径的增大而加快。研究突显了在eDNA实验设计及解释中考虑沉积物特性的重要性,对于eDNA技术在水生生态系统应用提供了宝贵参考。 展开更多
关键词 edna 沉积物 持久性 降解率 流速
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珠江河口水体环境DNA提取方法的建立及优化 被引量:4
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作者 李红婷 张帅 +5 位作者 邹柯姝 陈作志 陈晓雷 蒋佩文 曹漪婷 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期30-37,共8页
近年来,环境DNA(eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法... 近年来,环境DNA(eDNA)技术广泛应用于水生生物多样性研究。以珠江河口咸淡水生态系统为研究区域,采用滤膜法富集eDNA,选取直径47 mm、孔径0.45μm的硝酸纤维膜、醋酸纤维膜、玻璃纤维膜和聚碳酸酯膜共4种材质的滤膜,采用4种滤膜保存方法,结合2种试剂盒提取eDNA,评估不同组合方案对eDNA提取效果的影响。结果显示,滤膜材质和保存方法对eDNA产量具有显著影响;其中,醋酸纤维膜获取的eDNA浓度最高。在DNA提取物质量相当的情况下,海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒提取的eDNA浓度高于DNeasy Blood and Tissue kit试剂盒。在不同保存条件下,“液氮”保存法获取的eDNA浓度最高。在不具备冷冻条件时,可添加乙醇,常温保存滤膜。采样后立即过滤水样能够有效防止eDNA降解。文章建立了珠江口咸淡水生态系统水样eDNA的获取、保存和提取方案,可为相似水域的eDNA研究提供参考。 展开更多
关键词 珠江河口 edna获取 edna保存 edna提取
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基于环境DNA技术的红鳍笛鲷生物量评估方法研究
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作者 辛益 邢晓东 +4 位作者 郭禹 秦传新 于刚 马振华 王兴强 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期275-285,共11页
环境DNA可以定量评估水生生物丰度,但其准确性因引物与构建模式差异而有所不同。以岩礁性鱼类红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)为对象,采用室内实验和实时荧光定量PCR(qPCR)的方法对红鳍笛鲷引物和探针进行设计与开发,建立DNA浓度与生... 环境DNA可以定量评估水生生物丰度,但其准确性因引物与构建模式差异而有所不同。以岩礁性鱼类红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)为对象,采用室内实验和实时荧光定量PCR(qPCR)的方法对红鳍笛鲷引物和探针进行设计与开发,建立DNA浓度与生物量间的关系,解析环境DNA(eDNA)持久性和衰减的过程,初步探究了eDNA技术对红鳍笛鲷生物量评估的可行性。结果显示,当引物退火温度为60℃时,引物扩增效果最好;红鳍笛鲷eDNA浓度与生物量间呈显著正相关(R^(2)=0.93);移出红鳍笛鲷后的20 d内,eDNA衰减浓度与时间呈显著负相关(R^(2)=0.98)。对红鳍笛鲷增殖放流前后的水环境检测结果表明,放流后水体内红鳍笛鲷eDNA浓度显著增加,表明本研究所设计的引物在检测红鳍笛鲷生物量方面的可行性,可为应用eDNA技术开展红鳍笛鲷生物量的准确评估提供理论基础。 展开更多
关键词 红鳍笛鲷 环境DNA 特异性引物 生物量评估
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基于环境DNA的涠洲岛周围海域布氏鲸种群分布初探
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作者 郑若丹 陈炳耀 +4 位作者 张帅 麦俊晓 蒋佩文 王文欣 李敏 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期36-46,共11页
鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视... 鲸类作为海洋生态系统中的顶级捕食者,是维持海洋生态平衡和生态稳定的关键物种。广西涠洲岛布氏鲸(Ba-laenoptera edeni edeni)是中国近海唯一稳定出现的须鲸种群,但其栖息地分布现状尚不明确。由于布氏鲸活动能力强、分布范围广,目视监测难以进行稳定跟踪调查。基于此,结合环境DNA(Environmental DNA,eDNA)技术,监测了不同时期(2022年4月和2023年1月)涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状。研究发现,4月在布氏鲸的热点分布海域(涠洲岛—斜阳岛之间)目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=3),同时在涠洲岛西南海域也发现布氏鲸存在(n=2),其中有1个站位仅eDNA检测到;1月在布氏鲸的热点分布海域目视和eDNA均发现布氏鲸存在(n=1),涠洲岛东部海域仅eDNA检测到布氏鲸存在(n=1)。结果表明,eDNA技术相比目视具有更高的灵敏度,可用于验证布氏鲸的分布,同时发现涠洲岛东部和西南部海域是布氏鲸的潜在热点分布海域。该研究验证了eDNA技术在涠洲岛布氏鲸分布监测上的可行性,进一步明确了涠洲岛布氏鲸栖息地的分布现状,为其种群的高效监测和科学保护提供了基线信息。 展开更多
关键词 环境DNA 布氏鲸 种群分布 涠洲岛
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基于食痕DNA分析技术进行物种鉴定的方法研究
13
作者 朱艺涵 李梦茹 +2 位作者 韩佳慧 纪静 刘艳华 《现代畜牧科技》 2024年第6期76-78,共3页
该研究以植株被咬食部位含有少量颊部细胞的唾液沉积提供的环境DNA(eDNA)可用于物种鉴定的原理为基础,借助自动提取试剂盒提取DNA和PCR程序的技术手段验证物种特异性线粒体DNA引物。试验通过片段大小和荧光团的组合来鉴定物种,采用PCR... 该研究以植株被咬食部位含有少量颊部细胞的唾液沉积提供的环境DNA(eDNA)可用于物种鉴定的原理为基础,借助自动提取试剂盒提取DNA和PCR程序的技术手段验证物种特异性线粒体DNA引物。试验通过片段大小和荧光团的组合来鉴定物种,采用PCR优化产物和低量DNA的聚合酶链式反应降低假阳性的可能性。结果表明,经取样数据比对后,待测样品较为精确的实现了马鹿这一物种的野外识别(>95%)。 展开更多
关键词 食痕 环境DNA 物种 鉴定
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利用环境DNA-宏条形码技术监测苏州地区小管福寿螺的入侵 被引量:5
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作者 陈晓 方靖怡 +3 位作者 王萌 沈晴 孙振军 王备新 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期58-65,共8页
小管福寿螺Pomacea canaliculata是我国南方重要的外来入侵有害生物,目前已在江苏苏州的河道、湖塘等水体中广泛发生,并呈现向北入侵趋势。及时准确地监测小管福寿螺在水体中的入侵扩散是有效防控其为害的关键。传统观察法受其生活史、... 小管福寿螺Pomacea canaliculata是我国南方重要的外来入侵有害生物,目前已在江苏苏州的河道、湖塘等水体中广泛发生,并呈现向北入侵趋势。及时准确地监测小管福寿螺在水体中的入侵扩散是有效防控其为害的关键。传统观察法受其生活史、发生状况及环境等影响,难以在入侵早期及时监测。新兴的环境DNA-宏条形码(environmental DNA metabarcoding)技术可实现对入侵生物快速、灵敏的监测。本文分别采用环境DNA-宏条形码技术和传统观察方法对苏州地区河流、湖泊和运河共38个样点的小管福寿螺发生情况进行了检测。结果显示,环境DNA-宏条形码技术检测到小管福寿螺的发生率(92.11%)远高于传统观察法(36.84%)。丰度阈值的设定和水体类型对环境DNA-宏条形码技术的检测结果有一定影响,本研究为今后运用环境DNA-宏条形码技术进行福寿螺入侵监测提供技术支持。 展开更多
关键词 环境DNA(edna) 高通量测序 小管福寿螺 生物入侵
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黄颡鱼生长激素cDNA序列克隆及其序列分析 被引量:5
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作者 孙玉华 谢从新 《水利渔业》 北大核心 2006年第3期10-13,共4页
采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较... 采用RT-PCR方法,首次从黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)脑垂体总RNA中克隆出生长激素(growth hormone,GH)cDNA的开放阅读框ORF(open reading frame)序列,长603nt,推导的GH前体由200个氨基酸组成。以生长激素氨基酸序列为分子标记,比较了包括黄颡鱼在内的鲇形目6科9种鱼类的生长激素氨基酸序列同源性,并用PHYLIP软件构建了鲇形目6科9种鱼类的系统发育树,可识别3个大的单系类群,即类群Ⅰ:鲇科Siluridae;类群Ⅱ:芒鲇科Pangasiidae+(鱼尝科Bagridae+异囊鲇科Heteropneustidae);类群Ⅲ:鱼回科Ictaluridae+胡子鲇科Clariidae。 展开更多
关键词 黄颖鱼 鲇形目 生长激素edna 开放阅读框ORF
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实时数据库在水电机组状态监测中的应用 被引量:5
16
作者 周叶 潘罗平 《水电站机电技术》 2011年第1期16-18,32,共4页
针对水电机组的运行特点,对常规水电机组状态监测数据进行分类,并针对数据存取特征进行分析,指出状态监测数据存取中存在的瓶颈和问题。再针对这些问题,详细描述了实时数据库在水电机组状态监测中应用的必要性和优点,并结合项目实践,给... 针对水电机组的运行特点,对常规水电机组状态监测数据进行分类,并针对数据存取特征进行分析,指出状态监测数据存取中存在的瓶颈和问题。再针对这些问题,详细描述了实时数据库在水电机组状态监测中应用的必要性和优点,并结合项目实践,给出美国印步公司eDNA实时数据库软件在水电监测中的应用实例。 展开更多
关键词 水轮发电机组 状态监测 实时数据库 数据存取策略 edna数据库
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虫草棒束孢类枯草杆菌蛋白酶基因克隆及分析
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作者 何晓红 杨宏国 +5 位作者 伍晓丽 刘飞 谢永芳 蒋龙星 王宇 冉玲芳 《广东农业科学》 CAS 2017年第5期32-36,F0002,共6页
采用逆转录PCR方法克隆获得1个虫草棒束孢类枯草杆菌蛋白酶基因的开放阅读框(ORF)序列,并对其进行生物信息学分析。该基因的开放阅读框全长1 599bp,编码的蛋白质由532个氨基酸组成(包括18个氨基酸的信号肽)。预测蛋白质的等电点和分子... 采用逆转录PCR方法克隆获得1个虫草棒束孢类枯草杆菌蛋白酶基因的开放阅读框(ORF)序列,并对其进行生物信息学分析。该基因的开放阅读框全长1 599bp,编码的蛋白质由532个氨基酸组成(包括18个氨基酸的信号肽)。预测蛋白质的等电点和分子量大小分别为6.256、56.936 ku。进行序列分析和进化树构建,发现该蛋白酶与已知的几个种类枯草杆菌蛋白酶具有很高的同源性,且与虎甲寄生菌的粉拟青霉位于同一进化分支。实验首次鉴定了虫草棒束孢类枯草杆菌蛋白酶基因的编码区序列,为进一步研究虫草棒束孢致死蝙蝠蛾幼虫的作用机理提供理论依据。 展开更多
关键词 虫草棒束孢 虫生真菌 蛋白酶 edna
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中国对虾生物量评估的环境DNA检测技术的建立及优化 被引量:15
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作者 李苗 单秀娟 +4 位作者 王伟继 吕丁 戴芳群 丁小松 吴欢欢 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第1期12-19,共8页
近年来,环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速,在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而,很少有研究专门评价e DNA技术操作流程中不同的eDNA富集... 近年来,环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速,在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而,很少有研究专门评价e DNA技术操作流程中不同的eDNA富集方法与提取方法对研究结果的影响,从而针对具体研究对象建立一套最佳的eDNA技术操作流程。此外,由于物种间生活习性的差异,不同物种释放到环境中的DNA量及DNA片段大小不同,因而,针对不同研究对象需采用不同的eDNA富集与提取方法。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,采用滤膜法富集eDNA,结合血液与组织DNA提取试剂盒提取e DNA。选取直径为47 mm的玻璃纤维膜、硝酸纤维膜、聚碳酸酯膜、尼龙膜共4种材质的滤膜,每种滤膜根据其孔径大小设置0.45、0.8、1.2、5μm共4个梯度,取样水量设置500 ml、1 L、2 L共3个梯度。结果显示,滤膜材质、滤膜孔径大小及取样水体体积均对中国对虾的定性与定量分析具有一定的影响,其中,0.45μm的玻璃纤维滤膜过滤2 L水样能够检测到的DNA拷贝数最多,并依据此建立了一套中国对虾e DNA技术的操作流程,提高了中国对虾的检出率,为后续中国对虾的分布监测及生物量评估提供了基础。 展开更多
关键词 中国对虾 edna 建立 优化
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环境DNA技术及在鱼类监测中的应用 被引量:7
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作者 沈梅 肖能文 +3 位作者 卢林 罗遵兰 史娜娜 孙光 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第2期133-141,共9页
开展鱼类监测对鱼类多样性保护具有非常重要的意义。环境DNA(eDNA)技术使得鱼类调查更加省时省力、节约成本、无损伤,在鱼类监测中被广泛使用。文章从环境DNA技术及其优缺点、技术流程及方法、国内外研究现状以及该技术的未来展望4个方... 开展鱼类监测对鱼类多样性保护具有非常重要的意义。环境DNA(eDNA)技术使得鱼类调查更加省时省力、节约成本、无损伤,在鱼类监测中被广泛使用。文章从环境DNA技术及其优缺点、技术流程及方法、国内外研究现状以及该技术的未来展望4个方面进行了综述。eDNA技术存在着一定的缺陷,不能完全取代传统方法。eDNA技术包含了样品的采集及处理、eDNA提取、eDNA扩增、测序和生物信息学分析几个主要步骤,每个步骤又可采取不同的实验方案,进而影响eDNA的检测效率。eDNA技术主要应用于鱼类物种多样性监测、入侵物种检测、濒危物种检测和鱼类生物量的估算等方面。虽然国内eDNA的起步不晚,但相比国外研究方向较为单一,研究深度不高,需要进一步重视。 展开更多
关键词 edna 鱼类多样性 鱼类监测
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金桂芳樟醇合成酶基因的克隆与序列分析(英文) 被引量:12
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作者 唐丽 唐芳 +2 位作者 段经华 刘友全 钟秋平 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第5期11-19,共9页
以金桂的花器官为试材,设计芳樟醇合成酶基因简并引物,通过逆转录PCR、快速扩增cDNA末端技术和Blastn分析等,获得金桂芳樟醇合成酶基因的全长cDNA序列,命名为OfLis(Osmanthus fragransvar.thunbergii linalool synthase,GenBank登录号FJ... 以金桂的花器官为试材,设计芳樟醇合成酶基因简并引物,通过逆转录PCR、快速扩增cDNA末端技术和Blastn分析等,获得金桂芳樟醇合成酶基因的全长cDNA序列,命名为OfLis(Osmanthus fragransvar.thunbergii linalool synthase,GenBank登录号FJ645727)。OfLis基因全长cDNA长度为2003bp,包含1个1731bp的开放阅读框,编码576个氨基酸。序列分析表明:OfLis具有单萜烯类合成酶基因典型的保守结构域,即DDXXD和(N,D)D(L,I,V)X(S,T)XXXE;具有多数单萜烯类合成酶活性必需的RR(X)8W功能基团。OfLis推导氨基酸序列的预测分子质量和等电点分别为67.29ku和5.26;疏水性分析结果表明其大部分氨基酸区域为亲水结构。氨基酸水平上,OfLis与薰衣草芳樟醇合成酶基因的相似性最高,为63.6%,与山字草芳樟醇合成酶基因的相似性最低,为19.0%。逆转录PCR结果表明:整个花期内OfLis基因在花瓣、雌蕊和雄蕊中均有表达,而在萼片和叶片中不表达。研究结果为香味植物的育种、品种改良及香味成分的调控提供理论基础。 展开更多
关键词 金桂 单萜烯合成酶 芳樟醇合成酶 逆转录PCR 快速扩增CDNA末端
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