【目的】将改良版叠氮溴化丙锭(improved propidium monoazide,PMAxx)与微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术相结合,建立一种针对单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,LM)活菌的检测方法。【方法】对PMAxx终浓度...【目的】将改良版叠氮溴化丙锭(improved propidium monoazide,PMAxx)与微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术相结合,建立一种针对单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,LM)活菌的检测方法。【方法】对PMAxx终浓度、暗处理时间及曝光时间进行优化,建立最佳的PMAxx-ddPCR检测体系,并用不同体积比的LM活菌验证其准确性,考察PMAxx-ddPCR检测方法的特异性、灵敏性和重复性。用不同浓度LM活菌与死菌对奶酪棒样品进行人工污染,比较传统的平板计数法和作者建立的PMAxx-ddPCR检测方法的结果;进一步对市售金针菇和火腿肠进行检测,评估PMAxx-ddPCR检测方法的实际效果。【结果】在PMAxx终浓度为10μmol/L、暗处理时间和曝光时间均为10 min时,PMAxx可显著抑制死菌DNA扩增,但对活菌DNA扩增没有显著影响。建立的PMAxx-ddPCR检测方法仅对LM产生特异性扩增,定量限为147 CFU/mL,相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)均小于20%,重复性较好。人工污染奶酪棒试验结果表明,平板计数法和PMAxx-ddPCR检测方法对LM的定量结果差异不显著(P>0.05)。进一步分析17份金针菇和16份火腿肠样品检测结果,PMAxx-ddPCR检测法和平板计数法均从7份金针菇样品中检出LM,且2种方法定量结果没有显著差异(P>0.05)。【结论】作者建立的LM活菌的PMAxx-ddPCR检测方法可对食品中LM活菌进行特异性定量检测。展开更多
为建立一种重复性好、灵敏度高、特异性好的西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)检测方法,以WNV保守区域NS2A序列为模板,设计引物和探针,建立了检测WNV的数字RT-PCR方法。对该方法引物浓度梯度、扩增反应温度梯度、模板梯度以及灵敏度和模...为建立一种重复性好、灵敏度高、特异性好的西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)检测方法,以WNV保守区域NS2A序列为模板,设计引物和探针,建立了检测WNV的数字RT-PCR方法。对该方法引物浓度梯度、扩增反应温度梯度、模板梯度以及灵敏度和模拟样品检测效果进行评估。结果显示:本方法在引物终浓度900 nmol/L、探针浓度250 nmol/L、退火温度60℃时效率最高;方法的特异性较好,对弓形虫、布鲁氏菌、禽流感病毒、H3N8亚型马流感病毒、尼帕病毒、马疱疹病毒、马动脉炎病毒等病原无交叉反应;对WNV的检测灵敏度可达4 copies/μL,对强阳性及临界阳性模拟样品全部检出。结果表明,建立的WNV数字RT-PCR方法高效、特异、灵敏,较适用于低病毒浓度样品或感染初期动物的检测,对WNV感染防控和口岸检测具有重要意义,具有广阔的应用前景。展开更多
为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重...为实现小反刍兽疫病毒(Peste des petits ruminants virus,PPRV)的快速、准确、定量检测,以国内PPRV Clone 9疫苗株N基因为靶位点设计特异性引物及探针,建立了液滴式数字PCR(Droplet digital PCR,ddPCR)方法,并对其特异性、敏感性及重复性进行评价。将所建立的ddPCR方法与实时荧光定量PCR(Fluorescence quantitative PCR,qPCR)方法的灵敏度进行比较分析并应用于PPRV(Clone 9株)核糖核酸标准物质的定量。结果显示,所建立的ddPCR方法特异性好,仅PPRV检测结果为阳性,其他羊源病毒类生物制品及毒种检测结果均为阴性;敏感性高,基因拷贝数检出限度为4.33拷贝/μL,比qPCR方法的灵敏度(57.3拷贝/μL)高10倍;重复性好,重复性试验的变异系数为1.8%;定量准确,具有一定资质的9家单位各组测量数据组间变异系数小于5%。试验建立的ddPCR方法能够有效地对PPRV核酸进行快速检测,为PPRV的诊断及绝对定量提供了有效方法。展开更多
目的建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术快速检测重症患者侵袭性念珠菌感染的方法。方法基于微滴式数字PCR平台建立检测体系,设计四种念珠菌(白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和热带滑念珠菌)特异性引物探针;(1...目的建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术快速检测重症患者侵袭性念珠菌感染的方法。方法基于微滴式数字PCR平台建立检测体系,设计四种念珠菌(白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和热带滑念珠菌)特异性引物探针;(1)对无模板对照(no tmplate contral,NTC)样品进行检测,确定空白限(limit of blank,LOB)范围和阳性判断值;(2)通过对阳性样本进行稀释,每个浓度梯度各进行10次重复提取检测,确定检测限(limit of detection,LOD)范围;(3)重复检测稀释后的样本,确定定量限(limit of quantitation,LOQ)范围;(4)对阳性样品进行梯度稀释,确定线性范围;(5)通过2个高低浓度的阳性样本提取检测,进行12次重复性测试,计算结果浓度对数值的变异系数(CV);(6)通过具有真菌培养结果的临床样本进行检测,评估方法可靠度。结果ddPCR检测念珠菌LOB在0~81 copies/mL之间,阳性判断值为≥3个阳性微滴;LOD为3×10^(2) copies/mL;LOQ为3×10^(2) copies/mL;不同浓度梯度检测线性范围是3×10^(2)~3×10^(7)copies/mL,相关系数为:白色念珠菌R^(2)=0.9995、光滑念珠菌R^(2)=0.9989、近平滑念珠菌R^(2)=0.9994、热带滑念珠菌R^(2)=0.999;结果浓度对数值的CV<5%,满足精密度要求;通过检测建立方法初步验证临床标本,结果与临床培养结果一致。结论ddPCR对重症患者侵袭性念珠菌感染的检测灵敏度高、重复性好,特异性高。展开更多
为了鉴定异性双胎牛性器官发育紊乱疾病——牛自由马丁(freemartinism)综合征,试验选择7头中国荷斯坦异性孪生双胎的母牛进行微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测,并根据异性孪生母犊不孕的个体染色体为XX/XY嵌合、正常母牛染...为了鉴定异性双胎牛性器官发育紊乱疾病——牛自由马丁(freemartinism)综合征,试验选择7头中国荷斯坦异性孪生双胎的母牛进行微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测,并根据异性孪生母犊不孕的个体染色体为XX/XY嵌合、正常母牛染色体为XX来判定是否为嵌合体。结果表明:此7个样本均存在XX/XY染色体嵌合,均为异性孪生不孕母犊。说明ddPCR方法用于鉴定牛自由马丁现象是有效的。展开更多
文摘【目的】将改良版叠氮溴化丙锭(improved propidium monoazide,PMAxx)与微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术相结合,建立一种针对单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes,LM)活菌的检测方法。【方法】对PMAxx终浓度、暗处理时间及曝光时间进行优化,建立最佳的PMAxx-ddPCR检测体系,并用不同体积比的LM活菌验证其准确性,考察PMAxx-ddPCR检测方法的特异性、灵敏性和重复性。用不同浓度LM活菌与死菌对奶酪棒样品进行人工污染,比较传统的平板计数法和作者建立的PMAxx-ddPCR检测方法的结果;进一步对市售金针菇和火腿肠进行检测,评估PMAxx-ddPCR检测方法的实际效果。【结果】在PMAxx终浓度为10μmol/L、暗处理时间和曝光时间均为10 min时,PMAxx可显著抑制死菌DNA扩增,但对活菌DNA扩增没有显著影响。建立的PMAxx-ddPCR检测方法仅对LM产生特异性扩增,定量限为147 CFU/mL,相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)均小于20%,重复性较好。人工污染奶酪棒试验结果表明,平板计数法和PMAxx-ddPCR检测方法对LM的定量结果差异不显著(P>0.05)。进一步分析17份金针菇和16份火腿肠样品检测结果,PMAxx-ddPCR检测法和平板计数法均从7份金针菇样品中检出LM,且2种方法定量结果没有显著差异(P>0.05)。【结论】作者建立的LM活菌的PMAxx-ddPCR检测方法可对食品中LM活菌进行特异性定量检测。
文摘目的建立基于微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术快速检测重症患者侵袭性念珠菌感染的方法。方法基于微滴式数字PCR平台建立检测体系,设计四种念珠菌(白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌和热带滑念珠菌)特异性引物探针;(1)对无模板对照(no tmplate contral,NTC)样品进行检测,确定空白限(limit of blank,LOB)范围和阳性判断值;(2)通过对阳性样本进行稀释,每个浓度梯度各进行10次重复提取检测,确定检测限(limit of detection,LOD)范围;(3)重复检测稀释后的样本,确定定量限(limit of quantitation,LOQ)范围;(4)对阳性样品进行梯度稀释,确定线性范围;(5)通过2个高低浓度的阳性样本提取检测,进行12次重复性测试,计算结果浓度对数值的变异系数(CV);(6)通过具有真菌培养结果的临床样本进行检测,评估方法可靠度。结果ddPCR检测念珠菌LOB在0~81 copies/mL之间,阳性判断值为≥3个阳性微滴;LOD为3×10^(2) copies/mL;LOQ为3×10^(2) copies/mL;不同浓度梯度检测线性范围是3×10^(2)~3×10^(7)copies/mL,相关系数为:白色念珠菌R^(2)=0.9995、光滑念珠菌R^(2)=0.9989、近平滑念珠菌R^(2)=0.9994、热带滑念珠菌R^(2)=0.999;结果浓度对数值的CV<5%,满足精密度要求;通过检测建立方法初步验证临床标本,结果与临床培养结果一致。结论ddPCR对重症患者侵袭性念珠菌感染的检测灵敏度高、重复性好,特异性高。
文摘为了鉴定异性双胎牛性器官发育紊乱疾病——牛自由马丁(freemartinism)综合征,试验选择7头中国荷斯坦异性孪生双胎的母牛进行微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测,并根据异性孪生母犊不孕的个体染色体为XX/XY嵌合、正常母牛染色体为XX来判定是否为嵌合体。结果表明:此7个样本均存在XX/XY染色体嵌合,均为异性孪生不孕母犊。说明ddPCR方法用于鉴定牛自由马丁现象是有效的。
