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利用COⅠ基因鉴定海南省蚊种及白纹伊蚊种群的遗传多样性分析
1
作者 邓晓东 李智杰 +4 位作者 何丽敏 薛春梅 伍丽娴 李俊才 费小雯 《热带生物学报(中英文)》 2025年第6期928-938,共11页
为获得海南最新蚊子种类信息,分析登革热传播媒介白纹伊蚊的种群遗传多样性及地理种群间分化和基因流状况,本研究从海南省4个地理区域收集蚊虫,PCR扩增COⅠ基因并测序,通过Blast比较鉴定蚊种。使用MEGA11对不同来源白纹伊蚊COⅠ基因序... 为获得海南最新蚊子种类信息,分析登革热传播媒介白纹伊蚊的种群遗传多样性及地理种群间分化和基因流状况,本研究从海南省4个地理区域收集蚊虫,PCR扩增COⅠ基因并测序,通过Blast比较鉴定蚊种。使用MEGA11对不同来源白纹伊蚊COⅠ基因序列进行比对,计算碱基的相对含量,计算碱基和密码子的使用频率。应用邻接算法来构建单倍型系统发育树。使用Dnasp6.0分析位点多态性、种群遗传距离、单倍型和多样性分析,以及错配分布分析。使用PopART 1.7软件构建单倍型网络图。使用Arlequin 3.1软件分析计算群体间遗传分化系数(Fst值)、基因流(Nm值)。使用分子变异分析(Analysis of molecular variance,AMOVA)法分析种群内和种群间的遗传变异。研究结果表明,共捕获8属43种吸血蚊种,它们分别属于按蚊属(Anopheles)、库蚊属(Culex)、伊蚊属(Aedes)、阿蚊属(Armigeres)、巨蚊属(Toxorhynchites)、曼蚊属(Mansonia)、小蚊属(Mimomyia)和煞蚊属(Sabethes)。共鉴定了19种按蚊、13种库蚊、6种伊蚊,以及少量的骚扰阿蚊(Armigeres subalbatus)、吕宋小蚊(Mimomyia luzonensis)、巨蚊(Toxorhynchites ambionensis)、常型曼蚊(Mansonia uniformis)和煞蚊(Sabethes glaucodaemo)。研究发现白纹伊蚊三亚种群和儋州种群之间为中度分化,其他种群两两之间处于轻度分化,基因交流频繁。白纹伊蚊种群中的中国海南种群与中国云南种群和老挝种群、越南种群、马来西亚种群之间遗传分化较低,存在明显的基因交流。这揭示海南岛外的病毒有传进岛内的安全隐患,本研究结果对海南岛公共卫生具有重要的意义。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 种群遗传多样性
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麦红吸浆虫滞育进程中细胞色素c氧化酶活力及SmCOX1和SmCOX2的表达模式分析
2
作者 古丽旦·白山别克 黄启通 +1 位作者 李方向 成卫宁 《昆虫学报》 北大核心 2025年第1期14-22,共9页
【目的】本研究旨在探讨麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana细胞色素c氧化酶(cytochrome c oxidase,COX)酶活力及其亚基SmCOX1和SmCOX2的基因表达变化与其滞育发育的关系,为阐明麦红吸浆虫滞育的能量代谢机制提供理论依据。【方法】采用... 【目的】本研究旨在探讨麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana细胞色素c氧化酶(cytochrome c oxidase,COX)酶活力及其亚基SmCOX1和SmCOX2的基因表达变化与其滞育发育的关系,为阐明麦红吸浆虫滞育的能量代谢机制提供理论依据。【方法】采用COX酶活力测试盒测定麦红吸浆虫自然滞育进程(滞育前、滞育、滞育后静息和滞育后发育)不同阶段幼虫中SmCOX活性;采用RT-PCR和RACE技术克隆SmCOX1和SmCOX2全长cDNA序列并进行生物信息分析;采用qPCR技术检测SmCOX1和SmCOX2在麦红吸浆虫滞育进程中的表达模式。【结果】麦红吸浆虫幼虫中SmCOX活性在滞育阶段较滞育前显著降低,并在整个滞阶段维持较低水平,但在滞育后静息阶段显著升高,到滞育后发育阶段再次升高,显著高于滞育和滞育后静息阶段。克隆获得了开放阅读框长度分别为1536和660 bp的SmCOX1和SmCOX2(GenBank登录号分别为PP466915和PP466916),两个基因碱基A+T含量超过75%,分别编码511和220个氨基酸,预测的蛋白分子量分别为57.70和25.76 kD。氨基酸序列分析表明,SmCOX1和SmCOX2具有线粒体COX酶催化核心典型的氧化还原铜(CuA和CuB)辅基和含血红素的金属中心heme a和heme a3,与同为瘿蚊科(Cecidomyidae)的稻瘿蚊Orseolia oryzae同源蛋白氨基酸序列一致性最高、亲缘关系最近。qPCR结果表明,SmCOX1和SmCOX2在麦红吸浆虫幼虫滞育进程中的表达量存在显著差异,在滞育前和滞育后发育阶段的表达量最高,其次为在滞育后静息期阶段的表达量,在滞育阶段的表达量最低,即变化趋势与SmCOX活性变化基本一致。【结论】麦红吸浆虫滞育进程中SmCOX活性和SmCOX1/2表达的降低与滞育阶段低水平的氧气消耗紧密相关,而其升高与滞育解除和滞育后发育阶段需要较多的能量供给紧密相关。 展开更多
关键词 麦红吸浆虫 滞育 细胞色素c氧化酶 酶活力 基因表达
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黑背胡狼源蜱的分子鉴定及pcox1、pnad5和ITS-1基因的遗传多样性分析
3
作者 刘晓恒 戴伶 +7 位作者 王洪亮 杨辉 刘增再 谭笑若 陆试全 阳朝伟 邱启官 刘伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第8期31-36,共6页
为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因... 为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因进行PCR扩增并测序,利用生物信息学软件分析基因序列的同源性、单倍型多样性、核苷酸多样性并构建系统进化树。结果显示,6只黑背胡狼源蜱pcox1、pnad5和ITS-1基因长度分别为780、510和1500 bp,与GenBank数据库上传的基因序列进行比对后显示基因序列同源性分别为99.9%~100%、99.4%~100%和98.2%~100%,分别检测到2、3和4个单倍型,单倍型多样性分别为0.333±0.046、0.733±0.024和0.800±0.02963,核苷酸多样性分别为0.00043±0.0000003、0.001±0.0000017和0.00778±0.0000038。系统发育树结果显示,6只黑背胡狼源蜱与已知的长角血蜱聚类形成同一分支,与其他血蜱属蜱位于同一大分支,与其他硬蜱属蜱,例如波斯锐缘蜱、特突钝缘蜱距离较远。结果表明,6只黑背胡狼源蜱为长角血蜱,pcox1、pnad5和ITS-1基因均可作为长角血蜱鉴定的遗传分子标记。本试验对黑背胡狼源蜱进行分子鉴定并分析其遗传进化关系,为长角血蜱的分类鉴定以及黑背胡狼蜱病的防治提供参考。 展开更多
关键词 长角血蜱 黑背胡狼 部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1) 部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5) 核糖体内源转录间隔区1(ITS-1) 分子鉴定 遗传多样性
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嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析 被引量：15
4
作者 古小彬 余增莹 +4 位作者 杨光友 孙家刚 魏洪 李开均 王淑贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期746-754,共9页
本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚... 本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。 展开更多
关键词 长角血蜱 嗜群血蜱 ITS-2 cOⅠ cOⅱ 序列变异 亲缘关系
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抗霉素A抑制PC12细胞线粒体COⅡ基因表达 被引量：6
5
作者 邱小忠 欧阳钧 +5 位作者 余磊 张黎声 陆云涛 陈瑗 周玫 钟世镇 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期167-170,共4页
采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用... 采用不同浓度的抗霉素 A(一种能提高线粒体内活性氧水平的线粒体抑制剂 )处理 PC12细胞 ,利用血细胞计数、台盼蓝排除法以及 MTT法进行细胞活性检测。实验证明 ,当抗霉素 A的浓度达到 15 0 μmol/L时 ,PC12细胞开始出现损伤 ;进一步采用 RNA斑点杂交和 RT-PCR技术分析发现抗霉素 A所致的细胞损伤和线粒体内细胞色素 C氧化酶亚基 (CO )基因表达下降有关。本研究证实线粒体介导的活性氧的产生能早期诱导线粒体细胞色素氧化酶的活性的改变 ,逐步引起 展开更多
关键词 抗霉素A PcI2细胞 线粒体 cOⅱ 基因表达 细胞色素c氧化酶亚基ⅱ 活性氧 损伤
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3种蚊虫线粒体COⅡ基因的分子进化 被引量：2
6
作者 黄朝晖 王金福 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 2003年第4期457-460,共4页
测定和比较了中华按蚊、白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞色素C氧化酶亚基 基因全序列,并与其他几种蚊虫的CO 基因序列进行了比较,根据CO 基因序列构建了分子系统树,对这些蚊虫的进化年代及亲缘关系进行了讨论。结果显示,这3种蚊虫以中华按蚊... 测定和比较了中华按蚊、白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞色素C氧化酶亚基 基因全序列,并与其他几种蚊虫的CO 基因序列进行了比较,根据CO 基因序列构建了分子系统树,对这些蚊虫的进化年代及亲缘关系进行了讨论。结果显示,这3种蚊虫以中华按蚊比较原始,在CO 分子结构上,白纹伊蚊与致倦库蚊具有更近的亲缘关系。CO 基因是蚊类分子系统学研究的有效分子标记. 展开更多
关键词 中华按蚊 白纹伊蚊 致倦库蚊 线粒体 cOⅱ基因 分子进化 细胞色素c氧化酶亚基ⅱ基因 分子标记
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6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析 被引量：35
7
作者 程汉良 夏德全 +4 位作者 吴婷婷 孟学平 吉红九 董志国 陈淑吟 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期109-116,共8页
对文蛤（Meretrix meretrix L.,1758）、青蛤（Cyclina sinensis G.,1791）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L.,1758）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis L.,1874）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata R.,1850）和菲律宾蛤仔（Ruditapes ... 对文蛤（Meretrix meretrix L.,1758）、青蛤（Cyclina sinensis G.,1791）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L.,1758）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis L.,1874）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata R.,1850）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum A.,1850）6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤（大连、连云港、湛江、防城港）的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A＋T含量（62.2%-67.6%）明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COⅠ基因片段序列为标记,用大竹蛏（Solen grandis）作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COⅠ基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记. 展开更多
关键词 帘蛤科 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 系统发生学 系统发生生物地理学
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基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究 被引量：11
8
作者 程汉良 彭永兴 +5 位作者 董志国 易乐飞 孟学平 申欣 周旻纯 陈冬勤 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期2744-2753,共10页
对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列... 对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。 展开更多
关键词 帘蛤科 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 系统发生
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浙江省不同地理株白纹伊蚊mtDNA-COⅠ基因多态性研究 被引量：13
9
作者 郭颂 凌锋 +3 位作者 王金娜 吴瑜燕 侯娟 龚震宇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期133-136,147,共5页
目的比较浙江省不同地理区域白纹伊蚊种群线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)序列的多态性,探讨其遗传特征。方法采集登革热历史流行区和非流行区的白纹伊蚊雌性成蚊,PCR扩增COⅠ基因,测序后结合Genbank中获得的各地白纹伊蚊序列... 目的比较浙江省不同地理区域白纹伊蚊种群线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(mtDNA-COⅠ)序列的多态性,探讨其遗传特征。方法采集登革热历史流行区和非流行区的白纹伊蚊雌性成蚊,PCR扩增COⅠ基因,测序后结合Genbank中获得的各地白纹伊蚊序列进行比对,分析基因特征和种群分化并构建系统进化树。结果用于分析的线粒体COⅠ基因长度为686bp,碱基A+T平均含量为67.8%,G+C平均含量为32.2%,变异位点中包括15个碱基转换位点和3个颠换位点。96个个体中存在20个单倍型,整体单倍型多样性为0.497,核酸多样性为0.717,核酸平均差异数为0.001 05。衢州、温州苍南和丽水的白纹伊蚊COⅠ序列多态性高于其它地区,且温州苍南和衢州白纹伊蚊种群与其它地区白纹伊蚊种群存在中等遗传分化。结论浙江省不同地理株白纹伊蚊COⅠ序列表现出一定程度的遗传多态性和的遗传分化,可能由环境、气候和人文因素综合所致。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 多态性
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大豆蚜细胞色素氧化酶Ⅱ基因的克隆及其在捕食性天敌昆虫鉴定中的应用 被引量：7
10
作者 高红秀 韩岚岚 +2 位作者 赵奎军 樊东 刘健 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期754-758,共5页
利用通用引物,对大豆蚜Aphis glycinesMatsumura的细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)基因序列进行克隆和测序。测得的序列长度为810 bp,并与已在GenBank上登录的其他蚜虫COⅡ基因序列进行比较分析,验证其同源性,同时将该序列在GenBank进行了登记(... 利用通用引物,对大豆蚜Aphis glycinesMatsumura的细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)基因序列进行克隆和测序。测得的序列长度为810 bp,并与已在GenBank上登录的其他蚜虫COⅡ基因序列进行比较分析,验证其同源性,同时将该序列在GenBank进行了登记(登录号为DQ265743)。根据此片段的碱基序列设计了1对大豆蚜特异引物,其扩增片段约为270 bp;种特异性检验结果表明,该引物只对大豆蚜具有扩增能力,对其他相关蚜虫种类不具有扩增效果;并用此引物对大豆蚜捕食性天敌进行定性检测,结果表明,在取食过大豆蚜的异色瓢虫Harmonia axyridis、龟纹瓢虫Propylaeajaponica、大草蛉Chrysopa septempunctata幼虫以及小花蝽Orius similes成虫和幼虫等捕食性昆虫的中肠中均能检测到大豆蚜的DNA片段;而在未取食蚜虫的上述天敌中却未能扩增出来。 展开更多
关键词 大豆蚜 细胞色素氧化酶ⅱ基因 克隆 天敌 捕食性昆虫 分子鉴定
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南海海区鲻鱼(Mugil cephalus)COⅠ基因序列的遗传多样性分析 被引量：15
11
作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期131-136,共6页
利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)序列研究了南海海区鲻鱼群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为621bp的基因片段。在35个样品中共发现47处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.1%、2... 利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)序列研究了南海海区鲻鱼群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为621bp的基因片段。在35个样品中共发现47处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为31.6%、24.1%、25.0%和19.2%。35条COⅠ序列共定义了25个单倍型,存在47个多态性位点,产生49个突变。其中,简约信息位点有36个,占总位点数的5.8%,同义替换位点7个,占总变异位点的14.9%,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.9563,核苷酸多样性(Pi)为0.02795,平均碱基差异(K)为17.36。Tajima’sD中性检验结果为1.29916,但差异不显著(P>0.10)。采用邻接法(NJ)和非加权配对算术平均法(UPGMA)构建分子系统树,所有的25个单倍型被分成两个分支。结果表明,南海海区鲻鱼种群具有较高的遗传多样性水平。其结果可以为合理开发和利用鲻鱼野生资源,以及建立和保护鲻鱼种质资源提供必要的参考。 展开更多
关键词 鲻鱼 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基I(cO I) 遗传多样性
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微波对大鼠脑线粒体细胞色素C氧化酶亚基转录水平的影响 被引量：9
12
作者 谢燕 江海洪 +4 位作者 龚茜芬 张广斌 卢波 徐庆 余争平 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第11期987-989,共3页
目的　观察微波辐照对大鼠大脑皮层和海马组织线粒体编码基因COXⅠ和核编码基因COXⅣmRNA表达水平的影响 ,探讨微波辐照是否影响线粒体能量代谢。方法　平均功率密度为 3mW /cm2 和 3 0mW /cm2 微波急性辐照大鼠 1h后 ,应用RT PCR检测... 目的　观察微波辐照对大鼠大脑皮层和海马组织线粒体编码基因COXⅠ和核编码基因COXⅣmRNA表达水平的影响 ,探讨微波辐照是否影响线粒体能量代谢。方法　平均功率密度为 3mW /cm2 和 3 0mW /cm2 微波急性辐照大鼠 1h后 ,应用RT PCR检测大鼠大脑皮层和海马组织COXⅠ和COXⅣ基因转录水平的变化。结果　 3mW /cm2 微波辐照后 0、3、2 4h ,大鼠脑海马和大脑皮层COXⅠ、COXⅣmRNA表达无显著变化。 3 0mW /cm2 微波辐照后 0、3、2 4h ,大鼠脑海马和大脑皮层COXⅠmRNA表达均明显降低 ,而COXⅣmRNA表达无显著变化。结论　微波辐照下调大鼠大脑皮层和海马线粒体编码基因COXⅠmRNA表达 ,并存在剂量依赖关系 。 展开更多
关键词 微波 线粒体 细胞色素c氧化酶 基因表达
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基于线粒体COI基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类 被引量：16
13
作者 于亚男 宋超 +2 位作者 侯俊利 王妤 庄平 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2014年第5期3-8,共6页
对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的... 对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共同的起源。 展开更多
关键词 虾虎鱼科 线粒体细胞c亚基(cOI) 分子系统分类
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基于COⅠ序列分析东海区四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)的种群遗传结构 被引量：12
14
作者 林少珍 王丹丽 +1 位作者 王亚军 严小军 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1261-1265,共5页
采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样... 采用COⅠ基因片段研究了东海区象山(XS)、乐清(YQ)和宁德(ND)三个四指马鲅群体的遗传多样性和种群遗传结构。在90个四指马鲅个体中,共检出单倍型13个,包括变异位点23个,其中简约信息位点14个。在三个种群中,YQ群体具有最高的单倍型多样性和核苷酸多样性水平,但整体上,三个群体的遗传变异水平均比较低。中性检验结果表明,三个群体内部在分子水平可能存在自然选择作用。NJ系统发生分析发现,YQ部分单倍型与XS和ND群体聚在一起,而与另一部分YQ群体遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传差异主要来自于群体内部(79.66%)。 展开更多
关键词 四指马鲅 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cOⅠ) 种群结构 遗传多样性
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基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究 被引量：7
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作者 王凝 古小彬 +1 位作者 汪涛 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期453-460,共8页
通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结... 通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列,对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示,47个样品均被确定为G1基因型,分为10个单倍型(C1~C10),其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同,且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)较低,明显低于中东种群,两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值,遗传结构差异不显著。研究结果表明:中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后,经历了近期群体扩张或遗传瓶颈,在高原地区天然的地理隔离作用下,逐渐发展成了现在的种群。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 线粒体cox1基因 青藏高原 中东 遗传多态性
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基于双重PCR技术的鹿茸及其伪品DNA指纹特征和鉴定 被引量：12
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作者 高丽君 何程远 +7 位作者 李盈诺 巴宏宇 李梓僮 夏薇 李明成 苑广信 张丽华 艾金霞 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期839-844,共6页
目的:分析鹿茸线粒体细胞色素b(Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因特异性,建立双重PCR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法:利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对... 目的:分析鹿茸线粒体细胞色素b(Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因特异性,建立双重PCR技术鉴别鹿茸真伪的分子指纹特征。方法:利用碱变性法提取梅花鹿茸、马鹿茸、驯鹿茸和新西兰鹿茸的基因组DNA,应用引物设计软件Premier 5.0针对Cytb和COⅠ分别设计特异性引物(分别为Cytb 1、2和COⅠ1、2、3),采用单一及双重引物分别进行PCR扩增,筛选特异性强的引物,确定最佳PCR反应条件。结果:采用碱变性法提取的鹿茸基因组DNA片段长度为23 000bp,DNA纯度即A(260)/A(280)为1.80±0.02;应用单一引物进行PCR扩增无法鉴定鹿茸的真伪,而引物Cytb 1和COⅠ1组合后,解链温度为58℃时,梅花鹿茸(吉林、安徽)、马鹿茸均能扩增出395和525bp大小的2个片段,而驯鹿茸和新西兰鹿茸均未能扩增出相应片段;采用该提取方法及最优化的PCR反应条件,对市售样品进行检测,检测结果与实际情况完全一致。结论:双重PCR技术可从分子水平鉴别鹿茸的真伪,该方法特异性高、实用性强,且简便快捷,在鹿茸真伪鉴别方面具有较高的应用价值。 展开更多
关键词 鹿茸 细胞色素B 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 双重聚合酶链反应 DNA指纹
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小鼠隐藏管状线虫线粒体cox1基因的扩增及序列分析 被引量：5
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作者 李鑫 陈晓梅 +4 位作者 范文颖 邓均有 宋慧群 朱兴全 林瑞庆 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2009年第12期57-59,共3页
对从试验小鼠体内分离的蛲虫样品PMZ1-5的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）的部分基因（pcox1）进行PCR扩增、测序及序列分析,并与网上相关序列进行比对分析,研究其线粒体pcox1基因遗传变异情况。结果表明,获得pcox1有效序列373 ... 对从试验小鼠体内分离的蛲虫样品PMZ1-5的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）的部分基因（pcox1）进行PCR扩增、测序及序列分析,并与网上相关序列进行比对分析,研究其线粒体pcox1基因遗传变异情况。结果表明,获得pcox1有效序列373 bp,经序列比对分析,发现5个蛲虫样品之间的变异很小,只有1个碱基的差异,序列相似性为99.73%～100%,BLAST分析结果表明为隐藏管状线虫,与同属的Syphacia montana序列差异性为5.24%～5.68%。结果表明,隐藏管状线虫的pcox1序列种内变异很小,种间差异明显,本结果为进一步研究蛲虫的群体遗传学奠定了基础。 展开更多
关键词 蛲虫 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1) PcR
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基于COI部分序列探讨南海鲳属鱼类系统进化与种群遗传结构 被引量：5
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作者 孙鹏 尹飞 +1 位作者 施兆鸿 彭士明 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期15-21,共7页
利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COI)部分序列研究了南海区鲳属鱼类(Pampus)银鲳(P.ar-genteus)、珍鲳(P.minor)和中国鲳(P.chinensis)的系统进化与种群遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为643 bp的COI基因片段,其A、T、G、... 利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COI)部分序列研究了南海区鲳属鱼类(Pampus)银鲳(P.ar-genteus)、珍鲳(P.minor)和中国鲳(P.chinensis)的系统进化与种群遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为643 bp的COI基因片段,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为25.4%、33.6%、18.9%和22.1%,A+T含量高于G+C含量。64条序列共定义了20种单倍型,包含152个变异位点,简约信息位点148个,单变异位点4个,产生169个点突变。结果表明,银鲳与中国鲳的遗传差异最小,银鲳与珍鲳的其次,而珍鲳与中国鲳的遗传差异最大,3种鲳属鱼类的遗传多样性均呈现较低的水平,应采取有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失。本研究结果为鲳属鱼类资源保护和合理开发利用提供必要的参考。 展开更多
关键词 鲳属鱼类(Pampus) 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cOI) 序列变异 系统进化
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不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ基因多态性的PCR-单链构象多态性分析 被引量：3
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作者 姜鹏 毛福荣 +4 位作者 崔晶 李峰 张玺 王莉 王中全 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2009年第3期506-509,共4页
目的:观察不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ(COXⅠ)基因片段的多态性。方法:根据旋毛虫mtD-NACOXⅠ设计引物,应用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对我国7个猪源旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)地理株(河南、湖北、云南、西安、天津... 目的:观察不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ(COXⅠ)基因片段的多态性。方法:根据旋毛虫mtD-NACOXⅠ设计引物,应用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对我国7个猪源旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)地理株(河南、湖北、云南、西安、天津、黑龙江同江及哈尔滨株)与1个波兰猪源旋毛虫(T1,编号ISS3)地理株进行COXⅠ基因片段多态性进行分析。结果:我国7个猪源旋毛虫地理株与波兰地理株COXⅠ基因均扩增出约400bp的片段,PCR扩增产物经SSCP检测发现有3种基因型(AA、AB和BB),波兰地理株为AA型,黑龙江同江、哈尔滨、西安、云南、湖北及河南株均为AB型,天津株为BB型,其中以AB基因型频率最高(0.75),AA与BB基因型均为0.125;A和B等位基因频率均为0.5;旋毛虫不同地理株COXⅠ基因的多态性信息含量为0.375,为中度多态性。结论:8个不同地理株猪源旋毛虫的COXⅠ基因为中度多态性。 展开更多
关键词 旋毛虫 地理株 细胞色素氧化酶Ⅰ PcR-单链构象多态性
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四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的克隆及序列分析 被引量：5
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作者 吴夏 侯万儒 +1 位作者 陈瑜 周才权 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期196-198,共3页
目的探讨四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的特征。方法根据已经报道的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochromecoxidasesubunitⅠ,COXⅠ)基因设计引物、PCR扩增和直接测序,并用软件对四川黑熊及其他几个物种的COXⅠ基因序列及COXⅠ... 目的探讨四川黑熊线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的特征。方法根据已经报道的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochromecoxidasesubunitⅠ,COXⅠ)基因设计引物、PCR扩增和直接测序,并用软件对四川黑熊及其他几个物种的COXⅠ基因序列及COXⅠ蛋白的氨基酸序列进行了分析。结果四川黑熊COXⅠ基因长1605bp,编码含514个氨基酸残基的前体蛋白。碱基的含量分别为A26.9%,C23.1%,G18.3%,T31.8%。起始密码子为“ATG”,终止密码子为“TAA”。蛋白质等电点为6.29,分子质量为57.2×103。以四川黑熊和已报道的其他6种动物的COXⅠ基因序列为数据构建的分子系统发育树表明在所比较的其他3种熊类中,四川黑熊和美洲黑熊的亲缘关系最近;在牛,狗和大鼠中,四川黑熊与狗的亲缘关系最近。结论四川黑熊COXⅠ基因的DNA序列和蛋白的氨基酸序列和其他动物的相应序列有很高相似性,表明COX基因在所比较的几个物种中具有高度保守性。 展开更多
关键词 亚洲黑熊四川亚种 cOX I基因 序列分析 系统发育树
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