基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络 被引量：1

1

作者 王瑾瑾 段英奇 +2 位作者 崔文飞 牛钰琪 闫国立 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2024年第5期607-612,共6页

目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型... 目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。 展开更多

关键词 竞争性内源rna lncrna 糖尿病肾病 高通量测序 生物信息学 小鼠

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子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA的表达谱分析

2

作者 李瑞 郭依琳 +4 位作者 王璐 许星月 卢富华 李梦琦 赵虎 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第3期223-229,共7页

目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序... 目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序技术分析circRNA表达谱,并对差异表达circRNA来源的母基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,行数据库预测构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。对差异表达最显著的circRNA分析其与临床病理特征的关系,行子宫颈癌细胞系转染circRNA小干扰RNA(siRNA),分为circ RNA敲低组和阴性对照(si-NC)组,并采用活细胞计数(CCK-8)方法检测子宫颈癌SiHa细胞和HeLa细胞的增殖情况。结果:①共检测到2039个差异表达circRNA,差异表达circRNA来源的母基因主要富集在泛素介导的蛋白质水解、MAPK信号通路、内吞作用、细胞凋亡等信号通路。②筛选出转移组中差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,即hsa_circ_0067492、hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718。qRT-PCR技术验证显示,hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718在淋巴结转移的子宫颈癌组织中均高表达(P<0.01)。hsa_circ_0004904可与hsa-miR-3916等微小RNA(miRNA)相互作用、hsa_circ_0085465可与hsa-miR-4659b-3p等miRNA相互作用、hsa_circ_0007718可与hsa-miR-127-5p等miRNA相互作用。③hsa_circ_0004904的高表达与低表达在有无淋巴结转移和脉管癌栓中差异有统计学意义(P<0.05)。与si-NC组相比,沉默hsa_circ_0004904转染24、48、72 h后,SiHa细胞和HeLa细胞的增殖能力均明显降低(P<0.05)。结论:伴有淋巴结转移的子宫颈癌中存在差异表达的circRNA,沉默后可显著抑制子宫颈癌细胞的增殖,其可能参与了淋巴结转移的发生发展,有望成为淋巴结转移的特异性生物标志物。 展开更多

关键词 子宫颈癌 环状rna 淋巴结转移 竞争性内源性rna 非编码rna

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CeRNA网络在糖尿病肾病发病中的作用及其中医药调控机制研究 被引量：2

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作者 江燕云 徐琬梨 刘瑶 《辽宁中医杂志》 CAS 北大核心 2024年第4期10-15,共6页

糖尿病肾病作为糖尿病的微血管并发症之一,其发病率正在逐年攀升,而有关肾脏损伤发病机制的研究虽已逐渐深入,但尚未完全阐明。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)假说作为一种全新的基因表达调控模式,其机制是不同RNA之间... 糖尿病肾病作为糖尿病的微血管并发症之一,其发病率正在逐年攀升,而有关肾脏损伤发病机制的研究虽已逐渐深入,但尚未完全阐明。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)假说作为一种全新的基因表达调控模式,其机制是不同RNA之间的互作关系。作为ceRNA的环状RNA(circular RNA,circRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、假基因等分子吸附微小RNA(microRNA,miRNA),参与转录后基因表达的调控。近来研究表明,ceRNA调控网络在糖尿病肾病发生发展进程中起重要作用,而中药及其有效成分在治疗糖尿病肾病方面亦有显著优势,因此,文章将就ceRNA网络参与糖尿病肾病的发病机制及其中医药调控作用进行综述,进而为糖尿病肾病的诊断和治疗提供新的研究方向。 展开更多

关键词 竞争性内源rna 糖尿病肾病 发病机制 中医药

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ceRNA在动物低氧适应性中的研究进展

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作者 李金铭 吴华 +2 位作者 沈童 王硕 武小庆 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第1期153-157,共5页

氧气是机体进行新陈代谢和维持生存的必要因素。低氧适应是机体为了适应缺氧这一生理或病理现象,降低缺氧带来的影响而发生的一系列局部性和系统性的改变。竞争性内源RNA(ceRNA)是指具有同种miRNA反应元件(MREs)的RNA分子,竞争性结合mi... 氧气是机体进行新陈代谢和维持生存的必要因素。低氧适应是机体为了适应缺氧这一生理或病理现象,降低缺氧带来的影响而发生的一系列局部性和系统性的改变。竞争性内源RNA(ceRNA)是指具有同种miRNA反应元件(MREs)的RNA分子,竞争性结合miRNA在转录后水平调控基因的表达,进而影响细胞的生物学功能。ceRNA是一种复杂的网络调节机制,在细胞增殖与凋亡、炎症反应、能量代谢、肌肉发育、脂肪沉积、脂质代谢等方面发挥作用。文章总结了长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)和假基因的生物学功能和特点,阐述经过验证的ceRNA参与动物低氧适应的生物学功能,为哺乳动物低氧适应性研究提供参考。 展开更多

关键词 长链非编码rna 环状rna 假基因 竞争性内源rna 低氧适应

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基于转录组测序的蓖麻毒素诱导巨噬细胞焦亡中氧化应激相关基因及环状RNA表达谱分析

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作者 卢楠 董明鑫 +5 位作者 于磊 孙成彪 王燕 许娜 刘文森 葛淑敏 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期1007-1018,共12页

目的:利用转录组测序及生物信息学技术,分析鉴定蓖麻毒素(RT)诱导小鼠单核巨噬细胞(RAW264.7)焦亡中与氧化应激相关的基因和环状RNA(circRNA)表达谱,并初步分析其潜在功能。方法:使用RT处理单核巨噬细胞(RAW264.7细胞)构建细胞焦亡模型... 目的:利用转录组测序及生物信息学技术,分析鉴定蓖麻毒素(RT)诱导小鼠单核巨噬细胞(RAW264.7)焦亡中与氧化应激相关的基因和环状RNA(circRNA)表达谱,并初步分析其潜在功能。方法:使用RT处理单核巨噬细胞(RAW264.7细胞)构建细胞焦亡模型,分为对照组、40μg·L^(-1)RT组和80μg·L^(-1)RT组。采用透射电镜观察各组RAW264.7细胞形态表现,Western blotting法检测各组细胞中细胞焦亡通路中蛋白表达水平,选择80μg·L^(-1)RT进行后续实验,利用转录组测序技术(RNA-Seq)获得对照组和RT组RAW264.7细胞中circRNA表达谱及mRNA表达谱,并进行生物信息学分析。结果:与对照组比较,40和80μg·L^(-1)RT组细胞均发生形态改变,细胞呈现出明显焦亡样形态改变,表现为濒死细胞出现明显肿胀,质膜上出现特征性的大气泡。与对照组比较,40和80μg·L^(-1)RT组中消皮素D N端结构域(GSDMD-N)蛋白表达水平升高(P<0.05),与40μg·L^(-1)RT组比较,80μg·L^(-1)RT组细胞中GSDMD-N蛋白表达水平升高(P<0.05),故后续实验RT浓度选取80μg·L^(-1)。共鉴定出差异表达信使RNA(mRNA)2930个,差异表达circRNA 24个。构建的circRNA-微小RNA(miRNA)-mRNA竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络由7个circRNAs、12个miRNA和13个mRNA组成。基因本体论(GO)功能富集分析,在生物过程(BP)中差异表达基因所调节的功能主要有免疫反应和氧化应激反应等;在细胞组分(CC)中差异表达基因主要定位于质膜外侧和细胞前缘;在分子功能(MF)中主要参与转运体跨膜活性和激素受体结合等。京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,差异表达基因主要富集于Toll样受体信号通路、叉头框蛋白O(FoxO)信号通路和核因子κB(NF-κB)信号通路。蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,通过CytoHubba筛选出基质金属蛋白酶9(MMP9)、超氧化物歧化酶2(SOD2)和鸡肉瘤病毒基因(Src)等前10位连接度最高的Hub基因。结论:RT处理后RAW264.7细胞中氧化应激相关基因和circRNA表达谱发生变化,筛选得到的差异表达circRNA和mRNA可能作为潜在靶点通过氧化应激途径调控RT诱导的RAW264.7细胞焦亡。 展开更多

关键词 蓖麻毒素 细胞焦亡 氧化应激 环状rna 竞争性内源rna

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缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞中环状RNA的差异表达及功能预测

6

作者 陈娟 王宁 +3 位作者 夏明明 张国明 罗先琼 马健 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 北大核心 2025年第3期296-307,321,共13页

目的:探究环状RNA(circular RNA,circRNA)在缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(human retinal microvascular endothelial cells, HRMECs)中的差异表达及其功能,为早产儿视网膜病变(retinopathy of prematurity, ROP)的发病机制提供新... 目的:探究环状RNA(circular RNA,circRNA)在缺氧诱导的人视网膜微血管内皮细胞(human retinal microvascular endothelial cells, HRMECs)中的差异表达及其功能,为早产儿视网膜病变(retinopathy of prematurity, ROP)的发病机制提供新见解。方法:分离提取HRMECs,建立ROP细胞缺氧模型,通过全转录组测序分析circRNA差异表达谱;采用qRT-PCR验证8个差异表达circRNA(differentially expressed circular RNA, DE-circRNA),并进行GO和KEGG通路分析;利用生物信息学技术构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果:在正常培养与缺氧诱导之间共有1 714个circRNA呈现差异表达,其中899个上调,815个下调(q<0.05,差异倍数>2)。GO分析结果显示,DE-circRNA主要富集于凋亡信号通路的正调控等生物过程,而KEGG分析结果提示其主要涉及肿瘤相关信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。circRNA-miRNA-mRNA网络分析结果表明,hsa_circ_0140253可能通过hsa-miR-210-3p/ERFE和hsa-miR-210-3p/PPARGC1A轴在ROP的发生发展中发挥潜在调控作用。结论:本研究揭示了HRMECs缺氧模型中的circRNA差异表达谱,提示hsa_circ_0140253可能通过竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)的机制参与ROP的发生发展。 展开更多

关键词 早产儿视网膜病变 缺氧 人视网膜微血管内皮细胞 环状rna 竞争性内源rna

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意大利蜜蜂lncRNA15837的调控作用和表达模式分析

7

作者 宋宇轩 李坤泽 +8 位作者 臧贺 刘小玉 吴陶 徐细建 刘锋 骆群 邱剑丰 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 北大核心 2025年第2期144-153,共10页

【目的】本研究旨在通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA15837的调控方式和作用,并检测lncRNA15837在工蜂不同发育阶段和成虫不同组织及幼虫应答蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis侵染中的表达模式,为深入探究lncRNA15837的调... 【目的】本研究旨在通过解析意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica lncRNA15837的调控方式和作用,并检测lncRNA15837在工蜂不同发育阶段和成虫不同组织及幼虫应答蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis侵染中的表达模式,为深入探究lncRNA15837的调控功能与机制提供参考和依据。【方法】基于已获得的意大利蜜蜂7和10日龄工蜂成虫中肠高质量转录组数据,利用Miranda,RNAhybrid和TargetScan软件预测lncRNA15837靶向的miRNA及miRNA靶向的mRNA,再通过Cytoscape v3.7.1软件构建并可视化竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。使用Blast工具将靶mRNA比对至GO和KEGG数据库以获得相应的功能和通路注释。通过RT-PCR验证lncRNA15837在刚出房工蜂成虫不同组织(触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺)中的表达。利用RT-qPCR检测lncRNA15837在工蜂的不同发育阶段(卵、3日龄幼虫、1和2日龄预蛹、4日龄蛹及1,2,6,12,15和18日龄工蜂成虫)、刚出房工蜂成虫不同组织(触角、咽下腺、脑、表皮、中肠、脂肪体和毒腺)和3日龄幼虫感染蜜蜂球囊菌后4,5和6日龄幼虫肠道中的表达量。【结果】LncRNA15837可靶向ame-miR-21-x和ame-miR-0046-3p等29个miRNA,进而靶向1559条mRNA,形成1个复杂的ceRNA网络;上述靶mRNA可注释到436个GO条目,其中114条靶mRNA涉及139个分子功能相关条目,115条靶mRNA涉及257个生物学进程相关条目,67条靶mRNA涉及40个细胞组分相关条目;可注释到224条KEGG通路,其中28条靶mRNA注释到内吞、吞噬细胞和溶酶体等细胞免疫通路,以及157条靶mRNA注释到JAK-STAT,Toll和Imd,NF-kappa B和Toll样受体信号通路等体液免疫通路;lncRNA15837在工蜂卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫中差异表达,在1日龄预蛹中的表达量最低,而在3日龄幼虫中的表达量最高;lncRNA15837在刚出房工蜂成虫的触角、毒腺、脑、中肠、咽下腺、脂肪体和表皮中均有表达但表达量存在差异,在脂肪体中的表达量最低,而在毒腺中的表达量最高;相较于未接种对照组,lncRNA15837的表达量在蜜蜂球囊菌接种组4日龄幼虫肠道中表达量上调,在5和6日龄幼虫肠道中显著上调。【结论】意大利蜜蜂lncRNA15837通过ceRNA网络潜在调控胞吞作用、吞噬细胞和溶酶体等细胞免疫通路和JAK-STAT、Toll和Imd、NF-kappa B和Toll样受体信号通路等体液免疫通路;lncRNA15837在工蜂的3日龄幼虫和工蜂成虫毒腺中特异性高表达;工蜂幼虫肠道中lncRNA15837的表达被蜜蜂球囊菌侵染所激活,提示lncRNA15837是意大利蜜蜂幼虫应答蜜蜂球囊菌侵染的潜在调控因子。 展开更多

关键词 意大利蜜蜂 竞争性内源rna 长链非编码rna 时空表达谱 蜜蜂球囊菌

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儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA筛选及竞争性内源RNA网络的构建

8

作者 刘田恬 赵奕琳 +2 位作者 宁菁菁 张育才 王春霞 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期282-291,共10页

目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的... 目的·基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选儿童脓毒症预后相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探索其在儿童脓毒症预后评估中的潜在应用价值。方法·基于GEO转录组学数据集(GSE4607、GSE26440、GSE26378和GSE9692),对比儿童脓毒症休克患儿存活组与非存活组中lncRNA的表达差异,利用多元线性回归和LASSO分析筛选潜在特征lncRNA,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析其预后评估能力。预测lncRNA、微小RNA(microRNA,miRNA)和mRNA的互作,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,进行通路富集分析。结果·筛选出55个预后相关的差异表达lncRNA。LASSO回归分析明确6个潜在lncRNA,包括miR503宿主基因(miR503 host gene,MIR503HG)、TAPT1反义RNA1(TAPT1 antisense RNA 1,TAPT1-AS1)、膀胱癌细胞凋亡相关转录物(apoptosis associated transcript in bladder cancer,AATBC)、SBF2反义RNA1(SBF2 antisense RNA 1,SBF2-AS1)、MGC16275及宿主小核仁RNA基因15(small nucleolar RNA host gene 15,SNHG15),组成6-lncRNA特征(6-lncRNA signature,lncSig6);lncSig6预测儿童脓毒症休克预后内部验证及外部验证的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.859(95%CI 0.722~0.996)和0.854(95%CI 0.687~1.000)。进一步构建基于差异表达MIR503HG,SNHG15和SBF2-AS1的lncRNA-miRNA-mRNA网络,根据核心蛋白PPI网络和GO/KEGG信号通路分析结果提示:lncRNA经海绵化miRNA调控靶基因,涉及叉头盒蛋白O(forkhead box O,FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3 kinase-protein kinase B,PI3K-AKT)信号通路、细胞衰老信号通路、胰岛素信号通路、缺氧诱导蛋白-1(hypoxia-inducible protein-1,HIF-1)信号通路,和晚期糖化终产物(advanced glycation end products,AGEs)及其受体(receptor of AGEs,RAGE)信号通路。结论·lncSig6可以作为预测儿童脓毒症休克预后的评估方法,构建的ceRNA分子网络可为信号通路研究提供依据。 展开更多

关键词 儿童脓毒症 长链非编码rna 竞争性内源rna 预后标志物

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lncRNA LINC00308作为ceRNA通过调控miR-361-5p/TRIP13轴促进前列腺癌PC3细胞的增殖和侵袭 被引量：4

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作者 拜合提亚·阿扎提 刘强 王玉杰 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期968-977,共10页

目的:探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LINC00308对前列腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移的影响及其相关作用机制。方法:利用基因芯片在前列腺癌组织与癌旁对照组织中筛选差异表达的lncRNA及mRNA,并确定LINC00308及甲状腺激素... 目的:探究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)LINC00308对前列腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移的影响及其相关作用机制。方法:利用基因芯片在前列腺癌组织与癌旁对照组织中筛选差异表达的lncRNA及mRNA,并确定LINC00308及甲状腺激素受体因子13(thyroid hormone receptor interactor13,TRIP13)为研究对象。MTT实验、平板克隆及Transwell和划痕实验检测LINC00308对前列腺癌细胞增殖、侵袭及迁移能力的影响,应用裸鼠移植瘤在体内验证上述影响,应用Western blotting及免疫组化实验在瘤组织和癌细胞中探究LINC00308对TRIP13表达的影响。生物信息学分析技术与RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)及qPCR和双荧光素酶基因报告实验预测并探究miR-361-5p与LINC00308及TRIP13之间的相互作用机制,并利用平板克隆、Transwell侵袭实验对癌细胞恶性生物行为进行验证。结果:芯片结果及qPCR共同证实LINC00308(P<0.01)与TRIP13(P<0.05)在前列腺癌组织及4种细胞系中均异常高表达;细胞功能实验结果表明过表达LINC00308可以促进前列腺癌细胞PC3的增殖、侵袭及迁移能力(均P<0.05),而下调前列腺癌细胞中LINC00308表达起相反作用。裸鼠移植瘤实验证实,LINC00308能够在体内促进前列腺癌PC3细胞的成瘤(P<0.05或P<0.01),且能够在体内体外促进TRIP13表达(P<0.05)。生物信息学分析与RIP及qPCR和双荧光素酶基因报告实验结果证实miR-361-5p能够分别与LINC00308与TRIP13的3'-UTR靶向结合,且LINC00308能够通过吸附miR-361-5p而作为内源性竞争RNA(competing endoge-nous RNA,ceRNA)调控TRIP13的表达,MTT、平板克隆及Transwell实验检测癌细胞的增殖、克隆形成和侵袭能力变化证实了三者之间的调控作用。结论:在前列腺癌组织和细胞中异常高表达的LINC00308通过发挥ceRNA的功能抑制miR-361-5p表达而增强TRIP13表达,从而促进前列腺癌的增殖、侵袭及迁移能力。 展开更多

关键词 前列腺癌 PC3细胞 长链非编码rnaLINC00308 miR-361-5p 甲状腺激素受体因子13 内源性竞争rna

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非编码RNA作为ceRNA在人癌症中的功能及机制 被引量：22

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作者 麦尔哈巴·阿不都热依木 潘燕 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期895-902,共8页

非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA),即无编码蛋白质潜力的RNA,包括短非编码RNA,例如微RNA(microRNA, miRNA),长非编码RNA(long coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)等,已被证明可以在RNA水平上调节细胞中多种生理及病... 非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA),即无编码蛋白质潜力的RNA,包括短非编码RNA,例如微RNA(microRNA, miRNA),长非编码RNA(long coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)等,已被证明可以在RNA水平上调节细胞中多种生理及病理过程。miRNA是约18~22个核苷酸大小的内源性非编码RNA分子,可以通过MRE与靶基因的3′非翻译区(untranslated region,UTR)中的互补序列结合,抑制蛋白质编码基因的表达,并导致mRNA转录物的更新、转换或降解。2011年,Salmena等提出,非编码RNA与具有编码蛋白质能力的RNA(mRNA)之间存在一种被称为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)的相互作用机制假说,即含有miRNA反应元件(MRE)的ncRNA通过与miRNA结合,解除miRNA对靶基因的抑制作用。这一假说对基因表达调控的传统认知进行了补充,在RNA水平上将多种ncRNA的作用补充到经典的miRNA调控mRNA翻译的过程,将其延伸为ceRNA-miRNA-mRNA的网络调控模式。近年来研究发现,ceRNA机制广泛存在于胃癌、结肠癌和膀胱癌等各类癌症中,并且在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞的增殖、侵袭、转移、凋亡、细胞周期等生物过程中发挥作用。本文将介绍ceRNA及其网络的机制与分子基础,并且结合两类非编码RNA——lncRNA及circRNA作为ceRNA分别在人类不同癌症类型中的近期研究进展作一综述,讨论该机制在肿瘤中的角色及作用,以期拓宽对肿瘤发生发展机制的视野,为癌症治疗提供新思路。 展开更多

关键词 非编码rna 竞争性内源rna 微rna 长非编码rna 环状rna

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胎盘植入组织lncRNA表达特征与ceRNA调控网络构建 被引量：2

11

作者 吴淑贞 张慧珊 +4 位作者 刘雁 王瑞 叶少欣 曾萌 刘正平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1253-1259,共7页

目的探讨lncRNA在胎盘植入中的表达特征及潜在的ceRNA调控机制。方法随机选取2017年12月~2018年6月于我院行剖宫产合并胎盘植入的植入部分胎盘组织与邻近正常胎盘组织各5例,采用基因芯片技术检测组织lncRNA的表达水平;植入组与对照组比... 目的探讨lncRNA在胎盘植入中的表达特征及潜在的ceRNA调控机制。方法随机选取2017年12月~2018年6月于我院行剖宫产合并胎盘植入的植入部分胎盘组织与邻近正常胎盘组织各5例,采用基因芯片技术检测组织lncRNA的表达水平;植入组与对照组比较,筛选差异表达lncRNAs;随机选取5个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR检测,验证基因芯片结果的准确性与可靠性,对差异表达基因进行GO功能聚类分析及KEGG通路分析;选取芯片扫描与qRT-PCR结果均显示显著差异的ENST00000511361(RP5-875H18.4)、NR_027457(LINC00221)和NR_126415(FOXP4-AS1)3条lncRNAs构建ceRNA调控网络。结果植入组与对照组比较,筛选出329个差异表达lncRNAs与179个差异表达mRNAs,实时荧光定量PCR变化趋势与芯片结果相一致;差异表达mRNAs主要参与TGF-β通路的调控;ceRNA调控网络的构建提示RP5-875H18.4--miRNA-218--SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制。结论差异表达lncRNAs可能通过调控TGF-β通路参与胎盘植入的发生发展过程,RP5-875H18.4--miRNA-218--SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制,但该结果还需进一步验证。 展开更多

关键词 胎盘植入 lncrna cerna 调控网络

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LncRNA及其作为ceRNA参与卵巢功能和相关疾病的研究进展 被引量：3

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作者 李玉玲 陈婕 +1 位作者 罗倩倩 谈勇 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期745-752,共8页

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可通过转录、转录后调控及表观遗传修饰等影响基因的表达,参与调控卵巢生理功能。LncRNA还可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),通过竞争性结合微RNA(micro RNA,miRNA)而影... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可通过转录、转录后调控及表观遗传修饰等影响基因的表达,参与调控卵巢生理功能。LncRNA还可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),通过竞争性结合微RNA(micro RNA,miRNA)而影响靶基因mRNA的表达,该调控方式称为lncRNA/miRNA/mRNA调控网络。LncRNA/miRNA/mRNA网络在调控卵巢生理功能和卵巢生殖功能障碍性疾病的发生、发展中起重要作用,有望成为治疗生殖障碍性疾病的新靶点和诊断指标。 展开更多

关键词 长链非编码rna 竞争性内源rna 卵巢功能

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ceRNAs在软骨损伤中作用机制的研究进展 被引量：1

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作者 张高林 张成俊 +3 位作者 夏亚一 韵向东 姜金 敏思聪 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1386-1392,共7页

正常的关节软骨对肢体活动有重要作用,关节创伤、生物力学改变及年龄等危险因素均可导致关节软骨受到损伤,先前的研究虽然已在分子层面上对关节软骨损伤的原因做出报道,但关于软骨损伤发生及预后的分子间调控机制了解并不充分。竞争性内... 正常的关节软骨对肢体活动有重要作用,关节创伤、生物力学改变及年龄等危险因素均可导致关节软骨受到损伤,先前的研究虽然已在分子层面上对关节软骨损伤的原因做出报道,但关于软骨损伤发生及预后的分子间调控机制了解并不充分。竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNAs)是一种包括非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)等分子在内的庞大RNA分子间调控网络,其作为一种新兴的调控机制参与关节软骨的损伤与修复。研究发现,ceRNAs通过竞争结合微小RNA(microRNA,miRNA)可调控关节软骨细胞的增殖、凋亡及软骨细胞外基质降解等过程进而影响关节软骨的健康。笔者查阅近几年相关研究文献,就ceRNAs在关节软骨损伤中的作用机制及潜在性应用展开综述,以期为关节软骨损伤的防治提供新的思路和方向。 展开更多

关键词 软骨损伤 竞争性内源rna 机制 综述

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lncRNA介导的ceRNA网络在肌肉减少症中作用机制的研究进展 被引量：6

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作者 傅泽铤 李伦宇 +3 位作者 官孝天 刘青松 刘颖 丁海丽 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1694-1701,共8页

肌肉减少症(sarcopenia;简称肌少症)是一种进行性和全身性骨骼肌疾病,会降低老年人生活质量,引起机体功能障碍,增加老年人跌倒,引发骨折甚至死亡的风险。报道称,65岁及以上老年人肌少症患病率达14%~33%,80岁及以上老年人的患病率则高达5... 肌肉减少症(sarcopenia;简称肌少症)是一种进行性和全身性骨骼肌疾病,会降低老年人生活质量,引起机体功能障碍,增加老年人跌倒,引发骨折甚至死亡的风险。报道称,65岁及以上老年人肌少症患病率达14%~33%,80岁及以上老年人的患病率则高达50%~60%[1]。亚洲肌少症工作组2019年报告,亚洲人的肌少症患病率范围为5.5%~25.7%,其中男性患病率达5.1%~21.0%,高于女性的4.1%~16.3%[2]。 展开更多

关键词 肌肉减少症 长链非编码rna 竞争性内源rna 衰老

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低叶酸联合甲氨蝶呤诱导神经管畸形胎鼠模型的lncRNA相关ceRNA网络构建及分析 被引量：1

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作者 曾雨冰 刘帆 +1 位作者 裴培 王珊 《陆军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期1-9,共9页

目的 构建低叶酸联合甲氨蝶呤(methotrexate, MTX)诱导神经管畸形(neural tube defect, NTDs)的胎鼠模型中lncRNA相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs, ceRNA)调控网络,探讨低叶酸条件下NTDs中lncRNA可能的调控作用。方法 利... 目的 构建低叶酸联合甲氨蝶呤(methotrexate, MTX)诱导神经管畸形(neural tube defect, NTDs)的胎鼠模型中lncRNA相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs, ceRNA)调控网络,探讨低叶酸条件下NTDs中lncRNA可能的调控作用。方法 利用SPF级、7~8周龄的健康雌性C57BL/6J小鼠(体质量18~22 g)40只及健康雄性C57BL/6J小鼠(体质量20~22 g)20只,建立叶酸缺乏情况下的NTDs胎鼠模型为实验组,并设立对照组,每组选取3只胎鼠分离脑组织并提取总RNA,进行高通量RNA测序(RNA sequencing, RNA-seq),并对测序结果进行lncRNA-mRNA共表达网络构建、对共表达网络中mRNA进行GO功能富集及KEGG通路富集分析、构建lncRNA相关ceRNA调控网络,并用qPCR验证胎鼠、细胞样本中lncRNA Xist、Sema4f、Padi2的相对表达量。结果 测序共检测到差异lncRNA 47个(Log2FC>0.585或Log2FC<-0.585,FDR<0.05),其中上调38个,下调9个。构建lncRNA和mRNA基因间的共表达网络,并对共表达网络关系中的mRNA进行KEGG/GO功能富集分析,发现GO条目中管道发育(P<0.001)、胶原蛋白代谢过程(P=0.002)、系统发育(P=0.002)等显著富集,在KEGG通路分析中富集到与NTDs密切相关的PI3K-Akt通路;构建lncRNA相关ceRNA调控网络,发现lncRNA Xist、LOC102633899、1700086L19Rik等靶向差异基因Sema4f、Padi2、Lin28a等;选取与神经发育密切相关的lncRNA Xist及预测的靶基因Sema4f、Padi2,用qPCR验证胎鼠脑组织、细胞样本,结果与测序一致,相较对照组,均显著下调(P<0.05)。结论 在叶酸缺乏下的NTDs胎鼠模型中lncRNA Xist及预测的靶基因Sema4f、Padi2发生显著下调。 展开更多

关键词 神经管畸形 表观遗传学 长非编码rna 竞争性内源rna

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ATRNL1在阿尔茨海默病中的基因功能分析及ceRNA网络预测 被引量：1

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作者 钟斯然 邝琦 +5 位作者 覃宁 杨斯漫 韦宇婷 陈奔 钟振国 张帆 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期871-876,共6页

目的:通过对ATRNL1基因的生物信息学分析,明确其在阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)中的作用。方法:通过高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库下载AD芯片数据GSE36980、GSE1297和GSE28146,利用3个独立数据验证ATRNL... 目的:通过对ATRNL1基因的生物信息学分析,明确其在阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)中的作用。方法:通过高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库下载AD芯片数据GSE36980、GSE1297和GSE28146,利用3个独立数据验证ATRNL1在AD中的差异表达情况,并计算Pearson相关系数分析ATRNL1与临床信息的相关性;使用GSE1297数据筛选ATRNL1共表达基因并使用clusterProfiler程序包进行基因功能注释,包括基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;为研究ATRNL1差异表达的调控机制,使用multiMiR程序包下载miRNA相互作用数据,根据竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)的调控机制构建ATRNL1-miRNA-mRNA调控网络。结果:3个独立芯片数据中ATRNL1在AD中表达明显下降(P<0.05);ATRNL1表达与PMI评分明显相关(P<0.05),与简易智力状态检查量表(mini-mental status examination,MMSE)评分明显相关(P<0.001),与神经元神经原纤维缠结(neurofibrillary tangles,NFT)评分明显相关(P<0.05);ATRNL1共表达基因的富集分析发现,信号释放生物学过程(GO:0023061)、突触小泡周期(hsa04721)、γ-氨基丁酸能突触(hsa04727)与ATRNL1明显相关;构建的ATRNL1-miRNA-mRNA调控网络发现,MOAP1、WDR47、REEP1等基因很可能与hsa-miR-192-5p竞争性调控ATRNL1表达,与ATRNL1构成ceRNA。结论:首次发现ATRNL1可能通过调控突触的信号传递以及影响γ-氨基丁酸能突触,影响AD发病,ATRNL1可能通过hsamiR-192-5p与MOAP1构成ceRNA。 展开更多

关键词 阿尔茨海默病 ATRNL1 谷胱甘肽能突触 hsa-miR-192-5p 竞争性内源rna MOAP1

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长非编码RNA TNRC6CAS1作为ceRNA在肥厚型心肌病发生发展中调控BPTF表达的研究 被引量：1

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作者 匡野 董玉琳 +1 位作者 吉永 曹向红 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期130-141,共12页

肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA... 肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)是一种以心肌细胞肥厚为特征的原发性心肌病,其发病的分子机制尚未明确。本研究整合Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中编号GSE130036和GSE36946的数据集。利用R语言对数据集中的RNA表达矩阵进行表达差异性分析。对差异mRNA进行生物功能富集分析,明确研究对象染色质重塑因子以BPTF(bromodomain PHD finger transcription factor)为核心。预测miRNA靶向mRNA和lncRNA的结合位点,构建lncRNATNRC6CAS1,miR-30c-1-3p-BPTF内源竞争RNA(ceRNA)网络。利用实时定量PCR,酶联免疫吸附测定或免疫印迹检测,在肥厚型心肌病临床样本(20例健康人和20例肥厚型心肌病患者外周血)和心肌肥大细胞模型中验证了BPTF和lncRNA TNRC6CAS1表达的明显上调(P<0.001),而miR-30c-1-3p的表达明显下调(P<0.001)。同时,在AC16细胞中对三者的表达相关性进行初步验证。最后,分别沉默BPTF,lncRNA TNRC6CAS1或过表达miR-30c-1-3p可以抑制心肌肥大标志性蛋白质的表达。以上结果表明,lncRNA TNRC6CAS1,miR-30c-1-3p,BPTF构成的ceRNA网络可能参与调控肥厚型心肌病心肌肥大病理现象的产生。三者作为潜在的肥厚型心肌病致病分子,有望成为新的检测和治疗靶点。 展开更多

关键词 肥厚型心肌病 内源性竞争rna网络 染色质重塑因子 长非编码rna TNRC6CAS1 微rna 30c-1-3p

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CeRNA网络在类风湿关节炎的炎症细胞中的作用 被引量：1

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作者 何晓宇 何豪华 +6 位作者 张妍 吴天宇 陈永杰 唐承志 夏天 张小楠 谢长好 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期750-759,共10页

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免... 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免疫反应失调,使炎症细胞的mRNA表达紊乱,产生促炎细胞因子,激活抗原特异性T/B淋巴细胞应答,促进自身抗体的产生,是RA的重要致病因素。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)能够通过竞争性地结合miRNA来调节mRNA的表达,与之相关的ceRNA网络被发现参与调控RA炎症细胞的增殖、凋亡、侵袭以及炎症因子释放等异常生物学过程。了解ceRNA网络在6种RA常见炎症细胞中的作用有助于为进一步研究RA的发病机制提供新思路,也可为发现新的生物标志物和有效治疗靶点提供理论基础。 展开更多

关键词 竞争性内源rna网络 长链非编码rna 环状rna 微rna 类风湿关节炎 炎症细胞

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微RNA的发现及其意义——2024年诺贝尔生理学或医学奖的启示 被引量：3

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作者 李文超 肖骋风 +2 位作者 曾朝阳 熊炜 曲红科 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第12期3061-3072,共12页

2024年诺贝尔生理学或医学奖授予美国科学家维克多·安布罗斯(Victor Ambros)和加里·鲁夫昆(Gary Ruvkun),以表彰他们发现微RNA(microRNA,miRNA)及其在转录后对基因表达的调控作用。miRNA的发现,不仅开启了非编码RNA(non-codin... 2024年诺贝尔生理学或医学奖授予美国科学家维克多·安布罗斯(Victor Ambros)和加里·鲁夫昆(Gary Ruvkun),以表彰他们发现微RNA(microRNA,miRNA)及其在转录后对基因表达的调控作用。miRNA的发现,不仅开启了非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)这一新的研究领域,也修改了生命科学领域经典的“中心法则”,即遗传信息沿着“DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质,最后发挥生物学功能”这一线性的传递模式,细胞内mRNA与其他ncRNA,如长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(circular RNA,circRNA)等由于竞争性结合miRNAs,从而形成了一个庞大而复杂的基因表达调控网络,即竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)调控网络。同时miRNA本身也是由基因组上的基因编码,自身的表达也受其他编码或ncRNA的调控,miRNA与mRNA及其他ncRNA共同精细地调控了细胞的生命活动,并影响着机体的生理或病理功能,miRNA的表达失调与很多疾病的发生发展有着密切的联系,也为疾病诊疗提供了新的分子标记和靶点。本文总结了miRNA的发现过程、发生机制和生物学功能及miRNA与其他ncRNA之间的作用网络,并展望了miRNA的应用前景。 展开更多

关键词 微rna 竞争性内源rna 长链非编码rna 环状rna

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Graves眼病中预测性ceRNA网络的构建及免疫细胞浸润模式的鉴定

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作者 曹家敏 陈海燕 +3 位作者 谢冰雨 陈艺枝 熊炜 李明渊 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1185-1196,共12页

目的:Graves眼病(Graves’ophthalmopathy,GO)是一种多因素疾病,其非编码RNA相互作用的机制及炎症细胞浸润模式尚不完全清楚。本研究旨在构建GO的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络并明确眼眶组织中炎症细胞浸润模式... 目的:Graves眼病(Graves’ophthalmopathy,GO)是一种多因素疾病,其非编码RNA相互作用的机制及炎症细胞浸润模式尚不完全清楚。本研究旨在构建GO的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络并明确眼眶组织中炎症细胞浸润模式以进一步探究GO的发病机制。方法:使用GEO2R工具鉴定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)和基因本体分析,并从RNA相互作用数据库中提取RNA的相互作用关系;使用STRING数据库鉴定蛋白质之间的相互作用,并通过Cytoscape进行可视化;基于StarBase、miRcode和DIANALncBase Experimental v.2数据库中相互作用的非编码RNA来构建ceRNA网络;采用CIBERSORT算法和R语言检测并描述GO中免疫细胞的浸润模式。结果:共获得114个DEGs,通过KEGG和基因本体分析明确121条通路。使用Cytoscape中的cytoHubba从蛋白质-蛋白质相互作用中提取了4个Hub基因(SRSF6、DDX5、HNRNPC和HNRNPM),共提取104个节点和142条连接,构建出1个ceRNA网络(MALAT1-MIR21-DDX5)。免疫细胞分析结果显示:GO中CD8+T细胞和CD4+静止型记忆T细胞的比例分别上调和下调。CD4+静止型记忆T细胞的比例与MALAT1、MIR21和DDX5的表达呈正相关(均P<0.05)。结论:成功构建出GO眼眶组织内的ceRNA调节网络(MALAT1-MIR21-DDX5),明确在GO中CD4+静止型记忆T细胞的比例下调且与ceRNA组成成分存在正向调节关系,进一步揭示了GO的发病机制。 展开更多

关键词 GRAVES眼病 生物信息学分析 竞争性内源rna 免疫细胞

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