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基于蛋白质CGR的线粒体蛋白质序列比对被引量：3: 1; 作者张立婷管维红徐振源《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第13期50-53,共4页; 利用蛋白质混沌游走表示法(PCGR)提出一种新的蛋白质序列比对方法。通过计算两序列之间的PCGR点距离,就可以找到所有的局部相似片断。根据氨基酸的化学物理性质把氨基酸分成4和7类,针对分类与无分类的各种情况进行蛋白质序列比对。为了... 展开更多; 关键词蛋白质混沌游走表示法蛋白质序列比对氨基酸分类; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析被引量：2: 2; 作者赵静静齐斌 +1 位作者王寒冰唐旭清《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第7期222-225,共4页; 在DNA序列的混沌游走方法(CGR)及DNA序列的4线图谱表达方法(4-LGR)的基础上,提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法(MGR),并进一步,在DNA序列的上述三种表达式基础上,分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法... 展开更多; 关键词经典HP模型混沌游走表达 4线图谱表达矩阵图谱表达; 在线阅读下载PDF 职称材料

真核生物DNA非编码区的组分分析被引量：7: 3; 作者刘蓉齐震 +2 位作者朱小蓬凌伦奖韩汝珊《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期583-587,共5页; 在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目... 展开更多; 关键词真核生物 DNA非编码区组分分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种基于混沌游走表示法的种系发生树构建: 4; 作者陈勃季平《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2012年第8期2956-2960,共5页; 针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法。利用这样的方法,通... 展开更多; 关键词种系发生树混沌游走表示法聚类序列分析生物信息学; 在线阅读下载PDF 职称材料

蛋白质序列的多重分形性质及其Rényi熵率: 5; 作者张立婷徐振源《江南大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第4期500-504,共5页; 一系列DNA和蛋白质序列的可视化研究通过几何图像形式展现了序列结构,从CGR到k串理论,只是通过迭代法把相应的碱基或氨基酸转化成数值,进而绘制成图形,没有对应的严格数学理论支持.文中将分形理论与信息论方法相结合,把蛋白质混沌游走... 展开更多; 关键词蛋白质混沌游走表示法多重分形维数 Renyi熵率迭代函数系统; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于蛋白质CGR的线粒体蛋白质序列比对被引量：3: 1; 作者张立婷管维红徐振源; 机构江南大学信息工程学院江南大学理学院; 出处《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第13期50-53,共4页; 文摘利用蛋白质混沌游走表示法(PCGR)提出一种新的蛋白质序列比对方法。通过计算两序列之间的PCGR点距离,就可以找到所有的局部相似片断。根据氨基酸的化学物理性质把氨基酸分成4和7类,针对分类与无分类的各种情况进行蛋白质序列比对。为了更直观地描述比对结果,采用点阵图来表示比对数据,不仅能显示两序列间所有相同片断,还可以体现出序列的相似性。; 关键词蛋白质混沌游走表示法蛋白质序列比对氨基酸分类; Keywords chaos game representation of protein sequence alignment of protein classification of amino acid; 分类号 TP31 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论] Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析被引量：2: 2; 作者赵静静齐斌王寒冰唐旭清; 机构江南大学理学院无锡职业技术学院; 出处《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2011年第7期222-225,共4页; 基金江南大学创新团队发展计划(PIRTJiangnan)资助财政部专项"外来物种环境风险评估技术研究"资助; 文摘在DNA序列的混沌游走方法(CGR)及DNA序列的4线图谱表达方法(4-LGR)的基础上,提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法(MGR),并进一步,在DNA序列的上述三种表达式基础上,分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法,对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明:矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性,而且与传统的方法相比,该方法更具有灵活性和变通性。; 关键词经典HP模型混沌游走表达 4线图谱表达矩阵图谱表达; Keywords the detailed Hpmodel chaos game representation（cgr） 4 Line Graphical representation method（4-LGR） Matrix Graphical representation（MGR）; 分类号 O29 [理学—应用数学] TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名真核生物DNA非编码区的组分分析被引量：7: 3; 作者刘蓉齐震朱小蓬凌伦奖韩汝珊; 机构北京大学物理系中国科学院生物物理研究所; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期583-587,共5页; 文摘在全基因组水平上 ,用直方图、混沌表示灰度图、距离差异度和信息熵差异度四种方法 ,研究了拟南芥、线虫、果蝇的DNA内含子、基因间隔区DNA、外显子三种区域的核苷酸短序列组分及组分复杂度 .结果表明 :a 不同基因组之间 ,不管基因数目多少 ,用 4种方法得到的外显子部分其组分复杂度都比较接近 ,而非编码区部分的组分复杂度却很大 .这一点定量地说明了物种之间的复杂程度 ,主要不体现在编码区部分 ,而体现在非编码区部分 .b 同一基因组中 ,内含子的核苷酸短序列组分复杂度都是相似的 ,外显子和intergenicDNA部分的组分复杂度也是相似的 .c 内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构等方面有很大的不同 ,但它们在核苷酸短序列组分上的差异却很小 ,说明内含子和intergenicDNA在转录、剪切、二级结构上的不同并不通过核苷酸短序列组分来进行限制 .; 关键词真核生物 DNA非编码区组分分析; Keywords noncoding region, organismal complexity, base composition, discrepancy of distance, discrepancy of entropy, chaos game representation; 分类号 Q754 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种基于混沌游走表示法的种系发生树构建: 4; 作者陈勃季平; 机构福州大学数学与计算机科学学院香港理工大学工业与系统工程学系; 出处《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2012年第8期2956-2960,共5页; 基金国家自然科学基金资助项目(41076059) 福建省自然科学基金计划项目(2012J05114) 福建省科技创新平台计划项目(2009J1007); 文摘针对生物信息学领域中种系发生树构建这一重要课题的需要,利用DNA碱基序列的频度混沌游走表示法,提出一种碱基序列自重复性的度量和一种序列间相关性的度量,并由此出发,提出了一种新的以此种相关性为依据的聚类方法。利用这样的方法,通过GenBank中获取的线粒体DNA数据构建了一棵包含20个物种的种系发生树。实验结果验证了新提出的度量方法以及聚类方法在种系发生树构建问题上的有效性。此外,由于这种方法使用碱基序列的图形表示法,而非传统的串形表示法,避免了建树过程中序列间联配的步骤。; 关键词种系发生树混沌游走表示法聚类序列分析生物信息学; Keywords phylogenetic tree chaos game representation （cgr） clustering sequence analysis bioinformatics; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名蛋白质序列的多重分形性质及其Rényi熵率: 5; 作者张立婷徐振源; 机构江南大学信息工程学院江南大学理学院; 出处《江南大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第4期500-504,共5页; 基金国家自然科学基金项目(10372054 60575038); 文摘一系列DNA和蛋白质序列的可视化研究通过几何图像形式展现了序列结构,从CGR到k串理论,只是通过迭代法把相应的碱基或氨基酸转化成数值,进而绘制成图形,没有对应的严格数学理论支持.文中将分形理论与信息论方法相结合,把蛋白质混沌游走表示法的多重分形维数和符号序列的Rényi熵率之间通过概率测度μ建立对应关系,从而使蛋白质序列的研究转为符号序列的可视化分析,在生物信息学上具有一定的应用前景.; 关键词蛋白质混沌游走表示法多重分形维数 Renyi熵率迭代函数系统; Keywords chaos game representation of protein multifractal dimensions Renyi entropy rate iterative function system; 分类号 O415 [理学—理论物理] Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于蛋白质CGR的线粒体蛋白质序列比对	张立婷管维红徐振源	《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心	2008	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析	赵静静齐斌王寒冰唐旭清	《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心	2011	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	真核生物DNA非编码区的组分分析	刘蓉齐震朱小蓬凌伦奖韩汝珊	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2002	7	在线阅读下载PDF 职称材料
4	一种基于混沌游走表示法的种系发生树构建	陈勃季平	《计算机应用研究》 CSCD 北大核心	2012	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	蛋白质序列的多重分形性质及其Rényi熵率	张立婷徐振源	《江南大学学报（自然科学版）》 CAS	2008	0	在线阅读下载PDF 职称材料