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皮肤基底细胞癌中TBX1的表达及其调控细胞增殖的生物学机制
1
作者 时永强 范治强 +1 位作者 李文超 赵云超 《临床皮肤科杂志》 北大核心 2025年第6期331-337,共7页
目的:研究皮肤基底细胞癌(BBC)T盒转录因子(TBX)1的表达及其调控细胞增殖的生物学机制。方法:选取手术切除的皮肤BCC组织和正常皮肤组织,检测TBX1的mRNA和蛋白相对表达水平。培养BCC细胞株TE354T,分组并分别转染阴性对照(NC)小干扰RNA(s... 目的:研究皮肤基底细胞癌(BBC)T盒转录因子(TBX)1的表达及其调控细胞增殖的生物学机制。方法:选取手术切除的皮肤BCC组织和正常皮肤组织,检测TBX1的mRNA和蛋白相对表达水平。培养BCC细胞株TE354T,分组并分别转染阴性对照(NC)小干扰RNA(siRNA)、TBX1 siRNA、空白载体、Sonic hedgehog(Shh)过表达载体及Gli家族锌指(Gli)2过表达载体,用不同浓度(1μmol/L、5μmol/L、10μmol/L)Shh抑制剂、不同浓度(5μmol/L、10μmol/L、20μmol/L)Gli2抑制剂处理,检测细胞增殖的吸光度(A)、凋亡率及TBX1、Shh、Gli1、Gli2的mRNA和蛋白水平。结果:皮肤BCC组织中TBX1的mRNA表达水平和蛋白水平均高于正常皮肤组织(P<0.05);与si-NC组比较,si-TBX1组TE354T细胞24 h、48 h、72 h的A值及细胞中TBX1、Shh、Gli2的表达水平降低(P<0.05),细胞凋亡率增加(P<0.05),Gli1的表达水平差异无统计学意义(P>0.05);不同浓度Shh抑制剂组、Gli2抑制剂组TE354T细胞24 h、48 h、72 h的A均显著降低(P<0.05);与si-TBX1+空白质粒组比较,si-TBX1+Shh质粒组和si-TBX1+Gli2质粒组TE354T细胞24 h、48 h、72 h的A值均增加,细胞凋亡率降低(P<0.05)。结论:皮肤BCC中TBX1表达增加,敲低TBX1通过抑制Shh/Gli2通路抑制皮肤BCC细胞株TE354增殖。 展开更多
关键词 皮肤基底细胞癌 T盒转录因子1 Sonic hedgehog Gli家族锌指2 细胞增殖
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糜子SBP基因家族鉴定及在籽粒稃壳色形成中的表达分析 被引量：1
2
作者 郝子义 刘天鹏 +6 位作者 何继红 董孔军 任瑞玉 张磊 韦恒 李亚伟 杨天育 《甘肃农业大学学报》 北大核心 2025年第4期65-77,共13页
【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动... 【目的】了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征。【方法】采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动子区域的顺式作用元件及在糜子白、黄、褐籽粒稃壳色形成中的表达特征。【结果】糜子含有38个SBP基因,不均匀的分布在18条染色体上,PmSBP蛋白的氨基酸序列长度为122-1109aa,等电点为5.49-10.32,家族成员含有1-11个外显子,亚细胞定位于细胞核、叶绿体中。糜子38个SBP基因的蛋白聚类分析显示,该蛋白家族可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ5个亚家族,亚家族Ⅲ成员具有相对复杂的结构。顺式作用元件分析显示,在糜子SBP家族基因存在共同的顺式作用元件,如光响应、激素响应、分生组织表达和调控种子特异性等。白、黄、褐色籽粒品种晋黍8号、陇糜12号和张778稃壳色形成期转录组及qRT-PCR分析显示,糜子SBP基因家族成员中PmSBP33、PmSBP8、PmSBP17、PmSBP37、PmSBP12、PmSBP14、PmSBP1、PmSBP7、PmSBP23和PmSBP16在3个品种籽粒中的表达量较高,且品种间表达量差异显著。通过与谷子、拟南芥和水稻同源基因比对,推测PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒发育相关。【结论】鉴定出38个糜子SBP基因家族成员,在糜子籽粒稃壳中的表达量差异明显,且PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒形态建成密切相关。 展开更多
关键词 糜子 SBP基因家族 转录因子 生物信息学分析 表达特征
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绿豆R2R3-MYB转录因子家族鉴定及其类黄酮合成调控基因的筛选 被引量：2
3
作者 郭飞翔 李春霞 +3 位作者 周爽 郭彬彬 张均 马超 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期117-133,共17页
R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺... R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺式作用元件及基因结构做了预测分析;此外,转录组数据和实时荧光定量PCR(QuantitativeReal-timePCR,RT-PCR)分析该转录因子在不同组织、逆境胁迫下的表达模式;并基于相关分析及蛋白互作网络,筛选到可能参与调控绿豆类黄酮生物合成的R2R3-MYB成员。结果表明,共鉴定到168个R2R3-MYB成员,其中145个分布于11条染色体, 23个成员染色体信息未知;大多数R2R3-MYB含有3个外显子,编码99~1645个氨基酸,均为亲水性蛋白;系统进化将绿豆R2R3-MYB基因家族分为30个亚组(V1~V30),不同亚组成员的基因结构存在差异;共线性分析表明,片段复制事件均进行了纯化选择;启动子顺式作用元件分析表明,绿豆R2R3-MYB基因启动子区含有大量激素响应、胁迫响应及少量的类黄酮合成响应等元件;基因表达分析表明,在叶片、叶柄、下胚轴和籽粒种皮中表达量较高的成员分别占15.5%、16.1%、16.1%和10.7%。RT-PCR分析发现,几乎所有的R2R3-MYB家族成员在低温胁迫下的相对表达量显著下调,不同成员对逆境胁迫有不同的响应模式。蛋白互作与相关性分析可知,VrMYB6、VrMYB77、VrMYB93这3个基因可能参与了绿豆类黄酮生物合成的调控。 展开更多
关键词 绿豆 R2R3-MYB转录因子 转录因子家族分析 类黄酮合成调控基因
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云南红豆杉WRKY基因家族鉴定及表达模式分析
4
作者 甘胜美 赵燕波 +3 位作者 李洪非 王勇 王刚 黄雄 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期42-50,共9页
云南红豆杉是天然的抗癌植物,具有较高的药用价值。为探索WRKY转录因子在云南红豆杉次生代谢物合成过程中的作用,基于云南红豆杉基因组数据和5个组织(树皮、根、叶、茎、枝皮)的转录组数据,鉴定和分析WRKY基因家族。研究结果表明,共鉴... 云南红豆杉是天然的抗癌植物,具有较高的药用价值。为探索WRKY转录因子在云南红豆杉次生代谢物合成过程中的作用,基于云南红豆杉基因组数据和5个组织(树皮、根、叶、茎、枝皮)的转录组数据,鉴定和分析WRKY基因家族。研究结果表明,共鉴定出了25个结构较为保守的WRKY基因,其中编码蛋白的氨基酸为157~726个,分子质量为18079.40~79474.03 u,等电点为5.44~9.51,不稳定数为39.97~64.58,脂肪指数为45.17~80.41,所有蛋白质的亚细胞定位都处于细胞核内;24个TyuWRKY(云南红豆杉WRKY)基因不均衡地分布于7条染色体上,另1个WRKY基因处于ctg100上。系统发育分析表明,25个TyuWRKY蛋白被划分为3大类:6个属于Ⅰ类,18个属于Ⅱ类,1个属于Ⅲ类;同一类中TyuWRKY蛋白的Motif分布也大体相同,且成员内含子数量介于1~7个,外显子数量介于2~8个。表达量分析结果显示,除TyuWRKY5基因只在根部表达外,所有TyuWRKY基因都在5个组织中表达;通过启动子顺式作用元件分析,TyuWRKY基因包含多个与激素、胁迫以及生长发育相关的元件。 展开更多
关键词 云南红豆杉 WRKY转录因子 基因家族鉴定 表达分析
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黄瓜WIP转录因子家族基因的鉴定及表达分析
5
作者 韩瑞月 刘晓林 +3 位作者 辛同旭 李森 杨学勇 孙进京 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第2期44-55,共12页
WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白... WIP蛋白属于C2H2锌指蛋白的A1d亚组,目前研究发现CsWIP1在黄瓜中参与性别决定,但WIP基因在黄瓜生长发育过程中仍存在未知的功能。在黄瓜、甜瓜、西瓜、冬瓜、葫芦和美洲南瓜中鉴定出40个WIP基因家族成员。利用在线网站对葫芦科WIP蛋白进行理化性质分析,通过生物信息学进行染色体定位、基因结构等分析。对黄瓜WIP基因的顺式元件进一步分析表明,WIP家族基因具有空间表达、植物激素、光响应元件等顺式作用元件。黄瓜不同组织的实时荧光定量PCR分析发现,CsaV3_1G014730和CsaV3_4G031370可能在黄瓜的顶芽发育中发挥重要作用;CsaV3_4G024150(CsWIP1)、CsaV3_3G039140、CsaV3_7G031140和CsaV3_5G023030则可能参与雌花、雄花、传输通道以及雄配子的生长发育,推测WIP基因可能在黄瓜传输通道发育、叶脉模式调控等过程中起着重要的作用。 展开更多
关键词 黄瓜 WIP基因家族 转录因子 生物信息学分析 组织表达模式
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海雀稗HsFA基因家族鉴定及热胁迫应答分析
6
作者 彭迪 陈海洋 +5 位作者 蔡丽蓉 陆洋 刘大林 王小山 严学兵 潘玲 《草地学报》 北大核心 2025年第3期766-777,共12页
本研究采用生物信息学方法鉴定海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)中的热激转录因子PvHsFA家族基因成员,并探究其在海雀稗热胁迫应答中的调控机制,旨在提供相关理论依据。通过生物信息学手段鉴定了PvHsFA基因家族的成员,并分析这些成员的... 本研究采用生物信息学方法鉴定海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)中的热激转录因子PvHsFA家族基因成员,并探究其在海雀稗热胁迫应答中的调控机制,旨在提供相关理论依据。通过生物信息学手段鉴定了PvHsFA基因家族的成员,并分析这些成员的理化性质、启动子区域的顺式作用元件、构建进化树以及进行染色体定位。此外,利用海雀稗品种‘海岛2000’的RNA-seq数据对基因表达水平进行了验证。共鉴定出25个PvHsFA家族成员,其编码氨基酸数目261~521,这些蛋白大多为酸性蛋白和亲水性蛋白。启动子区域含有大量与非生物胁迫相关、植物激素相关及生长发育相关的元件。这些基因具有较高的保守性,其中21个基因在热胁迫条件下表现出显著的差异表达。PvHsFA基因家族可能在海雀稗的热胁迫响应调控中发挥重要作用,本研究为深入揭示海雀稗的耐热机制奠定了基础。 展开更多
关键词 生物信息学 HsFA基因家族 海雀稗 转录因子 热胁迫 基因表达
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垂穗披碱草TCP转录因子家族鉴定及激素响应模式分析
7
作者 彭晓梅 孟晨 +3 位作者 GARC A-CAPARR S Pedro 张宇 杨永平 孙旭东 《广西植物》 北大核心 2025年第5期916-930,共15页
垂穗披碱草(Elymus nutans)是青藏高原地区的优质牧草,具有较高的生态价值和经济价值。TCP是植物特有的转录因子家族,参与调控植物叶片发育、侧枝形成、植物激素合成与信号转导等生理过程。为鉴定垂穗披碱草TCP转录因子家族成员,该研究... 垂穗披碱草(Elymus nutans)是青藏高原地区的优质牧草,具有较高的生态价值和经济价值。TCP是植物特有的转录因子家族,参与调控植物叶片发育、侧枝形成、植物激素合成与信号转导等生理过程。为鉴定垂穗披碱草TCP转录因子家族成员,该研究利用单分子实时(SMRT)测序技术获得了垂穗披碱草全长转录组数据,并对4种激素处理后的垂穗披碱草叶片进行Illumina测序,以探究EnTCP s基因在不同激素处理下的表达模式。结果表明:(1)垂穗披碱草全长转录组测序共获得90956条非冗余转录本。(2)基于全长转录组数据共鉴定到26个EnTCP s,氨基酸数为186~575 aa,亚细胞定位预测显示TCP蛋白均位于细胞核。(3)根据进化树的分支情况可将26个EnTCP s分为Class I、ClassⅡ-a(CIN)和ClassⅡ-b(CYC/TB1)3个亚家族,保守结构域分析表明EnTCPs均含有TCP结构域。(4)不同激素处理后的表达模式分析显示,7个EnTCP s家族成员(En108950、En35573、En10347、En16325、En128790、En10346和En14028)在激素处理后上调/下调表达,它们可能参与了激素合成与信号转导通路;qRT-PCR分析结果显示,En35573和En14028参与生长素响应,En108950、En10347、En128790、En10346和En14028均参与细胞分裂素响应,En14028参与脱落酸响应,En108950参与茉莉酸响应,而En16325可能参与多种激素信号转导通路。该研究结果为后续EnTCP s基因功能研究奠定了基础,为研究EnTCP s对激素响应的分子机制提供了参考依据。 展开更多
关键词 垂穗披碱草 TCP转录因子家族 全长转录组 外源植物激素 表达模式
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花楸树DREB基因家族鉴定与分析
8
作者 吴倩文 李玉言 +5 位作者 张炎 张睿鹂 孙涛 鲁仪增 常金财 郑健 《林业科学研究》 北大核心 2025年第5期196-209,共14页
[目的]鉴定花楸树DREB基因家族成员,分析DREB基因家族基本特征,为花楸树应答非生物胁迫提供候选基因。[方法]基于花楸树全基因组数据筛选DREB基因家族成员,利用生物信息学方法分析家族成员的基本特征。[结果]从花楸树全基因组鉴定出59个... [目的]鉴定花楸树DREB基因家族成员,分析DREB基因家族基本特征,为花楸树应答非生物胁迫提供候选基因。[方法]基于花楸树全基因组数据筛选DREB基因家族成员,利用生物信息学方法分析家族成员的基本特征。[结果]从花楸树全基因组鉴定出59个DREB基因家族成员(SpDREB1~SpDREB59),不均匀地分布在11条染色体上,根据系统发育关系将其分为A1~A6亚组,较多分组中的基因都具有相似的基因结构和保守基序。从59个SpDREB基因中鉴定到1对串联重复基因和涉及49个基因的125个片段重复事件。共线性分析表明花楸树Sp DREBs与苹果MdDREBs基因共线性最多,这可能是花楸树与苹果同属于苹果亚科,其进化关系较近。顺式调控元件分析显示59个SpDREB基因上游2 500 bp启动子序列中存在106种基序,包含丰富的激素响应元件、非生物胁迫响应元件。转录组数据分析发现52个SpDREB基因在响应高温胁迫下差异表达,推测SpDREB基因家族可能参与了花楸树高温胁迫下的防御反应。[结论]花楸树DREB家族成员的基本特征各有不同,在花楸树响应高温胁迫中参与不同的生物学过程,为后续深入研究SpDREBs调控花楸树抗逆的分子机制和遗传改良奠定基础。 展开更多
关键词 花楸树 DREB转录因子 基因家族
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半夏ARF转录因子家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
9
作者 朱志炎 张德清 +2 位作者 周厚英 何勇 田志宏 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第6期1095-1106,共12页
半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。... 半夏(Pinellia ternate)是一种重要的药用植物,其在生长过程中对光照和温度极为敏感,易发生倒苗现象,导致产量降低。本研究基于国家生物信息中心发布的半夏基因组数据,鉴定出25个PtARF家族成员,并通过系统进化分析将其划分为4个亚族。蛋白质理化性质分析结果表明,半夏PtARF均为亲水性不稳定蛋白,大部分PtARF定位于细胞核中。蛋白质三级结构预测结果显示,亲缘关系较近的PtARF家族成员的三级结构高度相似,表明部分PtARF可能存在功能冗余。系统进化分析和共线性分析结果表明,半夏和水稻的ARF基因亲缘关系较近。半夏ARF家族基因启动子区域中,数量最多的顺式作用元件为生物及非生物胁迫响应元件,其次是植物激素响应元件,植物生长与发育响应元件数量最少。这一结果表明,PtARF可能广泛参与半夏对逆境胁迫的响应。进一步的研究结果表明,PtARF能够响应弱光胁迫和高温胁迫,可能参与半夏倒苗和块茎发育的调控。本研究为半夏抗逆育种及栽培技术优化提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 半夏 ARF转录因子家族 倒苗 生物信息学
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凡纳滨对虾ZBTB转录因子家族基因的鉴定与表达模式分析
10
作者 张春涛 袁剑波 +2 位作者 李柔静 张晓军 李富花 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第5期1274-1286,共13页
锌指和BTB结构域蛋白(ZBTB)家族作为真核生物中一类进化上高度保守的转录调控因子,在基因转录、细胞分化与发育、调节细胞周期等方面具有重要作用。然而,在对虾中关于ZBTB的系统分析目前尚未见报道。从凡纳滨对虾基因组中共鉴定出31个Lv... 锌指和BTB结构域蛋白(ZBTB)家族作为真核生物中一类进化上高度保守的转录调控因子,在基因转录、细胞分化与发育、调节细胞周期等方面具有重要作用。然而,在对虾中关于ZBTB的系统分析目前尚未见报道。从凡纳滨对虾基因组中共鉴定出31个LvZBTB基因,系统发生分析显示LvZBTB基因家族包括8个ZBTB7、2个ZBTB14、10个ZBTB17、6个ZBTB24、3个ZBTB42、2个ZBTB49。进一步通过生物信息学对其基因结构进行了分析。此外,通过转录组有参分析,系统解析了LvZBTB基因家族在凡纳滨对虾多种生命过程中的潜在调控功能。结果显示,LvZBTB在各组织中泛表达,但在不同蜕皮时期和不同发育时期呈现出特异性差异表达。大多数LvZBTB基因在蜕皮D2~P1期下调表达,在20日龄仔虾(P20)特异下调表达,少数基因(LvZBTB42-2)在P20时期特异性上调表达。在环境适应方面,高温胁迫下,几乎全部LvZBTB家族成员表达量均明显下降,而LvZBTB49、LvZBTB42、LvZBTB7、LvZBTB17等亚家族成员在盐度胁迫下呈现差异表达,且不同亚家族成员差异表达具有组织特异性。LvZBTB7A-1、LvZBTB24-8、LvZBTB17-5在病原感染时差异表达。该研究全面揭示了LvZBTB基因家族在凡纳滨对虾生长发育、蜕皮、性别分化以及环境适应等生命过程中的重要调控功能。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 ZBTB基因家族 转录因子 生物信息学分析 表达模式
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MeJA介导的bHLH转录因子家族对板栗果实发育和品质的影响
11
作者 姬行舟 崔艳红 +3 位作者 白倩 王梓豫 丁一宁 苏淑钗 《北京林业大学学报》 北大核心 2025年第8期23-41,共19页
【目的】板栗是我国特色坚果产业的主要成员之一,其果实可药食两用,具有极高经济价值,提高板栗果实产量与品质对促进产业发展具有重要意义。本研究旨在探究bHLH转录因子通过调控响应MeJA进而影响板栗果实发育、品质及结实率的分子调控机... 【目的】板栗是我国特色坚果产业的主要成员之一,其果实可药食两用,具有极高经济价值,提高板栗果实产量与品质对促进产业发展具有重要意义。本研究旨在探究bHLH转录因子通过调控响应MeJA进而影响板栗果实发育、品质及结实率的分子调控机制,明确MeJA在板栗果实发育过程中的关键作用,为高产优质板栗品种的培育提供宝贵基因资源与重要技术手段。【方法】本研究以‘遵化短刺’板栗为试验材料,系统分析了板栗bHLH转录因子家族的理化性质、序列特征及进化关系,并通过转录组数据与荧光定量PCR检测基因表达模式。并在板栗授粉和受精关键期喷施不同浓度的MeJA及其抑制剂(DIECA)作为生长调节剂,测定不同处理组果实的品质指标(包括单果重、可溶性糖含量、淀粉含量)和内源激素含量变化。【结果】(1)从板栗基因组中共鉴定得到93个CmbHLH基因成员,63%的CmbHLH蛋白为酸性蛋白,进化树聚类分析将其分成了20个亚组(A~T),70个CmbHLH基因中均存在茉莉酸响应元件,且全转录因子家族中也含有大量光响应元件、胚乳表达、分生组织表达相关元件,表明其与MeJA、植物生长发育有着密不可分的关系。(2)多数CmbHLHs基因在授粉后第18天的正常发育胚珠与败育胚珠中呈现显著差异表达(P<0.05),表明该转录因子家族可能参与响应板栗胚珠的早期发育进程,同时为确定板栗发育与败育的关键时期提供了分子依据。(3)MeJA喷施处理会影响CmbHLHs的表达,同时,MeJA处理能够优化刺苞的形态特征,有效提升横径、纵径、侧径、苞质量各项指标,尤其是400mg/L质量浓度的MeJA处理效果最为显著,且MeJA400mg/L处理显著增加了板栗每总苞坚果个数以及着蓬率。(4)MeJA处理能够提升板栗果实内源MeJA、赤霉素(GA)和脱落酸(ABA)的含量,随着喷施浓度的增高而增加,相反,DIECA处理则会导致这些激素含量的显著下降,3种内源激素呈现协调增减的趋势,MeJA400mg/L处理后结果最为显著。(5)在果实营养指标方面,MeJA处理提高了果实中的蛋白质和淀粉含量,其中400mg/L质量浓度处理提升效果最为显著,表明CmbHLHs基因可能通过响应MeJA介导的信号转导途径来影响果实营养品质。【结论】CmbHLHs能够通过响应MeJA途径,影响板栗果实发育和营养品质,这不仅为解析板栗果实发育的分子机制提供了新的理论依据,同时也为MeJA在板栗优质栽培中的实际应用奠定了技术基础。 展开更多
关键词 板栗 bHLH转录因子家族 茉莉酸甲酯 果实发育 基因表达
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绣球WRKY基因家族全基因组鉴定及其响应叶斑病的表达分析
12
作者 刘欣童 陈慧杰 +6 位作者 陈双双 冯景 齐香玉 周惠民 金玉妍 孙明 邓衍明 《华北农学报》 北大核心 2025年第1期93-103,共11页
为了解析绣球WRKY转录因子家族的成员特征及其在绣球叶斑病应答中的作用,利用生物信息学方法,对绣球无尽夏基因组中的WRKY家族成员进行全基因组鉴定,并系统分析了蛋白质理化特征、基因结构、系统进化、共线性和家族成员在多主棒孢菌侵... 为了解析绣球WRKY转录因子家族的成员特征及其在绣球叶斑病应答中的作用,利用生物信息学方法,对绣球无尽夏基因组中的WRKY家族成员进行全基因组鉴定,并系统分析了蛋白质理化特征、基因结构、系统进化、共线性和家族成员在多主棒孢菌侵染下的表达模式。结果表明:绣球全基因组中共鉴定到84个非冗余的HmWRKY成员,均属于亲水性蛋白,在绣球18条染色体上呈现不均匀分布,编码氨基酸112~1 046个;所有成员可分为3个亚组,即GroupⅠ~GroupⅢ,均含有WRKYGQK和C2H2组成的DNA结合域;HmWRKY成员的序列长度变化较大,从512 bp到40 338 bp,并且检测到8个存在共线性的基因对,Ka/Ks的比值均小于1,说明HmWRKY家族在进化中趋于纯化选择;同时,18个HmWRKY成员在绣球叶斑病菌侵染后表现出显著差异表达的特性,其中9个上调表达、9个下调表达。以上结果表明,HmWRKY基因在绣球响应叶斑病中可能具有重要作用。 展开更多
关键词 绣球 WRKY基因家族 转录因子 叶斑病 多主棒孢菌
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花魔芋AkTCP家族基因鉴定及表达分析
13
作者 何斐 汤鑫塬 +1 位作者 李竹梅 褚洪龙 《华北农学报》 北大核心 2025年第5期35-46,共12页
TCP家族成员是植物特有的转录因子,在植物生长、代谢活动及逆境应答等关键生物过程中发挥不可或缺的作用。为了解TCP基因家族在花魔芋基因组中的数量、分布和表达等情况,利用生物信息学技术对AkTCP家族基因进行鉴定,分析该家族成员的理... TCP家族成员是植物特有的转录因子,在植物生长、代谢活动及逆境应答等关键生物过程中发挥不可或缺的作用。为了解TCP基因家族在花魔芋基因组中的数量、分布和表达等情况,利用生物信息学技术对AkTCP家族基因进行鉴定,分析该家族成员的理化性质、亚细胞定位、共线性、基因结构及进化关系,采用qRT-PCR技术分析响应生物、非生物胁迫的基因表达情况。结果表明,花魔芋全基因组中鉴定出30个TCP家族成员,其蛋白包含135~562个氨基酸残基,分子质量为15.08~57.20 ku,等电点为4.96~11.49,大部分为碱性蛋白,均为不稳定的亲水性蛋白,主要分布在细胞核上,其基因在染色体上不均匀分布。AkTCP共线性基因仅在花魔芋8条染色体中分布,包含4个染色体间共线性事件和5个染色体内共线性事件。AkTCP基因结构较为简单,大部分不含内含子,均含有高度保守的TCP结构域,可分为ClassⅠ和ClassⅡ2个组别,ClassⅡ又分为CIN和CYC/TB1 2个亚类。启动子顺式作用元件分析结果显示,AkTCP启动子上含有多个生理响应、光响应、植物激素和逆境胁迫响应等元件。qRT-PCR分析结果表明,AkTCP家族成员参与了干旱胁迫、盐胁迫、茉莉酸甲酯和软腐病原菌侵染应答过程并作出积极响应。 展开更多
关键词 花魔芋 TCP基因家族 转录因子 表达分析
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MTERF家族蛋白质的功能及其在恶性肿瘤发生发展中的作用研究进展
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作者 林亚茹(综述) 余敏 熊伟(审校) 《医学研究与战创伤救治》 北大核心 2025年第2期202-207,共6页
人线粒体转录终止因子(MTERFs)家族成员在调控线粒体功能中发挥重要作用,通过控制线粒体DNA(mtDNA)复制、转录和翻译,甚至参与线粒体核糖体亚基组装和蛋白质合成,影响线粒体代谢和细胞能量产生。先前研究表明,MTERF家族蛋白不仅参与了... 人线粒体转录终止因子(MTERFs)家族成员在调控线粒体功能中发挥重要作用,通过控制线粒体DNA(mtDNA)复制、转录和翻译,甚至参与线粒体核糖体亚基组装和蛋白质合成,影响线粒体代谢和细胞能量产生。先前研究表明,MTERF家族蛋白不仅参与了正常细胞的生理功能,还广泛参与人类恶性肿瘤的发生发展,与肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭等生物学行为有关,对肿瘤患者的预后评估和治疗具有重要意义。文章主要从MTERF家族各成员在肿瘤中的功能和作用机制方面进行综述。 展开更多
关键词 线粒体 线粒体转录终止因子 蛋白家族 恶性肿瘤 预后
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火龙果热激转录因子HSF基因家族鉴定及生物信息学分析
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作者 邓健炜 孙清明 +1 位作者 申迎宾 李俊成 《福建农业学报》 北大核心 2025年第3期280-290,共11页
【目的】探究火龙果(Selenicereus spp.)热激转录因子(heat shock transcription factors, HSF)基因家族的生物学特性,为探明火龙果抵抗高温胁迫反应机制提供依据。【方法】运用生物信息学手段,对火龙果HSF基因家族进行理化性质、Motif... 【目的】探究火龙果(Selenicereus spp.)热激转录因子(heat shock transcription factors, HSF)基因家族的生物学特性,为探明火龙果抵抗高温胁迫反应机制提供依据。【方法】运用生物信息学手段,对火龙果HSF基因家族进行理化性质、Motif分析、基因结构分析、基因结构域的预测、染色体定位、启动子分析和系统进化树分析等。并通过转录组数据和qPCR技术分析基因家族各成员在逆境胁迫的表达情况。【结果】从火龙果基因组中鉴定出13个HSF基因家族成员。理化性质分析结果表明,其编码的热转录因子均为不稳定蛋白;基因结构分析显示,火龙果HSF基因家族大部分成员仅含一个内含子;系统进化树分析结果表明,火龙果HSF基因家族根据亲缘关系分为4类,Motif分析结果也从侧面印证同一分支的基因具有相似或相同的保守基序;HSF基因家族成员随机分布在火龙果的6条染色体中;其启动子中包含激素响应、逆境胁迫、植物生长发育调控和光响应等多种元件;基因结构域预测分析发现,火龙果HSF基因家族成员均含有特定的HSF结构域。基因表达分析表明,火龙果HSF基因的表达具有较强的时间与空间特异性;其中仅5个成员在枝条表达且表达趋势不同,HU05G00210.1和HU05G01887.1的表达量在24 h和48 h均显著升高,HU02G02398.1和HU10G01257.1在经过48 h高温处理后表达量才显著升高,而HU04G00163.1表达量则没有显著变化,体现了HSF基因对热胁迫的响应。【结论】初步鉴定并验证了HSF基因家族成员参与了火龙果热胁迫反应过程,为进一步探究HSF基因家族成员在火龙果高温响应机制提供参考。 展开更多
关键词 火龙果 HSF基因家族 热激转录因子 生物信息学
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李PsNAC基因家族鉴定及其在空腔褐变果实中的表达模式分析
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作者 邓红红 彭超 +7 位作者 梁茜 张子扬 刘俊伟 李斌奇 魏鸣康 王雪颖 李刘敏 陈发兴 《果树学报》 北大核心 2025年第1期48-62,共15页
【目的】NAC转录因子广泛参与植物生长发育和应对逆境胁迫过程,被认为是植物次生细胞壁生物合成转录调控的一级开关。鉴定李PsNAC转录因子家族,探索其与皇冠李果实空腔褐变的关系。【方法】采用生物信息学方法,分析李PsNAC家族成员、理... 【目的】NAC转录因子广泛参与植物生长发育和应对逆境胁迫过程,被认为是植物次生细胞壁生物合成转录调控的一级开关。鉴定李PsNAC转录因子家族,探索其与皇冠李果实空腔褐变的关系。【方法】采用生物信息学方法,分析李PsNAC家族成员、理化性质、系统发育和基因结构等,并通过qRT-PCR技术,分析PsNACs在空腔褐变皇冠李果实中的表达模式。【结果】李PsNACs包含115个成员,不均匀地分布在8条染色体上,可分为17个亚族,与植物次生细胞壁合成相关的OsNAC003和OsNAC7亚族分别含6和10个PsNACs。PsNACs启动子区域含有丰富的激素响应元件和MYB结合位点。10个PsNACs在皇冠李空腔褐变果实中的表达量均高于非空腔褐变果实。【结论】本结果为研究PsNAC家族成员与皇冠李果实空腔褐变的具体关联性奠定了重要基础。 展开更多
关键词 皇冠李 NAC转录因子 基因家族 空腔褐变 基因表达量
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赤苍藤WRI1基因家族的全基因组鉴定及表达模式分析
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作者 黄诗宇 田姗姗 +2 位作者 杨天为 高曼熔 张尚文 《生物技术通报》 北大核心 2025年第8期242-254,共13页
【目的】鉴定赤苍藤WRI1转录因子,为进一步探究WRI1在油脂合成中的作用提供基础。【方法】基于赤苍藤全基因组数据利用生物信息学方法,鉴定赤苍藤中的WRI1转录因子,基于转录组数据分析WRI1在赤苍藤不同组织中的表达模式。【结果】在赤... 【目的】鉴定赤苍藤WRI1转录因子,为进一步探究WRI1在油脂合成中的作用提供基础。【方法】基于赤苍藤全基因组数据利用生物信息学方法,鉴定赤苍藤中的WRI1转录因子,基于转录组数据分析WRI1在赤苍藤不同组织中的表达模式。【结果】在赤苍藤鉴定出17个含有2个AP2保守结构域的WRI1蛋白(EsWRI1-1-EsWRI1-17),氨基酸数为359-776,平均分子量为56 kD,多为偏酸性不稳定亲水性蛋白。亚细胞定位显示其多位于细胞核,17个EsWRI1s成员不均匀分布在8条染色体上;蛋白序列系统发育分析结果将17个WRI1蛋白分为9个亚家族(Grooup1-Group9),其中Group3成员与拟南芥、大豆亲缘关系较近,EsWRI1-10与拟南芥亲缘关系最近。EsWRI1s基因家族启动子分析显示,含有较多的生物与非生物胁迫、植物激素响应及植物生长发育相关的基序,其中生长发育相关的元件最多。基因表达模式分析显示,EsWRI1-10、EsWRI1-14、EsWRI1-16基因在未成熟种仁中的表达量高于其他组织,其中EsWRI1-10基因在赤苍藤种仁形成中发挥主要作用;EsWRI1-11、EsWRI1-17、EsWRI1-7在赤苍藤的不同组织中均有较高表达。RT-qPCR验证与转录组数据一致。【结论】共鉴定出17个WRI1基因,编码蛋白均具有良好的热稳定性和亲水性且预测主要定位于细胞核;EsWRI1s基因家族与拟南芥、大豆、蒜头果WRI1都具有较高的同源性;特定基因在未成熟种仁特异性表达,暗示其对种仁生长发育有重要作用,可能在赤苍藤油脂合成中发挥着关键作用。 展开更多
关键词 赤苍藤 WRI1转录因子 基因家族 油脂 药食同源植物 油酸 表达模式分析
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25种不同植物RAV家族的鉴定与马铃薯RAV基因分析
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作者 李万 常紫锐 +3 位作者 卢瑶 沈日敏 赵永平 白小东 《作物学报》 北大核心 2025年第11期2944-2957,共14页
植物容易受到温度、高盐、干旱等各种环境因素的影响,导致发育不良、降低产量。RAV家族是植物特有的,与植物生长发育及生物和非生物胁迫抗性密切相关。本研究利用生物信息学方法和多个数据库,对从藻类到被子植物的25种植物的RAV蛋白(RA... 植物容易受到温度、高盐、干旱等各种环境因素的影响,导致发育不良、降低产量。RAV家族是植物特有的,与植物生长发育及生物和非生物胁迫抗性密切相关。本研究利用生物信息学方法和多个数据库,对从藻类到被子植物的25种植物的RAV蛋白(RAVs)进行了鉴定和分析。结果表明,裸子植物和被子植物中存在较多的RAVs,苔藓植物和石松植物中存在少量的RAVs,藻类植物中未发现RAVs。系统发育分析显示, RAVs被分为3个主要分支, Clade I包括从苔藓植物到被子植物的RAVs,但单子叶植物除外。Clade II只含双子叶植物的RAVs。Clade III由单子叶植物和地钱的RAVs组成。此外,通过对马铃薯RAVs的进一步分析表明, RAV家族成员数量虽然较少,但在马铃薯响应非生物胁迫过程中具有重要作用,也存在显著的功能分化。本研究结果详细鉴定和分析了25种植物中RAVs的性质和特征,为进一步研究RAVs的功能提供了参考。 展开更多
关键词 RAV家族 转录因子 生物信息学 马铃薯 非生物胁迫
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睡莲NAC转录因子的鉴定及其表达分析
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作者 钱政毅 吴绍芳 +4 位作者 曹舒怡 宋雅欣 潘鑫峰 李兆伟 范凯 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期234-247,共14页
【目的】从睡莲基因组中鉴定NAC成员,并对其进化历程以及在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析,为睡莲NAC家族的分子进化提供理论基础,同时为睡莲NAC成员调控花器官形态建成和响应逆境胁迫提供候选基因。【方法】利用全基因组方法... 【目的】从睡莲基因组中鉴定NAC成员,并对其进化历程以及在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析,为睡莲NAC家族的分子进化提供理论基础,同时为睡莲NAC成员调控花器官形态建成和响应逆境胁迫提供候选基因。【方法】利用全基因组方法分析睡莲NAC家族成员的保守基序、基因结构、系统进化、染色体定位、基因复制事件、启动子顺式调控元件,并使用转录组和RT-qPCR对睡莲NAC家族成员在不同组织和ABA胁迫下的表达模式进行分析。【结果】从睡莲基因组中筛选出64个NAC成员,可分为15个亚家族。NcNAC成员不均匀地分布在睡莲14条染色体上,大部分成员定位于1、2、9和11号染色体上。睡莲NAC家族的片段复制事件与睡莲NAC家族的扩增紧密联系。NcNAC11、NcNAC43、NcNAC36和NcNAC52在花器官间的表达量较高,推断这些基因可能参与睡莲花器官的形态建成。NcNAC成员启动子区含有大量与胁迫响应相关的顺式调控元件,其中启动子区含有ABA响应元件最多的NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43能够响应ABA胁迫,表明NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43可能与睡莲的抗逆胁迫有关。【结论】在睡莲中有64个NcNAC成员,可以将其分为15个亚家族,NcNAC11、NcNAC43、NcNAC36和NcNAC52在花器官中的表达量较高,NcNAC07、NcNAC08、NcNAC34和NcNAC43能够响应ABA胁迫。 展开更多
关键词 睡莲 NAC家族 转录因子 分子进化 表达分析
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RUNX3启动子区甲基化对脓毒症患者28天预后的预测价值
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作者 应流念 刘磊 +2 位作者 张颖 殷永强 钟毅 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第10期1924-1931,共8页
目的研究脓毒症患者中RUNX家族转录因子3(RUNX3)启动子甲基化状态及其mRNA表达,分析其与脓毒症的预后关系。方法从基因表达综合数据库(GEO)中多个数据集鉴定出脓毒症差异表达基因RUNX3,并验证基因表达和甲基化位点。纳入120例脓毒症患者... 目的研究脓毒症患者中RUNX家族转录因子3(RUNX3)启动子甲基化状态及其mRNA表达,分析其与脓毒症的预后关系。方法从基因表达综合数据库(GEO)中多个数据集鉴定出脓毒症差异表达基因RUNX3,并验证基因表达和甲基化位点。纳入120例脓毒症患者,入组时记录临床资料并收集血液样本。采用qPCR和甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测脓毒症患者血液中RUNX3相对表达量及启动子甲基化状态;采用Pearson相关系数对患者血液中RUNX3水平与临床指标进行相关性分析,Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Cox比例风险回归分析影响脓毒症患者预后的因素。结果从数据集分析得到RUNX3是脓毒症预后相关的差异甲基化基因。RUNX3 mRNA的表达水平在脓毒症死亡组较存活组低(P<0.05),死亡组RUNX3甲基化比例高于存活组(P<0.05);脓毒症组RUNX3 mRNA表达水平与白细胞介素(IL)-6、降钙素原(PCT)、C-反应蛋白(CRP)、急性生理学与慢性健康状况评分Ⅱ(APACHE Ⅱ)评分、序贯器官衰竭(SOFA)评分呈负相关;Kaplan-Meier法分析脓毒症甲基化组28 d存活率低于非甲基化组(P<0.05);Cox回归分析结果显示RUNX3启动子区甲基化是预测脓毒症患者28 d预后的独立危险因素。结论脓毒症患者中RUNX3 mRNA水平降低且启动子区甲基化程度较高,RUNX3启动子区甲基化是脓毒症患者28 d预后的独立危险因素,可作为脓毒症预后生物标志物。 展开更多
关键词 脓毒症 RUNX家族转录因子3 甲基化 炎症反应 生物标志物
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