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真核生物启动子TATA-box·GC-box和CAAT-box的分析 被引量:26
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作者 张小辉 祁艳霞 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第4期1380-1381,1395,共3页
下载了已经通过试验证实的2541条真核生物启动子序列,运用生物信息学方法分析了TAT—box、GC—box和CAAT—box的数量及其在启动子中的分布情况。结果表明,有23.85%真核生物启动子序列中至少有1个TAT—box,且TATA—box主要分布在转... 下载了已经通过试验证实的2541条真核生物启动子序列,运用生物信息学方法分析了TAT—box、GC—box和CAAT—box的数量及其在启动子中的分布情况。结果表明,有23.85%真核生物启动子序列中至少有1个TAT—box,且TATA—box主要分布在转录起始位点前24~36bp的区域内;有47.30%真核生物启动子序列中至少有1个GC—box,且GC—box在转录起始位点前23~128bp的区域内分布比较集中;有42.35%真核生物启动子序列中至少有1个CAAT—box,且CAAT—box在转录起始位点前51~159bp的区域内分布比较集中。这说明TAT-box在真核生物启动子中的位置比较固定,对基因转录的正确起始可能起着重要的作用;而GC—box和CAAT-box分布区域较广,数量也明显多于TAT—box。 展开更多
关键词 真核生物 启动子 TAT—box GC—box CAAT—box
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以帕金森症状起病的脊髓小脑共济失调17型1例报告 被引量:2
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作者 梁慧 胡诗俊 +2 位作者 刘涛 文国强 文刚 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期171-173,共3页
脊髓小脑共济失调17型(spinocerebellar ataxia 17)是一种少见的常染色体显性遗传性小脑共济失调,临床表现类似于亨廷顿病、肌张力障碍与帕金森病等多种疾病[1]。SCA17是由6号染色体上的TATA-box结合蛋白(TBP)基因编码区的CAG/CAA重复... 脊髓小脑共济失调17型(spinocerebellar ataxia 17)是一种少见的常染色体显性遗传性小脑共济失调,临床表现类似于亨廷顿病、肌张力障碍与帕金森病等多种疾病[1]。SCA17是由6号染色体上的TATA-box结合蛋白(TBP)基因编码区的CAG/CAA重复数扩增所致。 展开更多
关键词 脊髓小脑共济失调17型 tata-box结合蛋白 帕金森病 多系统萎缩
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小檗碱对大肠杆菌基因转录抑制作用的实验研究 被引量:5
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作者 李慧玉 王玉刚 +6 位作者 袁梽漪 雷帆 王欣佩 卢希 邢东明 李俊 杜力军 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 2017年第4期569-577,共9页
目的:对小劈碱(BBR)对大肠杆菌的抑制作用的分子靶点进行探讨。方法:鉴于BBR对DNA结合的偏好性,本文从基因转录表达水平对BBR的大肠杆菌生长抑制作用靶点进行实验研究。结果:BBR对于大肠杆菌基因上游调控元件UP element具有较强的亲和力... 目的:对小劈碱(BBR)对大肠杆菌的抑制作用的分子靶点进行探讨。方法:鉴于BBR对DNA结合的偏好性,本文从基因转录表达水平对BBR的大肠杆菌生长抑制作用靶点进行实验研究。结果:BBR对于大肠杆菌基因上游调控元件UP element具有较强的亲和力,而在此元件地转录起始区含有TATA碱基序列。进一步对启动子上游含有UP element调控元件的基因sulA、recA、16S和启动子上游不含UP element调控元件的基因lpxC、secG、mutT的mRNA表达比较表明,BBR抑制sulA、recA、16S的表达,对lpxC、secG、mutT无明显作用,提示TATA序列是BBR的作用靶点。结论:本结果对从基因转录水平探讨BBR抑菌作用提供了新思路。 展开更多
关键词 小檗碱 大肠杆菌 基因转录 TATA BOX
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基于统计组合与特征分类的基因预测算法 被引量:2
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作者 童庆 郑浩然 王煦法 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1184-1189,共6页
在研究了三种基因局部特征的基础上,针对现有的基因预测方法在预测5’端外显子方面的不足,构建了一种基于统计组合与特征分类的基因预测算法,即将基因区域数据根据局部特征分成两个相对独立的集合,采用统计组合的方法将多种基因预测方... 在研究了三种基因局部特征的基础上,针对现有的基因预测方法在预测5’端外显子方面的不足,构建了一种基于统计组合与特征分类的基因预测算法,即将基因区域数据根据局部特征分成两个相对独立的集合,采用统计组合的方法将多种基因预测方法综合在一起进行基因预测研究.实验结果表明,该算法提高了基因预测的精度,为基因预测提供了一种可能的研究方案. 展开更多
关键词 基因预测 DPE TATA框 CpG含量 统计组合
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新生儿高胆红素血症与易感基因-UGT1A1 TATA盒多态性相关性研究 被引量:5
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作者 王慧琴 李小燕 唐久来 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2012年第6期678-680,共3页
目的探讨高胆红素血症与易感基因-UGT1A1 TA-TA盒的多态性相关性,进一步明确新生儿高胆红素血症的发病机制。方法实验分为高胆红素血症组(A组)和健康新生儿对照组(B组)。分别抽取患儿及健康新生儿外周静脉血,提取两组基因组DNA,PCR扩增U... 目的探讨高胆红素血症与易感基因-UGT1A1 TA-TA盒的多态性相关性,进一步明确新生儿高胆红素血症的发病机制。方法实验分为高胆红素血症组(A组)和健康新生儿对照组(B组)。分别抽取患儿及健康新生儿外周静脉血,提取两组基因组DNA,PCR扩增UGT1A1基因。PCR产物纯化后直接测序找出相应的突变点。结果两组的孕龄、体质量、性别及喂养方式比较差异均无统计学意义。A、B两组基因型分布:A组基因型分布差异有统计学意义(P<0.01),A组38例杂合子A(TA)6TAA/A(TA)7TAA型基因突变占15.8%,B组占0%;A、B组均无纯合子A(TA)7TAA/A(TA)7TAA型基因突变;A组基因型突变率明显高于B组。结论易感基因-UGT1A1 TATA盒多态性与新生儿高胆红素血症具有明显的相关性。 展开更多
关键词 易感基因 尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶TATA盒多态性 新生儿高胆红素血症 突变
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美洲黑杨PdZFR基因的克隆和分析
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作者 王大海 苏晓华 +2 位作者 张冰玉 黄秦军 张香华 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2010年第5期637-643,共7页
根据美洲黑杨PdZFR部分cDNA序列,采用拟基因组文库步行法和RACE克隆了该基因全长cDNA及基因组DNA,并对该基因的启动子、转录起始位点、内含子分布、剪切方式、编码的氨基酸序列和该基因在染色体上的分布位置进行了分析。组织或器官特异... 根据美洲黑杨PdZFR部分cDNA序列,采用拟基因组文库步行法和RACE克隆了该基因全长cDNA及基因组DNA,并对该基因的启动子、转录起始位点、内含子分布、剪切方式、编码的氨基酸序列和该基因在染色体上的分布位置进行了分析。组织或器官特异表达分析表明:该基因与植物发育相关。 展开更多
关键词 PdZFR 美洲黑杨 RACE VGL-Walking TATABox CAATBox
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水稻TAF12b基因cDNA克隆及其分子特性鉴定 被引量:3
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作者 齐盼盼 郭留明 +3 位作者 李静 吕明芳 袁正杰 张恒木 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期577-586,共10页
【目的】明确水稻通用转录因子TFⅡD复合物组分中的OsTAF12b的选择性剪接形式并鉴定其亚细胞定位及其表达模式,为深入研究OsTAF12b功能提供基础性信息。【方法】利用5'-/3'-RACE技术扩增并克隆了OsTAF12b基因的全长cDNA;通过生... 【目的】明确水稻通用转录因子TFⅡD复合物组分中的OsTAF12b的选择性剪接形式并鉴定其亚细胞定位及其表达模式,为深入研究OsTAF12b功能提供基础性信息。【方法】利用5'-/3'-RACE技术扩增并克隆了OsTAF12b基因的全长cDNA;通过生物信息学进行了多重序列比对和进化树构建;利用激光共聚焦显微镜观察OsTAF12b的亚细胞定位;通过qRT-PCR技术分析了该基因在非生物逆境下的表达模式。【结果】发现OsTAF12b基因有4个选择性剪接转录本,其在编码区内仅存在一个赖氨酸的差异。OsTAF12b与其他禾本科植物成员高度同源且在进化树中聚在一个分支上。在本氏烟叶片细胞和水稻原生质体中融合GFP标签的OsTAF12b蛋白均与细胞核标记蛋白H2B共定位。OsTAF12b转录本在水稻叶片中的积累水平较高,而且在多种非生物逆境胁迫下显著上调表达。【结论】水稻OsTAF12b基因存在4种选择性剪接产物,可编码2个仅相差1个赖氨酸残基的细胞核蛋白。表达模式分析表明OsTAF12b可能参与水稻多种非生物逆境胁迫响应过程。 展开更多
关键词 TAF12b RACE 亚细胞定位 非生物胁迫 表达模式
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人结直肠癌中两种新分子生物标记物的筛选 被引量:3
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作者 许特 王筠 +7 位作者 赵宋礼 李延鹏 刘兴木 钟姗 彭红瑜 屈军乐 盛司潼 王晓梅 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第5期529-535,共7页
为挖掘结直肠癌早期病变的生物标记物,通过对高通量组织芯片上进行优化的多重免疫组织化学染色,观察比对了TATA序列结合蛋白相关因子1 (TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)和stomatin家族蛋白1 (stomatin-like p... 为挖掘结直肠癌早期病变的生物标记物,通过对高通量组织芯片上进行优化的多重免疫组织化学染色,观察比对了TATA序列结合蛋白相关因子1 (TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)和stomatin家族蛋白1 (stomatin-like protein 1,STOML1)在结直肠癌组织和相匹配的癌旁正常组织之间的表达差异,检测了其表达水平与癌组织的不同临床分期、病理分级和tumor-lymph node-metastasis(TNM)分期的关系.结果显示,相比癌旁正常组织,TAF1L蛋白质在癌组织中呈高表达,差异具有统计学显著性意义(P <0. 000 1),并可随原位病灶的恶化显现明显的表达改变; STOML1蛋白质的表达水平在癌组织中差异无明显统计学意义(P> 0. 05).结果显示,TAF1L蛋白质的异常高表达与结直肠癌的发生发展可能存在直接的关联,有可能成为结直肠癌早期诊断、精准治疗和预后判定的新分子标记物. 展开更多
关键词 结直肠癌 组织芯片 多重免疫组织化学染色 TATA序列结合蛋白相关因子1 stomatin家族蛋白1 生物标志物
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TATA box结合蛋白-DNA复合物的三维结构 被引量:1
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作者 黄雯 王春新 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1996年第1期16-18,共3页
TATAbox结合蛋白质(TBP)是RNA聚合酶Ⅱ转录因子TFⅡD的组成成分,它可与DNA序列上游区的TATAbox元件特异地结合.对TBP及TATAbox-TBP复合物的三维结构进行扼要的介绍,探讨其在起始转录过程... TATAbox结合蛋白质(TBP)是RNA聚合酶Ⅱ转录因子TFⅡD的组成成分,它可与DNA序列上游区的TATAbox元件特异地结合.对TBP及TATAbox-TBP复合物的三维结构进行扼要的介绍,探讨其在起始转录过程中所起的作用. 展开更多
关键词 TATA BOX 结合蛋白 DNA 三维结构
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消化系统多种癌变组织中3种蛋白质的表达谱 被引量:1
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作者 王玳玮 王筠 +6 位作者 赵宋礼 曾健 胡铭慧 许特 江波涛 董蕾 盛司潼 《深圳大学学报(理工版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期253-261,共9页
在口腔、食管和结直肠癌病灶中,TATA序列结合蛋白相关因子1(TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)、stomatin家族蛋白1(stomatin-like protein 1,STOML1)和stomatin家族蛋白2(stomatin-like protein 2,STOML2)存... 在口腔、食管和结直肠癌病灶中,TATA序列结合蛋白相关因子1(TATA-box binding protein associated factor 1 like,TAF1L)、stomatin家族蛋白1(stomatin-like protein 1,STOML1)和stomatin家族蛋白2(stomatin-like protein 2,STOML2)存在异常表达.为探究它们在消化系统癌变过程中的作用机理,利用6种消化道肿瘤(食道、胃、结肠、直肠、肝脏和胰腺)及癌旁组织的微陈列芯片,通过多重免疫组织化学染色,比对分析TAF1L、STOML1和STOML2这3种蛋白质在癌与癌旁组织的差异表达及与癌变的关联.结果发现,STOML2在食道、胃、结肠、直肠、肝脏和胰腺这6种消化系统癌组织中均呈显著性高表达(P<0.001),而同一家族成员STOML1则仅在食管癌和肝癌组织中表达明显增高(P<0.005).另外,除胰腺癌灶外,TAF1L在其余5种消化系统癌组织中也呈现高表达(P<0.005).同时,TAF1L、STOML1和STOML2这3种蛋白质均与上皮间充质转化的关键蛋白质MMP9有共定位现象.由此表明,3种蛋白质TAF1L、STOML1和STOML2在多种癌组织中可能具有广泛的促癌作用.由于3种蛋白质在多种癌组织的表达水平不同,说明它们各自存在着组织特异性,且具有不同的功能使命,需进一步研究TAF1L、STOML1和STOML2这3种蛋白质在消化系统恶性肿瘤发生发展过程中各自的分子病理学潜能,如能将它们打造成用于精准诊疗和预后判断的新型分子标志物,此研究结果将有重要的临床意义. 展开更多
关键词 分子诊断 消化道肿瘤 蛋白质表达谱 恶性肿瘤 多重免疫组织化学染色 stomatin家族蛋白1 stomatin家族蛋白2 TATA序列结合蛋白相关因子1
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β地中海贫血的产前诊断和一种新的TATA盒突变 被引量:1
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作者 张基增 蔡仕萍 +3 位作者 黄道华 王仲祥 廖丰平 简悦威 《第一军医大学学报》 CSCD 1989年第3期179-184,共6页
应用聚合酶链式反应体外DNA放大和同位素或非同位素标记的探针在我国南方进行了β地中海贫血的产前诊断。对29例高风险胎儿的产前诊断显示,7例为β地中海贫血的纯合子。对206条染色体的基因分析表明,占总数95%以上的4种突变是:β41-42(... 应用聚合酶链式反应体外DNA放大和同位素或非同位素标记的探针在我国南方进行了β地中海贫血的产前诊断。对29例高风险胎儿的产前诊断显示,7例为β地中海贫血的纯合子。对206条染色体的基因分析表明,占总数95%以上的4种突变是:β41-42(-4bp),IVS-2-654(C→T),β17(A→T)和β-28(A→G).在产前诊断过程中,我们应用PCR后直接DNA测序技术发现一种以前未描述过的突变:β-30(T→C). 展开更多
关键词 地中海贫地 产前诊断 TATA盒突变
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