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坝上长尾鸡的SNP和InDel突变位点挖掘与分析
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作者 张夕霏 葛华梁 +6 位作者 任敏鹏 赵然 钱治民 王彩彤 张传生 耿立英 李祥龙 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第4期26-33,共8页
利用坝上长尾鸡全基因组重测序数据进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion/deletion,InDel)位点的鉴定和分析,旨在丰富坝上长尾鸡的SNP和InDel信息。使用GATK软件识别坝上长尾鸡的SNP和InDel位点... 利用坝上长尾鸡全基因组重测序数据进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion/deletion,InDel)位点的鉴定和分析,旨在丰富坝上长尾鸡的SNP和InDel信息。使用GATK软件识别坝上长尾鸡的SNP和InDel位点;采用ANNOVAR软件预测变异位点发生的基因组区域及变异产生的影响;通过相关生物信息学软件分别将SNP和InDel位点所在基因比对GO和KEGG数据库,获得相应的功能和通路注释。结果共检测到36055个非同义突变,其所在基因可注释到代谢进程、细胞组分和催化活性等126个GO条目以及细胞结构、DNA修复与复制方面、信号传导通路等54条KEGG通路。在编码区(CDS)共鉴定到6769个InDel位点,其所在基因可注释到102个GO条目以及脂肪细胞因子信号通路、磷脂酰肌醇信号系统、p53信号通路等30个KEGG通路。研究表明,坝上长尾鸡中存在大量的SNP和InDel位点,SNP位点突变类型主要为转换;SNP和InDel位点的基因组功能原件分布规律和突变类型具有明显差异;SNP和InDel位点所在基因与坝上长尾鸡的繁殖及羽色形成具有潜在关系。 展开更多
关键词 坝上长尾鸡 全基因组重测序 单核苷酸多态性 插入与缺失 信号通路
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番茄果重基因功能型分子标记的开发及群体基因型分析
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作者 侯亚涛 李迎辉 +3 位作者 邓磊 李常保 李传友 孙传龙 《生物技术通报》 北大核心 2025年第4期98-105,共8页
【目的】开发并利用分子标记技术进行群体基因型分析,解析番茄(Solanum lycopersicum)果重调控关键基因Fruit weight 3.2(Fw3.2)和Fruit weight 11.3(Fw11.3)在不同驯化阶段的遗传变异规律,为番茄遗传资源的精准鉴定、高效利用和野生种... 【目的】开发并利用分子标记技术进行群体基因型分析,解析番茄(Solanum lycopersicum)果重调控关键基因Fruit weight 3.2(Fw3.2)和Fruit weight 11.3(Fw11.3)在不同驯化阶段的遗传变异规律,为番茄遗传资源的精准鉴定、高效利用和野生种质快速驯化提供有效工具。【方法】基于基因组序列比对,针对Fw3.2基因的拷贝数变异以及Fw11.3基因3′端1.4 kb的大片段插入缺失变异,分别设计了片段长度多态性分子标记。并利用上述分子标记对259份番茄材料[79份野生种醋栗番茄(S.pimpinellifolium,PIM),95份过渡种樱桃番茄(S.lycopersicum var.cerasiforme,CER),以及85份栽培种大果番茄(big-fruited S.lycopersicum,BIG)]进行基因型分析,以确定Fw3.2和Fw11.3的变异形式及其在不同番茄群体中的分布。【结果】开发的分子标记能够精准区分Fw3.2基因的拷贝数变异(fw3.2^(WT)和fw3.2^(dup))以及Fw11.3基因的大片段插入缺失变异(fw11.3-WT和fw11.3-D)。在起源种醋栗番茄群体中,大果等位基因型fw3.2^(dup)和fw11.3-WT的频率分别为0%和2.53%;在过渡种樱桃番茄群体中,这2个等位基因型的比例分别上升至10.53%和8.42%;而在栽培种大果番茄群体中,fw3.2^(dup)和fw11.3-WT的比例分别达到了69.41%和92.94%。【结论】fw3.2^(dup)和fw11.3-D等位基因可以显著提高番茄果重,且二者能够以协同增效的方式发挥作用,从而更大幅度地提高番茄果重。在番茄驯化和改良的过程中,fw3.2^(dup)和fw11.3-D大果等位基因的频率呈现出递增的趋势,表现出与果重增大的演化模式相一致的特点。 展开更多
关键词 番茄 果重 分子标记 Fw3.2 Fw11.3 拷贝数变异 插入缺失变异 驯化
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基于重测序的23份香菇种质资源全基因组序列分析 被引量:3
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作者 宋琳琳 陈红芝 +3 位作者 毋柳柳 李畅 孟丽 孔维丽 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第3期28-34,共7页
为了对河南香菇主产区的主栽品种进行鉴定,并分析其遗传多样性,将河南主栽的23份香菇种质资源进行重测序,对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和小片段插入缺失(insertion-deletion,InDel)等数据进行统计和分析,并基... 为了对河南香菇主产区的主栽品种进行鉴定,并分析其遗传多样性,将河南主栽的23份香菇种质资源进行重测序,对单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和小片段插入缺失(insertion-deletion,InDel)等数据进行统计和分析,并基于SNP变异对23份香菇资源进行遗传结构分析、进化树构建和主成分分析。结果表明,在23份香菇样本中,比对到参考基因组上的reads数目占总数的比例范围为72.53%~90.60%,样品平均测序深度范围为12.83~19.99,覆盖率范围为91.89%~99.32%。SNP位点共计14115075个,InDel共计1909516个。23份香菇样本的群体遗传结构及系统发育分析表明其包含3个谱系,遗传距离0.05490~0.65689,推测它们至少有3个祖先遗传成分。结合主成分分析法明确各菌种间的亲缘关系远近,证明了菌种分支具有明显的地域性。综合分析表明,以基因序列相似度、遗传距离差异及亲缘关系远近为主要依据特点,有助于对香菇地方品种命名和其特征特性关系的认识,促进优异种质资源的交流与利用。 展开更多
关键词 香菇 重测序 单核苷酸多态性 插入缺失变异 群体遗传结构
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一株具有插入和缺失突变特征鸭腺病毒B2毒株的分离鉴定 被引量:1
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作者 郭博伦 李雅汝 +5 位作者 郑欣 江丹丹 曾丽 陈少莺 马燕梅 陈仕龙 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期125-130,共6页
【目的】对一份疑似鸭腺病毒B2(Duck adenovirus B2,DAdV B2)感染的番鸭白肝病的病例进行确诊,并对分离株进行测序,为福建省DAdV B2流行病学研究提供参考。【方法】开展病料PCR检测,并进行病毒的分离鉴定、全基因二代测序,利用MegAlign... 【目的】对一份疑似鸭腺病毒B2(Duck adenovirus B2,DAdV B2)感染的番鸭白肝病的病例进行确诊,并对分离株进行测序,为福建省DAdV B2流行病学研究提供参考。【方法】开展病料PCR检测,并进行病毒的分离鉴定、全基因二代测序,利用MegAlign和SnapGene软件对测序结果进行同源性及遗传进化分析,再进行动物回归试验,确定对雏番鸭的致病性。【结果】病料样本检测为DAdV B2阳性,并成功分离到一株DAdV B2毒株,命名为DAdV B2/BG48。该分离株感染鸡肝癌细胞(LMH)后细胞变大变圆、最后死亡崩解,形成特征性细胞病变;感染MDEF后细胞由长梭形变为圆形并聚集,细胞间出现空隙。测序结果表明,BG48基因组在pX基因区域中有3 bp的插入,在ORF19B基因区域有33 bp的插入,在ORF64和ORF67基因区域的交界处有42 bp的缺失,ORF67基因起始密码子往后第133位碱基为G,没有突变为终止密码子,其他编码基因与CH-GD-12-2014、实验室之前鉴定的BG27和BG18无特征性差异。动物回归试验显示,2日龄的番鸭对DAdV B2分离株BG48易感,致病率为50%,死亡率为0,发病鸭可见与自然感染病鸭相似的临床症状和病理变化。【结论】成功从番鸭白肝病病例中分离鉴定1株DAdV B2突变株BG48,BG48具有多位点插入和缺失特征,提示DAdV B2毒株容易突变,临床流行毒株复杂。本结果为DAdV B2的分子流行病学调查和遗传进化研究提供了参考。 展开更多
关键词 番鸭白肝病 鸭腺病毒B2 分离鉴定 插入和缺失 ORF67
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槐山羊PFOXic基因多态性与间性性状关联分析
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作者 哈斯通拉嘎 宋小雨 +7 位作者 姚志云 蒯子茹 李君 魏红芳 王拥庆 尹慧茹 权凯 韩浩园 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第5期63-70,共8页
间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺... 间性是一种多发于山羊群体的先天性繁殖障碍疾病。为了解槐山羊间性性状发生机制,叉头转录因子2(FOXL2)启动子反向互补(PFOXic)基因的遗传多态性及其与间性性状的关系,本试验进行了间性槐山羊Y染色体易位分析、无角间性综合征(PIS)区缺失检测、PFOXic基因单核苷酸多态性(SNP)分析和PFOXic基因型与间性性状的关联分析。结果显示,间性槐山羊染色体构成不含Y染色体,且PIS区均纯合缺失;在PFOXic基因中共检测到4个SNP:g.129749119 T>C、g.129749087 C>T、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C,其中g.129749087 C>T为错义突变。SNP突变位点分析结果显示,g.129749119 T>C、g.129748782 T>C和g.129747880 T>C突变为中度多态,g.129749087 C>T突变为低度多态,4个SNP均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。SNP和基因型与间性性状关联分析结果显示,g.129749119 T>C突变位点与槐山羊间性性状之间存在显著相关性(P=0.023),CC基因型与CT和TT基因型间均差异显著(P<0.05);单倍型与间性性状关联分析结果显示,CCCC单倍型与CTTT单倍型间差异显著(P<0.05),CCCC单倍型与TCCT和TCCC单倍型间均差异极显著(P<0.01)。结果表明,间性槐山羊PIS区缺失,且PFOXic基因g.129749119 T>C突变与间性性状相关,本试验结果为进一步研究山羊间性性状发生机制和PFOXic基因功能提供参考依据。 展开更多
关键词 槐山羊 间性 PIS区缺失 PFOXic基因 遗传多态性 关联分析
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InDel和SNP标记在水稻图位克隆中的应用 被引量:42
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作者 潘存红 王子斌 +5 位作者 马玉银 殷跃军 张亚芳 左示敏 陈宗祥 潘学彪 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期447-453,共7页
在水稻功能基因的图位克隆中,常需要高密度的分子标记,而目前公布的各种标记的密度还远未达到令人满意的程度。InDel和SNP标记是新型的分子标记类型,基本可以满足精细定位目的基因的需要。InDel和SNP标记可以较容易地通过生物信息学的... 在水稻功能基因的图位克隆中,常需要高密度的分子标记,而目前公布的各种标记的密度还远未达到令人满意的程度。InDel和SNP标记是新型的分子标记类型,基本可以满足精细定位目的基因的需要。InDel和SNP标记可以较容易地通过生物信息学的方法获得,而且经济实用、特异性高、稳定性好。介绍了设计InDel和SNP标记的方法,并以一个水稻卷叶基因的研究为实例,介绍了在基因精细定位研究中利用这两种标记的方法和提高标记设计成功率的注意点。 展开更多
关键词 插入缺失长度多态性 单核苷酸多态性 分子标记 生物信息学 图位克隆 水稻 卷叶基因
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血管紧张素转换酶基因缺失多态性与汉族原发性高血压的相关性 被引量:8
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作者 邱长春 刘怡雯 +6 位作者 胡爱华 郭宗林 朱席琳 周文郁 宋长兴 王志成 胡秀玲 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第2期133-137,共5页
目的了解血管紧张素转换酶(ACE)基因多态性与汉族原发性高血压的易惑相关性。方法应用聚合酶链反应(PCR)鉴定高血压患者与正常血压对照者ACE基因第16内含子插入/缺失多态性。结果原发性高血压患者中ACE基因缺失纯合基因型(D/D)和缺失(D... 目的了解血管紧张素转换酶(ACE)基因多态性与汉族原发性高血压的易惑相关性。方法应用聚合酶链反应(PCR)鉴定高血压患者与正常血压对照者ACE基因第16内含子插入/缺失多态性。结果原发性高血压患者中ACE基因缺失纯合基因型(D/D)和缺失(D)等位基因频率均明显高于正常血压对照者(51.9%vs15.7%,0.69 vs 0.31,P<0.05)。结论 ACE基因缺失纯合型可能是汉族原发性高血压遗传易感性的基因标志。 展开更多
关键词 血管紧张素 转换酶 多态性 原发性 高血压
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新疆维吾尔族群体30个常染色体InDel位点的遗传多态性研究 被引量:8
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作者 百茹峰 贾振军 +3 位作者 姜立喆 吕小娇 袁丽 石美森 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期808-814,共7页
目的调查InvestigatorDIPplex试剂盒中所包含的30个插入/缺失多态性(InDel)位点在新疆维吾尔族人群中的群体遗传学数据,探讨其法医学应用价值。方法应用InvestigatorDIPplex试剂盒对新疆223名维吾尔族无关个体外周血样进行30个InDe... 目的调查InvestigatorDIPplex试剂盒中所包含的30个插入/缺失多态性(InDel)位点在新疆维吾尔族人群中的群体遗传学数据,探讨其法医学应用价值。方法应用InvestigatorDIPplex试剂盒对新疆223名维吾尔族无关个体外周血样进行30个InDel分型检测,统计分析各位点的频率数据、群体遗传学参数,并与其他地区人群已有数据进行比较。结果经Bonferroni校正,30个InDel位点不存在连锁不平衡现象;基因型分布在新疆维吾尔族群体中符合Hardy-Weinberg平衡;各位点平均杂合度(Ho)为0.4686,平均个体识别率(DP)为0.6095,累积个体识别率(TDP)为0.999 999 999 995。30个Indel位点的三联体累积非父排除率(CPEtrio)为0.995 478,二联体累积非父排除率(CPEduo)为0.972 007。维吾尔族群体与哈萨克族的遗传关系较近,与非裔美国人的遗传关系较远。结论 InvestigatorDIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在新疆维吾尔族群体中具有较好的遗传多态性,可作为个体识别等特殊检案有效的补充体系。 展开更多
关键词 插入/缺失多态性 遗传学 群体 维吾尔族
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中国6个群体线粒体DNA RegionⅤ的缺失多态性 被引量:10
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作者 孙宏钰 黄艳梅 +3 位作者 伍新尧 陆惠玲 蔡贵庆 陈丽娴 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期308-310,314,共4页
【目的】研究中国广东地区汉族、华东地区汉族、内蒙古汉族、云南白族、内蒙古蒙古族、新疆维吾尔族等6个群体在线粒体DNARegionⅤ的多态性。【方法】PCR扩增后采用变性高效液相色谱技术分离片段,检测线粒体DNARegionⅤ9bp缺失的频率。... 【目的】研究中国广东地区汉族、华东地区汉族、内蒙古汉族、云南白族、内蒙古蒙古族、新疆维吾尔族等6个群体在线粒体DNARegionⅤ的多态性。【方法】PCR扩增后采用变性高效液相色谱技术分离片段,检测线粒体DNARegionⅤ9bp缺失的频率。【结果】在中国6个群体中发现标准型、缺失型和3型3种多态类型,9bp缺失频率在6个群体分别为21.4,18.0,14.0,16.9,7.0,10.4。【结论】中国6个群体在线粒体DNARegionⅤ均存在9bp缺失的多态性,6个群体间的缺失频率存在差异。 展开更多
关键词 中国 线粒体DNA REGION V 遗传多态性 基因缺失 PCR扩增
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突变在基因组进化中的意义 被引量:17
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作者 陈玲玲 彭贵子 +1 位作者 张伟丽 田大成 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期631-638,共8页
在漫长的进化历史中,各物种间和物种内基因组的差异是如何形成、积累乃至保留下来的,不仅是进化生物学中需要解决的核心问题,也是整个生命科学面临的基本问题之一。对该问题的探求必然要通过对突变的深入了解,因为突变不仅是基因组进化... 在漫长的进化历史中,各物种间和物种内基因组的差异是如何形成、积累乃至保留下来的,不仅是进化生物学中需要解决的核心问题,也是整个生命科学面临的基本问题之一。对该问题的探求必然要通过对突变的深入了解,因为突变不仅是基因组进化的重要驱动力,还是基因组进化研究的基础。文章围绕突变的性质及其在基因组进化中的深远意义,系统介绍了国际上相关研究的发展历程,所获得的成果和最新动向。 展开更多
关键词 碱基突变 插入/缺失突变 基因组 进化
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单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用 被引量:7
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作者 韩俊萍 赵蕾 +7 位作者 王庆国 江丽 谢何鑫 庄斌 赵丽健 李唐松 吴瑾 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第9期968-981,共14页
本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以... 本文基于插入-缺失多态性(insertion-deletion polymorphism,InDel)遗传标记,从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点,同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR(DYS439)位点,以辅助未知样本的性别鉴定,采用PCR-CE技术构建了可以区分三大洲际人群的单管直接扩增复合检测体系,该体系可与微流控芯片系统相结合,1.7 h内完成DNA样本自动化扩增和电泳分型,利用公共数据库1000Genomes中16个人群1 607名个体的分型数据对筛选的38个InDel位点进行初步评估;同时对构建的38-plex InDels体系的灵敏度、准确性、直接扩增能力进行验证评估;检测5种不同人群的779份样本和215份唾液卡、血卡的直接扩增样本,采用聚类分析和主成分分析方法,评价体系的推断准确性.结果表明该38-plex InDels复合检测体系分型准确,灵敏度达157 pg,能够对唾液卡和血卡直接扩增,可以区分三大洲际人群及其混合人群,能够准确推断待测样本的族群来源、估算祖先成分,且通过集成细胞裂解步骤将有望2h实现"样本进-结果出"式快速自动化InDel分型. 展开更多
关键词 法医物证学 插入-缺失多态性 祖先信息位点 微流控芯片
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茄科植物叶绿体基因组插入、缺失和核苷酸替代的发生方式及影响 被引量:15
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作者 唐萍 王强 陈建群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1506-1512,共7页
核苷酸替代和indels(插入、缺失统称)发生是进化的重要动力。以茄科植物为研究对象,探讨茄属中番茄和马铃薯、烟草属中绒毛状烟草和普通烟草分化时叶绿体基因组indels和核苷酸替代的发生方式,以及这两种突变对基因组造成的影响。结果显... 核苷酸替代和indels(插入、缺失统称)发生是进化的重要动力。以茄科植物为研究对象,探讨茄属中番茄和马铃薯、烟草属中绒毛状烟草和普通烟草分化时叶绿体基因组indels和核苷酸替代的发生方式,以及这两种突变对基因组造成的影响。结果显示:indels和核苷酸替代的发生都不是随意的。indels发生在A+T丰富的区域,1 bp indels占据总数的30%以上,大部分indels都为低于10bp的较短片段。核苷酸替代表现出Ts(转换)/Tv(颠换)偏差,但T→G,A→C颠换频率却明显增加。Ts/Tv比值出现种属特异性,番茄和马铃薯比较时替代的Ts/Tv比值低于绒毛状烟草和普通烟草比较时Ts/Tv比值。不同物种替代的(A+T)/(G+C)比值有一定差异,从而影响基因组的(G+C)%,此比值的差异与形成物种的生长习性有一定的关系。 展开更多
关键词 茄科植物 叶绿体 插入 缺失 核苷酸替代
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云南傣族、汉族HLA-G基因14bp插入/缺失多态性研究 被引量:8
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作者 陈金宝 史磊 +8 位作者 姚宇峰 史荔 于亮 林克勤 陶玉芬 易文 黄小琴 孙浩 褚嘉祐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期577-582,共6页
14bp插入/缺失多态性是指存在于HLA-G基因第8外显子3′非翻译区(3′UTR)的一个插入/缺失多态,因其能影响HLA-GmRNA的稳定性,并进一步影响HLA-G蛋白的翻译而受到广泛关注。文章采用PCR和电泳技术对云南傣族和汉族两个人群进行了HLA-G基因... 14bp插入/缺失多态性是指存在于HLA-G基因第8外显子3′非翻译区(3′UTR)的一个插入/缺失多态,因其能影响HLA-GmRNA的稳定性,并进一步影响HLA-G蛋白的翻译而受到广泛关注。文章采用PCR和电泳技术对云南傣族和汉族两个人群进行了HLA-G基因14bp插入/缺失多态性的检测分析,结果显示傣族和汉族人群+14bp等位基因频率分别为31.97%和40.87%,+14bp/+14bp基因型频率分别为8.20%和17.31%,+14bp/-14bp基因型频率分别为47.54%和47.11%。与国内外已报道的其他人群的数据比较表明:云南汉族群体中HLA-G基因14bp插入/缺失的分布与其他群体相似;傣族则有自己独特的基因型和等位基因分布特点,推测其可能受到了遗传漂变的作用,但不排除自然选择作用的影响。 展开更多
关键词 HLA-G基因 14bp插入/缺失多态性 随机遗传漂变 自然选择
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北京汉族群体30个常染色体InDel位点群体遗传学及法医学研究 被引量:8
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作者 百茹峰 姜立喆 +1 位作者 张中 石美森 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1368-1376,共9页
为了调查30个InDel位点在中国北京汉族人群中的群体遗传学数据,并评估其法医学应用价值,文章采集210名北京汉族无关健康个体外周血样,提取样本DNA,采用Investigator DIPplex体系对HLD77等30个InDel位点进行复合扩增,ABl3130XL遗传... 为了调查30个InDel位点在中国北京汉族人群中的群体遗传学数据,并评估其法医学应用价值,文章采集210名北京汉族无关健康个体外周血样,提取样本DNA,采用Investigator DIPplex体系对HLD77等30个InDel位点进行复合扩增,ABl3130XL遗传分析仪进行基因分型,计算常用法医学参数,分析群体遗传差异。经Bonferroni校正,30个InDel位点不存在连锁不平衡现象,基因型分布符合Hardy—Weinberg平衡;各位点DP值为0.2690-0.6330,累积个体识别力(TDP)为0.999999999985;三联体累积非父排除率(CPEtrio)为0.98771049,二联体累积非父排除率(CPEduo)0.94579456。32例STR基因座发生突变的家系样本调查证实上述InDel位点未发现突变。结果表明,Investigator DIPplex试剂盒中包含的30个InDel位点在北京汉族群体中具有较好的遗传多态性,在STR存在突变及微量DNA检材等特殊检案中可作为有效的补充检测体系。 展开更多
关键词 插入缺失多态性 INVESTIGATOR DIPplex 基因多态性 法医学
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中国4个民族群体HLA-G基因14bp插入/缺失多态的分布特征及其HLA-A位点的相关性 被引量:4
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作者 张华 陶玉芬 +6 位作者 史磊 姚宇峰 向昊 林克勤 黄小琴 褚嘉祐 史荔 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期161-167,共7页
近年来,位于HLA-G基因第8外显子3′UTR的一个14 bp插入/缺失多态位点与复发性流产、自身免疫性疾病和肝癌等疾病相关而引起广泛关注。本实验室前期的研究表明,不同群体的HLA-G基因14 bp插入/缺失频率具有群体语系分布特点。文章对土族... 近年来,位于HLA-G基因第8外显子3′UTR的一个14 bp插入/缺失多态位点与复发性流产、自身免疫性疾病和肝癌等疾病相关而引起广泛关注。本实验室前期的研究表明,不同群体的HLA-G基因14 bp插入/缺失频率具有群体语系分布特点。文章对土族、裕固族、傈僳族和怒族进行HLA-G基因14 bp插入/缺失的基因分型,结合HLA-A基因分型数据,分析土族、裕固族、傈僳族和怒族4个民族群体中14 bp插入/缺失与HLA-A等位基因的关系。研究结果显示:(1)尽管HLA-G基因14 bp插入频率在不同群体中的分布具有各自群体的特点,但遵循着按语系及语族分布的规律,除汉藏语系汉语族与阿尔泰语系蒙古语族无差异外,语族间差异明显;(2)不同群体中,14 bp插入与不同的HLA-A等位基因相关联。 展开更多
关键词 HLA-G基因 14bp插入 缺失多态 少数民族群体 语系 HLA-A基因
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k-匿名数据集的增量更新算法 被引量:5
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作者 宋金玲 赵威 +3 位作者 刘欣 黄立明 李金才 刘国华 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2010年第4期146-150,170,共6页
发布k-匿名数据集可以起到有效保护隐私的目的,但如何保持k-匿名数据集与原始数据集的同步更新是一个亟待解决的问题。为了解决这个问题,在详细分析k-匿名数据集更新情况的基础上,给出了k-匿名数据集的增量更新算法:针对具体的更新操作... 发布k-匿名数据集可以起到有效保护隐私的目的,但如何保持k-匿名数据集与原始数据集的同步更新是一个亟待解决的问题。为了解决这个问题,在详细分析k-匿名数据集更新情况的基础上,给出了k-匿名数据集的增量更新算法:针对具体的更新操作,首先根据语义贴近度及元组映射等方法对更新元组在k-匿名数据集中进行定位,再对更新元组进行相应的更新操作。所提算法不仅保证了数据集的k-匿名约束性质,而且保证了k-匿名数据集与原始数据集的实时一致性。 展开更多
关键词 K-匿名 增量更新 插入 删除 修改
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血管紧张素转换酶基因插入/缺失多态性与盐敏感性高血压病发生的关系 被引量:7
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作者 周宪梁 胡爱华 +2 位作者 刘治全 刘力生 惠汝太 《中国循环杂志》 CSCD 北大核心 1998年第4期210-212,共3页
目的:研究血管紧张素转换酶(ACE)基因插入/缺失多态性与盐敏感性高血压病发生的关系。方法:用ACE基因第16内含子多态性两侧的序列设计引物,用多聚酶链反应来检测80例高血压病患者(其中盐敏感性高血压病患者50例,盐... 目的:研究血管紧张素转换酶(ACE)基因插入/缺失多态性与盐敏感性高血压病发生的关系。方法:用ACE基因第16内含子多态性两侧的序列设计引物,用多聚酶链反应来检测80例高血压病患者(其中盐敏感性高血压病患者50例,盐不敏感性高血压病患者30例)和90例正常人ACE基因插入/缺失多态性。结果:D及I型等位基因频率在高血压病患者与正常对照组之间无差异,D及I型等位基因频率在盐敏感性高血压病患者与盐不敏感性高血压病患者之间也无差异。结论:ACE基因插入/缺失多态性与中国人高血压病以及与盐敏感性之间无相关关系。 展开更多
关键词 高血压 ACE基因插入 缺失多态性
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二维Delaunay三角网局部更新:点插入与点删除 被引量:26
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作者 贾晓林 吴立新 王彦兵 《地理与地理信息科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2004年第5期28-31,共4页
二维Delaunay三角网的局部更新在地学分析、道路CAD、城市规划等领域有着广泛的用途 ,点插入和点删除则是其中最重要、最基本的操作。该文针对原有逐点插入法和凸耳权值点删除算法存在的不足 ,利用动态包围三角形和特征三角形分别对其... 二维Delaunay三角网的局部更新在地学分析、道路CAD、城市规划等领域有着广泛的用途 ,点插入和点删除则是其中最重要、最基本的操作。该文针对原有逐点插入法和凸耳权值点删除算法存在的不足 ,利用动态包围三角形和特征三角形分别对其进行改进 ,在设计的具有拓扑关系Delaunay的三角网数据结构基础上 ,实现Delaunay三角网的快速局部更新 ,且使之满足Delaunay特性。 展开更多
关键词 不规则三角网 局部更新 点插入 点删除 拓扑关系
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广东汉族人群TLR2基因的多态性研究 被引量:5
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作者 伍模鑫 肖文娟 刘泽寰 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期2373-2377,共5页
目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随... 目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。 展开更多
关键词 受体 Toll样 单核苷酸多态性 插入/缺失多态性 广东人群
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ACE基因插入/缺失多态性与妊娠期高血压疾病发病关系的Meta分析 被引量:4
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作者 张夏兰 陈乐林 +3 位作者 王亚华 刘钰 张忠珏 甘晓文 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期616-618,共3页
目的:探讨不同人群中血管紧张素I转换酶(ACE)基因插入(I)/缺失(D)多态性与妊娠期高血压疾病发病的关系。方法:检索Pub Med、Cochrane、清华同方、重庆维普,时间从该数据库建立至2016年10月1日。全面收集有关妊娠期高血压疾病发病与ACE ... 目的:探讨不同人群中血管紧张素I转换酶(ACE)基因插入(I)/缺失(D)多态性与妊娠期高血压疾病发病的关系。方法:检索Pub Med、Cochrane、清华同方、重庆维普,时间从该数据库建立至2016年10月1日。全面收集有关妊娠期高血压疾病发病与ACE I/D基因多态性相关的研究文献,制定文献纳入及排除标准。应用Revman 5.1软件进行Meta分析,计数资料采用优势比(OR)及其95%CI表示。结果:纳入63篇符合条件的研究文献,其中42篇是对亚洲人群的研究,20篇是对欧洲人群的研究,1篇是非洲人群的研究,共纳入妊娠期高血压疾病患者12030例(病例组),健康正常人群14090例(对照组)。Meta分析结果显示,在总体人群、亚洲人群和欧洲人群中,D等位基因、DD基因型以及II基因型在病例组和对照组分布的差异性,D等位基因OR分别为1.42、1.47、1.34,P<0.00001、P=0.0004、P<0.0001;DD基因型OR分别为1.62、1.67、1.56,P<0.00001、P=0.0007、P<0.00001;II基因型OR分别为0.72、0.68、0.81,P=0.0003、P=0.002、P=0.10。结论:ACE D等位基因和DD基因型同妊娠期高血压疾病发病关系密切。在总体人群和亚洲人群中,II基因型是妊娠期高血压疾病发病的一种保护性因素;而欧洲人群未发现有关系。 展开更多
关键词 妊娠期高血压疾病 血管紧张素转换酶 基因插入/缺失多态性 META分析
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