籽粒百粒重是大豆产量构成三要素之一,百粒重大小决定大豆产量并影响其商品性,百粒重也是大豆遗传改良关键性状。为进一步挖掘籽粒大小相关基因,解析籽粒大小的调控机制。利用碳离子束(Carbon Ion Beam,CIB)辐射野生大豆(ZYD7068),构建...籽粒百粒重是大豆产量构成三要素之一,百粒重大小决定大豆产量并影响其商品性,百粒重也是大豆遗传改良关键性状。为进一步挖掘籽粒大小相关基因,解析籽粒大小的调控机制。利用碳离子束(Carbon Ion Beam,CIB)辐射野生大豆(ZYD7068),构建了200份百粒重变异丰富的野生大豆突变群体。结果表明,群体籽粒百粒重在4.37~16.74 g之间,平均值为7.13 g,突变群体百粒重较野生大豆百粒重提高了4.98倍。对200个突变体采用全基因组测序,共获得184.1亿bp的测序数据,基因组覆盖率68.10%~70.96%。突变主要是单碱基突变(SNP),其中C到T突变占突变总数的40%。对候选SNP基因进行富集分析,突变基因主要富集在Go:0009626(植物超敏反应)、Go:0034050(共生体诱导宿主程序性细胞死亡)、Go:0012501(程序性细胞死亡)、Go:0043680(丝状器)以及Go:0045087(先天免疫反应)等途径。利用全基因组测序获得的SNPs标记,采用MLM模型,对突变群体籽粒百粒重进行全基因组关联分析(Genome-Wide Association GWAS),共检测到71个关联SNPs(-lgP>11),分别位于大豆2、3、5、6、9、10、14、16、18号染色体上,其中5、10号染色体和14号染色体以及18号染色体分别检测到9、21、9、23个SNPs,71个关联SNPs位点涉及33个基因。展开更多
辣椒红色素是目前全球销量最大的纯天然可食用色素,培育高辣椒红色素品种为辣椒产业重要任务。通过对255份一年生栽培种辣椒核心种质的辣椒红素含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在第1、2、3、5、6、8、9...辣椒红色素是目前全球销量最大的纯天然可食用色素,培育高辣椒红色素品种为辣椒产业重要任务。通过对255份一年生栽培种辣椒核心种质的辣椒红素含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在第1、2、3、5、6、8、9、10、11和12号染色体均关联到与辣椒红素含量显著相关的区间,关联区间内共包括93个基因,根据功能注释和转录表达数据预测了3个影响辣椒果实中辣椒红素含量的候选基因。通过对高辣椒红色素材料Pep-340、低辣椒红色素材料Pep-276构建的F2群体进行混合分组分析法-测序(bulked segregant analysis-sequencing,BSA-seq)分析,在第1、3、5和10号染色体定位到与辣椒红色素含量相关区间,其中第3和5号染色体上的定位区间与GWAS分析中的显著相关区间相近或重合;利用这两个区间的In Del分子标记,进行遗传连锁分析,将调控辣椒红色素含量基因定位在3号染色体的q CC3.1,物理位置为22.8~25.9 Mb,其中含有99个基因,根据功能注释和转录组分析,预测了4个影响辣椒果实中辣椒红色素含量的候选基因Capana03g001314、Capana03g001325、Capana03g001334和Capana03g001387。研究结果为调控辣椒中辣椒红色素含量基因精细定位及分子标记辅助选择育种奠定基础。展开更多
为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路,通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析,选取其中600个样本,包括大白猪453头、长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序(1×),对测序结果质控后开展全基因组关联分析(genome-wide associa...为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路,通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析,选取其中600个样本,包括大白猪453头、长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序(1×),对测序结果质控后开展全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在大白猪和长白猪中分别筛选出42个和107个显著SNPs,这些位点上下游20 kb区域分别涉及32个和82个基因,对这些基因进行GO和KEGG富集分析,最终分别确定了6个(PLA2G4A、C1RL、PTPN6、C1R、PPP1R12A和GRID2)和8个(DAPK1、TMC8、ITM2C、CHMP4B、CAST、PDE4D、HSPA4和GRID2)可能与哺乳仔猪腹泻性状相关的重要候选基因,其中GRID2在大白猪和长白猪中同时被筛选到。结果表明,仔猪腹泻性状候选基因与细胞凋亡、免疫、细胞屏障和物质的跨膜运输相关功能有关。展开更多
水资源优化配置是均衡水资源与发展的关键措施,能够缓和水资源供需矛盾,促进经济和生态协调发展。通过借助水资源评价方法对海原县水资源开发利用状况进行分析,构建GWAS(General Water Allocation and Simulation Model)配置模型,并进...水资源优化配置是均衡水资源与发展的关键措施,能够缓和水资源供需矛盾,促进经济和生态协调发展。通过借助水资源评价方法对海原县水资源开发利用状况进行分析,构建GWAS(General Water Allocation and Simulation Model)配置模型,并进行规划年(2025年、2035年)海原县水资源优化配置研究,为海原县实现水资源、流域和区域经济社会与生态环境保护协调发展提供理论依据。配置结果显示,在75%的来水条件下规划年(2025年、2035年)可供水量分别达12 706万m^(3)和12 892万m^(3),不能满足用水量的全部配置,建议加强非常规水源的利用,合理配置引黄水和地下水资源,实现县域水资源的优化配置。展开更多
为缓解河北武安市水资源供需不平衡的突出矛盾,立足水资源精细化管理的需求,构建了武安市GWAS(general water allocation and simulation)模型,并开展规划年(2025年与2030年)不同情景下武安市各乡镇水资源优化配置研究。结果表明:2025年...为缓解河北武安市水资源供需不平衡的突出矛盾,立足水资源精细化管理的需求,构建了武安市GWAS(general water allocation and simulation)模型,并开展规划年(2025年与2030年)不同情景下武安市各乡镇水资源优化配置研究。结果表明:2025年和2030年,平水情景(P=50%)下模型优化配置水量基本可以满足各乡镇水量需求,枯水情景(P=75%)下各乡镇存在不同程度的缺水情况;全市普遍农业缺水,2025年平枯情景农业缺水率分别为6.45%和44.11%,2030年平枯情景农业缺水率分别为5.05%和42.47%;优化后的供水结构改善效果显著,地下水供水量占比在各规划年平枯情景下均有所下降。展开更多
文摘籽粒百粒重是大豆产量构成三要素之一,百粒重大小决定大豆产量并影响其商品性,百粒重也是大豆遗传改良关键性状。为进一步挖掘籽粒大小相关基因,解析籽粒大小的调控机制。利用碳离子束(Carbon Ion Beam,CIB)辐射野生大豆(ZYD7068),构建了200份百粒重变异丰富的野生大豆突变群体。结果表明,群体籽粒百粒重在4.37~16.74 g之间,平均值为7.13 g,突变群体百粒重较野生大豆百粒重提高了4.98倍。对200个突变体采用全基因组测序,共获得184.1亿bp的测序数据,基因组覆盖率68.10%~70.96%。突变主要是单碱基突变(SNP),其中C到T突变占突变总数的40%。对候选SNP基因进行富集分析,突变基因主要富集在Go:0009626(植物超敏反应)、Go:0034050(共生体诱导宿主程序性细胞死亡)、Go:0012501(程序性细胞死亡)、Go:0043680(丝状器)以及Go:0045087(先天免疫反应)等途径。利用全基因组测序获得的SNPs标记,采用MLM模型,对突变群体籽粒百粒重进行全基因组关联分析(Genome-Wide Association GWAS),共检测到71个关联SNPs(-lgP>11),分别位于大豆2、3、5、6、9、10、14、16、18号染色体上,其中5、10号染色体和14号染色体以及18号染色体分别检测到9、21、9、23个SNPs,71个关联SNPs位点涉及33个基因。
文摘为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路,通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析,选取其中600个样本,包括大白猪453头、长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序(1×),对测序结果质控后开展全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在大白猪和长白猪中分别筛选出42个和107个显著SNPs,这些位点上下游20 kb区域分别涉及32个和82个基因,对这些基因进行GO和KEGG富集分析,最终分别确定了6个(PLA2G4A、C1RL、PTPN6、C1R、PPP1R12A和GRID2)和8个(DAPK1、TMC8、ITM2C、CHMP4B、CAST、PDE4D、HSPA4和GRID2)可能与哺乳仔猪腹泻性状相关的重要候选基因,其中GRID2在大白猪和长白猪中同时被筛选到。结果表明,仔猪腹泻性状候选基因与细胞凋亡、免疫、细胞屏障和物质的跨膜运输相关功能有关。
文摘水资源优化配置是均衡水资源与发展的关键措施,能够缓和水资源供需矛盾,促进经济和生态协调发展。通过借助水资源评价方法对海原县水资源开发利用状况进行分析,构建GWAS(General Water Allocation and Simulation Model)配置模型,并进行规划年(2025年、2035年)海原县水资源优化配置研究,为海原县实现水资源、流域和区域经济社会与生态环境保护协调发展提供理论依据。配置结果显示,在75%的来水条件下规划年(2025年、2035年)可供水量分别达12 706万m^(3)和12 892万m^(3),不能满足用水量的全部配置,建议加强非常规水源的利用,合理配置引黄水和地下水资源,实现县域水资源的优化配置。
文摘为缓解河北武安市水资源供需不平衡的突出矛盾,立足水资源精细化管理的需求,构建了武安市GWAS(general water allocation and simulation)模型,并开展规划年(2025年与2030年)不同情景下武安市各乡镇水资源优化配置研究。结果表明:2025年和2030年,平水情景(P=50%)下模型优化配置水量基本可以满足各乡镇水量需求,枯水情景(P=75%)下各乡镇存在不同程度的缺水情况;全市普遍农业缺水,2025年平枯情景农业缺水率分别为6.45%和44.11%,2030年平枯情景农业缺水率分别为5.05%和42.47%;优化后的供水结构改善效果显著,地下水供水量占比在各规划年平枯情景下均有所下降。
