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稻瘟病菌MoDock1和MoElmo1蛋白的功能分析
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作者 张承康 汪洋 +2 位作者 黄欣 郭田龙 林伟 《福建农业学报》 北大核心 2025年第4期406-414,共9页
【目的】稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)是引起水稻稻瘟病的病原菌,探究其功能基因以揭示致病分子机理。【方法】通过生物信息学方法鉴定稻瘟病菌中Dock180和ELMO的同源蛋白,对其编码基因进行敲除并对获得的基因缺失突变体进行表型分析,... 【目的】稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)是引起水稻稻瘟病的病原菌,探究其功能基因以揭示致病分子机理。【方法】通过生物信息学方法鉴定稻瘟病菌中Dock180和ELMO的同源蛋白,对其编码基因进行敲除并对获得的基因缺失突变体进行表型分析,再通过免疫共沉淀试验分析二者的互作关系。【结果】稻瘟病菌中鉴定得到MoDOCK1和MoELMO1基因,并获得各自基因缺失突变体,两种突变体具有几乎一致的表型。MoDock1、MoElmo1的缺失影响了稻瘟病菌分生孢子的粘着,造成芽管变长且有隔膜,附着胞形成延缓。加入8-Br-cAMP或IBMX可以修复附着胞形成过程中的缺陷,表明MoDock1、MoElmo1可能在稻瘟病菌cAMP-PKA信号途径中发挥功能。洋葱表皮侵染试验结果表明基因缺失突变体的侵染能力有所下降。水稻接种显示,MoDock1、MoElmo1的缺失导致稻瘟病菌的致病性减弱。最后,通过免疫共沉淀证明,MoDock1和MoElmo1存在相互作用。【结论】MoDock1和MoElmo1存在相互作用,二者是稻瘟病菌分生孢子粘着能力、附着胞正常形成和完整致病性所必需的。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 dock1 Elmo1 分生孢子粘着 附着胞
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稻瘟病菌MoDOCK1缺失突变体差异表达基因的功能注释
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作者 张承康 黄欣 +2 位作者 郑静雯 陈鑫琳 杨宇田 《辽宁农业职业技术学院学报》 2025年第3期6-10,共5页
稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)是重要的农作物病原菌,对其功能基因和信号网络的研究有助于病害的防控。通过提取总RNA并进行转录组测序与基因功能注释,研究稻瘟病菌MoDOCK1缺失后的基因表达变化。结果显示:提取的RNA符合测序要求,鉴定到... 稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)是重要的农作物病原菌,对其功能基因和信号网络的研究有助于病害的防控。通过提取总RNA并进行转录组测序与基因功能注释,研究稻瘟病菌MoDOCK1缺失后的基因表达变化。结果显示:提取的RNA符合测序要求,鉴定到124个差异表达基因(DEGs),包括73个上调DEGs和51个下调DEGs,主要涉及酶催化活性和代谢过程。在这些DEGs编码的蛋白中,包括调控附着胞发育相关基因表达以及致病性的转录因子BIP1,暗示着MoDock1可能也与稻瘟病菌附着胞发育和致病性有关,有待后续试验进一步验证。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 dock1 转录组 差异表达基因
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背根神经节感觉神经元Dock4缺失上调Piezo1表达调控机械性瘙痒
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作者 左诗雨 周子苏 +5 位作者 刘瑾鹍 何颖 王书航 谢彦 唐好 张晓龙 《中国疼痛医学杂志》 北大核心 2025年第8期582-592,共11页
目的:探究胞质分裂作用因子4(dedicator of cytokinesis 4,Dock4)在瘙痒中的作用及其潜在的调控机制。方法:通过鞘内注射AAV-Cre病毒实现条件性敲除背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)神经元中的Dock4。利用行为学测试观察敲除Dock4... 目的:探究胞质分裂作用因子4(dedicator of cytokinesis 4,Dock4)在瘙痒中的作用及其潜在的调控机制。方法:通过鞘内注射AAV-Cre病毒实现条件性敲除背根神经节(dorsal root ganglion,DRG)神经元中的Dock4。利用行为学测试观察敲除Dock4后对小鼠机械性瘙痒、痒觉易化、组胺能化学性瘙痒和非组胺能化学性瘙痒的影响。通过蛋白免疫印迹(Western Blotting,WB)检测Dock4敲除后Piezo1蛋白在DRG中的表达变化。免疫荧光(immunofluorescence,IF)检测Dock4与Piezo1的共定位以及Dock4敲除后对Piezo1表达的影响。结果:敲除DRG神经元中的Dock4,DRG神经元中Piezo1的表达显著上调,且小鼠的机械性瘙痒行为明显增多。此外,Dock4的缺失对氯喹(chloroquine,CQ)引起的非组胺能化学性瘙痒具有一定的抑制作用,但不影响组胺(histamine,His)引起的组胺能化学性瘙痒及白细胞介素-31(interleukin-31,IL-31)引起的非组胺能化学性瘙痒。结论:缺失Dock4显著上调DRG神经元中Piezo1的表达,增强小鼠的机械性瘙痒。 展开更多
关键词 dock4 机械性瘙痒 化学性瘙痒 Piezo1
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Attitude estimation for spacecraft docking based on EMVS array via PARAFAC algorithm
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作者 LIU Bingqi CHEN Guangdong +1 位作者 LIU Zhuhang SONG He 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 2025年第3期623-633,共11页
A spacecraft attitude estimation method based on electromagnetic vector sensors(EMVS)array is proposed,which employs the orthogonally constrained parallel factor(PARAFAC)algorithm and makes use of measurements of the ... A spacecraft attitude estimation method based on electromagnetic vector sensors(EMVS)array is proposed,which employs the orthogonally constrained parallel factor(PARAFAC)algorithm and makes use of measurements of the two-dimensional direction-of-arrival(2D-DOA)and polarization angles,aiming to address the issues of incomplete,asynchronous,and inaccurate third-party reference used for attitude estimation in spacecraft docking missions by employing the electromagnetic wave’s three-dimensional(3D)wave structure as a complete third-party reference.Comparative analysis with state-ofthe-art algorithms shows significant improvements in estimation accuracy and computational efficiency with this algorithm.Numerical simulations have verified the effectiveness and superiority of this method.A high-precision,reliable,and cost-effective method for rapid spacecraft attitude estimation is provided in this paper. 展开更多
关键词 parallel factor(PARAFAC)analysis electromagnetic vector sensors attitude estimation state of polarization spacecraft docking
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建立短肽抑制剂与酶识别的模式──基于表面静电互补和溶剂化能的Docking计算方法 被引量:4
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作者 李菲 王玉宏 +3 位作者 李惟 周慧 毛友钢 沈家骢 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第11期1703-1707,共5页
提出了把简化的接触表面静电互补模型与溶剂化能模型相结合的新的 Docking计算方法 .编写了计算模拟程序 ESCOLD,并用于酶 -短肽体系的 Docking计算 .对 3个已知 X射线晶体结构的酶 -抑制剂肽链复合物中的六肽用 ESCOLD重新进行了 Dock... 提出了把简化的接触表面静电互补模型与溶剂化能模型相结合的新的 Docking计算方法 .编写了计算模拟程序 ESCOLD,并用于酶 -短肽体系的 Docking计算 .对 3个已知 X射线晶体结构的酶 -抑制剂肽链复合物中的六肽用 ESCOLD重新进行了 Docking计算 .用溶剂化能作为评价函数 ,正确地预测出接近实验结果的六肽取向 . 展开更多
关键词 短肽 表面静电互补 溶剂化能 docking计算
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鸟嘌呤核苷交换因子Dock180与Elmo1在卵巢癌细胞中的共表达 被引量:4
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作者 张瑜 高一萌 +4 位作者 李文燕 彭慧娟 刘斌 王辉 令狐华 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第13期1277-1280,共4页
目的寻找卵巢癌细胞中鸟嘌呤核苷交换因子Dock180与Elmo1呈相互协同作用的依据。方法采用Western blot检测人卵巢癌组织、良性肿瘤组织及正常卵巢组织中的Dock180与Elmo1的表达水平;免疫组化检测卵巢癌组织中Dock180与Elmo1的分布;免疫... 目的寻找卵巢癌细胞中鸟嘌呤核苷交换因子Dock180与Elmo1呈相互协同作用的依据。方法采用Western blot检测人卵巢癌组织、良性肿瘤组织及正常卵巢组织中的Dock180与Elmo1的表达水平;免疫组化检测卵巢癌组织中Dock180与Elmo1的分布;免疫荧光检测Dock180与Elmo1在卵巢癌细胞SKOV3中的定位分布;检测Dock180表达缺失的SKOV3细胞中内源性Elmo1的表达水平。结果 Dock180与Elmo1在人卵巢癌组织中的表达水平呈明显正相关(r=0.829,P<0.05),在卵巢癌组织中二者的表达水平显著高于卵巢良性肿瘤组织组和卵巢正常组织组(P<0.05)[Dock180:(1.054±0.114)、(0.518±0.126)、(0.425±0.072);Elmo1:(0.864±0.114)、(0.374±0.076)、(0.300±0.105)]。免疫组化及细胞化学染色均显示二者在人卵巢癌组织和细胞内的分布具有一致性。而且在Dock180表达缺失细胞中,Elmo1的表达水平也同时降低。结论 Dock180与Elmo1在促进卵巢癌的癌变过程中可能具有相互协同作用。 展开更多
关键词 鸟嘌呤核苷交换因子 dock180 Elmo1 卵巢癌
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鸟嘌呤交换因子Dock180在卵巢肿瘤组织中的表达和意义 被引量:3
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作者 王辉 令狐华 姚珍薇 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期517-520,共4页
目的:研究鸟嘌呤交换因子Dock180在卵巢癌、卵巢交界性肿瘤、卵巢良性肿瘤组织中的表达,探讨Dock180在卵巢癌发生发展中的作用。方法:采用免疫组化SP法检测20例卵巢良性肿瘤、12例卵巢交界性肿瘤和36例卵巢癌组织中Dock180蛋白的表达水... 目的:研究鸟嘌呤交换因子Dock180在卵巢癌、卵巢交界性肿瘤、卵巢良性肿瘤组织中的表达,探讨Dock180在卵巢癌发生发展中的作用。方法:采用免疫组化SP法检测20例卵巢良性肿瘤、12例卵巢交界性肿瘤和36例卵巢癌组织中Dock180蛋白的表达水平。结果:Dock180蛋白在卵巢癌组织中的阳性表达例数占总例数的66.7%,高于卵巢交界性肿瘤的33.3%和卵巢良性肿瘤的15%,差异有统计学意义(P<0.01)。结论:Dock180在卵巢癌的发生、发展中起重要作用,有望作为反应卵巢癌恶性生物学行为的新指标。 展开更多
关键词 卵巢良性肿瘤 卵巢交界性肿瘤 卵巢癌 dock180蛋白
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Dock2通过调节T细胞活性和抗原特异性IgG抗体的产生来控制肠道柠檬酸杆菌感染 被引量:3
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作者 孟凡 陈峻 +3 位作者 刘雨霞 谢璐 李子俊 刘志平 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第8期1000-1007,共8页
目的探讨Dock2在宿主对抗柠檬酸杆菌感染的适应性免疫中的功能,研究柠檬酸杆菌感染后期淋巴细胞变化与细菌清除率之间的关系。方法取WT及Dock2-/-小鼠灌胃感染柠檬酸杆菌,观察21 d内感染情况,ELISA检测21 d小鼠血清中IFN-γ、TNF-α、KC... 目的探讨Dock2在宿主对抗柠檬酸杆菌感染的适应性免疫中的功能,研究柠檬酸杆菌感染后期淋巴细胞变化与细菌清除率之间的关系。方法取WT及Dock2-/-小鼠灌胃感染柠檬酸杆菌,观察21 d内感染情况,ELISA检测21 d小鼠血清中IFN-γ、TNF-α、KC、MCP-1、MIP-2、IL-6和IL-17的蛋白表达水平及特异抗体IgM、IgG、IgG1、IgG2b、IgG2c和IgG3的水平;流式细胞术检测淋巴T细胞及胸腺细胞情况。分离WT和Dock2-/-的T淋巴细胞通过尾静脉注射到TCRa-/-小鼠体内,ELISA检测IgG、IgG1、IgG2b、IgG2c、IgG3、IgA和IgM的水平。取感染D0和D21的WT小鼠血清注射到感染柠檬酸杆菌的Dock2-/-小鼠尾静脉中后,记录存活率。结果感染后,Dock2-/-小鼠具有更高水平的促炎细胞因子和更多的髓样细胞浸润。但是,Dock2-/-小鼠激活的T细胞、B细胞数量减少且血清抗原特异性IgG抗体产生降低。T细胞转移和血清转移对柠檬酸杆菌诱导的结肠炎具有抑制作用。结论Dock2对于柠檬酸杆菌感染后期宿主清除致病菌至关重要。 展开更多
关键词 dock2 柠檬酸杆菌 结肠炎 淋巴细胞 抗体
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不同物种Dock7基因编码区生物信息学分析
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作者 刘小辉 李祥龙 +3 位作者 周荣艳 李兰会 张天 王建涛 《家畜生态学报》 北大核心 2013年第12期12-17,共6页
为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性,采用生物信息学的方法分析了人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、... 为了研究不同物种Dock7基因的遗传多样性,采用生物信息学的方法分析了人、倭黑猩猩、大猩猩、毛猩猩、东非狒狒、玻利维亚的灰鼠猴子、虎鲸、家马、白犀牛、雪貂、家牛、大熊猫、佛罗里达海牛、海象、欧洲兔、家猫、家绵羊、星鼻鼹鼠、北美鼠兔、裸鼢鼠、非洲跳鼠、八齿鼠、褐家鼠、小家鼠、袋獾、原鸡、爪蟾27个物种Dock7基因编码区(CDS),并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构进行了分析和预测。结果表明,在27个物种68条基因序列中共检测到1855个多态位点,生成28种单倍型,Dock7基因序列编码区种间存在丰富的遗传多样性,而种内变异极小,只在原鸡中发现一个变异位点。在所研究27个物种中,原鸡Dock7基因的氨基酸序列存在信号肽,其他26个物种Dock7基因的氨基酸序列均无信号肽。27个物种都没有跨膜结构域,表现为亲水性,蛋白质二级结构主要结构元件是自由卷曲和α-螺旋,Dock7蛋白呈酸性。 展开更多
关键词 物种 dock7基因 生物信息学分析 遗传多样性
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Dynamics and nonlinear control of space electromagnetic docking
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作者 Yuanwen Zhang Leping Yang +1 位作者 Yanwei Zhu Huan Huang 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2013年第3期454-462,共9页
Space electromagnetic docking technology, free of propellant and plume contamination, offers continuous, reversible and synchronous controllability, which is widely applied in the future routine on-orbit servicing mis... Space electromagnetic docking technology, free of propellant and plume contamination, offers continuous, reversible and synchronous controllability, which is widely applied in the future routine on-orbit servicing missions. Due to the inherent nonlinearities, couplings and uncertainties of an electromagnetic force model, the dynamics and control problems of them are difficult. A new modeling approach for relative motion dynamics with intersatellite force is proposed. To resolve these control problems better, a novel nonlinear control method for soft space electro-magnetic docking is proposed, which combines merits of artificial potential function method, Lyapunov theory and extended state observer. In addition, the angular momentum management problem of space electromagnetic docking and approaches of handling it by exploiting the Earth's magnetic torque are investigated. Finally, nonlinear simulation results demonstrate the feasibility of the dynamic model and the novel nonlinear control method. 展开更多
关键词 space electromagnetic docking dynamic model soft docking control angular momentum management inter-satellite electromagnetic force on-orbit servicing.
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miR-31通过结合Dock180抑制乳腺癌细胞侵袭 被引量:2
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作者 郑书贤 孙雪梅 +2 位作者 王瑞鸽 史立宏 张宝刚 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期241-244,共4页
目的探讨miR-31表达与Dock180表达的相关性,以及miR-31通过结合Dock180对乳腺癌细胞侵袭能力的影响。方法通过脂质体转染技术,将miR-31转染乳腺癌细胞系过表达miR-31;采用荧光酶报告基因检测miR-31与Dock180的结合方式;应用Western blo... 目的探讨miR-31表达与Dock180表达的相关性,以及miR-31通过结合Dock180对乳腺癌细胞侵袭能力的影响。方法通过脂质体转染技术,将miR-31转染乳腺癌细胞系过表达miR-31;采用荧光酶报告基因检测miR-31与Dock180的结合方式;应用Western blot法检测miR-31表达不同的乳腺癌细胞中Dock180和其他相关蛋白的表达;RT-PCR检测miR-31与Dock180 mRNA的关系;基质胶侵袭实验检测miR-31过表达时,乳腺癌细胞的侵袭能力。结果在乳腺癌细胞中,miR-31靶向结合Dock180,且Dock180蛋白表达与miR-31表达呈负相关,Dock180下调和miR-31上调削弱了乳腺癌的侵袭能力。结论miR-31可通过结合Dock180抑制乳腺癌细胞的侵袭。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 miR-31 dock180 侵袭
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microRNA-31通过靶向调控Dock1抑制乳腺癌的上皮-间质转化 被引量:9
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作者 曾国栋 陈智凯 +2 位作者 林祥博 尹崇高 李洪利 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期693-697,共5页
目的:探讨microRNA-31(miR-31)靶向调控Dock1对乳腺癌上皮-间质转化的影响。方法:通过qRT-PCR、Western blot检测人正常乳腺上皮细胞与乳腺癌细胞中miR-31、Dock1的表达情况;将含有miR-31的过表达质粒或Dock1的敲除质粒转入乳腺癌细胞MD... 目的:探讨microRNA-31(miR-31)靶向调控Dock1对乳腺癌上皮-间质转化的影响。方法:通过qRT-PCR、Western blot检测人正常乳腺上皮细胞与乳腺癌细胞中miR-31、Dock1的表达情况;将含有miR-31的过表达质粒或Dock1的敲除质粒转入乳腺癌细胞MDA-MB-231中并检测转染效率;用Western blot检测转染后各组细胞中Dock1的表达变化; Transwell侵袭实验检测转染及共转染后各组细胞的侵袭能力的变化; Western blot检测转染及共转染后各组细胞中EMT标志物的表达情况。结果:MCF-7细胞中miR-31的表达明显高于MDA-MB-231细胞,但两组都低于其在MCF-10A中的表达。转染对照及过表达质粒后,MDA-MB-231细胞中miR-31的表达较正常组与对照组明显上调,Dock1表达明显下调。Transwell侵袭实验结果显示,MDA-MB-231/miR-31组相比于MDA-MB-231/NC组穿过基底膜的细胞数明显减少,而与MDA-MB-231/miR-31+con组相比无明显差距; MDA-MB-231/miR-31+Dock1组与MDA-MB-231/miR-31+con组相比穿过基底膜的细胞数明显增多。Western blot结果显示,MDA-MB-231/miR-31和MDA-MB-231/miR-31+con细胞相比于MDA-MB-231/NC细胞中E-cadherin表达水平显著上调,在MDA-MB-231/miR-31+Dock1细胞中E-cadherin的表达水平与对照组相比无统计学意义;与MDA-MB-231/NC细胞相比,MDA-MB-231/miR-31和MDA-MB-231/miR-31+con细胞中Vimentin表达水平明显下调,MDA-MB-231/miR-31+Dock1细胞中Vimentin的表达水平几乎无变化。结论:miR-31可以靶向调控Dock1来抑制乳腺癌的上皮-间质转化,进而抑制乳腺癌的侵袭与转移。 展开更多
关键词 乳腺癌 miR-31 dock1 侵袭 上皮-间质转化
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造血干细胞移植治疗DOCK8基因突变致高IgE综合征2例病例报告 被引量:3
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作者 钱晓文 王苹 +5 位作者 王宏胜 江文晋 孙金峤 王晓川 吴冰冰 翟晓文 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2020年第3期215-219,共5页
目的评估异基因造血干细胞移植治疗DOCK8基因突变所致的高IgE综合征(HIES)患儿的治疗效果。方法回顾性收集2例接受异基因造血干细胞移植治疗DOCK8基因突变所致的HIES患儿的临床特征、实验室检查、治疗和效果。结果 2例HIES患儿,例1男,... 目的评估异基因造血干细胞移植治疗DOCK8基因突变所致的高IgE综合征(HIES)患儿的治疗效果。方法回顾性收集2例接受异基因造血干细胞移植治疗DOCK8基因突变所致的HIES患儿的临床特征、实验室检查、治疗和效果。结果 2例HIES患儿,例1男,移植时年龄7岁;例2女,移植时年龄9岁。例1采用同胞全相合外周血干细胞移植,例2采用非亲缘全相合脐血干细胞移植。均采用白消安联合氟达拉滨为基础的减低强度预处理方案,顺利植入并获得造血重建。中性粒细胞植入时间例1为移植后12 d,例2为移植后24 d;血小板植入时间例1为移植后13 d,例2为移植后35 d。移植后14 d嵌合检测提示为完全供者细胞嵌合。2例患儿移植期间肺部感染均有加重,经对症治疗好转。例1接受同胞供者移植,发生皮肤Ⅰ度急性移植物抗宿主反应,甲泼尼龙治疗后缓解。无其他移植相关并发症发生。2例移植后嗜酸性粒细胞及血清IgE水平均较移植前显著下降,例1和例2分别随访至移植后18和23个月,均无病生存。结论DOCK8基因突变所致的HIES患儿可通过异基因造血干细胞移植治愈,宜采用减低强度预处理方案,同胞相合供者是最佳供者选择,非亲缘脐血干细胞移植也能取得良好疗效。 展开更多
关键词 高IGE综合征 dock8基因突变 造血干细胞移植 脐血
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大鼠非梗死区心肌Dock1蛋白表达改变
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作者 刘小兰 赵文菊 +2 位作者 李刚 王志华 王丽平 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期540-543,共4页
目的探讨大鼠非梗死区心肌Dock1蛋白的表达改变。方法建立SD大鼠实验性心肌梗死(22只)及假手术模型(20只)。分别于术后24 h和12周时处死心肌梗死组和假手术组大鼠(各8只),获取心脏标本,应用免疫印迹法检测非梗死区心肌及假手术组心肌Do... 目的探讨大鼠非梗死区心肌Dock1蛋白的表达改变。方法建立SD大鼠实验性心肌梗死(22只)及假手术模型(20只)。分别于术后24 h和12周时处死心肌梗死组和假手术组大鼠(各8只),获取心脏标本,应用免疫印迹法检测非梗死区心肌及假手术组心肌Dock1蛋白的表达。结果术后24 h时,心肌Dock1蛋白表达在梗死组(0.13±0.03)与假手术组(0.10±0.04)间的差异无统计学意义(P>0.05);但术后12周时,梗死组(0.17±0.04)较假手术组(0.11±0.05)表达增加,差异有统计学意义(P<0.05);术后12周时的梗死组心肌Dock1蛋白表达较24 h时的梗死组和假手术组均增加,差异有统计学意义(P<0.05)。结论心肌中存在Dock1蛋白的表达;梗死后12周时非梗死区心肌Dock1蛋白表达增加。 展开更多
关键词 dock1蛋白 鸟苷交换因子 心肌梗死 心肌
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长链非编码RNA DOCK9-AS2对甲状腺乳头状癌细胞增殖和迁移的影响 被引量:1
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作者 吴丛珊 斯岩 +3 位作者 童厚超 庄茜 蔡晶昇 沈美萍 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期784-787,804,共5页
目的检测长链非编码RNA DOCK9-AS2在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达水平及对PTC细胞增殖、迁移能力的影响。方法收集2016年6月至2017年6月间在南京医科大学第一附属医院手术切除的PTC标本及对应的癌旁组织,采用qRT-PCR检测62对组织中DOCK9... 目的检测长链非编码RNA DOCK9-AS2在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达水平及对PTC细胞增殖、迁移能力的影响。方法收集2016年6月至2017年6月间在南京医科大学第一附属医院手术切除的PTC标本及对应的癌旁组织,采用qRT-PCR检测62对组织中DOCK9-AS2的表达,并分析其与患者临床病理资料的关系。通过细胞转染技术构建沉默DOCK9-AS2的甲状腺癌BCPAP细胞株,用CCK8方法检测DOCK9-AS2对PTC细胞增殖能力的影响;划痕实验观察沉默下调DOCK9-AS2的表达对细胞侵袭转移能力的影响。结果 DOCK9-AS2在PTC的mRNA表达水平(0.009 7±0.004 4)高于癌旁组织(0.002 6±0.001 0),差异具有统计学意义(P<0.05)。DOCK9-AS2在PTC组织中的表达与淋巴结转移、腺外侵犯有关(P<0.05)。在BCPAP细胞中下调DOCK9-AS2的表达时,PTC细胞的增殖和侵袭转移能力减弱(P<0.05)。结论 DOCK9-AS2在PTC中表达显著增高,沉默DOCK9-AS2的表达可抑制PTC细胞的增殖、侵袭和转移。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 长链非编码RNA dock9-AS2 增殖 侵袭转移
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Homology modeling and docking studies of IscS from extremophile Acidithiobacillus ferrooxidans 被引量:1
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作者 刘元东 丁建南 +1 位作者 邱冠周 王海东 《Journal of Central South University of Technology》 EI 2007年第6期742-749,共8页
The gene iscS-3 from ,4cidithiobacillus ferrooxidans may play a central role in the delivery of sulfur to a variety of metabolic pathways in this organism. For insight into the sulfur metabolic mechanism of the bacter... The gene iscS-3 from ,4cidithiobacillus ferrooxidans may play a central role in the delivery of sulfur to a variety of metabolic pathways in this organism. For insight into the sulfur metabolic mechanism of the bacteria, an integral three-dimensional (3D) molecular structure of the protein encoded by this gene was built by homology modeling techniques, refined by molecular dynamics simulations, assessed by PROFILE-3D and PROSTAT programs and further used to search bind sites, carry out flexible docking with cofactor pyridoxal 5'-phosphate(PLP) and substrate cysteine and hereby detect its key residues. Through these procedures, the detail conformations of PLP-IscS(P-I) and cysteine-PLP-IscS(C-P-I) complexes were obtained. In P-I complex, the residues of Lys208, His106, Thr78, Ser205, His207, Asp182 and Gln185 have large interaction energies and/or hydrogen bonds fixation with PLP. In C-P-I complex, the amino group in cysteine is very near His106, Lys208 and PLP, the interaction energies for cysteine with them are very high. The above results are well consistent with those experimental facts of the homologues from other sources. Interestingly, the four residues of Glul05, Glu79, Ser203 and Hisl80 in P-I docking and the residue of Lys213 in C-P-I docking also have great interaction energies, which are fitly conservation in IscSs from all kinds of sources but have not been identified before. From these results, this gene can be confirmed at 3D level to encode the iron-sulfur cluster assembly protein IscS and subsequently play a sulfur traffic role. Furthermore, the substrate cysteine can be presumed to be effectively recruited into the active site. Finally, the above detected key residues can be conjectured to be directly responsible for the bind and/or catalysis of PLP and cysteine. 展开更多
关键词 bioleaching ISCS Acidithiobacillus ferrooxidans homology modeling molecular dynamics docking pyridoxal 5'-phosphate(PLP) CYSTEINE
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FitDockApp:基于模板的分子对接PyMOL插件图形化计算软件
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作者 王有钧 杨羽婵 +2 位作者 刘扬 肖智雄 曹洋 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第3期716-725,共10页
目的分子对接在预测分子之间的结合模式和亲和力方面起着至关重要的作用,是计算结构生物学和计算机辅助药物设计研究的重要方法。本研究团队近期开发了一款基于模板的新型对接方法FitDock,当存在近似的蛋白质配体模板时,它在准确性和速... 目的分子对接在预测分子之间的结合模式和亲和力方面起着至关重要的作用,是计算结构生物学和计算机辅助药物设计研究的重要方法。本研究团队近期开发了一款基于模板的新型对接方法FitDock,当存在近似的蛋白质配体模板时,它在准确性和速度方面都超过了业界常用的分子对接方法。为了增强FitDock方法的可用性,使其在分子模拟领域得到更广泛的应用,很有必要发展图像化的软件工具。方法基于Python图像化编程,本文开发了FitDockApp,这是分子可视化软件PyMOL的插件软件。结果FitDockApp能够通过操作窗口界面,实现基于模板的分子对接和配体结构比对,实时显示预测三维结构,并提供将对接文件上传到实验室服务器获取最优模板的便利。此外,FitDockApp还具备批量对接功能。结论FitDockApp通过用户友好的界面简化了对接过程,并提供丰富的功能,帮助研究人员获得精确的对接结果。FitDockApp是一款免费软件,兼容Windows和Linux系统,可在http://cao.labshare.cn/fitdock/下载。 展开更多
关键词 分子对接 PyMOL Fitdock
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Research on Rigid-flexible Coupling Dynamics of Flexible Cone-probe Docking Mechanism
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作者 HAN Wei JIANG Zhijie +1 位作者 HUANG Yiyong CHEN Xiaoqian 《空间科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期684-693,共10页
In this paper,a new kind of flexible cone composed of the thin-walled plates based on space probecone docking mechanism for small-sized spacecraft is presented.The theoretical model of docking impact dynamics,which ta... In this paper,a new kind of flexible cone composed of the thin-walled plates based on space probecone docking mechanism for small-sized spacecraft is presented.The theoretical model of docking impact dynamics,which takes into account the additional stiffness terms,is derived based on Lagrange Analytical Mechanics theory and Hertz contact theory.Finite element method is employed for the discretization of the thin-walled plate.The results show that the traditional dynamic model without considering the additional stiffness terms will be difficult to reach steady state.The method proposed in this paper can correctly predict the dynamic behavior of the system. 展开更多
关键词 Probe-cone dockING mechanism FLEXIBLE CONE FEM Impact dynamics Additional STIFFNESS TERM
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Enoxaparin sensitizes human non-small-cell lung carcinomasto gefitinib by inhibiting DOCK1 expression,vimentin phosphorylation,and Akt activation
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作者 PAN Yan LI Xue-jun 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1075-1075,共1页
Gefitinib is widely used for the treatment of lung cancer in patients with sensitizing epidermal growth factor receptor mutations,but patients tend to develop resistance after an average of 10 months.Low molecular wei... Gefitinib is widely used for the treatment of lung cancer in patients with sensitizing epidermal growth factor receptor mutations,but patients tend to develop resistance after an average of 10 months.Low molecular weight heparins,such as enoxaparin,potently inhibit experimental metastasis.This study aimed to determine the potential of combined enoxaparin and gefitinib(enoxaparin+gefitinib)treatment to inhibit tumor resistance to gefitinib both in vitro and in vivo.A549 and H1975 cell migration was analyzed in wound closure and Transwell assays.Akt and extracellular signal related kinase 1/2(Erk1/2)signaling pathways were identified,and a proteomics analysis was conducted using SDSPAGE/liquid chromatography-tandem mass spectrometry analysis.Molecular interaction networks were visualized using the cytoscape bioinformatics platform.Protein expression of dedicator of cytokinesis1(DOCK1)and cytoskeleton intermediate filament vimentin were identified using an enzyme-linked immunosorbent assay,Western blotting,and small interfering RNA transfection of A549 cells.In xenograft A549-luc-C8 tumors in nude mice,enoxaparin+gefitinib inhibited tumor growth and reduced lung colony formation compared with gefitinib alone.Furthermore,the combination had stronger inhibitory effects on cell migration than either agent used individually.Additional enoxaparin administration resulted in better effective inhibition of Akt activity compared with gefitinib alone.Proteomics and network analysis implicated DOCK1 as the key node molecule.Western blot verified the effective inhibition of the expression of DOCK1 and vimentin phosphorylation by enoxaparin+gefitinib comparedwith gefitinib alone.DOCK1 knockdown confirmed its role in cell migration,Akt expression,and vimentin phosphorylation.Our data indicate that enoxaparin sensitizes gefitinib antitumor and antimigration activity in lung cancer by suppressing DOCK1 expression,Akt activity,and vimentin phosphorylation. 展开更多
关键词 ENOXAPARIN GEFITINIB dock
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Synthesis,3D-QSAR and Molecular Docking of Hydroxamate Inhibitors
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作者 WU Kaiyue DUAN Wengui +3 位作者 MA Xianli LIN Guishan CUI Yucheng QIN Liqing 《林产化学与工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期83-95,共13页
In search of natural renewable resource-based bioactive molecules,20 hydroxamate inhibitors were designed and synthesized using cinamaldehyde as the starting material.Their structures were characterized by FT-IR,^(1)H... In search of natural renewable resource-based bioactive molecules,20 hydroxamate inhibitors were designed and synthesized using cinamaldehyde as the starting material.Their structures were characterized by FT-IR,^(1)HNMR,^(13)C NMR,and HRMS.And in vitro antifungal activity of the target compounds against 8 tested fungi was preliminarily evaluated by the agar dilution method.The bioassay results revealed that at the concentration of 50 mg/L,the target compounds exhibited certain inhibitory activity against 8 tested fungi,in which compounds 5r(R=o,o-Cl),5c(R=m-F),5b(R=o-F)and 5p(R=o,p-Cl)displayed better inhibitory activity of 93.3%,76.8%,75.3%and 72.3%,respectively,against P.piricola than that of the positive control chlorothalonil.At the same time,3D-quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR)study was carried out to explore the relationship of the molecular structures with their antifungal activity against P.piricola.And a reasonable and effective 3D-QSAR model(r^(2)=0.980,q^(2)=0.501)has been established.Besides,molecular docking was also performed to reveal the binding mode of the target compound 5r(R=o,o-Cl)with succinate dehydrogenase(SDH).It was found that compound 5r could be well embedded in the active pocket of the receptor protein.This showed a similar mode with SDH inhibitors(SDHI)carboxin. 展开更多
关键词 HYDROXAMATE antifungal activity 3D-QSAR molecular docking
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