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郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析
1
作者 程蕾 刘辰晖 +6 位作者 陈杨 向敏 余婕 钟朱夏 夏永春 杨务军 胡修忠 《湖北农业科学》 2025年第7期198-202,共5页
基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’... 基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分布分析,并与不同山羊品种的mtDNA D-loop序列进行聚类分析。结果表明,郧西马头山羊mtDNA D-loop的A、G、C、T 4种碱基占比分别为30.77%、14.26%、26.26%、28.71%,A+T碱基的占比为59.48%,明显高于G+C(40.52%)。郧西马头山羊mtDNA D-loop共有52种单倍型,131个变异位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点80个。Fu’s Fs检验结果显示,Fs为-2.48,显著偏离中性模型(P<0.05)。郧西马头山羊与其他5个山羊品种(川东白山羊、陕南白山羊、黄淮山羊、北川白山羊、波尔山羊)的系统发育树显示,184个个体被分为3个大分支,分别为2个本地支与1个波尔山羊杂交支。郧西马头山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,具有较大的育种潜能,但存在周边多个地方山羊品种和波尔山羊的遗传渗入现象。 展开更多
关键词 郧西马头山羊(Capra hircus) 线粒体dna d-loop区 遗传多样性
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基于线粒体DNA控制区序列的瑶鸡母系起源进化研究
2
作者 马尹鹏 贾晓旭 +2 位作者 陆俊贤 唐修君 樊艳凤 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第5期11-15,共5页
试验旨在利用线粒体DNA控制区(D-loop区)序列分析瑶鸡的遗传多样性。试验通对64只瑶鸡线粒体DNA D-loop区进行全序列测序,分析瑶鸡遗传多样性和单倍型特点,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树。结果表明,瑶鸡的单倍型遗传多样性... 试验旨在利用线粒体DNA控制区(D-loop区)序列分析瑶鸡的遗传多样性。试验通对64只瑶鸡线粒体DNA D-loop区进行全序列测序,分析瑶鸡遗传多样性和单倍型特点,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树。结果表明,瑶鸡的单倍型遗传多样性为0.779和核酸多样性为0.00148,共发现10种单倍型分别归属于A、B、C和E 4个单倍型群,其中E为优势单倍型类群,主要的母系来源可能是南亚的印度亚种。研究结果丰富了我国鸡群遗传多样性资料,为瑶鸡种质资源保护、利用与遗传育种提供科学依据。 展开更多
关键词 瑶鸡 线粒体dna d-loop区 遗传多样性
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光唇鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析
3
作者 刘兰苑 郑鹏 +5 位作者 周江伟 陈锭娴 王凯丰 林胜跃 李强 桂林 《湖南农业科学》 2025年第1期81-86,共6页
采用PCR和DNA基因测序技术对采集的5种光唇鱼属鱼类样本线粒体控制区(mtDNA D-loop)基因组进行测序、MEGA 11.0软件对已有光唇鱼属14条mtDNA D-loop基因序列和碱基构成进行分析、双参数法计算控制区序列的遗传距离、邻接法(NJ)构建系统... 采用PCR和DNA基因测序技术对采集的5种光唇鱼属鱼类样本线粒体控制区(mtDNA D-loop)基因组进行测序、MEGA 11.0软件对已有光唇鱼属14条mtDNA D-loop基因序列和碱基构成进行分析、双参数法计算控制区序列的遗传距离、邻接法(NJ)构建系统发育树,以此了解光唇鱼属鱼类mtDNA D-loop结构及其系统发育。结果表明:研究所用的引物对5种光唇鱼mtDNA D-loop序列PCR扩增均可获得相应的序列;光唇鱼属14条mtDNA D-loop基因序列长度在931~941 bp之间,碱基A、T、C、G平均含量分别为34.5%、32.0%、20.8%、12.7%,A+T平均含量为66.5%、C+G平均含量为33.5%;14个各物种种间平均遗传距离处于0.022~0.165之间,均大于0.020,可以认为是有效种;光唇鱼属鱼类系统发育树表明,云南光唇鱼和宽口光唇鱼组成了支系Ⅱ、其余十二种光唇鱼组成了支系Ⅰ,在Ⅰ支系中又可分为A和B两个姐妹群,A群包含了北江光唇鱼、厚刺光唇鱼、窄条光唇鱼、武夷光唇鱼、台湾光唇鱼和虹彩光唇鱼,B群包含侧条光唇鱼、半刺光唇鱼、吉首光唇鱼、温州光唇鱼、薄颌光唇鱼和光唇鱼。 展开更多
关键词 线粒体dna控制区 结构 光唇鱼属 系统发育
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基于线粒体DNA控制区序列的养殖与野生褐菖鲉群体遗传多样性比较分析
4
作者 欧莹莹 郭浩宇 +5 位作者 吕陈航 王玉成 吴雯艳 茹江枫 柴学军 张秀梅 《浙江海洋大学学报(自然科学版)》 2025年第1期29-36,共8页
褐菖鲉是近岸岛礁海域广泛分布的岩礁生境底栖鱼类,也是我国东海区重要的增殖放流种。旨在通过分析线粒体DNA控制区(D-loop)序列,探究养殖与野生褐菖鲉群体在遗传多样性及遗传分化水平方面的差异。结果显示,养殖与野生褐菖鲉DNA序列的A+... 褐菖鲉是近岸岛礁海域广泛分布的岩礁生境底栖鱼类,也是我国东海区重要的增殖放流种。旨在通过分析线粒体DNA控制区(D-loop)序列,探究养殖与野生褐菖鲉群体在遗传多样性及遗传分化水平方面的差异。结果显示,养殖与野生褐菖鲉DNA序列的A+T含量分别为56.75%和51.56%。养殖群体的单倍型多样性(hd=0.800±0.057)、核苷酸多样性(π=0.01779±0.00141)明显低于野生群体的单倍型多样性(hd=0.957±0.026)、核苷酸多样性(π=0.02204±0.00404),表明褐菖鲉养殖群体的遗传多样性较低。系统发育树、单倍型最小跨度树及遗传分化指数显示,野生和养殖群体间遗传分化水平较低。经过对单倍型最小跨度树和系统发育树的分析,并未检测到明显的谱系结构存在。研究结果表明,在褐菖鲉人工增殖苗种繁育过程中,应通过增加亲本群体来源提高人工增殖苗种的单倍型多样性,以降低养殖放流群体与野生群体之间在遗传多样性上的差异。 展开更多
关键词 褐菖鲉 遗传多样性 增殖放流 线粒体控制区 养殖群体
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西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化 被引量：32
5
作者 张成福 徐利娟 +2 位作者 姬秋梅 信金伟 钟金城 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1387-1395,共9页
通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别... 通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。 展开更多
关键词 西藏牦牛 MTdna d-loop区 遗传多样性
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野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性 被引量：21
6
作者 马志杰 钟金城 +3 位作者 韩建林 徐惊涛 窦全林 常怀普 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期4798-4803,共6页
为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840～FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1... 为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840～FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1、Arlequin3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明8条野牦牛线粒体DNAD-loop区全序列长度在891～894bp之间,其中A、T、G和C4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%。排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点。依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 野牦牛 线粒体dna d-loop区 遗传多样性
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基于线粒体DNAD-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构 被引量：13
7
作者 郑文娟 杜一超 +3 位作者 林洁 蒋晨华 丁沃娜 朱世华 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期408-413,共6页
带鱼（Trichiurus lepturus Linnaeus）,俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目（Perciformes）,带鱼科（Trichiuridae）,带鱼属（Trichiurus）,广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞... 带鱼（Trichiurus lepturus Linnaeus）,俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目（Perciformes）,带鱼科（Trichiuridae）,带鱼属（Trichiurus）,广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞对象,其产量多年来一直位居我国海洋捕捞鱼类产量的首位,占有十分重要的渔业经济地位。舟山带鱼是全国首批海鲜类地理标志证明商标海鲜,曾与大黄鱼、小黄鱼、墨鱼并称为我国＂四大渔业＂。自20世纪70年代后,由于受过度捕捞和环境变化等影响,舟山海域的带鱼资源出现了严重衰退; 展开更多
关键词 带鱼 线粒体dna d-loop区 遗传多样性 舟山
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基于线粒体DNAD-loop区全序列分析藏鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究 被引量：13
8
作者 贾晓旭 唐修君 +4 位作者 陆俊贤 顾荣 葛庆联 高玉时 苏一军 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期32-36,共5页
通过对藏鸡线粒体DNA（mt DNA）Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA（mt DNA）Dloop区全长1 231-1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处... 通过对藏鸡线粒体DNA（mt DNA）Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA（mt DNA）Dloop区全长1 231-1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在20只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,7种单倍型。系统发育分析发现,藏鸡7种单倍型可以分为A、B、E三个分支。A分支与红色原鸡（Gallus gallus murghi）聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支,B和E与红色原鸡滇南亚种（Gallus gallus spadiceus）聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平上为藏鸡的遗传资源保护和开发利用提供参考。 展开更多
关键词 藏鸡 线粒体dna d-loop区 系统发育关系 起源
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陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性 被引量：8
9
作者 冯慧 黄原 +2 位作者 任轶 冯成利 刘晓农 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第20期5887-5895,共9页
林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调... 林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。 展开更多
关键词 林麝 线粒体dna 遗传多样性 d-loop区
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中国蒙古马与国外纯血马mtDNA D-Loop高变区序列比较 被引量：15
10
作者 芒来 李金莲 石有斐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期91-94,共4页
比较分析了4匹中国蒙古马和4匹国外纯血马的线立体DNA(mtDNA)D Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况。结果发现,4匹中国蒙古马mtDNAD Loop高变区的平均核苷酸变异率为3 69%,而纯血马的为4 00%,其核苷酸变异类型均包括转换、颠换和缺失... 比较分析了4匹中国蒙古马和4匹国外纯血马的线立体DNA(mtDNA)D Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况。结果发现,4匹中国蒙古马mtDNAD Loop高变区的平均核苷酸变异率为3 69%,而纯血马的为4 00%,其核苷酸变异类型均包括转换、颠换和缺失3种形式,其中以转换最为常见。核苷酸变异基因座多,并且存在长度变异,不同变异在个体之间差异也很大,因此说明中国蒙古马和国外纯血马的mtDNAD Loop高变区都具有丰富的多态性。 展开更多
关键词 中国蒙古马 国外纯血马 MTdna d-loop 高变区 多态性
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清远麻鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析 被引量：7
11
作者 张静 贾晓旭 +5 位作者 陆俊贤 沈啸 唐修君 樊艳凤 葛庆联 高玉时 《中国家禽》 北大核心 2022年第2期24-28,共5页
研究旨在通过线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区分子标记研究清远麻鸡的遗传多样性。试验通过PCR扩增和直接测序的方法对80只清远麻鸡的线粒体DNA D-loop区的全序列进行检测,并与红色原鸡进行系统进化分析。研究结果表明:清... 研究旨在通过线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区分子标记研究清远麻鸡的遗传多样性。试验通过PCR扩增和直接测序的方法对80只清远麻鸡的线粒体DNA D-loop区的全序列进行检测,并与红色原鸡进行系统进化分析。研究结果表明:清远麻鸡mtDNA D-loop区序列长度在1231~1232 bp之间,单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.861、0.00606和7.456。80条序列共发现30个多态位点,定义了18种单倍型,归属可分为A、B、C、D和E 5个单倍型类群。清远麻鸡在mtDNA水平上具有很高的遗传多样性,有多个母系来源。研究结果为清远麻鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。 展开更多
关键词 清远麻鸡 线粒体dna d-loop区 系统发育关系
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藏獒线粒体DNA D-loop区序列测定及其分类地位研究 被引量：4
12
作者 李隐侠 李齐发 +5 位作者 刘振山 赵兴波 潘增祥 孙源荣 徐银学 谢庄 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期107-111,共5页
根据家犬线粒体基因组DNA序列设计引物,获得了藏獒(Tibetan mastiff)线粒体DNA D-loop区全序列,并以灰狼、郊狼作为外类群对藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种进行了系统发育分析。试验结果发现:藏獒线粒体DNA D-loop区序列全长1250 bp,... 根据家犬线粒体基因组DNA序列设计引物,获得了藏獒(Tibetan mastiff)线粒体DNA D-loop区全序列,并以灰狼、郊狼作为外类群对藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种进行了系统发育分析。试验结果发现:藏獒线粒体DNA D-loop区序列全长1250 bp,与家犬源序列的同源性为96.06%,其中有20个碱基缺失;系统发育分析发现藏獒、家犬亚种内6个大型家犬品种与灰狼聚为一大类,而郊狼自成一类,说明藏獒与其他家犬品种一样起源于灰狼,是家犬亚种内的一个品种,在分类地位上隶属于食肉目、犬科、犬属、狼种、家犬亚种;在家犬亚种内,藏獒与英国牧羊犬、兰伯格犬聚为一类,而德国牧羊犬与瑞典猎鹿犬、黑俄罗斯更犬聚在一起,再与圣伯纳犬聚为一类,从分子水平上验证了英国牧羊犬等大型犬可能含有藏獒血统的观点。 展开更多
关键词 藏獒 线粒体dna D—loop区 系统发育关系 起源 分类地位
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急性白血病骨髓细胞线粒体DNA D-loop区的突变检测 被引量：3
13
作者 韩卉 李大启 +4 位作者 陈萍 邵建华 赵红玉 董学斌 顾琳萍 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期29-33,共5页
本研究旨在检测急性白血病(AL)患者骨髓细胞线粒体DNA(mtDNA)D-loop区突变和线粒体微卫星不稳(mtMSI),并分析它们与AL发病的关系。选取19例初诊的AL患者,提取骨髓细胞mtDNA并对mtDNA D-loop区序列行PCR扩增,通过正反向直接测序对PCR扩... 本研究旨在检测急性白血病(AL)患者骨髓细胞线粒体DNA(mtDNA)D-loop区突变和线粒体微卫星不稳(mtMSI),并分析它们与AL发病的关系。选取19例初诊的AL患者,提取骨髓细胞mtDNA并对mtDNA D-loop区序列行PCR扩增,通过正反向直接测序对PCR扩增产物基因序列进行检测,并将测序结果与修订的剑桥标准序列(revised Cambridge reference sequence,rCRS)和有关数据库(MITOMAP数据库、GenBank数据库、mtDB数据库)进行比对。结果表明:AL的mtDNA D-loop区突变率达79%(15/19例),在D-loop区发现215个变异位点(35个突变位点、180个SNP位点)和1个mtMSI;发现1个新的突变类型nt150 C-CT,同时发现不同年龄、不同AL分型(AML,B-ALL)的患者间突变个数无统计学差异(P>0.05)。结论:AL的骨髓细胞mtDNA D-loop区存在高频率突变,且其突变可能与AL发病有关。 展开更多
关键词 线粒体dna d-loop区 急性白血病
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盐津乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性及其保种效果分析 被引量：5
14
作者 王荣琼 孙利民 +3 位作者 胡瑀 滕晓红 邱立华 苗永旺 《家畜生态学报》 北大核心 2020年第11期18-23,共6页
为阐明盐津乌骨鸡的群体遗传背景和评估、监测其保种效果,采用PCR产物直接测序对保种群样品进行了mtDNA控制区的变异检测,并结合已发表的云南其他地方鸡数据进行了群体遗传学分析。结果表明,在所检测的2005年样品中,共发现40个核苷酸变... 为阐明盐津乌骨鸡的群体遗传背景和评估、监测其保种效果,采用PCR产物直接测序对保种群样品进行了mtDNA控制区的变异检测,并结合已发表的云南其他地方鸡数据进行了群体遗传学分析。结果表明,在所检测的2005年样品中,共发现40个核苷酸变异位点,其中32个为简约信息位点,8个为单一信息位点;共定义27种单倍型,单倍型多样度为0.939,核苷酸多样度为0.01595,群体内遗传距离为0.016;包含A、B、C、E、F和G等6个母系世系,所占比例分别为35.44%、3.80%、6.33%、10.13%、6.33%和37.97%。在所检测的2018年样品中,发现24个核苷酸多态位点,其中5个为单一信息位点,19个为简约信息位点;共发现到13种单倍型,单倍型多样度为0.847,核苷酸多样度为0.01118,群体内遗传距离为0.011;包含A、B、E和G等4个母系世系,所占比例分别为31.67%、10.00%、50.00%和8.33%。研究结果提示,两种样品群体遗传组成存在较大差异,2018年保种群遗传多样性水平比2005年的显著下降,群体中母系世系减少,存在较大比例外来鸡种的基因渗入,保种效果欠佳。 展开更多
关键词 盐津乌骨鸡 线粒体dna控制区 遗传变异 世系组成 保种效果
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喉癌中线粒体DNA拷贝数和D-loop区基因突变与临床病理的相关性 被引量：2
15
作者 向元俤 张碧波 +2 位作者 吴娟 李春丽 雷兰英 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1335-1339,共5页
目的探讨喉癌线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)拷贝数和D-loop区基因突变与临床病理特征的相关性。方法收集武汉市第一医院诊治的40例喉癌患者,取mt DNA的CoxⅡ和核DNA的β-actin为目的片段进行实时荧光定量PCR(quantitative real-t... 目的探讨喉癌线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)拷贝数和D-loop区基因突变与临床病理特征的相关性。方法收集武汉市第一医院诊治的40例喉癌患者,取mt DNA的CoxⅡ和核DNA的β-actin为目的片段进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)扩增,对mt DNA D-loop区进行测序。结果喉癌组织中mt DNA拷贝数(0. 925±0. 136)高于其对应癌旁组织(0. 815±0. 096),两者差异有统计学意义(P <0. 05)。mt DNA拷贝数与患者淋巴结转移相关(P <0. 05),但与患者性别、吸烟、饮酒、肿瘤分期以及肿瘤分化无关。40例喉癌中有21例(52. 50%) mt DNA D-loop区共检测17个突变位点、34个突变;发现86个多态性位点;且mt DNA D-loop区基因突变与患者淋巴结转移和肿瘤分化程度相关(P均<0. 05),其与患者性别、吸烟、饮酒以及肿瘤分期无关。结论喉癌组织中mt DNA拷贝数高于其对应癌旁组织,且mt DNA Dloop区存在高频基因突变,提示mt DNA拷贝数变化以及D-loop区基因突变与喉癌的发生、发展密切相关。 展开更多
关键词 喉肿瘤 线粒体dna d-loop区基因突变 临床病理特征
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云南3个新发掘地方鸡种mtDNA D-loop区序列遗传多样性分析 被引量：2
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作者 王坤 豆腾飞 +4 位作者 李琦华 柳明正 李丰耘 贾俊静 葛长荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第10期3232-3241,共10页
为研究在云南省怒江州及山区发现的3个地方鸡种翻毛鸡(FM)、赤脖鸡(CB)和YN鸡的群体遗传背景,试验采用线粒体DNA(mitochondral DNA,mtDNA)D-loop区序列为遗传标记,对3个鸡种共168个样品进行了检测分析。结果显示,翻毛鸡、赤脖鸡和YN鸡3... 为研究在云南省怒江州及山区发现的3个地方鸡种翻毛鸡(FM)、赤脖鸡(CB)和YN鸡的群体遗传背景,试验采用线粒体DNA(mitochondral DNA,mtDNA)D-loop区序列为遗传标记,对3个鸡种共168个样品进行了检测分析。结果显示,翻毛鸡、赤脖鸡和YN鸡3个地方鸡种共定义了27种单倍型,其单倍型多样度分别为0.947、0.938和0.596;核苷酸多样度分别为0.01268、0.01434、0.00239。系统发生树分析显示,本研究检测的168个样品分布在A、B、C、E、F和G 6个世系中,其中翻毛鸡包含E、F和G 3个世系;赤脖鸡包含A、B、C、E、F和G 6个世系,E、F和G世系为其主要世系;YN鸡包含E、F和G 3个世系,其中E世系是其主要世系。YN鸡主要与印度亚种、白洛克鸡、白来航鸡和新汉夏鸡等蛋鸡品种进化关系较近,而赤脖鸡血缘较杂乱,与滇南亚种、海南亚种、指名亚种、印度尼西亚斗鸡及老挝鸡进化关系较近;翻毛鸡与赤脖鸡共享了较多的单倍型,2个品种间的进化关系较近。本试验结果为新发现的3个云南地方鸡品种的母系起源和遗传评估提供了依据。 展开更多
关键词 翻毛鸡 赤脖鸡 YN鸡 mtdna d-loop区 遗传多样性
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人类mtDNA D-Loop区位点变异对基因表达的影响 被引量：1
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作者 龚丽景 胡扬 +1 位作者 李燕春 梅涛 《体育科学》 CSSCI 北大核心 2014年第5期3-8,共6页
Case-Control研究表明,人线粒体基因(mtDNA)D-Loop区mt235、mt514-515、mt16183、mt16290和mt16319多态位点与有氧运动能力有关。拟从下游基因表达做进一步的研究,以探讨上述多态位点的分子调控机理。方法:采用全基因组合成法合成包含... Case-Control研究表明,人线粒体基因(mtDNA)D-Loop区mt235、mt514-515、mt16183、mt16290和mt16319多态位点与有氧运动能力有关。拟从下游基因表达做进一步的研究,以探讨上述多态位点的分子调控机理。方法:采用全基因组合成法合成包含上述多态位点的DNA序列,分别连接到pGL3-promoter载体构建重组质粒,将重组质粒转染至293T细胞,观察携带5对mtDNA质粒对下游双荧光素酶报告基因的表达及荧光素酶mRNA表达的影响。结果:携带mt235A、mt514-515CA、mt16183A和mt16319G的载体转染细胞的双荧光素酶基因表达量显著高于mt235G、mt514-515Del、mt16183C和mt16319A(P<0.01);携带mt16290两种基因型的质粒转染细胞报告基因表达没有明显差异。与pGL3-promoter载体相比,携带mt16319A的质粒转染细胞荧光素酶mRNA极显著下降(P<0.01),携带mt16290位点的两种质粒对报告基因mRNA的影响没有差异。结论:mt235、mt514-515、mt16183和mt16319多态位点影响荧光素酶基因表达,mt235A、mt514-515CA和mt16183A上调基因转录和翻译,mt16319A下调基因转录。这些基因表达上的差异可能是影响人有氧运动能力的重要调控因素。 展开更多
关键词 基因多态性 线粒体基因 基因表达 d-loop区 质粒转染
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姜曲海猪mtDNA D-loop序列遗传多样性研究 被引量：2
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作者 韩大勇 赵旭庭 +2 位作者 周春宝 陈章言 倪黎刚 《天津农业科学》 CAS 2022年第1期20-22,34,共4页
为研究姜曲海猪保种群线粒体DNA遗传多样性及种质特性,选取姜曲海猪保种群中58个体进行mtDNA D-loop高变区序列扩增测序,获得的长度为427 bp有效序列基因片段,然后对有效序列遗传多样性进行了分析。结果表明:(1)姜曲海猪的mtDNA D-loop... 为研究姜曲海猪保种群线粒体DNA遗传多样性及种质特性,选取姜曲海猪保种群中58个体进行mtDNA D-loop高变区序列扩增测序,获得的长度为427 bp有效序列基因片段,然后对有效序列遗传多样性进行了分析。结果表明:(1)姜曲海猪的mtDNA D-loop高变区扩增测序的有效序列基因片段中,碱基A+T含量为63.2%,G+C含量为36.8%,碱基A+T含量明显高于G+C含量;(2)在58个序列中共有15个变异位点,其中T/C转换10次、G/A转换3次、A/T颠换1次、C/A颠换1次;(3)检测出单倍型3个,总的单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.686和0.0052,表明姜曲海猪种群遗传多样性偏低,姜曲海猪保种群母系来源单一;(4)单倍型间遗传距离计算结果表明,种群内3个单倍型之间的平均遗传距离在0.003~0.005之间,单倍体间的遗传距离较近,表明保种群近交的情况比较严重。 展开更多
关键词 线粒体dna控制区 遗传多样性 种质资源保护 姜曲海猪
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蒙古牛mtDNA D-loop高变区序列分析 被引量：4
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作者 雷初朝 陈宏 +2 位作者 杨公社 刘小林 宋林生 《黄牛杂志》 2002年第3期6-7,共2页
本文对蒙古牛线粒体DNA D—loop高变区的核苷酸序列进行了分析,结果发现,蒙古牛D-loop高变区的核苷酸变异率约为0.40%,其核苷酸变异类型只有转换1种形式。
关键词 蒙古 序列分析 线粒体dna d-loop 高变区
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鸳鸯mtDNA D-loop序列分析
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作者 王禄超 刘若余 +4 位作者 林家栋 主性 田兴贵 陈眷华 徐祖军 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第9期71-74,共4页
采用PCR和直接测序方法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,与GenBank上已知序列相比较分析mtDNA D-loop 3个区的序列变异。结果发现,鸳鸯mtDNA控制区序列长1035bp;与欧洲鸳鸯相比,鸳鸯(样品采集来自贵州省石阡县)mtDNA控制区共存在2... 采用PCR和直接测序方法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,与GenBank上已知序列相比较分析mtDNA D-loop 3个区的序列变异。结果发现,鸳鸯mtDNA控制区序列长1035bp;与欧洲鸳鸯相比,鸳鸯(样品采集来自贵州省石阡县)mtDNA控制区共存在25处转换、12处颠换、2处插入和12处缺失;两种鸳鸯之间mtDNA控制区Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ区的序列变异率分别为14.5%、0.64%和0.8%,Ⅰ区的变异速率最快;mtDNA控制区的A、C、T、G碱基含量分别是26.6%、16.0%、26.6%和30.8%,A+T含量稍高于C+G含量,G含量最高,符合序列组成的碱基偏倚性。与其他鸭科物种进行了mtDNA控制区序列一致性的比较,结果均高于80%。 展开更多
关键词 鸳鸯 MTdna控制区 序列 变异
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