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计算方法在m^(6)A研究中的应用及展望 被引量：1
1
作者 雷定伟 顾睿初 +2 位作者 谢晓雪 丁时之 温翰 《遗传》 北大核心 2025年第8期903-927,共25页
N^(6)-甲基腺嘌呤(m^(6)A)修饰是真核生物mRNA中最丰富的修饰形式,对mRNA的剪接、加工、降解和翻译的调控具有关键作用。本文介绍了计算方法在m^(6)A修饰研究中的应用,主要有数据驱动的方法预测m^(6)A位点以及基于分子动力学方法探究m^(... N^(6)-甲基腺嘌呤(m^(6)A)修饰是真核生物mRNA中最丰富的修饰形式,对mRNA的剪接、加工、降解和翻译的调控具有关键作用。本文介绍了计算方法在m^(6)A修饰研究中的应用,主要有数据驱动的方法预测m^(6)A位点以及基于分子动力学方法探究m^(6)A相关生物机制。文章首先回顾了m^(6)A检测技术的发展历程,阐述了相应的数据处理方法,并整理了现有公开数据集,为计算模型的构建奠定数据基础。接着重点讨论机器学习与深度学习模型在m^(6)A位点预测中的研究进展。最后描述了分子动力学模拟在解析m^(6)A相关分子机制的贡献,展示了计算方法如何促进对这一复杂的表观遗传调控过程的理解。通过系统梳理相关内容,本文深入探讨了计算方法在m^(6)A修饰领域的最新研究进展及其应用价值,为m^(6)A相关的深入研究提供新的思路与启示。 展开更多
关键词 N^(6)-甲基腺嘌呤修饰 修饰检测方法 修饰位点预测 人工智能算法 分子动力学模拟
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人工智能语言模型模拟5亿年的生命演化
2
作者 夏群科(编译) 《矿物岩石地球化学通报》 北大核心 2025年第2期452-452,共1页
在地球漫长的地质时间尺度上,随机突变与自然选择塑造了蛋白质的多样性。这些蛋白质的序列、结构和功能记录了生命演化的历史,反映了生物学中隐匿于深处的内在规律。当下,随着基因测序技术的进步,科学家已经收集了数十亿条蛋白质序列和... 在地球漫长的地质时间尺度上,随机突变与自然选择塑造了蛋白质的多样性。这些蛋白质的序列、结构和功能记录了生命演化的历史,反映了生物学中隐匿于深处的内在规律。当下,随着基因测序技术的进步,科学家已经收集了数十亿条蛋白质序列和数百万个蛋白质结构数据,揭示了生命多样性的模式。这些数据表明,蛋白质的进化背后可能隐藏着一种“生物学语言”,而人工智能语言模型正成为解码这种语言的关键工具。 展开更多
关键词 人工智能语言模型 自然选择 生命演化
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microRNAs与TP53基因调控网络研究进展 被引量：20
3
作者 龚朝建 黄宏斌 +5 位作者 徐柯 梁芳 李小玲 熊炜 曾朝阳 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1133-1144,共12页
TP53基因(编码p53蛋白)作为一个重要的抑瘤基因,通过调控一系列信号转导通路广泛参与了多种恶性肿瘤的发生发展,一直是肿瘤分子生物学研究领域的热点.最近的研究发现,microRNAs(miRNAs)参与了TP53的信号通路,它们之间存在着复杂的调控网... TP53基因(编码p53蛋白)作为一个重要的抑瘤基因,通过调控一系列信号转导通路广泛参与了多种恶性肿瘤的发生发展,一直是肿瘤分子生物学研究领域的热点.最近的研究发现,microRNAs(miRNAs)参与了TP53的信号通路,它们之间存在着复杂的调控网络.一方面,p53通过调控一些miRNAs的转录及转录后成熟,促进细胞周期阻滞、诱导细胞凋亡和衰老,抑制肿瘤发生.另一方面,许多miRNAs,如miR-25、miR-30d、miR-125b和miR-504等可直接调控p53的表达与活性,参与TP53信号通路的调节,还有一些miRNAs则通过调节p53上下游基因,发挥重要的生物学功能.其中,最具有代表性的是miR-34家族,它们受p53直接调控并参与TP53信号通路,通过靶向抑制多个TP53信号通路关键分子的表达,发挥抑瘤作用.此外,它们还可以通过抑制沉默信息调节子,增强p53的活性,反馈调节TP53信号通路.miRNAs与TP53之间调控网络的研究,是对TP53抑瘤机制的重要补充. 展开更多
关键词 TP53基因 MIRNAS 信号通路 肿瘤 转录
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LncRNA作为ceRNA调控肿瘤的发生发展 被引量：20
4
作者 连瑜 李夏雨 +5 位作者 唐艳艳 杨丽婷 李小玲 熊炜 李桂源 曾朝阳 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第3期219-225,共7页
长链非编码RNA(lncRNA)是长度大于200 bp,不编码蛋白质的内源性RNA分子.近年来的研究表明,lncRNA可以作为一种竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)吸附miRNA,参与靶基因的表达调控,从而在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本... 长链非编码RNA(lncRNA)是长度大于200 bp,不编码蛋白质的内源性RNA分子.近年来的研究表明,lncRNA可以作为一种竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)吸附miRNA,参与靶基因的表达调控,从而在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本文从lncRNA作为ceRNA发挥生物学功能这一角度,概述了相关lncRNA在肿瘤发生发展中的作用及机制.揭秘lncRNA与miRNA在肿瘤发生中的相互作用,将为肿瘤的诊断和治疗提供新思路. 展开更多
关键词 长链非编码RNA MICRORNA 肿瘤发生
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高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文) 被引量：9
5
作者 李栋 荔建琦 +5 位作者 欧阳曙光 吴松锋 王建 徐筱杰 朱云平 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1026-1029,共4页
挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在... 挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息.这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析.该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址http://www.hupo.org.cn/GOfact/使用或者下载我们的程序. 展开更多
关键词 生物信息学 蛋白质组学 表达谱 GO 蛋白质功能
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分子动力学模拟技术在生物分子研究中的进展（英文） 被引量：10
6
作者 曹了然 张春煜 +3 位作者 张鼎林 楚慧郢 张跃斌 李国辉 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1354-1365,共12页
在当今科学探索中,分子动力学模拟作为实验的辅助,替代甚至引导,有越来越大的重要性。在这篇综述里,我们概括介绍了分子模拟领域的发展历史,特别是专注于近期的进展,包括新的分子力场,增强采样技术以及在研究生物分子体系方面的最新成果。
关键词 分子动力学模拟 分子力场 增强采样 酶促反应
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PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文) 被引量：5
7
作者 孙汉昌 李栋 +4 位作者 王建 刘中扬 朱云平 谢红卫 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1613-1616,共4页
Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中... Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件. 展开更多
关键词 系统生物学 生物学通路 蛋白质-蛋白质相互作用 交联元件 通路扩展 cytoscape插件
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酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用 被引量：11
8
作者 张昆林 张静 罗静初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第1期46-52,共7页
前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参... 前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识. 展开更多
关键词 基因上游 内含子 寡核苷酸对 协同作用 酵母基因
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纳米TiO_2半导体溶胶的光生物学效应 被引量：9
9
作者 张萍 崔海信 李玲玲 《无机材料学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第1期55-60,共6页
通过溶胶-凝胶法制备了纳米TiO_2半导体溶胶材料(nano-TiO_2 semiconductor sol,NTSS),并测定了抗菌性能;以黄瓜为研究对象,初步探讨了NTSS在防治植物细菌性/真菌性病害及增加叶片光合色素含量方面的光生物学效应.试验结果表明,溶胶材料... 通过溶胶-凝胶法制备了纳米TiO_2半导体溶胶材料(nano-TiO_2 semiconductor sol,NTSS),并测定了抗菌性能;以黄瓜为研究对象,初步探讨了NTSS在防治植物细菌性/真菌性病害及增加叶片光合色素含量方面的光生物学效应.试验结果表明,溶胶材料中TiO_2颗粒的结晶型为锐钛矿型,平均粒径为30.6nm;TiO_2溶胶材料可在叶片等固体表面形成连续、稳定的抗菌薄膜,具有很强的光氧化活性,抗菌率达到99.9%;通过人工接种病原菌试验及田间病害调查试验发现,黄瓜喷施一定浓度的NTSS后,可显著降低叶片病斑面积、发病率及病情指数,对黄瓜细菌性角斑病/霜霉病的发生具有抑制效果;测定叶片光合色素含量发现,NTSS对叶绿素(Chl)及类胡萝卜素(Car)的生成具有促进作用. 展开更多
关键词 纳米材料 TIO2 植物病害 防治 光合色素
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生物信息技术加速开发旧药新用途 被引量：6
10
作者 黄宏斌 梁芳 +3 位作者 熊炜 李小玲 曾朝阳 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第1期35-44,共10页
传统的技术路线研发新药,不仅周期很长而且耗资巨大,开发已获批准药物新的治疗用途,又称为药物重定位,比传统的新药研发具有明显的优势.基于芯片的基因表达谱分析,已常规地广泛用于各种人类疾病的临床研究,提供了在全基因组水平描述疾... 传统的技术路线研发新药,不仅周期很长而且耗资巨大,开发已获批准药物新的治疗用途,又称为药物重定位,比传统的新药研发具有明显的优势.基于芯片的基因表达谱分析,已常规地广泛用于各种人类疾病的临床研究,提供了在全基因组水平描述疾病状态的特征信号.同时,基因芯片也广泛地用于对比药物处理前后细胞基因表达模式的变化,这也提供了反映药物效应的高质量信号.最近出版的Science Translational Medicine杂志同时发表了一个研究组的两篇论文,为我们展示了如何利用生物信息学手段重新解析和比较全基因组基因表达谱数据,以高效地预测药物的新用途.这两篇论文使用了公共数据库中的100种疾病基因表达谱数据,以及164种药物处理前后细胞基因表达谱数据,通过比较和配对疾病与药物基因表达谱,得到了一些可以逆转疾病异常表达基因的药物,其中证实了一些已知的药物-疾病组合,也预测了一些新的药物-疾病组合.最后通过实验验证了抗溃疡药可用于治疗肺癌,而抗癫痫药可治疗炎症性肠道疾病,进一步证实了他们所采用研究策略的正确性.于是,肺癌和炎性肠道疾病这两种临床上难治的疾病有了新的候选治疗药物,我们也有了一种挖掘已有数据快速发现药物新用途的思路和方法. 展开更多
关键词 生物信息学 基因表达谱 药物重定位
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核小体定位与RNA剪接 被引量：6
11
作者 陈伟 罗辽复 +1 位作者 张利绒 邢永强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1035-1040,共6页
根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,... 根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958.应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,发现外显子所对应的DNA序列通常倾向参与核小体的形成,并且由它所转录的RNA统计上具有较强的刚性,而剪接位点及其邻近的内含子对应的DNA序列则避免参与核小体的形成,所转录的RNA统计上具有较强的柔性.进一步还发现,DNA序列的核小体定位/缺失和RNA的刚性/柔性具有统计相关性,为从机制上解释为何前体RNA剪接事件与DNA序列中的核小体定位信息有关提供了依据. 展开更多
关键词 多样性增量二次判别方法 核小体定位 剪接位点 RNA柔性
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人类polⅡ启动子的识别 被引量：26
12
作者 吕军 罗辽复 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第12期1185-1191,共7页
依据基因启动子区和非启动子区碱基分布的特征,应用基于多样性增量的二次判别分析(IDQD),对人类polⅡ启动子进行识别,识别精度达到90%以上的水平,优于其他已发表的(包括SVM分类器等)识别算法.使用IDQD算法也能对转录起始位点(TSS)进行... 依据基因启动子区和非启动子区碱基分布的特征,应用基于多样性增量的二次判别分析(IDQD),对人类polⅡ启动子进行识别,识别精度达到90%以上的水平,优于其他已发表的(包括SVM分类器等)识别算法.使用IDQD算法也能对转录起始位点(TSS)进行较准确的预测,10-fold交叉检验结果的敏感性和特异性分别为86%和91%.这些结果表明IDQD是一个有效的分类器. 展开更多
关键词 启动子 多样性增量 二次判别函数 转录起始位点
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蛛网结构性能及其适应性 被引量：11
13
作者 卓春晖 蒋平 +1 位作者 王昌河 郭聪 《四川动物》 CSCD 北大核心 2006年第4期898-902,共5页
蛛网是蜘蛛的捕食工具,蛛网的结构性能不仅影响蜘蛛的捕食效率,也关系着蜘蛛的捕食投入。在不同的内外环境条件影响下,蜘蛛会通过蛛网结构性能上的相应变化来调整捕食策略和维持网结构的稳定性。本文主要综述了蛛网的结构性能以及蜘蛛... 蛛网是蜘蛛的捕食工具,蛛网的结构性能不仅影响蜘蛛的捕食效率,也关系着蜘蛛的捕食投入。在不同的内外环境条件影响下,蜘蛛会通过蛛网结构性能上的相应变化来调整捕食策略和维持网结构的稳定性。本文主要综述了蛛网的结构性能以及蜘蛛通过蛛网结构性能表现出的对环境因子的适应性。 展开更多
关键词 蜘蛛网 结构与性能 适应性
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钡铁氧体包覆碳纤维的制备及毫米波衰减性能(英文) 被引量：5
14
作者 周明善 沈瑞琪 +1 位作者 徐铭 胡学东 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1622-1626,共5页
通过溶胶凝胶法,在碳纤维表面均匀包覆了一层厚度约为1μm的钡铁氧体(BaFe12O19)。采用SEM、FTIR、XRD、XPS等技术对碳纤维/钡铁氧体复合材料的组成、结构、性能进行了表征和分析。利用8mm波雷达装置测试了碳纤维、碳纤维/钡铁氧体复合... 通过溶胶凝胶法,在碳纤维表面均匀包覆了一层厚度约为1μm的钡铁氧体(BaFe12O19)。采用SEM、FTIR、XRD、XPS等技术对碳纤维/钡铁氧体复合材料的组成、结构、性能进行了表征和分析。利用8mm波雷达装置测试了碳纤维、碳纤维/钡铁氧体复合材料的毫米波衰减性能。实验结果表明:由于碳纤维/钡铁氧体复合材料兼具电损耗和磁损耗吸收,其8mm波衰减性能明显优于单纯的碳纤维。 展开更多
关键词 碳纤维 铁氧体 毫米波 衰减
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鸭PPARα基因结构及功能的生物信息学分析 被引量：4
15
作者 马云 王云云 +3 位作者 张晓婷 李芬 王启钊 王新庄 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期371-379,共9页
以鸭的过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析.结果表明:鸭的PPARα基因cDNA全长1 430 bp,最长开放阅读框为1 407 bp,编码468个氨基酸;序列比对... 以鸭的过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析.结果表明:鸭的PPARα基因cDNA全长1 430 bp,最长开放阅读框为1 407 bp,编码468个氨基酸;序列比对结果显示鸭的PPARα基因与鸡、胸草雀、人、牛、家马等该基因的核苷酸序列同源性分别为96%、92%、79%、77%和78%,鸭PPARα基因编码的氨基酸序列与上述其他动物的同源性高达98%、97%、89%、89%和88%;系统进化分析结果显示,在鸡、胸草雀、人、牛、马等动物中,鸭的PPARα基因与鸡的进化关系最为密切,亲缘关系最近;鸭的PPARα蛋白中α螺旋较多,该蛋白质含有1段短的核定位信号序列KKNRNKC,在引导该蛋白质进入细胞核的过程中发挥作用,同时还有由2个锌指结构组成的DNA结合域及1段配体结合域. 展开更多
关键词 鸭 过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)基因 生物信息学分析
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基于组合探针识别的大规模细菌分类16 S rRNA基因芯片设计(英文) 被引量：3
16
作者 吴一波 伯晓晨 +5 位作者 颜莉蓉 余光创 刘辉 孙汉昌 谢红卫 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1025-1034,共10页
随着16SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求... 随着16SrRNA序列资源的不断丰富,以及寡核苷酸微阵列基因芯片技术的不断进步,检测复杂微生物菌落中的微生物种群构成成为可能.现有的序列特异性探针设计算法缺乏足够的覆盖度、灵活性以及效率,不能满足大规模细菌检测基因芯片的设计要求.很多组特异性探针设计算法的思路多局限于针对某个目标序列组设计唯一的组特异性探针.在很多应用场合,设计单个探针检测组内所有目标序列的目标是很难达到的.因此,设计多个探针通过组合方式进行检测是很有必要的.每个探针能特异性地检测组内一部分目标序列,通过组合就能提高覆盖率.然而,在所有可能的探针组合中找到一个优化的探针组合是很耗时的.提出了一个可行的基于相对熵和遗传算法的组合探针设计算法. 展开更多
关键词 16 S RRNA 基因芯片 组特异性探针
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基于生物信息学方法发现潜在药物靶标 被引量：15
17
作者 刘伟 谢红卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第1期11-19,共9页
药物靶点通常是在代谢或信号通路中与特定疾病或病理状态有关的关键分子.通过绑定到特定活动区域抑制这个关键分子进行药物设计.确定特定疾病有关的靶标分子是现代新药开发的基础.在药物靶标发现的过程中,生物信息学方法发挥了不可替代... 药物靶点通常是在代谢或信号通路中与特定疾病或病理状态有关的关键分子.通过绑定到特定活动区域抑制这个关键分子进行药物设计.确定特定疾病有关的靶标分子是现代新药开发的基础.在药物靶标发现的过程中,生物信息学方法发挥了不可替代的重要的作用,尤其适用于大规模多组学数据的分析.目前,已涌现了许多与疾病相关的数据库资源,基于生物网络特征、多基因芯片、蛋白质组、代谢组数据等建立了多种生物信息学方法发现潜在的药物靶标,并预测靶标可药性和药物副作用. 展开更多
关键词 药物靶标 网络特征 基因芯片 蛋白质组学
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mRNA环结构对蛋白质折叠速率的影响 被引量：10
18
作者 李瑞芳 李宏 +1 位作者 郭春阳 杨萨如拉 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第6期672-678,共7页
前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建... 前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建立了一个包含mRNA内部环、发夹环、膨胀环和多分支环等环结构信息和相应蛋白质折叠速率的数据库.对于数据库中的每一个蛋白质,计算了mRNA二级结构中各种环结构碱基含量、配对碱基含量及单链碱基含量等参量,分析了各参量与相应蛋白质折叠速率的相关性.结果显示,各种环结构碱基含量与蛋白质折叠速率均呈极显著或显著正相关.说明mRNA环结构对蛋白质折叠速率有重要的影响.进一步,把蛋白质按照不同折叠类型或不同二级结构类型分组后,对每一组蛋白质重复上述的分析工作.结果表明,对不同类蛋白质,mRNA的各种环结构对其相应蛋白质折叠速率的影响存在着显著差异.上述研究将为进一步开展有关mRNA和蛋白质折叠速率的研究奠定理论基础. 展开更多
关键词 MRNA二级结构 内部环 发夹环 膨胀环 多分支环 蛋白质折叠速率
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人类基因组中可变和组成性剪接位点的预测 被引量：4
19
作者 张利绒 罗辽复 +1 位作者 邢永强 晋宏营 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1188-1194,共7页
根据剪接位点的核酸序列保守特征,以及邻近位点的碱基组成和关联特性,结合一对可变剪接位点之间的距离参数和受体端剪接位点前30位碱基的GC和TC含量,利用结合多样性指标的二次判别方法(IDQD),预测了人类基因组中可变和组成性内含子的供... 根据剪接位点的核酸序列保守特征,以及邻近位点的碱基组成和关联特性,结合一对可变剪接位点之间的距离参数和受体端剪接位点前30位碱基的GC和TC含量,利用结合多样性指标的二次判别方法(IDQD),预测了人类基因组中可变和组成性内含子的供体端和受体端的剪接位点,对可变的供体端和受体端剪接位点,阈值!选择-2时,总的预测精度分别为87.9%和89.9%,对组成性的供体端和受体端剪接位点,阈值!选择-1,总的预测精度分别为92.8%和94.3%. 展开更多
关键词 可变剪接 组成性剪接 二次判别方法
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假基因研究进展 被引量：4
20
作者 刘国庆 白音宝力高 邢永强 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1165-1174,共10页
假基因是功能基因的缺陷拷贝,它在序列结构上与功能基因非常相似,但已丧失了正常的蛋白质编码功能.假基因曾被认为是一类典型的非编码"垃圾DNA",而如今人们发现假基因在基因表达调控和基因组进化过程中发挥着重要作用.从假基... 假基因是功能基因的缺陷拷贝,它在序列结构上与功能基因非常相似,但已丧失了正常的蛋白质编码功能.假基因曾被认为是一类典型的非编码"垃圾DNA",而如今人们发现假基因在基因表达调控和基因组进化过程中发挥着重要作用.从假基因的起源、序列结构特征、假基因的识别、假基因在染色体上的分布、分子进化规律,以及假基因功能等几个方面较为全面地介绍了该领域的最新研究进展. 展开更多
关键词 假基因 假基因识别 假基因进化 假基因功能
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