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珍稀濒危物种狭叶坡垒群落物种多样性研究
1
作者
何巧萍
罗应华
+1 位作者
姜冬冬
零雅茗
《热带农业科学》
2024年第2期50-55,共6页
为了解狭叶坡垒(Hopea chinensis)所在群落物种多样性,完善物种数据,提高对珍稀濒危物种的保护力度,通过野外样方设置,调查分析了该群落物种组成,计算其重要值与物种多样性指数。结果表明:(1)4个样地的群落物种丰富,群落内共有87个树种...
为了解狭叶坡垒(Hopea chinensis)所在群落物种多样性,完善物种数据,提高对珍稀濒危物种的保护力度,通过野外样方设置,调查分析了该群落物种组成,计算其重要值与物种多样性指数。结果表明:(1)4个样地的群落物种丰富,群落内共有87个树种,隶属于38个科63属,以壳斗科、樟科、茜草科、山茶科、紫金牛科、藤黄科为主;(2)乔木树种主要以假鹊肾树、狭叶坡垒、石栎、大叶栎、黄杞和广西血桐为主,灌木主要以罗伞树、杜鹃、草鞋木和柏拉木为主;(3)乔木层物种多样性指数高于灌木层,1、2号样地物种多样性指数高于3、4号样地。综上所述,狭叶坡垒所在群落物种组成丰富,物种多样性指数高,人为因素对群落多样性造成一定影响。本研究为野生狭叶坡垒种群的保护及其恢复和该区域生物多样性维持提供科学依据。
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关键词
狭叶坡垒
重要值
物种多样性
物种组成
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职称材料
粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因克隆及蛋白质结构分析
2
作者
刘晓晗
王峰
+6 位作者
董爱荣
陈俏丽
刘立宏
零雅茗
王博文
丁晓霞
王世新
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第2期163-168,共6页
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录...
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5.05选用WAG+G模型构建最大似然树;应用PSIPRED server对Ih GH5-1进行α螺旋和β折叠的蛋白质二级结构分析,应用SWISS-MODEL对Ih GH5-1进行三维建模,应用VMD1.8.6分析Ih GH5-1三维结构;设计原核表达引物并进行PCR扩增,将扩增得到的基因片段连接至p QE-30 UA载体并转入大肠埃希菌JM109感受态细胞,诱导表达后通过SDS-PAGE电泳检测表达量;测定糖苷水解酶活性并计算酶活。【结果】TRIzol提取的粗毛纤孔菌总RNA经分光光度计检验符合标准(OD260/OD280=2.0,OD260/OD230>1.8),c DNA文库成功构建并测序;RACE法克隆得到5'序列长度为770 bp,3'序列长度为1 562 bp且含有Poly A的序列,5'和3'序列拼接得到基因全长序列长1 727 bp,NCBI注册号为KM368321;ORF分析得到Ih GH5-1氨基酸序列含有300个氨基酸,分子质量为31.226 55 k D,等电点(p I)为9.24;结构域分析表明Ih GH5-1具有保守的催化结构域;最大似然树分析表明多数子囊菌糖苷水解酶家族5聚在一起,多数担子菌糖苷水解酶家族5聚在一起,粗毛纤孔菌Ih GH5-1蛋白质与太瑞斯梭孢壳霉和球毛壳菌等子囊菌的糖苷水解酶亲缘关系更近;蛋白质三维结构分析表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1含有7个α螺旋、4个β折叠,三维比对表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1三维结构与其他真菌糖苷水解酶家族5蛋白空间结构相近,进化关系与最大似然树分析相符;原核表达及酶活测定表明该基因成功表达,表达产物在65℃时相对酶活性最高。【结论】本研究可为白腐菌纤维素酶大规模的工业化应用提供前期研究基础和理论依据。
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关键词
粗毛纤孔菌
糖苷水解酶家族5
水曲柳
木材白色腐朽
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职称材料
松材线虫效应因子基因筛选及Bx-Hh-grl功能研究
3
作者
曹淑可
零雅茗
+6 位作者
吴昊
王佳楠
夏蕤
张悦
李丹蕾
姜生伟
王峰
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期87-93,共7页
【目的】通过对松材线虫效应因子基因的克隆和功能研究,揭示Bx-Hh-grl对松材线虫致病性的作用,为防治松材线虫提供理论依据。【方法】用松材线虫Bx1022株系接种黑松,20 d后提取线虫总RNA进行转录组测序,将该转录组设为松材线虫植食阶段...
【目的】通过对松材线虫效应因子基因的克隆和功能研究,揭示Bx-Hh-grl对松材线虫致病性的作用,为防治松材线虫提供理论依据。【方法】用松材线虫Bx1022株系接种黑松,20 d后提取线虫总RNA进行转录组测序,将该转录组设为松材线虫植食阶段转录组。提取由灰葡萄孢(Botrytis cinerea)培养的Bx1022的总RNA进行转录组测序,将该转录组设为菌食阶段转录组。比较分析两个转录组,筛选到差异表达基因Bx-Hh-grl。对Bx-Hh-grl编码蛋白质的跨膜结构域和信号肽进行预测。利用原位杂交检测Bx-Hh-grl表达部位。应用RNAi技术干扰Bx-Hh-grl表达以探究Bx-Hh-grl对松材线虫致病性的作用。通过Q-PCR验证,确定RNAi效果显著。将经RNAi处理的松材线虫接种3年生黑松枝条,以未经处理的松材线虫(CK组)和ddH2O(Mock组)处理的黑松作为对照,比较黑松发病情况进而比较不同处理后松材线虫的致病性差异。【结果】筛选出植食阶段与菌食阶段转录组差异表达基因Bx-Hh-grl,其编码蛋白质具有跨膜结构域和信号肽。原位杂交试验结果显示Bx-Hh-grl在松材线虫食道腺表达,符合效应因子基因特征。Q-PCR结果显示经RNAi处理后的松材线虫Bx-Hh-grl表达量下调,RNAi处理效果显著。接种实验表明,Bx-Hh-grl-RNAi组显症的时间明显晚于CK组,Mock组黑松一直保持健康状态。【结论】Bx-Hh-grl是与松材线虫致病相关的效应因子基因。明确Bx-Hh-grl功能有利于进一步了解松材线虫致病机理,为降低松材线虫危害,防治松材线虫奠定理论基础。
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关键词
松材线虫
效应因子
RNAI
原位杂交
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职称材料
题名
珍稀濒危物种狭叶坡垒群落物种多样性研究
1
作者
何巧萍
罗应华
姜冬冬
零雅茗
机构
广西大学林学院
广西大学林学院广西森林生态与保育重点实验室
防城港市十万大山国家级自然保护区管理局
出处
《热带农业科学》
2024年第2期50-55,共6页
基金
广西科技厅重大专项(No.桂科AB16380254)
广西林草种质资源普查与收集(No.桂林科字[2021]第34号)。
文摘
为了解狭叶坡垒(Hopea chinensis)所在群落物种多样性,完善物种数据,提高对珍稀濒危物种的保护力度,通过野外样方设置,调查分析了该群落物种组成,计算其重要值与物种多样性指数。结果表明:(1)4个样地的群落物种丰富,群落内共有87个树种,隶属于38个科63属,以壳斗科、樟科、茜草科、山茶科、紫金牛科、藤黄科为主;(2)乔木树种主要以假鹊肾树、狭叶坡垒、石栎、大叶栎、黄杞和广西血桐为主,灌木主要以罗伞树、杜鹃、草鞋木和柏拉木为主;(3)乔木层物种多样性指数高于灌木层,1、2号样地物种多样性指数高于3、4号样地。综上所述,狭叶坡垒所在群落物种组成丰富,物种多样性指数高,人为因素对群落多样性造成一定影响。本研究为野生狭叶坡垒种群的保护及其恢复和该区域生物多样性维持提供科学依据。
关键词
狭叶坡垒
重要值
物种多样性
物种组成
Keywords
Hopea chinensis
vital value
species diversity
species composition
分类号
S792.99 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因克隆及蛋白质结构分析
2
作者
刘晓晗
王峰
董爱荣
陈俏丽
刘立宏
零雅茗
王博文
丁晓霞
王世新
机构
东北林业大学林学院
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第2期163-168,共6页
基金
林业公益性行业科研专项项目(201004079)
中央高校基本科研业务费专项资金项目(DL13BA01)
文摘
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5.05选用WAG+G模型构建最大似然树;应用PSIPRED server对Ih GH5-1进行α螺旋和β折叠的蛋白质二级结构分析,应用SWISS-MODEL对Ih GH5-1进行三维建模,应用VMD1.8.6分析Ih GH5-1三维结构;设计原核表达引物并进行PCR扩增,将扩增得到的基因片段连接至p QE-30 UA载体并转入大肠埃希菌JM109感受态细胞,诱导表达后通过SDS-PAGE电泳检测表达量;测定糖苷水解酶活性并计算酶活。【结果】TRIzol提取的粗毛纤孔菌总RNA经分光光度计检验符合标准(OD260/OD280=2.0,OD260/OD230>1.8),c DNA文库成功构建并测序;RACE法克隆得到5'序列长度为770 bp,3'序列长度为1 562 bp且含有Poly A的序列,5'和3'序列拼接得到基因全长序列长1 727 bp,NCBI注册号为KM368321;ORF分析得到Ih GH5-1氨基酸序列含有300个氨基酸,分子质量为31.226 55 k D,等电点(p I)为9.24;结构域分析表明Ih GH5-1具有保守的催化结构域;最大似然树分析表明多数子囊菌糖苷水解酶家族5聚在一起,多数担子菌糖苷水解酶家族5聚在一起,粗毛纤孔菌Ih GH5-1蛋白质与太瑞斯梭孢壳霉和球毛壳菌等子囊菌的糖苷水解酶亲缘关系更近;蛋白质三维结构分析表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1含有7个α螺旋、4个β折叠,三维比对表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1三维结构与其他真菌糖苷水解酶家族5蛋白空间结构相近,进化关系与最大似然树分析相符;原核表达及酶活测定表明该基因成功表达,表达产物在65℃时相对酶活性最高。【结论】本研究可为白腐菌纤维素酶大规模的工业化应用提供前期研究基础和理论依据。
关键词
粗毛纤孔菌
糖苷水解酶家族5
水曲柳
木材白色腐朽
Keywords
Inonotus hispidus
glycoside hydrolase family 5
Fraxinus mandshurica
white rote
分类号
S718.81 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
松材线虫效应因子基因筛选及Bx-Hh-grl功能研究
3
作者
曹淑可
零雅茗
吴昊
王佳楠
夏蕤
张悦
李丹蕾
姜生伟
王峰
机构
东北林业大学林学院
十万大山国家级自然保护区管理局
辽宁省林业和草原局有害生物防治检疫工作站
沈阳工学院
出处
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期87-93,共7页
基金
辽宁省科学技术计划(2019JH2/10200001)
国家自然科学基金项目(31971656)
大学生创新性实验计划项目(201910225012)。
文摘
【目的】通过对松材线虫效应因子基因的克隆和功能研究,揭示Bx-Hh-grl对松材线虫致病性的作用,为防治松材线虫提供理论依据。【方法】用松材线虫Bx1022株系接种黑松,20 d后提取线虫总RNA进行转录组测序,将该转录组设为松材线虫植食阶段转录组。提取由灰葡萄孢(Botrytis cinerea)培养的Bx1022的总RNA进行转录组测序,将该转录组设为菌食阶段转录组。比较分析两个转录组,筛选到差异表达基因Bx-Hh-grl。对Bx-Hh-grl编码蛋白质的跨膜结构域和信号肽进行预测。利用原位杂交检测Bx-Hh-grl表达部位。应用RNAi技术干扰Bx-Hh-grl表达以探究Bx-Hh-grl对松材线虫致病性的作用。通过Q-PCR验证,确定RNAi效果显著。将经RNAi处理的松材线虫接种3年生黑松枝条,以未经处理的松材线虫(CK组)和ddH2O(Mock组)处理的黑松作为对照,比较黑松发病情况进而比较不同处理后松材线虫的致病性差异。【结果】筛选出植食阶段与菌食阶段转录组差异表达基因Bx-Hh-grl,其编码蛋白质具有跨膜结构域和信号肽。原位杂交试验结果显示Bx-Hh-grl在松材线虫食道腺表达,符合效应因子基因特征。Q-PCR结果显示经RNAi处理后的松材线虫Bx-Hh-grl表达量下调,RNAi处理效果显著。接种实验表明,Bx-Hh-grl-RNAi组显症的时间明显晚于CK组,Mock组黑松一直保持健康状态。【结论】Bx-Hh-grl是与松材线虫致病相关的效应因子基因。明确Bx-Hh-grl功能有利于进一步了解松材线虫致病机理,为降低松材线虫危害,防治松材线虫奠定理论基础。
关键词
松材线虫
效应因子
RNAI
原位杂交
Keywords
Bursaphelenchus xylophilus
effector
RNAi
in-situ hybridization
分类号
S763.3 [农业科学—森林保护学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
珍稀濒危物种狭叶坡垒群落物种多样性研究
何巧萍
罗应华
姜冬冬
零雅茗
《热带农业科学》
2024
0
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职称材料
2
粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因克隆及蛋白质结构分析
刘晓晗
王峰
董爱荣
陈俏丽
刘立宏
零雅茗
王博文
丁晓霞
王世新
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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职称材料
3
松材线虫效应因子基因筛选及Bx-Hh-grl功能研究
曹淑可
零雅茗
吴昊
王佳楠
夏蕤
张悦
李丹蕾
姜生伟
王峰
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
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