为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研...为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷(样品名BH)的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2.538。薄荷内生细菌分布于以下10个属:食酸菌属(Acidovorax,65.34%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)、土地杆菌属(Pedobacter,5.88%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.33%)、Luteolibacter属(1.94%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,1.53%)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium,1.30%)、金黄杆菌属(Chryseobacterium,0.92%)、黄杆菌属(Flavobacterium,0.78%)、Dyadobacter属(0.67%);薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属(Acidovorax,65.34%)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。展开更多
从昆明学院种植基地随机采集黄瓜根系及根际土壤样品,采用巢式PCR技术分别扩增菌根及土壤丛枝菌根真菌(AMF)部分18S r RNA基因区域,利用该产物构建AMF克隆文库,并结合ARDRA筛选、DNA测序和系统发育树分析对黄瓜AMF菌群组成进行研究。结...从昆明学院种植基地随机采集黄瓜根系及根际土壤样品,采用巢式PCR技术分别扩增菌根及土壤丛枝菌根真菌(AMF)部分18S r RNA基因区域,利用该产物构建AMF克隆文库,并结合ARDRA筛选、DNA测序和系统发育树分析对黄瓜AMF菌群组成进行研究。结果表明:根际土壤检测到7种AMF:摩西球囊霉(Glomus mosseae)、根内球囊霉(G.intraradices)、地表球囊霉(G.versiforme)以及其他4种未知的Glomus属类型,而根系除发现了G.mosseae、G.intraradices和G.versiforme外,仅检测到了其他2种未知Glomus属种类。展开更多
文摘为了调查薄荷内生细菌种类多样性,应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和α多样性,以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。薄荷(样品名BH)的Chao 1指数为226.0,Shannon多样性指数为2.538。薄荷内生细菌分布于以下10个属:食酸菌属(Acidovorax,65.34%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)、土地杆菌属(Pedobacter,5.88%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.33%)、Luteolibacter属(1.94%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,1.53%)、鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium,1.30%)、金黄杆菌属(Chryseobacterium,0.92%)、黄杆菌属(Flavobacterium,0.78%)、Dyadobacter属(0.67%);薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属(Acidovorax,65.34%)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,17.32%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。
文摘从昆明学院种植基地随机采集黄瓜根系及根际土壤样品,采用巢式PCR技术分别扩增菌根及土壤丛枝菌根真菌(AMF)部分18S r RNA基因区域,利用该产物构建AMF克隆文库,并结合ARDRA筛选、DNA测序和系统发育树分析对黄瓜AMF菌群组成进行研究。结果表明:根际土壤检测到7种AMF:摩西球囊霉(Glomus mosseae)、根内球囊霉(G.intraradices)、地表球囊霉(G.versiforme)以及其他4种未知的Glomus属类型,而根系除发现了G.mosseae、G.intraradices和G.versiforme外,仅检测到了其他2种未知Glomus属种类。
